PubMed. Corso di formazione sulle ricerche bibliografiche Facoltà di Medicina Veterinaria

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1 PubMed Corso di formazione sulle ricerche bibliografiche Facoltà di Medicina Veterinaria

2 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso Cos è una piattaforma Web di accesso a una banca dati bibliografica che censisce letteratura scientifica primariamente nel campo delle scienze della vita contiene collegamenti ad articoli a testo pieno provvede l accesso alle banche dati di biologia molecolare e di chimica è accessibile gratuitamente via Web Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

3 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso Da dove viene National Library of Medicine (NLM) la più grande biblioteca biomedica del mondo sede negli Stati Uniti (Bethesda, Maryland) fa parte dei National Institutes of Health Index medicus bibliografia a stampa di letteratura biomedica esiste dal 1879 origina una banca dati online di nome MEDLINE che dal 1996 è consultabile via Web (PubMed) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

4 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso Cosa contiene Oltre 21 milioni di record bibliografici articoli pubblicati in 5400 periodici di ambito biomedico (soprattutto - ma non solo - statunitensi) copertura temporale dal % in lingua inglese 83% degli articoli degli ultimi 5 anni corredati di abstract cadenza di aggiornamento giornaliera (martedìsabato) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

5 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso In sostanza, PubMed è uno strumento di interrogazione di una banca dati preesistente (MEDLINE) integrato con altri strumenti di recupero dell informazione nel sistema Entrez che comprende varie banche dati: sequenze nucleotidiche strutture macromolecolari sequenze proteiche genomi Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

6 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso La struttura di un record bibliografico in MEDLINE ciascun record: rappresenta una pubblicazione riporta ulteriori informazioni a corredo Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

7 1. citazione bibliografica Titolo (dell articolo) Nome degli autori Titolo del periodico Riferimenti temporali (anno, volume, fascicolo) Paginazione Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

8 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso 2. Ulteriori informazioni abstract termini descrittivi dell argomento desunti da un vocabolario controllato (MeSH, Medical Subject Headings) lingua della pubblicazione tipologia (rassegna review; caso clinico; lettera...) afferenza del primo autore nominato numero identificativo del record (PMID) stato di lavorazione del record (status tag): in process, indexed etc. Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

9 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso Esempio di record in Pubmed Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

10 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso Come accedere alla banca dati Oppure: Ma soprattutto (per gli utenti dell Ateneo): Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

11 PubMed: caratteristiche, contenuti, accesso Box di ricerca La Home Page di PubMed Menu di selezione della banca dati Ricerche per citazione bibliografica Collegamento a banche dati correlate Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

12 Ricerche in PubMed: 1 per argomento; 2 per parola La ricerca 1. Per argomento (Medical Subject Headings) 2. Per parola chiave Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

13 1 La ricerca per argomento 1. I Medical Subject Headings (MeSH) parole chiave (descrittori) di un Vocabolario controllato a ogni termine corrisponde un concetto che definisce un argomento (e viceversa) descrittori (2012 MeSH) oltre voci di rinvio (sinonimi dei descrittori) organizzazione gerarchica (albero) con 16 rami e 12 livelli dal termine più generico (Broader term) a quello più specifico (Narrower term)... con invio automatico da sinonimi (entry terms) al termine accettato presenza di Subheadings che definiscono l aspetto (punto di vista) sotto cui è trattato l argomento 83 voci (esempi: diagnosis, surgery, metabolism, pathology) Sito Web di MeSH: Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

14 1 La ricerca per argomento I 16 rami di Mesh Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

15 1 La ricerca per argomento Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

17 1 La ricerca per argomento Scheda descrittiva del soggetto 2 punti di accesso al medesimo soggetto Rinvio dal termine non accettato Definizione Richiami (Vedi anche) Data di inserimento nel MeSH file Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

18 1 La ricerca per argomento Novità del Soggettario 2011 Diverso trattamento del soggetto Animali Domestici (Animals, Domestic) Fino al 2010: Intestazione di soggetto (Heading) Animals, Domestic Voci di rinvio/entry Terms (sinonimi) Farm Animals Livestock Pets Non c è differenza tra Animali da compagnia Animali da reddito Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

19 1 La ricerca per argomento Dal 2011 Nuovi descrittori Livestock Pets ATTENZIONE nuovi soggetti utilizzati solo a partire dal 2011 (con parziale recupero retrospettivo) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

21 1 La ricerca per argomento MeSH 2012: novità Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

22 1 La ricerca per argomento Come si presenta il soggetto in MeSH Database Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

