1. TITOLO DELLA INFRASTRUTTURA DI RICERCA (titolo esteso e acronimo)

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1 Page 1 of 12 Scheda per la segnalazione di Infrastrutture di Ricerca (IR) per la Roadmap Italiana 1. TITOLO DELLA INFRASTRUTTURA DI RICERCA (titolo esteso e acronimo) TITOLO ESTESO ACRONIMO Centro di Genomica strutturale: sequenziamento, risequenziamento e bioinformatica SERIBI 1.1 PROPONENTE (Ente di Ricerca, Consorzio Universitario, Associazione di scopo pubblico/privato) Istituto di Genomica Applicata, Udine. L Istituto di Genomica Applicata (IGA) è una associazione di scopo senza fini di lucro nata come spin-off dell'università di Udine nel 2006 grazie alla volontà di quattro professori/ricercatori, l Università di Udine e Friuli Innovazione. I laboratori (400m2) dell IGA sono dotati di una piattaforma di sequenziamento di DNA ad alta processività ed un laboratorio di bioinformatica dotato di macchinari aventi alte capacità di calcolo parallelo. La struttura si trova presso il Parco Scientifico e Tecnologico Danieli di Udine. L Istituto si propone come infrastruttura per la genomica strutturale delle specie vegetali in coordinamento con il Centro di Genomica Funzionale Vegetale collocato all interno del Dipartimento Scientifico e Tecnologico dell Università degli Studi di Verona e con le Piattaforme integrate per lo studio di genomi di Solanaceae (GenoSOL) e per lo studio di genomi del frumento duro (GenoFRU). 1.2 IDENTIFICAZIONE DEL BACINO DI UTENZA (Campo di attivita, dimensione e carattere dell utenza prevalente nazionale/internazionale)campo di attivita. L attività di ricerca dell'ir in generale si sviluppa secondo le seguenti linee di azione: 1. analisi della struttura dei genomi 2. studio delle dinamiche evolutive dei genomi e della genetica di popolazione 3. correlazione della diversità genetica con la variazione fenotipica 4. scoperta delle basi molecolari dei caratteri complessi 5. descrizione, simulazione e predizione dei processi biologici attraverso algoritmi e strumenti bioinformatici 6. caratterizzazione, protezione e valorizzazione delle risorse naturali rilevanti nell industria agroalimentare e delle produzioni non-food 7. promozione dell' innovazione attraverso il trasferimento dei risultati della ricerca al mondo produttivo 8. diffusione della cultura scientifica L interesse primario dell IGA è rivolto a completare l infrastruttura per la genomica strutturale includendo il sequenziamento de novo, il risequenziamento e la bionformatica con particolare attenzione alle specie vegetali, in coordinamento e a

2 Page 2 of 12 complementazione dell infrastruttura per la genomica funzionale di Verona. I due centri hanno già collaborato attivamente nel progetto di sequenziamento del genoma della vite (iniziativa congiunta Italia-Francia) che ha portato al rilascio della prima bozza di elevata qualità della sequenza nucleotidica di riferimento del genoma di Vitis vinifera, la prima relativa ad una specie da frutto, coltivata sia per il consumo fresco sia per la trasformazione. I dettagli di questa ricerca sono pubblicati nell articolo dell'autorevole rivista scientifica Nature (26 Agosto 2007). I risultati di questa ricerca rappresentano il punto di partenza per capire la funzione dei geni, valutare con precisione la variabilità genetica naturale di questa specie e determinare l importanza nell influenzare lo sviluppo della pianta e la qualità del prodotto, anche in risposta agli stimoli ambientali. La collaborazione nelle ulteriori analisi sul genoma della vite è tuttora attiva e continuativa. La IR qui proposta mira a offrire a centri di ricerca, laboratori Universitari ed aziende private sia nazionali che internazionali, servizi e/o collaborazioni su progetti di sequenziamento, risequenziamento e caratterizzazione di genomi vegetali ed animali di altissimo livello tecnologico. Nel campo vegetale in particolare esistono due sole strutture in Europa che sono in grado di portare e termine progetti di genomica strutturale di grandi dimensioni, Genoscope in Francia col quale collaboriamo attivamente e l IGA in Italia. E' previsto che con lo sviluppo delle nuove tecnologie di sequenziamento che promettono di rivoluzionare la ricerca biologica il mercato per attività di sequenziamento e risequenziamento si espanda notevolmente e quindi riteniamo strategico disporre di una struttura italiana in grado di far fronte a questa domanda crescente in cui si combinino competenze di biologia molecolare, genetica e informatica. 