RNBIO Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica: obiettivi e primi risultati

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1 RNBIO Rete Nazionale di Bioinformatica Oncologica: obiettivi e primi risultati Paolo Romano, Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro di Genova ([email protected]) Marco Crescenzi, Istituto Superiore di Sanità ([email protected])

2 RNBIO: Motivazioni La ricerca biomedica dipenderà sempre più dall analisi dati insilico a causa: della dimensione dei database, dell eterogeneità dei sistemi informativi della distribuzione dei dati in rete I dati clinici devono essere integrati con la caratterizzazione molecolare individuale Gli IRCCS devono sviluppare attività e risorse bioinformatiche in maniera adeguata, come molti centri Internazionali È quindi necessario ora uno sforzo comune per elevare il livello di competenze ed esperienze in questo settore strategico Da qui la nascita di una rete nazionale di ACC.

3 RNBIO: Obiettivi Formazione e aggiornamento, Cordinamento, Promozione a) Formazione e aggiornamento tool bioinformatici tecnologie ICT innovative per lo sviluppo b) Coordinamento ricerca bioinformatica ricerca oncologica in-silico attività di sviluppo tool bioinformatici c) Promozione delle competenze dei partner dei tool e dei servizi sviluppati o mantenuti d) Sviluppo di collaborazioni con Istituti Oncologici Europei e Internazionali con sistemi di supercalcolo e di infrastrutture Grid

4 RNBIO: Metodologia Progetto di breve durata (2 anni): fattibilità e avvio Gruppi di lavoro come punti d incontro multidisciplinari, aperti alla partecipazione di esterni, definizione di un programma di formazione, definizione di progetti di ricerca nazionali e internazionali. Sito web coordinamento delle iniziative, l hosting di servizi bioinformatici, lo sviluppo collaborativo di software e documentazione, la promozione della rete. Uso sostanziale di strumenti telematici e collegamento funzionale con altre reti ACC (Programma 2) e con progetti europei (Programma 4)

5 RNBIO: Partner Tumori, Bari INT, Miano IST, Genova IRE, Roma HSR, Milano IOR, Bologna IEO, Milano ISS, Roma IDI, Roma CRO, Aviano ICH, Rozzano ISA, Avellino

6 RNBIO: Sintesi attività Sito web Strutturato, vari contenuti, in estensione Gruppi di lavoro Avviati, attività in corso per la definizione della formazione Formazione I2R - Introduction to R (CINECA, 5-6 giugno 2008) Tutorial definiti per BITS 2009 (Genova, Marzo 2009) Altri corsi in via di definizione Collaborazioni Sviluppo di una Infrastruttura Nazionale di Bioinformatica Promozione Newsletter Presentazione a meeting (SIC, BITS, ECCB, NETTAB)

7 RNBIO: Sito Web Sistema basato su Plone CMS open source, multilingua, consente: Creazione collaborativa di documenti Ricerca full-text (smart folder) Estensioni plug-in Interoperabilità con altri software Comprende un area pubblica L area pubblica è destinata a: Documenti prodotti dalla rete, Newletter Informazioni e materiale sui corsi, tutorial Software sviluppato e mantenuto dai partner Annunci (news, events) Comprende l estensione ZWiki Sviluppo di documenti e materiale vario Formazione (manuali, corsi) Comprende un area privata L area privata è destinata a: Attività dei gruppi di lavoro Discussioni sulle attività formative Relazioni periodiche

8 RNBIO: Gruppi di lavoro Attivazione gruppi di lavoro Un partner avanza la proposta Questa può essere sostenuta da altri partner Si avvia una discussione generale La proposta è accettata / respinta Il gruppo è costituito e definisce un programma L attività viene aperta a ricercatori esterni Gestione dei gruppi Condivisione strumenti e metodi di gestione attività Condivisione progettualità tramite sito web Attiva partecipazione: sviluppo collaborativo e social networking Attività via posta elettronica (mailing list) Teleconferenze (e.g., skype) Meeting periodici

