POSIZIONE ATTUALE 2014 present Bioinformatico presso l'istituto di Ricerca Pediatrica Citta' della Speranza di Padova.

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1 CURRICULUM VITAE nome: cognome: Carlo ZANON data di nascita: 22 gennaio 1969 nazionalita': italiana stato civile: celibe Indirizzo: via G.B.Claudio 12, San Michele al Tagl.to (VE) Cell.: E mail: POSIZIONE ATTUALE 2014 present Bioinformatico presso l'istituto di Ricerca Pediatrica Citta' della Speranza di Padova. ESPERIENZE PROFESSIONALI Research Assistant, con supervisione sui servizi di sequenziamento del DNA (Sanger e NextGen sequencing) e dal gennaio 2013 Bioinformatico presso il Bio Informatic Group dell Istituto per la Ricerca sul Cancro IRCCS di Candiolo (TO) Marie Curie Fellow presso la DeCODE Genetics di Reykjavik (Islanda) (Cancer and Bioinformatics Divisions) Research Assistant nel Laboratorio di Genetica Molecolare presso il Centro di OncoGenomica e responsabile del servizio di sequenziamento DNA (Sanger) dell IRCC di Candiolo (TO) Contratto di Ricerca presso i dipartimenti di Genetica Umana e di Patologia del Policlinico dell'universita' di Leida (Paesi Bassi) Contratto di Ricerca presso il dipartimento di Genetica Molecolare del Netherlands Cancer Institute di Amsterdam (NKI Amsterdam, Paesi Bassi) Collaborazione in qualita' di consulente del Centro Carabinieri Investigazioni Scientifiche e l'istituto di Medicina Legale dell'universita' Cattolica di Roma Servizio militare e successiva ferma biennale svolti presso la Sezione di Biologia del Centro Carabinieri Investigazioni Scientifiche di Roma in qualita' di ufficiale addetto, e dal 1996 in qualita' di vice comandante della Sezione di Biologia. FORMAZIONE 1994 Laurea in Scienze Biologiche (votazione 110/110), Università degli Studi di Padova Stage presso il dipartimento di Zoologia dell'universita' di Leicester (Regno Unito) Internato presso il Dipartimento di Biologia dell'universita' di Padova nelle sezioni di Biologia Cellulare e di Genetica.

2 CORSI DI FORMAZIONE PROFESSIONALE E BORSE DI STUDIO Corsi pratici sul Next Gen Sequencing relative alla produzione ed alla successiva analisi dei dati prodotti da varie piattaforme (Roche 454, Complete Genomics ed Illumina) Corso pratico di Biologia Strutturale con particolare riferimento agli aspetti Bioinformatici Corso pratico di base sulla tecnologia dei Microarray Borsa di studio della "Banca del Friuli" finanziante lo stage presso il dipartimento di Zoologia dell'universita' di Leicester. LINGUE STRANIERE CONOSCIUTE Inglese fluente, sia parlato che scritto. ATTIVITA' SCIENTIFICA Implementazione di una piattaforma informatica e sviluppo di algoritmi originali per l analisi di dati di NextGen sequencing di genomi ed esomi tumorali Sviluppo di algoritmi per l annotazione funzionale e per il calcolo di Linkage Disequilibrium da dati di NextGen sequencing Sviluppo di tools bioinformatici per l analisi di interazioni geniche da dati di SNP chip ed analisi di CNV Caratterizzazione dei tumori umani mediante profilo mutazionale. Studio del ruolo dei polimorfismi genetici (SNPs) nella predisposizione al cancro e ricerca di metodiche per la validazone funzionale dei risultati Studio ed applicazione di modelli nell'analisi di linkage e associazione in pedigree Determinazione e studio dei pattern di ricombinazione meiotica ('hot spots' e 'cold spots') e loro effetti su: mappatura ed identificazione di geni in uomo e topo, analisi di linkage e di associazione in pedigree Studio del ruolo di nuovi geni su casi sporadici di tumore al seno e loro influenza sulla suscettibilita' ai tumori ereditari del seno Mappatura, identificazione e studio del primo gene coinvolto nella suscettibilita' al cancro (Scc1) sia in topo che in uomo Sviluppo di protocolli per l'analisi genetica a scopi forensi di materiale biologico repertato su substrati inusuali e/o esposto a condizioni ambientali estreme (cellule epidermiche su nastro adesivo, lamette e rasoi, passamontagna, reperti di urina, materiale osseo sottoposto a prolungata permanenza in acqua marina, combustione etc.) Studio del profilo genetico della popolazione italiana a fini forensi Studio di un evento di speciazione di due sottospecie di Passeriformi (Emberiza schoeniclus) mediante sequenziamento ed analisi del DNA mitocondriale Sviluppo di librerie genomiche arricchite di sequenze ripetute per una piu' efficiente caratterizzazione di nuovi marker molecolari.