2. DESCRIZIONE GENERALE (barrare la casella che interessa) Potenziamento di Facility esistente con rilevanza pan-europea iscrivibile alla Roadmap ESFRI PROFILO SCIENTIFICO-STRATEGICO 3.1 L IR risponde ad una domanda qualitativamente o quantitativamente nuova di utenza da parte della comunità scientifica/tecnologica/di servizio all industria/di servizio civile? Nel campo della genomica si sta assistendo ad una svolta epocale. Entro breve i metodi di lavoro e i protocolli normalmente utilizzati nel campo della genomica potrebbero essere completamente rivoluzionati. Con l avvento dei sequenziatori di 'nuova generazione', sta diventando una realtà il risequenziamento di interi genomi individuali in tempi brevi (1-2 settimane) e a costi ridottissimi. Inoltre dati i tempi e costi estremamente ridotti tali tecnologie di sequenziamento troveranno applicazione ad una serie di problemi biologici prima trattati con metodiche che non prevedevano il sequenziamento su larga scala: analisi della struttura della cromatina, analisi di espressione, analisi della metilazione del DNA, metagenomica, etc. Saranno sempre più richieste dalla comunità scientifica la capacità di gestione ed utilizzo dell informazione massiva derivante dalle nuove tecnologie di sequenziamento e lo sviluppo

3 Page 3 of 12 di nuove applicazioni in campo vegetale (ma ovviamente anche animale e umano). In quest ottica l IR vuole mettersi al servizio della comunità scientifica con nuovi metodi e protocolli sviluppati con le nuove tecnologie di sequenziamento unite a validi strumenti bionformatici. 3.2 L IR offre reali prospettive di avanzamento nello sviluppo di nuove metodiche per la produzione di scienza di frontiera di alta qualità? L IR ha già incominciato ad aumentare il parco macchine, per ora costituito da 4 sequenziatori automatici capillari di ultima generazione (ABI Prism 3730XL), prevedendo nell immediato l acquisto di uno strumento per il sequenziamento con tecnologia di nuova generazione (tecnologia Solexa-Illumina). Questo è solo il primo passo per incominciare ad affrontare il futuro del sequenziamento. L acquisizione di altre tecnologie di nuova generazione (es. Roche 454, ABI-Solid, Helicos-HeliScope) sarebbe necessaria per poter sperimentare in parallelo le potenzialità, i punti deboli e le applicazione per ogni tipo di strumento. L IR intende inoltre ampliare le capacità di calcolo e sviluppare pipeline bionformatiche per la conservazione e l'analisi massiva dei dati di sequenza prodotti dalle nuove tecnologie di sequenziamento. L'IR si vorrebbe inserire nel panorama europeo come una realtà di eccellenza scientifica di alto livello in grado di partecipare attivamente alla sperimentazione di queste nuove tecnologie e allo sviluppo di nuove applicazioni soprattutto in campo vegetale. 3.3 Qual è il grado di rilevanza della proposta scientifica (Nazionale, Europeo, Globale) L IR ha già dimostrato le proprie capacità di sequenziamento, analisi e assemblaggio di un genoma di medie dimensioni (la vite, 500 Mbp) in solo un anno e mezzo dalla propria nascita. L'IR ha contribuito alla fase di sequenziamento con oltre 2 milioni di sequenze prodotte in meno di un anno, pari a circa 1,5 miliardi di nucleotidi del genoma della vite sequenziati. Tale produzione di dati ha reso l IR il primo centro di sequenziamento in Italia e il quarto in Europa in termini di sequenze depositate nelle banche dati pubbliche. Disponendo di un super-calcolatore con capacità di calcolo parallelo pari a circa 100 calcolatori funzionanti in parallelo ha inoltre partecipato attivamente all'assemblaggio della sequenza dell'intero genoma. L IR si colloca assieme al Sanger Institute di Cambridge (Inghilterra) e a Genoscope (Centre National de Séquençage, Evry, Francia) tra le uniche tre realtà di questo tipo in Europa: visto che il Sanger Institute ha deciso di concentrarsi esclusivamente su specie di interesse per la ricerca biomedica (uomo e specie modello) IGA e Genoscope restano le uniche realtà in Europa a lavorare su progetti di questo tipo per le specie vegetali. L acquisizione di tecnologie di sequenziamento altamente innovative parallelamente allo sviluppo di nuovi