Software Agilent MassHunter Workstation

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1 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv per GC/MS

2 Informzioni sul documento Agilent Technologies, Inc Nessun prte di questo mnule può essere riprodott in qulsisi form o mezzo (compres l memorizzzione su supporti elettronici ed il recupero o l trduzione in lingu strnier) senz l preventiv utorizzzione scritt di Agilent Technologies, Inc. conformemente qunto previsto dlle leggi in vigore negli Stti Uniti e d ltre normtive internzionli sul diritto d'utore. Codice del mnule G Edizione Revisione A, Novemre 2012 Stmpto in USA Agilent Technologies, Inc Stevens Creek Blvd. Snt Clr, CA USA Microsoft, Windows 7 e Excel sono mrchi registrti di Microsoft Corportion negli Stti Uniti e/o in ltri pesi. Revisione softwre Quest guid è vlid per l revisione B e le successive del progrmm Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Qulittive Anlysis, fino ll sostituzione. Grnzi Le informzioni contenute in questo documento sono fornite llo stto corrente e sono soggette modifiche senz prevviso nelle edizioni future. Inoltre, nei limiti mssimi previsti dll legge, Agilent non fornisce lcun grnzi, esplicit o implicit, reltivmente l presente mnule e lle informzioni in esso contenute, comprese, senz limitzione lcun, le grnzie implicite di commerciilità e di idoneità un uso specifico. Agilent non srà responsile di errori o dnni diretti o indiretti reltivi ll fornitur, ll'uso o lle prestzioni di questo documento o delle informzioni in esso contenute. In cso di seprto ccordo scritto fr Agilent e l'utente con diverse condizioni di grnzi reltivmente l contenuto di questo documento in conflitto con le condizioni qui riportte, prevrrnno le condizioni dell'ccordo seprto. Licenze sull tecnologi I componenti hrdwre e/o softwre descritti in questo documento vengono forniti con licenz e possono essere utilizzti o copiti solo in conformità i termini di tle licenz. Legend dei diritti limitti Diritti limitti dl Governo degli Stti Uniti I diritti sul softwre e sui dti tecnici grntiti l governo federle includono solo i diritti concessi ll'utente finle. Agilent fornisce l presente licenz commercile per il softwre e i dti tecnici, come prescritto dlle normtive FAR (Technicl Dt) e (Computer Softwre) e per il Diprtimento dell Difes, DFARS (Technicl Dt - Commercil Items) e DFARS (Rights in Commercil Computer Softwre or Computer Softwre Documenttion). Informzioni sull sicurezz ATTENZIONE L'indiczione ATTENZIONE segnl un rischio. L'vviso richim l'ttenzione su un procedur opertiv o un prssi che, se non eseguit correttmente o non rispettt, può provocre dnni l prodotto o l perdit di dti importnti. In presenz dell dicitur ATTENZIONE interrompere l'ttività finché le condizioni indicte non sino stte perfettmente comprese esoddisftte. AVVISO L'indiczione AVVERTENZA segnl un rischio. L'vviso richim l'ttenzione su un procedur opertiv o un prssi che, se non eseguit correttmente o non rispettt, può provocre lesioni personli o morte. In presenz dell dicitur AVVERTENZA interrompere l'ttività finché le condizioni indicte non sino stte perfettmente comprese esoddisftte. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS

3 In quest Guid Quest guid contiene informzioni sull'utilizzo dei dti Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Qulittive Anlysis GC/MS. Prim di inizire con le esercitzioni, leggere le istruzioni in Prim di inizire con le esercitzioni... pgin 5. Esercitzione 1 Esercitzione 2 Esercitzione 3 Concetti se di nlisi qulittiv Quest esercitzione consente di esplorre molte delle importnti funzionlità del progrmm Qulittive Anlysis. Queste ttività sono essenzili, indipendentemente dl tipo di dti utilizzti. Ricerc e identificzione Nelle prime due serie di operzioni, si trovno e identificno sulfonmidi ss concentrzione ll interno di un compless mtrice e si gener l loro formul per i dti si TOF che Q-TOF. Si esegue nche un estrzione molecolre sull digestione di un protein con dti si TOF che Q-TOF. Queste operzioni possono essere eseguite nche su dti triplo qudruplo. Utilizzo di workflow, esportzione e stmp In queste ttività viene spiegto come impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv. Viene nche spiegto come modificre un metodo per utomtizzre l nlisi e/o l identificzione del composto. All pertur del file di dti, vengono eseguite le zioni ll interno del metodo utomtico. Viene inoltre spiegto come crere un metodo per eseguire zioni utomtizzte con un list di lvoro. Tutte queste ttività sono eseguite utilizzndo un workflow diverso. Riferimenti Questo cpitolo trtt i concetti se del progrmm Qulittive Anlysis. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS 3

4 Novità in B È possiile rivedere i composti in Compound Detils View. In Compound Detils View sono stte ggiunte ltre quttro finestre. Per Compound Detils View, è possiile definire linee diverse second degl tipo di cromtogrmm e spettro. È disponiile l'lgoritmo Find Compounds y Integrtion. È possiile eseguire l ricerc in più lirerie utilizzndo l'lgoritmo Serch Unit Mss Lirry. Nell'lgoritmo Generte Formuls, è possiile ggiungere delle formule i picchi dello spettro con frmmenti. L'nnotzione del frmmento vviene selezionndo gli spettri d nnotre sull se dell'lgoritmo di estrzione del composto. L'lgoritmo Generte Formuls può essere eseguito su composti trovti medinte l'lgoritmo Find y Chromtogrm Deconvolution. L'lgoritmo Generte Formul è stto modificto e consente or di inserire un numero mssimo di risultti per ciscun porttore di cric. Nell'lgoritmo Generte Formuls, è possiile rggruppre risultti con l stess formul e porttori di cric diversi. È possiile crere i composti d un qulsisi spettro utente. L'lgoritmo di estrzione del composto per questi composti è Spectrum Extrction. Durnte il slvtggio dei dti e del file di dti, è possiile decidere se slvre tutti i risultti dei composti oppure un piccol prte per ciscun composto. Tutti i cromtogrmmi e gli spettri utente vengono sempre slvti. Il formto del file CEF è stto modificto in modo d consentire l'inserimento di più informzioni. Le informzioni su m/z e specie di ioni sono disponiili nel primo livello dell tell Spectrum Identifiction Results. L tell Spectrum Identifiction è stt modifict. È possiile ggiungere un filtro d un colonn ed è possiile eliminre un rig. Con Formul & Ion Species or è possiile etichettre un picco. Or, modificre lo spettro identificto con Best nell finestr Spectrum Identifiction Results è un'operzione molto più veloce nche qundo il numero di inserimenti è elevto. 4 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS

5 È possiile specificre di sovrpporre i cromtogrmmi dei composti in Compound Report. Il modello di rpporto predefinito Formul Confirmtion è stto modificto e or può includere l colonn colort Flgs (Tgt) e l tell Frgment con l colonn colort Flgs (FIs). Prim di inizire con le esercitzioni... Instllre il softwre. Consultre l Guid di instllzione per le istruzioni. Copire l crtell Dt dl disco di instllzione e decomprimerl sul disco rigido. In quest crtell sono contenuti tutti i file di dti necessri per le esercitzioni. Estrrre innnzitutto i file di dti dll crtell in formto.zip. NOTE Non riutilizzre i file di dti d'esempio che si trovno sul sistem meno che sino stti copiti dgli originli su disco e non sino stti utilizzti d ltri utenti. Se i file di dti d'esempio sul sistem non sono identici gli originli su disco, i risultti che si otterrnno durnte le esercitzioni non srnno prgonli quelli illustrti in quest guid. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS 5

6 6 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS

7 Indice Esercitzione 1Concetti se di nlisi qulittiv 9 Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis 10 Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS 12 Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm 15 Attività 4. Ancorre un cromtogrmm 16 Attività 5. Modificre i lyout delle finestre 17 Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi 19 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo 21 Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem 26 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm 29 Attività 10. Aggiungere nnotzioni 39 Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss 43 Esercitzione 2Ricerc e identificzione 45 Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic 46 Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry 50 Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) 53 Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione 56 Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco 59 Attività 17. Slvre i risultti 64 Esercitzione 3Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 69 Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl 70 Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening 75 Attività 20. Esportre un file CEF 79 Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi 80 Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti 84 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 7

8 Indice Riferimenti 87 Utilizzo delle finestre 88 Utilizzo dei risultti di Dt Nvigtor 91 Operzioni sul cromtogrmm 92 Operzioni su uno spettro MS o MS/MS 93 Utilizzo dei dti cromtogrfici visulizzti 94 Utilizzo dei dti sugli spettri visulizzti 95 Workflow 97 Personlizzzione del modello di un rpporto Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

9 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis 10 Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS 12 Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm 15 Attività 4. Ancorre un cromtogrmm 16 Attività 5. Modificre i lyout delle finestre 17 Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi 19 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo 21 Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem 26 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm 29 Attività 10. Aggiungere nnotzioni 39 Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss 43 Quest esercitzione consente di esplorre molte delle importnti funzionlità del progrmm Qulittive Anlysis e utilizzre i dti GC/Q-TOF e GC/QQQ Ciscun esercitzione è rissunt in un tell di tre colonne: Pssi - Seguire tli istruzioni generli per procedere d soli e scoprire il progrmm. Istruzioni dettglite - Seguire queste istruzioni in cso di duio o se si preferisce procedere grdtmente ll conoscenz del progrmm. Commenti Consigli e informzioni ggiuntive su ciscun psso dell'esercitzione. 9

10 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis In quest ttività, si utilizz il metodo corrente per prire più file di dti. Attività 1. Apertur del progrmm Qulittive Anlysis con più file di dti Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il progrmm Qulittive Anlysis. Aprire il file di dti Pest Scn.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d e MSD_mix_4stds_DG_spl200_0 3.d nell crtell \\MssHunter\Dt, o nell crtell in cui sono stti copiti. Controllre che l'opzione Use current method si seleziont. Controllre che l csell di controllo Lod result dt non si contrssegnt. Se l csell Lod result dt non è disponiile, i risultti non sono stti slvti nel file di dti. Per informzioni sul slvtggio dei risultti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin64. Verificre che l csell di controllo Run File Open ctions from selected method non si seleziont. Fre doppio clic sull'icon Agilent MssHunter Qulittive Anlysis B Si pre l finestr di dilogo Open Dt Files. Scorrere fino ll crtell \\ MssHunter\Dt\GC o l crtell in cui si trovno i file di esempio. Il file Pest Scn.d contiene dti MS, i file Pest - STD 200 MRM.d e Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d contengono si i dti MS che MS/MS (tutti i dti GC/QQQ). Il file MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d contiene i dti GC/Q-TOF. In cso di ulteriori informzioni sull mggior prte delle finestre, delle finestre di dilogo e delle schede, premere il tsto F1 qundo l finestr è ttiv. Figur 1 Apertur dei file di dti ll'vvio del softwre 10 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

11 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis Attività 1. Apertur del progrmm Qulittive Anlysis con più file di dti (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti c d e Tenere premuto il tsto Shift e fre clic su Pest Scn.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d e MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. Fre clic su Open. Nell finestr Dt Nvigtor vengono visulizzti i quttro file di dti, mentre nell finestr Chromtogrm Results compiono d 1 3 cromtogrmmi. Fre clic sull'icon List Mode nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Premendo il tsto Ctrl, è possiile trscinre i file non ttigui uno ll'ltro nell'elenco. Quel che viene visulizzto or nell finestr vri second delle impostzioni definite per metodo, lyout, visulizzzione e trccito prim dell'pertur di questi file. Selezionndo l'icon List Mode, lo sfondo dell'icon divent rncione. N. mssimo dell'icon List Pnes Icon Disply Options Selezionre il pulsnte X per chiudere l finestr. Figur 2 Cricmento dell finestr principle di Qulittive Anlysis con workflow GC/Q-TOF Compound Screening Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 11

12 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS In quest ttività, è possiile selezionre il workflow Generl (per opertori GC/QQQ) o il workflow GC/Q-TOF Compound Screening (per opertori GC/Q-TOF). Questi workflow sono gli unici due che consentono di nlizzre i dti GC/MS. Quindi, prire l finestr di dilogo User Interfce Configurtion e selezionre l csell di controllo pproprit per un sistem GC/QQQ o un sistem GC/Q-TOF. Attività 2. Configurre l'interfcci utente per GC Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Se necessrio, prire il progrmm Qulittive Anlysis. Fre doppio clic sull'icon Agilent MssHunter Qulittive Anlysis. Si pre l finestr di dilogo Open Dt Files. Fre clic su Cncel nell finestr di dilogo Open Dt Files. In cso di ulteriori informzioni su finestre, finestre di dilogo le schede, premere il tsto F1 qundo l finestr è ttiv. 2 Scegliere il workflow Generl o il workflow GC/Q-TOF Compound Screening. c d Se si possiede uno strumento GC/QQQ, fre clic sul comndo Configurtion > Configure for Workflow > Generl. Se si possiede uno strumento GC/Q-TOF, fre clic sul comndo Configurtion > Configure for Workflow > GC/Q-TOF Compound Screening. Fre clic sul pulsnte Lod workflow s defult method e il pulsnte Lod workflow s defult lyout. Fre clic su OK. Fre clic sull'icon List Mode nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Se il progrmm Dt Acquisition per GC/QQQ o GC/Q-TOF è instllto sullo stesso computer, il softwre configur l'interfcci utente utomticmente. È possiile che l sezione GC/Q-TOF Compound Screening si già disponiile nell finestr Method Explorer. Per impostzione predefinit, i cromtogrmmi vengono sovrpposti. Per questi esempi, i cromtogrmmi vengono visulizzti in List Mode. 12 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