3 Caratterizzazione di linee cellulari umane e di criceto e studi di paternita' su popolazioni di gatti (Felis domesticus) e tassi (Glis glis) mediante DNA Fingerprinting. ESPERIENZA DIDATTICA E SEMINARI 2012 Seminario su invito presso l'ospedale 'San Luigi' di Orbassano (TO) sulle tecnologie di NextGen sequencing Invited speaker al meeting Sarcoma research: means and goals tenutosi a Treviso con l'intervento dal titolo: High throughput technologies: managing the datastream Lezione di Diagnostica Molecolare al Master in Oncologia organizzato presso l IRCC di Candiolo (TO) Lezioni su Analisi genetiche High throughput in tumori umani al Corso di Biologia Molecolare Avanzata organizzato presso il campus IEO IFOM (MI) Due seminari presso l'universita' 'La Sapienza' di Roma sulle "Applicazioni forensi delle tecniche di Biologia Molecolare" Tredici serie di lezioni su "Metodologia del repertamento di tracce per scopi biologici, loro conservazione ed analisi" per il personale addetto ai Reparti Investigazioni Scientifiche dei Carabinieri di Roma, Parma e Messina e relative sezioni decentrate. TECNICHE E COMPETENZE DI LABORATORIO Tecniche generali di biologia molecolare, ed in particolare: caratterizzazione di nuovi marker molecolari, sviluppo ed ottimizzazione di protocolli estrattivi, di purificazione, amplificazione e sequenziamento del DNA; DNA fingerprinting, ibridizzazioni Southern e Northern, tecniche di coltura cellulare, ibridizzazioni di RNA microarray. Sequenziamento del DNA: Sviluppo ed ottimizzazione di protocolli per la purificazione dei templati mediante resine paramagnetiche e loro implementazione su piattaforme robotizzate. Sviluppo di protocolli relativi al Sanger DNA Sequencing volti ad ottimizzare la resa qualitativa ed alla contemporanea riduzione dei costi (<50 Euro centesimi per campione). Organizzazione di un servizio di sequenziamento high throughput del DNA su piattaforme Sanger (377/3730 Applied Biosystems) e NextGen sequencing (Roche 454). Sviluppo di pipeline analitiche per le analisi bioinformatiche di dati Next Gen Sequencing prodotti su varie piattaforme (Roche 454, Complete Genomics, Illumina, Ion Torrent). CONOSCENZE INFORMATICHE Conoscenza approfondita delle piu' diffuse piattaforme di data mining ed analisi di dati online, di linkage, associazione ed analisi di aplotipi; analisi di sequenze e filogenesi molecolare e biologia strutturale. Programmazione in linguaggio R (statistica) e shell bash (Linux). Conoscenza approfondita dei principali software per l'analisi di dati Next Gen (Bowtie2, Blast, Samtools, Picard, GATK, AnnoVar). Sistema operativo Linux. Creazione e sviluppo di database (MSAccess) per organizzare ed integrare dati genetici e relativa documentazione investigativa. Piattaforma integrata di analisi dati Disease Miner (Decode Genetics).