strumenti bionformatici permetterà all IR di continuare a competere e collaborare con i più grandi centri di sequenziamento europei, ma anche americani. L IR dispone già di un comitato esterno di consulenza scientifica formato da prestigiose personalità scientifiche provenienti da tutto il mondo che ci fornisce un controllo costante sulla qualità dei nostri processi e progetti e suggerimenti e consigli altrettanto costanti e continui sulle innovazioni da introdurre. Qui di seguito l elenco dei membri del Scientific Advisory Board che funge da comitato di gestione dell innovazione: Edoardo Boncinelli, San Raffaele Institute, Milan, Italy Bhubaneswar (Bud) Mishra, New York University, U.S.A. Antoni F. Rafalski, DuPont de Nemours-Crop Genetics, Wilmington, U.S.A. Göran Sandberg, chancellor of the Umeå University, Sweden Marc Zabeau, University of Ghent, Belgium

4 Page 4 of OPPORTUNITÀ NEL PANORAMA SCIENTIFICO-STRATEGICO 4.1 L IR risponde a reali specifiche necessità nel settore e su quale scala di sviluppo temporale? L IR si pone come centro di riferimento per: 1) il sequenziamento de novo di genomi vegetali in progetti collaborativi a livello mondiale. Sequenziare un genoma è infatti l unico modo per avere tutta l informazione genetica e per iniziare un analisi funzionale sistematica dei geni. Fornisce una informazione di enorme valore, stabile, rivalutabile, calcolabile ed efficiente; 2) il risequenziamento di genomi individuali per i quali sia già presente la totale o parziale sequenza del genoma di riferimento; 3) L'utilizzo delle nuove tecnologie di sequenziamento per la soluzione di nuovi problemi biologici (analisi della struttura della cromatina, analisi di espressione, analisi della metilazione, metagenomica etc.) 4) lo sviluppo e l implementazione di pipeline bionformatiche in grado di gestire massive quantità di dati di sequenza derivanti da sequneziatori di nuova generazione e per la caratterizzazione strutturale di genomi. 5) sviluppo di metodi e prodotti in grado di rispondere a specifiche esigenze del settore agroalimentare. Ad es. l IR conta di riuscire a produrre, tramite normale incrocio e entro 10 anni, viti resistenti a patogeni fungini in grado di generare vini di qualità ed evitando l utilizzo di pesticidi, servendosi delle informazioni derivanti dalla sequenza completa del genoma della vite; l IR preve di sviluppare in tempi ragionevoli (1-2 anni), utilizzando l informazione derivante dalla sequenza del genoma della vite, una piattaforma altamente tecnologica che permetta ai vivaisti la certificazione del loro materiale clonale. Queste sono solo due delle possibili e concrete applicazioni richieste all IR da parte del comparto vitivinicolo che verranno sviluppate dall IR come conseguenza di un progetto di sequenziamento e caratterizzazione di un genoma. L IR conta già entro una anno dalla acquisizione della nuova tecnologia di sequenziamento Solexa-Illumina, quindi a partire dalla primavera del 2009 di aver acquisito nuove competenze nel campo del sequenziamento massivo e della conservazione e analisi dei dati. A quel punto si prevede di valuatare, anche in base ai progetti e ai finanziamenti disponibili, se acquisire altre strumentazioni per il sequenziamento complementari o analoghe a quella già acquisita e di pari passo implementare ancora il supporto bionformatico a tali apparecchiature. Riteniamo che entro due anni ci possa essere una esplosione della domanda di servizi di sequenziamento con le tecnologie di nuova generazione per risolvere una serie di problemi biologici ancora da identificare e che sia strategico per l'italia avere una struttura in grado di soddisfare tale domanda. 4.2 L IR permetterà un significativo progresso scientifico in confronto ad altre esistenti infrastrutture dello stesso tipo e quale grado di unicità avrà a livello Nazionale/Europeo/Globale? L IR per la genomica strutturale e la bionformatica raggruppa competenze di alto livello nel campo nella genomica e dell informatica. Prova ne è la velocità con cui l IR ha portato a termine il primo grosso progetto di sequenziamento in collaborazione con altri importanti centri di ricerca francesi e italiani e la velocità con la quale è diventata in breve tempo il primo centro di sequenziamento un Italia e il quarto in Europa in termini di sequenze depositate nelle banche dati pubbliche.