13 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS Attività 2. Configurre l'interfcci utente per GC Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Se si dispone di un GC/QQQ, configurre l'interfcci utente in modo d visulizzre solo le funzioni di GC/QQQ. c d e f g h Selezionre Configurtion > User Interfce Configurtion. In Seprtion types, selezionre solo l csell di controllo GC. Se si dispone di uno strumento GC/QQQ, in Ioniztion type, contrssegnre nche l csell di controllo EI or other hrd ioniztion technique e deselezionre l csell CI, APCI, ESI, MADLDI or other soft ioniztion technique. In Mss ccurcy, deselezionre l csell di controllo Accurte mss (TOF, Q-TOF). Contrssegnre l csell di controllo Unit mss (Q, QQQ). In Optionl softwre fetures, deselezionre l csell di controllo Peptide Sequence Editor e selezionre l csell BioConfirm Softwre. In Non-MS detectors, deselezionre le cselle UV e ADC. Contrssegnre l csell Show dvnced prmeters. Fre clic su OK. I comndi nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion vengono modificti. Se un funzione non è visiile, con ogni proilità è stt nscost nel momento in cui è stt deseleziont un csell di controllo nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion. Figur 3 Configurzione dell'interfcci utente per utilizzre i dti GC/QQQ Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 13

14 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS Attività 2. Configurre l'interfcci utente per GC Pssi Istruzioni dettglite Commenti 4 Se si dispone di un GC/Q-TOF, configurre l'interfcci utente in modo d visulizzre solo le funzioni di GC/Q-TOF. c d e f g h i Selezionre Configurtion > User Interfce Configurtion. In Seprtion types, selezionre solo l csell di controllo GC. In Ioniztion type, selezionre le due cselle di controllo. In MS levels, selezionre le due cselle di controllo. In Mss ccurcy, selezionre l csell di controllo Accurte mss (TOF, Q-TOF). Non selezionre l csell di controllo Unit mss (Q, QQQ). In Optionl softwre fetures, deselezionre l csell di controllo Peptide Sequence Editor e selezionre l csell BioConfirm Softwre. In Non-MS detectors, deselezionre le cselle UV e ADC. Contrssegnre l csell Show dvnced prmeters. Fre clic su OK. I comndi nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion vengono modificti. Se un funzione non è visiile, con ogni proilità è stt nscost nel momento in cui è stt deseleziont un csell di controllo nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion. Figur 4 Configurzione dell'interfcci utente per GC/Q-TOF 14 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

15 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm In quest ttività si pprofondiscono le funzioni di ingrndimento e di riduzione del progrmm Qulittive Anlysis. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 15

16 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 4. Ancorre un cromtogrmm Attività 4. Ancorre un cromtogrmm Attività 4. Ancorre un cromtogrmm In quest ttività viene ncorto un cromtogrmm. Qundo un cromtogrmm viene ncorto,?tle cromtogrmm rimne costntemente sul disply mentre si scorrono gli ltri cromtogrmmi d visulizzre. Pssi Istruzioni dettglite Commenti Ancorre un cromtogrmm. Visulizzre tutti i cromtogrmmi. Controllre che l'elenco di visulizzzione del cromtogrmm si impostto su 1. Nell finestr Chromtogrm Results, selezionre il secondo TIC. Ancorre questo TIC. Scorrere l elenco dei cromtogrmmi. Eliminre l'ncorggio. c d e f In Dt Nvigtor, selezionre le cselle di controllo reltive i cromtogrmmi nscosti nell'ttività precedente. Controllre che il numero mssimo di riqudri nell finestr Chromtogrm Results si impostto su 1. Nell finestr Chromtogrm Results, selezionre il secondo TIC. Fre clic con il tsto destro del mouse ll'interno del cromtogrmm, quindi selezionre Set Anchor. Utilizzndo l rr di scorrimento nell finestr Chromtogrm Results, scorrere l'elenco dei cromtogrmmi. Il secondo TIC rimne sempre visulizzto come primo cromtogrmm. Selezionre Chromtogrms > Cler Anchor. Qundo un cromtogrmm viene ncorto, ppre l'icon di un'ncor nell finestr Dt Nvigtor, finco del nome del cromtogrmm ncorto. Nonostnte l'elenco di visulizzzione ne indichi 1, nell finestr Chromtogrm Results vengono visulizzti comunque due cromtogrmmi dopo verne ncorto uno. Questo perché viene visulizzto un cromtogrmm oltre quello ncorto. È inoltre possiile fre clic con il tsto destro del mouse sul cromtogrmm e selezionre Cler Anchor dl menu di scelt rpid. Figur 5 TIC ncorto nell finestr Chromtogrm Results 16 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

17 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 5. Modificre i lyout delle finestre Attività 5. Modificre i lyout delle finestre Attività 5. Modificre il lyout delle finestre In quest ttività, le finestre vengono spostte ll'interno dell vist principle e vengono creti ltri lyout. Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Modificre il lyout delle finestre: Modificre l dimensione dell finestr. Slvre il lyout di un finestr Sloccre il lyout. Modificre l finestr Chromtogrm Results perché poss essere moile. Spostre l finestr Chromtogrm Results. Visulizzre gli strumenti per riposizionre le finestre. Per modificre l dimensione di un finestr, trscinre l line divisori tr le finestre. Per slvre il lyout di un finestr, selezionre Configurtion > Window Lyouts > Sve Lyout. Per sloccre un lyout, selezionre Configurtion > Window Lyouts > Lock Lyout. Per rendere moile un finestr, fre clic con il tsto destro del mouse sull rr del titolo e selezionre Floting dl menu di scelt rpid. Per spostre un finestr, selezionre l rr del titolo dell finestr e trscinre l finestr nell posizione desidert. Per visulizzre gli strumenti di riposizionmento, trscinre l finestr sopr un delle ltre finestre. Dopo verle sovrpposte, il progrmm visulizz diversi strumenti di lyout, come quelli nell Figur 6. Se il lyout è sloccto, non compre un segno di spunt finco del menu Lock Lyout. Gli strumenti di riposizionmento possono essere utilizzto soltnto se il lyout non è loccto. Inoltre, è possiile rendere moile un finestr fcendo doppio clic sull rr del titolo dell finestr. Il softwre dispone di diversi lyout predefiniti. Tuttvi è possiile cricrne degli ltri. Il softwre offre vri workflow, ciscuno dei quli cric un lyout diverso. Pssndo d un workflow diverso, si modific nche il lyout. Figur 6 Strumenti di riposizionmento delle finestre Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 17

18 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 5. Modificre i lyout delle finestre Attività 5. Modificre il lyout delle finestre (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 2 Riposizionre l finestr Chromtogrm Results. Spostre l finestr in lto, sinistr, destr e in sso rispetto lle ltre finestre. Spostre due finestre contempornemente in modo che sino un sopr ll'ltr e che sino disponiile dlle schede in sso. Ripristinre il lyout predefinito. Se si trscin il cursore su un delle icone più piccole, l finestr trscint srà posiziont sopr, destr, sotto o sinistr rispetto lle ltre finestre. Trscinre il cursore sull'icon più grnde. L finestr può essere posiziont sopr, destr, sotto o sinistr rispetto ll'ltr finestr nche trscinndo il cursore sugli ngoli dell'icon più grnde. Per tulre insieme due finestre, trscinre il cursore sul centro dell'icon più grnde. Verrà visulizzt un versione shdow delle due finestre tulte. Non trscinre più il mouse. Le due finestre verrnno tulte insieme. Selezionre Configurtion > Window Lyouts > Restore Defult Lyout. Il cursore si deve trovre su un delle frecce di un csell ffinché si possiile risposizionre le finestre. Selezionndo il comndo Restore Defult Lyout viene ripristinto il lyout utilizzto nel workflow Generl e nel workflow GC/Q-TOF Compound Screening. Se si st utilizzndo un ltro tipo di workflow, cricre il lyout di quel workflow. 18 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

19 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi In quest ttività, i cromtogrmmi vengono estrtti dl TIC originle epoiuniti. Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Estrrre e unire i cromtogrmmi degli ioni estrtti (EIC) dlle due msse nel file dti Pest Scn.d. I vlori m/z sono e Non unire i picchi delle singole msse in un cromtogrmm. Nell finestr Dt Nvigtor, deselezionre le cselle di controllo dei file di dti eccetto per Pest Scn.d. Aprire l finestr di dilogo Extrct Chromtogrms utilizzndo l'opzione sotto o un delle opzioni sull destr: Selezionre Chromtogrms > Extrct Chromtogrms. c In List of opened dt files, selezionre Pest Scn.d. d Nell csell di riepilogo Type, selezionre EIC. e Nel cmpo m/z vlue(s), digitre 129.0, f Se necessrio, deselezionre l csell di controllo Merge multiple msses into one chromtogrm per fondere gli EIC. g Fre clic su OK. h Impostre Mximum numer of list pnes su 3 nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. I cromtogrmmi possono essere estrtti nche in uno dei seguenti modi: Fre clic con il tsto destro del mouse ll'interno del cromtogrmm, quindi selezionre Extrct Chromtogrms. D Dt Nvigtor, evidenzire TIC Scn per sulfs_posms.d, quindi selezionre TIC Scn e fre clic su Extrct Chromtogrms. È possiile utilizzre un livello MS di Tutto o di MS. È inoltre possiile decidere che i cromtogrmmi estrtti sino utomticmente integrti dopo l'estrzione. Un cromtogrmm può inoltre essere estrtto d uno spettro di mss. Figur 7 Finestr di dilogo Extrct Chromtogrms Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 19

20 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 8 Unione dei cromtogrmmi degli ioni estrtti (EIC) confronto con il TIC originle 20 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

21 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo In quest ttività si spiegno i vri modi per integrre un cromtogrmm, modificre i prmetri di integrzione per vrire i risultti e clcolre il segnle /rumore dei picchi integrti per i dti MS/MS. Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Integrre il cromtogrmm TIC Scn per il file di dti Pest Scn.d utilizzndo un delle opzioni elencte destr. 2 Visulizzre solo due cromtogrmmi per volt. Selezionre il file di dti Pest Scn.D nell finestr Dt Nvigtor. Evidenzire il cromtogrmm TIC Scn e utilizzre uno dei seguenti comndi: Dll rr dei menu, selezionre Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Fre clic con il tsto destro del mouse in un punto qulsisi dell finestr del cromtogrmm, quindi selezionre Integrte Chromtogrm. Nell finestr Dt Nvigtor, selezionre Pest Scn.D > User Chromtogrms > TIC Scn, quindi selezionre con il tsto destro TIC SCAN e poi Integrte Chromtogrm. Selezionre 2 nell csell Mximum numer of list pnes dell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Il progrmm h in prtic integrto tutti i picchi del cromtogrmm. Selezionre l'integrzione per utilizzre i dti MS, MS/MS e GC nell finestr Method Editor. In questo cso si trtt di un cromtogrmm MS. Pertnto i vlori impostti nell sezione Integrte (MS) di Method Editor vengono utilizzti per integrre questo cromtogrmm. Integrzione di molti piccoli picchi. Figur 9 Integrzione del cromtogrmm TIC Scn con molti piccoli picchi Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 21

22 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Modificre l sogli per integrre meno picchi. Modificre l sogli per rilevre solo i tre picchi mggiori. Dll finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Integrte (MS) per visulizzre l sched Integrte (MS). Selezionre l'integrtore Agile. c Selezionre l sched Pek Filters. d In Mximum numer of peks, selezionre Limit (y height) to the lrgest, e digitre 3. Un tringolo lu compre se si modific un'impostzione rispetto l vlore slvto nel metodo corrente. Il tringolo scompre, qundo si slv il metodo. Figur 10 4 Reintegrre il cromtogrmm e Fre clic sul pulsnte nell rr degli strumenti Method Editor per integrre il cromtogrmm utilizzndo l nuov impostzione. Sched Pek Filters con csell Limit (y height) to the lrgest seleziont Notre che or vengono integrti solo i tre picchi mggiori. Il picco minuti h un'ltezz mggiore rispetto l picco minuti. Pertnto viene indicto come terzo picco. 22 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

23 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 11 Integrzione del cromtogrmm TIC Scn dopo ver limitto il numero di picchi 5 Integrre il cromtogrmm TIC MRM per il file di dti Pest - STD 200 MRM.D. Nell finestr Dt Nvigtor, selezionre TIC MRM per il file di dti Pest - STD 200 MRM.d. Utilizzre uno dei seguenti comndi per integrre i cromtogrmmi. Dll rr dei menu, selezionre Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Fre clic con il tsto destro del mouse in un punto qulsisi dell finestr del cromtogrmm, quindi selezionre Integrte Chromtogrm. Nell finestr Dt Nvigtor, selezionre con il tsto destro il cromtogrmm evidenzito e fre clic su Integrte Chromtogrm. c Pssre d 5,8 8,5 minuti. d Impostre Mximum numer of list pnes su 2. Premere il tsto Ctrl per evidenzire più di un cromtogrmm nell finestr Dt Nvigtor. Il progrmm h in prtic integrto tutti i picchi del cromtogrmm. In questo cso si trtt cromtogrmmi MS/MS. Pertnto i vlori impostti nell sezione Integrte (MS/MS) di Method Editor vengono utilizzti per integrre questo cromtogrmm. È possiile selezionre un integrtore per integrre i cromtogrmmi MS e utilizzrne un ltro per integrre i cromtogrmmi MS/MS. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 23

24 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 12 Integrzione di cromtogrmmi MRM 6 Selezionre l'integrtore MS/MS (GC). Modificre il filtro in modo che sino ccettti solo i picchi con ltezz ssolut mggiore o ugule Nell finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Integrte (MS/MS). Selezionre MS/MS (GC) come Integrtor. c Selezionre l sched Pek Filters. d In Filter on, selezionre Pek height. e In Height filters, contrssegnre l csell di controllo Asolute height. f Digitre come Asolute height. Un tringolo lu compre se si modific un'impostzione rispetto l vlore slvto nel metodo corrente. Il tringolo scompre, qundo si slv il metodo. Figur 13 Sched Pek Filters con csell Asolute height contrssegnt 24 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