9 Automazione dei processi d analisi RNBIO: Gruppi Adozione di di lavoro modelli dati condivisi e di interfacce programmatiche (API) Adozione e sviluppo di modelli dati (XML Schema) Implementazione di Web Services Metodi bio-statistici per la bioinformatica Creazione di workflow scientifici Questionario esigenze supporto metodologico Organizzazione di giornate tecniche e corsi Collaborazione con Società Italiana di Biometria Next-Generation Sequencing Mettere a confronto esperienze e trasferire competenze tra i partner Sviluppare nuovi tool bioinformatici Bioinformatica strutturale Analisi delle interazioni proteina-proteina, proteina-dna e proteina-ligando Collegamento al progetto ESFRI INSTRUCT Oncoproteomica Pianificazione per lo sviluppo di nuovi tool per la ricerca proteomica (in collegamento con il gruppo di Automazione dei processi d analisi ) Programma di formazione sui tool per l analisi oncoproteomica Oncogenomica Sviuppo di tool per la ricerca genomica in oncologia Programma di formazione sui tool per la ricerca oncogenomica Scambio di dati moleculari e clinici tra partner

10 RNBIO: Formazione Oncology Bioinformatics Courses Due corsi all anno Linea 1: competenze di programmazione e sviluppo Linea 2: tool bioinformatici Contributo alle attività dei partner Contributo alla partecipazione a corsi di eccellenza Linea 1: competenze di programmazione e sviluppo Sviluppo delle competenze di programmazione Sottolineare l importanza della good programming practice, software reuse e interoperabilità dei tools Preparazione Linea 1: prossimi alla partecipazione corsi in corsi avanzati I2R - Introduction to R, CINECA, June 5-6, 2008 Tutorial a BITS 2009, Marzo, Genova Nuove tecnologie di sequenziamento del DNA Strumenti e applicazioni delle tecnologie Semantic Web Linea 2: tool bioinformaticigbpp - Good Bioinformatics Programming Practice Definire metodi comuni di analisi Promuovere l uso dei migliori software Migliorare l efficacia dell analisi Line 2: prossimi corsi Tool bioinformatici per la proteomica Tool Bioinformatici per l analisi di microarray Altri in via di definizione

11 RNBIO: Obiettivi Newsletter Obiettivi Informare su attività e risultati ottenuti Promuovere le attività della rete Sviluppare collaborazioni Contenuti Rassegna dei risultati (attività unità e gruppi) Comunicazioni scientifiche dai partner Abstract di pubblicazioni recenti dei partner Research News (sia interne che esterne alla rete) Training notes (Che cos è? Come si fa?) Annuncio di corsi, eventi scientifici, offerte lavorative

12 RNBIO: Formato Newsletter Formato Solo on-line (PDF e HTML), scaricabile e stampabile Da 8 a 12 pagine (formato A4 / booklet) Quattro numeri nel 2009 Newsletter 1, Gennaio 2009 (Aprile, Luglio, Ottobre 2009) Distribuzione Link dal sito web della rete Indice inviato tramite mailing list elettronica Registrazione/ cancellazioneon-line Indice inviato anche a ricercatori e clinici esterni alla rete (e.g., ACC, BITS, SSN)

13 Newsletter RNBIO 1 Newsletter RNBIO 1

14 Ringraziamenti IST, Genova IEO, Milano P. Romano, M. Miele et al. F. Ciccarelli, D. Rambaldi et al. INT, Milano IRE, Roma A. Decarli, E. Biganzoli et al G. Piaggio, M. Fanciulli, V. Giusti CRO, Aviano IOB, Bari V. Gattei, D. Marconi S. Tommasi, V. Bevilacqua et al. HSR, Milano ICH, Milano G. Lavorgna M. Locati, L. Zammataro IOR, Bologna ISA, Avellino L. Sangiorgi, E. Rossi et al. A. Facchiano, A. Marabotti et al. IDI, Roma ISS, Roma G. Russo, D. Arcelli M. Crescenzi, P. Roazzi Sito: - Contatto: [email protected]