Laboratorio di Informatica 2004/ 2005 Corso di laurea in biotecnologie - Novara Viviana Patti Esercitazione 6 2.

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1 Laboratorio di Informatica 2004/ 2005 Corso di laurea in biotecnologie - Novara Viviana Patti patti@di.unito.it Esercitazione 6 1 Info&Bio Bio@Lab Banche dati biologiche Esercitazione 6 2 1

2 Es1. Ricerca di sequenze di amminoacidi in banche dati biologiche Prima fase - obiettivi: Ricerca di 3 proteine in ENTREZ Salva i dati che descrivono le 3 proteine in formato testo Importa i dati in un foglio di lavoro Excel che costituirà il tuo Report Salva i due elementi in formato FASTA (solo informazione relativa alla sequenza) su file di testo Importa anche le sequenze in formato FASTA dei 3 elementi nel foglio di lavoro Excel Esercitazione 6 3 Ricerca su ENTREZ cerchiamo sequenze proteiche Esercitazione 6 4 2

3 α-catena emoglobinica del cavallo Query: Search Protein for Equus caballus; ricerca Limited to -> seleziona Organism parola chiave Esercitazione 6 5 α-catena emoglobinica del cavallo Query: Search Protein for hemoglobin; ricerca Limited to -> seleziona Protein Name parola chiave Esercitazione 6 6 3

4 α-catena emoglobinica del cavallo Query: Uso la History: #1 AND #2 AND alpha Limited to Protein Name query complessa con operatori booleani; operandi: riferimenti a query precedenti e alpha limitato alle occorrenze nel campo protein name Esercitazione 6 7 α-catena emoglobinica del cavallo Eureka! Ho solo 3 sequenze che corrispondono ai criteri specificati nell'ultima query, fra cui quella cercata P01958 Esercitazione 6 8 4

5 History delle query Osserva: Usando gli operatori booleani, le parole chiave giuste e i limiti sulle parole chiave sono riuscita procedendo per passi successivi a esprimere una query soddisfatta da sole 3 sequenze della banca dati; fra queste c'è quella cercata Esercitazione 6 9 Osserva Data la storia La Query: #1 AND #2 AND alpha Field Protein Name è equivalente alla query: Equus caballus Field Organism AND hemoglobin Field Protein Name AND alpha Field Protein name Esercitazione

6 P01958 Salva su un file di solo testo l'informazione sull'elemento (visualizzazione di default): emoa_cavallo_completo.txt Osserva: Banca dati sorgente: SWISSPROT Esercitazione 6 11 P01958 Prova a visualizzare l'informazione sulla proteina selezionata in vari formati: FASTA XML ASN.1 graphics Esercitazione

7 Salva la sequenza FASTA Salva su un file di solo testo la sequenza in formato FASTA: emoa_cavallo.txt Esercitazione 6 13 Importa i risultati ottenuti in Excel Creare una nuova cartella di lavoro Excel (bioinfo.xls) e riportare in Foglio1 i dati del risultato trovato come in figura (ID, nome completo, organismo, articoli scientifici di riferimento e data di pubblicazione, ecc.): usa la funzionalità di Import automatico (Dati -> Import...) riportare in fondo allo stesso foglio i dati della sequenza in FASTA rinomina Foglio 1: EmoAlphaCavallo Esercitazione

8 α-catena emoglobinica dell'uomo Utilizzando Entrez cercare la catena emoglobinica alpha dell'uomo Supponete questa volta di avere il codice esatto che identifica la proteina nella banca dati: entry P01922 Usate il codice come parola chiave nella query Esercitazione 6 15 α-catena emoglobinica dell'uomo Selezionate l'unico elemento restituito Salvate sia l'informazione completa sull'elemento, sia la sequenza FASTA -> File emoa_uomo.txt Esercitazione

9 Importa i risultati ottenuti in Excel riportare su Excel in un nuovo foglio di lavoro i dati del nuovo risultato trovato (ID, nome completo, organismo, articoli scientifici di riferimento e data di pubblicazione, ecc.) riportare in fondo allo stesso foglio i dati della sequenza in FASTA; rinomina il foglio: EmoAlphaUomo Esercitazione 6 17 β-catena emoglobinica del cavallo Utilizzando Entrez cercare la catena emoglobinica beta del cavallo Salvare la sequenza sia nel formato con annotazioni sia in FASTA Riportare su Excel in un nuovo foglio di lavoro i dati del nuovo risultato trovato (ID, nome completo, organismo, articoli scientifici di riferimento e data di pubblicazione, ecc.) Riportare in fondo allo stesso foglio i dati della sequenza in FASTA; Rinominare il foglio: EmoBetaCavallo Esercitazione