Manuale Investigator Quantiplex HYres

Agosto 2012 Manuale Investigator Quantiplex HYres Per la quantificazione del DNA umano maschile in campioni forensi Sample & Assay Technologies

QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN è un fornitore leader nel settore delle tecnologie innovative per campioni e test che consentono di isolare e rilevare il contenuto di qualunque campione biologico. I nostri prodotti e i nostri servizi di alta qualità sono una garanzia di successo, dall analisi del campione al risultato. QIAGEN definisce gli standard: nella purificazione del DNA, RNA e delle proteine nell analisi di acidi nucleici e proteine nella ricerca sul microrna e sull RNAi nelle tecnologie automatizzate per campioni e analisi Il nostro obiettivo è il vostro successo. Per ulteriori informazioni, visitare il sito www.qiagen.com.

Indice Contenuto del kit 4 Conservazione 4 Uso previsto 4 Informazioni di sicurezza 5 Controllo di qualità 5 Introduzione 6 Principio e procedura 6 Descrizione dei protocolli 11 Attrezzature e reagenti forniti dall operatore 11 Note importanti 12 Selezione dei kit e dei protocolli 12 Rischi di contaminazione 12 Controlli 13 Protocolli Quantificazione del DNA utilizzando il Rotor-Gene Q 14 Quantificazione del DNA utilizzando il sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification 37 Quantificazione del DNA utilizzando il sistema Applied Biosystems 7500 e 7500 Fast Real-Time PCR 52 Interpretazione dei risultati 66 Guida alla risoluzione dei problemi 69 Bibliografia 73 Informazioni per gli ordini 74 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 3

Contenuto del kit Investigator Quantiplex HYres Kit (200) Catalogo n 387116 Numero di reazioni da 20 µl 200 Reaction Mix FQ (Miscela di reazione FQ) 2 x 1,15 ml Primer Mix IC YQ (Miscela Primer IC YQ) Control DNA Z1 (20 ng/µl) (DNA di controllo Z1 (20 ng/µl)) QuantiTect Nucleic Acid Dilution Buffer (Tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect ) 1 x 1,8 ml 0,2 ml 1 fiala Quick-Start Protocol (Protocollo Quick-Start) 1 Conservazione Conservare la miscela di reazione FQ, la miscela di primer IC YQ e il DNA di controllo Z1 ad una temperatura compresa fra +2 e +8 C. Evitare di congelare questi componenti del kit. Conservare il tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect a 20 C. Evitare congelamenti e scongelamenti ripetuti. La miscela di primer IC YQ deve essere conservata al riparo dalla luce. I campioni di DNA devono essere conservati separatamente dai reagenti per PCR. In queste condizioni, i componenti sono stabili fino alla data di scadenza riportata sul kit. Uso previsto Il kit Investigator Quantiplex HYres è destinato ad applicazioni di biologia molecolare nelle analisi di medicina legale, identità umana e paternità. Il presente prodotto non è destinato a diagnosi, prevenzione o trattamento di malattie. Prestare la massima attenzione durante la manipolazione dei prodotti. Consigliamo a tutti gli utenti di prodotti QIAGEN di attenersi alle direttive NIH sviluppate per gli esperimenti con DNA ricombinante, o ad altre linee guida applicabili. 4 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Informazioni di sicurezza Quando si opera con sostanze chimiche, indossare sempre un camice da laboratorio, guanti monouso e occhiali protettivi. Per ulteriori informazioni, consultare le relative schede di sicurezza sul prodotto (MSDS). Le schede MSDS, nel pratico e compatto formato PDF, sono disponibili online all indirizzo www.qiagen.com/support/msds.aspx. Qui è possibile trovare, visualizzare e stampare la scheda MSDS per ciascun kit QIAGEN e i relativi componenti. Informazioni di emergenza 24 ore su 24 È possibile ottenere informazioni mediche di emergenza in inglese, francese e tedesco, 24 ore su 24, presso: Centro di informazioni antiveleni, Magonza, Germania Tel.: +49-6131-19240 Controllo di qualità In conformità con il Sistema di gestione della qualità con certificazione ISO della QIAGEN, ogni lotto di kit Investigator Quantiplex HYres è testato rispetto a specifiche predefinite per garantire una qualità costante del prodotto. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 5

Introduzione L identificazione umana si basa di norma sull analisi di corte sequenze ripetute in tandem (STR), polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) o polimorfismi insertion/deletion (DIP), in base ai requisiti di esame o alla qualità del campione. Questi test in multiplex utilizzati per l identificazione umana sono sistemi complessi che richiedono una gamma definita di modelli. La linea di prodotti Investigator Quantiplex è costituita dal kit Investigator Quantiplex, destinato alla quantificazione totale del DNA genomico umano, e il kit Investigator Quantiplex HYres, concepito per la quantificazione del DNA genomico umano maschile in un campione che utilizza la PCR quantitativa in tempo reale. Entrambi i kit sono studiati per verificare se un campione contiene una quantità di DNA sufficiente per consentire l analisi fingerprinting del DNA (ad esempio analisi STR, DIP o SNP). Essi permettono inoltre di stabilire se un campione contiene inibitori che possano interferire con tali applicazioni, richiedendo pertanto un ulteriore purificazione del campione stesso. Principio e procedura Il kit Investigator Quantiplex HYres è un sistema pronto per l uso per il rilevamento del DNA umano maschile mediante PCR quantitativa in tempo reale. Il kit consente una rapida e precisa quantificazione del DNA umano in campioni di casistiche e database forensi. Il test presenta una sensibilità inferiore a 1 pg/µl, con una quantificazione precisa inferiore a 4,9 pg/µl, dove la curva standard mostra linearità. Il kit contiene reagenti e una DNA polimerasi per l amplificazione specifica di 4NS1C, che è una regione proprietaria da 146 bp presente su diversi autosomi del genoma umano (in attesa di brevetto), e per il rilevamento dei prodotti PCR specifici sul termociclatore per PCR in tempo reale Rotor-Gene Q o sui sistemi Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR. La regione bersaglio umana di quantificazione è stata selezionata per offrire elevata sensibilità ed elevata affidabilità fra diversi individui e popolazioni. Tale regione bersaglio è stata convalidata in uno studio esterno da numerosi laboratori forensi, in cui è stata analizzata la conservazione del suo numero di copie nella popolazione umana. È stata eseguita una PCR quantitativa in tempo reale per confrontare una specifica singola copia umana e il bersaglio in multicopia Investigator Quantiplex HYres. Il ΔC T per i due bersagli è risultato confrontabile in diverse popolazioni e fra campioni di DNA maschili e femminili, il che dimostra la conservazione del numero di copie del bersaglio fra gruppi di diverso sesso e diversa etnia. La regione bersaglio di quantificazione viene rilevata utilizzando il canale verde sul Rotor-Gene Q o il canale del colorante FAM sugli strumenti Applied Biosystems. 6 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

La regione bersaglio per la quantificazione del DNA maschile è stata selezionata per offrire elevata sensibilità ed elevata affidabilità fra diversi individui e popolazioni, e in presenza di campioni di DNA misti. Questa regione bersaglio è stata convalidata in uno studio esterno da parte di numerosi laboratori forensi, in cui è stata analizzata la conservazione del suo numero di copie nella popolazione umana. È stata di nuovo eseguita una PCR quantitativa in tempo reale per confrontare una specifica singola copia umana e il bersaglio in multicopia Investigator Quantiplex HYres. Il ΔC T per i due bersagli è risultato confrontabile in diverse popolazioni e non è stato possibile rilevare nessun segnale per i campioni di DNA femminili, il che dimostra la conservazione del numero di copie del bersaglio fra gruppi di diversa etnia e la specificità del cromosoma Y. La regione bersaglio maschile di quantificazione viene rilevata come frammento da 129 bp utilizzando il canale rosso sul Rotor- Gene Q o il canale del colorante Cy5 sugli strumenti Applied Biosystems. Inoltre, il kit Investigator Quantiplex HYres include un controllo interno di amplificazione bilanciato, che viene usato per testare l avvenuta amplificazione e rilevare la presenza di eventuali inibitori della PCR. Questo sistema di amplificazione eterologo viene rilevato come un controllo interno (IC) da 200 bp nel canale giallo sul Rotor-Gene Q o nel canale del colorante VIC sugli strumenti Applied Biosystems. Il rilevamento dell amplificazione viene effettuato utilizzando primer Scorpions e un innovativa, rapida chimica della PCR. I primer Scorpions sono molecole bifunzionali contenenti un primer PCR in legame covalente con una sonda (Figura 1). Il fluorocromo in questa sonda interagisce con un quencher, pure integrato nella sonda, che riduce la fluorescenza. Durante la PCR, quando la sonda si lega ai prodotti PCR, il fluorocromo e il quencher si separano. Ciò comporta un aumento della fluorescenza nella provetta di reazione. I primer Scorpions sono ben noti per la loro rapida ibridizzazione alla sequenza bersaglio tramite reazione intramolecolare (Whitcombe, 1999). La chimica di reazione è stata attentamente ottimizzata per favorire una rapida attività. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 7

