Prodotti Elucigene QST*R Guida all analisi Prodotto da: Gen-Probe Life Sciences Ltd. Oaks Business Park Crewe Road Wythenshawe Manchester M23 9HZ, Regno Unito Vendita, assistenza clienti e assistenza tecnica: T: +49 (0) 6122 7076451 F: +49 (0) 6122 7076155 E: eucustomerservice@hologic.com E: eutechnicalsupport@hologic.com AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 1 di 32
Analisi GeneMapper Introduzione La sezione seguente descrive le procedure per l analisi dei campioni di risultati Elucigene QST*R mediante i pacchetti software Applied Biosystems GeneMapper (versione 3.7 o successiva) nonché le modalità di inserimento dei dati tabellari nel modello di rapporto QST*R in formato Excel. Processo di analisi Il processo per l analisi dei campioni è riepilogato nel diagramma di flusso riportato di seguito: AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 2 di 32
GeneMapper Aprire il file del programma GeneMapper e importare i file FSA necessari facendo clic sul pulsante add samples to project (aggiungi campioni a progetto). Cercare la cartella di analisi desiderata nell elenco delle cartelle sul lato sinistro della finestra. Selezionare la cartella e fare clic sul pulsante Add to List >> (Aggiungi a elenco). La cartella di analisi sarà ora visualizzata nella finestra samples to add (campioni da aggiungere). Facendo doppio clic sull icona della cartella di analisi in questa finestra viene visualizzato ciascun file FSA da importare (Figura 1). Quindi, vengono aggiunti i campioni facendo clic sul pulsante Add (Aggiungi). Figura 1: Campioni pronti per essere aggiunti al progetto AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 3 di 32
Importazione delle impostazioni di analisi di QST*R GeneMapper in GeneMapper Manager È necessario importare le impostazioni QST*R per GeneMapper. Questo processo viene controllato tramite l interfaccia GeneMapper Manager. Le impostazioni di QST*R GeneMapper sono disponibili sul sito web di Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Avviare il programma GeneMapper Manager facendo clic sull icona (Figure 2 e 3). Figura 2: Apertura di GeneMapper Manager Figura 3: Interfaccia di GeneMapper Manager AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 4 di 32
2. Selezionare la scheda Analysis Methods (Metodiche di analisi) e fare clic sul pulsante di importazione. 3. Cercare i file delle impostazioni dell analisi QST*R necessari, 3130 o 3500, e importarli (Figura 4). Figura 4: Importazione delle metodiche di analisi 4. Ripetere il processo selezionando la scheda corretta e importando i rispettivi file per: Table Settings (Impostazioni tabelle) Plot Settings (Impostazioni grafico) Size Standards (Size standard) Nota - Cluster Plot Settings (Impostazioni grafico cluster), Matrices (Matrici), SNP Sets (Set SNP) e Report Settings (Impostazioni rapporti) non richiedono l importazione di file. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 5 di 32
Importazione delle impostazioni dei pannelli QST*R in Panel Manager (Gestione pannelli) È necessario importare le impostazioni del file bin e dei pannelli QST*R per GeneMapper. Questo processo viene controllato tramite l interfaccia Panel Manager (Gestione pannelli). Le impostazioni del file bin e dei pannelli QST*R GeneMapper sono disponibili sul sito web di Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Aprire il programma Panel Manager facendo clic sull icona. 2. Fare clic su Panel Manager (Gestione pannelli) nella finestra di navigazione sinistra. La voce appare ora evidenziata in celeste. 3. Selezionare File/Import Panels (File/Importa pannelli). Cercare il file dei pannelli GeneMapper anan000 gmbf*.txt e importarlo (Figura 5). 4. Il file dei pannelli verrà ora visualizzato nella finestra di navigazione sinistra. Fare clic sul file dei pannelli per accertarsi che sia evidenziato in celeste. 5. Selezionare File/Import Bin Set (File/Importa set bin). Cercare il file bin GeneMapper anan000 gmbf*.txt e importarlo (Figura 6). 6. Fare clic su Apply (Applica) e poi su OK. Figura 5: Importazione del file dei panelli QST*R AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 6 di 32
