Come installare R, RStudio ed il pacchetto psych (o altri pacchetti di R) Sommario Installare R ed i pacchetti rilevanti... 1 Installare R per la prima volta... 1 Come installare R dal sito CRAN... 2 Procedura step by step... 2 Cos altro scaricare nella finestra riportata in Fig. 1:... 4 Cosa sono R e CRAN?... 4 Istallare i pacchetti rilevanti... 6 Installare R per Mac OS X... 7 Come scaricare RStudio... 9 Installazione di RStudio step by step... 10 Struttura dell interfaccia di RStudio... 11 La fascia dei menù... 12 Installare alcuni pacchetti aggiuntivi (da R)... 12 Installare una visione delle attività per avere molti pacchetti... 12 Come attivare il pacchetto psych... 13 Vedere quali siano i pacchetti installati ed attivi... 13
Installare R ed i pacchetti rilevanti Per usare R ovviamente si richiede l installazione di R sul vostro computer. Questo è molto semplice da fare (vedi la sezione 2.1.1) e si ha bisogno di farlo una volta. La potenza/forza di R è nei pacchetti supplementari. Ci sono almeno 8,300 pacchetti che hanno contribuito al progetto R. Per eseguire qualsiasi analisi discussa in questa guida, avrete bisogno di installare il pacchetto psych. Per eseguire analisi fattoriali o analisi dei principali componenti avrete anche bisogno del pacchetto per le rotazioni fattoriali GPArotation. Se volte riuscire a fare l analisi fattoriale confermativa, dovrete aggiungere anche il pacchetto sem o lavaan. Se volete usare psych per creare assetti di dati simulati, avrete anche bisogno del pacchetto mnort. Per una installazione ancora più completa di un numero di pacchetti psicometrici, potete installare ed attivare un pacchetto, ctv, che installa un insieme di pacchetti psicometricamente rilevanti. Come per i pacchetti, lo stesso vale per R: basta installare il pacchetto solo una volta (nota bene: i pacchetti installati vanno periodicamente aggiornati, così come lo stesso programma R). Installare R per la prima volta I vari step sono: 1. Scaricate da R CRAN l ultima versione di R (http://cran.r-project.org/ -- vedi figura 1). 2. Scegliete il sistema operativo appropriato e scaricare il programma R compilato. 3. Installate R (dopo l installazione comparirà uno short sul desktop cliccando sul quale si può avviare subito R. Altrimenti usate il menù Programmi di Windows). 4. Avviate R. Notate che il comando R inizia ad ogni riga. Le righe di comando sono evidenziate dal simbolo >. Questo è il modo di R per indicare la richiesta di input. Le righe di output, ossia quelle che riportano o stampano l esito dei calcoli, sono indicate con il simbolo [1]. 5. Aggiungete i pacchetti utili o che servono alle vostre analisi (avete bisogno di farlo una sola volta) (vedi la sezione precedente). a) O se volete fare una CFA (Confirmative Factor Analysis). b) O se volete visualizzare elaborazioni di tipo psicometrico 6. Fate una pausa di 5 minuti mentre vengono caricati i pacchetti (sulla console vengono man mano indicati quali pacchetti sono caricati, dove vengono installati e poi da un avviso per segnalare se l installazione è avvenuta correttamente o no). 7. Attivate i pacchetti che volete usare (per es. psych) con il comando library() : 1
psych attiverà automaticamente i comandi e le funzioni di cui ha bisogno, purché essi siano installati. Fate attenzione che psych venga aggiornato circa ogni tre-sei mesi. Fig.1. la finestra del CRAN base vi permette di scegliere il vostro sistema operativo. Il CRAN si trova al seguente indirizzo: http://cran.r-project.org. Come installare R dal sito CRAN Procedura step by step 1. Andate sul sito http://cran.r-project.org 2
2. cliccate Download R for Windows 3. cliccate sul link base 4. cliccate su Download R X.X.X for Windows (dato che R viene continuamente aggiornato, indichiamo generalmente con X.X.X I codici numerici delle versioni di R) 5. comparirà un finestra di messaggio come la seguente: 3
