Analizzatore genetico ABI PRISM Guida introduttiva al sequenziamento

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1 Analizzatore genetico ABI PRISM 3100 Guida introduttiva al sequenziamento

2 Copyright 2001, Applied Biosystems For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. FOR LIMITED LICENSE INFORMATION, PLEASE SEE THE ABI PRISM 3100 GENETIC ANALYZER USER S MANUAL. The ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between Applied Biosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems. ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, GeneScan, Genotyper, and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries. ABI, BigDye, Factura, Hi-Di, POP, POP-4, and POP-6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries. AmpliTaq is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc. Microsoft, Windows, and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries. Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation. pgem is a registered trademark of Promega Corporation. All other trademarks are the sole property of their respective owners. Applied Biosystems vast distribution and service network, composed of highly trained support and applications personnel, reaches into 150 countries on six continents. For international office locations, please call our local office or refer to our web site at Applera Corporation is committed to providing the world s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.

3 Indice 1 Introduzione Dati generali Il presente manuale Ulteriori informazioni Assistenza tecnica Sicurezza Esecuzione di una corsa di sequenziamento Dati generali Prima di cominciare Avvio del software 3100 Data Collection Impostazione delle preferenze del software Uso del gruppo piastra Controllo e aggiunta dei fluidi Posizionamento della piastra sull autocampionatore Creazione di un record della piastra Collegamento di una piastra Avvio e monitoraggio della corsa Arresto di una corsa e recupero dei dati Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi Visualizzazione e analisi dei dati Dati generali Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa completata Visualizzazione dei dati analizzati Analisi o rianalisi dei dati Calibrazioni spaziale e spettrale Dati generali Esecuzione di una calibrazione spaziale Esecuzione di una calibrazione spettrale i

4 5 Manutenzione dello strumento Dati generali Elenco delle operazioni di manutenzione Rimozione delle bolle d aria dalla camera superiore del polimero Controllo dello spazio disponibile Pulizia e controllo delle siringhe Rimozione delle camere del polimero Pulizia delle camere del polimero Aggiunta di polimero fresco allo strumento Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato Installazione e rimozione del set di capillari Conservazione di un set di capillari Arresto dello strumento Indice analitico ii

5 Introduzione 1 1 Dati generali Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti. Vedere Argomento pagina Il presente manuale 1-2 Ulteriori informazioni 1-2 Assistenza tecnica 1-3 Sicurezza 1-7 Introduzione 1-1

6 Il presente manuale Scopo Lo scopo del presente manuale è quello di fornire all operatore le istruzioni fondamentali per: l esecuzione di una corsa di sequenziamento l analisi dei dati risultanti la calibrazione e le operazioni di manutenzione ordinaria dell ABI PRISM analizzatore genetico 3100 Ulteriori informazioni Dove reperire ulteriori informazioni La seguente tabella riporta i manuali e le guide correlati all analizzatore genetico Per ottenere... Consultare P.N. informazioni sulla sicurezza o sulla preparazione del laboratorio per l installazione dell analizzatore genetico 3100 Guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza dell analizzatore genetico 3100 ABI PRISM informazioni particolareggiate sull analizzatore genetico 3100 informazioni sulla preparazione dei campioni e sulla selezione e ottimizzazione dei metodi chimici per il sequenziamento mediante l analizzatore genetico 3100 informazioni particolareggiate sull analisi e la visualizzazione dei dati di sequenziamento mediante il software DNA Sequencing Analysis una procedura breve per l esecuzione di una tipica corsa di analisi dei frammenti, la visualizzazione e l analisi dei dati della corsa e l esecuzione delle operazioni di manutenzione ordinaria Manuale d uso dell analizzatore genetico 3100 ABI PRISM Guida alla chimica del sequenziamento dell analizzatore genetico 3100 ABI PRISM Manuale d uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis v. 3.7 Guida introduttiva all analisi dei frammenti dell analizzatore genetico 3100 ABI PRISM Introduzione

