Strutture secondarie (b)
Foglietto β Nello stesso anno (1951) in cui proposero l α α elica, Pauling e Corey postularono anche l esistenza di un altra struttura secondaria: il foglietto β (β-sheet). Dopo l α elica, la conformazione più ricorrente adottata dalla catena polipeptidica delle proteine è il foglietto β: circa il 20-28 % degli aminoacidi nelle proteine globulari conosciute ricorre in questa conformazione. Gli angoli diedri (φ, ψ) della catena polipeptidica in conformazione foglietto β cadono nella zona permessa dl del plot tdi Ramachandran (quadrante in alto a sinistra).
Filamento β L unità costituente i foglietti β èilfilamento β (βstrand), lungo in media da 5 a 10 aminoacidi, con la catena polipeptidica p p quasi completamente estesa. I foglietti β nelle proteine globulari sono costituiti da 2 a 15 filamenti β abbinati lateralmente, con un valor medio di 6. Il filamento β si può considerare un tipo speciale di elica, con n = 2 residui per giro e una traslazione d = 3.4 Å per aminoacido. I filamenti β sono allineati uno vicino all altro, in modo tale che si possano formare legami idrogeno tra i gruppi CO di un filamento eigruppi NH del filamento β adiacente e viceversa.
Foglietto β I foglietti β formati da un certo numero di filamenti β sono pieghettati (pleated), con gli atomi C α degli aminoacidi adiacenti alternativamente leggermente sopra e sotto il piano del foglietto β, dando al foglietto β l apparenza di un foglietto pieghettato. Le catene laterali degli aminoacidi che compongono il foglietto β seguono lo stesso andamento, per cui puntano alternativamente sopra e sotto il foglietto β. Spesso un foglietto β può presentare tutte le catene laterali polari su una faccia e tutte le catene laterali non polari sull altra (ideale per costruire la superficie delle proteine).
Foglietto β I foglietti β differiscono dalle α eliche: -la catena polipeptidica del foglietto β è quasi completamente estesa piuttosto che essere avvolta aspirale; -le interazioni (legami idrogeno e interazioni di van der Waals) sono fra aminoacidi appartenenti a filamenti β differenti, anche distanti in sequenza, mentre nelle α eliche le interazioni si hanno esclusivamente fra aminoacidi idi vicini iii in sequenza;
..\ANIMATED_Lessons_V&V\8-1c_H-BondingInB-Sheeets-b3\HBondingBSheets.htm Foglietto β (v (v. Animated_Lesson 8_1c) I filamenti β possono interagire fra loro a formare i foglietti β in due modi diversi: - gli aminoacidi nei filamenti β adiacenti hanno direzioni alternate (N-term C-term seguito da C-term N-term seguito da N-term C-term, ) esi parla di foglietto β antiparallelo; -gli aminoacidi nei filamenti β allineati vanno tutti nella stessa direzione (sempre N-term C-term) esi parla di foglietto β parallelo.
Foglietto β antiparallelo Angoli diedri (φ, ψ) = (-139 139, 135 ) ). Coppie di legami idrogeno poco spaziate si alternano a coppie largamente spaziate. Tali legami idrogeno sono paralleli fra loro e perpendicolari alla direzione dei filamenti β. Idipoli associati alle unità peptidiche costituenti un filamento β si annullano.
Foglietto β parallelo Angoli diedri (φ, ψ) = (-119 119, 113 ) ). Coppie di legami idrogeno uniformemente spaziati, non sono paralleli fra loro né perpendicolari alla direzione dei filamenti β. I dipoli associati alle unità peptidiche costituenti un filamento β si annullano. I foglietti β paralleli sono meno frequenti di quelli antiparalleli.
Foglietto β misto I filamenti β si possono anche combinare aformare un foglietto β misto, con alcune coppie di filamenti antiparalleli ed altre paralleli. I foglietti β misti sono meno frequenti dei foglietti β antiparalleli e paralleli.
Kinemage beta-structure large Foglietto β Tutti i foglietti β osservati (paralleli, antiparalleli e misti) presentano una torsione (twist) destrorsa (fino a30 ) di ciascun filamento β che li compone. Tale particolare geometria osservata nei foglietti β sarebbe il risultato di un compromesso tra l ottimizzazione dell energia conformazionale delle catene polipeptidiche costituenti i filamenti β e il mantenimento della geometria dei legami idrogeno.