25 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 7 Reintegrre il cromtogrmm g Fre clic sul pulsnte nell rr degli strumenti Method Editor. Figur 14 Notre che or vengono integrti solo i picchi mggiori. Integrzione dei cromtogrmmi TIC e EIC MS/MS con impostzione di un sogli più lt 8 Ripristinre i vlori slvti per il metodo corrente e chiudere Method Editor. 9 Eliminre tutti i cromtogrmmi eccetto quello originle. Eliminre i risultti dell'integrzione dl cromtogrmm originle. Selezionre l sezione Chromtogrm > Integrte (MS/MS) in Method Explorer. Selezionre l'icon in Method Editor. c Selezionre l sezione Chromtogrm > Integrte (MS) in Method Explorer. d Selezionre l'icon. in Method Editor. e Chiudere l finestr Method Editor. In User Chromtogrms nell finestr Dt Nvigtor, evidenzire tutti i cromtogrmmi eccetto l'originle. Selezionre con il tsto destro i cromtogrmmi evidenziti, quindi selezionre Delete. c Selezionre tutti i cromtogrmmi TIC. d Selezionre Chromtogrms > Cler Results. Il picco più sso di 5,8 minuti non è più compreso tr i risultti dell'integrzione poiché l'ltezz ssolut per questo picco è inferiore conteggi. Per nnullre le modifiche e ripristinre i vlori del metodo cricto, fre clic sull'icon Restore to lst sved vlues from file nell rr degli strumenti Method Editor. Usndo il comndo Cler Results, i cromtogrmmi non vengono eliminti. Vengono rimossi i risultti reltivi i cromtogrmmi. In questo cso vengono cncellti i vlori dell'integrzione. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 25

26 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem In quest ttività si spiegno i vri modi per integrre in modo interttivo un cromtogrmm, modificre i prmetri di integrzione per vrire i risultti e visulizzre il segnle/rumore per ciscun picco. Sono inoltre disponiili informzioni sull'ttivzione dei clcoli di idoneità del sistem. Attività 8. Integrre un cromtogrmm (MS) in modo interttivo Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Integrre il cromtogrmm MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d e Pest Scn.d utilizzndo un delle opzioni elencte destr. Contrssegnre l csell di controllo finco dei file di dti MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d nell finestr Dt Nvigtor. Contrssegnre l csell di controllo finco dei file di dti Pest Scn.d nell finestr Dt Nvigtor. c Evidenzire i due TIC. d Integrre il cromtogrmm TIC Scn per questi due file utilizzndo un delle seguenti opzioni. Dl menu principle, selezionre Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Evidenzire il cromtogrmm. Quindi, selezionre con il tsto destro il cromtogrmm, e selezionre Integrte Chromtogrm. In Dt Nvigtor, evidenzire TIC Scn per i due file di dti. Quindi, selezionre con il tsto destro il cromtogrmm, e selezionre Integrte Chromtogrm. Per il workflow Generl, l'integrzione utilizz l'integrtore Generl perché è il tipo selezionto nel metodo defult.m. Per il workflow GC/Q-TOF Compound Screening, l'integrzione utilizz l'integrtore Agile. È possiile modificre questo vlore nell sched Chromtogrm > Integrte (MS) > Integrtor. Ricordre che l'integrzione rilev picchi molti picchi mntenendo i prmetri predefiniti. 26 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

27 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem Attività 8. Integrre un cromtogrmm (MS) in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 15 Uno dei menu di scelt rpid in Dt Nvigtor e i cromtogrmmi integrti 2 Attivre i clcoli di idoneità del sistem per i cromtogrmmi MS. c d e f Dl Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Integrte (MS) per visulizzre l sched Integrtor. Selezionre l sched Suitility. Contrssegnre Enle system suitility clcultions. Selezionre United Sttes Phrmcopoei (USP). Nell csell Column void time, digitre 1. Nell csell Column lengt, digitre Un tringolo lu compre se si modific un'impostzione rispetto l vlore slvto nel metodo corrente. Il tringolo scompre, qundo si slv il metodo. Gli lgoritmi utilizzti per impostre lcune delle colonne in Pek List vrino second del tipo di frmcope selezionto. Consultre l Guid in line per ulteriori informzioni. Il tempo di vlidità e l lunghezz effettivi dell colonn per questi file di dti sono diversi rispetto questi vlori. Questi sono vlori di esempio. Figur 16 Sched Chromtogrm > Integrte (MS) Suitility Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 27

28 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem Attività 8. Integrre un cromtogrmm (MS) in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Reintegrre il cromtogrmm. Fre clic sull'icon Integrte Chromtogrm nell rr degli strumenti Method Editor per integrre il cromtogrmm utilizzndo l nuov impostzione. 4 Visulizzre i clcoli di idoneità del sistem. Aprire l finestr Integrtion Pek List. Rivedere i vlori dell finestr del rumore e clcolre il rpporto segnle/rumore per i picchi integrti. c d Selezionre View > Integrtion Pek List. Selezionre con il tsto destro l'intestzione dell finestr Peks e fre clic su Floting. Fre clic con il destro sull'intestzione di un delle colonne d visulizzre e selezionre Remove Column. Fre clic con il destro sull'intestzione di colonn e selezionre Add/Remove Columns per modificre le colonne visiili. I clcoli di idoneità del sistem vengono inclusi nell tell Integrtion Pek List. I vlori includo k, fttore di cod, pistre, pistre/m e simmetri. È inoltre possiile ttivre i clcoli di idoneità del sistem per un cromtogrmm MS, MS/MS e GC. Figur 17 Tell Integrted Peks con i vlori di idoneità del sistem 5 Ripristinre le impostzioni del metodo predefinito, quindi chiudere l finestr Method Editor e Integrtion Pek List. c d Per nnullre le modifiche e ripristinre i vlori del metodo predefinito, fre clic sull'icon Restore to lst sved vlues from file nell rr degli strumenti Method Editor. Chiudere l finestr Method Editor. Selezionre con il tsto destro il titolo dell finestr Pek List e fre clic su Floting. Selezionre View > Integrtion Pek List. Dopo ver selezionto il comndo Floting dl menu di scelt rpid un second volt, l finestr Integrtion Pek List viene ncort nell su posizione inizile. 28 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

29 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm In quest ttività viene estrtto uno spettro d un punto specifico del cromtogrmm. Il progrmm Qulittive Anlysis estre uno spettro d un punto dti specifico o estre uno spettro medio d un medi di più punti dti o intervlli. Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Scorrere un cromtogrmm per visulizzre lo ione precursore e lo ione prodotto degli ultimi picchi di Pest - STD 200 MRM.d. Ingrndire l regione tr 13 e 16 minuti. Utilizzre l'icon Wlk Chromtogrm. Rivedere gli spettri prtendo d c. 13 minuti e spostre l frecci verso destr. Selezionre il file di dti Pest MRM.D nell finestr Dt Nvigtor. Chiudere l finestr Method Editor. c Chiudere l finestr MS Spectrum Results. d Selezionre il cromtogrmm TIC MRM nell finestr Dt Nvigtor. e Fre clic sull'icon Autoscle Y-xis during Zoom nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. f Selezionre 1 come numero mssimo di riqudri elenco. g Per ingrndire lcuni picchi, fre clic con il tsto destro del mouse sopr il picco 13 minuti e trscinrlo 16, quindi rilscire. h Fre clic sull'icon Wlk Chromtogrm nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. i Spostre il cursore Wlk Chromtogrm sopr l'sse delle X 13 minuti, e fre clic. j Per pssre d spettro spettro, utilizzre i tsti frecci SINISTRA e frecci DESTRA sull tstier. Lo strumento Wlk Chromtogrm è prticolrmente utile con i dti MS/MS per identificre gli ioni precursore e prodotto. Lo spettro selezionto in ciscun punto dell finestr Chromtogrm Results viene utomticmente visulizzto nell finestr Spectrum Preview, che si pre d sé. Tlvolt vengono visulizzti nell finestr Spectrum Preview due spettri. Ad esempio, nell finestr Spectrum Preview vengono visulizzti due spettri per ciscun punto selezionto vicino l picco 13,431 minuti. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 29

30 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 18 Utilizzo di Wlk chromtogrm per visulizzre due spettri MRM per il picco 13,43 minuti 30 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

31 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti 2 Estrrre gli spettri su punti dti specifici per il picco 5,2 minuti e il picco 14,3 minuti del file di dti Pest - STD 200 MRM.d. Estrrre uno spettro dl picco o in prossimità di 5,2 minuti e uno vlle, utilizzndo un delle opzioni descritte in Commenti. Estrrre uno spettro dl picco o in prossimità di 14,3 minuti (non ncor vlle). Modificre l visulizzzione per rppresentre gli ultimi tre spettri. Fre clic sull'icon Rnge Select nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Chiudere l finestr Spectrum Preview. c Fre clic sull'icon Zoom Out nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. d Per ingrndire il picco 5,2 minuti, fre clic con il tsto destro del mouse sopr il picco 4,0 minuti e trscinrlo fino 6,0 minuti, quindi rilscire. e Su un picco in prossimità di 5,2 minuti, estrrre uno spettro in uno dei modi elencti nell colonn Commenti. f A vlle in prossimità di 5,1 minuti, estrrre lo spettro. g Fre clic sull'icon Zoom Out nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. h Ingrndire l regione tr 14 e 15 minuti. i Su un picco in prossimità di 14,3 minuti, estrrre uno spettro in uno dei modi elencti nell colonn Commenti (non estrrre ncor lo spettro vlle). j Se necessrio, selezionre 4 in Mximum numer of list pnes nell rr degli strumenti MS Spectrum Results. Durnte lo zoom, ssicurrsi che l'opzione AutoScle Y-xis si "ttiv". Se è ttiv, lo sfondo dell'icon divent rncione. I cromtogrmmi possono essere estrtti in uno dei seguenti modi: Fre doppio clic sul punto dti del cromtogrmm. Fre doppio clic sul punto dti del cromtogrmm, quindi fre clic con il tsto destro in un punto qulsisi del cromtogrmm. Selezionre Extrct MS Spectrum. Verrà visulizzt l finestr di dilogo Extrct Spectrum. Verificre che si selezionto il file Pest - STD 200 MRM.d, quindi fre clic su Extrct nell finestr di dilogo Extrct Spectrum. Not: qundo si estre uno spettro, nell finestr MS Spectrum Results viene visulizzto lo spettro. Il tipo dello spettro e il tempo di ritenzione compiono ll voce User Spectr. Tutti gli spettri estrtti successivmente vengono visulizzti negli stessi punti. Qundo si estre uno spettro MS dl picco in prossimità di 14,3 minuti, vengono estrtti due spettri, poiché su quel picco hnno luogo due trnsizioni. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 31

32 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 19 Finestr principle con i due spettri MRM dl picco 5,2 minuti e i due spettri MRM dl picco 14,3 minuti 3 Estrrre uno spettro MS dll vlle 14,35 minuti del file di dti Pest - STD 200 MRM.d. Attivre Spectrum Preview. Estrrre uno spettro dll vlle 14,3 minuti di RT. Copire questo spettro nell crtell User Spectr. Modificre l visulizzzione per rppresentre 6 spettri. Disttivre Spectrum Preview. c d e Selezionre l'icon Spectrum Preview. A vlle in prossimità di 14,3 minuti, estrrre uno spettro. Selezionre con il tsto destro del mouse lo spettro nell finestr Spectrum Preview, quindi fre clic su Copy to User Spectr. Gli spettri vengono copiti nell sezione User Spectr in Dt Nvigtor e visulizzti nell finestr MS Spectrum Results. Selezionre l frecci in giù vicino l riqudro degli spettri, e selezionre 6. Chiudere l finestr Spectrum Preview. Se l finestr Spectrum Preview è ttiv, il sistem visulizz tutti gli spettri selezionti mnulmente nell finestr Spectrum Preview e non nell sezione User Spectr di Dt Nvigtor. Con Spectrum Preview ttivt, il progrmm Qulittive Anlysis sovrscrive lo spettro precedente dopo ver estrtto quello nuovo. L modlità Spectrum Preview è utile per rivedere velocemente gli spettri nel cromtogrmm e slvrne solo lcuni. 32 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

33 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 20 Finester Chromtogrm Results e MS Spectrum Results 4 Estrrre uno spettro medio di tutti i punti entro un intervllo specifico per il picco 14,3 minuti per il file di dti Pest - STD 200 MRM.d : Ridurre. Utilizzre l'icon Rnge Select nell rr degli strumenti Chromtogrm. Impostre l'intervllo sull'intero picco. Estrrre lo spettro, utilizzndo un delle opzioni elencte. c d Fre clic sull'icon Rnge Select sull rr degli strumenti Chromtogrm Results. Fre clic sul lto sinistro dell se del picco 14,3 minuti e trscinre l se del picco verso destr. Estrrre lo spettro medio utilizzndo un delle opzioni destr. Selezionre 2 in Mximum numer of list pnes nell finestr MS Spectrum Results. È possiile estrrre uno spettro medio fcendo doppio clic sull'intervllo selezionto nel cromtogrmm. Oppure, fre clic con il tsto destro su un punto qulsisi del cromtogrmm, quindi selezionre Extrct MS Spectrum dl menu di scelt rpid. Not: vengono visulizzti due spettri MRM medi. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 33

34 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 21 Finestre Chromtogrm Results e MS Spectrum Results con due spettri medi 5 Estrrre gli spettri con medi degli intervlli dei picchi 5,2 minuti e 14,3 minut per il file di dti Pest - STD 200 MRM.d. Suggerimento: utilizzre l'icon Rnge Select e il tsto Ctrl per selezionre l'intervllo del Picco 1 rilevto dl punto metà. Estrrre lo spettro utilizzndo un delle opzioni destr. Fre clic sull'icon Zoom Out nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Premere il tsto Ctrl. c Fre clic sul lto sinistro dell se del picco 5,2 minuti e trscinre verso l destr del picco, quindi rilscire il mouse. d Rilscire il tsto Ctrl. e Estrrre gli spettri medi utilizzndo quest opzione o un destr: Fre doppio clic ll'interno dell'intervllo selezionto in uno dei due picchi. Ricordre che per il secondo picco è già stto selezionto un intervllo nel Psso 4. Per estrrre uno spettro, è possiile nche fre clic con il tsto destro in un punto qulsisi del cromtogrmm e selezionre Extrct MS Spectrum. Si pre l finestr di dilogo Extrct Spectrum. Selezionre Extrct. 34 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