Figura 6: Importazione del file del set bin QST*R Modifica del file dei parametri di analisi Potrebbe essere necessario modificare la voce predefinita Analysis Ranges (Intervalli di analisi) nelle impostazioni di analisi QST*R in previsione delle variazioni a livello locale delle condizioni di analisi. L intervallo minimo di analisi dipenderà dal capillare e dal polimero utilizzati durante l acquisizione dei dati. Per visualizzare le attuali impostazioni di analisi: 1. Aprire GeneMapper Manager. 2. Selezionare la scheda Analysis Methods (Metodiche di analisi). Il file QST*R sarà elencato come QSTR Analysis (Analisi QSTR). 3. Fare clic su QSTR Analysis (Analisi QSTR). La riga appare ora evidenziata. 4. Fare clic sul pulsante Open (Apri) e selezionare la scheda Peak Detector (Rivelatore picco) (Figura 7). Per impostazione predefinita, gli intervalli di analisi sono impostati in modo da iniziare a 2.000 e finire a 18.000. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 7 di 32
Figura 7: Intervalli di analisi Per individuare il corretto intervallo di analisi per il proprio laboratorio: 1. Nella finestra principale di GeneMapper, fare doppio clic sulla cartella di analisi importata per visualizzare un elenco dei file FSA in essa contenuti. 2. Selezionare un file FSA. 3. Facendo clic sulla scheda Raw data (Dati grezzi) viene visualizzato un elettroferogramma dei dati grezzi. 4. Utilizzando come guida il primo picco del size standard (ad es., 75 bp di GS500LIZ), selezionare un punto di dati di circa 100 punti più largo (Figura 8). In questo modo si determina il punto più basso nell intervallo analizzabile. 5. Assicurarsi che l intervallo massimo di analisi comprenda il picco più largo del size standard (ad es., 500 bp di GS500LIZ o 600 bp di GS600LIZv2). 6. Inserire i nuovi valori nel file di analisi QST*R (per accedervi procedere come indicato sopra). AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 8 di 32
Figura 8: Individuazione dell intervallo minimo utilizzando i dati grezzi dei campioni Analisi dei file QST*R importati 1. Nella finestra principale di GeneMapper selezionare QST*R Table settings (Impostazioni tabella QST*R) (Figura 9). Figura 9: Menu a discesa delle impostazioni della tabella QST*R 2. Nella finestra principale di GeneMapper selezionare la prima cella in Analysis Method (Metodiche di analisi), quindi dal menu a discesa selezionare QSTR Analysis 3130 (Analisi QSTR 3130) oppure QSTR Analysis 3500 (Analisi QSTR 3500). Ripetere il processo per il size standard, selezionando QSTRLIZ500 oppure QSTRLIZ600 dal menu a discesa. 3. Selezionare il pannello QSTR gm* e fare clic sul sottopannello appropriato (Figura 10). 4. Riempire ciascuna colonna selezionando l intestazione e premendo i tasti CTRL+D. 5. Fare clic su per avviare l analisi dei campioni. Assegnare un nome al progetto quando viene richiesto. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 9 di 32
Figura 10: Selezione delle impostazioni del pannello QST*R Esame dei dati QST*R 1. Selezionare il campione da analizzare (evidenziare la riga del campione). 2. Fare clic su per Display Plots (Visualizzare i grafici). 3. Selezionare QST*R Plot settings (Impostazioni del grafico QST*R) (Figura 11). Figura 11: Impostazioni del grafico QST*R, menu a discesa. 4. Nella finestra del grafico viene visualizzato il profilo del campione con i dati tabellari (Figura 12). GeneMapper assegna automaticamente le etichette a non più di due picchi per ciascun marker. Se per un marker sono presenti tre alleli, il terzo picco non etichettato dovrà essere etichettato manualmente (vedere: Modifica manuale dei profili). Nota - Gli intervalli dell entità di ciascun marker si basano sui dati precedentemente osservati. Gli alleli rari potrebbero cadere al di fuori di un dato intervallo dell entità del marker e potrebbe essere necessario regolare di conseguenza il set bin. 5. Si consiglia di attivare l opzione Single click editing (Modifica con singolo clic) nella finestra del grafico. A tal fine selezionare Alleles/set click editing (Alleli/imposta modifica con clic) e assicurarsi che questa opzione sia selezionata. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 10 di 32
Figura 12: Finestra dei grafici dei campioni in cui sono visualizzati i dati dei tracciati etichettati e la relativa tabella dei genotipi AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 11 di 32
