Guida a PubMed a cura di Renato Fianco, Elena Scanferla, Rossella Targa, Biblioteca Meneghetti, Università di Verona Introduzione Che cos è un database? Una base di dati o database o DB è una collezione organizzata di dati, utilizzati per rappresentare le informazioni. Il Record è insieme di campi. Il Campo è un singolo dato, di tipo specifico, all'interno di un record. Record Campi Che cos è PubMed? E una banca dati con accesso gratuito da qualsiasi PC. Più precisamente è un insieme di varie banche dati (MEDLINE, OLDMEDLINE) e contiene records In Process 1 e Publisher Supplied 2. Viene aggiornata ogni giorno. Medline è la banca dati bibliografica della US National Library of Medicine e copre le seguenti aree: medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria, sistema sanitario e scienze precliniche. Contiene più di 20 milioni di record bibliografici a partire dal 1966, per la gran parte in lingua inglese, tratti da circa 5000 periodici biomedici. OLDMEDLINE contiene citazioni dal 1950 al 1965, senza termini indicizzatori (MeSH) e senza abstracts. 1 In Process: records: records non ancora indicizzati e quindi non reperibili utilizzando i termini MESH. 2 Publisher Supplied: records inviati direttamente dagli Editori, non ancora indicizzati e quindi non reperibili utilizzando i termini MESH.
Come collegarsi a PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi oppure www.pubmed.gov oppure dal sito della Biblioteca Meneghetti meneghetti.univr.it, Banche dati, PubMed Come impostare la ricerca Per impostare correttamente la ricerca consigliamo di utilizzare il Thesaurus MeSH, un vocabolario controllato che dà la possibilità di fare ricerche selettive e mirate e, quindi, di ridurre il numero di voci bibliografiche poco significative per la ricerca. Inserendo solo parole libere si rischia di ottenere un numero eccessivo di risultati non pertinenti, in quanto i termini inseriti possono essere presenti in qualsiasi campo del record (autore, indirizzo, abstract, titolo della rivista), ma non tra le parole chiave (termini MeSH) dell articolo. Attraverso l esempio di ricerca seguente, questa premessa risulterà più chiara.
Strategia di ricerca di base Scrivi una frase che esprima la tua ricerca, ad esempio: Cerco articoli che parlino del sangue dal naso in rapporto all ipertensione : Dividi il soggetto in concetti essenziali (es: sangue dal naso, ipertensione) Traducili in inglese: epistaxis, hypertension Cerca i termini o i descrittori (MeSH headings) che rappresentano i concetti utilizzando MeSH Database (menù a destra) Combina i concetti con gli operatori booleani AND, OR e NOT. Operatori Booleani Gli operatori booleani sono AND, OR e NOT. Nella ricerca vanno digitati a lettere maiuscole Vanno usati per combinare più concetti o descrittori tra loro correlati OR esegue la somma logica di due o più descrittori (es.: estrogens OR progestional hormones) Combinando due descrittori con OR si reperiscono articoli che contengono o l'uno o l'altro o ambedue i termini: di conseguenza si otterrà un maggior numero di risultati estrogens OR progestional hormones AND Esegue il prodotto logico di due o più descrittori (es.: estrogens AND progestional hormones) Combinando due o più descrittori con AND si otterranno articoli che contengono contemporaneamente i termini correlati si produrranno quindi meno articoli rispetto alla precedente impostazione estrogens AND progestional hormones
NOT Esclude i descrittori non pertinenti ai fini della ricerca (es.: estrogens NOT progestional hormones) Si reperiscono articoli che contengono solo il primo descrittore, escludendo il secondo. estrogens NOT progestional hormones PubMed esegue la ricerca partendo dal primo termine a sinistra. Se si vuole cambiare l ordine con cui Pubmed esegue la ricerca, si dovranno utilizzare le parentesi. Ad esempio, se scrivo common cold AND (vitamin C OR zinc), la ricerca verrà fatta prima sui termini tra parentesi e successivamente sugli altri. RICERCA CON PAROLE LIBERE Troncamento Si usa l asterisco * per sostituire zero o più caratteri (ad esempio, risk* produrrà risk, risks, risk-taking, ecc.) L uso del termine infection* non produrrà infection control perché è presente uno spazio dopo il termine infection Ricerca di frasi La ricerca con le frasi trova automaticamente le frasi da una lista preordinata (ad esempio, Poison ivy) per essere certi che i termini introdotti vengano riconosciuti come frase, bisogna racchiuderli tra virgolette " " ( ad esempio evidence based) Attenzione: l'uso delle frasi o delle parole libere può dare risultati non sempre corretti, perché il sistema esegue la ricerca sul testo cercando le parole casualmente. Per impostare correttamente la ricerca consigliamo di utilizzare il MeSH Database che, essendo un vocabolario controllato, permette di aumentare la precisione della ricerca.
