Gestione ed analisi di base dati nell epidemiologia. delle malattie infettive

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1 Università degli Studi di Torino - Facoltà di Medicina Veterinaria Laboratorio di epidemiologia delle malattie infettive Scuola Specializzazione in Sanità Animale, Allevamento e Produzioni Zootecniche Gestione ed analisi di base dati nell epidemiologia delle malattie infettive Luigi Bertolotti :: Premessa Luigi Bertolotti: Info Malattie Infettive Dipartimento Produzioni Animali, Epidemiologia ed Ecologia III piano Palazzina blu luigi.bertolotti@unito.it 1

2 :: Premessa Outline del corso :: cos è una base di dati :: come si crea una base di dati :: quali sono gli strumenti per gestire una base di dati :: quali sono le applicazioni nell utilizzo di una base di dati :: Premessa Outline :: introduzione ai db, descrizione della sua struttura, terminologia, tipi di database e di database management system :: introduzione all impiego dei diversi software Ms Excel, Ms Access :: Applicazioni del db all epidemiologia delle malattie infettive :: Applicazioni del db a diversi campi dell epidemiologia: l analisi spaziale e l epidemiologia molecolare :: Prova in itinere 2

3 :: Introduzione?? Dati = Informazioni?? :: Dati tutti i risultati che derivano da una serie di osservazioni :: Introduzione?? Dati = Informazioni?? :: Informazioni dati resi divulgabili e comprensibili 3

4 :: Introduzione Evento Dati Informazioni Conoscenza Azione :: Introduzione Obiettivo :: Raccolta dei dati :: Elaborazione dei dati raccolti :: Utilizzo dei dati e delle elaborazioni 4

5 :: Introduzione Cos è una base di dati :: l elenco telefonico :: la rubrica del cellulare :: l anagrafe canina Wikipedia: un archivio di dati, riguardanti uno stesso argomento o più argomenti correlati tra loro, strutturato in modo tale da consentire la gestione dei dati stessi (l'inserimento, la ricerca, la cancellazione ed il loro aggiornamento) da parte di applicazioni software. :: Introduzione :: In qualsiasi studio, gli obiettivi di una base dati devono essere: 1. Raccogliere tutte le informazioni necessarie 2. Permettere di risalire ad ogni dato, in maniera univoca 3. Permettere elaborazioni complete 4. Restituire informazioni Importante! 5

6 :: Introduzione Prima di raccogliere i dati bisogna creare la base dati quindi Bisogna avere molto chiari gli obiettivi dello studio Importante! Concentrare le forze sull obiettivo dello studio, raccogliendo però quanti più dati possibili :: Introduzione Importante! Importante! Bisogna avere molto chiari gli obiettivi dello studio e soprattutto I DATI DEVO ESSERE RACCOLTI BENE 6

7 :: Introduzione Cosa vuole dire: raccogliere bene i dati? 1. i dati devono essere univoci, uniformi, completi. 2. devono essere interpretabili il più rapidamente possibile e anche da diversi operatori. 3. devono permettere semplicemente le elaborazioni, senza ulteriori modifiche 4. deve essere sempre accompagnato da un elenco dettagliato per tutti i campi Il Database Designer è la figura professionale dedicata a :: creare la struttura del database :: descrivere i campi e indicare come compilarli :: rendere popolabile il database Il lavoro del Database Designer comincia prima della raccolta dei dati, in collaborazione con gli operatori di campo, di laboratorio e gli analisti Il Database Designer deve essere all interno del gruppo di lavoro 7

8 Esempio: progetto Montefalcone Toscana Dati habitat Dati cattura Dati dragging Identificazione Biologia molecolare Dati di Campo Dati di laboratorio Elaborazione dati DB Informazione La struttura di una base dati La base dati o (database) rappresenta l insieme di tutti i dati raccolti Il database Management System è invece il software che permette di gestire i dati Es.: Ms Access, Oracle, SQL server 8