Modifica manuale dei profili AVVERTENZA! GeneMapper assegnerà le etichette solo a non più di due picchi per marker. Pertanto, potrebbe essere necessario modificare i profili manualmente, ossia quando occorre assegnare le etichette ai terzi picchi (se presenti) o quando occorre rimuovere le etichette dai picchi "stutter". Per aggiungere l etichetta a un picco, fare clic con il pulsante sinistro del mouse sul picco non etichettato. Viene visualizzata l opzione che consente di aggiungere un commento ad un allele. Fare clic su OK. Il picco viene ora etichettato con le informazioni relative alle dimensioni, espresse in paia di basi, e all area del picco. Il picco appena etichettato verrà incorporato automaticamente nella tabella. Per rimuovere l etichetta da un picco, fare clic con il pulsante sinistro del mouse sull etichetta del picco. Viene visualizzata l opzione che consente di eliminare il commento relativo ad un allele. Fare clic su OK. L etichetta del picco viene ora rimossa. I dati eliminati relativi al picco verranno automaticamente rimossi dalla tabella. Per ulteriori informazioni sulla valutazione dei campioni QST*R, consultare la documentazione Elucigene QST*R Instructions for Use (Istruzioni per l uso) e Guide to Interpretation (Guida all interpretazione) disponibile sul sito web di Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ Copia dei dati tabellari 1. Evidenziare tutte le righe della tabella in basso nella finestra dei grafici. 2. Copiare le righe selezionate premendo i tasti CTRL+C. Modello di rapporto QST*R I modelli di rapporto QST*R possono essere utilizzati per determinare i rapporti dei picchi per un marker. Il modello di rapporto per ciascuno dei prodotti nell intervallo QST*R è disponibile sul sito web di Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services/ 1. Aprire l apposito file del modello di rapporto. 2. Se nel modello di rapporto viene visualizzato un avviso di protezione che indica che le macro sono state disattivate, fare clic sul pulsante di opzione come indicato nella Figura 13. 3. Verrà visualizzata la finestra Security Options (Opzioni di protezione) (Figura 14). Selezionare l opzione Enable this content (Attiva il contenuto) e fare clic su OK. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 12 di 32
Figura 13 - Avviso di protezione (macro disattivate) Figura 14 - Finestra Security Options (Opzioni di protezione) (per attivare le macro) 4. Selezionare il foglio elettronico Import GM (Importa GM) e assicurarsi che la cella A1 sia selezionata. 5. Incollare i dati tabellari copiati da GeneMapper premendo i tasti CTRL+V e fare clic immediatamente sul pulsante Sort (Ordina) (Figura 15). Nota - Per poter eseguire la funzione Sort (Ordina) tutti i dati incollati DEVONO essere selezionati. 6. Selezionare la scheda QSTR-GM (che indicherà quale foglio elettronico è attualmente utilizzato). Il rapporto dei risultati contiene ora tutte le informazioni sui picchi e i rapporti relativi al campione (Figura 16). AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 13 di 32
Figura 15: Esempio di tabella GeneMapper importata per QST*Rplusv2 Figura 16: Esempio di rapporto QST*Rplusv2 AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 14 di 32
Valutazione del rapporto 1. La trisomia è determinata dalle seguenti condizioni: a) Due picchi di altezza diversa. Tale condizione è dovuta al fatto che uno dei picchi rappresenta due alleli comuni a entrambi i genitori. In questo caso il rapporto tra i due picchi verrà classificato come 2:1 o 1:2, dove A1/A2 fornirà un risultato nella regione compresa tra 1,8 e 2,4 quando il picco che rappresenta l allele più corto ha un area più grande rispetto al picco che rappresenta l allele più lungo, oppure dove A1/A2 fornirà un risultato nella regione compresa tra 0,45 e 0,65 quando il picco che rappresenta l allele più corto ha un area più piccola rispetto al picco che rappresenta l allele più lungo. In entrambi i casi nella colonna Warning (Avviso) verrà visualizzata la scritta Ratio (Rapporto). b) Presenza di tre picchi di altezza comparabile. Il rapporto dei picchi verrà classificato come 1:1:1 e i rispettivi valori cadranno all interno dell intervallo 0,8 1,4 (sebbene, per gli alleli che si discostano tra loro di più di 24 bp, si considera accettabile un rapporto con valore fino a 1,5). In questo caso nella colonna Warning (Avviso) verrà visualizzata la scritta 3 Alleles (3 alleli). 