MeSH Database Ogni citazione nella sezione MEDLINE della banca dati PubMed è indicizzata con il Medical Subject Headings (o MeSH ). Il MeSH Database permette di cercare articoli tramite i termini indicizzati in MeSH. Nota: la ricerca tramite i termini MeSH non troverà i record seguenti (quelli più recenti): [PubMed as supplied by publisher] [PubMed in process] Ad esempio, vogliamo effettuare la seguente ricerca: Cerco articoli che parlino degli effetti negativi dell uso dei sedativi in ambito psichiatrico Le parole chiave saranno: sedatives, negative effects, psychiatry Cliccare sul link MeSH Database a destra della Home page, sotto a More Resources e digitare il termine che si vuole cercare nella stringa di ricerca Se il termine adoperato non è un termine MeSH, PubMed mostrerà un elenco dei termini simili. Ad esempio: Uso il termine Sedatives, ma, poiché non è un termine MeSH, il programma mi mostrerà i termini simili, accettati dal vocabolario MeSH: Cliccare sul termine più rilevante per la ricerca, in questo caso Hypnotics and Sedatives. Si apre la pagina che mi mostra, oltre alla definizione del termine, i subheading (cioè i vari aspetti relativi a quel concetto), i sinonimi (Entry Terms) e la struttura ad albero che presenta i concetti secondo una struttura gerarchica.
Definizione Sinonimi Subheadings Struttura ad albero Per selezionare i subheadings, devo cliccare sul box a sinistra dei termini (ad esempio: adverse effects, poisoning e toxicity) E possibile cliccare su Restrict Search to Major Topic (per limitare la ricerca all argomento principale) e/o su Do Not Explode this term per allargare la ricerca ai termini gerarchicamente inferiori al termine selezionato. Seleziono il termine da ricercare, ad esempio Hypnotics and Sedatives e i subhedings (in questo caso, adverse effects, poisoning e toxicity) e poi clicco su Search Box with AND
PubMed mostra la strategia di ricerca utilizzata. Notare che PubMed automaticamente utilizza OR per combinare heading e subheading. Per vedere I risultati della ricerca, cliccare sul pulsante Search PubMed. Devo ora cercare il secondo concetto psychiatry per la mia ricerca.
Utilizzo sempre il MeSH Data Base, e inserisco il termine psychiatry Seleziono, spuntando il quadratino a sinistra del termine, e scelgo Search box with AND dal menu a tendina. In questo caso non clicco sul termine per vedere la pagina relativa ai subheading, Entry terms e struttura ad albero e seleziono direttamente la voce.
Poi clicco su Search PubMed per avviare la ricerca: Ottengo l elenco dei risultati per questo termine: Devo ora metter insieme, utilizzando l operatore AND, i termini della mia ricerca. In questo caso sono solo due, ma in ricerche più complesse potrebbero essere molti di più. Per trovare l elenco delle ricerche che ho effettuato, clicco su Advanced Search, in alto a destra, dove rimarranno memorizzate per 8 ore tutte le mie ricerche (in questo caso indicate con #6 e #8).
Per combinare i 2 concetti, mi posiziono sul numero di uno dei 2 termini della ricerca con il puntatore sinistro del mouse: quando appare una manina, clicco e si apre un menu a tendina, nel quale seleziono la prima volta indifferentemente AND, OR oppure NOT. Faccio la stessa operazione per il secondo termine, ma questa volta seleziono l operatore corretto (AND) e premo Preview se voglio sapere prima il numero di risultati per questa ricerca.
In Advanced Search è possibile combinare i termini di ricerca con AND, OR, NOT Cliccando su Search, ottengo i risultati complessivi della mia ricerca:
LIMITS Lo strumento "Limits" (Filtri) permette di limitare la ricerca a determinati campi. E possibile limitare la ricerca per: Data di pubblicazione tipo di pubblicazione studi sull uomo o sull animale settori particolari (susbset), ad esempio: AIDS, Storia della Medicina, Riviste per infermieri, ecc.) tipi di testo (full text, pubblicazioni con abstracts) lingua genere età ricerca su singoli campi Per ridurre i risultati della mia ricerca, utilizzando limits, posso selezionare uno o più limiti. Ad esempio: voglio limitare la ricerca alle pubblicazioni relative al 2009 e solo per l età Adulta. Seleziono Dates (dal 2009 al 2009) e Ages (All adult) e clicco Search Ottengo, in questo caso, un solo riferimento bibliografico:
In ogni momento è possibile cambiare o rimuovere i limiti della ricerca, cliccando rispettivamente su Change o Remove
Gestione e stampa dei risultati Per visualizzare i risultati delle ricerche, basta cliccare sul Numero a destra (Result) di ogni ricerca in Advanced Search. I risultati delle ricerche sono visualizzati in ordine cronologico inverso (dal più recente al meno recente). Cliccando su Display setting, posso selezionare le modalità di visualizzazione: Format Il formato di default è Summary (titolo dell articolo, Autori, Rivista, Anno, Volume, Fascicolo, Pagine), il formato Abstract presenta anche l abstract e i MeSH terms, il formato Abstract (text) è utile per la stampa, il formato MEDLINE mostra il record con la suddivisione nei vari campi. Items per page Serve per selezionare quanti risultati si vogliono vedere per pagina. Sort by E possibile riordinare i dati secondo vari criteri (Recently added, Pub Date, ecc). Una volta effettuata la ricerca, posso gestire i risultati in diversi modi: - stamparli direttamente (scegliendo il formato Abstract Text) - salvarli su file, scegliendo il formato e l ordine di visualizzazione - salvarli sulla Clipboard (memoria temporanea) e continuare a fare altre ricerche - inviare i risultati per e-mail - salvarli nelle mie Collections, insieme alle mie strategie di ricerca (vedi oltre il capitolo NCBI)
Salvare una strategia di ricerca ed i risultati (My NCBI) A volte può essere utile memorizzare una strategia di ricerca che ha dato ottimi risultati per poterla richiamare a distanza di tempo e tenersi quindi aggiornati su un argomento di nostro interesse. Dal menu a destra, cliccare su MyNCBI La registrazione (gratuita) è molto rapida: si deve solo inserire username e password e seguire le istruzioni. Per poter usare il servizio il browser deve poter accettare i cookies. Una volta registrati è possibile salvare la propria strategia di ricerca in modo permanente.