35 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti Il primo spettro present trnsizioni di due intervlli temporli. Il secondo spettro h solo un intervllo temporle poiché l trnsizione > ** non esiste nel picco 5,2 minuti. Figur 22 Due spettri medi d due diversi intervlli nel cromtogrmm Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 35

36 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti 6 Sottrrre uno spettro di fondo ogni qul volt si estre uno spettro del picco di Pest - STD 200 MRM.d. Eliminre tutte le scnsioni ll voce User Spectr in Dt Nvigtor. Estrrre uno spettro di fondo che si l medi di uno spettro ll'inizio del picco e uno spettro ll fine del picco. Estrrre uno spettro del picco di picchi integrti. c d e f g h i Fre clic sull rig User Spectr in Dt Nvigtor. Fre clic con il tsto destro sull rig User Spectr, e selezionre Delete. Fre clic su Yes. In Method Explorer, selezionre Spectrum > Extrct (MS/MS). Fre clic sull sched Pek Spectrum Extrction (MS/MS), se non è visiile. Nell finestr Pek spectrum ckground MS/MS, selezionre Averge of spectr t pek strt nd end. Nell rr degli strumenti Chromtogrm Results, selezionre l'icon Pek Select. Selezionre il comndo Chromtogrms > Integrte. Selezionre il picco 5,206 minuti. Fre clic con il tsto destro e selezionre Extrct Pek Spectrum dl menu di scelt rpid. All fine del processo, tutti gli spettri del picco estrtti viene utomticmente sottrtto il rispettivo spettro di fondo. 36 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

37 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 23 Spettri del picco con spettro di fondo sottrtto Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 37

38 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm Pssi Istruzioni dettglite Commenti 7 Integrre ed estrrre gli spettri del picco dl file di dti Pest - STD 200 MRM.d. Selezionre il cromtogrmm TIC MRM nell finestr Dt Nvigtor. Selezionre Chromtogrms > Integrte e Extrct Pek Spectr. Gli spettri del picco estrtti mnulmente nel psso precedente vengono eliminti utomticmente. Per impostzione predefinit, diftti, l csell di controllo Cler previous pek spectr è seleziont nell sched Chromtogrms > Integrte (MS/MS) > Results. Figur 24 Integrzione ed estrzione degli spettri del picco 8 Rimuovere i risultti dell'integrzione e gli spettri del picco. Selezionre il file di dti Pest - Std 200 MRM.d. Selezionre Chromtogrms > Cler Results> Include Pek Spectr. Oppure selezionre Chromtogrms > Cler Results > Only Chromtogrms se non si intende eliminre gli spettri del picco. 38 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

39 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 10. Aggiungere nnotzioni Attività 10. Aggiungere nnotzioni Alle seguenti finestre grfiche è possiile ggiungere un'immgine o un testo: Finestr Chromtogrm Results Finestr MS Spectrum Results Le nnotzioni vengono slvte insieme i risultti del file di dti. Attività 10. Aggiungere nnotzioni Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Nscondere gli ltri cromtogrmmi. Contrssegnre l csell di controllo finco di MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D nell finestr Dt Nvigtor. Selezionre Edit > Show > Only Highlighted. I cromtogrmmi degli ltri file di dti vengono utomticmente nscosti. 2 Scegliere il punto in cui ggiungere un testo ll'interno del cromtogrmm. c Nell finestr Chromtogrm Results, selezionre lo strumento Annottion ( ) nell rr degli strumenti. Spostre il cursore nel punto del riqudro del cromtogrmm in cui si vuole ggiungere l'nnotzione. Con il tsto destro del mouse selezionre Add Text Annottion. Il cursore si trsform in un mirino. Utilizzre il cursore per selezionre il punto estto in cui ggiungere l'nnotzione. Nell finestr Chromtogrm Results, è disponiile l rr degli strumenti Annnotte. È possiile ggiungere delle nnotzioni nche ll finestr MS Spectrum Results. 3 Aggiungere il testo dell'nnotzione dell finestr di dilogo Add/Edit Text Annottion c d e f Digitre Text per l'nnotzione. Selezionre Text color. Selezionre Orienttion. Selezionre Font style e Font size. Fre clic su Anchored o Floting. Se si sceglie Anchored, selezionre le opzioni del punttore del testo. Se si selezion Floting, è possiile modificre l posizione. È più semplice modificre l posizione in modo interttivo ll'interno dell finestr grfic. Fre clic su OK. È possiile ggiungere d un cromtogrmm o uno spettro più di un'nnotzione. Utilizzre le icone nell rr degli strumenti Annotte per selezionre tutte le nnotzione, eliminrle o modificrle. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 39

40 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 10. Aggiungere nnotzioni Attività 10. Aggiungere nnotzioni (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti L rr degli strumenti Annotte è disponiile solo se è si selezion lo strumento Annotte. Figur 25 Finestr di dilogo Add/Edit Text Annottion e finestr Chromtogrm Results 4 Scegliere il punto in cui ggiungere un'immgine ll'interno del cromtogrmm. Spostre il cursore nel punto del riqudro del cromtogrmm in cui si vuole ggiungere l'nnotzione. Con il tsto destro del mouse selezionre Add Imge Annottion. È possiile ggiungere un file immgine nel formto JPG o MOL. 40 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

41 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 10. Aggiungere nnotzioni Attività 10. Aggiungere nnotzioni (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 5 Aggiungere il testo dell'nnotzione dell finestr di dilogo Add/Edit Text Annottion Digitre Text per l'nnotzione. Nel cmpo Scle width digitre 50. c Contrssegnre l csell Lock spect rtio. d Fre clic su Floting. L posizione dell'immgine può essere modifict. È più semplice modificre l posizione in modo interttivo ll'interno dell finestr grfic. e Fre clic su OK. f Spostre l'immgine più in lto, nell'ngolo destro del cromtogrmm. Il file Agilent_Logo.tif si trov nell crtell \\MssHunter\Report Templtes\Qul\B.05.00\en-US\ Letter. È necessrio per convertire in un file JPG. È possiile ggiungere d un cromtogrmm o uno spettro più di un'nnotzione. Figur 26 Finestr di dilogo Add/Edit Imge Annottion e finestr Chromtogrm Results 6 Ingrndire il primo picco. Ingrndire l're che circond il primo picco 5,5 minuti. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 41

42 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 10. Aggiungere nnotzioni Attività 10. Aggiungere nnotzioni (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Se un'nnotzione è ncort, rimne nell posizione in cui è stt ncort. Se si ingrndisce un ltro picco, l'nnotzione ncort potree non essere visiile. Se un'nnotzione è moile, viene sempre visulizzt nell stess posizione, nell'ngolo in lto sinistr dell finestr. Figur 27 Finestr di dilogo Add/Edit Imge Annottion e finestr Chromtogrm Results 7 Tornre llo strumento Rnge Select nell finestr Chromtogrm Results. Innnzitutto eliminre l'nnotzione. Fre clic sull'icon per rimuovere tutte le nnotzioni. Fre clic sull'icon (Rnge Select) nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Per slvre le nnotzioni insieme i risultti dei file di dti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin64. È possiile scegliere tr cinque diversi strumenti nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Consultre l Guid in line per ulteriori informzioni. I cinque strumenti disponiili sono: Rnge Select Pek Select Mnul Integrtion Wlk Chromtogrm Annottion Mouse 42 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

43 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss Un cliro misur l differenz tr due punti in uno spettro. È possiile ggiungere un cliro ll finestr MS Spectrum Results. I cliri vengono slvti insieme i risultti del file di dti. Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Integrre ed estrrre lo spettro del picco d MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Contrssegnre l csell di controllo finco di MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D nell finestr Dt Nvigtor. Selezionre Edit > Show > Only Highlighted. c Selezionre Chromtogrms > Integrte e Extrct Pek Spectr. d Chiudere l finestr Method Editor. 2 Aggiungere il cliro llo spettro del picco creto nell'ttività precedente. c d e Nell finestr MS Spectrum Results, selezionre lo strumento Delt Mss Cliper ( ) nell rr degli strumenti. (opzionle) Selezionre Profile Point to Point per scegliere il tipo di cliro nell rr degli strumenti Cliper. Ingrndire tr 66 e 132 m/z. Spostre il cursore nel punto del riqudro dello spettro in cui si vuole ggiungere il cliro. Spostre il cursore ll fine del cliro ll'interno dello spettro. Mn mno che si trscin il cursore, il vlore dell mss del delt cmi. Il cliro viene ggiunto nel momento in cui si rilsci il mouse. Il cursore si trsform in un frecci. Utilizzre questo cursore per selezionre il punto di inizio e di fine del cliro. Non è possiile selezionr e il tipo di cliro se lo spettro si trov nel ricentro, poiché l'opzione Profile Point to Point non vree effetto su questo tipo di dti. Il cursore form di "tringolo" compre sul punto più lto del picco selezionto. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 43

44 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Modificre il cliro per utilizzre un colore diverso. c d e f Selezionre il cliro creto nel psso precedente. Fre clic sul pulsnte Cliper Properties ( ) nell rr degli strumenti MS Spectrum Results Cliper. (opzionle) Digitre i vlori Strt X e Strt Y. Selezionre Text color. Selezionre Font style e Font size. Fre clic su OK. Ad uno spettro è possiile ggiungere più di un cliro. Utilizzre le icone nell rr degli strumenti Cliper per selezionre tutti i cliri, eliminrli o modificrli. Figur 28 Finestr di dilogo Delt Mss Cliper Settings e finestr MS Spectrum Results window 4 Eliminre i risultti dell'integrzione e gli spettri. Selezionre Chromtogrms > Cler Results > Include Pek Spectr. Fre clic sullo strumento Rnge Select. Per slvre i cliri insieme i risultti dei file di dti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

45 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv 2 Ricerc e identificzione Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic 46 Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry 50 Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) 53 Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione 56 Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco 59 Attività 17. Slvre i risultti 64 In queste ttività, vengono ricercti e identificti i composti nel file di dti GC/MS. Ciscun esercizio è rissunto in un tell di tre colonne: Pssi Seguire tli istruzioni generli per procedere d soli e scoprire il progrmm. Istruzioni dettglite Seguire queste istruzioni in cso di duio o se si preferisce procedere grdtmente ll conoscenz del progrmm. Commenti Consigli e informzioni ggiuntive su ciscun psso dell'esercitzione. 45

46 2 Ricerc e identificzione Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic L'lgoritmo FindCompounds identific i composti nei dti GC/MS e cre uno spettro MS pulito per ciscun composto. Si trtt di un modo semplice per scvre fondo nei dti complessi. È possiile utilizzre solo l'lgoritmo Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution su dti cmpione GC/MS cquisiti con l modlità di scnsione Scn, Product Ion scn o Neutrl Loss. Quest ttività mostr come cercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic con dti di mss precisi. È inoltre possiile cercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic con dti di mss unitri dopo ver modificto l finestr di estrzione. Attività 12. Ricercre i composti medinte Chromtogrm Deconvolution (GC/MS) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il TIC per il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. c Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon MssHunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d nell crtell del file di dti d'esempio GC. Non contrssegnre l csell di controllo Lod result dt e selezionre Open. L'lgoritmo Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution funzion si con i file di dti GC/QQQ che GC/Q-TOF. Figur 29 Cromtogrmm TIC d Pest Scn.d 2 Configurre l'interfcci utente per utilizzre i dti GC. Seguire le istruzioni in Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS pgin12. Per questi esempi, cricre il workflow GC/Q-TOF Compound Screening. 46 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

47 Ricerc e identificzione 2 Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic Attività 12. Ricercre i composti medinte Chromtogrm Deconvolution (GC/MS) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 3 Ricercre i composti utilizzndo l'lgoritmo di deconvoluzione cromtogrfic. Selezionre l'integrtore Agile. Inserire un sogli SNR di 20. Inserire 100 ppm in Left m/z delt e Right m/z delt. c d Nell finestr Method Explorer, selezionre Find Compounds > Find y Chromtogrm Deconvolution. Nell sched Settings, ll voce Pek, digitre 20 come SNR threshold. Selezionre PPM come m/z delt units. Inserire 100 come Left m/z delt, 100 come Right m/z delt. L sezione Find y Chromtogrm Deconvolution è disponiile nche nell sezione GC/Q-TOF Compound Screening. In cso di dti di mss unitri, inserire 0,3 AMU come Left m/z delt e 0,7 AMU come Right m/z delt. È possiile estrrre tutti i risultti completi di un composto trovto selezionndo le voci di menu Compounds > Extrct Complete Result Set dopo ver evidenzito il composto. Figur 30 Sched Settings nell sezione Find y Chromtogrm Deconvolution Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 47

48 2 Ricerc e identificzione Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic Attività 12. Ricercre i composti medinte Chromtogrm Deconvolution (GC/MS) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Selezionre per estrrre gli spettri EIC, MS e MS/MS. e f Selezionre l sched Results. Selezionre le cselle di controllo Extrct EIC, Extrct ECC, Extrct clened spectrum e Extrct rw spectrum. g Fre clic su per eseguire l'lgoritmo Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution sul file di dti. h Se necessrio, selezionre il comndo View > Compound List. Con queste condizioni, il progrmm Qulittive Anlysis trov 4 composti. Se il file di dti non è indicizzto, l'esecuzione dell'lgoritmo potree essere lung. 4 Esminre i composti. Vedere Figur 31 pgin 49. c d Selezionre 2 nell csell Mximum numer of list pnes dell rr degli strumenti MS Spectrum Results. Fre clic sull'icon Hide Empty Columns nell finestr Compound List. Selezionre il primo composto nell finestr Dt Nvigtor. Se l finestr Dt Nvigtor è seleziont, utilizzre i tsti frecci per pssre d un composto ll'ltro. È utile visulizzre entrmi gli spettri perché in questo modo è possiile ccedere tutte le informzioni sul singolo composto. Notre che vengono visulizzti si lo spettro pulito che quello grezzo. 48 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