4 PUBBLICAZIONI Molenaar RJ, Verbaan D, Lamba S, Zanon C, Jeuken JW, Boots-Sprenger SH, Wesseling P, Hulsebos TJ, Troost D, van Tilborg AA, Leenstra S, Vandertop WP, Bardelli A, van Noorden CJ, Bleeker FE. (2014). The combination of IDH1 mutations and MGMT methylation status predicts survival in glioblastoma better than either IDH1 or MGMT alone. Neuro Oncol Feb 6.[Epub ahead of print] Bardelli A, Corso S, Bertotti A, Hobor S, Valtorta E, Siravegna G, Sartore-Bianchi A, Scala E, Cassingena A, Zecchin D, Apicella M, Migliardi G, Galimi F, Lauricella C, Zanon C, Perera T, Veronese S, Corti G, Amatu A, Gambacorta M, Diaz LA Jr, Sausen M, Velculescu VE, Comoglio P, Trusolino L, Di Nicolantonio F, Giordano S, Siena S. (2013). Amplification of the MET receptor drives resistance to anti-egfr therapies in colorectal cancer. Cancer Discov Jun;3(6): Misale S, Yaeger R, Hobor S, Scala E, Janakiraman M, Liska D, Valtorta E, Schiavo R, Buscarino M, Siravegna G, Bencardino K, Cercek A, Chen CT, Veronese S, Zanon C, Sartore-Bianchi A, Gambacorta M, Gallicchio M, Vakiani E, Boscaro V, Medico E, Weiser M, Siena S, Di Nicolantonio F, Solit D, Bardelli A. (2012). Emergence of KRAS mutations and acquired resistance to anti-egfr therapy in colorectal cancer. Nature Jun 28;486(7404): Sulem P, Gudbjartsson DF, Walters GB, Helgadottir HT, Helgason A, Gudjonsson SA, Zanon C, Besenbacher S, Bjornsdottir G, Magnusson OT, Magnusson G, Hjartarson E, Saemundsdottir J, Gylfason A, Jonasdottir A, Holm H, Karason A, Rafnar T, Stefansson H, Andreassen OA, Pedersen JH, Pack AI, de Visser MC, Kiemeney LA, Geirsson AJ, Eyjolfsson GI, Olafsson I, Kong A, Masson G, Jonsson H, Thorsteinsdottir U, Jonsdottir I, Stefansson K. (2011). Identification of low-frequency variants associated with gout and serum uric acid levels. Nat Genet Oct 9;43(11): Riera L, Lasorsa E, Bonello L, Sismondi F, Tondat F, Di Bello C, Di Celle PF, Chiarle R, Godio L, Pich A, Facchetti F, Ponzoni M, Marmont F, Zanon C, Bardelli A, Inghirami G. (2011). Description of a novel Janus kinase 3 P132A mutation in acute megakaryoblastic leukemia and demonstration of previously reported Janus kinase 3 mutations in normal subjects. Leuk Lymphoma Sep;52(9): Rafnar T, Vermeulen SH, Sulem P, Thorleifsson G, Aben KK, Witjes JA, Grotenhuis AJ, Verhaegh GW, Hulsbergen-van de Kaa CA, Besenbacher S, Gudbjartsson D, Stacey SN, Gudmundsson J, Johannsdottir H, Bjarnason H, Zanon C, Helgadottir H, Jonasson JG, Tryggvadottir L, Jonsson E, Geirsson G, Nikulasson S, Petursdottir V, Bishop DT, Chung-Sak S, Choudhury A, Elliott F, Barrett JH, Knowles MA, de Verdier PJ, Ryk C, Lindblom A, Rudnai P, Gurzau E, Koppova K, Vineis P, Polidoro S, Guarrera S, Sacerdote C, Panadero A, Sanz-Velez JI, Sanchez M, Valdivia G, Garcia-Prats MD, Hengstler JG, Selinski