GENOMICA STRUTTURALE E FUNZIONALE

Transcript

1 DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOLOGICHE, GEOLOGICHE E AMBIENTALI Corso di laurea magistrale in Biologia sanitaria e cellularemolecolare Anno accademico 2016/ anno GENOMICA STRUTTURALE E FUNZIONALE BIO/18-8 CFU - 2 semestre Docente titolare dell'insegnamento SALVATORE SACCONE saccosal@unict.it Edificio / Indirizzo: Sezione di Biologia Animale. Via Androne, 81 - Catania Telefono: Orario ricevimento: mercoledì e venerdì dalle 10,00 alle 12,30. OBIETTIVI FORMATIVI Con l insegnamento di GENOMICA STRUTTURALE E FUNZIONALE lo studente approfondisce le conoscenze sull organizzazione del genoma nei cromosomi metafasici e nei nuclei interfasici, anche sotto l aspetto evoluzionistico. Particolare attenzione sarà anche rivolta verso l acquisizione delle conoscenze relative alla correlazione tra architettura della cromatina, espressione genica e insorgenza di patologie umane. Dal punto di vista applicativo, il corso si prefigge inoltre di fare acquisire agli studenti competenze metodologiche relative all analisi dei cromosomi umani e di sequenze genomiche utilizzabili in vari ambiti lavorativi pubblici e privati. PREREQUISITI RICHIESTI Conoscenze di base previste negli insegnamenti di Citologia, Zoologia, Genetica, Biochimica, Biologia Molecolare dei CdS della classe L13 (Biologia). FREQUENZA LEZIONI Frequenza obbligatoria delle lezioni, in base alle indicazioni generali previste dal regolamento didattico del CdS. CONTENUTI DEL CORSO Il genoma degli eucarioti. Visione generale delle dimensioni, del contenuto genico e dell'organizzazione delle sequenze nel genoma nucleare e nei genomi degli organelli citoplasmatici. Aspetti generali dell'evoluzione del genoma eucariotico. L origine dei genomi. Meccanismi di formazione di nuovi geni.

2 Metodi di studio dei cromosomi. Le colture di cellule in vitro. Tecniche standard per la preparazione di cromosomi metafasici e prometafasici. I bandeggi cromosomici: bandeggi strutturali e bandeggi dinamici. Il Sistema Internazionale per la Nomenclatura in Citogenetica (ISCN). L identificazione dei cromosomi umani con il bandeggio G. L ibridazione in situ fluorescente: principi generali, metodi di marcatura delle sonde e di rilevazione del segnale. L ibridazione su cromosomi, su nuclei e su fibre di cromatina. La citogenetica classica e molecolare nella diagnostica in ambito biomedico. Lo studio dei genomi a livello cromosomico nella post-genomica. I cariotipi dei Vertebrati e i microcromosomi di Uccelli e Rettili (cenni). Organizzazione strutturale del genoma eucariotico. Centromeri, telomeri e origini di replicazione. Le sequenze altamente ripetute e mediamente ripetute. Le sequenze L1 e Alu. Le sequenze altamente polimorfiche e il loro utilizzo nei protocolli standard per l analisi genetica in ambito forense. Le famiglie geniche. L organizzazione dei geni nei cromosomi. Organizzazione ed evoluzione composizionale del genoma eucariotico. Il gradiente di CsCl per lo studio dei genomi. Il DNA della banda principale e il DNA satellite. Caratteristiche composizionali del genoma dei Vertebrati eterotermi ed omeotermi. L organizzazione dei genomi in isocore e il modello di Bernardi. Caratteristiche strutturali e funzionali associate alle isocore. Modelli di evoluzione composizionale del genoma dei vertebrati. Il major compositional shift e il "minor compositional shift". Il neogenoma e il paleogenoma. Ipotesi sull'origine delle isocore ricche in GC. Correlazione tra sequenza nucleotidica, isocore e bande cromosomiche. L'organizzazione composizionale del genoma delle piante (cenni). Organizzazione funzionale della cromatina nei nuclei interfasici. I cromosomi in interfase: territori cromosomici e domini intercromosomici. Il modello di Cremer. Speckles e loro organizzazione. Organizzazione composizionale dei territori cromosomici. Bande cromosomiche in interfase e relazione con la trascrizione genica, con la densità genica e con il timing di replicazione. I geni costitutivi e i geni tessuto-specifici: caratteristiche composizionali e strutturali e distribuzione cromosomica. Livello di espressione delle bande cromosomiche. Correlazione tra distribuzione genica, struttura della cromatina ed espressione genica. Effetto posizione e attivazione ectopica dei geni. Caratteristiche della cromatina trascrizionalmente attiva e trascrizionalmente inattiva. Le modificazioni post-traduzionali degli istoni. La metilazione del DNA e l imprinting genomico. LCR e ICR: caratteristiche e meccanismo di attivazione/inattivazione genica. Le sindromi da disomia uniparentale e le malattie genetiche legate all imprinting. L eterocromatizzazione come meccanismo di inattivazione genica. L inattivazione del cromosoma X e il gene Xist. TESTI DI RIFERIMENTO Tutto il materiale didattico occorrente per lo studio dell'insegnamento viene fornito dal docente durante la frequenza delle lezioni. PROGRAMMAZIONE DEL CORSO * Argomenti Riferimenti testi 1 * Il genoma degli eucarioti. PDF diapositive: genomica-01