7 Assistenza tecnica Come contattare il servizio di assistenza tecnica Per contattare il servizio di assistenza tecnica tramite posta elettronica Il servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems è disponibile via telefono, fax, posta elettronica o tramite Internet. È possibile ordinare 24 ore al giorno i documenti per gli operatori Applied Biosystems, le schede di sicurezza dei materiali (MSDS), i certificati di analisi e altri documenti correlati. Inoltre, è possibile scaricare documenti in formato PDF dal sito Web della Applied Biosystems (a questo proposito, consultare la sezione Documenti su richiesta più avanti in questo capitolo). Gli indirizzi di posta elettronica del servizio di assistenza tecnica sono forniti nella seguente tabella in base alle diverse aree di prodotto. Area di prodotto Analisi genetica (sequenziamento del DNA) Sistemi di determinazione della sequenza e PCR Sequenziamento delle proteine, sintesi peptidica e del DNA Biocromatografia, sistemi PerSeptive per la sintesi del DNA, del PNA e peptidica, spettrometri di massa CytoFluor, FMAT, Voyager e Mariner Applied Biosystems/MDS Sciex Chemiluminescenza (Tropix) Indirizzo di posta elettronica galab@appliedbiosystems.com pcrlab@appliedbiosystems.com corelab@appliedbiosystems.com tsupport@appliedbiosystems.com support@sciex.com tropix@appliedbiosystems.com Orari del servizio di assistenza tecnica telefonica Negli Stati Uniti e in Canada il servizio di assistenza tecnica è disponibile nei seguenti orari. Prodotto Chemiluminescenza Centro assistenza Framingham Tutti gli altri prodotti Orari dalle 8:30 alle 17:30, ora di New York dalle 8:00 alle 18:00, ora di New York dalle 5:30 alle 17:00, ora della California Per contattare il servizio di assistenza tecnica per telefono o fax Nella Nord America Per contattare il servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems, servirsi dei numeri telefonici e di fax elencati qui sotto (per una chiamata di assistenza relativa ad altre esigenze, o in caso di emergenza, comporre il numero e premere 1). Prodotto o area di prodotto Per telefonare comporre il... Analizzatore di DNA ABI PRISM , quindi premere 8 Sintesi del DNA , quindi premere 21 Sequenziamento del DNA mediante rilevamento della fluorescenza , quindi premere 22 Per inviare un fax comporre il Introduzione 1-3

8 Prodotto o area di prodotto Analisi dei frammenti mediante rilevamento della fluorescenza (incluse le applicazioni GeneScan ) Dispositivi integrati per il controllo termico (strumenti ABI PRISM 877 e Catalyst 800) In tutti gli altri Paesi Per telefonare comporre il , quindi premere , quindi premere 24 Analizzatore genetico ABI PRISM , quindi premere 26 BioInformatics (incluse le applicazioni BioLIMS, BioMerge e SQL GT ) , quindi premere 25 Sintesi peptidica (sistemi 433 e 43X) , quindi premere 31 Sequenziamento delle proteine (sistemi di sequenziamento delle proteine Procise ) , quindi premere 32 PCR e rilevamento della sequenza , quindi premere 1 per PCR, 2 per il 7700 o 5700, 6 per il 6700 o comporre il numero , quindi premere 5 Stazioni di lavoro per biospettrometria MALDI-TOF Voyager e per spettrometria di massa ESI-TOF Mariner Biocromatografia (stazioni di lavoro BioCAD e prodotti per cromatografia di perfusione Poros ) Sistemi Expedite per la sintesi dell acido nucleico Sintesi peptidica (sintetizzatori peptidici Pioneer e 9050 Plus) , quindi premere , quindi premere , quindi premere , quindi premere 15 PNA su ordinazione e sintesi , quindi premere 15 Sistema FMAT 8100 HTS e lettore di piastre in fluorescenza CytoFluor 4000 Chemiluminescenza (Tropix) , quindi premere (solo per chi chiama dagli USA), o Applied Biosystems/MDS Sciex Per telefonare Regione comporre il... Africa e Medio Oriente Africa (anglofona) e Asia Orientale (Fairlands, Repubblica Sudafricana) Per inviare un fax comporre il... Per inviare un fax comporre il Repubblica Sudafricana (Johannesburg) Introduzione

