Corso: Banche dati e sistemi per l informazione e la valutazione della ricerca (6-7 aprile 2016) La revisione dopo pubblicazione

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1 Corso: Banche dati e sistemi per l informazione e la valutazione della ricerca () La revisione dopo pubblicazione Gaetana Cognetti cognetti.bib@ifo.it Corso: Banche dati e

2 Troppa informazione = nessuna informazione. Come selezionare? Si producono un gran numero di risorse informative Occore selezionare le risorse migliori tra tutte quelle disponibili Corso: Banche dati e

3 Milioni di nuovi articoli ogni anno. Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

4 Classical peer review: an empty gun? La revisione tra pari prima della pubblicazione è secondo Richard Smith (BMJ): ineffective, slow, expensive, biased, inefficient, anti-innovator, and easely abused lottery....post publication peer review get to work the better Smith Breast Cancer Research 2010, 12(Suppl 4):S13 Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

5 Corso: Banche dati e

6 Tre riviste BMJ post publication peer reviewed BMJ offre tre riviste EBM tramite Bibliosan Evidence Based Medicine Evidence Based Nursing Evidence Based Mental Health Bmj produce anche la banca dati Clinical Evidence di rassegne sistematiche(circa 3300) ora disponiamo anche di questa base dati Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

9 Vengono analizzate 100 riviste e abstract ogni anni per identificare i più importanti e validi articoli Corso: Banche dati e

10 Vengono analizzate 100 riviste e più di abstract all anno per identificare gli articoli più validi e importanti Corso: Banche dati e

12 Faculty1000Prime Nasce nel 2002 con la collaborazione di 1000 (oggi 5000) membri di facoltà universitarie È una base dati contenente oltre documenti con raccomandazioni e commenti degli esperti I membri delle facoltà selezionano, votano e commentano gli articoli che ritengono più interessanti 2-3% della letteratura biomedica da riviste afferenti a 40 discipline E inserito nella valutazione Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

17 F1000 Faculty reports (now reviews) are comprehensive, topical reviews written by members of the prestigious F1000 Faculty. Top and authors are selected by F1000 Faculty Sec Heads, who ensure authoritative coverage of th latest advances in their areas. Corso: Banche dati e

20 Se uso sinonimi Breast Cancer ottengo più risultati Ricerca avanza Posso far uscire i record a partire dal punteggio più alto Simbolo per Hithly Accessed Corso: Banche dati e New finding

21 Le raccomandazioni. Sono brevi commenti effettuati dai revisori che evidenziano gli aspetti positivi e/o negativi degli articoli e assegnano un punteggio (stelle) Una stella: buono Due stelle: molto buono Tre stelle: eccezionali Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

22 Posso selezionare le faculties es: Oncology, Cancer biology in cui eseguire la ricerca Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

23 Ricerca avanzata Gli articoli sono classificati: Posso selezionare le faculties es: Oncology, Cancer biology in cui eseguire la ricerca o il tipo di articolo - changes clinical practice - good for teaching - novel drug target - controversial.. - confirmation -clinical trial RCT -clinical trial non RCT ecc. Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

24 Top 10 list in ogni faculty i10 articoli giudicati i migliori Corso: Banche dati e

25 Articoli più raccomandati negli ultimi 14 giorni Corso: Banche dati e

26 Hidden jewels: Gioielli nascosti Si tratta di articoli non pubblicati su riviste al top nelle varie aree ma che costituiscono importanti riferimenti per la ricerca clinica e sperimentale Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

27 Hidden Jewels: oncology Corso: Banche dati e

28 Si possono depositare i Poster Corso: Banche dati e

29 La licenza sui poster è del tipo Creative commons con ampia libertà di utilizzo da parte di altri ricercatori I poster possono essere raccomandati accanto agli articoli da Faculty In alcuni casi di distorsione da pubblicazione (publication bias) è molto importante pubblicare i poster che documentano esiti negativi di sperimentazioni Corso: Banche dati e

30 Faculty 1000 Che cosa ne pensate? E utile la selezione e la valutazione effettuata da ricercatori in ambito accademico? Possono esservi dei problemi o delle criticità? Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

31 PubMed diviene sociale PubMed Commons nasce nel 2013 ed è ancora allo stato di progetto Pilota E stato sviluppato dalla NLM col supporto di un gruppo reclutato da Robert Tibshirani della Stanford University Si tratta di una rete sociale (social network) per commentare gli articoli contenuti nella base dati (circa 22 milioni) Il sistema consente di commentare anche tuttli gli articoli contenuti in PubMed anche di riviste che non hanno attivato queste funzioni Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