49 Ricerc e identificzione 2 Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic Attività 12. Ricercre i composti medinte Chromtogrm Deconvolution (GC/MS) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 31 Risultti di Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 49

50 2 Ricerc e identificzione Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry In quest ttività si identificno e generno le formule per i composti trovti in Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic pgin 46. È possiile eseguire quest ttività se è stt cquistt l lireri NIST08.l o se si utilizz l lireri demo.l. Se si possiedono le due lirerie, è possiile selezionrle entrme. Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Utilizzre un lireri per ricercre tutti i composti nel file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. c d e f g Evidenzire i composti del file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D nell finestr Dt Nvigtor. Nell finestr Method Explorer, selezionre Identify Compounds > Serch Unit Mss Lirry. Nell sched Settings, fre clic sul pulsnte Add Lirry. Selezionre l lireri demo.l e fre clic sul pulsnte OK. (opzionle) Nell sched Settings, fre clic sul pulsnte Add Lirry. Selezionre l lireri NIST08.l e fre clic sul pulsnte OK. Selezionre l sched Serch Results. (opzionle) Selezionre Stop When Found per Multi-Lirry serch type. Fre clic su Identify > Serch Lirry for Compounds dl menu principle. Oppure, selezionre l'icon Serch Lirry for Compounds icon per eseguire l'lgoritmo. h Selezionre View > Difference Results. i Selezionre View > Structure Viewer. j Selezionre View > Compound Identifiction Results se necessrio, per visulizzre l finestr. k Se necessrio, selezionre l sched per l finestr Compound Identifiction Results. Quest finestr è un sched dell finestr Chromtogrm Results. È possiile nche fre clic su GC/Q-TOF Compound Screening > Identify y Lirry Serch in Method Explorer. Si pre l stess sezione dell finestr Method Editor. Le lirerie Demo.l e Nist08 devono essere instllte nell crtell \ MssHunter\Lirry. Molti dei composti vengono identificti eseguendo l ricerc con l lireri NIST08.l. Se non si dispone dell lireri NIST08.l, selezionrne un'ltr se disponiile. Se sono stte scelte due o più lirerie e si selezion Stop When Found, l'lgoritmo di ricerc esegue l ricerc nell prim lireri dell'elenco. Se il composto viene identificto, l ricerc si rrest. Se il composto non viene identificto, l ricerc prosegue nell lireri successiv fino ll'identificzione del composto e termin nell'ultim lireri. Utilizzre il progrmm Lirry Editor per modificre le lirerie che si utilizzno con l'lgoritmo Serch Unit Mss Lirry. Questo progrmm viene instllto insieme l progrmm Agilent MssHunter Quntittive Anlysis. Fre clic sull'icon per vvire il progrmm. 50 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

51 Ricerc e identificzione 2 Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 2 Visulizzre le colonne Spectrl Lirry Results nell finestr Compound List e nell finestr Compound Identifiction Results. Fre clic sul pulsnte Show Lirry Serch Columns ( ) nell rr degli strumenti Compound List e nell rr degli strumenti Compound Identifiction Results. Fre clic sul pulsnte Hide Empty Columns ( ) nell rr degli strumenti Compound List e nell finestr Compound Identifiction Results. Figur 32 Composti nel file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D e risultti dell ricerc nell lireri 3 Pssre Compound Detils View per rivedere i composti. Selezionre nell rr degli strumenti principle. Chiudere l finestr Compound Frgment Spectrum Results. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 51

52 2 Ricerc e identificzione Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 4 Rivedere i risultti in Compound Detils View. Fre clic sull'icon Overlid nell finestr Compound Chromtogrm Results. Espndere i risultti nell finestr Compound Identifiction Results. Nell Guid in line sono disponiili ltre informzioni su Compound Detils View. Compound Detils View è molto utile per rivedere i risultti ottenuti medinte l'lgoritmo Find y Formul con un file di dti cquisito in modlità All Ions. Figur 33 Compound Detils View e composti nel file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D 5 Tornre Nvigtor View. Premere il pulsnte nell rr degli strumenti principle. 6 Chiudere il file di dti. Selezionre File > Close Dt File. Fre clic su No. Per slvre questi risultti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

53 Ricerc e identificzione 2 Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) L'lgoritmo Find Compounds y MRM identific i composti nei dti MRM di un triplo qudrupolo. L'lgoritmo ricerc i composti utilizzndo le trnsizioni MRM. Tutte i composti nel metodo di cquisizione vengono estrtti e visulizzti in Compound List. I composti non vengono eliminti sull se dei risultti di integrzione del cromtogrmm. È possiile utilizzre l'lgoritmo Find Compounds y MRM soltnto su dti cquisiti medinte trnsizioni MRM. L'lgoritmo MRM utilizz le informzioni trovte nel file di dti se il file di dti è un file MRM. Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il TIC per il file di dti Pest - STD 200 MRM.d. c Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti Pest - STD 200 MRM.d nell crtell di file d'esempio GC. Non contrssegnre l csell di controllo Lod result dt e selezionre Open. Utilizzre il workflow Generl qundo si lvor con dti GC/QQQ. Se si lvor con i dti GC/Q-TOF è invece possiile utilizzre il workflow Generl o GC/Q-TOF Compound Screening. Figur 34 Cromtogrmm TIC d Pest - STD 200 MRM.d 2 Configurre l'interfcci utente per utilizzre i dti GC. Seguire le istruzioni in Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS pgin12. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 53

54 2 Ricerc e identificzione Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 3 Ricercre i composti utilizzndo l'lgoritmo MRM. c d Nell finestr Method Explorer, selezionre Find Compounds > Find y MRM. Premere il pulsnte Group trnsitions y compound nme. Selezionre l sched Integrtor. Selezionre l'integrtore Agile. È possiile scegliere l regione del cromtogrmm su cui eseguire l ricerc dei composti. È possiile estrrre tutti i risultti completi di un composto trovto selezionndo le voci di menu Compounds > Extrct Complete Result Set dopo ver evidenzito il composto. Figur 35 Sched Integrtor nell sezione Find y MRM di Method Editor 4 Esminre i composti. Vedere Figur 36 pgin 55. e Fre clic su per eseguire l'lgoritmo Find Compounds y MRM sul file di dti. f Se necessrio, selezionre il comndo View > Compound List. g Se necessrio, selezionre il comndo View > Compound Identifiction Results. c d Selezionre 2 nell csell Mximum numer of list pnes dell rr degli strumenti MS Spectrum Results. Fre clic sull'icon Automticlly Show Columns nell finestr Compound List e nell finestr Compound Identifiction Results. Selezionre il primo composto nell finestr Dt Nvigtor. Se l finestr Dt Nvigtor è seleziont, utilizzre i tsti frecci per pssre d un composto ll'ltro. Con queste condizioni, il progrmm Qulittive Anlysis trov 28 composti. Lo ione precursore è visulizzto nell colonn Precursor (Acq Method) e lo ione prodotto nell colonn Product (Acq Method) dell finestr Compound Identifiction Results. 54 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

55 Ricerc e identificzione 2 Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 36 Risultti dell'lgoritmo Find y MRM 5 Chiudere il file di dti. Selezionre File > Close Dt File. Fre clic su Close. Per slvre questi risultti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin64. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 55

56 2 Ricerc e identificzione Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione L'lgoritmo Find Compounds y Integrtion identific i composti sull se dei risultti dell'integrzione. Per ogni picco identificto dll'integrtore, viene creto un composto. Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il TIC per il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.D. c Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti Pest - STD 200 MRM.d nell crtell di file d'esempio GC. Non contrssegnre l csell di controllo Lod result dt e selezionre Open. Utilizzre il workflow Generl qundo si lvor con dti GC/QQQ. Se si lvor con i dti GC/Q-TOF è invece possiile utilizzre il workflow Generl o GC/Q-TOF Compound Screening. Figur 37 Cromtogrmm TIC d MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d 2 Configurre l'interfcci utente per utilizzre i dti GC. Seguire le istruzioni in Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS pgin12. 3 Ricercre i composti utilizzndo l'lgoritmo dell'integrzione. Nell finestr Method Explorer, selezionre Find Compounds > Find y Integrtion. Selezionre l'integrtore MS/MS (GC). È possiile scegliere l regione del cromtogrmm su cui eseguire l ricerc dei composti. È possiile estrrre tutti i risultti completi di un composto trovto selezionndo le voci di menu Compounds > Extrct Complete Result Set dopo ver evidenzito il composto. 56 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

57 Ricerc e identificzione 2 Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 38 Sched Integrtor nell sezione Find y Integrtion di Method Editor c Fre clic su per eseguire l'lgoritmo Find Compounds y Integrtionsul file di dti. d Se necessrio, selezionre il comndo View > Compound List. Con queste condizioni, il progrmm Qulittive Anlysis trov 6 composti. 4 Esminre i composti. Vedere Figur 36 pgin 55. c d Selezionre 2 nell csell Mximum numer of list pnes dell rr degli strumenti MS Spectrum Results. Fre clic sull'icon Automticlly Show Columns nell finestr Compound List. Selezionre il primo composto nell finestr Dt Nvigtor. Se l finestr Dt Nvigtor è seleziont, utilizzre i tsti frecci per pssre d un composto ll'ltro. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 57

58 2 Ricerc e identificzione Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 39 Risultti dell'lgoritmo Find y Integrtion 5 Chiudere il file di dti. Selezionre File > Close Dt File. Fre clic su Close. Per slvre questi risultti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

59 Ricerc e identificzione 2 Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco In quest ttività vengono innnzitutto integrti ed estrtti gli spettri del picco dl file di dti GC/Q-TOF. Dopo di ché è possiile generre delle formule per ciscun spettro del picco. Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il TIC per il file di dti MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. c Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d nell crtell del file di dti d'esempio GC. Non contrssegnre l csell di controllo Lod result dt e selezionre Open. Se l csell Lod result dt non è disponiile, i risultti non sono stti slvti nel file di dti. Vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin 64 per le istruzioni sul slvtggio dei risultti. 2 Integrre ed estrrre gli spettri del picco. Selezionre l sezione Chromtogrms > Integrte (MS) nell finestr Method Explorer. Selezionre l sched Pek Filters. Premere il pulsnte Pek height. Contrssegnre l csell di controllo c d Reltive height. e Selezionre l csell Limit (y height) to the lrgest e digitre 4. f Selezionre Chromtogrms > Integrte e Extrct Pek Spectr. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 59

60 2 Ricerc e identificzione Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 3 Generre le formule per ciscun spettro del picco. Visulizzre Spectrum Identifiction Results List. Chiudere l finestr MS Spectrum Results. Suggerimento: Per ottenere gli stessi risultti dell Figur 41, controllre di ver selezionto Common orgnic molecules come Isotope model. c Nell finestr Method Explorer, selezionre Identify Compounds > Generte Formuls. Nell finestr Method Editor, selezionre l sched Chrge Stte e scegliere Common orgnic molecules come Isotope model. Nell finestr Dt Nvigtor, evidenzire tutti gli spettri nell sezione User Spectr. d Selezionre il comndo Identify > Generte Formuls from Spectrum Peks o premere il pulsnte Generte Formuls from Spectrum Peks per eseguire l'lgoritmo. e f Se necessrio, fre clic sull'icon Spectrum Identifiction Results selezionre il comndo View > Spectrum Identifiction Results. Nell finestr Spectrum Identifiction Results, premere il pulsnte Automticlly Show Columns nell rr degli strumenti., o g Fre clic sull'icon Hide Empty Columns nell finestr Spectrum Identifiction Results. h Selezionre C6 H13 come risultto Best. i Espndere l tell per quell rig. j Chiudere l finestr Method Editor. k Rivedere le formule e le specie di ioni visulizzte sopr molti picchi nell finestr MS Spectrum Results. Tutte le formule e le specie di ioni sono dello stesso colore dello spettro. È possiile visulizzre i rpporti di ondnz isotopic previsti sul grfico dello spettro ingrndendo il vlore m/z corrispondente. Consultre il Guid in line per ulteriori informzioni. L'icon Run nell rr degli strumenti Method Editor consente tlvolt di selezionre un'zione d un serie possiile. Ad esempio, fcendo clic sull'icon Run in quest sezione, le zioni possiili sono due. Fre clic sull frecci per visulizzre le zioni possiili e scegliere quell desidert. Selezionndo un'zione divers si modific l'zione predefinit. Premere semplicemente il pulsnte Run per eseguire l'zione predefinit. L lrghezz di un colonn può essere modifict trscinndo l line che l sepr dlle colonne finco. È possiile spostre un colonn trscinndone l testt. Un colonn può essere elimint selezionndo Remove column dl menu di scelt rpid dell tell. 60 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

61 Ricerc e identificzione 2 Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 40 Risultti di Generte Formul per picchi d Eseguire un ricerc nell lireri per gli spettri dei picchi d 1 4 c d e Nell finestr Dt Nvigtor, fre clic su User Spectr. Nell finestr Method Explorer, selezionre Identify Compounds > Serch Unit Mss Lirry. Controllre che l lireri seleziont si vlid. Fre clic su Identify > Serch Lirry for Spectr dl menu principle. Chiudere l finestr Method Editor. L finestr Method Editor si pre utomticmente selezionndo un sezione in Method Explorer. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 61

62 2 Ricerc e identificzione Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 5 Modificre le colonne visulizzte. Selezionre con il tsto destro l finestr Spectrum Identifiction Results e fre clic su Add/Remove Columns. Nell finestr di dilogo (Enhnced) Add/Remove Columns, contrssegnre le colonne d visulizzre. Fre clic su OK. Chiudere l finestr Method Editor. c Fre clic sull'icon Hide Empty Columns nell finestr Spectrum Identifiction Results. d Rivedere le formule e le specie di ioni visulizzte sopr ciscun picco nell finestr MS Spectrum Results. Se si utilizz il comndo Remove Column e si rimuove un colonn che contiene dti, il softwre rivisulizz utomticmente quest colonn se è ttiv l funzione Automticlly Show Columns. L'lgoritmo LiSerch è prioritrio nell sezione Comine Identifiction Results del metodo. È possiile scegliere mnulmente il risultto MFG migliore o modificre il sistem di cominzione dei risultti dell'identificzione. Figur 41 Risultti di Lirry Serch e Generte Formuls per gli spettri dei primi picchi 62 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