Cliccate su salva file, scegliete la cartella o directory di destinazione (ricordate poi qual è). 6. Per installare R basta cliccare sul file R-X.X.X-win-exe e seguire tutte le indicazioni che vi verranno fornite durante l installazione dalle finestre di messaggio. Cos altro scaricare nella finestra riportata in Fig. 1: L ultimo rilascio di R versione X.X.X (leggete cosa vi è di nuovo nella più recente versione). Le fonti di R alpha e dei rilasci beta (brevi rappresentazioni, create in dati periodi prima di un rilascio programmato). Scatti/istantanee giornalieri di versioni recentemente sistemate e sviluppate di R e dei pacchetti messe a disposizione sul sito. Leggete le nuove caratteristiche e le risoluzioni dei problemi prima di compilare le corrispettive richieste o rapporti sui problemi tecnici (bug). Il codice base delle versioni più vecchie di R. Pacchetti di R ed estensioni di R forniti direttamente dagli sviluppatori. Inoltre vengono fornite informazioni sulle condizioni di licenza per l uso di R. R è una open source, nel senso che non si viola nessun copyright se si scarica R sul proprio computer o sul computer di altri. R è un programma completamente gratuito e accessibile a chiunque (basta avere una connessione internet). Cosa sono R e CRAN? R e una GNU S, una lingua liberamente disponibile ed un ambiente per la computazione statistica e grafica che fornisce una ampia gamma di tecniche grafiche e statistiche: modelli lineari e non lineari, test statistici, analisi temporali in serie, raggruppamenti, ecc. Consultate la pagina di R project per ulteriori informazioni. CRAN è una rete di server ftp e web (mirrors) siti in varie parti del mondo che immagazzinano versioni identiche ed aggiornate di documenti e pacchetti di R. Utilizzate per favore il mirror CRAN più vicino a voi per minimizzare il carico di rete. 4
Fig.2 La schermata iniziale per un PC di R (senza aver installato RStudio) Traduzione della schermata: R è un software gratuito e si trova senza alcuna autorizzazione Siete invitati a ridistribuirlo a certe condizioni. Digitate license() o licence() per i dettagli sulla distribuzione Supporta un linguaggio naturale ma solo di tipo inglese. R è un progetto collaborativo con molti contributori Digita contributors() per maggior informazioni e citation() su come citare R o i pacchetti R nelle pubblicazioni Digita demo() per alcune dimostrazioni o help() per aiuto online o help.start() per un interfaccia browser HTML che fornisca aiuto Digita q() per uscire da R. 5
Fig.3 Una schermata di RStudio come appare su un pc. Le 4 finestre sono per i vostri script, la console del programma, i grafici e le finestre di aiuto. La scelta del colore è opzionale e personalizzabile. Istallare i pacchetti rilevanti Una volta installato R sulla vostra macchina/pc, avrete ancora bisogno di installare alcuni pacchetti rilevanti o necessari per le vostre analisi. I pacchetti sono ciò che rendono R così potente, poiché sono insiemi speciali di funzioni che sono pensate una applicazione specifica. Nel caso del pacchetto psych, questa è una applicazione per eseguire analisi dei dati di base ed analisi psicometriche che gli psicologi ed altri ricercatori che lavorano in ambito psicologico trovano particolarmente utili. Voi potrete installare un insieme minimo di pacchetti necessari per eseguire le analisi, ad esempio per eseguire l analisi fattoriale esplorativa (EFA) oppure l analisi fattoriale confermativa (CFA). È anche possibile aggiungere altri pacchetti rilevanti a livello psicometrico. Un pacchetto particolarmente potente è il lavaan, per eseguire la CFA. Un altro pacchetto utile per la CFA è sem. Installare il numero minimale di pacchetti. Questo può esser effettuato digitando nella console il comando o usando le opzioni di menu (per es. Install Packages... sotto il menu Tools): La funzione dependencies=true serve per scaricare pacchetti che possono essere collegati con il pacchetto psych. 6
