Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati

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Daniele Catalano
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1 Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati 1

2 Macchine per lavori interattivi e batch Nome macch. Arc. Sist. Oper. N cpu RAM Freq. sp3-1 Power III AIX GB 375 MHz sp3-2 sp4-1 Power IV GB 1100 MHz onyx2ced bw305-1 R14000 Pentium 4 IRIX 6.5 Red Hat GB 1 GB 600 MHz 2.4 GHz bw

3 Macchine riservate per lavori batch Nome macch. Arc. Sist. Oper. N cpu RAM Freq. sp4-2 Power IV AIX GB 1500 MHz sp Mhz sp x bw305 Pentium 4 Red Hat GB 2.4 GHz 3

4 Suddivisione delle Risorse di calcolo sp3 sp4 sgi linux 32 nodi 128 nodi 8 nodi 16 nodi Power III Power IV R14000 Pentium 4 4

5 Modalità di accesso alle risorse Si può utilizzare il commando ssh o telnet. Oppure il software Citrix (Ica Client) selezionando l applicazione INFOGRID tra quelle pubblicate dal software (MetaFrame Presentation server). Ex. ssh l enea sp3-1 telnet sp3-1 (solo dalla rete ENEA) 5

6 Comando per controllare lo stato delle risorse lsload R nome delle risorsa frascati (report delle macchine di una specifica risorsa) lsload frascati (report delle macchine appartenenti a tutte le risorse di Frascati) Ex. lsload R linux frascati 6

specifica risorsa) lsload frascati (report delle macchine

7 Compilatori e ambienti paralleli I compilatori disponibili sono: IBM Fortran e C su sp3 e sp4 PGI Fortran su linux MPICH Fortran e C su sp3, sp4, i386_linux e sgi GNU (gcc g77) su linux SILICON GRAPHICS Fortran e C su sgi Gli ambienti paralleli disponibili sono: MPI POE su sp3 e sp4 PVM e MPICH su sp3, sp4, linux e sgi SMP OpenMP su sp3, sp4 e sgi OpenMP + MPI su sp3 e sp4 (parallelo misto) 7

GRAPHICS Fortran e C su sgi Gli ambienti paralleli disponibili sono: MPI POE su sp3 e sp4 PVM e

8 Esempi di compilazione Seriale: xlf o pippo pippo.f pgf77 o pippo pippo.f f77 o pippo pippo.f IBM Fortran PGI Fortran SILICON GRAPHICS Fortran Parallelo: mpxlf o pippo pippo.f xlf90_r o pippo qsmp=omp pippo.f mpicc o pippo pippo.f IBM Fortran MPI IBM Fortran OpenMP MPICH i386_linux 8

f IBM Fortran PGI Fortran SILICON GRAPHICS Fortran Parallelo: mpxlf o

9 Run di un job seriale batch Scheduler LSF Comando bsub Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: bsub R* nome della risorsa* * q nome della coda ** * my_programm dove: * -R può essere sostituito con m nome della macchina * * nome della risorsa può essere uguale a ( sp3, sp4, sgi o linux ) *** nome della coda può essere uguale a ( small_10m, medium_2h, large ). Ex. bsub R sp3 q medium_2h pippo bsub m sp4-2 q large pippo

sostituito con m nome della macchina * * nome della risorsa può essere uguale a ( sp3, sp4, sgi o linux ) ***

10 Run di un job parallelo batch (solo SP3 o SP4) Scheduler LSF + LOADLEVELER Script poe.bsub Richiede il file.rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: dove: poe.sub my_programm nome della risorsa* -inp my_input out my_out err my_error queue nome della coda ** -procs n*** * nome della risorsa può essere uguale a ( sp3 o sp4) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large). *** n = 2 32 per sp3, per sp4 Ex. poe.sub pippo sp3 inp pippo.inp out pippo.out err pippo.err queue medium_2h procs 16

sub my_programm nome della risorsa* -inp my_input out my_out err my_error queue nome della coda ** -procs n*** * nome della risorsa può

11 Run di un job parallelo PVM batch Scheduler LSF Script mcnp.bsub Richiede il file.rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: mcnp.sub i=my_programm nome della risorsa* queue nome della coda ** tasks n***x1 dove: * nome della risorsa può essere uguale a (sp3,sp4 o sgi ) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large) *** n = 2 32 per sp3, per sp4, 8 per sgi Ex. mcnp.sub i=pippo sp3 queue medium_2h tasks 16*1 11

sub i=my_programm nome della risorsa* queue nome della coda ** tasks n***x1 dove: * nome della risorsa può essere

12 Run di un job parallelo interattivo (I386_linux) MPI Parallel environment MPICH Richiede il file.rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina linux scrivere: mpirun np n* -machinefile my_machinefile ** pippo dove: * n= 2 16 ** my_machinefile è un file che contiene l elenco delle macchine Ex. mpirun np 8 machinefile hostfile pippo

rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina linux scrivere: mpirun np n*

13 Comandi per controllare lo stato dei jobs sottomessi bjobs lista dei propri jobs in esecuzione o in coda d attesa bjobs u all lista di tutti i jobs bkill cancella un job in coda bpeek lista dello standard output Per ottenere ulteriori informazioni sull utilizzo dei comandi digitare: man nome del comando

bkill cancella un job in coda bpeek lista dello standard output Per

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