Kinemage E03/3 Foglietto β Talvolta i foglietti β presentano delle irregolarità, dette β-bulge (protuberanza). Un β-bulge è la zona compresa fra due legami idrogeno consecutivi fra due filamenti β e comprende due aminoacidi appartenenti ad un filamento β, opposti ad un solo aminoacido appartenente al filamento β adiacente. La presenza del β-bulge accentua a livello locale la torsione del foglietto β. Il ruolo del β-bulge è quello di compensare leffetto l effetto dell inserzione/delezione di un aminoacido senza provocare la distruzione della struttura β. Il β-bulge g si osserva principalmente p nei foglietti β antiparalleli, mentre solo nel 5%dei casi in quelli paralleli.
Reverse turn Le proteine globulari hanno una forma compatta, dovuta a numerose inversioni della direzione della catena polipeptidica che le compone. Molte di queste inversioni sono dovute alla presenza di un comune elemento strutturale, chiamato reverse turn. Gli aminoacidi coinvolti nella formazione dei reverse turn si trovano generalmente sulla superficie delle proteine e hanno natura polare e/o carica. Esistono vari tipi di reverse turn, a seconda del numero di aminoacidi che li costituiscono e degli elementi di struttura secondaria che collegano: β-turn γ-turn Ω-loop
Reverse turn β-turn E il tipo di turn più comune per collegare due filamenti β antiparalleli adiacenti. In questo caso sono due gli aminoacidi non coinvolti nei legami idrogenotraifilamentiβ. β Ogni β-turn è caratterizzato da un legame idrogeno fra il gruppo CO dell aminoacido 1 e il gruppo NH dell aminoacido 4, anche se spesso si osservano deviazioni (fino a 30 ) da questa conformazione ideale che impediscono la formazione di questo legame idrogeno. Spesso in posizione 1 si trovano gli aminoacidi Asn, Asp, Ser e Cys, le cui catene laterali possono formare legami idrogeno con il gruppo NH dell aminoacido id in posizione ii 3. Esistono 3 tipi di β-turn: tipo I, tipo II e tipo III.
β-turn Tipo I Angoli diedri (φ, ψ) 2 = (-60, -30 ) Angoli diedri (φ, ψ) 3 = (-90, 0 ) 3 4 I β-turn di tipo I si possono considerare un breve tratto distorto di elica 3 10. Nei β-turn di tipo I l aminoacido in posizione 2 spesso è Pro, poiché facilmente può assumere la conformazione voluta. Essi sono circa 2-3 volte più frequenti di quelli di tipo II. 2 1
Kinemages: Bchl_prot / Porin β-turn 4 Tipo II Angoli diedri (φ, ψ) 2 = (-60, 120 ) Angoli diedri (φ, ψ) 3 = (90, 0 ) 3 I β-turnditipoiidifferisconoda quelli di tipo I per un flip di 180 dell unità peptidica che collega gli 2 aminoacidi in posizione 2 e 3. 1 Nei β-turnditipoiil aminoacido in posizione 2 spesso è Pro, poiché facilmente può assumere la conformazione voluta, mentre l aminoacido in posizione 3 spesso è una Gly, per evitare che l atomo di carbonio della catena laterale sia troppo vicino all atomo atomo di ossigeno dell aminoacido in posizione 2.
Kinemage E03/4 β-turn meno frequenti Tipo III Angoli diedri (φ, ψ) 2 = (-60, -30 ) Angoli diedri (φ, ψ) 3 = (-60, -30 ) I β-turn di tipo III sono costituiti da un breve tratto di catena polipeptidica che assume la conformazione dell elica 3 10. Tipo I, tipo II, tipo III Esistono anche le varianti I, I, II e III, che costituiscono l immagine speculare della catena polipeptidica principale (ma non delle catene laterali!) rispettivamente dei β-turn di tipo I, II e III.
β-turn
Reverse turn (raro) γ-turn Si osserva quando solo un aminoacido non è coinvolto nei legami idrogeno caratteristici del foglietto β. E caratterizzato da un legame idrogeno fra il gruppo CO dell aminoacido i e il gruppo NH dell aminoacido i+2. Questo tipo di turn, piuttosto stretto, richiede una geometria poco favorevole per il legame idrogeno e inusuali valori degli angoli diedri per l aminoacido i+1 (φ = 70, ψ = -60 ).
Reverse turn Ω-loop Quasi tutte le proteine globulari con un numero di aminoacidi superiore a 60 contengono uno o più loop lunghi da 6 a 16 aminoacidi, le cui estremità distano meno di 10 Å. Tali loop sono chiamati Ω-loop, perché hanno la forma della lettera greca omega maiuscola. Gli Ω-loop hanno una forma compatta e non disordinata poiché le catene laterali degli aminoacidi che li compongono tendono a riempire le loro cavità interne, rendendoli piuttosto stabili. Gli Ω-loop sono spesso localizzati sulla superficie delle proteine e possono avere un importante ruolo nel riconoscimento intermolecolare.
