PubMed. Corso di Informatica. Stefano Bilotta. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 1 / 43

Transcript

1 PubMed Stefano Bilotta Corso di Informatica (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 1 / 43

2 PubMed PubMed è un enorme database (banca dati - archivio) di pubblicazioni mediche. Tale archivio è gestito dalla libreria nazionale della medicina americana (U.S. National Library of Medicine). Gli articoli in PubMed provengono da tutto il mondo, e circa il 90 percento sono in lingua inglese. Presenti articoli di letteratura biomedica da migliaia di riviste scientifiche, ed anche alcuni libri. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 2 / 43

3 PubMed online Dal 1996, vi è a disposizione un interfaccia internet che permette la ricerca sul tale database, che è stata sviluppata dal centro nazionale (americano) per l informazione biomedica (National Center for Biotechnology Information, NCBI) Risulta raggiungibile in rete all indirizzo E possibile visionare una Guida dettagliata su (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 3 / 43

4 Ricerche su PubMed Data la grande mole di dati, è utile capire bene come effettuare ricerche. Cercare di scartare al meglio i risultati che non ci interessano, cercando di ottenere effettivamente solo gli articoli che ci possono essere utili. Il linguaggio di riferimento per la ricerca è ovviamente l inglese. Alcuni principi utilizzati per la ricerca sono simili a utilizzati nei comuni motori di ricerca come google. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 4 / 43

5 Ricerche base Appena collegati al sito, compare la barra di ricerca con varie opzioni: Nel menù a tendina a sinistra, è possibile selezionare database alternativi. Nella casella di testo, si possono inserire le parole da cercare. Il tasto Advanced permette di fare ricerche avanzate tramite degli strumenti ausiliari. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 5 / 43

6 Vocabolario PubMed utilizza un vocabolario di termini standard detto MeSH (Medical Subject Headings) Gli articoli vengono organizzati a seconda di questo vocabolario, in modo da permettere una catalogazione precisa. Esempi di termini: Body weight (peso corporeo) Radioactive waste (rifiuti radioattivi) Kidney (rene) (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 6 / 43

7 Gerarchia MeSH è organizzato in modo gerarchico: alcuni termini vengono riconosciuti come componenti più specifici di altri Per esempio: il termine face (faccia) comprende anche i termini cheek (guancia), chin (mento), eye (occhio), forehead (fronte), nose (naso). Eye a sua volta è gerarchicamente sopra eyebrows (sopracciglia) e eyelids (palpebre). Quando si ricerca un termine, in automatico vengono cercati anche tutti i termini derivati Meccanismo chiamato di espansione automatica (automatic explosion) Di base, i termini sono organizzati sotto 16 categorie, tra cui per es. anatomia, organismi e malattie (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 7 / 43

8 Vocabolario Quando un articolo viene indicizzato nel database, viene catalogato con delle parole chiave che descrivono il suo contenuto. Alcune di queste possono essere specificate come più importanti di altre, riguardo al contenuto dell articolo. Visualizzando le parole chiave degli articoli e quali sono principali si ha un idea delle tematiche trattate nell articolo. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 8 / 43

9 Ricerca semplice Per effettuare una ricerca di base in PubMed, è sufficiente scrivere i termini cercati nell apposita area di testo. Grazie al vocabolario, viene attivata una funzione di autocompletamento: vengono suggeriti molti termini che contengono quanto scritto fino ad un certo punto Es.: scrivendo reconstr appaiono termini come reconstructive, plastic reconstructive e ligament reconstruction (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 9 / 43

10 Visualizzazione risultati Una volta eseguita la ricerca, sotto compaiono i risultati: (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 10 / 43

11 Visualizzazione risultati E possibile visualizzare i risultati in diversi formati tramite l opzione Display settings (Opzioni di visualizzazione) Se non diversamente specificato, vengono visualizzati titolo, autore e dati della pubblicazione (anno, tipo...) Altre opzioni possono essere visualizzate, per esempio comprensive di abstract dell articolo (breve riassunto dei temi trattati) E possibile inoltre decidere l ordinamento dei risultati, per esempio per data, nome del primo autore o titolo (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 11 / 43