9 Regione Per telefonare comporre il... Per inviare un fax comporre il... Paesi del Medio Oriente e Nordafrica 39 (0) (0) (Monza, Italia) Estremo Oriente, Cina, Oceania Australia (Scoresby, Victoria) Cina (Pechino) Hong Kong Corea (Seoul) / Malesia (Petaling Jaya) Singapore Taiwan (Taipei Hsien) Tailandia (Bangkok) Europa Austria (Vienna) 43 (0) (0) Belgio 32 (0) (0) Repubblica Ceca e Slovacchia (Praga) Danimarca (Naerum) Finlandia (Espoo) 358 (0) (0) Francia (Parigi) 33 (0) (0) Germania (Weiterstadt) 49 (0) (0) Ungheria (Budapest) 36 (0) (0) Italia (Milano) 39 (0) (0) Norvegia (Oslo) Polonia, Lituania, Lettonia ed Estonia 48 (22) (22) (Varsavia) Portogallo (Lisbona) 351 (0) (0) Russia (Mosca) Europa Sudorientale (Zagabria, Croazia) Spagna (Tres Cantos) 34 (0) (0) Svezia (Stoccolma) 46 (0) (0) Svizzera (Rotkreuz) 41 (0) (0) Paesi Bassi (Nieuwerkerk a/d IJssel) 31 (0) (0) Regno Unito (Warrington, Cheshire) 44 (0) (0) Tutti gli altri Paesi non elencati 44 (0) (0) (Warrington, UK) Giappone Giappone (Hacchobori, Chuo-Ku, Tokyo) America Latina Del.A. Obregon, Messico Introduzione 1-5

10 Per contattare il servizio di assistenza tecnica via Internet Per ottenere le risposte alle domande più frequenti e ulteriori informazioni sui nostri prodotti, consigliamo vivamente di visitare il nostro sito Web. Tale sito consente inoltre di ordinare documenti tecnici o un indice dei documenti disponibili e di richiederne l invio tramite fax o posta elettronica. L indirizzo del sito Web della Applied Biosystems è: Per inoltrare domande di carattere tecnico dal Nord America o dall Europa, attenersi alle seguenti istruzioni. 1 Accedere al sito Web di assistenza tecnica della Applied Biosystems. 2 Sotto l intestazione Troubleshooting (Risoluzione dei problemi), fare clic su Support Request Forms (Moduli per la richiesta di assistenza), quindi selezionare la regione di assistenza pertinente per l area di prodotto in questione. 3 Immettere le informazioni richieste e la propria domanda nel modulo visualizzato, quindi fare clic sul pulsante blu con testo giallo Ask Us RIGHT NOW (Inoltra adesso). 4 Immettere le informazioni richieste nel modulo successivo (se non lo si è ancora fatto), quindi fare clic su Ask Us RIGHT NOW. Entro ore, uno degli specialisti del servizio di assistenza tecnica invierà per posta elettronica una risposta all operatore. Documenti su richiesta L accesso gratuito e ininterrotto alla documentazione tecnica della Applied Biosystems (incluse le MSDS) è disponibile via fax, posta elettronica o tramite il sito Web. Per ordinare i documenti... per numero d indice per telefono, per la consegna via fax Procedura a. Accedere al sito Web del servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems all indirizzo b. Fare clic sul collegamento Index (Indice) relativo al tipo di documento desiderato, quindi individuare il documento in questione e annotarne il numero d'indice. c. Utilizzare i numeri d'indice per richiedere i documenti in base alle procedure descritte qui di seguito. a. Dagli USA o dal Canada, comporre il numero ; da tutti gli altri Paesi, comporre il numero b. Per ordinare i documenti desiderati, attenersi alle istruzioni vocali fornite. Nota Vi è un limite di cinque documenti per richiesta. 1-6 Introduzione