5 Page 5 of 12 L acquisizione di sequenziatori di nuova generazione parallelamente allo sviluppo di nuovi metodi e protocolli potrà portare l IR a competere con i più grandi istituti di ricerca genomica a livello non solo Italiano ed Europeo, ma globale. 4.3 Lo sviluppo dell IR avrà impatto e importanza per stimolare altre esistenti o future installazioni? Il settore in cui l IR si trova ad operare è altamente tecnologico ed anche altamente competitivo ma al tempo stesso, essendo quello della ricerca, anche aperto a forme di collaborazione e scambi di esperienze che non sono propri dell industria. L IR mette già a disposizione della comunità scientifica una expertise unica in Italia nel campo dell assemblaggio ed annotazione di genomi di grandi dimensioni. L'IR mette inoltre a disposizione di ricercatori, assegnisti di ricerca, studenti di dottorato e tesisti i propri mezzi (attrezzature robotizzate, sequenziatori di DNA e software per l'analisi dei dati) e spazi congiuntamente alle competenze del personale IGA per lo svolgimento dei loro progetti di ricerca gratuitamente o al prezzo di costo del solo materiale consumabile. L'IR si propone come centro di sequenziamento e partner di ricerca a istituzioni pubbliche e private regionali, in particolare all' Università di Udine oltre che al Centro di Medicina Biomolecolare (CBM), all'ospedale Burlo Garofolo e al Laboratorio Nazionale CIB/AREA Science Park di Trieste. Siamo quindi convinti che nuove iniziative nel campo della genomica funzionale, della diagnostica molecolare e della genetica potranno svilupparsi per sfruttare adeguatamente la grande mole di informazioni che la nostra infrastruttura sarà in grado di produrre. 4.4 Qual è il livello di collaborazione che ha portato alla formulazione della proposta (nazionale, europeo, globale)? L'IGA ha partecipato durante il primo anno e mezzo dalla sua nascita al progetto di sequenziamento del genoma della vite. Questo progetto è parte integrante di un progetto più ampio denominato VIGNA/VIGNE (Vitis Genome Analysis), cui partecipano istituzioni di ricerca italiane e francesi raccolte in un consorzio volontario. In particolare l'iga durante la fase di produzione dei dati di sequenza del genoma della vite, ha strettamente collaborato con il centro di sequenziamento di Padova (CRIBI), con Genoscope (Evry, Francia) sia scambiando materiali che informazioni. A partire dal 2008 l'ir partecipa a due progetti nell'ambito del FP7 EU nel corso dei quali collaborerà con istituzioni di rilievo mondiale nella genomica di frumento e pioppo. L'IGA inoltre collabora con i Vivai Cooperativi di Rauscedo per la messa a punto di una piattaforma di genotipizzazione dei cloni di vite; con la Illy Caffè in un progetto volto a costruire i primi strumenti genomici utili per un possibile futuro sequenziamento del genoma del caffè; con Società Produttori Sementi/Barilla nell'ambito di un progetto di selezione assistita da marcatori molecolari in grano. L'IGA ha instaurato rapporti di collaborazione con grosse aziende private quali GE Healthcare (Regno Unito), appartenente al gruppo General Electric Company, Agencourt Bioscience Corporations (Beverly, MA U.S.A) e Applied Biosystems (Foster City, CA, U.S.A.).Con queste aziende l'iga collabora attivamente testando nuove tecnologie/prodotti non ancora commercializzati per la preparazione dei templati di DNA da sottoporre a sequenziamento al fine di aumentare la processività introducendo un maggior livello di robotizzazione e riducendo i costi per sequenza. Questi rapporti privilegiati con alcuni dei maggiori fornitori di reagenti e strumentazione per sequenziamento di DNA ci permette di avere accesso anticipato rispetto a molti altri a nuove tecnologie e anche di poter guidare l evoluzione di tali tecnologie secondo le nostre necessità, dandoci quindi un chiaro vantaggio competitivo. Oltre al rapporto privilegiato con Genoscope derivante dalla collaborazione per il