2. Per poter interpretare un risultato come anomalo (ossia, presenza di una trisomia), è necessario individuare almeno due marker informativi coerenti con il genotipo a tre alleli mentre tutti gli altri marker possono risultare non informativi. Non è consigliabile interpretare un risultato come anomalo basandosi sulle informazioni ottenute da un unico marker. 3. Per interpretare un risultato come normale, è necessario individuare almeno due marker informativi coerenti con un genotipo diallelico mentre tutti gli altri marker possono risultare non informativi. Un risultato normale indica il normale complemento di due per i cromosomi analizzati. 4. I rapporti dell area dei picchi che cadono tra gli intervalli normale e anomalo vengono classificati come inconcludenti. I risultati inconcludenti possono essere risolti utilizzando i kit per singoli cromosomi. 5. In assenza di qualunque dato sui picchi relativo a un marker, nella colonna Warning (Avviso) verrà visualizzata la scritta Absent (Assente). Questo avviso verrà visualizzato regolarmente in assenza dei marker del cromosoma Y. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 15 di 32
Analisi GeneMarker Introduzione La sezione seguente descrive le procedure per l analisi dei campioni di risultati Elucigene QST*R utilizzando i pacchetti software SoftGenetics GeneMarker (versione 1.65 e successiva). Le immagini utilizzate in questa sezione sono state ottenute dalla versione 1.85 del software GeneMarker. Processo di analisi Il processo per l analisi dei campioni è riepilogato nel diagramma di flusso riportato di seguito: AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 16 di 32
Aggiunta di file dei campioni a GeneMarker Aprire il file del programma GeneMarker e selezionare Open Data (Apri dati) quando richiesto. Viene visualizzata la finestra Open Data Files (Apri file di dati). Fare clic sul pulsante Add (Aggiungi). Viene visualizzata la finestra di dialogo Open (Apri). Cercare la directory contenente i file di dati grezzi. Selezionare tutti i file premendo i tasti CTRL+A o utilizzare i tasti CTRL e/o MAIUSC per selezionare singoli campioni. Fare clic sul pulsante Open (Apri) nella finestra di dialogo Open (Apri). I file selezionati verranno visualizzati nel campo Data File List (Elenco file di dati) (Figura 1). Figura 1: Campioni aggiunti all elenco dei file di dati Fare clic sul pulsante OK nella finestra Open Data Files (Apri file di dati) e i campioni saranno caricati in GeneMarker. Il software apre quindi automaticamente la finestra Raw Data Analysis (Analisi dati grezzi) (Figura 2). AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 17 di 32
Figura 2: Finestra Raw Data Analysis (Analisi dati grezzi) AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 18 di 32
Importazione delle impostazioni dei pannelli QST*R GeneMarker È necessario importare le impostazioni dei pannelli QST*R per GeneMapper. Questo processo viene controllato tramite l interfaccia Panel Editor (Editor pannelli). Le impostazioni dei pannelli QST*R GeneMapper sono disponibili sul sito web di Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services Aprire Panel Editor (Editor pannelli) dal menu a discesa Tools (Strumenti). Figura 3: Selezione di Panel Editor (Editor pannelli) Selezionare Import Panels (Importa pannelli) dal menu a discesa File. Figura 4: Importazione dei pannelli Cercare, ad esempio, il pannello anan0pl_gupf***.xml e importarlo. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 19 di 32
Nota - * indica un numero di versione a tre cifre (ad es., anan0pl_gupf002.xml) Ripetere il processo come indicato per gli altri rispettivi file dei pannelli. Elaborazione dei dati Dopo il caricamento in GeneMarker, i file di dati grezzi sono pronti per essere elaborati. La fase di elaborazione include l applicazione di un size standard, l applicazione di filtri ai picchi che generano interferenze e, volendo, il confronto con un pannello di alleli noto. GeneMarker combina tutte queste fasi in un unico, semplice strumento denominato Run Wizard (Procedura guidata di analisi) (Figura 5). Per accedere alla procedura guidata di analisi basta fare clic sull icona Run Project (Progetto di analisi) nella barra degli strumenti principale. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 20 di 32