Sonda Primer Primer Sonda DNA polimerasi Primer Primer Sonda Primer Fluoroforo Quencher Bloccante PCR Figura 1. Primer Scorpions e relativa funzione. Controllo interno Il controllo interno (IC) è amplificato e rilevato nel canale giallo sul Rotor-Gene Q o nel canale del colorante VIC sugli strumenti Applied Biosystems. Il fluorocromo può essere rilevato con la calibrazione VIC esistente. L IC è studiato per essere più sensibile verso gli inibitori rispetto al bersaglio di quantificazione umano e maschile. Il confronto fra i valori C T del sistema IC per gli standard di DNA e i valori C T del sistema IC per campioni sconosciuti può fornire un indicazione di una potenziale inibizione della reazione nei campioni sconosciuti. Pertanto, anche nel caso in cui il sistema IC dimostri la presenza di inibitori nel campione, la quantificazione del DNA produce di norma un risultato affidabile. La presenza di inibitori nel campione può influenzare l applicazione a valle, pertanto occorre tenerne conto. 8 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Un amplificazione positiva del sistema IC genera un valore C T di circa 31.* È prevedibile una variazione A di ±1 nei valori C T del sistema IC fra i campioni della curva standard. L impiego di ingenti quantità di DNA umano (>150 ng/reazione) può produrre un valore C T superiore per il sistema IC. Si raccomanda di eseguire una convalida di laboratorio con importanti inibitori per stabilire i criteri di rilevamento dell inibizione. Miscela di reazione FQ La miscela di reazione FQ contiene una DNA polimerasi dalla formula straordinaria e un tampone di reazione. L innovativa chimica della PCR e l enzima, messi a punto specificatamente per l identificazione umana, consentono un elevata sensibilità e velocità. L enzima dalla nuova formula e la miscela del tampone di reazione sono ideali per supportare la rapida reazione dei primer Scorpions. Inoltre, il tampone PCR appositamente sviluppato contiene l additivo Q-Bond, che consente brevi tempi ciclo sui termociclatori standard e sui termociclatori rapidi con rapida velocità di ramping. Q-Bond aumenta l affinità della DNA polimerasi per il DNA a filamento singolo, riducendo a pochi secondi il tempo necessario per l annealing primer/sonda. Inoltre, la straordinaria composizione del tampone supporta il comportamento di fusione del DNA, consentendo brevi tempi di denaturazione e annealing/estensione. La miscela di reazione FQ si basa inoltre sull eccezionale sistema tampone QIAGEN PCR. Il tampone contiene una combinazione bilanciata di KCl e NH 4 Cl, che favorisce un elevato rapporto del legame fra primer specifici e non specifici durante la fase di annealing di ogni ciclo PCR. Ciò crea stringenti condizioni di annealing dei primer, producendo un aumentata specificità della PCR. * Questo valore può variare a seconda dello strumento utilizzato. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 9

DNA di controllo e curva standard Gli standard di quantificazione del DNA sono fondamentali per un analisi accurata. Si raccomanda vivamente di utilizzare serie di diluizioni di quattro volte con 7 punti di concentrazione nella curva standard per ogni test. Il DNA di controllo Z1 contiene una miscela di DNA maschile e femminile, che imita il caso di un campione miscelato 1 µl di DNA di controllo Z1 contiene 20 ng di DNA umano, che include 6,66 ng di DNA maschile. Per garantire la precisione di pipettaggio, il volume iniziale minimo di DNA per le diluizioni deve essere di 10 µl. La curva standard è studiata per essere facilmente creata con una pratica serie di diluizioni 1:4. Se si utilizza il tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect per diluire il DNA di controllo Z1, le diluizioni sono stabili per almeno 1 settimana ad una temperatura fra +2 e +8 C. Importante: Il DNA di controllo Z1 è ottimizzato esclusivamente per l uso con i kit Investigator Quantiplex. Template per il lavoro di routine Per facilitare la configurazione dello strumento e l analisi dei risultati sul Rotor- Gene Q, sul sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification e sui sistemi Applied Biosystems 7500 e 7500 Fast Real-Time PCR, QIAGEN ha messo a punto una serie di file template (Tabella 1). Questi template possono essere scaricati dal tab "Resources" (Risorse) nel sito www.qiagen.com/quantiplexhyres. Tabella 1. File template disponibili per il Rotor-Gene Q File template Investigator Quantiplex HYres Kit Cycling (Ciclo del kit Investigator Quantiplex HYres) Investigator Quantiplex HYres Kit Sample (Campione del kit Investigator Quantiplex HYres) Scopo Preimpostazione del protocollo del ciclo Nome del campione, tipo di campione e concentrazione per le curve standard e il controllo interno Investigator Quantiplex HYres Kit Analysis Settings for the Yellow Channel (Impostazioni di analisi del kit Investigator Quantiplex HYres per il canale giallo) Impostazioni del C T 10 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Descrizione dei protocolli In questo manuale vengono forniti i protocolli per 4 diversi termociclatori. Rotor-Gene Q Sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification Sistemi Applied Biosystems 7500 e 7500 Fast Real-Time PCR Attrezzature e reagenti forniti dall operatore Quando si opera con sostanze chimiche, indossare sempre un camice da laboratorio, guanti monouso e occhiali protettivi. Per maggiori informazioni, consultare le relative schede di sicurezza (MSDS), reperibili presso il fornitore. Pipette e puntali per pipette Materiali di consumo privi di nucleasi (RNasi/DNasi): è richiesta particolare attenzione per evitare la contaminazione da nucleasi di tutti i reagenti e materiali di consumo utilizzati per preparare la PCR per il rilevamento sensibile del DNA umano Dispositivo refrigerante o ghiaccio Termociclatore in tempo reale (Rotor-Gene Q, sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification oppure sistemi Applied Biosystems 7500 o 7500 Fast Real-Time PCR) Provette o piastre per PCR (utilizzare provette a parete sottile o piastre per PCR raccomandate dal produttore del proprio termociclatore) Per il Rotor-Gene Q: si consigliano provette per strisce e tappi, 0,1 ml (cat. n 981103 or 981106). È possibile utilizzare anche provette per PCR da 0,2 ml (cat. n 981005 or 981008), il Rotor-Disc 72 (cat. n 981301 o 981303) e il Rotor-Disc 100. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 11

Note importanti Selezione dei kit e dei protocolli Il presente manuale contiene protocolli e raccomandazioni per la quantificazione del DNA con gli strumenti elencati nella Tabella 2. I termociclatori in tempo reale diversi da quelli elencati non sono stati convalidati da QIAGEN per la quantificazione del DNA con il kit Investigator Quantiplex HYres. Nota: È possibile anche una preparazione automatizzata. I protocolli Q convalidati per QIAgility sono disponibili gratuitamente nel tab "User Support" (supporto utente) nel sito http://www.qiagen.com/products/qiagility.aspx. Tabella 2. Protocolli per il kit Investigator Quantiplex HYres con diversi termociclatori in tempo reale Termociclatore in tempo reale Protocollo Rotor-Gene Q Pagina 14 Sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification Sistemi Applied Biosystems 7500 e 7500 Fast Real-Time PCR Pagina 52 Pagina 37 Rischi di contaminazione Rimuovere il sigillo dalle piastre di reazione solo quando l amplificazione è completa. Rimuovendo il sigillo dalle piastre si aumenta il rischio di contaminare successive reazioni con il prodotto amplificato. Tutte le miscele di reazione devono essere preparate in un area separata da quella utilizzata per l isolamento del DNA e l analisi dei prodotti PCR (post-pcr) per ridurre al minimo il potenziale rischio di cross-contaminazione. Utilizzare puntali monouso con filtri idrofobici per ridurre al minimo una possibile crosscontaminazione. 12 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Controlli Controllo no template (NTC) Occorre includere replicati di reazioni NTC in ogni processo di quantificazione per rilevare eventuali casi di contaminazione. Gli NTC devono contenere tutti i componenti della reazione, ad eccezione dello stampo. La quantificazione eseguita con il kit Investigator Quantiplex HYres è altamente sensibile; evitare casi di contaminazione durante il pipettaggio dell NTC. Consigliamo di eseguire le reazioni NTC almeno in duplicato. Controllo positivo interno Un controllo positivo interno (rilevato utilizzando un secondo primer Scorpions con una diversa etichetta) viene utilizzato per testare se l amplificazione è avvenuta con successo e per verificare la presenza di inibitori della PCR. Primer, primer Scorpions e template per il controllo interno sono tutti inclusi nella miscela di primer IC YQ. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 13

Protocollo: Quantificazione del DNA utilizzando il Rotor-Gene Q Questo protocollo è ottimizzato per l uso del kit Investigator Quantiplex HYres sul Rotor-Gene Q. Punti importanti prima di iniziare Preparare tutte le miscele di reazione in un area separata da quella utilizzata per l isolamento del DNA e per l analisi dei prodotti PCR (post- PCR). Utilizzare puntali monouso con filtri idrofobici per ridurre al minimo una possibile cross-contaminazione. Utilizzare le condizioni del ciclo specificate nel protocollo. Il ciclo è ottimizzato per questo test. Utilizzare il volume di stampo specificato nel protocollo. La reazione è ottimizzata per l uso con 2 µl di DNA stampo. Non utilizzare una quantità superiore o inferiore a 2 µl per una reazione da 20 µl. Consigliamo di utilizzare un rotore a 72 pozzetti. Le diluizioni degli standard di quantificazione del DNA nel tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect possono essere conservate a 4 C per almeno 1 settimana. Definire impostazioni di analisi ottimali rappresenta un prerequisito per ottenere dati di quantificazione precisi. Regolare le impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e valori soglia) per l analisi di ogni canale del colorante reporter in ciascun processo. Cosa fare prima di iniziare Scaricare i file template Investigator Quantiplex HYres Kit Cycling file, Investigator Quantiplex HYres Kit Sample file e Investigator Quantiplex HYres Kit Analysis Settings for the Yellow Channel file dal tab Resources nel sito www.qiagen.com/quantiplexhyres/. 14 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Procedura 1. Scongelare il tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect Miscelare accuratamente tutte le soluzioni prima dell uso per evitare concentrazioni localizzate di sale. 2. Preparare diluizioni seriali fresche del DNA di controllo Z1 come da Tabella 3. Agitare su vortex per almeno 5 s e centrifugare brevemente ogni soluzione prima di rimuovere un aliquota per la diluizione successiva. Utilizzare un nuovo puntale per pipetta per ogni diluizione. Fare attenzione ad evitare casi di cross-contaminazione. Per informazioni più complete sulle diluizioni delle curve standard, consultare la Tabella 7. Tabella 3. Diluizioni seriali del DNA di controllo Z1 Diluizione seriale del DNA di controllo Z1 DNA di controllo Z1 Tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect 20 ng/µl DNA non diluito 5 ng/µl 10 µl 30 µl 1,25 ng/µl 10 µl 30 µl 0,3125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,078125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,01953125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,0048828125 ng/µl 10 µl 30 µl 3. Scongelare gli acidi nucleici stampo. Miscelare la miscela di reazione FQ e la miscela di primer IC YQ, capovolgendo la provetta diverse volte. Miscelare accuratamente tutte le soluzioni prima dell uso per evitare concentrazioni localizzate di sale. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 15