6 Page 6 of 12 sequenziamento della vite, IGA ha anche un rapporto molto stretto con il Joint Genome Institute del Dept. Of Energy degli Stati Uniti che ha portato alla formulazione di due proposte per progetti internazionali per il sequenziamento dei genomi del pesco e del Citrus. Se quindi la IR proposta si inserisce in un contesto di collaborazioni globali di alto livello è tuttavia anche stata inserita in un quadro nazionale visti i rapporti di stretta collaborazione previsti con il proposto Centro di Genomica Funzionale Vegetale (CGFV) dell Università di Verona e con le piattaforme GENOSOL e GENOFRU per l analisi dei genomi di Solanaceae e frumento. 5. PROSPETTIVE DI SVILUPPO TECNICO E TECNOLOGICO 5.1 Grado di maturità della proposta (barrare la casella che interessa) Fase C: piano tecnico definito nei dettagli in relazione ad un assegnato budget. 5.2 La scala temporale per le fasi di progettazione, costruzione e funzionamento è definita? 5.3 L analisi dei rischi e dei vantaggi è sviluppata? 5.4 Il progetto della IR è basato su contenuti fortemente innovativi sul piano strumentale o metodologico? 5.5 E già disponibile personale addestrato per le fasi di sviluppo e funzionamento della IR? 5.6 In caso di IR localizzata all estero e possibile prevedere un forte contributo in-kind ad alto contenuto scientifico/tecnico e industriale (parti della infrastruttura principale)? (annulla) 5.7 La IR si interfaccerà/integrerà con e-infrastructures internazionali? (ad. es. Geant, grid, banche dati ). 6.VALUTAZIONE DELL UTENZA

7 Page 7 of Quale sarà il bacino di utenza della IR a livello nazionale/europeo/globale? globale 6.2 Quantificare l utenza potenziale L'utenza potenziale è estremamente vasta comprendendo Università, enti di ricerca e industrie che operano nel campo della ricerca genetica e genomica sia di base che applicata. Attualmente stiamo fornendo servizi di sequenziamento sia in Italia che in Europa, dimostrando già la nostra capacità di raggiungere un'utenza molto vasta. 6.3 Qual è il grado di coinvolgimento e di internazionalità dell utenza nell elaborazione del progetto (caso scientifico, proposta, caso tecnico)? caso scientifico Spiegazioni/chiarimenti: Siamo in contatto con una vasta rete di centri di sequenziamento ma anche di laboratori in campo biomedico che rappresentano potenziali utilizzatori delle tecnologie da noi proposte e quindi teniamo conto nell'elaborazione del progetto delle esigenze e richieste dell'utenza. 6.4 L impiego e l impatto della IR hanno natura multidisciplinare o specifica? multidisciplinare Spiegazioni/chiarimenti: La natura multidisciplinare è garantita sia dalla diversità di problemi biologici a cui si potranno applicare le tecnologie sviluppate nella IR sia dalla diversità di competenze raccolte nell'iga dove lavorano fianco a fianco biologi molecolari, genetisti, genetisti applicati, informatici e matematici 6.5 Ci si attende un utenza più ampia rispetto a quella di riferimento? Spiegazioni/chiarimenti: E difficile prevedere quali potrebbero essere gli sviluppi futuri della genomica e le possibili applicazioni pratiche in campo vegetale considerando la velocità con cui le tecnologie di sequenziamento stanno evolvendo. Potenzialmente però però l utenza potrebbe essere molto più ampia di quella finora prevista, sia per le possibili applicazioni nella diagnostica umana (genomica personalizzata, sequenziamento individuale) sia per possibili nuove applicazioni ancora oggi da definire sulla base degli sviluppi della tecnologia. 6.6 Come sono trattati gli aspetti della formazione di nuovi e giovani utenti? L IR accoglie giovani studenti di dottorato e assegnisti di ricerca dall Università di Udine affidando loro la gestione di progetti di ricerca. Mette a disposizione di giovani ricercatori esterni, provenienti da diversi stati membri della Comunità Europea le proprie competenze e strumentazioni per permettere loro di apprendere nuove tecnologie e metodi di lavoro utili nel portare avanti le loro ricerche. Sono inoltre frequenti la partecipazione dei giovani ricercatori a congressi internazionali e le visite a laboratori esterni. Vengono abitualmente organizzati incontri per affrontare problemi pratici specifici e condotti seminari interni per garantire continui aggiornamenti a studenti e ricercatori

