Repertorio Prestazioni Infettivologia Molecolare

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Gianleone Danieli
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1 Repertorio Prestazioni Infettivologia Molecolare Rev. del 21/06/2012 CHLAMYDIA TRACHOMATIS TV/TU/TL/LS/UM PCR-INF Amplificazione genica (PCR) del gene omp1 7gg CMV-(Citomegalovirus) LA/LS/SV/TV/UM REAL TIME Analisi quantitativa del virus CMV EBV (Epstein-Barr virus) S/SED/LA PCR-INF Amplificazione genica della regione B95-8 dell agente patogeno HBV (Epatite B virus) S REAL TIME Analisi quantitativa del virus HBV Pagina 1 di 11

2 HBV (Farmacoresistenza) S REVERSE DOT-BLOT Determinazione principali mutazioni del DNA del patogeno che determinano resistanza ai farmaci 15gg HBV (Genotipo) S REVERSE DOT-BLOT Identificazione dei genotipi da A a H del virus dell'epatite B HCV (Epatite C virus) S REAL TIME Analisi quantitativa del virus HCV HCV (Genotipo) S/SED REVERSE DOT-BLOT Ricerca dei sottotipi del virus HCV: 1a-1c,2a- 2d,3a-3f,4a-4k,5a,6a e 10a Pagina 2 di 11

3 HDV (Epatite D virus) SED PCR-INF Analisi quantitativa e qualitativa del virus HDV 15gg HELICOBACTER PYLORI SG/BG/F PCR-INF Diagnosi molecolare delle infezioni da Helicobacter Pylori HIV LA/SED/S PCR-INF Determinazione qualitativa e quantitativa (Real Time) del virus HIV HPV SCREENING BP/LS/TV/UM PCR-INF Identificazione della sola presenza o assenza di infezioni da 18 sottotipi di Papilloma Virus. 7gg Pagina 3 di 11

4 HPV TIPIZZAZIONE BP/LS/TV/UM REVERSE DOT-BLOT Indagine per identificare Genotipi a basso ed alto rischio di Papilloma virus. HSV 1/2 LA/SED/LS/T*/UM PCR-INF Diagnosi molecolare delle infezioni da HSV di tipo 1 causa dell Herpes labialis oppure di tipo 2 causa dell Herpes genitalis MYCOBACTERIUM TUBERCOLOSIS AG/BP/BAL/ESP/SED PCR-INF Diagnosi molecolare della regione IS6110 del genoma del Mycobacterium Tubercolosis MYCOPLASMA GENITALIUM/ HOMINIS LS/TU/TV/UM PCR-INF Diagnosi molecolare del genoma di Mycoplasma genitalium e/o hominis Pagina 4 di 11

5 NEISSERIA GONORRHOEAE LS/TU/TV PCR-INF Diagnosi molecolare del genoma di Neisseria gonorrhoeae PARVOVIRUS B19 SED/LA/LS/UM PCR-INF Amplificazione genica (PCR) della regione codificante la proteina non strutturale NS1 Patogeni sessualmente trasmessi TV/TR/TC/UM PCR-REAL TIME Identificazione di: Chlamydia Trachomatis, Neisseria gonorrehoeae e Mycoplasma Genitalium in campioni di soggetti sintomatici e asintomatici 15gg ROSOLIA (Rubeovirus) LA/LS/SED/TV PCR-INF Amplificazione genica della regione E1 del genoma del patogeno previa RT-PCR Pagina 5 di 11

6 TOXOPLASMA GONDII CSF/LA/SED/VC PCR-INF Diagnosi molecolare del genoma del patogeno TRYCHOMONAS VAGINALIS LS/TU/TV PCR-INF Diagnosi molecolare del genoma del patogeno Pagina 6 di 11

7 LEGENDA MATRICE AG : Aspirato Gastrico MA : Materiale abortivo 20 mg SV : Saliva 2mL BAL : Lavaggio Broncoalveolare MF : Materiale Fetale 20 mg *T : Tampone BG : Biopsia Gastrica PLASMA : Plasma 5 ml TB : Tampone Boccale BP : Biopsia S : Siero 5 ml TC : Tampone Cervicale CSF : Liquido cerebrospinale 5 ml SED : Sangue in EDTA TL : Tampone Lacrimale Esp : Espettorato SEP : Sangue in Eparina Sodica 5 ml TU : Tampone Uretale F : Feci SF : Sangue Fetale TV : Tampone Vaginale FLU : Fluorescenza SG : Succo Gastrico UM : Urine Mattino 10mL LA : Liquido amniotico 25 ml SPT : Spot Ematico 10 goccie UR 24 : Urine 24 ore 10mL LS : Liquido seminale 2 ml VC : Villi Coriali 20mg Pagina 7 di 11