4. Preparare una miscela master come indicato nella Tabella 4. La miscela master contiene tutti i componenti necessari per la PCR, ad eccezione del DNA stampo (campione) e dell acqua nuclease-free. Preparare un volume di miscela master superiore del 10% a quello necessario per il numero complessivo di test PCR da eseguire. La miscela deve includere reazioni di controllo positive e negative. La reazione può essere di norma preparata a temperatura ambiente (15-25 C). Tuttavia, si consiglia di conservare i reagenti, i campioni e i controlli su ghiaccio oppure in un dispositivo refrigerante. Tabella 4. Miscela master per la quantificazione del DNA Componente Volume per reazione da 20 µl Concentrazione finale Miscela di reazione FQ 9 µl 1x Miscela Primer IC YQ 9 µl 1x Volume totale della miscela master 18 µl 5. Miscelare accuratamente la miscela master e dispensarne 18 µl nelle provette per strisce Rotor-Gene Q o nel Rotor-Disc. 6. Aggiungere 2 µl di tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect alle provette NTC. Accertarsi che le provette NTC non vengano a contatto con il DNA umano. 7. Aggiungere 2 µl di diluizioni del DNA di controllo o 2 µl di DNA di campioni sconosciuti alle singole provette per PCR e miscelare accuratamente. Miscelare attentamente per evitare concentrazioni localizzate di sale e DNA. La Tabella 5 mostra una possibile configurazione delle piastre. Accertarsi che la miscela master e lo stampo vengano accuratamente miscelati. È necessario inserire in ogni test e in ogni piastra di reazione duplicati delle diluizioni del DNA di controllo. 16 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Tabella 5. Possibile configurazione delle piastre di reazione sul Rotor- Gene Q utilizzando provette per strisce. Contenuto dei pozzetti 1 20 9 0,0781 17 UNK 25 UNK 33 UNK 41 UNK 49 UNK 57 UNK 65 UNK 2 20 10 0,0781 18 UNK 26 UNK 34 UNK 42 UNK 50 UNK 58 UNK 66 UNK 3 5 11 0,0195 19 UNK 27 UNK 35 UNK 43 UNK 51 UNK 59 UNK 67 UNK 4 5 12 0,0195 20 UNK 28 UNK 36 UNK 44 UNK 52 UNK 60 UNK 68 UNK 5 1,25 13 0,0049 21 UNK 29 UNK 37 UNK 45 UNK 53 UNK 61 UNK 69 UNK 6 1,25 14 0,0049 22 UNK 30 UNK 38 UNK 46 UNK 54 UNK 62 UNK 70 UNK 7 0,3125 15 NTC 23 UNK 31 UNK 39 UNK 47 UNK 55 UNK 63 UNK 71 UNK 8 0,3125 16 NTC 24 UNK 32 UNK 40 UNK 48 UNK 56 UNK 64 UNK 72 UNK Tutte le quantità sono indicate in ng/µl. UNK: campione sconosciuto. 8. Chiudere le provette per PCR, collocarle nel rotore appropriato del termociclatore Rotor-Gene Q e inserire l anello di bloccaggio. Se si utilizzano provette, le posizioni vuote nel rotore devono essere riempite con provette per PCR vuote. 9. Aprire il software del Rotor-Gene. Consigliamo di utilizzare il file template fornito. Nella Advanced Wizard (procedura guidata avanzata), selezionare Open A Template In Another Folder (aprire uno stampo in un altra cartella...) e caricare il file Investigator Quantiplex HYres Kit Cycling file (file del ciclo del kit Investigator Quantiplex HYres). Se si copia il file template Investigator Quantiplex HYres Kit Cycling file nelle cartelle Rotor-Gene Q Templates e Quick Start Templates, il template comparirà direttamente nelle finestre Quick Start (guida rapida introduttiva) e Advanced Wizard. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 17

10. Per impostare manualmente il ciclo, selezionare il profilo del ciclo Two Step (due fasi) e cliccare su New (nuovo). Consigliamo di utilizzare il file template fornito (vedere pag. 13 su come scaricare il file) per facilitare la preparazione della reazione. Se si utilizzano file template, le impostazioni possono già essere quelle descritte nella fase successiva. In questo caso, cliccare sulla schermata successiva. Procedura guidata avanzata del software Rotor-Gene. 11. Selezionare il rotore corretto e verificare che l anello di bloccaggio sia inserito spuntando la relativa casella di controllo. Cliccare su Next (avanti) per continuare. 18 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Conferma che l anello di bloccaggio è inserito. 12. Accertarsi che il volume di reazione sia pari a 20 µl e che la casella di controllo Apply Ambient Air Correction (applica correzione dell aria ambiente) sia spuntata. Cliccare su Next per continuare. Nota: La funzione Apply Ambient Air Correction non è disponibile in tutte le versioni del software. Se il software che si utilizza non la prevede, cliccare semplicemente su Next per continuare. Inserire il volume di reazione. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 19

13. Cliccare su Edit Profile (modifica profilo) e programmare il Rotor- Gene come da Tabella 6. Vedere anche le figure a pag. 19 e 20. L acquisizione dei dati va effettuata durante la fase di annealing/estensione combinata. Tabella 6. Condizioni del ciclo per il Rotor-Gene Q Fase Temp. Durata Numer o di cicli Fase di attivazione della PCR iniziale Ciclo a due fasi: Denaturazione 95 C 5 s Annealing / estensione combinate Commenti aggiuntivi 95 C 1 minuto La PCR richiede un incubazione iniziale a 95 C per attivare la DNA polimerasi 40 cicli 60 C 10 s Effettuare una raccolta dei dati di fluorescenza utilizzando i canali verde, rosso e giallo con ottimizzazione del gain automatico Fase di attivazione della PCR iniziale. La PCR richiede un incubazione iniziale a 95 C per 1 min per attivare la DNA polimerasi. 20 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Ciclo a due fasi. La PCR richiede 40 cicli. Ogni ciclo comprende 2 fasi: 5 s a 95 C (fase di denaturazione) e 10 s a 60 C (fase di annealing/estensione). 14. Cliccare su OK per chiudere la finestra e tornare alla procedura guidata. 15. Per regolare le impostazioni di ottimizzazione del gain per i canali verde, giallo e rosso, cliccare su Gain Optimisation (ottimizzazione gain) e poi su Optimise Acquiring (ottimizza acquisizione). Nella finestra di dialogo che si apre confermare le impostazioni standard tutti i tre canali. Cliccare poi su OK. 16. Spuntare la casella Perform Optimisation Before 1st Acquisition (esegui ottimizzazione prima della 1 acquisizione), quindi cliccare su Close (chiudi). Accertarsi che la provetta in posizione 1 non sia vuota, poiché l ottimizzazione del gain viene eseguita su questa provetta. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 21

Funzione Gain optimization. Funzione Optimize acquisition. 22 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Conferma delle impostazioni di ottimizzazione del gain per il canale verde. Conferma delle impostazioni di ottimizzazione del gain per il canale rosso. Conferma delle impostazioni di ottimizzazione del gain per il canale giallo. 17. Cliccare su Next per confermare il profilo di temperatura e la configurazione dei canali e verificare che i parametri siano corretti. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 23

Riepilogo dei parametri. 18. Avviare il termociclatore Rotor-Gene cliccando su Start run (Avvia processo). Il sistema invita ad inserire il nome di un file e a salvare il file di esecuzione. 19. Dopo l avvio del processo, è possibile inserire un nome e una descrizione per ogni reazione mentre si attende la fine del processo. Se si utilizza la configurazione delle piastre consigliata nella Tabella 5, è possibile utilizzare anche l "Investigator Quantiplex HYres Kit Sample file" (vedere pag. 13 su come scaricare il file). Per caricare il file template, cliccare su Open (apri) e selezionare il file template richiesto. Un esempio di file template è illustrato qui di seguito. File template per modificare la curva standard. 24 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Analisi dei dati Definire impostazioni di analisi ottimali rappresenta un prerequisito per ottenere dati di quantificazione precisi. Regolare continuamente le impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e valori soglia) per l analisi di ogni canale del colorante reporter in ciascun processo. Procedura 1. Aprire il file di esecuzione utilizzando il software del Rotor-Gene Q. Cliccare su File, poi su Open e dopo ancora su Browse (sfoglia) per localizzare il file salvato. 2. Prima di poter creare una curva standard occorre definire gli standard. Se gli standard sono stati definiti prima dell inizio del processo, passare al punto 13. Se si utilizza la configurazione delle piastre consigliata nella Tabella 5, è possibile anche importare il nome e il tipo di campione, nonché la concentrazione degli standard utilizzando direttamente l Investigator Quantiplex HYres Kit Sample file. Consigliamo di utilizzare quel file per semplificare la preparazione della reazione. Vedere pag. 14 su come scaricare il file. 3. Selezionare lo strumento Edit Samples (modifica campioni) cliccando su Samples (campioni). Strumento Edit Samples nel software del Rotor-Gene Q. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 25

4. L Investigator Quantiplex HYres Kit Sample file può essere caricato cliccando su Open e scegliendo il file. Passare al punto 14. File template per modificare la curva standard. 5. Se il file template non è caricato, utilizzare il menu a tendina per definire il tipo di campione in ciascun pozzetto, ad es. Standard per gli standard di DNA e NTC per i controlli no template. Modifica dei campioni nel software del Rotor-Gene Q. 26 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

6. Nella colonna Given Conc. (concentrazione data), inserire la concentrazione del DNA degli standard umani secondo la Tabella 7 e definire l unità di misura (ng/µl) utilizzando il menu a tendina. Inserire il nome del campione (ad es. DNA di controllo Z1 20 ng/µl). Modifica delle unità di misura nel software del Rotor-Gene Q. Tabella 7. Concentrazioni di DNA degli standard umani e maschili Diluizione seriale del DNA di controllo Z1 Standard umani Canale verde Pagina 1/DNA umano Standard maschili Canale rosso Pagina 2/DNA maschile 20 ng/µl 20 6,66 5 ng/µl 5 1,665 1,25 ng/µl 1,25 0,41625 0,3125 ng/µl 0,3125 0,1040625 0,078125 ng/µl 0,078125 0,02601563 0,01953125 ng/µl 0,01953125 0,00650391 0,0048828125 ng/µl 0,0048828125 Nessuno* * Si sconsiglia di utilizzare l ultimo valore maschile (0,001626 ng/µl) per calcolare la curva standard poiché, in alcuni casi, a causa di effetti stocastici ciò comprometterebbe la qualità della curva stessa. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 27