S, Gerullis H, Ovsiannikov D, Khezri A, Aminsharifi A, Malekzadeh M, van den Berg LH, Ophoff RA, Veldink JH, Zeegers MP, Kellen E, Fostinelli J, Andreoli D, Arici C, Porru S, Buntinx F, Ghaderi A, Golka K, Mayordomo JI, Matullo G, Kumar R, Steineck G, Kiltie AE, Kong A, Thorsteinsdottir U, Stefansson K, Kiemeney LA. (2011). European genome-wide association study identifies SLC14A1 as a new urinary bladder cancer susceptibility gene. Hum Mol Genet Jul 22. Holm H, Gudbjartsson DF, Sulem P, Masson G, Helgadottir HT, Zanon C, Magnusson OT, Helgason A, Saemundsdottir J, Gylfason A, Stefansdottir H, Gretarsdottir S, Matthiasson SE, Thorgeirsson GM, Jonasdottir A, Sigurdsson A, Stefansson H, Werge T, Rafnar T, Kiemeney LA, Parvez B, Muhammad R, Roden DM, Darbar D, Thorleifsson G, Walters GB, Kong A, Thorsteinsdottir U, Arnar DO, Stefansson K. (2011). A rare variant in MYH6 is associated with high risk of sick sinus syndrome. Nat Genet Mar 6;43(4): Rafnar T, Sulem P, Besenbacher S, Gudbjartsson DF, Zanon C, Gudmundsson J, Stacey SN, Kostic JP, Thorgeirsson TE, Thorleifsson G, Bjarnason H, Skuladottir H, Gudbjartsson T, Isaksson HJ, Isla D, Murillo L, García-Prats MD, Panadero A, Aben KK, Vermeulen SH, van der Heijden HF, Feser WJ, Miller YE, Bunn PA, Kong A, Wolf HJ, Franklin WA, Mayordomo JI, Kiemeney LA, Jonsson S, Thorsteinsdottir U,

5 Stefansson K. (2011). Genome-wide significant association between a sequence variant at 15q15.2 and lung cancer risk. Cancer Res Feb 15;71(4): Simon N. Stacey, Patrick Sulem, Carlo Zanon, Sigurjon A. Gudjonsson, Agnar Helgason, Aslaug Jonasdottir, Sören Besenbacher, Gudmar Thorleifsson, Jelena P. Kostic, James D. Fackenthal, Dezheng Huo,Clement Adebamowo, Temidayo Ogundiran, Janet E. Olson, Zachary Fredericksen, Xianshu Wang, Maxime P. Look, Anieta M. Sieuwerts, John W.M. Martens, Isabel Pajares, Maria D. Garcia-Prats, Jose M. Ramon-Cajal, Ana de Juan, Angeles Panadero, Eugenia Ortega, Katja K.H. Aben Sita H. Vermeulen, Fatemeh Asadzadeh, K.C. Anton van Engelenburg, Sara Margolin, Chen-Yang Shen Pei-Ei Wu, Asta Försti Per Lenner, Roger Henriksson, Robert Johansson, Kerstin Enquist, Göran Hallmans, Thorvaldur Jonsson, Helgi Sigurdsson, Kristin Alexiusdottir Julius Gudmundsson, Asgeir Sigurdsson, Michael L. Frigge, Larus Gudmundsson, Kristleifur Kristjansson, Bjarni V. Halldorsson, Unnur Styrkarsdottir, Jeffrey R. Gulcher, Kari Hemminki Annika Lindblom, Lambertus A. Kiemeney, Jose I. Mayordomo John A. Foekens, Fergus J. Couch, Olufunmilayo I. Olopade, Daniel F. Gudbjartsson, Unnur Thorsteinsdottir, Thorunn Rafnar, Oskar T. Johannsson, Kari Stefansson (2010). Ancestry-Shift Refinement Mapping of the C6orf97-ESR1 Breast Cancer Susceptibility Locus. PLoS Genet Jul 22;6(7):e Lambertus A. Kiemeney, Patrick Sulem, Sören Besenbacher, Sita H.Vermeulen, Asgeir