12 Visualizzazione risultati Un esempio: (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 12 / 43

13 Visualizzazione risultati Per ogni risultato, cliccando sull articolo si visualizzano ulteriori informazioni (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 13 / 43

14 Visualizzazione risultati In fondo alla pagina, una sezione chiamata LinkOut (collegamenti esterni) specifica vari siti dove può essere scaricato il lavoro Spesso è possibile scaricare gratuitamente un l articolo in pdf All interno di reti universitarie, a volte sono accessibili articoli aggiuntivi grazie ad accordi con varie riviste scientifiche (abbonamento alla rivista) (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 14 / 43

15 Logica booleana Per specificare ricerche in modo preciso, si utilizza la logica booleana. In questo ambito, l esistenza di una parola chiave viene considerata come una condizione che può essere vera o falsa. Le varie condizioni vengono combinate tramite degli operatori. Un comando di ricerca combinerà le varie condizioni tramite operatori booleani e tutti i risultati dovranno soddisfare la formula data. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 15 / 43

16 Operatori booleani Gli operatori tipici sono AND, NOT ed OR PubMed richiede questi operatori scritti in maiuscolo L operatore AND specifica che due condizioni A e B debbano essere entrambe vere affinchè A AND B sia vero. L operatore OR specifica che almeno una delle condizioni A e B debba essere vera affinchè A OR B sia vero. L operatore NOT specifica che A debba essere falso affinchè NOT A sia vera (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 16 / 43

17 Uso degli operatori L operatore di AND quindi può essere utilizzato quando si vuole che tutti i termini specificati siano nell articolo. L operatore OR può essere utilizzato quando ci basta che almeno un termine deve comparire nell articolo. L operatore NOT è utile per escludere un termine dalla ricerca. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 17 / 43

18 Parentesi e precedenza Gli operatori vengono solitamente letti da sinistra a destra Vediamo l insieme selezionato per salmonella AND hamburger OR eggs : Salmonella Hamburger Eggs (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 18 / 43

19 Parentesi e precedenza Per alterare l ordine delle opeazioni, o comunque per raggrupparle in modo semplice, si possono usare le parentesi Vediamo l insieme selezionato per salmonella AND (hamburger OR eggs) : Salmonella Hamburger Eggs (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 19 / 43

20 Tabelle di verità In generale, quando si formulano espressioni mediante operatori booleani, al fine di capire il valore di verità dell espressione data si utilizzano le cosidette tabelle di verità. Queste tabelle contengono, per ogni combinazione di variabile, i valori assunti dall espressione data mediante l analisi delle sottoespressioni. Combinando le sottoespressioni si ottiene il valore di verità della espressione formulata e si legge facilmente quando questa è vera a seconda dei valori di verità associati alle variabili di partenza. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 20 / 43

21 Tabelle di verità AND OR A B A AND B V V V V F F F V F F F F A B A OR B V V V V F V F V V F F F NOT A V F NOT A F V (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 21 / 43

22 Tabelle di verità Esempio con l espressione E = (A AND (NOT B)) OR ((NOT C) OR A) A B C NOT B A AND (NOT B) NOT C (NOT C) OR A E V V V F F F V V V V F F F V V V V F V V V F V V V F F V V V V V F V V F F F F F F V F F F V V V F F V V F F F F F F F V F V V V (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 22 / 43

23 Sintassi per PubMed Il comando digitato durante una ricerca mirata in PubMed deve dunque contenere operatori booleani. Inoltre, si può specificare il significato dei termini di ricerca mediante parentesi quadre. Es. black[title] cercherà gli articoli con black nel titolo, black[author] cerca gli articoli scritti da autori di nome black. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 23 / 43