7. Creare due nuove pagine cliccando su New e selezionando Synchronize pages (sincronizza pagine). Importante: Se non si seleziona la casella di controllo Synchronize pages, i nomi dei pozzetti non saranno adottati per tutti canali. 8. A Pagina 2/DNA maschile, lasciare il tipo di campione su Standard per gli standard di DNA e su NTC per i controlli no template. Creazione di una nuova pagina campioni. 9. Su Pagina 2/DNA maschile, deselezionare la casella di controllo Synchronize pages. Nella colonna Given Conc., inserire la concentrazione del DNA degli standard maschili secondo la Tabella 7 e definire l unità di misura (ng/µl) dal menu a tendina. Importante: Se non si deseleziona la casella di controllo Synchronize pages, saranno adottate le stesse concentrazioni per gli standard umani e maschili, determinando un calcolo errato delle concentrazioni sconosciute. 10. Su Pagina 3/IC, lasciare tutti i campioni contrassegnati come Unknown (sconosciuto) nella colonna Type (tipo). 11. Aprire il menu More Options (altre opzioni) e definire i criteri di applicabilità della pagina campioni. Selezionare l opzione Only display this sample page when analyzing data (visualizza questa pagina campioni solo durante l analisi dei dati). 28 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Finestra Sample Page Suitabilities (criteri di applicabilità pagina campioni). 12. Selezionare il canale verde per la pagina 1, il canale rosso per la pagina 2 e il canale giallo per la pagina 3. Cliccare su Save and Close (salva e chiudi). Chiudere la finestra Sample Page Suitabilities cliccando su Close. Selezione dei canali del colore. 13. Cliccare su OK nel tab Edit Samples. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 29

14. Per analizzare i campioni, aprire lo strumento di analisi cliccando su Analysis (analisi). 15. Nel tab Quantitation (quantificazione), selezionare Page 1/Human DNA (pagina 1/DNA umano) per il canale verde e cliccare su Show (mostra). Selezionare Page 2/Male DNA (pagina 2/DNA maschile) per il canale rosso e Page 3/IC (pagina 3/IC) per il canale giallo, poi cliccare su Show. Se si apre automaticamente la finestra Autofind Threshold (trova soglia automaticamente), cliccare su Cancel (annulla). I grafici di amplificazione sia per il canale verde che per il canale giallo vengono visualizzati nella finestra Quantitation Analysis (analisi di quantificazione). Tab Quantitation nello strumento Analysis. 30 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

16. Attivare lo strumento Slope Correction (correzione pendenza) per il canale verde. Strumento Slope Correction. 17. Selezionare i campioni nella tabella a destra. In fondo allo schermo a destra selezionare Auto-Find threshold per il canale verde. I valori C T sono riportati nella finestra Quantitation Results (risultati di quantificazione). L impostazione del valore soglia adeguato può richiedere un ulteriore convalida interna presso il laboratorio. Impostazione del valore C T per il canale verde utilizzando Auto-Find Threshold. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 31

18. Attivare lo strumento Slope Correction per il canale rosso. Selezionare Auto-Find Threshold in fondo allo schermo a destra, come mostrato in precedenza per il canale verde. I valori C T sono riportati nella finestra Quantitation Results. Consigliamo di utilizzare la funzione Auto-Find threshold. Se si deve impostare una soglia fissa, può essere necessaria un ulteriore convalida interna presso il proprio laboratorio per definire il valore soglia appropriato. Strumento Slope correction. 19. Per il canale giallo importare le impostazioni dall Investigator Quantiplex Kit Analysis Settings for the Yellow Channel file utilizzando la funzione Import (importa) in fondo allo schermo. Vedere pag. 13 su come scaricare questo file. In alternativa, selezionare un valore soglia C T di 0,05 e ignorare i primi 15 cicli. I valori C T sono riportati nella finestra Quantitation Results. La determinazione del valore soglia adeguato può richiedere un ulteriore convalida interna presso il laboratorio. 32 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Impostazione del valore C T per il canale giallo utilizzando lo strumento Import. 20. Le curve standard vengono visualizzate nella finestra Standard Curve (curva standard) per i canali verde e rosso. Visualizzare la linea di regressione calcolata, la pendenza (M), l intercetta y (B) e i valori R 2. Curve standard. 21. Visualizzare la concentrazione dei campioni sconosciuti. Le finestre Quantitation Results Cycling A. Green (risultati di quantificazione - ciclo A. verde) e Quantitation Results Cycling A. Red (risultati di quantificazione - ciclo A. rosso) visualizzano i dati per i pozzetti selezionati e riassumono la quantità rispettivamente di DNA totale e maschile presente nei campioni sconosciuti. L unità di misura è visualizzata nella parte alta della colonna. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 33

Finestra Quantitation Results Cycling A. Green. Finestra Quantitation Results Cycling A. Red (risultati di quantificazione - ciclo A. rosso). 34 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

La finestra Quantitation Results Cycling A. Yellow (risultati di quantificazione - ciclo A. giallo) visualizza i dati per i pozzetti selezionati e riassume i valori C T per il controllo interno. Finestra Quantitation Results Cycling A. Yellow. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 35

22. Per esportare i risultati su Excel, cliccare su File, quindi su Save As (salva con nome) e infine su Excel Analysis Sheet (foglio analisi Excel). I risultati vengono salvati in formato *.csv. Per esportare un report completo, cliccare su File, quindi su Reports e poi su Quantitation. 23. Per interpretare i risultati, vedere la sezione Interpretazione dei risultati, pag. 66. 36 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Protocollo: Quantificazione del DNA utilizzando il sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification Questo protocollo è ottimizzato per l uso del kit Investigator Quantiplex HYres sul sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification, che utilizza il software di analisi della PCR in tempo reale HID versione 1.1. Per le istruzioni generali sulla configurazione dello strumento e su altre versioni del software, consultare il manuale utente del sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification (Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System for Human Identification User Manual). Punti importanti prima di iniziare Preparare tutte le miscele di reazione in un area separata da quella utilizzata per l isolamento del DNA e per l analisi dei prodotti PCR (post- PCR). Utilizzare puntali monouso con filtri idrofobici per ridurre al minimo una possibile cross-contaminazione. Con il kit Investigator Quantiplex HYres, i nuovi coloranti non richiedono una calibrazione personalizzata se si utilizza il sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR. Tuttavia, si raccomanda di fare attenzione che il sistema sia calibrato per i coloranti standard VIC, FAM e Cy5 prima di iniziare il test. Per la corretta configurazione, consultare il manuale utente in dotazione allo strumento. Utilizzare sempre le condizioni del ciclo specificate nel protocollo. Il ciclo è ottimizzato per questo test. Utilizzare sempre il volume di stampo specificato nel protocollo. La reazione è ottimizzata per l uso con 2 µl di DNA stampo. Non utilizzare una quantità superiore o inferiore a 2 µl per una reazione da 20 µl. Le diluizioni degli standard di quantificazione del DNA nel tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect possono essere conservate a 4 C per almeno 1 settimana. Definire impostazioni di analisi ottimali rappresenta un prerequisito per ottenere dati di quantificazione precisi. Regolare continuamente le impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e valori soglia) per l analisi di ogni canale del colorante reporter in ciascun processo. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 37

Procedura 1. Scongelare il tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect Miscelare accuratamente tutte le soluzioni prima dell uso per evitare concentrazioni localizzate di sale. 2. Preparare diluizioni seriali fresche del DNA di controllo Z1 come da Tabella 8. Agitare su vortex per almeno 5 s e centrifugare brevemente ogni diluizione prima di rimuovere un aliquota per la diluizione successiva. Utilizzare un nuovo puntale per pipetta per ogni diluizione. Fare attenzione ad evitare casi di cross-contaminazione. Per informazioni complete sulle diluizioni delle curve standard, consultare la Tabella 11. Tabella 8. Diluizioni seriali del DNA di controllo Z1 Diluizione seriale del DNA di controllo Z1 DNA di controllo Z1 Tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect 20 ng/µl DNA non diluito 5 ng/µl 10 µl 30 µl 1,25 ng/µl 10 µl 30 µl 0,3125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,078125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,01953125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,0048828125 ng/µl 10 µl 30 µl 3. Scongelare gli acidi nucleici stampo. Miscelare la miscela di reazione FQ e la miscela di primer IC YQ, capovolgendo la provetta diverse volte. Miscelare accuratamente tutte le soluzioni prima dell uso per evitare concentrazioni localizzate di sale. 38 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

4. Preparare una miscela master come indicato nella Tabella 9. La miscela master contiene tutti i componenti necessari per la PCR, ad eccezione del DNA stampo (campione) e dell acqua nuclease-free. Preparare un volume di miscela master superiore del 10% a quello necessario per il numero complessivo di test PCR da eseguire. La miscela deve includere reazioni di controllo positive e negative. La reazione può essere di norma preparata a temperatura ambiente (15 25 C). Tuttavia, si consiglia di conservare i reagenti, i campioni e i controlli su ghiaccio oppure in un dispositivo refrigerante. Tabella 9. Miscela master per la quantificazione del DNA Componente Volume per reazione da 20 µl Concentrazione finale Miscela di reazione FQ 9 µl 1x Miscela Primer IC YQ 9 µl 1x Volume totale della miscela master 18 µl 5. Miscelare accuratamente la miscela master e dispensarne 18 µl nei pozzetti di una piastra per PCR. 6. Aggiungere 2 µl di tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect ai pozzetti NTC. Accertarsi che i pozzetti NTC non vengano a contatto con DNA umano. 7. Aggiungere 2 µl di diluizioni del DNA di controllo o 2 µl di DNA di campioni sconosciuti ai singoli pozzetti e miscelare accuratamente. Chiudere la piastra. Miscelare attentamente per evitare concentrazioni localizzate di sale. La Tabella 10 mostra una possibile configurazione delle piastre. Accertarsi che la miscela master e lo stampo vengano accuratamente miscelati. È necessario inserire in ogni test e in ogni piastra di reazione duplicati delle diluizioni del DNA di controllo. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 39

Tabella 10. Possibile configurazione delle piastre di reazione sul sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification Contenuto dei pozzetti 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 A 20 20 5 5 1,25 1,25 0,3125 0,3125 0,0781 0,0781 0,0195 0,0195 B 0,0049 0,0049 NTC NTC UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK C UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK D UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK E UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK F UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK G UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK H UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK Tutte le quantità sono indicate in ng/µl. UNK: campione sconosciuto. 8. Aprire il software di analisi della PCR in tempo reale HID versione 1.1 nella modalità Custom Assays (test personalizzati). 9. Se si sta utilizzando un file template, selezionare New Experiment From Template (nuovo esperimento da template) e passare al punto 13 per assegnare i bersagli alla configurazione della piastra. Poi passare al punto 17 per salvare e avviare il processo. Il file template carica tutte le impostazioni necessarie per avviare un processo con Investigator Quantiplex HYres, tra cui le impostazioni della curva standard, il profilo del ciclo e i bersagli necessari per l acquisizione della fluorescenza. 40 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Avvio di un nuovo esperimento da un template. 10. Se non si utilizzano file template, selezionare Advanced Setup (impostazione avanzata) cliccando su Design Wizard (procedura guidata design). Avvio di un nuovo esperimento. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 41