11 Per ordinare i documenti... tramite Internet, per la consegna via fax o posta elettronica Procedura a. Accedere al sito Web del servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems all indirizzo b. Sotto Resource Libraries (Librerie di consultazione), fare clic sul tipo di documento desiderato. c. Immettere o selezionare le informazioni desiderate nel modulo visualizzato, quindi fare clic su Search (Cerca). d. Nei risultati della ricerca visualizzati, selezionare la casella corrispondente al metodo di consegna desiderato per ciascun documento corrispondente ai criteri specificati, quindi fare clic su Deliver Selected Documents Now (Consegna i documenti selezionati adesso); in alternativa, fare clic sull icona PDF corrispondente al documento desiderato per scaricarlo immediatamente. e. Completare il modulo di informazioni (se non lo si è ancora fatto), quindi fare clic su Deliver Selected Documents Now per inoltrare il proprio ordine. Nota La consegna via fax prevede un limite di cinque documenti per richiesta; la consegna per posta elettronica non è invece soggetta ad alcun limite per quanto riguarda il numero di documenti ordinabili. Sicurezza Note cautelative per l operatore utilizzate nella documentazione Le note cautelative utilizzate nella documentazione della Applied Biosystems destinata agli operatori sono cinque. Ciascuna nota presuppone un particolare livello di osservanza o l esecuzione di una particolare operazione da parte dell operatore, secondo quanto descritto qui di seguito. Nota Richiama l attenzione dell operatore su informazioni utili. IMPORTANTE Indica informazioni necessarie ai fini del corretto funzionamento dello strumento.! ATTENZIONE Indica una situazione potenzialmente pericolosa che, se non evitata, potrebbe causare lesioni di minore o moderata entità. Può inoltre essere usata per mettere in guardia l operatore nei confronti di pratiche pericolose.! AVVERTENZA Indica una situazione potenzialmente pericolosa che, se non evitata, potrebbe causare lesioni gravi o decesso.! PERICOLO Indica una situazione di pericolo incombente che, se non evitata, causerà decesso o lesioni gravi. Questa nota cautelativa viene usata esclusivamente nelle situazioni di estremo pericolo. Avvertenze relative alle sostanze chimiche pericolose! AVVERTENZA SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Alcune delle sostanze chimiche utilizzate con gli strumenti e i protocolli Applied Biosystems sono potenzialmente pericolose e possono provocare lesioni, malattie o decesso. Leggere e comprendere a fondo le informazioni contenute nelle MSDS fornite dalla ditta produttrice delle sostanze chimiche o dei materiali pericolosi, prima di riporli in magazzino, manipolarli o utilizzarli. Introduzione 1-7

12 Ridurre al minimo il contatto e l inalazione delle sostanze chimiche. Durante la manipolazione delle scorie chimiche, indossare gli opportuni corredi di protezione personale (come occhiali di protezione, guanti e indumenti protettivi). Per ulteriori indicazioni relative alla sicurezza, consultare le MSDS. Non lasciare aperti i contenitori delle sostanze chimiche e usare tali sostanze solo in ambienti adeguatamente ventilati. Verificare regolarmente l'eventuale presenza di perdite o fuoriuscite. In caso di perdite o fuoriuscite, attenersi alle procedure per la pulizia fornite dalla ditta produttrice della sostanza chimica in questione nella MSDS ad essa corrispondente. Rispettare tutte le leggi e le norme locali, regionali/provinciali e statali relative alla conservazione, alla manipolazione e allo smaltimento delle sostanze chimiche. \ Avvertenze relative alle scorie chimiche pericolose Guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza Schede di sicurezza dei materiali! AVVERTENZA RIFIUTI CHIMICI PERICOLOSI. Le scorie generate dagli strumenti Applied Biosystems sono potenzialmente pericolose e possono provocare lesioni, malattie o decesso. Prima di riporre in magazzino, manipolare o smaltire le scorie chimiche, leggere e comprendere a fondo le informazioni contenute nelle MSDS fornite dalle ditte produttrici delle sostanze chimiche presenti nel contenitore delle scorie. Manipolare le scorie chimiche all interno di una cappa aspirante. Ridurre al minimo il contatto e l inalazione delle scorie chimiche. Durante la manipolazione delle scorie chimiche, indossare gli opportuni corredi di protezione personale (come occhiali di protezione, guanti e indumenti protettivi). Dopo avere vuotato il contenitore delle scorie, chiuderlo ermeticamente con il tappo fornito. Smaltire il contenuto della vaschetta e del flacone delle scorie chimiche in osservanza delle prassi di sicurezza del laboratorio e delle norme locali, regionali/provinciali e statali relative alla tutela dell ambiente e della salute. La guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza è un documento separato che viene inviato a tutti gli acquirenti e gli utilizzatori degli strumenti Applied Biosystems. Per informazioni sulla preparazione del sito di installazione, sulla sicurezza dello strumento, sulla sicurezza delle sostanze chimiche e sulle caratteristiche delle scorie, consultare la guida specifica per lo strumento in dotazione. Alcune delle sostanze chimiche utilizzate con il presente strumento sono classificate come pericolose dalle rispettive ditte produttrici. In questo caso, le etichette dei contenitori di tali sostanze recano in posizione ben visibile le apposite avvertenze. Prima della consegna o all atto della consegna delle sostanze chimiche pericolose, le rispettive ditte produttrici forniranno una MSDS ai nuovi clienti e ne allegheranno una copia aggiornata alla prima consegna di una sostanza chimica pericolosa la cui la scheda abbia subito delle modifiche. Le MSDS forniscono all operatore le informazioni necessarie per garantire la sicurezza della conservazione, la manipolazione, il trasporto e lo smaltimento delle sostanze chimiche. 1-8 Introduzione