9 I database possono essere: - semplici o piatti: unica tabella contenente un numero limitato di dettagli. sono utili per creare elenchi e liste di osservazioni classici esempi sono le tabelle Excel - complessi: composti da più tabelle contengono un numero elevato di informazioni ma le condensano in modo dinamico Tabella o db piatto Campo Cella Record 9

10 Tra i database complessi si trovano i db relazionali Inventato all inizio degli anni 70 Tutte le tabelle sono in relazione tra loro mediante le chiavi primarie mediante diverse relazioni Esempio: Obiettivo generale Eradicazione della CAEV dagli allevamenti nella provincia di Torino? Il progetto prevede, per ogni allevamento: 1. raccolta dei dati amministrativi 2. raccolta dei dati sanitari 3. esami sierologici 4. elaborazione dei risultati dei test di laboratorio 5. creazione di un report 10

11 Qual è l obiettivo della base dati? Qual è il soggetto di studio? A quali esigenze deve rispondere la base dati?? Quale potrebbe essere la struttura della base dati? Da fare: Che tipo di base dati possiamo scegliere? 1. raccolta dei dati amministrativi 2. raccolta dei dati sanitari 3. esami sierologici 4. elaborazione dei risultati dei test di laboratorio 5. creazione di un report Il database semplice è più immediato nella compilazione però ha dei limiti:.: pochi campi.: se i dati sono molti, diventa incomprensibile.: difficile da elaborare.: sempre lo stesso soggetto Da fare: 1. raccolta dei dati amministrativi 2. raccolta dei dati sanitari 3. esami sierologici 4. elaborazione dei risultati dei test di laboratorio 5. creazione di un report 11

12 Allevamento Da fare: 1. raccolta dei dati amministrativi 2. raccolta dei dati sanitari 3. esami sierologici 4. elaborazione dei risultati dei test di laboratorio 5. creazione di un report Singolo Animale Esempio di un tipico db ID specie età All. Indirizzo All. Test Data test veterinario Animale Dr. Rossi Animale Dr. Rossi Animale Rossi Animale004 Via Garibaldi 10, Carmagnola 12 maggio Dr. Rossi Animale005 Via Garibaldi 10, CARMAGNOLA, Torino 12 maggio Idem Animale maggio Idem Animale007 Strada della Valle, Lanzo 5 giugno 07 Animale008 Strada della Valle, Lanzo 5 giugno 07 Animale009 Str. della Valle, Lanzo Animale010 Str. della Valle, Lanzo, torino Animale011 Strada della Valle, Lanzo Animale012 Animale013 Pecora All. C Via Roma 154, Giaveno 24/02/2004 Dr. Verdi Animale014 Pecora All. C Via Roma Giaveno Torino 24/02/2004 Dr. Verdi Animale015 Pecora All. C Via Roma 154, Giaveno Elisa POS 24/02/2004 Dr. Verdi 12

13 I vari problemi ID specie età All. Indirizzo All. Test Data test veterinario Animale Dr. Rossi Animale Dr. Rossi Animale Rossi Animale004 Via Garibaldi 10, Carmagnola 12 maggio Dr. Rossi Animale005 Via Garibaldi 10, CARMAGNOLA, Torino 12 maggio Idem Animale maggio Idem Animale007 Strada della Valle, Lanzo 5 giugno 07 Animale008 Strada della Valle, Lanzo 5 giugno 07 Animale009 Str. della Valle, Lanzo Animale010 Str. della Valle, Lanzo, torino Animale011 Strada della Valle, Lanzo Animale012 Animale013 Pecora All. C Via Roma 154, Giaveno 24/02/2004 Dr. Verdi Animale014 Pecora All. C Via Roma Giaveno Torino 24/02/2004 Dr. Verdi Animale015 Pecora All. C Via Roma 154, Giaveno Elisa POS 24/02/2004 Dr. Verdi - I nomi dei campi devono essere univoci e semplici - i campi devono possibilmente essere compilati tutti, in maniera uniforme: dr. Rossi è diverso da Rossi o da Dr. Rossi è diverso da Elisa POS - Ci sono campi che DEVONO essere compilati, per evitare dubbi nelle analisi. Piuttosto inserire NA o NR - I dati devono essere inseriti in un formato semplice sia da inserire, sia da leggere e sia da elaborare - la data rappresenta sempre un problema! Bisogna decidere il formato migliore, sempre nell ottica delle analisi 13

