Scheda del protocollo QIAsymphony SP

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1 Scheda del protocollo QIAsymphony SP Protocollo Complex400_V3_DSP Informazioni generali Per uso diagnostico in vitro. Kit Campioni Nome del protocollo Set di Controllo del Test predefinito Parte modificabile Versione del software necessaria Kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Campioni respiratori e urogenitali Complex400_V3_DSP ACS_Complex400_V3_DSP_default_IC Volume di eluato: 60 μl, 85 μl, 110 μl Versione 3.5 Cassetto Sample (Campioni) Tipo de muestra Volumen de la muestra Tubos de muestras primarios Tubos de muestras secundarios Insertos Muestras respiratorias (BAL, frotis secos, medios de transporte, aspirados, esputo) y muestras urogenitales (orina, medios de transporte) Depende del tipo de tubo de muestras usado; consulte para obtener más información Consulte para obtener más información Consulte para obtener más información Depende del tipo de tubo de muestras usado; consulte para obtener más información Otros Es necesario utilizar la mezcla ARN transportador tampón AVE; el uso del control interno es opcional Sample & Assay Technologies

2 Cassetto Reagents and Consumables (Reagenti e materiali di consumo) Posizione A1 e/o A2 Posizione B1 Supporto rack per puntali 1 17 Supporto rack per puntali 1 17 Supporto per box unitari 1 4 Supporto per box unitari 1 4 Cartuccia reagenti (RC) Tampone ATL (ATL) Puntali con filtro monouso, 200 μl Puntali con filtro monouso, 1500 μl Box unitari contenenti le cartucce per la preparazione dei campioni Box unitari contenenti i copri-magnete per 8 barre Cassetto Waste (Materiali di scarto) Supporto per box unitari 1 4 Supporto per sacchetto dei materiali di scarto Supporto per contenitore dei liquidi di scarico Box unitari vuoti Sacchetto dei materiali di scarto Contenitore dei liquidi di scarico Cassetto Eluate (Eluato) Rack di eluizione (consigliamo di utilizzare l apertura 1, posizione di raffreddamento) Per maggiori informazioni consultare Scheda del protocollo QIAsymphony SP: Complex400_V3_DSP pagina 2 di 8

3 Plastica da laboratorio occorrente Un lotto, 24 Due lotti, 48 Tre lotti, Quattro lotti, campioni* campioni* 72 campioni* 96 campioni* Puntali con filtro monouso, 200 μl Puntali con filtro monouso, 1500 μl Cartucce per la preparazione dei campioni Copri-magnete per 8 barre * L impiego di più di un controllo interno per lotto e l esecuzione di più di una scansione di inventario richiedono ulteriori puntali con filtro monouso. L impiego di meno di 24 campioni per lotto riduce il numero di puntali con filtro monouso necessari per ogni processazione. Ci sono 32 puntali con filtro su ogni rack per puntali. La quantità di puntali con filtro necessari include i puntali con filtro per 1 scansione di inventario per ogni cartuccia reagenti. Ci sono 28 cartucce per la preparazione dei campioni in ogni box unitario. Ci sono dodici copri-magnete per 8 barre in ogni box unitario. Nota: le quantità indicate per i puntali con filtro possono variare da quelle visualizzate sul touch screen in base alle impostazioni, ad esempio, il numero dei controlli interni utilizzati per ogni lotto. Scheda del protocollo QIAsymphony SP: Complex400_V3_DSP pagina 3 di 8

4 Volume di eluizione selezionato Volume di eluizione selezionato (μl)* Volume di eluizione iniziale (μl)* * Volume di eluizione selezionato sul touch screen. Si tratta del volume accessibile minimo di eluato nella provetta di eluizione finale. Il volume iniziale della soluzione di eluizione necessaria per garantire il volume effettivo di eluato è identico al volume selezionato. Preparazione della miscela di controllo interno carrier RNA (CARRIER) tampone AVE (AVE) Volume della soluzione madre Volume del Volume del Volume di contenente il controllo tampone Volume finale eluizione carrier RNA interno AVE (AVE) per campione selezionato (μl) (CARRIER) (μl) (μl)* (μl) (μl) ,5 105, * Il calcolo della quantità di controllo interno si basa sui volumi di eluizione iniziali. L ulteriore volume vuoto dipende dal tipo di provetta per campione utilizzata; per maggiori informazioni consultare Nota: i valori indicati in tabella si riferiscono alla preparazione della miscela di controllo interno carrier RNA (CARRIER) per un test a valle che richiede 0,1 μl di controllo interno/μl di eluato. Le provette contenenti la miscela di controllo interno-carrier RNA (CARRIER) tampone AVE (AVE) vengono collocate in un portaprovette. Il portaprovette contenente la/e miscela/e di controllo interno-carrier RNA (CARRIER) tampone AVE (AVE) deve essere collocato nell apertura A del cassetto campioni. A seconda del numero di campioni da elaborare, raccomandiamo l impiego di provette da 2 ml (Sarstedt, cat. n o ) o provette da 14 ml 17 x 100 mm in polistirolo a fondo tondo Scheda del protocollo QIAsymphony SP: Complex400_V3_DSP pagina 4 di 8