Sigurdsson, Gudmar Thorleifsson, Daniel F Gudbjartsson, SimonN. Stacey, Julius Gudmundsson, Carlo Zanon, Jelena Kostic, Gisli M. Gislason,Hjordis Bjarnason, Stefan T. Palsson, Oskar B. Skarphéðinsson, Sigurjon A.Gudjonsson, J. Alfred Witjes, Anne J. Grotenhuis, Gerald W. Verhaegh, D. TimothyBishop, Sei Chung Sak, Ananya Choudhury, Faye Elliott, Jennifer H. Barrett,Carolyn D. Hurst, Petra J. de Verdier, Charlotta Ryk, Peter Rudnai, Eugene Gurzau0,Kvetoslava Koppova, Paolo Vineis, Silvia Polidoro, Simonetta Guarrera,Carlotta Sacerdote,, Marcello Campagna, Donatella Placidi, Cecilia Arici,Maurice P. Zeegers,, Eliane Kellen0, Berta Saez Gutierrez, José I. Sanz-Velez,Manuel Sanchez-Zalabardo, Gabriel Valdivia, Maria D. Garcia-Prats, Jan G.Hengstler, Meinolf Blaszkewicz, Holger Dietrich, Roel A. Ophoff, Leonard H.van den Berg0, Kristin Alexiusdóttir, Kristleifur Kristjansson, Gudmundur Geirsson,Sigfus Nikulasson, Vigdis Petursdottir, Augustine Kong, Thorgeir Thorgeirsson, N.Aydin Mungan, Annika Lindblom, Michael A. van Es0, Stefano Porru, FrankBuntinx, Klaus Golka, José I. Mayordomo, Rajiv Kumar, Giuseppe Matullo,Gunnar Steineck0, Anne E. Kiltie, Katja K.H. Aben, Eirikur Jonsson, UnnurThorsteinsdottir, Margaret A. Knowles, Thorunn Rafnar, Kari Stefansson (2010). A sequence variant at 4p16.3 confers susceptibility to urinary bladder cancer. Nat Genet.;42(5): Gudmundsson J, Sulem P, Gudbjartsson DF, Blondal T, Gylfason A, Agnarsson BA, Benediktsdottir KR, Magnusdottir DN, Orlygsdottir G, Jakobsdottir M, Stacey SN, Sigurdsson A, Wahlfors T, Tammela T, Breyer JP, McReynolds KM, Bradley KM, Saez B, Godino J, Navarrete S, Fuertes F, Murillo L, Polo E, Aben KK, van Oort IM, Suarez BK, Helfand BT, Kan D, Zanon C, Frigge ML, Kristjansson K, Gulcher JR, Einarsson GV, Jonsson E, Catalona WJ, Mayordomo JI, Kiemeney LA, Smith JR, Schleutker J, Barkardottir RB, Kong A, Thorsteinsdottir U, Rafnar T, Stefansson K. (2009). Genome-wide association and replication studies identify four variants associated with prostate cancer susceptibility. Nat Genet.;41(10): Fonnet E. Bleeker, Simona Lamba, Carlo Zanon, Angela A. van Tilborg, Sieger Leenstra, Dirk Troost, Theo Hulsebos, W. Peter Vandertop, Alberto Bardelli (2009). Absence of AKT1 Mutations in Glioblastoma. PloS One;4(5):e5638. Balakrishnan A, Penachioni JY, Lamba S, Bleeker FE, Zanon C, Rodolfo M, Vallacchi V, Scarpa A, Felicioni L, Buck M, Marchetti A, Comoglio PM, Bardelli A, Tamagnone L. (2009). Molecular profiling of the "plexinome" in melanoma and pancreatic cancer. Hum Mutat.;30(8): Bleeker FE, Felicioni L, Buttitta F, Lamba S, Cardone L, Rodolfo L, Scarpa A, Leenstra S, Frattini, M, Barbareschi M, Grammastro MD, Sciarrotta MG, Zanon C, Marchetti A, Bardelli A (2008). AKT1(E17K) in human solid tumors. Oncogene 2008 May 26.