24 Sintassi Numerosi campi di ricerca possono essere specificati, permettendo ricerche molto mirate: - [affiliation] cerca l affiliazione dagli autori dell articolo. - [journal] specifica che il termine è riferito al nome della rivista contenente l articolo. - [author] cerca tra gli autori, [1au] solo il primo autore. - [publication type] permette di specificare un determinato tipo di pubblicazione. - [language] specifica il linguaggio. Molte altre opzioni disponibili, consultabili nella documentazione del sito. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 24 / 43

25 Sintassi Se non specificato diversamente, i termini vengono cercati nel vocabolario MeSH come prima opzione Grazie alla costruzione di MeSH, spesso questo porta ai risultati attesi Come opzione secondaria, l opzione [All fields] specifica di cercare il termine ovunque (oltre al vocabolario MeSH). Opzione più generica, ma il cui abuso può portare a ottenere troppi risultati poco specifici. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 25 / 43

26 Collocazione termini Tuttavia sono possibili anche ricerche alternative, per esempio si possono effettuare ricerche tra i nomi delle riviste. Es.: cercando the journal of cell biology, le ricerche si concentreranno sull omonima rivista. In caso di ambiguità, è possibile che vengano dati risultati sia di riviste con le parole di ricerca del nome, sia articoli con tali termini. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 26 / 43

27 Autori Grazie ad un vocabolario di autori, è possibile cercare articoli anche in base al nome dell autore. In particolare è necessario specificare prima il cognome e poi il nome, separati da una virgola Es. ryan, james Anche in questo caso, è conveniente specificare che il termine è un nome di autore per evitare ambiguità: Es. ryan, james[author] (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 27 / 43

28 Parole ignorate Parole come congiuzioni o articoli (determinativi/indeterminativi) vengono tipicamente ignorate nelle ricerche, infatti il loro contributo ai risultati non avrebbe significato. Alcuni esempi: and, about, mainly, most, were Termini detti nel gergo stopwords (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 28 / 43

29 Correzione lessicale A volte pubmed può proporre una correzione lessicale per un termine di ricerca inserito. Es. cercando teeeth, si ottengono i risultati per il termine teeth Il suggerimento non dipende solo dall esistenza o meno del termine nel vocabolario: spesso viene suggerito un altro termine al posto di quello richesto perchè vi sono molte più occorrenze dell altro nel database. E verosimile che l utente intendesse cercare il secondo termine, ma abbia effettuato un errore di battitura. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 29 / 43

30 Articoli simili Analogamente a come riconosce parole simili tra loro, PubMed prevede di un meccanismo simile riferito agli articoli scientifici. Nei risultati, è possibile per ogni articolo selezionare la voce related citations che cerca i lavori a questo correlati Tali relazioni vengono individuate tramite l analisi delle parole significative in comune nei vari lavori. (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 30 / 43

31 Filtri I filtri sono funzioni che permettono di effettuare una selezione nei risultati di ricerca Utili per restringere il campo dei risultati da scorrere a quelli che ci interessano di più, o per specificare caratteristiche aggiuntive richieste Selezionabili più filtri contemporaneamente Quelli attualmente attivi compaiono sopra i risultati, e sono eliminabili tramite l opzione clear all (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 31 / 43

32 Filtri Un esempio: (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 32 / 43

33 Filtri: tipi di articoli La prima opzione individuabile dai filtri riguarda la tipologia dell articolo considerato. Tramite il menù article types, è possibile specificare il tipo di articolo cercato ad esempio: Prova clinica (Clinical Trial), Biografia (Biography), Studio comparativo (Comparative Study), Articolo su rivista (Journal Article), ecc. Possibile cercare tipi aggiuntivi dal sottomenù more... e individuare può tipologie contemporaneamente I vari tipi sono specificati in OR nella ricerca (si cercano gli articoli che corrispondono ad almeno una categoria specificata) (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 33 / 43