23 1 La ricerca per argomento L esplosione di un termine nella ricerca: cos è? inclusione automatica dei termini più specifici nel ramo gerarchico non solo: uno stesso termine può essere presente in diversi rami l esplosione include nella ricerca tutti i termini specifici dei diversi rami Possibilità di restringere i risultati non includere i termini subordinati al soggetto cercato restringere la ricerca solo ai record in cui il termine cercato è considerato un major topic (marcato con asterisco) selezionare i subheadings più adatti a definire il punto di vista sotto cui il concetto espresso dal soggetto (l argomento) deve essere trattato Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

25 1 La ricerca per argomento I major topics indicati con asterisco Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

26 1 La ricerca per argomento Costruzione della stringa di ricerca per soggetto uso degli operatori logici (booleani) AND (tutti i termini devono essere presenti nei risultati) OR (almeno un termine deve essere presente) NOT (il termine deve essere escluso) nota bene è il sistema che traduce la ricerca nella sintassi corretta prevista Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

27 1 La ricerca per argomento Esempio supponiamo di essere interessati a pubblicazioni che trattano di epatite in forma virale applicata agli animali (ma non ai vitelli) e di pericapside (viral envelope proteins) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

28 1 La ricerca per argomento Inserimento in ricerca con AND del termine di nostro interesse Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

29 1 La ricerca per argomento Ricerca del secondo termine di nostro interesse Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

30 1 La ricerca per argomento Inserimento in ricerca del secondo termine Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

31 1 La ricerca per argomento Ricerca e inserimento con NOT del terzo termine Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

32 1 La ricerca per argomento Lancio della ricerca Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

34 1 La ricerca per argomento Ricerca delle malattie di interesse veterinario preferire la ricerca della malattia specifica di una specie alla ricerca combinata malattia+specie animale SI "Brucellosis, Bovine"[Mesh] NO ("Brucellosis"[Mesh]) AND "Cattle"[Mesh] Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

36 2 La ricerca per parole Ricerca per parole preliminarmente: tradurre in concetti chiave la propria ricerca usando termini il più possibile specifici per evitare di ottenere migliaia di risultati! Suggerimento operativo scrivere una frase-titolo della ricerca estrarre i concetti chiave tradurli in inglese Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

37 2 La ricerca per parole Mappatura automatica dei termini traduzione delle parole inserite e ricerca sequenziale in: MeSH Titolo periodico Nome autore Se non si ottengono risultati il sistema cerca tutte le parole separatamente in tutti i campi disponibili e poi combina i risultati (operatore AND) Funzione Search Details visualizzazione di come il sistema traduce in sintassi di ricerca le parole inserite Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

38 2 La ricerca per parole Un esempio di ricerca Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

39 2 La ricerca per parole 39

40 2 La ricerca per parole Sintassi di ricerca applicata automaticamente: NEUROBIOLOGY NOCICEPTORS PAIN= ("neurobiology"[mesh Terms] OR "neurobiology"[all Fields]) AND ("nociceptors"[mesh Terms] OR "nociceptors"[all Fields]) AND ("pain"[mesh Terms] OR "pain"[all Fields]) Il sistema ha scorporato le singole parole lanciando la ricerca su un indice predefinito (in questo caso: MeSH terms) e poi su tutti i campi, combinando con AND Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

41 2 La ricerca per parole Mappatura automatica NON applicata quando: la parola (o la sequenza di parole) è tra virgolette: pharmacological treatment si utilizza il carattere di troncamento (wildcard): neurobiolog* receptor* parole divise con trattino alto: drug-induced In tutti questi casi, la ricerca avviene in tutti i campi e il sistema cerca esattamente la sequenza di parole Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

42 2 La ricerca per parole Operatori logici AND OR NOT da usare scritti in maiuscolo! applicati dal sistema da sinistra verso destra per cambiare l ordine, vanno usate le parentesi......in modo da innestare una ricerca in un altra sovraordinata cercare salmonella AND hamburger OR eggs non è come cercare salmonella AND (hamburger OR eggs)! Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

43 2 La ricerca per parole Applicazione degli operatori a: Ricerca per parola chiave MeSH Terms Combinazione di ricerche già eseguite (Search history) (max 100 ricerche memorizzate in ogni sessione, che dura max 8 ore) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

44 2 La ricerca per parole Uso dei marcatori (tag) segnalano al sistema in quale indice cercare il termine vanno sempre aggiunti dopo il termine cui si riferiscono vanno inclusi tra parentesi quadre consigliabile usare la ricerca avanzata solo alcuni esempi di field tags (sono più di 40!) [AU] autore [TA] titolo del periodico [TI] titolo dell articolo [TIAB] titolo/abstract dell articolo [MH] voci di soggetto MeSH Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

45 2 La ricerca per parole Ulteriori automatismi della funzione di ricerca Stopwords parole troppo frequenti per essere utili nella ricerca. il sistema le ignora (articoli, preposizioni, congiunzioni...) Controllo della grafia (spell checking) per le grafie alternative (ma anche per errori di digitazione) il sistema presenta direttamente i risultati inclusi nella lista, se la grafia alternativa è molto comune oppure offre un link per lanciare la ricerca con il termine alternativo Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