Avvio di un nuovo esperimento utilizzando la configurazione avanzata. 11. Quando si apre la nuova finestra, inserire un nuovo Experiment Name (nome esperimento) nel campo appropriato. Selezionare le seguenti impostazioni: Strumento: 7500 (96 Wells) (7500 (96 pozzetti)) Tipo di esperimento: Quantitation Standard curve Reagents: Other (altro) Velocità rampa: Standard Deselezionare l opzione Include Melt Curve (includi curva di fusione) 42 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

12. Cliccare su Plate Setup (configurazione piastra) e definire tre Targets (bersagli) cliccando due volte su Add New Target (aggiungi nuovo bersaglio). Selezionare le seguenti impostazioni: Human Target (bersaglio umano): Reporter FAM, Quencher: None (nessuno) Male Target (bersaglio maschile): Reporter Cy5, Quencher: None IC: Reporter VIC, Quencher: None Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 43

13. Definire i nomi dei campioni utilizzando lo strumento Define Samples (definisci campioni) sul riquadro a destra. 14. Passare al tab Assign Targets and Samples (assegna bersagli e campioni). Nell opzione Plate Layout (layout piastre), selezionare i pozzetti in uso e assegnare tutti i tre Targets cliccando sulle caselle. Importante: Non selezionare i pozzetti non in uso (ovvero quelli senza miscela di reazione). Includendo i pozzetti non utilizzati si influenza significativamente la scala degli assi X e Y quando si esaminano i dati. 44 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Assegnazione dei Targets. 15. Selezionare i pozzetti per i controlli no template e marcarli come Negative Control (controllo negativo) con il pulsante rosso N. Nota: Lasciare la funzione Task (attività) di IC (VIC) per le reazioni NTC impostata su Unknown. Inserire il nome del campione. 16. Selezionare i pozzetti per la curva standard e marcarli come Standard con il pulsante rosso S. Selezionare Quantity (quantità) per il corrispondente rilevatore e inserire la quantità di DNA nel pozzetto come indicato nella Tabella 11. Importante: Sebbene non vengano inserite le unità di misura per la voce Quantity, occorre utilizzare un unità di misura comune per tutte le quantità standard (ad es. ng/µl). Le unità di misura utilizzate per le quantità standard definiscono le unità di misura di quantificazione per l analisi dei risultati. Nota: Lasciare la funzione Task di IC (VIC) per le reazioni standard impostata su Unknown. Inserire il nome del campione. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 45

Impostazione della curva standard e assegnazione dei campioni alla configurazione delle piastre. Tabella 11. Concentrazioni di DNA degli standard umani e maschili Diluizione seriale del DNA di controllo Z1 Bersaglio umano (FAM) Bersaglio maschile (Cy5) 20 ng/µl 20 6,66 5 ng/µl 5 1,665 1,25 ng/µl 1,25 0,41625 0,3125 ng/µl 0,3125 0,1040625 0,078125 ng/µl 0,078125 0,02601563 0,01953125 ng/µl 0,01953125 0,00650391 0,0048828125 ng/µl 0,0048828125 Nessuno* * Si sconsiglia di utilizzare l ultimo valore maschile (0,001626 ng/µl) per calcolare la curva standard poiché, in alcuni casi, a causa di effetti stocastici ciò comprometterebbe la qualità della curva stessa. 17. Assegnare i campioni alla configurazione delle piastre cliccando sui pozzetti e spuntando la casella corrispondente nel riquadro a sinistra. 46 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

18. Cliccare su Run Method (metodo di esecuzione). Programmare il termociclatore come indicato nella Tabella 12. La PCR richiede un incubazione iniziale a 95 C per 3 min per attivare la DNA polimerasi. La PCR con ciclo a due fasi richiede 40 cicli. Ogni ciclo comprende 2 fasi: 5 s a 95 C (fase di denaturazione) e 35 s a 60 C (fase di annealing/estensione). Tabella 12. Condizioni del ciclo per il sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR for Human Identification Fase Fase di attivazione della PCR iniziale Temp. Durata Numero di cicli Commenti aggiuntivi 95 C 3 min La PCR richiede un incubazione iniziale a 95 C per attivare la DNA polimerasi Ciclo a due fasi: Denaturazione 95 C 5 s Annealing / estensione combinate 40 cicli 60 C 35 s Effettuare la raccolta dei dati di fluorescenza Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 47

19. Nel profilo termico modificare i tempi di mantenimento secondo quelli indicati nella Tabella 12. Modificare il volume del campione portandolo a 20 µl. L acquisizione dei dati va effettuata durante la fase di annealing/estensione combinata. Adattamento del profilo termico (software di analisi della PCR in tempo reale HID versione 1.1). 20. Prima di processare la piastra di reazione, salvare il documento della piastra come file EDS (*.eds). Cliccare su File, quindi su Save (salva). Inserire un nome per il documento della piastra, poi cliccare di nuovo su Save. 21. Caricare la piastra nello strumento. Accertarsi che la posizione A1 sulla piastra si trovi sul lato superiore sinistro del vassoio. 22. Avviare la reazione cliccando su Start (avvia). 48 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Analisi dei dati Definire impostazioni di analisi ottimali rappresenta un prerequisito per ottenere dati di quantificazione precisi. Regolare le impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e valori soglia) per l analisi di ogni canale del colorante reporter in ciascun processo. Procedura 1. Aprire il file di processo utilizzando il software di analisi della PCR in tempo reale HID versione 1.1. Il software deve essere già aperto nella modalità Custom Assays. Poi cliccare su Open e quindi su Browse per localizzare il file salvato. 2. Occorre innanzi tutto definire gli standard prima di poter creare una curva standard. Se gli standard sono stati definiti prima dell inizio del processo, passare al punto 4. 3. Cliccare su Setup (configurazione) e selezionare Plate Setup. Definire i pozzetti che contengono gli standard di DNA come illustrato al punto 14. Importante: Sebbene non vengano inserite le unità di misura per la voce Quantity, occorre utilizzare un unità di misura comune per tutte le quantità standard (ad es. ng/µl). Le unità di misura utilizzate per le quantità standard definiscono le unità di misura di quantificazione per l analisi dei risultati. Nota: Lasciare la funzione Task di IC (VIC) per le reazioni standard impostata su Unknown. Inserire il nome del campione (ad es. DNA di controllo Z1 20 ng/µl). 4. Nel tab Amplification Plot (grafico di amplificazione) (che si trova nel tab Analysis ), selezionare i campioni adeguati nella tabella sotto il grafico di amplificazione. Selezionare Auto Ct per entrambi i canali e cliccare su Analyze (analizza). L impostazione del valore soglia adeguato può richiedere un ulteriore convalida interna presso il laboratorio. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 49

Analisi dei campioni per i canali FAM, Cy5 e VIC. 5. Per visualizzare la curva standard, selezionare il tab Standard Curve (che si trova nel tab Results (risultati)). Visualizzare i valori C T per le reazioni standard di quantificazione e la linea di regressione calcolata, la pendenza, l intercetta y e i valori R 2. Curva standard. 50 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

6. Visualizzare la concentrazione dei campioni sconosciuti. La Well Table (tabella pozzetti) visualizza i dati relativi ai pozzetti selezionati e riassume la quantità di DNA presente nei campioni sconosciuti. Human Target mostra la quantità di DNA presente nella stessa unità di misura utilizzata per gli standard (in altre parole: se è stata utilizzata l unità di misura ng/µl per la definizione degli standard, le quantità relative ai campioni sconosciuti verranno riportate in ng/µl). Male Target mostra la quantità di DNA maschile presente nella stessa unità di misura utilizzata per gli standard. Il bersaglio IC mostra il valore C T per il controllo interno. Concentrazione dei campioni sconosciuti. 7. Per esportare e salvare il report dei risultati, cliccare su File, quindi su Export (esporta) e poi su Results. Solo dopo che le impostazioni di analisi sono state salvate è possibile salvare i risultati nel formato Results Export Files *.csv (file di esportazione risultati *.csv). 8. Per interpretare i risultati, vedere la sezione Interpretazione dei risultati, pag. 66. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 51

Protocollo: Quantificazione del DNA utilizzando il sistema Applied Biosystems 7500 e 7500 Fast Real- Time PCR Questo protocollo è ottimizzato per l uso del kit Investigator Quantiplex HYres sul sistema the Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR, che utilizza il software SDS versione 1.4. Per le istruzioni generali sulla configurazione dello strumento e su altre versioni del software, consultare il manuale utente del sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR (Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System User Manual). Punti importanti prima di iniziare Preparare tutte le miscele di reazione in un area separata da quella utilizzata per l isolamento del DNA e per l analisi dei prodotti PCR (post- PCR). Utilizzare puntali monouso con filtri idrofobici per ridurre al minimo una possibile cross-contaminazione. Con il kit Investigator Quantiplex HYres, i nuovi coloranti non richiedono una calibrazione personalizzata se si utilizza il sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR. Tuttavia, si raccomanda di fare attenzione che il sistema sia calibrato per i coloranti standard VIC, FAM e Cy5 prima di iniziare il test. Per la corretta configurazione, consultare il manuale utente in dotazione allo strumento. Utilizzare le condizioni del ciclo specificate nel protocollo. Il ciclo è ottimizzato per questo test. Utilizzare il volume di stampo specificato nel protocollo. La reazione è ottimizzata per l uso con 2 µl di DNA stampo. Non utilizzare una quantità superiore o inferiore a 2 µl per una reazione da 20 µl. Le diluizioni degli standard di quantificazione del DNA nel tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect possono essere conservate a 4 C per almeno 1 settimana. Definire impostazioni di analisi ottimali rappresenta un prerequisito per ottenere dati di quantificazione precisi. Regolare le impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e valori soglia) per l analisi di ogni canale del colorante reporter in ciascun processo. 52 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Procedura 1. Scongelare il tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect Miscelare accuratamente tutte le soluzioni prima dell uso per evitare concentrazioni localizzate di sale. 2. Preparare diluizioni seriali fresche del DNA di controllo Z1 come da Tabella 13. Agitare su vortex per almeno 5 s e centrifugare brevemente ogni diluizione prima di rimuovere un aliquota per la diluizione successiva. Utilizzare un nuovo puntale per pipetta per ogni diluizione. Fare attenzione ad evitare casi di cross-contaminazione. Per informazioni complete sulle diluizioni delle curve standard, consultare la Tabella 16. Tabella 13. Diluizioni seriali del DNA di controllo Z1 Diluizione seriale del DNA di controllo Z1 DNA di controllo Z1 Tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect 20 ng/µl DNA non diluito 5 ng/µl 10 µl 30 µl 1,25 ng/µl 10 µl 30 µl 0,3125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,078125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,01953125 ng/µl 10 µl 30 µl 0,0048828125 ng/µl 10 µl 30 µl 3. Scongelare gli acidi nucleici stampo. Miscelare la miscela di reazione FQ e la miscela di primer IC YQ, capovolgendo la provetta diverse volte. Miscelare accuratamente tutte le soluzioni prima dell uso per evitare concentrazioni localizzate di sale. 4. Preparare una miscela master come indicato nella Tabella 14. La miscela master contiene tutti i componenti necessari per la PCR, ad eccezione del DNA stampo (campione) e dell acqua nuclease-free. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 53