Run Wizard (procedura guidata di analisi) Creazione di un modello di analisi Per poter analizzare i dati QST*R, è necessario creare un modello di analisi al primo utilizzo del software. Tale operazione viene eseguita tramite la Run Wizard (procedura guidata di analisi). Per accedere alla Run Wizard (procedura guidata di analisi) basta fare clic sull icona Run Project (Progetto di analisi) nella barra degli strumenti principale. Assegnare un nome al modello, ad es. QSTR. Selezionare il Panel (pannello), il Size Standard, il Standard Colour (colore dello standard) e il Analysis Type (tipo di analisi) nei rispettivi campi come illustrato sotto nella Figura 5. Fare clic su Save (Salva) per memorizzare il modello da utilizzare nelle analisi successive. Fare clic su Next (Avanti) per continuare. Figura 5: Run Wizard (procedura guidata di analisi) - Finestra Template Selection (selezione del modello) AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 21 di 32
Run Wizard (procedura guidata di analisi) - Data Process (Elaborazione dati) La finestra Data Process (Elaborazione dati) della Run Wizard (procedura guidata di analisi) consente di selezionare i parametri dei filtri da applicare ai picchi. Selezionare le impostazioni di analisi appropriate nella finestra Data Process (Elaborazione dati) come illustrato nella figura sotto. Fare clic su Next (Avanti) per continuare. Nota - L impostazione dell intervallo di analisi nella finestra di analisi dei dati grezzi varia in base al polimero utilizzato durante la raccolta dei dati. L operatore deve selezionare un valore di partenza del punto di dati che includa il picco del size standard di 75 bp. Figura 6: Run Wizard (procedura guidata di analisi) - Finestra Data Process (Elaborazione dati) Nota - Per 3500 dati, aumentare l intensità minima a 150. Run Wizard (procedura guidata di analisi) Additional Settings (Altre impostazioni) Quando si esegue l analisi QST*R, non sono richieste altre impostazioni. Fare clic su OK per continuare. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 22 di 32
Figura 7: Run Wizard (procedura guidata di analisi) Additional Settings (Altre impostazioni) AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 23 di 32
Finestra Data Processing (Elaborazione dei dati) Dopo aver fatto clic su OK nella finestra Run Wizard Additional Settings (Procedura guidata di analisi - Altre impostazioni), viene visualizzata la finestra Data Processing (Elaborazione dei dati) (Figura 8). I dati grezzi vengono elaborati e calibrati, vengono applicati i parametri dei filtri, quindi viene applicato il pannello QST*R selezionato. Al termine dell analisi, fare clic su OK nella finestra Data Processing (Elaborazione dei dati). Figura 8: Finestra Data Processing (Elaborazione dei dati) AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 24 di 32
Finestra di analisi principale La finestra di analisi principale (Figura 9) di GeneMarker presenta un formato facile da usare. Questo formato include: elenco dei file dei campioni - visualizzato a sinistra nella finestra; immagine gel sintetica - visualizzata nella parte superiore della finestra; elettroferogrammi dei dati - sotto l immagine gel; tabella dei rapporti - visualizzata sul lato destro della finestra. In questa finestra è importante verificare che tutti i picchi appropriati in ciascun profilo siano stati assegnati correttamente. Fare doppio clic su ciascun campione in sequenza nell elenco dei file dei campioni sul lato sinistro della schermata. Fare clic con il pulsante destro del mouse su qualsiasi picco in questione e scegliere tra le opzioni nella finestra di dialogo, ad esempio modificare o eliminare alleli, confermare o meno come pertinente. Nella finestra di analisi principale selezionare l opzione del menu a discesa Applications (Applicazioni) nella parte superiore della schermata. Selezionare Trisomy Analysis (Analisi trisomia). Verrà visualizzata la finestra Trisomy Analysis Settings (Impostazioni analisi trisomia) (Figura 10). Figura 9: Finestra di analisi principale AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 25 di 32