Random coil (o loop) Le regioni della catena polipeptidica che non assumono alcun tipo di struttura secondaria (α-elica, struttura β, reverse turn) vengono chiamate random coil (o loop). Essi hanno una struttura tt irregolare nel senso che le coppie (φ, ψ) ) degli aminoacidi che li compongono assumono valori tra i più svariati e non costanti. I random coil sono generalmente flessibili e possono adottare diverse conformazioni: per questo motivo molto spesso sono difficili da rilevare sperimentalmente. Per esempio: estremità N- e C-terminali, zone particolarmente ricche di aminoacidi carichi (Lys in particolare).
Random coil (o loop) I random coil (come i reverse turn) oltre ad avere la funzione di collegare elementi di struttura secondaria, possono anche partecipare alla formazione di siti di legame e di siti attivi negli enzimi, per cui sono disordinati in assenza della molecola specifica e ordinati in presenza della molecola che legano. Kinemages: Bchl_prot / Porin
Le proteine fibrose
Macromolecole Biologiche Kinemage E04/1-2 Coiled-coil α elica L α α elica coiled-coil è un motivo strutturale costituito da 2 o 3 α eliche, che si attorcigliano a formare una superelica sinistrorsa. Il motivo base dell α elica coiled-coil è la ripetizione di un eptapeptide (a-g), in cui spesso le posizioni a e d sono occupate da aminoacidi idrofobici, attraverso i quali le α eliche interagiscono. f b c e g d a a' d' g' e' c' b' f' Un certo numero di proteine fibrose ha questa caratteristica ti e usa i coiled-coil per formare oligomeri (soprattutto dimeri e trimeri): miosina, fibrinogeno, distrofina, cheratina, proteine neurofilamentose.
Coiled-coil α elica: cheratina La cheratina è una proteina meccanicamente resistente e chimicamente non reattiva. E la principale componente dello strato di epidermide più esterno, dei capelli, delle corna, delle unghie e delle piume. α cheratina (mammiferi) i) β cheratina (uccelli e rettili) Il capello (circa 20 μm di diametro), costituito principalmente di α cheratina, consiste di una gerarchia di strutture: Å - microfibrille (80 Å diametro) - macrofibrille (2000 Å diametro)
Coiled-coil α elica: cheratina Ogni molecola di α cheratina è costituita da 310 aminoacidi che formano la superelica coiled-coil, con entrambe le estremità N- e C-terminali globulari. Le supereliche si assemblano a formare il protofilamento (30 Å di diametro), costituito da 2 file antiparallele di supereliche allineate in modalità testacoda. Due protofilamenti formano la protofibrilla e 4 di esse formano la microfibrilla. L α cheratina è ricca di cisteine, iti che formano ponti disolfuro che collegano catene polipeptidiche adiacenti, rendendola insolubile e resistente all allungamento.
Coiled-coil α elica: actina emiosina Kinemage Leu_Zipper La molecola di miosina è un dimero costituito da due catene pesanti (MW 230 kda) e quattro catene leggere (MW 20 kda) e forma una coda lunga 1400 Å e due teste. Frammenti di miosina, costituiti da due catene leggere e la parte N-terminale di una delle catene pesanti, si possono separare e costituiscono il sottoframmento S1.
Fibroina della seta L analisi della sequenza delle fibrine della seta ha mostrato la presenza di un motivo comune: domini variabili alle estremità N- e C-terminali, affiancati da ampie regioni (fino a 800 aminoacidi) caratterizzate dalla ripetizione del motivo (-Gly-Ser-Gly-Ala-Gly-Ala) n. Questi tratti ripetitivi di catena polipeptidica formano foglietti β,in cui gli aminoacidi Gly si trovano su un lato del foglietto β e Ala/Ser sull altro lato.
Fibroina i dll della seta I foglietti β si impilano uno sull altro, in modo tale che le superfici con gli aminoacidi Gly siano in contatto le une con le altre, alternate a superfici con Ala/Ser, anch esse in contatto. In questo modo la distanza fra i foglietti β è alternativamente pari a 3.5 Å e a 5.7 Å. Lo stretto impaccamento dif dei foglietti i β non permette la presenza di aminoacidi diversi da Gly, Ala o Ser. La presenza di altri aminoacidi (Tyr, Val, Gln, Arg e Asp) distorce e rende disordinato questo impaccamento (zone non ordinate).