13 Qualora, alla consegna di un lotto di sostanze chimiche pericolose si riceva una scheda aggiornata, si consiglia di sostituirla a quella in archivio.! AVVERTENZA SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Prima di procedere all uso di reagenti o solventi, leggere con attenzione le rispettive MSDS. Per ordinare le schede MSDS Utilizzare le seguenti informazioni per ordinare copie supplementari gratuite delle MSDS relative alle sostanze chimiche prodotte o distribuite dalla Applied Biosystems. Per ordinare le MSDS... via Internet Procedura a. visitare il sito Web b. fare clic su MSDSs Se si possiede... il numero della MSDS o il suo numero all interno dell indice del servizio Document on Demand (Documenti su richiesta) il numero di catalogo del prodotto una parola/e chiave Allora digitare uno di questi numeri nel campo apposito su questa pagina selezionare Click Here (Fare clic qui), quindi digitare il numero di catalogo o le parole chiave nel campo apposito della pagina visualizzata via servizio telefonico automatizzato per telefono negli Stati Uniti per telefono in Canada per telefono in qualsiasi altro Paese c. è possibile aprire e scaricare una versione in formato PDF (utilizzando Adobe Acrobat Reader ) del documento desiderato; in alternativa, è possibile richiede che il documento venga consegnato via fax o per posta elettronica. consultare il paragrafo Documenti su richiesta della sezione Come contattare il servizio di assistenza tecnica. comporre il numero , quindi premere 1. Per ordinare in lingua... inglese Comporre il numero e... premere 1, quindi 2quindi nuovamente 1 francese premere 2, quindi 2, quindi 1 vedere la regione specifica nel paragrafo Per contattare il servizio di assistenza tecnica per telefono o fax nella sezione Come contattare il servizio di assistenza tecnica. Per le sostanze chimiche non prodotte o distribuite dalla Applied Biosystems, rivolgersi alle rispettive ditte produttrici. Introduzione 1-9

14 Etichette relative alla sicurezza dello strumento Informazioni sullo smaltimento delle scorie Lo strumento è dotato di etichette contenenti informazioni di sicurezza. Ciascuna etichetta si articola in tre sezioni. Una sezione contenente una segnalazione verbale, che presuppone un particolare livello di osservanza o l esecuzione di una particolare operazione da parte dell operatore (ad esempio, ATTENZIONE o AVVERTENZA). Se l etichetta è relativa a più pericoli, la segnalazione verbale del livello di pericolo riportata corrisponde al pericolo maggiore. Una sezione contenente un messaggio di spiegazione del pericolo e gli interventi necessari da parte dell operatore. Un simbolo di sicurezza che indica un potenziale pericolo per l incolumità della persona. Per ottenere la definizione di tutti i simboli di sicurezza nelle varie lingue in cui vengono forniti, consultare la Guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza dell analizzatore genetico ABI PRISM Poiché l uso dello strumento genera scorie potenzialmente pericolose, è responsabilità dell operatore eseguire le operazioni descritte qui di seguito. Caratterizzare (se necessario, anche tramite analisi) le scorie generate dalle applicazioni, dai reagenti e dai substrati utilizzati nel laboratorio. Tutelare la salute e la sicurezza di tutto il personale di laboratorio. Verificare che le scorie generate dallo strumento vengano conservate, trasferite, trasportate e smaltite in conformità a tutte le norme locali, regionali/provinciali e statali vigenti. Nota I materiali radioattivi o biologicamente pericolosi possono richiedere speciali tecniche di manipolazione ed essere soggetti a limitazioni relative allo smaltimento. Prima di utilizzare lo strumento Verificare che tutto il personale che utilizza lo strumento abbia: ricevuto la necessaria formazione riguardante le prassi di sicurezza nell ambito dei laboratori ricevuto la necessaria formazione riguardante le prassi di sicurezza specifiche per lo strumento letto e compreso tutte le MSDS pertinenti! ATTENZIONE Evitare di utilizzare il presente strumento in un modo non espressamente indicato dalla Applied Biosystems. Sebbene lo strumento sia stato progettato in modo da proteggere l operatore, l uso improprio dello stesso rischia di comprometterne il grado di protezione Introduzione