Figura 10: Finestra Trisomy Analysis Settings (Impostazioni analisi trisomia) Nota - Per 3500 dati, aumentare l intensità minima a 150. Trisomy Analysis Settings (impostazioni per l analisi della trisomia) Nella finestra Trisomy Analysis Settings (Impostazioni analisi trisomia) sono disponibili due schede: Scheda Analysis (Analisi) Scheda Statistics Plot (Grafico statistico) Scheda Analysis (Analisi) La scheda Analysis (Analisi) fornisce le opzioni di impostazione soglia per l analisi della trisomia. Assicurarsi che nella finestra di analisi sia selezionato BPG e che siano visualizzate le seguenti impostazioni: Peak Height (Altezza picco) 50: altezza minima di 50 per l assegnazione dei picchi (150 se si usano 3500 dati.) Height Ratio (Rapporto altezze) 30%: massima percentuale del picco principale che il secondo picco deve raggiungere affinché possano essere identificati due alleli. Quantification by Peak Area (Quantificazione per Area picco). Casella di controllo Shorter Length/Longer Length (Lunghezza maggiore/minore) selezionata. Valori soglia del Trisomy Ratio (rapporto della trisomia) compresi tra 0,80 e 1,40. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 26 di 32
Casella di controllo Apply Linear Correction (Applica correzione lineare) deselezionata. Fare clic su OK. Finestra Trisomy Analysis (Analisi trisomia) La finestra Trisomy Analysis (Analisi trisomia) (Figura 11) permette all operatore di esaminare i dati dei campioni QST*R e di visualizzare il rapporto dei picchi per ciascun marker, nonché di accedere al rapporto GeneMarker. Nella finestra vengono visualizzate numerose funzioni che assistono l operatore nell analisi dei dati. Esse sono: Elenco dei campioni Elettroferogramma Grafico dei rapporti Tabella dei rapporti Figura 11: Finestra Trisomy Analysis (Analisi trisomia) Per informazioni più dettagliate sulle funzioni di analisi della trisomia e sul loro utilizzo, consultare il GeneMarker Manual (Manuale GeneMarker). AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 27 di 32
Rapporto GeneMarker GeneMarker include un modello di rapporto compatibile con i kit Elucigene QST*R. Per accedere al rapporto fare clic sull icona Print (Stampa) che si trova in alto a sinistra nella barra degli strumenti della finestra Trisomy Analysis (Analisi trisomia). Verrà visualizzata la finestra delle Trisomy Print Settings (impostazioni di stampa della trisomia) (Figura 12). Finestra delle Trisomy Print Settings (impostazioni di stampa della trisomia) Nella finestra delle impostazioni di stampa della trisomia sono elencate le opzioni per l inclusione e la visualizzazione dei dati dei campioni nel rapporto GeneMarker. Selezionare le opzioni come illustrato nella Figura 12. Assicurarsi che le impostazioni relative alla casella Custom Size Range (Mostra intervallo dimensioni personalizzate) siano comprese tra 98 bp (Start [Inizio]) e 510 bp (End [Fine]). Figura 12: Finestra delle Trisomy Print Settings (impostazioni di stampa della trisomia) AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 28 di 32
Anteprima del rapporto GeneMarker Fare clic su Preview (Anteprima) per visualizzare il rapporto GeneMarker (Figura 13). Da questa finestra l operatore può controllare e stampare tutti i dati relativi al picco del campione attraverso tutti i marker, ottenendo un semplice rapporto del campione di una o due pagine. Figura 13: Rapporto GeneMarker Il rapporto GeneMarker include le seguenti funzioni: Titolo del rapporto: contiene informazioni sull analisi, sul progetto, sul campione e sui parametri. Casella delle firme: data e spazio per le iniziali dei revisori del rapporto. Elettroferogramma: simile a quello della finestra Trisomy Analysis (Analisi trisomia); in esso vengono visualizzati tutti i coloranti del tracciato del campione. Tabella dei rapporti: vengono visualizzati i valori relativi ai picchi e ai marker selezionati per il campione corrente. I riferimenti alla trisomia sono evidenziati in grigio. La tabella contiene anche una colonna di controllo per le iniziali dei revisori. Grafico dei rapporti corretto: contiene i punti del grafico dell intero set di dati per tutti i marker presenti nel colorante. Le forme dei simboli rappresentano i diversi marker e possono essere decifrate dalla riga Symbol (Simbolo) nella Report Table (Tabella dei rapporti). I simboli con sfondo giallo rappresentano i punti di dati relativi al campione corrente. I simboli con contorno rosso rappresentano i riferimenti alla trisomia. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 29 di 32
Nota - Il grafico dei rapporti corretto è riportato nella seconda pagina per ogni campione solo quando nella finestra delle impostazioni di Trisomy Print Report Settings (stampa del rapporto della trisomia è selezionata) la casella Ratio Plot (Grafico dei rapporti). AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 30 di 32