3 2 Il genoma degli eucarioti. Materiale didattico: 1_Geni_genomi.pdf 3 * Metodi di studio dei cromosomi. PDF diapositive: genomica-02; genomica-03; genomica Metodi di studio dei cromosomi. Materiale didattico: 2_FISH; Metafasi e schema bande G. 5 * Organizzazione strutturale e funzionale del genoma eucariotico. 6 Organizzazione strutturale e funzionale del genoma eucariotico. 7 * Organizzazione composizionale del genoma nucleare. 8 Organizzazione composizionale del genoma nucleare. 9 * Organizzazione funzionale della cromatina nei nuclei interfasici. 10 Organizzazione funzionale della cromatina nei nuclei interfasici. PDF diapositive: genomica-05; genomica-06; genomica-07. Materiale didattico: 3_Cap 2 CEN-TEL-ORI; 4_Cap 3 sequenze ripetute; 5_Polimorfismi DNA (articoli); 6_genetica forense (articoli) PDF diapositive: genomica-08; genomica-09; genomica-10. Materiale didattico: 7_isocore (articoli) PDF diapositive: genomica-11; genomica-12; genomica-13. Materiale didattico: 9_organizzazione nuclei interfasici * Conoscenze minime irrinunciabili per il superamento dell'esame. N.B. La conoscenza degli argomenti contrassegnati con l'asterisco è condizione necessaria ma non sufficiente per il superamento dell'esame. Rispondere in maniera sufficiente o anche più che sufficiente alle domande su tali argomenti non assicura, pertanto, il superamento dell'esame. MATERIALE DIDATTICO Il materiale didattico viene fornito mediante file pdf caricati sulla piattaforma Studium. VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO MODALITÀ DI VERIFICA DELL'APPRENDIMENTO L'esame finale consiste in una prova scritta con domande a risposta aperta e in una prova orale/pratica. Durante il corso saranno effettuate tre prove scritte/pratiche in itinere. L esame è teso ad accertare 1) il grado di apprendimento e comprensione, 2) la capacità di analisi e di sintesi degli argomenti trattati durante il corso, 3) la capacità di applicare le competenze di tipo metodologico acquisite durante la frequenza delle lezioni e delle esercitazioni. La valutazione consiste in una votazione in trentesimi con voto minimo di 18/30.

4 DATE DEGLI APPELLI (per studenti 1 anno ripetente) PROVE IN ITINERE Le prove in itinere sono in forma scritta e concorrono nella valutazione finale. Ogni prova, che consiste in due domande a risposta aperta, viene valutata considerando i seguenti criteri: 1) pertinenza delle risposte, 2) completezza delle risposte, 3) esattezza di concetti e definizioni, 4) appropriatezza della terminologia scientifica. Nelle prove in itinere viene inoltre proposta una prova pratica: identificazione di alcuni cromosomi umani in una metafase con bandeggio G. La prova si considera superata se vengono identificati correttamente almeno la metà più uno dei cromosomi previsti. La prima prova in itinere è basata su argomenti della prima parte del programma svolto. La seconda prova in itinere è basata su argomenti della prima e della seconda parte del programma svolto. La terza prova in itinere (finale) è basata su argomenti dell'intero corso. Una valutazione positiva delle prove in itinere consente, nella prima sessione di esami, di sostenere solo la prova orale con voto delle prove in itinere sostituivo della prova di esame scritta. Lo studente con una valutazione negativa delle prove in itinere o con una valutazione ritenuta non idonea dallo studente, deve sostenere l'esame finale sia nella parte scritta che nella parte orale. In questo caso non si terrà conto della valutazione negativa conseguita nei test in itinere. PROVE DI FINE CORSO La prova di fine corso è rappresentata dalla terza prova in itinere, basata su argomenti di tutto il programma svolto. ESEMPI DI DOMANDE E/O ESERCIZI FREQUENTI Domande a risposta aperta: Correlazione tra dimensione del genoma e complessità degli organismi. I bandeggi dinamici. La risoluzione di un cariotipo e il sistema ISCN. Descrivere l organizzazione del centromero di S. cerevisiae. La neocentromerizzazione. Telomeri e invecchiamento cellulare.

5 Origine ed evoluzione delle sequenze Alu. Le sonde single-locus nella diagnosi genotipica: caratteristiche e applicabilità. Caratteristiche composizionali del genoma umano: descrivere il profilo ottenuto mediante gradiente di CsCl. Isocore ricche in GC: caratteristiche e ipotesi sulla loro origine. Organizzazione dei cromosomi nel nucleo interfasico. Organizzazione di uno speckle. Meccanismo di inattivazione allelica: struttura della cromatina e ruolo delle ICR. Il gene Xist: caratteristiche e funzioni. Parte pratica: Identificare, in una metafase di cromosomi umani con bandeggio G, i cromosomi