Ad esempio, per salvare la strategia di ricerca che abbiamo utilizzato nel nostro esempio, dalla pagina di Advanced Search (Search History), mi posiziono sul numero relativo alla mia ricerca con il pulsante sinistro del mouse e, dal menu che si apre, seleziono Save search in My NCBI Dopo aver immesso login e pw, apparirà la schermata con i dati della ricerca, alla quale si potrà assegnare un nome a scelta (in questo caso: Psichiatria e sedativi)e si dovrà cliccare su Save per effettuare il salvataggio.
Posso decidere di ricevere o meno eventuali aggiornamenti relativi alla mia strategia di ricerca. Gli aggiornamenti saranno inviati all indirizzo di posta elettronica indicato in fase di registrazione, secondo la frequenza scelta nel momento del salvataggio. Se decido di riceverli per e-mail, posso scegliere se riceverli una volta al mese (in quale giorno), una volta alla settimana (in quale giorno), in quale formato e quanti articoli al massimo desidero ricevere. In My NCBI, resteranno memorizzate tutte le strategie di ricerca e potrò sempre rivederle o decidere, qualora avessi scelto di non ricevere gli aggiornamenti in modo regolare, di vedere i risultati pubblicati successivamente alla data in cui avevo effettuato la ricerca., Ad esempio selezionando, dall elenco delle ricerche effettuate, una ricerca salvata precedentemente e cliccando su Show what s new, ottengo gli ultimi riferimenti relativi a quella ricerca, che sono stati pubblicati dopo la data in cui ho effettuato la ricerca.
In My NCBI, posso anche memorizzare i risultati delle mie ricerche per un tempo indefinito. Dalla pagina con l elenco degli articoli della mia ricerca, clicco su Send to e, dal menu a tendina, seleziono Collections e poi Add to Collections. In questo modo potrò mantenere in My NCBI l elenco degli articoli che mi interessano. Potrò anche scegliere di creare una nuova Collection o di aggiungere i risultati ad una Collection già esistente
Journals in NCBI Databases Utilizzando Journals in NCBI Databases è possibile avere informazioni dettagliate sulle riviste presenti in Pubmed.Si può effettuare la ricerca di una singola rivista attraverso: titolo della rivista titolo abbreviato International Standard Serial Numbers (pissns e eissns) soggetto Per accedere a Journals, cliccare su Journals in NCBI Databases dal menu a destra (sotto More Resources) Inserire il termine Si può selezionare il titolo dall elenco che appare automaticamente
Cliccare PubMed per reperire le citazioni relative alla rivista che ci interessa. Cliccare su Single Citation Matcher per inserire altri dati che consentano di reperire citazioni specifiche relative alla rivista in Pubmed. Utilizzando Journals e successivamente Single Citation Matcher è possibile, ad esempio, ottenere l elenco degli articoli di una rivista usciti in un determinato anno: Inserisco in Journals il titolo della Rivista e clicco su Single Citation Matcher Nella nuova schermata, inserisco l anno che mi interessa:
E ottengo l elenco di tutti gli articoli pubblicati sulla rivista in quell anno.
Clinical Queries Clinical queries è una risorsa che consente di reperire: Studi clinici Revisioni sistematiche Ricerche di Medicina genetica Selezionare il link "Clinical Queries" al centro della Home page, sotto PubMed Tools oppure attraverso Advanced Search, sotto More resources. Inserire i dati per la ricerca, cliccare su Search e selezionare la categoria (therapy, diagnosis, etiology, prognosis, clinical prediction guides). Selezionare Scope, per restringere (narrow) o ampliare (broad) la strategia di Ricerca ed, eventualmente Topic relativo ad aspetti specifici della Medicina Genetica.. Per le stesura di questo documento sono state utilizzate: la Guida di Pubmed 2010 (NLM Training: PubMed) ed i tutorial di PubMed (http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html), Aggiornato a Gennaio 2011.