Fig.4 Per il Mac, vorrete scegliere l ultima versione che include sia GUI che le versioni da 32 e 64 bit. Installare R per Mac OS X 7
La directory/cartella del sito contiene i file binari per una distribuzione di base e pacchetti da utilizzare sul MAC OS X (rilascio/versione 10.6 e precedenti). Mac OS 8.6 sino al 9.2 e Mac OS X 10.1 non sono più supportati ma potete trovare nel sito l ultima versione supportata di R per questi sistemi (che è R 1.7.1). La versione per il vecchio sistema Mac OS X (compreso Mac OS X 10.5) e i-mac Power-PC possono esser trovati nella vecchia directory. Nota: CRAN non ha i sistemi Mac OS X e non possono controllare questi file binari contro le minacce di virus. Sebbene si prendano precauzioni quando si assemblano i file binari, occorre usare le normali precauzioni quando si scaricano i file eseguibili. Poiché il pacchetto di file binari del 1/3/2016 per le versioni R più vecchie della 2.12.0 sono solo disponibili nell archivio CRAN, gli utenti di questa versione dovrebbero quindi adattare l impostazione dei siti mirror di CRAN in modo adeguato. Fig.5 Come installare pacchetti usando R Studio su un PC. Usate l opzione menu Installazione. La finestra a destra mostra i pacchetti installati. L opzione menu Installa Pacchetti vi permette di cercare CRAN per i pacchetti desiderati. Notate che l opzione Installa Dipendenze è stata verificata. 8
Fig.6. RStudio installato su un MAC. La finestra in alto a sinistra mostra il vostro file testo di comandi, la parte bassa sinistra è la console. La parte alta a destra può essere o la vostra cronologia o può permettervi di ispezionare i vari oggetti. La parte bassa a destra è la finestra dei grafici. Come scaricare RStudio Una volta installato R, probabilmente vorrete scaricare ed installare il programma RStudio. Si tratta di un interfaccia buona per pc e Mac (vedi fig. 3 e 4), la quale combina 4 finestre in uno schermo. Quando si usa un pc, RStudio è molto utile (a molti utenti il programma piace anche per i computer Mac). RStudio è un applicazione che consente di estendere le normali funzioni di R. Non è un programma alternativo ad R. Pertanto prima di installare RStudio, occorre installare R da CRAN (vedi le istruzioni precedenti). Per installare RStudio andate sul sito: https://www.rstudio.com/. Alcune note su Rstudio: RStudio è in realtà un prodotto commerciale. Sul sito esistono diverse versioni del programma e quella che è gratuitamente scaricabile serve solo per potenziare le funzioni di R, mentre le altre versioni rendono possibile la programmazione condivisa via internet e lo scambio di dati (funzioni utili per aziende o istituzioni). Il sito mette a disposizione anche pacchetti di R utili per eseguire certi tipi di analisi o per creare rappresentazioni grafiche. Qui di seguito è riportata step by step la procedura per installare RStudio. 9
Installazione di RStudio step by step 1. Andate sul sito internet di RStudio e cliccato sul link Download RStudio (vedi Fig. 7) Fig. 7. Home page di RStudio 2. Scegliete la versione FREE di RStudio cliccando sopra con il mouse 3. Cliccate sul link per scaricare il programma sempre in relazione al sistema operativo del PC. 10
4. Una volta scaricato il programma, avviatelo e seguite tutte le istruzioni per l installazione. Struttura dell interfaccia di RStudio La figura 8 visualizza l interfaccia di RStudio. L interfaccia è composta da una finestra che si suddivide sostanzialmente in 4 riquadri, ognuno dei quali assolve a specifiche funzioni. Il fatto di disporre di più finestre con diverse funzioni facilita l uso di R, soprattutto quando si tratta di effettuare molte operazioni statistiche. L analisi statistica prevede sostanzialmente tre fasi: l inserimento dati (solitamente da un database già creato oppure occorre creare ex-novo il database) con il controllo e la verifica che