32 I commenti sono importanti? Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

33 I commenti.. Permettono di ricevere molto rapidamente le valutazioni della comunità scientifica sulle ricerche. Quando si aggiorna un documento EBM è essenziale raccogliere i commenti (insieme con gli errata corrige e le retracted publication ) in quanto essi posso evidenziare errori e problemi nella conduzione di una sperimentazione clinica prima che queste valutazioni si depositino in articoli scientifici Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

34 Importanza di Pubmed Commons Attraverso la rete creata con PubMed Commons è possibile interagire con gli autori dei documenti invitandoli a rispondere ai commenti e a verificare i dati scientifici inseriti negli articoli. Si creano comunità di ricercatori interessati alle stesse problematiche che possono interagire e dialogare integrando anche i dati forniti dagli articoli Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

35 Il caso di Amanda Capes-Davis Presidente dell International Cell Line Authentication Committee (ICLAC) usa PubMed Commons per informare gli autori di pubblicazioni sulle problematiche della contaminazione delle cellule Per evitare che un grosso lavoro di ricerca sia reso inutile a causa di questo fenomeno Si evita di perpetuare gli errori commessi in alcuni studi attraverso la comunicazione degli stessi negli altri lavori scientifici Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

38 Commenti non anonimi Dichiarare conflitti di interesse No spam No discriminazioni No punti di vista politici di parte No plagi ecc. ecc. Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

39 / Chi commenta resta anonimo Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

40 about Anche i fondatori di PubPeer sono anonimi Corso: Banche dati e

42 In primo piano Corso: Banche dati e

43 Commenti anonimi o no? Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

44 Un problema controverso.. Those wanting anonymous posts were concerned that many scientists, especially junior researchers, would be reluctant to make critical comments. But those opposed to anonymous comments believed that the quality of interchange would be higher if commenters were required to identify themselves, he said, adding that the group was very much split on the decision. Mainstreamed/ Corso: Banche dati e

45 Pubmed Commons una rete sociale per i commenti Corso: Banche dati e

47 Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

48 Se PubMed ha il vostro indirizzo Siete invitati ad entrare in Commons. Dovete incollare il codice inviato rientrando nella pagina di PubMed Corso: Banche dati e

49 A questo punto potete attivare Commons Se non riconosce l dovete farvi invitare da un collega/autore in PubMed il codice di verificazione vi viene mandato via e dovete incollarlo qui Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

50 A questo punto potete attivare Commons Una volta incollato il codice di verificazione siete accettati nel sistema Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

51 Corso: Banche dati e Commons è stato attivato

52 Posso inserire un commento ad un articolo Posso invitare uno degli autori a commentare Corso: Banche dati e

53 Per poter commentare devo essere autore di pubblicazioni e devo registrarmi in My NCBI Corso: Banche dati e

54 Gaetana Corso: Banche dati e

55 Breast Cancer Corso: Banche dati e

56 Il sistema mi riconosce e posso commentare. Corso: Banche dati e

57 I commenti possono essere al massimo di caratteri ma link a documenti più ampi sono possibili Corso: Banche dati e

58 breast cancer AND has_user_comments[filter] Corso: Banche dati e

60 COGNETTI G[au] Tutti possono leggere i commenti ma solo gli autori registrati in My NCBI e in PUBMED COMMONS possono Scriverli Corso: Banche dati e

61 Non ho commenti attualmente ma posso richiedere al sistema di aggiornarmi nel caso li riceva. Come? Corso: Banche dati e

63 Additional Filter attivare Pubmed Commons. Per verificare i commenti Corso: Banche dati e

64 Corso: Banche dati e Lo stesso autore ha risposto ai commenti sistemi indicando informativi un link per con la maggiori informazioni sull argomento. I valutazione commenti non della possono ricerca - eccedere gli caratteri ma si possono inserire 6-7 link aprile a documenti 2016 e dati anche molto ampi...

65 Bezouska K: Il commento indica che il lavoro è stato ritirato in quanto troppo simile ad un altro lavoro (plagiarismo) ed indica il link ove si trova la relativa notizia Corso: Banche dati e

66 Si tratta dell ottava retrazione per l ultimo autore Corso: Banche dati e

68 Offre anche una selezione di recenti commenti Corso: Banche dati e

70 Classificazione dei documenti Gli articolo sono oggetto di commento e di classificazione: Changes clinical practice Good for teaching Novel drug target Controversial ecc. Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

72 breast (cancer* OR tumor OR tumour OR neoplas* OR carcinoma*) Molti più risultati usando i sinonimi molto meno se uso solo breast cancer Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

73 Le raccomandazioni. Sono brevi commenti effettuati dai revisori che evidenziano gli aspetti positivi e/o negativi degli articoli e assegnano un punteggio (stelle) Una stella: buono Due stelle: molto buono Tre stelle: eccellente Il punteggio totale è il risultato della somma dei diversi commenti Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