8 LEGENDA METODO ASS CRO CARIO DELY DEL PR-FL EXP PCR-FL FISH FLU HOT-SPOT OLA HOT-SPOT MICRO-DEL MINISEQ-GENO Identificazione del corretto assetto cromosomico delle linee germinali Identificazione di sindromi legate ad aberrazioni cromosomiche numeriche e strutturali. Bandeggio GTG. Amplificazione genica (PCR) fluorescente e rivelazione elettroforetica Valutazione delle più frequenti delezioni degli esoni del gene mediante amplificazione genica (PCR) fluorescente ed elettroforesi capillare Valutazione dell espansione di triplette o quadruplette nucleotidiche associate alla malattia mediante amplificazione genica (PCR) fluorescente ed elettroforesi capillare Identificazione delle principali sindromi determinate da aberrazioni cromosomiche di tipo strutturali mediante ibridazione fluorescente in situ. Valutazione della frammentazione del DNA con microscopio in fluorescenza attravesro l'utilizzo di molecole fluorescenti Ricerca delle principali mutazioni (hot spot) del gene mediante analisi di sequenza automatizzata Oligonucleotide-ligation Assay preceduto da PCR delle regioni Hot Spot di mutazione Rivelazione di delezioni parziali di cromosomi mediante l utilizzo di sonde fluorescenti specifiche (FISH) Genotipizzazione del gene mediante analisi di sequenza automatizzata Single Nucleotide Extension- Minisequencing Pagina 8 di 11

9 LEGENDA METODO mrna-m PCR-AS PCR-INF QF-PCR REAL TIME REAL TIME-RT REVERSE DOT BLOT STR-GENO SEQ SIG. MUT Analisi dell mrna del gene mediante Nested RT PCR da RNA estratto da sangue periferico, per la ricerca di micrometastasi. Usare provette sterili Amplificazione genica allele specifica Determinazione qualitativa del patogeno mediante amplificazione genica (PCR) REAL TIME Amplificazione genica (PCR) fluorescente, rivelazione elettroforetica e analisi quantitativa dei prodotti amplificati Determinazione quantitativa del patogeno con PCR REAL TIME Analisi quantitativa del patogeno mediante RT PCR e successiva Q-PCR REAL TIME I prodotti di amplificazione della multiplex-pcr ibridizzano, in maniera allele-specifica, a sonde oligonucleotidiche legate ad una membrana Studio di marcatori genetici STR per la valutazione della compatibilità genetica ai fini di paternità. La genotipizzazione viene condotta mediante corsa elettroforetica capillare in sequenziatore automatico. Amplificazione genica (PCR) e sequenziamento automatico dell intero gene Amplificazione genica (PCR) e sequenziamento automatico di una singola mutazione Pagina 9 di 11

10 Prelievo e conservazione dei campioni Biopsie Conservare i tessuti prelevati in 1mL di soluzione fisiologica sterile a -+ 4 C. Feci Inviare campione fresco di feci. Conservare a + 4 C. Escreato/Saliva/Liquido Broncoalveolare/Succo Gastrico Conservare il materiale, anche fluidificato, in un contenitore sterile a + 4 C non oltre le 24 ore dalla raccolta. Liquido amniotico/villi Coriali Raccogliere quanto più materiale possibile da inviare (almeno 10mL di liquido amniotico e 20mg di villi coriali), conservare a + 4 C per le indagini molecolari e a temperatura ambiente per quelle della citogenetica. Inviare non oltre le 24 ore. Liquido seminale Raccogliere in contenitore sterile ed inviare entro le 24 ore. Conservare a + 4 C. E necessario contattare il laboratorio per ulteriori informazioni di raccolta in base all esame da effettuare. Sangue in EDTA Conservare a + 4 C ed inviare entro 48 ore. Pagina 10 di 11

11 Prelievo e conservazione dei campioni Sangue in eparina Per le indagini di citogenetica il campione deve essere mantenuto a temperatura ambiente fino al ritiro. La spedizione deve essere effettuata prima possibile e comunque non oltre le 24 ore. Usare esclusivamente provette NaH. Secreto vaginale/secreto uretrale Utilizzare tamponi sterili inserendoli in una provetta senza aggiungere terreno di trasporto o soluzione fisiologica. Conservare a + 4 C non oltre le 24 ore. Siero Centrifugare il sangue a 3000 giri/min 15 minuti. Prelevare il siero e conservare a + 4 C. Per le analisi di infettivologia molecolare inviare al più presto. Urine Raccogliere le urine del mattino in un contenitore sterile e Conservare a + 4 C non oltre le 12 ore Nel manipolare i campioni utilizzare sempre contenitori sterili guanti e pipette monouso. Pagina 11 di 11

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