6 Silvia Benvenuti, Milo Frattini, Sabrina Arena, Carlo Zanon, Vera Cappelletti, Danila Coradini, Maria Grazia Daidone, Silvana Pilotti, Marco Pierotti and Alberto Bardelli (2008). PIK3CA cancer mutations display gender and tissue specificity patterns. Hum Mutat 29(2): Balakrishnan A, Bleeker FE, Lamba S, Rodolfo M, Daniotti M, Scarpa A, van Tilborg AA, Leenstra S, Zanon C and Bardelli A (2007). Novel somatic and germline mutations in cancer candidate genes in glioblastoma, melanoma, and pancreatic carcinoma. Cancer Research 67(8): Benvenuti S, Sartore-Bianchi A, Di Nicolantonio F, Zanon C, Moroni M, Veronese S, Siena S and Bardelli A (2007). Oncogenic activation of the RAS-RAF signaling pathway impairs the response of metastatic colorectal cancers to anti EGFR antibody therapies. Cancer Research 67(6): Frattini M, Signoroni S, Pilotti S, Bertario L, Benvenuti S, Zanon C, Bardelli A, Pierotti MA. (2005). Phosphatase protein homologue to tensin expression and phosphatidylinositol-3 phosphate kinase mutations in colorectal cancer. Cancer Research 65(23): Ruivenkamp CA, van Wezel T, Zanon C, Stassen AP, Vlcek C, Csikos T, Klous AM, Tripodis N, Perrakis A, Boerrigter L, Groot PC, Lindeman J, Mooi WJ, Meijjer GA, Scholten G, Dauwerse H, Paces V, van Zandwijk N, van Ommen GJ, Demant P. (2002). Ptprj is a candidate for the mouse colon-cancer susceptibility locus Scc1 and is frequently deleted in human cancers. Nature Genetics; 31: Garofano L, Lago G, Vecchio C, Pizzamiglio M, Zanon C, Virgili A, Albonici L, Manzari V, Budowle B (1998). Italian population data on the polymarker system and on the five short tandem repeat loci CSF1PO, TPOX, TH01, F13B, and vwa. J Forensic Sci; 43(4): Zanon C, Vespi G, Iacovacci G, Lago and Garofano L. (1998). Urine evidence recovered on crime scene after a robbery. Advances in Forensic Haemogenetics 7, 7: ; Springer-Verlag. D Errico G, Zanon C, Lago G, Zignale G and Garofano L. (1998). DNA analysis on skeletal remains after months of permanence in see-water. Advances in Forensic Haemogenetics 7, 7: ; Springer-Verlag. Garofano L, Pizzamiglio M, Vecchio C, Lago G, Zanon C, Albonici L and Manzari V. (1996). Utilisation of available STR multiplex kits for forensic purpose. Proceedings of First European Symposium on Human Identification Update, Toulouse, France. Garofano L, Lago G, Zanon C, Bruno M, Carresi P, Zignale G, Gino S and Torre C. (1995). PCR-DNA typing from beard samples. Advances in Forensic Haemogenetics 6, 278; Springer-Verlag. Garofano L, Lago G, Zanon C, Virgili A, D Errico G, Vespi G, Gino S and Torre C. (1995). PCR-based DNA analyses of epidermal cells found on adhesive tape. Advances in Forensic Haemogenetics 6, 281; Springer-Verlag. Hanotte O, Zanon C, Pugh A, Greig C, Dixon A, Burke T. (1994). Isolation and characterisation of microsatellite loci in passerine bird: the reed bunting Emberiza schoeniclus. Mol Ecol 3 (5), Data Firma

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