15 Uso del computer nel rispetto dell ergonomia Il corretto utilizzo del computer evita i potenziali effetti da sforzo, come l affaticamento, il dolore e la tensione. Per ridurre al minimo questi effetti sulla schiena, gli arti inferiori, gli occhi e le estremità superiori (collo, spalle, braccia, polsi, mani e dita), disporre la propria stazione di lavoro in modo da garantire una posizione di lavoro naturale e rilassata. A questo scopo è necessario prendere anche in considerazione l adeguatezza di fattori quali il riscaldamento, il condizionamento dell aria, la ventilazione e l illuminazione dell ambiente. Attenersi alle indicazioni riportate qui di seguito.! ATTENZIONE PERICOLO PER IL SISTEMA MUSCOLOSCHELETRICO DOVUTO A MOVIMENTI RIPETITIVI. Questi pericoli sono causati dai seguenti potenziali fattori di rischio che includono, in modo non esclusivo, il movimento ripetitivo, una posizione scorretta, sforzi accentuati, il mantenimento di posizioni statiche non salutari, la pressione da contatto e altri fattori ambientali correlati alla stazione di lavoro. Adottare una posizione da seduti che garantisca il massimo equilibrio tra comfort, facilità di accesso alla tastiera e assenza di pressioni e sollecitazioni in grado di indurre affaticamento. In questa posizione, la maggior parte del peso corporeo dell individuo deve essere sostenuto dai glutei, non dalle cosce. I piedi devono poggiare piatti sul pavimento e il peso delle gambe deve gravare sul pavimento, non sulle cosce. Al fine di mantenere la corretta posizione concava della spina dorsale, è necessario disporre di un adeguato supporto lombare. Collocare la tastiera su una superficie dotata delle seguenti caratteristiche. L altezza della superficie deve essere tale da consentire di posizionare gli avambracci orizzontalmente e le braccia verticalmente. La superficie deve supportare gli avambracci e le mani per evitare l affaticamento muscolare delle braccia. Posizionare lo schermo ad un altezza che consenta di mantenere una posizione naturale del corpo e del capo. Tale altezza dipende dalla taglia corporea dell operatore. Regolare le caratteristiche di visualizzazione in modo da ottimizzare il comfort e l efficienza. Regolare le variabili dello schermo, come la luminosità, il contrasto e il colore in base alle preferenze personali e all illuminazione dell ambiente. Posizionare lo schermo in modo da ridurre al minimo i riflessi dovuti a sorgenti luminose presenti nell ambiente. Posizionare lo schermo ad una distanza che prenda in considerazione l eventuale miopia, presbiopia, astigmatismo e gli effetti delle lenti correttive indossate dall operatore. Nel considerare la distanza dell operatore dallo schermo, attenersi alle seguenti indicazioni. La distanza tra gli occhi dell operatore e lo schermo deve essere circa uguale alla distanza tra i suoi occhi e la tastiera. Per la maggior parte delle persone, la distanza di lettura più comoda è di circa 50 cm. Introduzione 1-11