34 Filtri: abstract e full text La seconda opzione individuabile dai filtri riguarda il materiale disponibile per l articolo L opzione Abstract available specifica che deve essere disponibile almeno un riassunto (abstract) del lavoro Full text available cerca solo quegli articoli per cui esiste un collegamento ad un sito dove l articolo è scaricabile Free full text available : come sopra, ma inoltre si richiede che l articolo sia scaricabile gratuitamente (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 34 / 43

35 Filtri: date E possibile cercare per data di pubblicazione tramite l apposito filtro publication dates Si possono utilizzare le opzioni standard presenti o specificare personalmente un intervallo di tempo (mediante l opzione Custom range). Le date sono nel formato aaaa/mm/gg, dove mesi e giorni possono essere omessi (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 35 / 43

36 Filtri: altri Numerosi altri filtri permettono di specificare ancora più strettamente la ricerca Possibile cercare per esempio per lingua, per articoli relativi ad un determinato sesso o ad una specifica fascia di età, ecc... Opzioni selezionabili dal menù Chose additional filter (scegli filtri addizionali) (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 36 / 43

37 Wildcard Il carattere * può essere utilizzato come jolly (wildcard) nelle ricerche Cercando una parte di un termine terminato con *, il sistema cercherà tutte le occorrenze delle parole chiave che iniziano con quella parte di termine Es. mimic* cercherà mimic, mimics, mimicing Per evitare un numero eccessivo di termini, in questo caso viene disattivata l espansione automatica (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 37 / 43

38 Virgolette Per specificare che un insieme di termini non deve essere cercato in AND ma deve comparire come parte intera di una frase, si possono usare le virgolette ( ) Esempio: pressure point cercherà solo gli articoli dove le due parole pressure e point sono adiacenti Meccanismo simile a quello di vari motori di ricerca Prima di forzare l unione con le virgolette, tentare senza, spesso PubMed seleziona le parole unite se queste corrispondono ad una espressione in MeSH (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 38 / 43

39 Ricerca avanzata Tramite l opzione per la ricerca avanzata, si accede ad una schermata dove si possono costruire ricerche complesse in modo facilitato tramite dei menù Per ogni termine, è richiesto se si deve combinare in AND o in OR con gli altri Un menù di opzioni consente di specificare dove debba essere ricercato (termine MeSH, autore,...) Presente inoltre la cronologia delle ultime ricerche effettuate E possibile usare la cronologia per combinare più ricerche, e restituire per esempio gli articoli che sono risultati di entrambe o di una qualsiasi delle due Le ricerche passate sono numerate, e sono rappresentate nel comando con codici tipo #3 Es. (#8) AND heart restituisce tutti i risultati della ricerca 8 che contengono anche il termine heart (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 39 / 43

40 Ricerca avanzata Un esempio di una schermata di ricerca avanzata: (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 40 / 43

41 MeSH Il vocabolario MeSH può essere navigato direttamente Vengono restituiti in questo caso i termini correlati o che contengono le parole ricercate Nei risultati, visualizzate le espressioni in MeSH e varie correlazioni con le altre Prendiamo ad esempio cloning, organism, troviamo: Il menù subheadings per una serie di argomenti correlati (classification, ethics, mortality,...) Gli entry terms, termini considerati sinonimi (embryo cloning, human cloning, cloning,...) La posizione del termine nella gerarchia (sotto genetic techniques, a sua volta sotto investigative techniques ) (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 41 / 43

42 MeSH Vediamo il risultato della ricerca di cloning, organism (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 42 / 43

43 Account E possibile registrarsi a PubMed per disporre di funzionalità aggiuntive Si possono salvare specifiche ricerche sul proprio account, e verificare se ci sono cambiamenti sui risultati Utile per stare aggiornati su novità a proposito di uno specifico argomento E anche possibile richiedere che i nuovi risultati di una specifica ricerca vengano inviati automaticamente per mail Se si è scritto degli articoli, PubMed può mantenere la lista dei lavori e creare una pagina web condivisibile con altri (Stefano Bilotta) PubMed Corso di Informatica 43 / 43