63 Ricerc e identificzione 2 Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 6 Rivedere i risultti di ciscun spettro nell finestr MS Peks One. c d e Selezionre View >MS Spectrum Pek List 1. Selezionre con il tsto destro Add/Remove Columns. Controllre che le colonne in Figur 42 si nell'elenco Show these columns. Clssificre selezionndo l colonn Ion Type. Se il tipo di ione e uno ione frmmentto, le formule e le specie di ioni visulizzte sono indicte in vede su ciscun picco nell finestr MS Spectrum Results. Gli ioni frmmentti sono indicti in verde nell finestr MS Spectrum Results. Le opzioni per Ion Type sono Moleculr Ion, Frgment Ion o nessuno. Scegliendo l'opzione Frgment Ion, l colonn Loss Formul nd Loss Mss contiene l formul e l mss che necessrie per ottenere questo ione dllo ione molecolre. In Formul & Ion Species sono indicte le formule e le specie di ioni per questo tipo di ione. Figur 42 Tell MS Peks One con le colonne Ion Type, Loss Formul, Loss Mss, e Formul & Ion Species 7 (opzionle) Chiudere il file di dti. Pssre ll'ttività successiv per informzioni sull procedur di slvtggio dei risultti. Selezionre File > Close Dt File. Fre clic su Close. Per slvre questi risultti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin64. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 63

64 2 Ricerc e identificzione Attività 17. Slvre i risultti Attività 17. Slvre i risultti In quest ttività, vengono slvti i risultti del file di dti corrente. Attività 17. Slvre i risultti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Slvre i risultti del file di dti corrente e chiudere il file di dti. Selezionre File > Sve Results. Selezionre File > Close Dt File. Per un file di dti è possiile slvre un sol serie di risultti. Se sono già stti slvti dei risultti per questo file di dti, tli risultti srnno sovrscritti nel momento in cui si selezion File > Sve Results. 2 Aprire il file di dti e cricre i risultti. c d Selezionre File > Open Dt File. Si pre l finestr di dilogo Open Dt File. Scegliere un file di dti. Selezionre d esempio il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Contrssegnre l csell di controllo Lod result dt. Fre clic sul pulsnte Open. 64 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

65 Ricerc e identificzione 2 Attività 17. Slvre i risultti Attività 17. Slvre i risultti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Csell di controllo Lod result contrssegnt. Figur 43 Finestr di dilogo Open Dt File 3 Esminre i risultti. Selezionre l finestr Spectrum Identifiction Results. Rivedere i risultti. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 65

66 2 Ricerc e identificzione Attività 17. Slvre i risultti Attività 17. Slvre i risultti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 44 Risultti di Lirry Serch e Generte Formuls per gli spettri dei primi picchi 4 Chiudere il file di dti. Selezionre File > Close Dt File. Fre clic su Close. 5 Riprire il file di dti e non cricre i risultti. c d Selezionre File > Open. Si pre l finestr di dilogo Open Dt File. Scegliere un file di dti. Selezionre d esempio il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. Deselezionre l csell di controllo Lod result dt. Fre clic sul pulsnte Open. Se i risultti non vengono cricti, per impostzione predefinit il progrmm pre un TIC ll'pertur di un file di dti. Se si contrssegn l csell di controllo Run File Open ctions from selected method, vengono eseguite le zioni di File Open. Consultre il Guid in line per ulteriori informzioni. 66 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

67 Ricerc e identificzione 2 Attività 17. Slvre i risultti Attività 17. Slvre i risultti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti Figur 45 Risultti di Lirry Serch e Generte Formuls per gli spettri dei primi picchi 6 Chiudere il file di dti. Selezionre File > Close Dt File. Fre clic su Close. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 67

68 2 Ricerc e identificzione Attività 17. Slvre i risultti 68 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

69 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl 70 Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening 75 Attività 20. Esportre un file CEF 79 Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi 80 Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti 84 In quest ttività viene spiegto come impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv. All'pertur del file di dti, vengono eseguite le zioni ll'interno del metodo utomtico. Per questi esempi vengono utilizzti due diversi workflow. Per ulteriori informzioni vedere Workflow pgin97. Il workflow Generl support i dti GC/QQQ, GC/Q-TOF e LC/MS. Il workflow GC/Q-TOF Compound Screening support i dti GC/Q-TOF. Ciscun esercizio è rissunto in un tell di tre colonne: Pssi - Seguire tli istruzioni generli per procedere d soli e scoprire il progrmm. Istruzioni dettglite - Seguire queste istruzioni in cso di duio o se si preferisce procedere grdtmente ll conoscenz del progrmm. Commenti Consigli e informzioni ggiuntive su ciscun psso dell'esercitzione. 69

70 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Se si utilizz il progrmm Qulittive Anlysis per l prim volt, viene cricto il metodo defult.m. È possiile pportre delle modifiche l metodo perto e slvrlo, oppure si può prire un metodo nuovo, modificrlo e slvrlo. Il metodo defult.m. non può essere sovrscritto. Inoltre, è possiile impostre determinte zioni per il metodo d eseguire ll'pertur di un file di dti. Qundo si pre un file di dti, è possiile nche cricre il metodo che è stto utilizzto per crere i risultti memorizzti insieme l file di dti. Questo metodo viene slvto utomticmente ogni volt che si slvno i dti con il file di dti. Il workflow Generl può essere utilizzto con i file di dti GC/MS o LC/MS. Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il TIC per il file di dti Pest - STD 200 MRM.d. c Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti Pest - STD 200 MRM.d nell crtell di file d'esempio GC. Non contrssegnre l csell di controllo Lod result dt e selezionre Open. Se si lvor con i dti GC/MS è invece possiile utilizzre il workflow Generl o GC/Q-TOF Compound Screening. 2 Configurre l'interfcci utente per utilizzre i dti GC. Seguire le istruzioni in Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS pgin12. Per questo esempio, selezionre il workflow Generl. 3 Impostre il metodo per estrrre un cromtogrmm TIC. Definire un cromtogrmm TIC per i dti MS. c d e Nell finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Define Chromtogrms. Eliminre il cromtogrmm BPC. Selezionre TIC come Type. Controllre che MS Level si su MS/MS. Fre clic su Add. 70 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

71 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Pssi Istruzioni dettglite Commenti 4 Modificre il metodo per integrre i dti. Limitre l'integrzione i quttro picchi più lti. Nell finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Integrte (MS/MS). Selezionre l sched Pek Filters. c Nell sezione Mximum numer of peks, contrssegnre l csell di controllo Limit (y height) to the lrgest. d Digitre 4. Se si ggiorn un vlore nell sched Pek Filters dell sezione Chromtogrm > Integrte (MS) vengono ggiornti nche i vlodi di ltre sezioni di Method Explorer. Compiono dei tringoli lu che visulizzno ltre sezioni. Per slvre il metodo corrente è possiile selezionre l'icon Sve Method. Figur 46 Sched Chromtogrm > Integrte (MS/MS) > Pek Filters 5 Controllre l'integrzione per ssicurrsi che vengno visulizzti solo i 4 picchi integrti. Fre clic sull'icon Integrte Chromtogrm per integrre il file di dti. 6 Slvre il metodo con il nome iii_gcexercise1, dove iii stnno per le inizili dell'opertore. c Dl menu in lto, selezionre Method > Sve As. Digitre iii_gcexercise1. Fre clic sul pulsnte Sve. Qundo si slv il metodo, tutti i tringoli lu che stnno d indicre vlori modificti nel metodo perto scompiono. 7 Modificre il fondo dello spettro del picco per utilizzre lo spettro ll'inizio di un picco. c Nell finestr Method Explorer, selezionre Spectrum > Extrct (MS/MS). Selezionre Pek Spectrum Extrction (MS/MS). In Pek spectrum ckground, selezionre Spectrum t pek strt. Se si pportno ulteriori modifiche dopo ver slvto il metodo, i tringoli lu vengono nuovmente visulizzti. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 71

72 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Pssi Istruzioni dettglite Commenti Per slvre il metodo corrente è possiile selezionre l'icon Sve Method. Figur 47 Sched Spectrum > Extrct (MS/MS) > Pek Spectrum Extrction (MS/MS) 8 Controllre l'estrzione dello spettro MS per ssicurrsi che lo spettro di fondo si sottrtto. Fre clic sull'icon Extrct Pek Spectrum per eseguire l'zione sul picco selezionto nel file di dti. 9 Slvre il metodo. È possiile slvre il metodo in tre modi: Selezionre l'icon Sve Method in Method Editor. Fre clic con il tsto destro su Method Editor, e selezionre Sve Method. Dl menu in lto, selezionre Method > Sve. L'icon Sve Method è illustrt nell Figur 47 pgin Impostre il metodo per utomtizzre le zioni (i cui prmetri sono stti ppen modificti) ll'pertur di un file di dti. Elencre le zioni d eseguire ll'pertur di questo o di un ltro file di dti. Suggerimento: vedere l voce Generl in Method Explorer. Nell finestr Method Explorer, selezionre Generl > File Open Actions. Selezionre Integrte nd Extrct Pek Spectr dll'elenco Aville ctions. c Premere il pulsnte Add,, per spostre l'zione seleziont nell'elenco Actions to e run. È nche possiile fre doppio clic sull'zione seleziont per spostrl nell'ltro elenco. 72 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

73 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Pssi Istruzioni dettglite Commenti 11 Controllre File Open Actions. Fre clic sull'icon Run File Open Actions Now per eseguire le zioni sul file di dti. I cromtogrmmi e gli spettri non vengono sovrscritti. Vengono ggiunti nuovi cromtogrmmi e nuovi spettri. Nell'elenco Actions to e run sono visulizzte due zioni diverse. L prim zione deve estrrre i cromtogrmmi definiti, poi il cromtogrmm viene integrto e i picchi vengono estrtti. Figur 48 Sezione Generl > File Open Actions in Method Editor 12 Slvre il metodo. Selezionre l'icon Sve Method nell finestr Method Editor. 13 Impostre il metodo per utomtizzre le zioni ll'esecuzione del metodo durnte un list di lvoro. Elencre le zioni d eseguire ll'pertur di questo o di un ltro file di dti. Nell finestr Method Explorer, selezionre Worklist Automtion > Worklist Actions. Rimuovere Generte Anlysis Report dll'elenco Actions to e run. Suggerimento: vedere l voce Worklist Automtion nell finestr Method Explorer 14 Controllre Worklist Actions. Fre clic sull'icon Run Worklist Actions Now per eseguire le zioni sul file di dti. I cromtogrmmi e gli spettri non vengono sovrscritti. Vengono ggiunti nuovi cromtogrmmi e nuovi spettri. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 73

74 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl Pssi Istruzioni dettglite Commenti In un metodo sono presenti due diversi elenchi di zioni. Il primo elenco di zioni (File Open Actions) può essere eseguito ll'pertur di un file di dti. Il secondo elenco di zioni (Worklist Actions) viene ttuto ll'esecuzione del metodo. Figur 49 Sezione Worklist Automtion > Worklist Actions in Method Editor 15 Slvre il metodo e chiudere il file di dti senz slvre i risultti. Selezionre l'icon Sve Method in Method Editor. Selezionre File > Close Dt File,, quindi scegliere No qundo il sistem chiede di slvre i risultti. 74 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

75 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening In quest ttività viene impostto un metodo di nlisi qulittiv che contiene un serie di zioni nlitiche d eseguire in un dt sequenz. Tr le zioni possiili, l'estrzione e l'integrzione di cromtogrmmi, l'estrzione di spettri, l ricerc di spettri del picco in un lireri, l generzione di formule per gli spettri e l stmp di un rpporto di nlisi. Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il TIC per il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d. c Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d nell crtell del file di dti d'esempio GC. Non contrssegnre l csell di controllo Lod result dt e selezionre Open. 2 Configurre l'interfcci utente per utilizzre i dti GC. Seguire le istruzioni in Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS pgin12. Per questo esempio, selezionre il workflow GC/Q-TOF Compound Screening. 3 Controllre che si estrtto un TIC. Nell finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm. Selezionre l sezione Define Chromtogrms. c Nell finestr Method Editor, controllre che il cromtogrmm nell sezione Defined chromtogrms si un TIC. Altrimenti, selezionre TIC in Type. Premere il pulsnte Chnge. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 75

76 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Pssi Istruzioni dettglite Commenti 4 Rivedere i prmetri dell'lgoritmo Find y Chromtogrm Deconvolution. c d e f Selezionre l sezione GC/Q-TOF Compound Screening > Find y Chromtogrm Deconvolution nell finestr Method Explorer. Selezionre l sched Mss Filter. Impostre il vlore Asolute height su Selezionre l sched Results. Premere il pulsnte Highlight ll compounds. Rivedere i risultti su ciscun sched. Controllre le sezioni del workflow GC/Q-TOF Compound Screening. Notre l presenz di sei sezioni per questo workflow. Tutte queste sezioni sono duplicti di sezioni che pprtengono già Method explorer. I tringoli lu vengono visulizzti in ltre sezioni di Method Explorer d indicre che i vlori dello stesso prmetro sono stti cmiti nche d qulche ltr prte. 5 Rivedere i prmetri dell'lgoritmo Identify y Lirry Serch. c d Selezionre l sezione GC/Q-TOF Compound Screening > Identify y lirry serch nell finestr Method Explorer. Premere il pulsnte Add Lirry. Selezionre un lireri e fre clic su Open. (opzionle) Premere il pulsnte Remove Lirry per rimuovere un lireri se non si intende utilizzrl. Rivedere i prmetri su ciscun sched. Il file demo.l lirry o NIST08.l (o un'ltr versione dell lireri NIST) è instllto nell crtell \MssHunter\Lirry. 6 Slvre il metodo con il nome iii_gcexercise2, dove iii stnno per le inizili dell'opertore. c Dl menu in lto, selezionre Method > Sve As. Digitre iii_gcexercise2. Fre clic sul pulsnte Sve. 76 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

