La Riforma protestante Alla fine del XV secolo la Chiesa attraversava una nuova crisi a causa delle corruzione e della decadenza dei costumi ecclesiastici. Gli studiosi umanisti avviarono uno studio critico dei testi sacri indicando la necessità di un ritorno alle fonti del cristianesimo. Particolarmente importante era lo studioso Erasmo da Rotterdam.
Martin Lutero, un monaco agostiniano tedesco presso la cattedrale di Wittenberg in Germania, si oppose con forza la vendita delle indigenze; essa era stata concessa dal papa Leone X per il perdono dei peccati in cambio di un offerta in denaro per la costruzione della basilica di San Pietro. Il 31 ottobre 1517 affisse sulla porta della cattedrale 95 tesi in cui condannava questa pratica e la corruzione della chiesa.
Il papa mandò così in Germania un teologo per ottenere da Lutero una ritrattazione sulle sue affermazioni; il monaco tedesco però rifiutò. Leone X così lo scomunicò e Lutero bruciò il documento di scomunica: furono così aperte le ostilità con la Chiesa di Roma e con il Sacro Romano Impero Germanico, il cui imperatore Carlo V era fedele al papa.
Nel corso della Dieta di Worms nel 1521 l imperatore Carlo V cercò di convincere Lutero di compiere un passo indietro; il monaco si rifiutò rifugiandosi sotto la protezione del principe Federico di Sassonia, suo fedele sostenitore. Molti principi tedeschi, che volevano essere più autonomi dall imperatore, si schierarono con Lutero che si opponeva al papa. Così le tesi di Lutero si diffusero in tutta la Germania.
La dottrina di Lutero si basa su tre principi: la salvezza che si ottiene per mezzo della fede e non tramite le opere; il libero esame delle scritture; il sacerdozio universale dei credenti. In base a queste affermazioni venivano accettati i sacramenti del battesimo e dell eucarestia. Nella nuova chiesa di Lutero c erano i pastori, guide spirituali, e non sono venerati i santi e la Madonna.
Il movimento riformatore di Lutero ebbe sostenitori anche nei cavalieri tedeschi, piccoli proprietari che volevano impadronirsi delle terre della Chiesa; i principi tedeschi però soffocarono tale rivolta. Anche i contadini, guidati dal predicatore Thomas Muntzer, chiedevano riforme sociali ed economiche. Le rivolte scoppiarono nel 1524 ma Lutero, pur condividendo le aspirazioni, condannò la rivolta. Nel 1525 i principi tedeschi soffocarono la rivolta.
Nel 1529, durante la Dieta di Spira, l imperatore Carlo V mise al bando la riforma e le idee di Lutero; molti principi tedeschi si opposero e presero il nome di Protestanti. Nel 1530 i seguaci di Lutero presentarono, durante la Dieta di Augusta, le loro idee che Carlo V non accettò: scoppiò quindi una guerra di religione nel Sacro Romano Impero, conclusa nel 1555 con la pace di Augusta. Essa dava ai principi la libertà di scelta religiosa mentre i sudditi dovevano seguire la fede dei loro governanti.
Nello stesso periodo in Svizzera si diffusero le idee protestanti grazie a due predicatori: l umanista Huldrych Zwingli e il riformatore francese Giovanni Calvino. Quest ultimo sviluppò alle estreme conseguenze le idee di Lutero; egli sosteneva la teoria della predestinazione. Calvino organizzò la vita sociale a Ginevra in base alle nuova fede: proibì i divertimenti e controllò la vita sociale tra gli uomini.
Le idee di Calvino arrivarono in Inghilterra: qui nacquero comunità di puritani, che non venivano accettate dal re Enrico VIII, rimasto fedele al papa. Ma quando quest ultimo non accettò di annullare il suo matrimonio con Caterina d Aragona vista la mancanza di un erede maschio, il sovrano decise la separazione. Nel 1534 con l Atto di Supremazia nacque la Chiesa Anglicana, con a capo il re inglese e
Le idee di Lutero in Italia ebbero scarso seguito. La Chiesa di Roma e il papa capirono la necessità di un Concilio per affrontare i problemi emersi e trovare una conciliazione con i dissidenti. Fu così indetto nel 1545 da papa Paolo III il Concilio Ecumenico di Trento, città tra l Italia e la Germania, dove la rivolta era nata. Non si trovò però nessuna intesa con i rappresentanti protestanti: i lavori però continuarono.
Il Concilio di Trento elaborò così una vera e propria Controriforma; con la conclusione dei lavori nel 1563 fu ridefinito il pensiero della Chiesa cattolica. Da una parte si puntava alla lotta e alla repressione degli eretici, dall altro si doveva riconquistare la credibilità per il rinnovamento compiuto. Furono confermati i sette sacramenti, il celibato obbligatorio per il clero, l interpretazione delle scritture per gli ecclesiastici, la venerazione dei santi e della Madonna, il papa a capo della Chiesa.
Dopo il Congresso di Trento la Chiesa cattolica avviò una lotta contro le dottrine considerate sbagliate. Istituì la Congregazione del Santo Uffizio che dirigeva i Tribunali dell Inquisizione: essi ricercavano gli eretici, li obbligavano anche per mezzo di aspre torture. Potevano così anche essere condannati a morte.
Fu istituito Indice dei Libri Proibiti dove erano elencati i testi che diffondevano pensieri giudicati pericolosi. Gli autori erano perseguitati e condannati, come il filosofo Giordano Bruno (1548-1600) e lo scienziato Galileo Galilei (1564-1642).
La Chiesa istituì nuovi ordini religiosi e istituzioni assistenziali e di carità. Uno di questo era la Compagnia di Gesù fondata nel 1534 dallo spagnolo san Ignazio di Loyola (1491-1556) e organizzata rigidamente come un ordine militare, cieca obbedienza ai superiori e al pontefice. I gesuiti difendevano il potere del papa, la fede cattolica e fondarono scuole (seminari e collegi).
Grazie ai gesuiti la religione cattolica riguadagnò un po di terreno in Europa (Polonia) e si diffuse in Asia e in America, dove nacquero delle missioni. Altre congregazioni religiose furono fondate per impegnarsi per la carità e l assistenza: i Barnabiti, i Fatebenefratelli e i Camilliani.
In Europa, ormai divisa fra stati cattolici e stati protestanti, l intolleranza religiosa fece scoppiare guerre di religione. I principali conflitti si diffusero nei Paesi Bassi e in Francia; in quest ultima realtà lo scontro era tra i ugonotti, ricchi protestanti calvinisti, e i cattolici. Lo scontro andò dal 1562 al 1598 e coinvolse la stessa corona francese.
Una delle stragi più sanguinose fu quella accaduta la notte di San Bartolomeo (23-24 agosto 1572): tremila ugonotti vennero uccisi dai cattolici. Il re di Francia Enrico IV emanò nel 1598 l editto di Nantes che riconosceva la libertà di religione su tutto il territorio francese.