5 (Becton Dickinson, cat. no ) per diluire il controllo interno, come descritto nella tabella a pag. 5. È possibile dividere il volume fra 2 o più provette. Calcolo del volume della miscela di controllo interno Tipo provetta Microprovetta 2 ml con tappo; microprovetta 2 ml, PP, SKIRTED, (Sarstedt, cat. n ) Microprovetta 2 ml con tappo; microprovetta 2 ml, PP, NON-SKIRTED, (Sarstedt, cat. n ) Provetta 14 ml, 17 x 100 mm polistirene a fondo tondo (Becton Dickinson, cat. n ) Nome sul touchscreen QIAsymphony SAR# T2.0 ScrewSkirt SAR# T2.0 Screw BD# FalconPP 17x100 Calcolo del volume per provetta della miscela di controllo interno carrier RNA (CARRIER) tampone AVE (AVE) (n x 120 μl) μl* (n x 120 μl) μl* (n x 120 μl) μl * Utilizzare questa equazione per calcolare il volume richiesto della miscela di controllo interno (n = numero di campioni; 120 μl = volume di miscela controllo interno-carrier RNA (CARRIER)-Tampone AVE (AVE); 360 μl = volume vuoto richiesto per provetta). Per esempio per 12 campioni (n = 12): (12 x 120 μl) μl = 1800 μl. Non caricare la provetta con più di 1,9 ml (ossia un massimo di 12 campioni per provetta). Per processare più di 12 campioni, usare provette supplementari, assicurandosi di aggiungere il volume vuoto per ogni provetta. Utilizzare questa equazione per calcolare il volume richiesto della miscela di controllo interno carrier RNA (CARRIER) Buffer AVE (AVE) (n = numero di campioni; 120 μl = volume di miscela di controllo interno carrier RNA (CARRIER) Buffer AVE (AVE); 600 μl = volume vuoto richiesto per provetta). Per esempio per 96 campioni (n = 96): (96 x 120 μl) μl = μl. Per gli inserti necessari, consultare Uso di materiale da laboratorio FIX L uso del rilevamento del livello del liquido (LLD) per il trasferimento dei campioni permette di utilizzare provette primarie e secondarie. Tuttavia questa operazione richiede un certo volume morto nelle rispettive provette. Per ridurre al minimo i volumi morti, è preferibile non usare il rilevamento del livello del liquido nelle provette secondarie. È disponibile materiale da laboratorio Scheda del protocollo QIAsymphony SP: Complex400_V3_DSP pagina 5 di 8

6 FIX specifico (per es. SAR_FIX_# T2.0 ScrewSkirt) che è possibile anche selezionare sul touchscreen del QIAsymphony SP. Questo tipo di provetta/rack impone alcuni limiti all aspirazione. Il campione viene aspirato ad un altezza particolare nella provetta, altezza definita dal volume di campione da trasferire. Pertanto è essenziale verificare che venga utilizzato il volume che figura nella lista del materiale da laboratorio. Sono disponibili liste di materiale da laboratorio da scaricare da Le provette campione da poter usare con o senza rilevamento del livello del liquido e i volumi di campione richiesti sono elencati in Non utilizzare volumi superiori o inferiori al volume richiesto poiché questo potrebbe determinare errori durante la preparazione dei campioni. Le provette da usare con rilevamento del livello del liquido e le provette che non sono per rilevamento del livello del liquido possono essere trattate in un solo lotto/processo. Preparazione dei campioni Quando si opera con sostanze chimiche, indossare sempre un camice da laboratorio, guanti monouso e occhiali protettivi. Per maggiori informazioni, consultare le relative schede di sicurezza (MSDS), reperibili presso il fornitore. Urine Le urine possono essere processate senza ulteriori pretrattamenti. Trasferire il campione in una provetta di Sarstedt da 2 ml (cat. n o ) e collocare il campione nel portaprovette. In alternativa si possono utilizzare provette primarie. Il volume iniziale minimo necessario può variare a seconda della provetta primaria utilizzata. I formati compatibili delle provette primarie e secondarie e il volume iniziale minimo necessario per ogni protocollo sono indicati nel sito Il sistema è ottimizzato per campioni di urine puri non contenenti conservanti. Per aumentare la sensibilità ai patogeni batterici è possibile centrifugare i campioni. Dopo aver gettato il supernatante, il pellet può essere risospeso in almeno 300 μl di tampone ATL (ATL) (cat. n ). Trasferire il campione in una provetta di Sarstedt da 2 ml (cat. n o ). Collocare il campione nel portaprovette e sottoporlo a processo utilizzando il protocollo Complex400_V3_DSP e il materiale FIX occorrente. Isolamento del DNA genomico da batteri gram-positivi La purificazione del DNA può essere migliorata per alcuni batteri gram-positivi con un pretrattamento enzimatico prima di trasferire il campione nel sistema QIAsymphony SP e avviare il protocollo Complex400_V3_DSP. 1. Sedimentare i batteri centrifugando a 5000 x g per 10 minuti. 2. Sospendere il pellet batterico in 500 μl di soluzione enzimatica adeguata (20 mg/ml di lisozima o 200 μg/ml di lisostafina; 20 mm di Tris-HCl, ph 8,0; 2 mm di EDTA; Triton all 1,2%). 3. Incubare a 37 C per almeno 30 minuti (± 2 minuti). Scheda del protocollo QIAsymphony SP: Complex400_V3_DSP pagina 6 di 8