74 Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca - Il punteggio tota è dato dalla som delle raccomanda assegnate da tut i revisori, in ques caso: 4

75 Smart search Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

76 Do un nome alla mia smart search The transcriptional repressor Snail Il sistema mi consiglia degli articoli che io posso aggiungere Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

77 La smart search. Personalizza il mio profilo di ricerca e si autoalimenta con gli articoli che io segnalo di mio interesse Mi segnala liste di articoli di interesse sul profilo che io man mano indicherò come interessante per me aggiungendo articoli che ritengo utili Si ricevono articoli sempre più pertinenti in quanto la smartsearch impara dall interazione dell utente Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

78 Posso selezionare le faculties es: Oncology, Cancer biology in cui eseguire la ricerca Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

79 Gli articoli sono classificati: Posso selezionare le faculties es: Oncology, Cancer biology in cui eseguire la ricerca o il tipo di articolo - changes clinical practice - good for teaching - novel drug target - controversial.. - confirmation -clinical trial RCT -clinical trial non RCT ecc. Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

80 Articoli più raccomandati negli ultimi 14 giorni Corso: Banche dati e

81 Hidden jewels: Gioielli nascosti Si tratta di articoli non pubblicati su riviste al top nelle varie aree mediche ma che costituiscono importanti riferimenti per la ricerca clinica e sperimentale Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

82 Hidden Jewels: oncology Corso: Banche dati e

83 An Open Science journal: rapid, open, postpublication peer-reviewed research, with underlying datasets. TOTAL6317 Total Posters/Slides Corso: Banche dati e

84 Si possono depositare i Poster Corso: Banche dati e

85 La licenza sui poster è del tipo Creative commons con ampia libertà di utilizzo da parte di altri ricercatori I poster possono essere raccomandati accanto agli articoli da Faculty 1000 In alcuni casi di distorsione da pubblicazione (publication bias) è molto Importante pubblicare i poster che documentano esiti negativi di sperimentazioni Corso: Banche dati e

86 Faculty 1000 Che cosa ne pensate? E utile la selezione e la valutazione effettuata da ricercatori in ambito accademico? Possono esservi dei problemi o delle criticità? Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

87 PubMed diviene sociale PubMed Commons nasce nel 2013 ed allo stato di progetto Pilota E stato sviluppato dalla NLM col supporto di un gruppo reclutato da Robert Tibshirani della Stanford University Si tratta di una rete sociale (social network) per commentare gli articoli contenuti nella base dati (circa 22 milioni) Il sistema consente di commentare anche ad articoli di riviste che non hanno attivato queste funzioni Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

88 I commenti sono importanti? Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

89 I commenti.. Permettono di ricevere molto rapidamente le valutazioni della comunità scientifica sulle ricerche. Quando si aggiorna un documento EBM è essenziale raccogliere i commenti (insieme con gli errata corrige e le retracted publication ) in quanto essi posso evidenziare errori e problemi nella conduzione di una sperimentazione clinica prima che queste valutazioni si depositino in articoli scientifici Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

90 Importanza di Pubmed Commons Attraverso la rete creata con PubMed Commons è possibile interagire con gli autori dei documenti invitandoli a rispondere ai commenti e a verificare i dati scientifici inseriti negli articoli. Si creano comunità di ricercatori interessati alle stesse problematiche che possono interagire e dialogare integrando anche i dati forniti dagli articoli Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

91 Il caso di Amanda Capes-Davis Presidente dell International Cell Line Authentication Committee (ICLAC) usa PubMed Commons per informare gli autori di pubblicazioni sulle problematiche della contaminazione delle cellule Per evitare che un grosso lavoro di ricerca sia reso inutile a causa di questo fenomeno Si evita di perpetuare gli errori commessi in alcuni studi attraverso la comunicazione degli stessi negli altri lavori scientifici Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

94 Commenti non anonimi Dichiarare conflitti di interesse No spam No discriminazioni No punti di vista politici di parte No plagi ecc. ecc. Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

95 / Chi commenta resta anonimo Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

96 about Anche i fondatori di Pubpeer sono anonimi Corso: Banche dati e

98 In primo piano Corso: Banche dati e

99 Commenti anonimi o no? Corso: Banche dati e sistemi informativi per la valutazione della ricerca -

100 Un problema controverso.. Those wanting anonymous posts were concerned that many scientists, especially junior researchers, would be reluctant to make critical comments. But those opposed to anonymous comments believed that the quality of interchange would be higher if commenters were required to identify themselves, he said, adding that the group was very much split on the decision. Mainstreamed/ Corso: Banche dati e