i dati inseriti siano corretti e completi, l analisi statistica vera e propria (composta da analisi descrittiva e inferenziale) ed, infine, la stampa dell output sulla console o su un file ed, eventualmente, la creazione di grafici. Il programma R, invece, ha solo la finestra della console. Fig. 8. Interfaccia di RStudio come appare sul pc una volta installato. La singola finestra può essere sufficiente per analisi semplici, ma diventa poi un problema se si devono fare tutta una serie di analisi in sequenza, ognuna della quali genera un output (es.: tabella di ANOVA) oppure un grafico (istogramma o grafico delle medie). Un altro grande vantaggio di 11
RStudio è che consente di creare un ambiente in cui non solo si memorizzano la operazioni eseguite, ma anche dati temporanei, ossia dati che non vengono poi pubblicati ma necessari per passare da un operazione statistica all altra (es.: trasformazione di una serie di dati grezzi in punteggi standardizzati). Questo permette di interrompere le analisi statistiche e di riprenderle successivamente esattamente dal punto in cui ci si era fermati. Fascia dei menù Riquadro degli script Riquadro dell ambiente e della storia Riquadro della console Riquadro delle finestre di servizio Fig. 9. Interfaccia di RStudio. La finestra di RStudio è composta da quattro parti o riguardi che esemplificati nello schema sottostante e che sono il riquadro degli script, il riquadro della console, il riquadro d ambiente o di storia, il riquadro delle finestre di servizio. La fascia dei menù La fascia dei menù contiene i comandi classici per aprire i file, salvare i file, per stampare oppure per modificare le visualizzazioni dei riquadri. Quello che preme sottolineare è soprattutto il menù Tools che consente di installare i pacchetti Per una descrizione più accurata dei comandi e delle funzioni disponibili nei vari riquadri, si rimanda il lettore al file Uso di RStudio. Installare alcuni pacchetti aggiuntivi (da R) Se volete più funzionalità per alcune delle procedure statistiche più avanzate (per es. omegasem) avrete bisogno di installare alcuni pacchetti in più Installare una visione delle attività per avere molti pacchetti Se sapete che ci sono un certo numero di pacchetti che voi volete usare, è possibile che essi siano indicati come un task view (finestra di attività). Per esempio circa 50 pacchetti saranno installati tutti in una volta se installate il task view di Psychometrics. 12
Potete installare tutti i pacchetti psicometrici per le funzioni di Psicometria installando per primo un pacchetto ctv che a sua volta installa differenti finestre di attività. Per vedere la lista delle possibili task view, andate al sito https://cran.r-project.org/web/views/. Occorre attendere 5 minuti per installare circa 50 pacchetti. Come attivare il pacchetto psych Per eseguire la maggior parte delle analisi statistiche avete bisogno di attivare il pacchetto psych. L attivazione manuale avviene nel seguente modo: Se volete fare in automatico questo ultimo passo, cioè evitare di avviare sempre ogni volta manualmente il pacchetto, potete creare un comando speciale per avviare automaticamente il pacchetto. Per l attivazione automatica usate il comando.first, come nel seguente modo: Fate questo subito dopo aver avviato R. Lasciate da parte l opzione salvataggio e chiudete R. Poi riavviate il programma di nuovo. Vedrete che ora psych risulta caricato automaticamente ed il pacchetto verrà caricato ogni volta che riavviate R. Vedere quali siano i pacchetti installati ed attivi Per vedere quali pacchetti siano attivi (un modo per dire quale versione di R si abbia, e quale versione di pacchetti rilevanti siano stati caricati) usate il comando sessioninfo() come si vede nel seguente esempio: 13
Il comando fa vedere sia i pacchetti di base ( attached base package ) successivamente ( other attached packages ). che quelli caricati 14