8 Page 8 of 12 universitari. 6.7 La proposta prevede le modalità di open access a tutti i potenziali utenti internazionali sulla sola base della qualità scientifica dei progetti sottomessi? 6.8 Come si valuta (previsione) l impatto che l IR avrà sulla qualità e quantità di progetti nazionali e sulla loro competitività internazionale? La disponibilità di una piattaforma nazionale per l'utilizzo delle tecnologie di sequenziamento di nuova genverazione potrà rendere molto più competitivi i progetti nazionali anche su scala internazionale, avendo la possibilità di stringere rapporti di stretta collaborazione sia scientifica che tecnologica con la piattaforma che sarà in grado di adeguare i servizi offerti sulla base delle richieste della comunità nazionale. 6.9 In caso di IR localizzata all estero e previsto un contributo in kind rivolto all utenza scientifica? (strumentazione, stazioni sperimentali, outstations italiane) (annulla) NOTE: 7. ASPETTI SOCIO-ECONOMICI 7.1 La proposta di IR prevede opportunità di addestramento e trasferimento tecnologico verso il territorio? Spiegazioni/commenti: E già evidente l intento di addestramento e trasferimento tecnologico verso il territorio svolto dall IGA. L'IGA nasce infatti da una stretta collaborazione fra Università e territorio con partner privati coinvolti nel finanziamento e nella gestione dell'istituto. L IR, infatti, oltre a voler implementare la piattaforma di sequenziamento e le competenze di genomica e bioinformatica, vuole mantenere e sviluppare competenze nel settore del breeding molecolare e collaborare con aziende private su commessa per risolvere problemi concreti di rilevanza principalmente regionale-nazionale ma anche globale. 7.2 La proposta prevede partenariati nazionali/internazionali per le diverse fasi di realizzazione e conduzione della IR? Spiegazioni/commenti: Siamo già strettamente coordinati con Genoscope in Francia e con la proposta di Centro per la Genomica Funzionale Vegetale dell'università di Verona. 7.3 Sono previsti meccanismi di associazione di altri potenziali partner in una fase successiva?

9 Page 9 of 12 Spiegazioni/commenti: Stiamo discutendo con la Scuola Superiore Sant'Anna di Pisa per una futura loro partecipazione alla infrastruttura. 7.4 La IR individua ulteriori obiettivi di tipo socio-economico? NO Spiegazioni/commenti: NOTE: 8. ASPETTI FINANZIARI E TERRITORIALI 8.1 Indicare la valutazione dei costi della IR inclusivi di costruzione, funzionamento e decommissioning. 4,5 Milioni di Euro per completare le strutture esistenti ed assicurarne manutenzione e funzionamento per 4 anni. 8.2 I costi dichiarati della IR riguardano la configurazione massima oppure un suo sotto-insieme iniziale da incrementare successivamente? (investimento iniziale e successivi costi di sviluppo e completamento) I costi dichiarati riguardano la configurazione massima. L'investimento iniziale ammonta a 2 milioni, i costi di funzionamento per 4 anni a 2,5 milioni. 8.3 La proposta contiene un piano finanziario con copertura realistica delle spese? C è già un piano di supporto finanziario espresso a livello istituzionale? L'IGA ha un piano di sviluppo scientifico determinato in accordo con il proprio Consiglio di Consulenza Scientifica formato da 5 prestigiosi scienziati esterni ed ha un piano di sviluppo finanziario determinato in accordo con il proprio Consiglio Direttivo e con il Collegio dei Revisori dei Conti. 8.4 Quali fasi del progetto sono eventualmente già finanziate e con quale schema di contribuzione in presenza di più partners? La proposta di costituzione della piattaforma si inserisce su una piattaforma già esistente per la quale IGA ha investito oltre 3 milioni di euro in attrezzature e personale. La piattaforma portà quindi sin dall'inizio disporre di 4 sequenziatori ABI3730XL, un sequenziatore di nuova generazione Illumina-Solexa, un centro per il supercalcolo e tutta la robotica correlata, oltre che di personale altamente qualificato nel campo del sequenziamento, risequenziamento e bioinformatica. 8.5 La valorizzazione del sito (per es. IR preesistenti) è rilevante ai fini della realizzazione della nuova IR?