Preparare un volume di miscela master superiore del 10% a quello necessario per il numero complessivo di test PCR da eseguire. La miscela deve includere reazioni di controllo positive e negative. La reazione può essere di norma preparata a temperatura ambiente (15-25 C). Tuttavia, si consiglia di conservare i reagenti, i campioni e i controlli su ghiaccio oppure in un dispositivo refrigerante. Tabella 14. Miscela master per la quantificazione del DNA Componente Volume per reazione da 20 µl Concentrazione finale Miscela di reazione FQ 9 µl 1x Miscela Primer IC YQ 9 µl 1x Volume totale della miscela master 18 µl 5. Miscelare accuratamente la miscela master e dispensarne 18 µl nei pozzetti di una piastra per PCR. 6. Aggiungere 2 µl di tampone di diluizione dell acido nucleico QuantiTect ai pozzetti NTC. Accertarsi che i pozzetti NTC non vengano a contatto con DNA umano. 7. Aggiungere 2 µl di diluizioni del DNA di controllo o 2 µl di DNA di campioni sconosciuti ai singoli pozzetti e miscelare accuratamente. Chiudere la piastra. Miscelare attentamente per evitare concentrazioni localizzate di sale e DNA. La Tabella 15 mostra una possibile configurazione delle piastre. Accertarsi che la miscela master e lo stampo vengano accuratamente miscelati. È necessario inserire in ogni test e in ogni piastra di reazione duplicati delle diluizioni del DNA di controllo. 54 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Tabella 15. Possibile configurazione delle piastre di reazione sui sistemi Applied Biosystems 7500 e 7500 Fast Real-Time PCR Contenuto dei pozzetti 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 A 20 20 5 5 1,25 1,25 0,3125 0,3125 0,0781 0,0781 0,0195 0,0195 B 0,0049 0,0049 NTC NTC UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK C UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK D UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK E UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK F UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK G UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK H UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK UNK Tutte le quantità sono indicate in ng/µl. UNK: campione sconosciuto. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 55

8. Aprire il software di rilevamento delle sequenze e selezionare Create a New Document (crea un nuovo documento). Cliccare su Next per continuare. Se non si utilizza un file template estrapolato dalla pagina prodotti dell Investigator Quantiplex HYres, selezionare quanto segue nella finestra New Document Wizard (procedura guidata nuovo documento). Assay (test): Standard Curve (Absolute Quantification) (curva standard quantificazione assoluta)) Container (contenitore): 96-Well Clear (96 pozzetti, vuoto) Template: Blank Document (documento vuoto) Run Mode (modalità di esecuzione) per il sistema 7500 Real-Time PCR: Standard 7500 Run Mode (modalità di esecuzione) per il sistema 7500 Fast Real- Time PCR: Standard 7500 Creazione di un nuovo documento. Se si sta utilizzando un file template, selezionare quanto segue e passare al punto 12. Assay: Standard Curve (Absolute Quantification) Container: 96-Well Clear Template: Investigator_Quantiplex HYres_Template_SDS1.4.SDT Run Mode per il sistema 7500 Real-Time PCR: Standard 7500 Run Mode per il sistema 7500 Fast Real-Time PCR: Standard 7500 56 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

9. Aggiungere i rilevatori FAM, VIC e Cy5 al documento. Cliccare su Next per continuare. Selezione dei rilevatori. 10. Selezionare i pozzetti in uso e spuntare la casella di tutti i tre rilevatori. Importante: Non selezionare i pozzetti non in uso (ovvero quelli senza miscela di reazione). Includendo i pozzetti non utilizzati si influenza significativamente la scala degli assi X e Y quando si esaminano i dati. Inserire le concentrazioni della curva standard nei pozzetti contenenti le reazioni di controllo per i rilevatori FAM e Cy5. 11. Cliccare su Unknown nella colonna Task, quindi selezionare Standard utilizzando il menu a tendina. Selezionare Quantity per il corrispondente rilevatore e inserire la quantità di DNA nel pozzetto come indicato nella Tabella 16. Importante: Sebbene non vengano inserite le unità di misura per la voce Quantity, occorre utilizzare un unità di misura comune per tutte le quantità standard (ad es. ng/µl). Le unità di misura utilizzate per le quantità standard definiscono le unità di misura di quantificazione per l analisi dei risultati. Nota: Lasciare la funzione Task del rilevatore VIC per le reazioni standard impostata su Unknown. Inserire il nome del campione (ad es. DNA di controllo Z1 20 ng/µl). Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 57

Tabella 16. Concentrazioni di DNA degli standard umani e maschili Diluizione seriale del DNA di controllo Z1 Bersaglio umano (FAM) Bersaglio maschile (Cy5) 20 ng/µl 20 6,66 5 ng/µl 5 1,665 1,25 ng/µl 1,25 0,41625 0,3125 ng/µl 0,3125 0,1040625 0,078125 ng/µl 0,078125 0,02601563 0,01953125 ng/µl 0,01953125 0,00650391 0,0048828125 ng/µl 0,0048828125 Nessuno* * Si sconsiglia di utilizzare l ultimo valore maschile (0,001626 ng/µl) per calcolare la curva standard poiché, in alcuni casi, a causa di effetti stocastici ciò comprometterebbe la qualità della curva stessa. Configurazione della piastra dei campioni. 58 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

12. Cliccare su Finish (fine). Per programmare il termociclatore come da Tabella 17, cliccare sul tab Instrument (strumento). La PCR richiede un incubazione iniziale a 95 C per 3 min per attivare la DNA polimerasi. La PCR con ciclo a due fasi richiede 40 cicli. Ogni ciclo comprende 2 fasi: 5 s a 95 C (fase di denaturazione) e 35 s a 60 C (fase di annealing/estensione). Tabella 17. Condizioni del ciclo per il sistema Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR Fase Fase di attivazione della PCR iniziale Temp. Durata Numero di cicli Commenti aggiuntivi 95 C 3 min La PCR richiede un incubazione iniziale a 95 C per attivare la DNA polimerasi Ciclo a due fasi: Denaturazione 95 C 5 s Annealing / estensione combinate 40 cicli 60 C 35 s Effettuare la raccolta dei dati di fluorescenza Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 59

13. Nel profilo termico cancellare la prima fase premendo Shift e cliccando all interno della fase di mantenimento dello Stage 1 (stadio 1) (50 C per 2 min). Dopo aver selezionato la fase di mantenimento, premere il tasto Delete (cancella). Modificare i tempi di mantenimento secondo quelli indicati nella Tabella 17. Accertarsi di modificare il volume del campione in 20 µl e di selezionare la modalità di esecuzione corretta (Standard 7500). L acquisizione dei dati va effettuata durante la fase di annealing/estensione combinata. Se si utilizza la versione 1.2.3 del software, accertarsi di aver tolto la spunta dalla casella 9600 Emulation (emulazione 9600). Adattamento del profilo termico (software SDS versione 1.4). 14. Prima di processare la piastra di reazione, salvare il documento della piastra come file SDS (*.sds). Cliccare su File, quindi su Save. Inserire un nome per il documento della piastra, poi cliccare di nuovo su Save. 15. Caricare la piastra nello strumento. Accertarsi che la posizione A1 sulla piastra si trovi sul lato superiore sinistro del vassoio. 16. Avviare la reazione cliccando su Start. 60 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Analisi dei dati Definire impostazioni di analisi ottimali rappresenta un prerequisito per ottenere dati di quantificazione precisi. Regolare le impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e valori soglia) per l analisi di ogni canale del colorante reporter in ciascun processo. Procedura 1. Aprire il file di esecuzione utilizzando il software SDS. Cliccare su File, poi su Open e dopo ancora su Browse per localizzare il file salvato. 2. Occorre innanzi tutto definire gli standard prima di poter creare una curva standard. Se gli standard sono stati definiti prima dell inizio del processo, passare al punto 4. 3. Cliccare su View (visualizza) e selezionare Well Inspector (ispettore pozzetto) dal menu. Nella colonna Task definire come Standard i pozzetti contenenti gli standard di DNA per i canali FAM e Cy5 e inserire la quantità di DNA nel pozzetto secondo quanto indicato nella Tabella 16 (pag. 58). Importante: Sebbene non vengano inserite le unità di misura per la voce Quantity, occorre utilizzare un unità di misura comune per tutte le quantità standard (ad es. ng/µl). Le unità di misura utilizzate per le quantità standard definiscono le unità di misura di quantificazione per l analisi dei risultati. Nota: Lasciare la funzione Task del rilevatore VIC per le reazioni standard impostata su Unknown. I valori Quantity non sono necessari per il controllo interno. Inserire il nome del campione (ad es. DNA di controllo Z1 20 ng/µl). Finestra Well inspector. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 61

4. Nel tab Amplification Plot (che si trova nel tab Results ), selezionare i campioni adeguati nella tabella sotto il grafico di amplificazione. Selezionare Auto Ct per tutti i tre canali e premere Analyze. L impostazione del valore soglia adeguato può richiedere un ulteriore convalida interna presso il laboratorio. Analisi dei campioni per i canali FAM e Cy5. Il canale VIC è illustrato a pag. 63. 62 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Analisi dei campioni per il canale VIC. I canali FAM e Cy5 sono illustrati a pag. 62. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 63