14 Tipi di campi I campi possono essere di diverso tipo, a seconda del dato che devono contenere: - Contatore univoco, per ogni tabella - Testo campi descrittivi - Numerico valori, utilizzabili nelle analisi - Data/ora diversi formati - Collegamento ipertestuale link a risorse esterne - Chiave Primaria La chiave primaria è un campo molto importante Permette la creazione di una relazione tra tabelle: i dati provenienti da tabelle diverse sono uniti in maniera univoca Le relazioni possono essere di diversi tipi, a seconda di quanti dati mettono in relazione uno-a-uno uno-a-molti molti-a-uno molti-a-molti dati anagrafici dati conto bancario corriere ordini di vendita allevamenti veterinario lettori riviste 14

15 Tabelle esterne, per evitare i dati ripetuti Tabella Veterinari ID specie età All. Indirizzo All. Test Data test veterinario Animale Dr. Rossi Animale Dr. Rossi Animale Rossi Animale004 Via Garibaldi 10, Carmagnola 12 maggio Dr. Rossi Animale005 Via Garibaldi 10, CARMAGNOLA, Torino 12 maggio Idem Animale maggio Idem Animale007 Strada della Valle, Lanzo 5 giugno 07 Animale008 Strada della Valle, Lanzo 5 giugno 07 Animale009 Str. della Valle, Lanzo Animale010 Str. della Valle, Lanzo, torino Animale011 Strada della Valle, Lanzo Animale012 Animale013 Pecora All. C Via Roma 154, Giaveno 24/02/2004 Dr. Verdi Animale014 Pecora All. C Via Roma Giaveno Torino 24/02/2004 Dr. Verdi Animale015 Pecora All. C Via Roma 154, Giaveno Elisa POS 24/02/2004 Dr. Verdi Tabella Allevamenti Tabella Allevamenti Tabella laboratorio id.lab specie età allevamento test_elisa data_test 1/ Database relazionale id.all ragione_sociale indirizzo cap comune provincia estensione pascolo veterinario /1 Tabella Veterinari id.vet nome cognome indirizzo cap comune provincia telefono_uff telefono_cell 15

16 tabella lab id.lab specie eta allevamento test_elisa data_elisa Nomi dei campi! animale001 animale006 capra capra adulta adulta pos pos No spazi Tutto minuscolo no caratteri speciali animale007 capra adulta 002 neg animale012 capra adulta 002 neg animale013 pecora adulta 003 pos animale015 pecora giovane 003 pos Codifica degli allevamenti Codifica della data YYYYMMDD tabella allevamento id.all ragione_sociale indirizzo comune provincia cap telefono veterinario 001 Allevamento Giglio Via Garibaldi, 10 Carmagnola Torino Il Pozzo Strada della Valle, 18 Lanzo torinese Torino Famiglia Ronchi Via Roma, 154 Giaveno Torino Chiave primaria aggiunti più dati Indirizzo diviso in 4 campi identificativo del veterinario (numero albo?) 16

17 tabella veterinari id.vet cognome nome telefono cellulare Paolo Rossi Mario Verdi Andrea Chiave primaria Indirizzo diviso in 4 campi aggiunti più dati Riassumendo Il compito del Database Designer è: :: identificare l obiettivo della base dati :: identificare i soggetti di studio :: creare una struttura completa, uniforme e esaustiva :: fornire il supporto per la popolazione della base dati :: verificare l uniformità dai dati inseriti 17

18 Esercitazione 18