77 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Pssi Istruzioni dettglite Commenti 7 Impostre il metodo per utomtizzre le zioni ll'pertur di un file di dti. Elencre le zioni d eseguire ll'pertur di questo o di un ltro file di dti. Suggerimento: vedere l voce Generl nell finestr Method Explorer. c d e f g Nell finestr Method Explorer, selezionre Generl > File Open Actions. Rimuovere Generte Anlysis Report dll'elenco Actions to e run. Rimuovere Integrte nd Extrct Pek Spectr. Rimuovere qulsisi ltr zione dell'elenco. Aggiungere Extrct Defined Chromtogrms. Aggiungere Find Compounds y Chromtogrphic Deconvolution. Aggiungere Serch Spectrl Lirry for Compound. 8 Controllre File Open Actions. Fre clic sull'icon Run File Open Actions Now per eseguire le zioni sul file di dti. I cromtogrmmi e gli spettri non vengono sovrscritti. Vengono ggiunti nuovi cromtogrmmi e nuovi spettri. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 77

78 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 50 Risultti delle zioni dell list di lvoro sui dti GC/Q-TOF 9 Slvre il metodo con il nome iii_gcexercise2, dove iii stnno per le inizili dell'opertore. Dl menu, selezionre Method > Sve As. Digitre iii_gcexercise2. c Selezionre Sve. Se il metodo viene eseguito durnte un list di lvoro Dt Acquisition, le Worklist Actions di quest sched vengono condotte nell sequenz indict. 10 Chiudere il file di dti senz slvre i risultti. Selezionre File > Close Dt File. Selezionre No qundo il sistem chiede di slvre i risultti. 78 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

79 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 20. Esportre un file CEF Attività 20. Esportre un file CEF È possiile esportre un file CEF che contiene informzioni sui composti. Il file CEF può essere importto in ltri progrmmi come MssHunter Quntittive Anlysis e Mss Profiler Professionl. Si possono inoltre importre i composti che sono stti esportti in un file CEF. Attività 20. Esportre un file CEF Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d ed eseguire File Open ctions per il metodo iii_gcexercise2.m creto in Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening pgin75. c d e Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d nell crtell del file di dti d'esempio GC. Deselezionre l csell di controllo Lod result dt. Contrssegnre l csell di controllo Run File Open ctions from selected method. Premere il pulsnte Use current method e fre clic su Open. 2 Esportre un file CEF. Per esportre in modo interttivo il file, selezionre File > Export > s CEF. Premere il pulste All results. c Selezionre l posizione del file esportto. d Fre clic su OK. Se Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening pgin 75 è stt termint, il metodo corrente è iii_gcexercise2.m. Questo metodo esegue l'lgoritmo Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution e l'lgoritmo Serch Lirry su ciscun composto. Un file CEF viene utilizzto per esportre dei composti. Figur 51 Finestr di dilogo Export CEF Options Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 79

80 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi Seguire queste istruzioni per stmpre un rpporto di nlisi dopo ver concluso le ttività di quest esercitzione o dell successiv. Un rpporto di nlisi può contenere i risultti dell'esportzione e dell'integrzione dei cromtogrmmi, dell'estrzione degli spettri, dell ricerc dei composti, dell ricerc del dtse per gli spettri del picco e dell generzione delle formule dgli spettri del picco. Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Se il file MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d non è cricto, prirlo ed eseguire File Open ctions per il metodo iii_gcexercise2.m creto in Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening pgin75. c d e Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d nell crtell del file di dti d'esempio GC. Deselezionre l csell di controllo Lod result dt. Contrssegnre l csell di controllo Run File Open ctions from selected method. Premere il pulsnte Use current method e fre clic su Open. Se Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening pgin 75 è stt termint, il metodo corrente è iii_gcexercise2.m. Questo metodo esegue l'lgoritmo Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution e l'lgoritmo Serch Lirry su ciscun composto. 2 Modificre le opzioni di selezion del rpporto di nlisi nel metodo: Contrssegnre le cselle di controllo dei cromtogrmmi, degli spettri o delle telle d stmpre. Deselezionre le cselle di controllo dei cromtogrmmi, degli spettri o delle telle che non si intende stmpre. c Nell finestr Method Explorer, selezionre Reports > Anlysis Report. Contrssegnre le cselle di controllo degli ltri elementi d stmpre Deselezionre le opzioni dei cromtogrmmi e degli spettri che non si intende stmpre. Il rpporto di nlisi contiene solo le informzioni contrssegnte in quest sezione. Se lcuni risultti non sono disponiili, non vengono inclusi nonostnte sino stti contrssegnti in quest sezione. Ad esempio, se il cromtogrmm non è stto integrto, l tell dei picchi non srà inclus. 80 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

81 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Per impostzione predefinit, l finestr Method Editor è moile. Viene visulizzt come finestr seprt dl resto del progrmm Qulittive Anlysis. Per ncorre l finestr, selezionre il titolo dell finestr con il tsto destro del mouse e scegliere Floting. Per ncorrl è nche possiile fre doppio clic sull rr del titolo. Figur 52 Sezione Anlysis Report nelle finestre Method Explorer e Method Editor Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 81

82 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Stmpre il rpporto. Sono possiili diverse soluzioni per stmpre il rpporto in modo interttivo: D menu principle, selezionre File > Print > Anlysis Report. Dll rr degli strumenti principle, selezionre l'icon Printer. Fre clic sull'icon Print Anlysis Report nell rr degli strumenti Method Editor qundo l sezione Anlysis Report è seleziont. Fre clic con il tsto destro nell sezione Anlysis Report in Method Editor, quindi selezionre Print Anlysis Report. Menu di scelt rpid del file di dti in Dt Nvigtor, selezionre Anlysis Report. Selezionre Report contents. c Contrssegnre l csell di controllo Print report e selezionre un stmpnte. d Contrssegnre l csell di controllo Print preview. e Premere il pulsnte OK. L'icon Run nell rr degli strumenti Method Editor consente tlvolt di selezionre un'zione d un serie possiile. Ad esempio, per pssre ll sezione Reports > Common Reporting Options nell finestr Method Editor, l'icon Run offre quttro zioni possiili d selezionre. Fre clic sull frecci per visulizzre le zioni possiili e scegliere quell desidert. Selezionndo un'zione divers si modific l'zione predefinit. Premere semplicemente il pulsnte Run per eseguire l'ttule zione predefinit. 82 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

83 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 53 Finestr di dilogo Print Anlysis Report f g Rivedere il rpporto. Fre clic sull'icon Close Print Preview nell rr degli strumenti. Figur 54 Finestr Print Preview con il rpporto di nlisi Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 83

84 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Seguire queste istruzioni per stmpre un rpporto sui composti. Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 1 Se il file MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d non è cricto, prirlo ed eseguire File Open ctions per il metodo iii_gcexercise2.m creto in Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening pgin75. c d e Se il progrmm non si pre, fre doppio clic sull'icon Mss Hunter Qulittive Anlysis. Oppure, selezionre File > Open Dt File. Selezionre il file di dti MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d nell crtell del file di dti d'esempio GC. Deselezionre l csell di controllo Lod result dt. Contrssegnre l csell di controllo Run File Open ctions from selected method. Premere il pulsnte Use current method e fre clic su Open. Se Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening pgin 75 è stt termint, il metodo corrente è iii_gcexercise2.m. Questo metodo esegue l'lgoritmo Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution e l'lgoritmo Serch Lirry su ciscun composto. 2 Modificre lcune opzioni del metodo per il rpporto sui composti: Disttivre l visulizzzione degli spettri MS ingrnditi su picchi specifici. Disttivre le opzioni MS/MS nel rpporto. c d In Method Explorer, selezionre Reports > Compound Report. Deselezionre l csell Show MS spectrum. Deselezionre l csell Show MS/MS spectrum. Deselezionre l csell how MS/MS pek tle. Queste cselle consentono di specificre le informzioni d includere nel rpporto qulor sino disponiili. Se le informzioni non sono disponiili, l sezione specific viene utomticmente sltt. Ad esempio, i risultti MS/MS non vengono mi inclusi se il file di dti contiene solo dti MS. 84 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

85 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 3 Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti L csell di controllo Overly compound chromtogrms non deve essere seleziont per i dti GC/Q-TOF. Figur 55 Sezione Compound Report in Method Editor 3 (opzionle) Scegliere un modello di differente per il rpporto sui composti. Nell finestr Method Explorer, selezionre Reports > Common Reporting Options. Selezionre CompoundReport WithIdentifictionHits.xlsx in Compound report templte. Il softwre offre diversi tipi di modelli per il rpporto. È possiile personlizzre un modello di rpporto utilizzndo Excel e Report Designer. Excel e Report Designer possono essere utilizzti per personlizzre qulsisi modello con estensione XLTX. Non è possiile personlizzre il rpporto sul metodo di cquisizione. Figur 56 Sezione Common Reporting Options in Method Editor Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 85

86 3 Utilizzo di workflow, esportzione e stmp Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti Pssggio Istruzioni dettglite Commenti 4 Stmpre il rpporto. Selezionre File > Print > Compound Report o fre clic sull frecci dell'icon Print Anlysis Report e selezionre Print Compound Report per stmpre il rpporto sui composti. Contrssegnre l csell di controllo Print preview. c Fre clic su OK. Esminre il rpporto. d Selezionre l'icon Close Print Preview. Nell finestr di dilogo Print Compound Report, è possiile scegliere un stmpnte divers, decidere se slvre il file in formt PDF o Excel, scegliere di slvre tutti i risultti o soltnto quelli evidenziti o decidere di cominre più file di dti in un rpporto. Consultre l Guid in line o il DVD formtivo di Report Designer per ulteriori informzioni. Figur 57 Finestr Print Preview con il rpporto sui composti 5 Chiudere il file di dti senz slvre i risultti. Selezionre File > Close Dt File. Selezionre No qundo il sistem chiede di slvre i risultti. 86 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

87 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv Riferimenti Utilizzo delle finestre 88 Utilizzo dei risultti di Dt Nvigtor 91 Operzioni sul cromtogrmm 92 Operzioni su uno spettro MS o MS/MS 93 Utilizzo dei dti cromtogrfici visulizzti 94 Utilizzo dei dti sugli spettri visulizzti 95 Workflow 97 Personlizzzione del modello di un rpporto

88 4 Utilizzo delle finestre Utilizzo delle finestre Qundo si pre il progrmm Qulittive Anlysis per l prim volt, vengono visulizzte quttro finestre con il loro lyout predefinito: Dt Nvigtor, Method Explorer, Chromtogrm Results e MS Spectrum Results. È possiile pssre dll finestr Nvigtor View Compound Detils View. Utilizzndo il menu View è possiile visulizzre ltre dicissette finestre in Nvigtor View: Method Editor - consente di modificre i prmetri del metodo, in schede distinte Spectrum Preview - consente di scnsionre rpidmente gli spettri in un file di dti MS Spectrum Results - visulizz gli spettri MS e MS/MS Difference Results - visulizz i risultti sull differenz dopo ver eseguito un ricerc nell lireri Deconvolution Results - visulizz gli spettri deconvoluti Deconvolution Mirror Plot - visulizz due spettri deconvoluti in un'immgine speculre UV Spectrum Results - mostr gli spettri UV, disponiili solo per dti LC/MS Integrtion Pek List - visulizz i risultti dell'integrzione in un tell MS Spectrum Pek List 1 - visulizz l tell del picco per il primo spettro selezionto MS Spectrum Pek List 2 - visulizz l tell del picco per il secondo spettro selezionto MS Actuls - visulizz le informzioni sull'cquisizione per lo spettro evidenzito Compound List - visulizz i composti individuti medinti uno degli lgoritmi Find Compounds Compound Identifiction Results - visulizz le informzioni di identificzione per il composto selezionto Spectrum Identifiction Results - visulizz le informzioni di identificzione per gli spettri selezionti MS/MS Formul Detils - visulizz un tell con le formule possiili clcolte per i frmmenti trovti in uno spettro MS/MS 88 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

89 Utilizzo delle finestre 4 Structure Viewer - visulizz l struttur ssocit l composto o llo spettro corrente Smple Informtion - visulizz le informzioni sul file di dti evidenzito Sequence Editor - consente di modificre l sequenz di un metodo È inoltre possiile utilizzre tre finestre degli strumenti visulizzte qundo si utilizz il reltivo strumento: Formul Clcultor Mss Clcultor Reclirte Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 89

90 4 Utilizzo delle finestre Icone delle finestre nell rr degli strumenti principli Le finestre vengono perte e chiuse utilizzndo queste icone dell rr degli strumenti principle. Sono disponiili ltre icone se è instllto il softwre MssHunter BioConfirm. Per prire queste finestre è possiile utilizzre nche i comndi del menu View. Dt Nvigtor Method Explorer Method Editor Chromtogrm Results UV Spectrum Results Spectrum Preview MS Spectrum Results Difference Results Deconvolution Results Deconvolution Mirror Plot Integrtion Pek List Compound List MS Spectrum Pek List 1 MS Spectrum Pek List 2 MS Actuls Sequence Editor Compound Identifiction Results Spectrum Identifiction Results MS/MS Formul Detils Structure Viewer Smple Informtion 90 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

91 Utilizzo dei risultti di Dt Nvigtor 4 Utilizzo dei risultti di Dt Nvigtor Finestr Dt Nvigtor e strumenti L finestr Dt Nvigtor orgnizz tutti i risultti dell'estrzione e dell selezione dello spettro per file di dti o per tipo di dti. Icon Linked Nvigtion Se l funzione è ttiv (opzione predefinit), qundo si evidenzi un cromtogrmm in Dt Nvigtor vengono contrssegnti nche i reltivi spettri. Vengono evidenziti nche i risultti corrispondenti l cromtogrmm e ll'immgine dello spettro. Linked Nvigtion funzion soltnto se è stt seleziont l voce Integrte nd Extrct Pek Spectr dl menu Chromtogrms o se è stto utilizzto uno degli lgoritmi di Compounds. Strumenti di segno di spunt Single check mrk Contrssegn le cselle di tutti i dti evidenziti. Dul check mrks, one gry Contrssegn le cselle dei dti evidenziti e deselezion le ltre cselle Dul check mrks Contrssegn tutte le cselle di controllo. I cromtogrmmi e gli spettri vengono visulizzti se le reltive cselle di controllo sono selezionte. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 91