5. Per visualizzare le curve standard, selezionare il tab Standard Curve (che si trova nel tab Results ). Visualizzare i valori C T per le reazioni standard di quantificazione e la linea di regressione calcolata, la pendenza, l intercetta y e i valori R 2 per entrambi i canali FAM e Cy5. Curva standard. 64 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

6. Visualizzare la concentrazione dei campioni sconosciuti. Il report visualizza i dati relativi ai pozzetti selezionati e riassume la quantità di DNA presente nei campioni sconosciuti. Il rilevatore FAM mostra la quantità di DNA totale umano presente, mentre il rilevatore Cy5 mostra la quantità di DNA maschile presente. La quantità è visualizzata nella stessa unità di misura utilizzata per gli standard (in altre parole: se è stata utilizzata l unità di misura ng/µl per la definizione degli standard, le quantità relative ai campioni sconosciuti verranno riportate in ng/µl). Il rilevatore VIC mostra il valore C T per il controllo interno. Concentrazione dei campioni sconosciuti. 7. Per esportare e salvare il report dei risultati, cliccare su File, quindi su Export e poi su Results. Solo dopo che le impostazioni di analisi sono state salvate è possibile salvare i risultati nel formato Results Export Files *.csv. 8. Per interpretare i risultati, vedere la sezione Interpretazione dei risultati, pag. 66. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 65

Interpretazione dei risultati Considerazioni generali per l analisi dei dati I dati PCR in tempo reale vengono visualizzati sotto forma di grafici di amplificazione sigmoidali (se si utilizza una scala lineare), in cui viene rappresentata la fluorescenza rispetto al numero di cicli. Il ciclo soglia (valore C T ) funge da strumento per il calcolo della quantità di stampo iniziale in ogni campione. Questo è il ciclo in cui avviene un primo significativo aumento rilevabile della fluorescenza. L impostazione ottimale di soglia dipende dalle chimiche di reazione utilizzate per la PCR. Ciò significa che un impostazione ottimale di soglia definita per un altro kit potrebbe non essere adatta per il kit Investigator Quantiplex HYres, e ciò potrebbe richiedere un adattamento dell impostazione. Per la quantificazione del DNA che utilizza il kit Investigator Quantiplex HYres, le impostazioni di analisi devono essere adattate per entrambi i coloranti reporter. Curva standard La curva standard è la curva ottimale per una regressione lineare secondo le serie di diluizioni standard. L equazione è come segue: y = mx + b dove x = concentrazione logaritmica e y = C T. Pendenza La pendenza (m) descrive l efficacia della PCR. Una pendenza di 3,3 indica una totale efficacia della PCR (ciò significa che il numero di copie del prodotto di amplificazione è raddoppiato in ogni ciclo). Di norma, la pendenza varia fra 3,0 e 3,6. Se i valori sono esterni a questo intervallo, consultare la Guida alla risoluzione dei problemi, pag. 69, per maggiori informazioni. Intercetta y L intercetta y (b) indica il valore C T previsto per un campione con Qty (quantità) = 1 (ad esempio 1 ng/µl). 66 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Valore R 2 Il valore R 2 è una misura del fit dei punti dati secondo la linea di regressione. In linea generale, la curva standard presenta un valore R 2 0,990. Possono verificarsi bassi valori R 2 (R 2 0,98) per diversi motivi. In caso di bassi valori R 2, consultare la Guida alla risoluzione dei problemi, pag. 69, per maggiori informazioni. Controllo interno Il controllo interno consente di individuare eventuali anomalie nella chimica e nello strumento, errori nel setup del test e la presenza di inibitori nel campione. Il sistema è studiato per essere più sensibile verso eventuali inibitori rispetto al bersaglio specifico per il DNA umano. Pertanto, la quantificazione risulta valida anche se viene rilevata la presenza di qualche inibitore nel campione. In questo caso, l operatore ottiene le informazioni relative alla concentrazione del DNA nel campione e alla presenza di inibitori. Il confronto fra il valore C T del sistema IC per gli standard di DNA e il valore C T del sistema IC per campioni sconosciuti può fornire un indicazione di una potenziale inibizione. Ad elevate concentrazioni di inibitori, i dati di quantificazione possono essere influenzati, pertanto questo aspetto va considerato per le applicazioni a valle. L amplificazione positiva del sistema IC genera un valore C T pari a circa 31 (specifico del termociclatore). Il sistema del controllo interno è un sistema molto sensibile per l individuazione di inibitori; pertanto, è prevedibile una variazione di 1 C T fra i campioni della curva standard. L impiego di elevati livelli di DNA umano (>150 ng/reazione) può produrre un valore C T superiore per il sistema IC. Il risultato dell IC deve essere considerato nel contesto del risultato del bersaglio specifico per il DNA umano. Possono verificarsi le situazioni illustrate nella Tabella 18. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 67

Tabella 18. Potenziali risultati di amplificazione e relativa interpretazione Bersaglio umano specifico Controllo interno Interpretazione Nessuna amplificazione Amplificazione positiva Nessun DNA umano rilevato Nessuna amplificazione Nessuna amplificazione Risultato non valido Amplificazione positiva con basso valore C T ed elevato segnale di fluorescenza Amplificazione positiva con elevato valore C T e basso segnale di fluorescenza Nessuna amplificazione o C T superiore a 32 Nessuna amplificazione o C T superiore a 32 Risultato IC non conclusivo Presenza di inibitori della PCR Si raccomanda di eseguire una convalida interna di laboratorio con importanti inibitori per stabilire i criteri di rilevamento dell inibizione. Quantificazione dei campioni sconosciuti Il kit Investigator Quantiplex HYres può quantificare un ampia gamma di quantità di DNA in un campione, da 75 ng/µl a circa 0,5 pg/µl con un intervallo altamente lineare fra 20 ng/µl e 4,9 pg/µl per il DNA genomico umano. Quando vengono caricati in una reazione 2 µl di un campione a concentrazioni molto basse, il pozzetto contiene circa 1 1,5 equivalenti di genoma umano diploide. Nell intervallo a basse concentrazioni di DNA, gli effetti statistici noti come variazioni stocastiche possono influenzare significativamente il risultato del test. Quando si utilizzano campioni contenenti basse concentrazioni di DNA, accertarsi che vengano inclusi quanti più replicati possibili per confermare il risultato. 68 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Guida alla risoluzione dei problemi Questa guida alla risoluzione dei problemi può essere utile per chiarire eventuali dubbi che possano presentarsi. Per maggiori informazioni, consultare anche la pagina relativa alle domande frequenti (FAQ) nel nostro servizio di assistenza tecnica: www.qiagen.com/faq/faqlist.aspx. Gli esperti addetti al servizio di assistenza tecnica QIAGEN sono sempre lieti di rispondere a qualsiasi domanda possiate avere, per quanto riguarda le informazioni ed i protocolli presenti in questo manuale, oppure le tecnologie per campioni e test (per le informazioni sui contatti, vedere sul retro oppure visitare il sito www.qiagen.com). Commenti e suggerimenti Nessun segnale oppure uno o più segnali rilevati in ritardo nella reazione PCR a) Condizioni del ciclo errate Utilizzare sempre le condizioni del ciclo ottimizzate, specificate nei protocolli. Accertarsi di selezionare ROX come colorante passivo sugli strumenti Applied Biosystems. b) Errore di pipettaggio, reagente mancante o degradato c) Fase di rilevamento errata o mancante d) Quantità insufficiente di stampo iniziale e) Problemi con il DNA stampo iniziale Controllare le condizioni di conservazione dei reagenti. Ripetere il test. Accertarsi che durante la fase di annealing/estensione combinata avvenga il rilevamento della fluorescenza. Aumentare la quantità di stampo, se possibile. Accertarsi che siano presenti sufficienti copie del DNA stampo nel campione. Controllare le condizioni di conservazione del DNA stampo iniziale. Un efficace eliminazione degli inibitori della PCR è fondamentale per ottenere risultati ottimali. Purificare gli acidi nucleici dal campione utilizzando un metodo di purificazione adeguato. Accertarsi che tutti i reagenti, i tamponi e le soluzioni utilizzati per l isolamento e la diluizione degli acidi nucleici stampo siano privi di nucleasi. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 69

f) Scelta di un canale/filtro di rilevamento errato g) DNA di controllo degradato Commenti e suggerimenti Accertarsi che sia attivato il canale di rilevamento corretto oppure che sia selezionato il set di filtri corretto per ogni colorante reporter. Accertarsi che la combinazione selezionata di coloranti reporter sia compatibile con i canali di rilevamento selezionati o i set di filtri. Creare nuove diluizioni seriali del DNA di controllo dalla soluzione madre. Ripetere il test utilizzando le nuove diluizioni. Differenze nei valori C T o nell efficacia della PCR fra vari processi a) Condizioni del ciclo errate Avviare sempre il processo con le condizioni del ciclo ottimizzate, specificate nei protocolli. Accertarsi che le condizioni del ciclo includano la fase iniziale per l attivazione della DNA polimerasi e i tempi specificati per la fase di denaturazione e annealing/estensione. b) Impostazioni di analisi (ad es. impostazioni al basale e soglia) non ottimali Controllare le impostazioni di analisi (impostazioni al basale e soglia) per ogni colorante reporter. Ripetere l analisi utilizzando impostazioni ottimali per ogni colorante reporter. Mancanza di linearità nel rapporto fra il valore C T /punto d incrocio e il logaritmo della quantità di stampo La quantità di stampo nei campioni sconosciuti è troppo elevata La linearità è garantita entro l intervallo della curva standard. Quando appaiono segnali in presenza di valori C T molto precoci, diluire il campione e ripetere la reazione. Aumento della fluorescenza o del valore C T per il controllo no template a) Contaminazione dei reagenti Gettare tutti i componenti del test (ad es. miscela master). Ripetere il test utilizzando nuovi componenti. b) Degradazione minima della sonda, con conseguente aumento variabile della fluorescenza Controllare i grafici di amplificazione e adattare le impostazioni soglia. 70 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Commenti e suggerimenti c) Problemi di diafonia In base al tipo di strumento, si utilizzano diverse tecniche per evitare la diafonia spettrale quando si impiegano più fluorocromi per test in multiplex. Tuttavia, è possibile osservare una diafonia minima come conseguenza della sovrapposizione spettrale residua nei pozzetti NTC, in particolare se lo strumento necessita di calibrazione. Intensità di fluorescenza variabile a) Contaminazione del termociclatore in tempo reale Le reazioni sono state contaminate con il DNA bersaglio. Decontaminare le stazioni di lavoro in tempo reale e il termociclatore secondo le istruzioni del produttore. Utilizzare nuovi reagenti e soluzioni. b) Termociclatore in tempo reale non più calibrato c) Curva fluttuante ad elevate quantità di stampo per bersagli altamente concentrati Ricalibrare il termociclatore in tempo reale secondo le istruzioni del produttore. Nelle impostazioni di analisi, ridurre il numero di cicli utilizzati per il calcolo di base (se il termociclatore lo consente) o ridurre la quantità di stampo. La pendenza della curva standard differisce significativamente da - 3.33 oppure il valore R 2 è significativamente inferiore a 0,98 0,99 a) Contaminazione del termociclatore in tempo reale Decontaminare il termociclatore in tempo reale secondo le istruzioni del produttore. b) Termociclatore in tempo reale e/o pipette non più calibrati c) Curva fluttuante ad elevate quantità di stampo per bersagli altamente concentrati Ricalibrare il termociclatore in tempo reale secondo le istruzioni del produttore. Calibrare le pipette per ridurre al minimo la variabilità di pipettaggio. Nelle impostazioni di analisi, ridurre il numero di cicli utilizzati per il calcolo di base o ridurre la quantità di stampo. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 71