10 Page 10 of La dimensione dei costi del progetto merita o necessita di supporto finanziario a livello EU? Se sì, è necessario un approccio Pan-Europeo? Spiegazioni: La costituzione di una rete europea in questo campo sarebbe desiderabile ma il progetto proposto potrebbe tranquillamente farne a meno e contare solo sul supporto a livello nazionale. 8.7 Esiste la possibilità di un recupero finanziario se la IR va a sostituirne o a migliorarne una già esistente, della stessa tipologia? Spiegazioni: Vedi sopra in merito a stutture e competenze già esistenti presso IGA. 8.8 È stata esplorata la possibilità di utilizzare Fondi Strutturali? 8.9 È stata valutata la possibilità di proporre la nuova IR per la roadmap ESFRI (impatto pan-europeo)? 8.10 La IR è già prevista nella strategia di un Ente o Consorzio o ATI italiani o internazionali? NO Se Sì, indicare l'ente o il Consorzio o l'ati: 8.11 È stata esplorata la possibilità di concorso finanziario regionale? 8.12 Valutazione del ritorno socio/economico territoriale della IR La nascita dell'iga ed il suo sviluppo sono stati accolti con grande entusiasmo e partecipazione a livello territoriale, visto che il territorio anche per tradizione ben comprende il valore sociale ed economico collegato alla presenza di un centro di ricerca di alto profilo internazionale Valutazione del ritorno industriale della IR IGA ha già dimostrato di saper collaborare con industrie sia nel campo biologico (Vivai Cooperativi Rauscedo, Barilla, IllyCaffè, etc.) che in campo informatico (Eurotech SpA) e quindi assicura che vi sarà un ritorno importante delle attività proposte non solo per la ricerca pubblica ma anche per quella privata Valutazione dell impatto formativo di ricercatori/tecnici/ingegneri/gestionali della IR L di i tt f l t l i di i t è l' i

11 Page 11 of 12 possibilità per formare personale sia di estrazione biologica che informativa che sia in grado non solo di mettere a punto ed utilizzare tali tecnologie ma anche di sfuttarne al meglio i risultati per la ricerca biomedica La proposta prevede la partecipazione a IR localizzate all estero? Sono stati valutati i possibili contributi in-kind, il ritorno industriale, scientifico e formativo? La proposta al momento non prevede la partecipazione a IR localizzate all'estero anche se siamo pronti a metterci in rete con centri come Genoscope in Francia con il quale manteniamo rapporti di stretta e costante collaborazione. La valutazione dei contributi in-kind, del ritorno industriale, scientifico e formativo fa già parte della pianificazione annuale e triennale dell'iga. Tabella Costi Costi Strategia di finanziamento Costo Fase Preparatoria Costo Fase di Costruzione Costo Operatività Annua (incluso supporto utenti) Costo Chiusura e Smantellamento ,00 Frazione già spesa o impegnata: , ,00 Finanziamenti regionali, industriali, nazionali ed europei ,00 Finanziamenti regionali, industriali, nazionali ed europei. L'ammontare stimato è di euro all'anno per ciascuno di 4 anni ,00 Finanziamenti propri IGA 9. Scala temporale prevista per la progettazione e la costruzione, inizio attività con utenti, periodo di operatività e chiusura/smantellamento Fase Preparatorio Fase preparatoria già completata Fase di Costruzione Mesi 1-12 Periodo di Attività Mesi 1-48: l'attività potrà iniziare immediatamente sfruttando le strutture, apparecchiature e metodiche già sviluppate presso IGA che già agisce da piattaforma di sequenziamento e risequenziamento su scala nazionale ed europea. Smantellamento Mesi NOTE:

12 Page 12 of Indicare la persona di riferimento del progetto e sue coordinate Cognome MORGANTE Nome MICHELE Ente di appartenenza Istituto di Genomica Applicata morgante@appliedgenomics.org Telefono