92 4 Operzioni sul cromtogrmm Operzioni sul cromtogrmm Utilizzndo le voci di menu, è possiile eseguire le seguenti operzioni sull'intero cromtogrmm o su un regione di questo: Azione Modificre le etichette del picco nel cromtogrmm Estrrre un cromtogrmm Estrrre i cromtogrmmi definiti Integrre il cromtogrmm Integrre ed estrrre gli spettri del picco Integrre e deconvolvere gli spettri del picco Spinre il cromtogrmm Sottrrre un cromtogrmm Clcolre il segnle/rumore Trovre i composti d dti MS/MS utomtici Trovre i composti d dti MS/MS specifici Trovre i composti per dti MS(1) Trovre i composti per dti GC/MS Trovre i composti per dti MRM Trovre i composti sull se dei risultti dell'integrzione Trovre i composti dtti lle formule specifiche Voce menu Configurtion > Chromtogrm Disply Options Chromtogrms > Extrct Chromtogrms Chromtogrms > Extrct Defined Chromtogrms Chromtogrms > Integrte Chromtogrm Chromtogrms > Integrte nd Extrct Pek Spectr Chromtogrms > Integrte nd Deconvolute Pek Spectr Chromtogrms > Smooth Chromtogrm Chromtogrms > Sutrct Any Chromtogrm Chromtogrms > Clculte Signl-to-Noise Find > Find Compounds y Auto MS/MS Find > Find Compounds y Trgeted MS/MS Find > Find Compounds y Moleculr Feture Find > Find Compounds y Chromtogrm Deconvolution Find > Find Compounds y MRM Find > Find Compounds y Integrtion Find > Find Compounds y Formul 92 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

93 Operzioni su uno spettro MS o MS/MS 4 Selezionre le operzioni sull'intervllo dl menu di scelt rpid Dopo ver selezionto un intervllo cromtogrfico, è nche possiile estrrre uno spettro ed estrrre uno spettro su fondo, oltre lle operzioni indicte sopr. 1 Per ccedere tli operzioni, selezionre lo strumento Rnge Select ( ) nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. 2 Selezionre il punto di inizio, trscinre il cursore lungo l'intervllo e rilscire il pulsnte del mouse. 3 Fre clic con il tsto destro su un punto qulsisi del cromtogrmm, quindi selezionre l'operzione dl menu di scelt rpid. Slvre i risultti sul file di dti Fre clic sull'icon Sve ( ), o selezionre File > Sve Results. Qundo si esce, il progrmm chiede se si vuole slvre i risultti sul file di dti ( meno che quest funzione si stt disttivt nell finestr di dilogo Messge Box Options). Operzioni su uno spettro MS o MS/MS Utilizzndo le voci di menu, è possiile eseguire le seguenti operzioni su uno spettro MS o MS/MS o su un regione di questo: Azione Visulizzre vlore m/z, ondnz, stto di cric e ltre informzioni sui picchi di uno spettro Modificre le etichette dei picchi dello spettro Sottrrre lo spettro di fondo Sottrrre un qulsisi spettro Aggiungere due spettri contempornemente Ricercre in un dtse i vlori dtti lle msse specifiche di un spettro Voce menu View > MS Spectrum Pek List 1 Configurtion > MS nd MS/MS Spectr Disply Options Spectr > Sutrct Bckground Spectrum Spectr > Sutrct Any Spectrum (e poi selezionre un ltro spettro) Spectr > Add Any Spectrum (e poi selezionre un ltro spettro) Spectr > Serch Dtse for Spectrum Peks Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 93

94 4 Utilizzo dei dti cromtogrfici visulizzti Azione Generre le formule per le msse nell'intervllo selezionto di uno spettro Deconvolvere medinte l'lgoritmo Resolved Isotope Ricercre in un lireri Voce menu Spectr > Generte Formuls from Spectrum Peks (se nello spettro MS è selezionto un intervllo) Spectr > Deconvolute (Resolved Isotope) Identify > Serch Lirry for Spectr o Spectr > Serch Lirry for Spectr Utilizzo dei dti cromtogrfici visulizzti Finestr Chromtogrm Results 94 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

95 Utilizzo dei dti sugli spettri visulizzti 4 Strumenti di Chromtogrm Results Strumenti di ingrndimento/ riduzione in sequenz Strumenti di selezione in sequenz Uno di questi strumenti è sempre selezionto. Autoscle X-xis e Y-xis Autoscle X-xis Autoscle Y-xis Unzoom Autoscle Y-xis during Zoom Linked Y-xis mode Rnge Select Se impostto su On, è possiile trccire un intervllo per il cromtogrmm ed eseguire specifiche zioni. Pek Select Se impostto su On, è possiile selezionre lo spettro di un picco integrto (pex). Mnul Integrtion Se impostto su On, è possiile eseguire l'integrzione in modo interttivo. Wlk Chromtogrm Se impostto su On, è possiile visulizzre i singoli spettri selezionndo ciscun punto oppure utilizzndo le frecci sinistr e destr dell tstier. Annottion Se impostto su On, è possiile ggiungere immgini e testi i cromtogrmmi. Utilizzo dei dti sugli spettri visulizzti Finestr MS Spectrum Results Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 95

96 4 Utilizzo dei dti sugli spettri visulizzti Finestr MS Spectrum Results Strumenti di ingrndimento/ riduzione in sequenz Strumenti di selezione in sequenz Per deselezionre uno strumento, fre clic su un'ltro strumento o un'ltr icon. Autoscle X-xis e Y-xis Autoscle X-xis Autoscle Y-xis Unzoom Autoscle Y-xis during Zoom Linked Y-xis mode Rnge Select Se impostto su On, è possiile trccire un intervllo per il cromtogrmm ed eseguire specifiche zioni Annottion Se impostto su On, è possiile ggiungere immgini e testi i cromtogrmmi Clipers Se impostto su On, è possiile ggiungere un cliro Delt Mss llo spettro selezionto. Nell finestr Deconvolution Results, si possono ggiungere un cliro Amino Acid o un cliro Modifictions. Consultre il Guid in line per ulteriori informzioni. 96 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

97 Workflow 4 Workflow Con i workflow è possiile personlizzre l'interfcci utente dell'ppliczione. Ciscun workflow cric un metodo diverso, con prmetri dtti per quel tipo di workflow. Inoltre, ciscun workflow cric un lyout differente. I lyout consentono di personlizzre le colonne di tutte le telle. Per finire, quttro tipi di lyout offrono un sezione con un editor specile del metodo che contiene le copie delle sezioni dell'editor del metodo essenzili per quel workflow specifico. Grzie l rggruppmento delle funzioni indispensili per un certo workflow risult più semplice personlizzre il metodo. Nel progrmm Qulittive Anlysis sono disponiili diversi tipi di workflow. Sono: Generl BioConfirm - Questi workflow sono disponiili soltnto se è instllto il softwre BioConfirm e se sono contrssegnti nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion. BioConfirm offre vri workflow possiili, second del tipo di nlisi d eseguire. BioConfirm è utilizzto con file di dti LC/MS. Chromtogrm Pek Survey Formul Confirmtion nd Smple Purity MS Trget Compound Screening GC/Q-TOF Compound Screening Se si utilizzno dti GC/MS, è possiile selezionre il workflow Generl o il workflow GC/Q-TOF Compound Screening. Se si utilizzno dti LC/MS, è possiile selezionre tutti i workflow d eccezione di GC-TOF Compound Screening. Metodo specifico Ciscun workflow cric un metodo predefinito specifico insieme lle reltive impostzioni del workflow. Ad esempio, se si pss d uno dei workflow di BioConfirm, l'opzione per Trget dt type dell'lgoritmo Find Compounds y Moleculr Feture viene impostt su Lrge molecules (proteins, oligos). Questo vlore è dtto l workflow BioConfirm m, per impostzione predefinit, non è ccettto dgli ltri workflow. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 97

98 4 Workflow Lyout specifico Ciscun workflow cric inoltre un lyout specifico. Un lyout definisce: L posizione e l dimensione delle finestre Le finestre che contengono schede Le finestre moili Le finestre con schede in lto Le finestre visiili per impostzioni predefinit Se l rr di stto è visulizzt Per ciscun finestr con trccito (finestr Chromtogrm Results, finestr Spectrum Preview, finestr MS Spectrum Results, finestr Deconvolution e finestr UV Results), il progrmm slv le seguenti impostzioni: Se le immgini vengono sovrpposte o meno Se lo strumento Autoscle Y-Axis è ttivo o meno durnte l modlità Zoom Se l modlità Linked Y-Axis è ttiv o meno Per ciscun tell, vengono slvte le seguenti impostzioni Le colonne visiili L sequenz delle colonne L lrghezz di ciscun colonn I filtri ggiunti ll tell (solo per l tell Compound List, l tell Compound Identifiction Results e l finestr Spectrum Identifiction Results). Sezione specific in Method Explorer e Method Editor Utilizzndo Method Editor insieme l workflow Generl è possiile modificre qusi tutti i prmetri contenuti in Method. Gli ltri quttro workflow modificno le sezioni disponiili in Method Explorer. Le nuove sezioni contengono solo le schede Method Editor e le sezioni specifiche per quel workflow. Se si modific un prmetro nell sezione del workflow, quel prmetro viene modificto nche nell sezione corrispondente delle sezioni generli di Method Editor. 98 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

99 Workflow 4 Due schede non vengono ripetute nelle sezioni generli di Method Editor. L sezione Chromtogrm Pek Survey Workflow > Spectrum Pek Identifiction e l sched Chromtogrm Pek Survey Workflow > Chromtogrm Extrction > Chromtogrms sono incluse soltnto nel workflow Chromtogrm Pek Survey. Queste sezioni influiscono solo sull'lgoritmo Chromtogrm Pek Survey. Questo lgoritmo è utilizzto solo in questo workflow, nell'zione Chromtogrm Pek Survey without Report e nell'zione Chromtogrm Pek Survey with Anlysis Report. Metodi e lyout dei workflow Per ciscun workflow sono disponiili ltri metodi e lyout predefiniti. Workflow Metodo Lyout Sezione Method Editor Generl defult.m Defult.xml Nessuno BioConfirm Intct Protein BioConfirm IntctProtein- Defult.m BioConfirm- IntctProtein- MximumEntropy- Defult.xml BioConfirm Workflow BioConfirm High Mss Intct Protein BioConfirm IntctProtein HighMss Defult.m BioConfirm IntctProtein LMFE.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Smll Oligonucleotides BioConfirmOligo nucleotidesmll.m BioConfirmOligonucleotide.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Lrge Oligonucleotides BioConfirmOligo nucleotidelrge- Defult.m BioConfirmOligonucleotide.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Protein Digest BioConfirmProtein Digest-Defult.m BioConfirm ProteinDigest.xml BioConfirm Workflow BioConfirm Synthetic Peptide BioConfirmSynthetic Peptide-Defult.m BioConfirm SyntheticPeptide.xml BioConfirm Workflow Chromtogrm Pek Survey ChromPekSurvey- Defult.m Defult.xml Chromtogrm Pek Survey Workflow Formul Confirmtion nd Smple Purity SmplePurity- Defult.m SmplePurity- Defult.xml Formul Confirmtion nd Smple Purity Workflow Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 99

100 4 Personlizzzione del modello di un rpporto Workflow Metodo Lyout Sezione Method Editor MS Trget Compound Screening GC Q-TOF Compound Screening Screening-Defult.m Screening-Defult.xml MS Trget Compound Screening Workflow GC_Q-TOF.m QTOFDt.xml GC/Q-TOF Compound Screening Personlizzzione del modello di un rpporto Consultre l Guid in line di MssHunter Report Designer Add-in, il mnule Report Designer Fmiliriztion Guide o il DVD formtivo di Reporting per ulteriori informzioni sull modific del modello di un rpporto. I pssi seguenti illustrno rpidmente l procedur di personlizzzione di un modello. 1 Selezionre l crtell che contiene i modelli del rpporto. Per impostzione predefinit, l crtell è \MssHunter\Report Templtes\Qul\B.05.00\en-US\ Letter. È possiile selezionre un crtell divers in Method Explorer nell sched Generl > Common Reporting Options > Templtes. 2 Fre un copi del modello d modificre. Selezionre con il tsto l copi e fre clic su Properties. Se necessrio, deselezionre l csell di controllo Red-only. Quindi, fre clic con il tsto destro sull copi e selezionre Open dl menu di scelt rpid. 100 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

101 Personlizzzione del modello di un rpporto 4 Se si pre il modello in questo modo, Excel riconosce che si trtt di un file modello. Dopo ver perto il modello, è possiile modificre le intestzioni e i piè di pgin, ggiungere, rimuovere o spostre le colonne dei prmetri. Consultre l Guid in line per ulteriori informzioni. Tutti i modelli di Qulittive Anlysis sono contrssegnti come modelli in sol lettur. È possiile modificre quest proprietà prim di elorre un modello. Insieme l progrmm Qulittive Anlysis vengono instllti molti modelli. Consultre l Guid in line di Qulittive Anlysis per ulteriori informzioni sul contenuto di ciscun modello del rpporto. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 101

102 4 Personlizzzione del modello di un rpporto 3 Apportre le modifiche. Per ulteriori informzioni sull modific di un modello, consultre l Guid in line di MssHunter Report Designer dd-in, o il DVD formtivo di Agilent MssHunter Reporting. 4 Per slvre un nuovo modello, selezionre Sve o fre clic su Sve As > Other Formts dl pulsnte Microsoft Office. 5 Digitre un nome identifictivo, e selezionre Sve. 102 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

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104 In questo volume Quest guid contiene informzioni sull utilizzo del softwre Agilent MssHunter Worksttion - Qulittive Anlysis con i dti GC/MS. Agilent Technologies, Inc Revisione A, Novemre 2012 *G * G