Etichette dei picchi Le etichette dei picchi sono contrassegnate a colori in base alla qualità della corrispondenza tra il picco rilevato e i bin dei pannelli osservati. Nell elettroferogramma, i marker sono barre grigie orizzontali e il centro dei picchi è contrassegnato con una barra grigia verticale. I picchi che cadono al di fuori dei marker o bin del pannello sono contrassegnati in rosso come OL (fuori scala). Nota - Le differenze in termini di tipo di polimero della macchina e size standard potrebbero necessitare di un ottimizzazione dei marker bin al fine di adattare il software alle condizioni di analisi utilizzate. Ulteriori informazioni sulla modifica dei bin dei pannelli sono disponibili nel GeneMarker Manual (Manuale GeneMarker) in dotazione al software. Valutazione del rapporto Le linee guida generali per l analisi sono descritte nella sezione Analysis and Interpretation of Results (Analisi e interpretazione dei risultati) delle Instructions for use (Istruzioni per l uso) disponibili sul sito web di Gen-Probe: www.gen-probe.com/global/products-services 1. La trisomia è determinata dalle seguenti condizioni: a) Due picchi di altezza diversa. Tale condizione è dovuta al fatto che uno dei picchi rappresenta due alleli presenti in uno o in entrambi i genitori. In questo caso il rapporto tra i due picchi verrà classificato come 2:1 o 1:2, dove A1/A2 fornirà un risultato nella regione compresa tra 1,8 e 2,4 quando il picco che rappresenta l allele più corto ha un area più grande rispetto al picco che rappresenta l allele più lungo, oppure dove A1/A2 fornirà un risultato nella regione compresa tra 0,45 e 0,65 quando il picco che rappresenta l allele più corto ha un area più piccola rispetto al picco che rappresenta l allele più lungo. b) Presenza di tre picchi di altezza comparabile. Il rapporto dei picchi verrà classificato come 1:1:1 e i rispettivi valori cadranno all interno dell intervallo 0,8 1,4 (sebbene, per gli alleli che si discostano tra loro di più di 24 bp, si considera accettabile un rapporto con valore fino a 1,5). Nota - I marker avranno un ombreggiatura grigia nella tabella dei rapporti se: Il rapporto dei picchi per un marker cade al di fuori dei limiti predefiniti (0,8 e 1,4). Vengono individuati tre alleli. 2. Per poter interpretare un risultato come anomalo (ossia, presenza di una trisomia), è necessario individuare almeno due marker informativi coerenti con il genotipo a tre alleli mentre tutti gli altri marker possono risultare non informativi. Non è consigliabile interpretare un risultato come anomalo basandosi sulle informazioni ottenute da un unico marker. 3. Per interpretare un risultato come normale, è necessario individuare almeno due marker informativi coerenti con un genotipo a due alleli mentre tutti gli altri marker possono risultare non informativi. Un risultato normale indica il normale complemento di due per i cromosomi analizzati. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 31 di 32
4. I rapporti dell area dei picchi che cadono tra gli intervalli normale e anomalo vengono classificati come inconcludenti. I risultati inconcludenti possono essere risolti utilizzando i kit per singoli cromosomi. ELUCIGENE e QST*R sono marchi commerciali di Gen-Probe Life Sciences Ltd. GENEMAPPER è un marchio commerciale di Life Technologies Corporation. GENEMARKER è un marchio commerciale di SoftGenetics Corporation. Nota per l acquirente: licenza limitata I polinucleotidi marcati con i coloranti VIC, NED e PET e/o il rispettivo impiego possono essere coperti da uno o più brevetti di proprietà di Applied Biosystems, LLC. Il prezzo di acquisto di questo prodotto include diritti limitati, non trasferibili secondo specifiche rivendicazioni di alcuni brevetti appartenenti ad Applied Biosystems, LLC che prevedono l uso della sola quantità stabilita di prodotto esclusivamente per procedure condotte dall acquirente a scopo di rilevamento del/dei target nel settore della diagnostica umana. Non sono concessi altri diritti. Per ulteriori informazioni sull acquisto di licenze relative ai coloranti sopra indicati, rivolgersi al Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, USA. Copyright 2013 Gen-Probe Life Sciences Ltd. AN000GSIT Rev.10/2013 Pagina 32 di 32