La struttura supersecondaria
La struttura supersecondaria Struttura primaria PRPLVALLDGRDETVEMPILKDVATVAFCDAQSTQEIHE Struttura secondaria Struttura supersecondaria
La struttura supersecondaria Elementi di struttura secondaria si combinano a costituire aggregati locali con geometria specifica, che definiscono la struttura supersecondaria (o motivi). Alcuni di questi motivi si possono associare ad una particolare funzione, come ad esempio il legame del DNA, mentre altri non hanno una funzione biologica specifica, ma sono semplicemente parte di organizzazioni strutturali più ampie e complesse. I principali motivi individuati nelle proteine sono: - motivi α - motivi β - motivi α/β
Motivi α Nonostante siano le strutture secondarie più frequenti nelle proteine, le α eliche isolate non sono stabili in soluzione. Nelle strutture terziarie delle proteine le α eliche si impaccano in modo adiacente una all altra attraverso interazioni tra le catene laterali idrofobiche. Iprincipalimotivi α sono: - α-loop-α - EF hand
Motivi α: α-loop-α Il motivo α più semplice consiste di 2 α eliche antiparallele collegate da una regione di loop, chiamato α hairpin. i La più breve connessione fra 2 α eliche coinvolge 2aminoacidi, di cui il secondo è sempre Gly, orientati perpendicolarmente agli assi delle eliche. Le eliche risultano cosi antparallele, e sono stabilizzate dall interazione dei loro macrodipoli. N C
Motivi α: α-loop-α Un particolare motivo α-loop-α è caratteristico di alcune proteine che riconoscono e legano specifiche zone di DNA. (noto anche come motivo HTH) In particolare, una di queste 2 eliche si va ad inserire nel solco maggiore del DNA, e riconosce le basi nucleotidiche, mentre l altra interagisce con i gruppi fosfato dello scheletro desossiribosio-fosfato. Kinemage... Exercises/E19
Motivi α: EF hand Il secondo motivo α è specifico per il legame del calcio ed è presente in proteine che legano il calcio quali parvalbumina, calmodulina e troponina C, che regolano l attività cellulare. Questo particolare motivo, trovato per la prima volta nella parvalbumina, viene chiamato EF hand. Il loop fra le 2 eliche lega lo ione Ca 2+ Kinemage Cam
Motivi α: EF hand Gli aminoacidi che costituiscono il loop devono avere particolari caratteristiche per formare questo motivo α: - i primi 5 aminoacidi legano il calcio e le loro catene laterali devono possedere cariche negative (Asp e Glu); - il sesto aminoacido deve essere Gly; - un certo numero di aminoacidi devono essere idrofobici per formare una piccola zona idrofobica fra le 2 α eliche.
Motivi β: β-hairpin Il motivo β più semplice è quello costituito da 2 filamenti β antiparalleli adiacenti collegati da un tratto di loop. Questo motivo, chiamato β-hairpin o unità β β, β ricorremoltofrequentemente nelle strutture β antiparallele, come motivo isolato o come parte di un foglietto β più complesso. La lunghezza del tratto di loop tra i filamenti β èvariabile, ma di solito è costituito da 2-5 aminoacidi (v. reverse-turns, come elementi di struttura secondaria). A questo motivo β non è associata nessunana funzione specifica.
Motivi α/β: Cross over connection Alla base dei motivi α/β sta il modo in cui 2 filamenti β paralleli vengono collegati. Due filamentii β paralleli li adiacenti i di solito sono connessi daun α elica, che collega l estremità C-terminale del primo filamento β con l estremità N- terminale del secondo filamento β, in modo tale che l asse dell elica sia parallelo ai filamenti β. Questo motivo β-α-β β viene chiamato cross-overover connection.
Motivi α/β: Cross over connection La cross over connection consiste di di due filamenti β paralleli, un α elica e due loop (che possono variare notevolmente in lunghezza). L α elica si impacca con i 2 filamenti β, riparando dal solvente gli aminoacidi idrofobici dei filamenti β. La cross over connection può essere considerata come un largo giro di superelica, a partire dal primo filamento β, attraverso la connessione, fino al secondo filamento β. La cross over connection può essere di tipo destrorso (a) o sinistrorso (b). Quasi tutte le proteine presentano una cross over connection destrorsa.
Kinemage... Richardson/Protour1.kin (kins 2,3) Motivi α/β: Cross over connection Di solito le proteine presentano cross-over connection di tipo destrorso, in Di solito le proteine presentano cross over connection di tipo destrorso, in modo tale da meglio adattarsi al twist destrorso tipico dei foglietti β. (oppure: il twist destrorso dei foglietti β favorisce la formazione delle crossover connection destrorse)