d) Problema con la diluizione degli standard e) La piastra non era sigillata f) È stato commesso un errore durante la diluizione dello standard di DNA g) Sono stati inseriti valori di concentrazione errati nel software Commenti e suggerimenti Accertarsi che lo standard di DNA sia completamente scongelato e accuratamente miscelato prima dell uso. Accertarsi che le diluizioni dello standard di DNA siano accuratamente miscelate prima di rimuovere ogni aliquota per la diluizione seriale. Non utilizzare un volume di campione diverso da 2 µl. Modificare i puntali per pipetta fra ogni fase di diluizione. Sigillare accuratamente le piastre per evitare l evaporazione. Verificare tutti i calcoli e ripetere la diluizione dello standard di DNA. Verificare le concentrazioni per tutti i campioni utilizzati per generare la curva standard. h) Fluorescenza anomala Non scrivere sulla piastra. Osservare cautela durante la manipolazione delle piastre. Indossare guanti. i) Variazione statistica È normale una qualche variazione nella reazione, in particolare se il DNA bersaglio è presente in un ridotto numero di copie. Eseguire la curva standard almeno in duplicato per ridurre al minimo l effetto di tale variazione. Rimuovere la diluizione da 0,0048828125 ng/µl dello standard di DNA dalla curva standard modificando il tipo di campione in Unknown. 72 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Bibliografia QIAGEN possiede un ampia banca dati online continuamente aggiornata con le pubblicazioni scientifiche riguardanti i prodotti QIAGEN. Le opzioni di ricerca specifiche consentono di trovare gli articoli necessari sia tramite parole chiave sia specificando l applicazione, l area di ricerca, il titolo ecc. Per un elenco bibliografico completo, visitare il sito QIAGEN Reference Database www.qiagen.com/refdb/search.asp oppure contattare il centro di assistenza tecnica QIAGEN o il distributore locale. Riferimento citato Whitcombe, D., Theaker, J., Guy, S.P., Brown, T. and Little, S. (1999) Detection of PCR products using self-probing amplicons and fluorescence. Nat. Biotechnol. 17, 804. Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 73

Informazioni per gli ordini Prodotto Contenuto Cat. n Investigator Quantiplex HYres Kit (200) Kit correlati Miscela di primer, miscela di reazione, DNA di controllo e tampone TE 387116 Investigator Quantiplex Kit (200) Investigator DIPplex Kit (25) Investigator DIPplex Kit (100) Software di analisi Investigator IDproof Software Investigator IDproof Demo Key Investigator IDproof Single Key Investigator IDproof Server Key Investigator IDproof Client Key Miscela di primer, miscela di reazione, DNA di controllo e tampone di diluizione Miscela di primer, miscela di reazione, DNA polimerasi, DNA di controllo, ladder allelico, DNA size standard e acqua nuclease-free Miscela di primer, miscela di reazione, DNA polimerasi, DNA di controllo, ladder allelico, DNA size standard e acqua nuclease-free Pacchetto software su CD comprensivo dei file di installazione per il desktop, versioni Server e Client del software IDproof Uso gratuito della versione desktop IDproof del software per 30 giorni dall installazione Consente l uso illimitato della versione desktop del software; installabile su una sola workstation con database locale Consente la configurazione di un server database e di varie workstation che accedono al database. Deve essere acquistato unitamente al Client Key Deve essere acquistato unitamente al Server Key 387016 384013 384015 9020775 389001 389002 389003 389004 Investigator IDproof Mixture Software Pacchetto software su CD comprensivo dei file di installazione per il desktop, versioni Server e Client del software IDproof Mixture 9020777 74 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

Prodotto Contenuto Cat. n Investigator IDproof Mixture Demo Key Uso gratuito della versione desktop IDproof Mixture del software per 30 giorni dall installazione 389401 Investigator IDproof Mixture Single Key Investigator IDproof Mixture Server Key Investigator IDproof Mixture Client Key Consente l uso illimitato della versione desktop del software; installabile su una sola workstation con database locale Consente la configurazione di un server database e di varie workstation che accedono al database. Deve essere acquistato unitamente al Client Key Deve essere acquistato unitamente al Server Key 389402 389403 389404 Estrazione e purificazione del DNA QIAamp DNA Investigator Kit (50) 50 colonne QIAamp MinElute, proteinasi K, carrier RNA, tamponi, provette di raccolta (2 ml) 56504 EZ1 DNA Investigator Kit (48) MinElute Reaction Cleanup Kit (50) * Rotor-Gene Q Cartucce reagenti (DNA Investigator), puntali con filtro monouso, porta-puntali monouso, provette per campioni (2 ml), provette di eluizione (1,5 ml), tampone G2, proteinasi K, carrier RNA 50 colonne Spin MinElute, tamponi, provette di raccolta (2 ml) 952034 28004 Rotor-Gene Q 2plex Termociclatore per PCR in tempo reale a 2 canali, notebook, software, accessori, 1 anno di garanzia su parti e materiali Da richiedere Rotor-Gene Q 2plex HRM Termociclatore per PCR in tempo reale e analizzatore per fusione ad alta risoluzione a 2 canali, più canale HRM, notebook, software, accessori, 1 anno di garanzia su parti e materiali Da richiedere Rotor-Gene Q 5plex Termociclatore per PCR in tempo reale a 5 canali (verde, giallo, arancio, rosso, cremisi), notebook, software, accessori, 1 anno di garanzia su parti e materiali Da richiedere Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012 75

Prodotto Contenuto Cat. n Rotor-Gene Q 5plex HRM Termociclatore per PCR in tempo reale e analizzatore per fusione ad alta risoluzione a 5 canali, più canale HRM, notebook, software, accessori, 1 anno di garanzia su parti e materiali Da richiedere Rotor-Gene Q 6plex Termociclatore per PCR in tempo reale a 6 canali, comprensivo di notebook, software, accessori, 1 anno di garanzia su parti e materiali Da richiedere Per informazioni aggiornate sulla licenza e per i disclaimer specifici dei prodotti consultare il manuale del kit QIAGEN specifico. I manuali dei kit e i manuali utente QIAGEN sono disponibili nel sito www.qiagen.com, oppure possono essere richiesti al servizio di assistenza tecnica QIAGEN o al proprio distributore locale. 76 Manuale Investigator Quantiplex HYres 08/2012

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Marchi: QIAGEN, QIAamp, QIAgility, Investigator, MinElute, Q-Bond, QuantiTect, Rotor-Gene, Scorpions, 4NS1C (gruppo QIAGEN Group); Applied Biosystems, FAM, VIC (Applera Corporation o sue società sussidiarie); Cy (GE Healthcare); Excel (Microsoft Corporation); Yakima Yellow (Epoch). I marchi, nomi registrati ecc. utilizzati nel presente documento, anche se non contrassegnati specificamente come tali, vanno considerati protetti dalla legge. Contratto di Licenza per il kit Investigator Quantiplex HYres L uso di questo prodotto implica l accettazione da parte dell acquirente o dell utente del prodotto dei seguenti termini: 1. Questo prodotto può essere utilizzato esclusivamente in conformità ai protocolli forniti insieme al prodotto e al presente manuale e soltanto con i componenti contenuti nel kit. QIAGEN non concede alcuna licenza, in relazione a qualunque proprietà intellettuale, per l uso o l aggiunta dei componenti del kit ad altri componenti non contenuti nel kit, ad eccezione di quanto descritto nei protocolli forniti col prodotto, il presente manuale e nei protocolli aggiuntivi disponibili sul sito www.qiagen.com. Alcuni di questi protocolli aggiuntivi sono stati forniti da utenti QIAGEN per altri utenti QIAGEN. Tali protocolli non sono stati completamente testati od ottimizzati da QIAGEN. QIAGEN non garantisce in alcun modo che non violino i diritti di terze parti. 2. Se non espressamente dichiarato nelle licenze, QIAGEN non garantisce in alcun modo che questi kit e/o il relativo impiego non violino i diritti di terze parti. 3. Il presente kit e i relativi componenti sono concessi in licenza per l impiego monouso e non possono essere riutilizzati, ripristinati o rivenduti. 4. QIAGEN esclude specificamente qualunque altra licenza, espressa o implicita, che non rientri tra quelle espressamente dichiarate. 5. L acquirente e l utente del kit concordano nel non consentire a nessuno di intervenire o consentire ad altri di realizzare o contribuire a realizzare azioni proibite. QIAGEN può imporre presso qualunque tribunale i divieti del presente Contratto di Licenza Limitato e recupererà tutte le spese di indagine e spese legali, comprese le parcelle degli avvocati, in qualunque azione per imporre il presente Contratto di Licenza Limitato o qualsiasi diritto di proprietà intellettuale correlato al kit e/o ai suoi componenti. Questo prodotto è venduto ai sensi del contratto di licenza stipulato con Epoch per l uso esclusivo nel settore IVD e di biologia applicata, e non può essere utilizzato per qualsiasi altra finalità di ricerca, commerciale, ricerca clinica o di altra natura che non rientri in tale settore. Per le condizioni di licenza aggiornate, consultare il sito www.qiagen.com. 2012 QIAGEN, tutti i diritti riservati.

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