7 4. Centrifugare brevemente la provetta per eliminare le gocce dall interno del coperchio. 5. Trasferire il campione in una provetta Sarstedt da 2 ml (cat. n o ), collocare il campione nel portaprovette e procedere con il protocollo Complex400_V3_DSP usando il materiale FIX occorrente. Campioni viscosi o mucosi Alcuni campioni (ad es. espettorati, aspirati delle vie respiratorie) possono essere viscosi e richiedere un processo di liquefazione per consentire il pipettaggio. I campioni a bassa viscosità non richiedono un ulteriore fase di preparazione. I campioni a viscosità medio-alta vanno preparati come di seguito illustrato. 1. Diluire il campione 1:1 con Sputasol* (Oxoid, cat. n SR0233) o DTT allo 0,3% (peso/volume). Nota: la soluzione di DTT allo 0,3% (peso/volume) può essere preparata precedentemente e conservata in aliquote a 20 C. Gettare le aliquote scongelate dopo l uso. 2. Incubare a 37 C finché la viscosità del campione non è adeguata per il pipettaggio. 3. Trasferire almeno 500 μl del campione in una provetta di Sarstedt da 2 ml (cat. n o ). Processare il campione utilizzando il protocollo Complex400_V3_DSP. Tamponi di secrezioni e fluidi corporei asciutti 1. Immergere l estremità del tampone asciutto in 750 μl di tampone ATL (ATL) (cat. n ) e incubare a 56 C per 15 minuti (± 1 minuto) continuando a miscelare. Se non è possibile effettuare la miscelazione, agitare su vortex prima e dopo l incubazione per almeno 10 secondi. 2. Rimuovere il tampone e separare tutto il liquido comprimendo il tampone contro le pareti interne della provetta. 3. Transferire almeno 500 μl del campione in una provetta di Sarstedt da 2 ml (cat. n o ). Processare il campione utilizzando il protocollo Complex400_V3_DSP. Note: questo protocollo è ottimizzato per tamponi in cotone o polietilene. Se si utilizzano altri tipi di tamponi, può essere necessario adattare il volume del tampone ATL (ATL) per accertarsi che siano disponibili almeno 500 μl del campione. * Sputasol (Oxoid, cat. n SR0233, o ditiotreitolo (DTT). L elenco non è esaustivo. Scheda del protocollo QIAsymphony SP: Complex400_V3_DSP pagina 7 di 8

8 Tamponi respiratori o urogenitali I mezzi di conservazione per tamponi respiratori o urogenitali possono essere utilizzati senza pretrattamento. Se il tampone non è stato rimosso, premerlo contro l interno della provetta per spremere il liquido. Eventuali quantità in eccesso di muco nel campione vanno eliminate in questa fase raccogliendole sul tampone. Ogni residuo di liquido nel muco e nel tampone deve essere poi spremuto premendo il tampone contro l interno della provetta. Infine, il tampone e il muco vanno rimossi e gettati. Se i campioni sono viscosi, eseguire un processo di liquefazione (vedere sopra Campioni viscosi o mucosi ) prima di trasferire i campioni nel sistema QIAsymphony SP. In mancanza di una quantità sufficiente di materiale iniziale, pipettare il tampone ATL (ATL) nel mezzo di trasporto per ottenere il volume iniziale minimo necessario, quindi agitare su vortex il campione per secondi nella provetta. (se il mezzo di trasporto contiene il tampone, eseguire questa fase prima di rimuovere il tampone). Trasferire il campione in una provetta di Sarstedt da 2 ml (cat. n o ) e collocare il campione nel portaprovette. In alternativa si possono utilizzare provette primarie. Il volume iniziale minimo necessario può variare a seconda della provetta primaria utilizzata. I formati compatibili delle provette primarie e secondarie e il volume iniziale minimo necessario per ogni protocollo sono indicati nel sito I manuali QIAGEN possono essere richiesti al servizio tecnico di QIAGEN o al distributore locale QIAGEN. Manuali selezionati possono essere scaricati dal sito Le schede di sicurezza (MSDS) relative ad un qualsiasi prodotto QIAGEN possono essere scaricate dal sito Marchi commerciali: QIAGEN, QIAsymphony (Gruppo QIAGEN) QIAGEN, tutti i diritti riservati. France The Netherlands Australia Austria 0800/ Belgium Canada China Denmark Finland Germany Hong Kong Ireland Italy Japan Korea (South) Luxembourg Norway Singapore Spain Sweden Switzerland UK USA Sample & Assay Technologies