Modulo III - Creazione di documenti, presentazioni e report

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1 Modulo III - Creazione di documenti, presentazioni e report Elisabetta Ronchieri Università di Ferrara Dipartimento di Economia e Management [email protected] 1 Dicembre 2016 Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

2 Contenuti 1 RStudio 2 R Markdown Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

3 RStudio RStudio è un ambiente integrato per R. Fornisce funzionalità di alto livello per migliorare l esperienza utente. Consente di eseguire alcune basilari operazioni tramite pulsanti. Semplifica l organizzazione del codice. È open-source e gira su Linux, Mac OS X e Windows. RStudio si può scaricare da Per funzionare, necessita che R sia installato sulla macchina. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

4 RStudio L ambiente di lavoro di RStudio è costituito da quattro finestre: 1 la finestra del codice (aprire-creare-scrivere-eseguire script); 2 la finestra della console (riga di comando - Invio - output); 3 la finestra degli oggetti (elenco oggetti e cronologia dei comandi); 4 la finestra dei pacchetti, dei grafici, dell aiuto in linea. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

5 RStudio Sono presenti diverse funzionalità che migliorano l esperienza utente. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

6 Markdown Markdown è un linguaggio di markup (per esempio usato per formattare pagine, creare liste e collegamenti). Il markup è un insieme di convenzioni standardizzate per codificare la rappresentazione di un documento nelle sue diverse parti, quali titolo, capitolo e altro. Tramite l inserimento di specifici marcatori (tag) o espressioni codificate nel testo, il programma è in grado di distinguere le varie parti di un documento, ad esempio, per decidere come visualizzarlo. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

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10 R Markdown R Markdown permette di gestire nello stesso file testo e codice per produrre un documento. Supporta dozzine di formati di uscita, quali HTML, PDF, MS Word, Beamer, libri, dashboard, shiny applicazioni, articoli scientifici, siti web, e altro. Partendo da un solo file di estensione.rmd si possono generare documenti in diversi formati. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

11 Installazione R Markdown è free e open source. È possibile installarlo utilizzando il pacchetto R Markdown recuperabile da CRAN: > i n s t a l l. packages ( rmarkdown ) Documentazione sull uso di R Markdown è disponibile Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

12 Apertura File È sufficiente salvare un file testo con estensione.rmd o aprire il template corrispondente in RStudio. Nel menu di RStudio, cliccare File New File R Markdown: Selezionare il tipo di documento (tra document, presentation, shiny, template) che si vuole gestire nel file.rmd; Selezionare il formato dell output (tra HTMl, Pdf, Word) che si vuole ottenere dal file.rmd. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

13 Scelta dell output Scrivere una intestazione YAML (formato per la serializzazione di dati) che spiega il tipo di documento da costruire con il file.rmd. La intestazione YAML è un insieme di coppie chiave:valore inserita all inizio del file delimitata da tre. Il documento template di RStudio genera la intestazione YAML in automatico. Il valore dell output determina il tipo di file che R produrrà a partire dal file.rmd. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

14 Scelta dell output Output disponibili: Valore html document pdf document word document beamer presentation ioslides presentation Risultato html file (web page) pdf documento Microsoft Word.docx beamer slide presentazione (pdf) ioslides slide presentazione (html) Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

15 Gestione del codice Si usa la sintassi knitr per gestire il codice all interno del report. R esegue il codice e include i risultati quando genera il report finale. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

16 Gestione del codice Alcune opzioni: Opzione Default Descrizione eval TRUE Se FALSE, non esegue il codice nel blocco istruzioni echo TRUE Visualizza il codice e a seguire il risultato warning TRUE Visualizza gli avvertimenti generati dal codice error TRUE Visualizza gli errori generati dal codice message TRUE Visualizza i messaggi generati dal codice comment ## Stringa di caratteri appesa all inizio di ogni linea di ri cache FALSE Se TRUE, salva i risultati per utilizzo successivo fig.width 7 Larghezza in inches per i grafici creati in un blocco fig.height 7 Altezza in inches per i grafici creati in un blocco Per ulteriori informazioni visitare il link yihui.name/knitr/. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

17 Produrre il report finale È possibile farlo in due modi: 1 eseguendo > rmarkdown : : r e n d e r ( f i l e. Rmd ) oppure > l i b r a r y ( rmarkdown ) > r e n d e r ( f i l e. Rmd ) 2 cliccando sul bottone knit HTML (o knit Wordo knit PDF in base all output specificato) all inizio del pannello script di RStudio Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

18 Produrre il report finale In fase di produzione del report finale: R Markdown fornisce a knitr il file.rmd; knitr esegue ciascun blocco di istruzioni e crea un nuovo documento markdown con estensione.md che include il codice e l output generato; pandoc processa il file.md per creare il file nel formato desiderato. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

19 Esempio di file.rmd per report Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

20 Esempio di file.rmd per presentazione Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

21 Sintassi per presentazione Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

22 Produrre report interattivi Tramite uso di Shiny. 1 Creare il file.rmd con output html document; 2 Aggiungere nella parte YAML la coppia runtime: shiny; 3 Chiamare le funzioni shiny per gli ingressi per la gestione degli oggetti di ingresso (funzioni di input); 4 Chiamare le funzioni shiny per gestire in modo interattivo la rappresentazione in uscita (funzioni di render); 5 Produrre il report con rmarkdown::run o cliccando sul bottone Run Document di RStudio. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

23 Esempio di report interattivi selectinput() gestisce una lista data variabile di ingresso (sequenza di due elementi) renderplot() crea un grafico con la funzione plot() e i dati di ingresso input$data. Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25

24 rendertable() crea una tabella con la funzione head() e l ingresso input$n Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25 Esempio di report interattivi numericinput() prende un numero n variabile di ingresso

25 Documentazione e bibliografia su R Per ciascuna funzione visionare l help online di R. Materiale del corso è scaricabile dalle pagine Web del corso: Informatica : http: // materiali-corso-a-a /materiale-modulo-iii. Documentazione sull uso di R Markdown è disponibile Documentazione sull uso di RStudio è disponibile Documentazione sull uso di R Markdown per presentazioni è disponibile Elisabetta Ronchieri Modulo III.3 1 Dicembre / 25