16 Per consentire un adeguata regolazione della distanza, la superficie della stazione di lavoro deve avere una profondità minima di 91,5 cm. Regolare l inclinazione dello schermo in modo da ridurre al minimo i riflessi e il riverbero ed evitare di utilizzare una stazione di lavoro dotata di superfici altamente riflettenti. Usare un leggio di forma adatta, regolabile sia orizzontalmente che verticalmente, che consenta il posizionamento del materiale cartaceo di consultazione alla medesima distanza dagli occhi dello schermo e della tastiera. Disporre i cavi e i fili in modo che non intralcino gli operatori e il resto del personale. Selezionare una stazione di lavoro dotata di una superficie sufficientemente ampia da consentire l esecuzione di altre operazioni e che fornisca inoltre uno spazio adeguato per garantire la libertà di movimento delle gambe dell operatore seduto. Avvertenze relative al pericolo di folgorazione! AVVERTENZA PERICOLO DI FOLGORAZIONE. Lavorando su uno strumento alimentato da una fonte di alimentazione ad alta tensione è possibile subire forti scosse elettriche, che possono causare lesioni o decesso. Per evitare il pericolo di folgorazione, prima di intervenire sullo strumento, scollegarlo dalla rete di alimentazione, disinserire il cavo di alimentazione e attendere almeno 1 minuto.! AVVERTENZA PERICOLO DI FOLGORAZIONE. Per ridurre il rischio di folgorazione, non rimuovere i pannelli di copertura che richiedono l impiego di particolari utensili per la rimozione. Lo strumento non contiene alcun componente riparabile o sostituibile dall operatore. Affidare tali interventi al personale qualificato della Applied Biosystems. Avvertenza relativa al laser! AVVERTENZA PERICOLO DI USTIONI DOVUTE AL LASER. Un laser surriscaldato, se viene a contatto con la pelle, può provocare gravi ustioni. NON usare il laser se non è possibile raffreddarlo mediante la sua ventola di raffreddamento. Indossare sempre occhiali di protezione laser Introduzione

17 Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2 2 Dati generali Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti. Vedere Argomento pagina Prima di cominciare 2-2 Avvio del software 3100 Data Collection 2-3 Impostazione delle preferenze del software 2-5 Uso del gruppo piastra 2-7 Controllo e aggiunta dei fluidi 2-9 Posizionamento della piastra sull autocampionatore 2-13 Creazione di un record della piastra 2-14 Collegamento di una piastra 2-20 Avvio e monitoraggio della corsa 2-23 Arresto di una corsa e recupero dei dati 2-24 Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa 2-25 Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi 2-27 Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-1

18 Prima di cominciare Premessa Le procedure descritte nel presente capitolo presuppongono che: il computer e lo strumento siano stati correttamente configurati; lo strumento sia stato sottoposto alle calibrazioni spaziale e spettrale con esito positivo. Se necessario, consultare il Capitolo 4 del presente manuale; vi sia spazio libero sufficiente sul disco rigido del computer. Se necessario, consultare il Capitolo 5 del presente manuale; i campioni siano stati correttamente preparati e risospesi. Per informazioni sulla preparazione dei campioni, consultare la Guida alla chimica del sequenziamento mediante l ABI PRISM analizzatore genetico 3100 (P.N ). 2-2 Esecuzione di una corsa di sequenziamento

19 Avvio del software 3100 Data Collection Prima di cominciare Prima di avviare il software Data Collection, eseguire le seguenti operazioni. 1 Accertarsi che il computer e il monitor siano accesi. IMPORTANTE Il computer deve essere sempre acceso prima dello strumento. Il nome utente predefinito è 3100User e la password non è impostata. 2 Verificare che l analizzatore genetico ABI PRISM 3100 sia acceso e che l indicatore luminoso di stato verde sia acceso (non lampeggiante). 3 Verificare che OrbixWeb Daemon sia attivo individuando il pulsante corrispondente sulla barra delle applicazioni di Windows NT. Se OrbixWeb Daemon non è in attivo, accedere al menu Start, fare clic su Applied Biosystems, quindi selezionare OrbixWeb Daemon. Nota Per creare un collegamento a tale programma: (a) individuare il file orbixd.exe nella directory D:\dbtools\iona\orbixweb3.2\bin; (b) fare clic con il pulsante destro del mouse su tale file; (c) fare clic su Create Shortcut. Ciò crea un collegamento denominato Shortcut to orbixd.exe; (d) trascinare tale collegamento sul desktop. IMPORTANTE OrbixWeb Daemon deve essere avviato per rendere possibile l esecuzione del software 3100 Data Collection. Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-3

20 Avvio del software Data Collection Per avviare il software Data Collection, procedere come segue. 1 Nel menu Start, selezionare Applied Biosystems, quindi 3100 Data Collection. Nota Per creare un collegamento a tale programma: (a) individuare il file 3100Collection.bat nella directory D:\AppliedBio\3100\Bin; (b) fare clic con il pulsante destro del mouse su tale file; (c) fare clic su Create Shortcut. Ciò crea un collegamento denominato Shortcut to 3100 Collection Software; (d) trascinare tale collegamento sul desktop. Si lancia il software 3100 Data Collection e viene visualizzata la seguente finestra. 2-4 Esecuzione di una corsa di sequenziamento