46 2 La ricerca per parole Controllo della grafia Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

47 Raffinamento dei risultati Come limitare i risultati (raffinare la ricerca) 1. Utilizzando una ricerca già effettuata 2. Impostando dei filtri sulla ricerca Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

48 Raffinamento dei risultati 1. Raffinamento della ricerca utilizzando una ricerca già fatta Selezione di una ricerca già eseguita Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

49 Raffinamento dei risultati Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

50 Raffinamento dei risultati 2. Applicazione di filtri nella ricerca offrono la possibilità di impostare parametri di ricerca utili per rendere più rilevante la risposta (più pertinenti i record bibliografici rispetto alle nostre esigenze) e minore il numero dei risultati esempi: lingua, campo di applicazione, tipologia di pubblicazione, anno/periodo di pubblicazione possono essere cambiati o rimossi Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

51 Raffinamento dei risultati Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

52 La ricerca avanzata La ricerca avanzata corrisponde alla ricerca per campi (autore, titolo etc.) consente l uso degli operatori logici nonché la ricerca sugli indici (verifica delle grafie, dei termini corretti, di un termine come voce di soggetto etc) possibilità di combinare tra loro ricerche già effettuate funzione Add to history per verificare preliminarmente il numero di record estratti con una ricerca Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

53 La ricerca avanzata Un esempio di ricerca condotta con le funzioni della ricerca avanzata trattamento farmacologico della zoppia nel cavallo parole chiave: zoppia cavallo/i equini trattamento farmacologico cura farmacologica terapia farmacologica traduzione lameness horse/equine pharmacological treatment/therapy Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

54 La ricerca avanzata 1. inseriamo la parola da cercare 2. selezioniamo il campo su cui lanciare la ricerca 3. controlliamo l indice Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

55 La ricerca avanzata Verifichiamo nell indice quale termine sia più adatto alla nostra ricerca Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

56 La ricerca avanzata cerchiamo nell indice il termine horse (e scopriamo che il termine accettato è horses) e lo inseriamo in ricerca con AND Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

57 La ricerca avanzata cerchiamo pharmacological treatment nell indice (e scopriamo che il termine non esiste). Di conseguenza... Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

58 La ricerca avanzata... facciamo la ricerca su tutti i campi e la inseriamo con AND Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

59 La ricerca avanzata con il pulsante lanciamo la ricerca e otteniamo i risultati con vediamo solo la quantità di risultati nella Search history Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

60 La ricerca avanzata la mappatura automatica ha tradotto pharmaceutical treatment nel termine corretto drug therapy presente in MeSH Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

61 La ricerca avanzata Ora possiamo combinare la voce di soggetto corretta con la ricerca precedente dalla Search history selezioniamo con un click del mouse il numero corrispondente alla ricerca appena effettuata (nell esempio riportato è la # 36) la inseriamo nel Search builder con l operatore AND unitamente al termine drug therapy Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

62 La ricerca avanzata In questo modo possiamo restringere la quantità di risultati (e rendere la risposta più precisa) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

63 La ricerca avanzata 159 risultati con pharmacological treatment in tutti i campi 82 risultati con drug therapy come voce di soggetto (a maggio 2012) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

64 Gestione dei risultati Gestione dei risultati/1 Navigazione dalla lista Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

65 Gestione dei risultati Gestione dei risultati/2 Navigazione dal singolo articolo Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

66 Gestione dei risultati Gestione dei risultati/3 Ordinamento Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

67 Gestione dei risultati Gestione dei risultati/4 Salvataggio possibilità di salvare i risultati (in tutto o in parte, selezionando quelli di interesse), attraverso: invio su un file per salvataggio in locale spedizione per deposito provvisorio in clipboard (max 500 record; durata sessione max 8 ore) deposito in una collezione personale (necessità di avere un profilo personale in MyNCBI: max 5000 record) deposito nella bibliografia dei propri lavori Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

68 Gestione dei risultati Gestione dei risultati/5 Impostazione degli alerts Ricezione di nuovi records rispondenti alla ricerca di interesse via (previo accesso a MyNCBI) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

69 Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

70 PubMed Central PubMed Central archivio digitale online di periodici gli articoli sono disponibili gratuitamente a testo pieno l adesione all archivio avviene su base volontaria da parte dell editore che può stabilire un periodo prima del rilascio dell accessibilità degli articoli dopo la loro pubblicazione possibilità di fare ricerche per parola oppure di scorrere la lista degli indici di un periodico

71 PubMed Central L accesso a PMC Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

72 PubMed Central Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

73 Bookshelf Bookshelf uno scaffale di libri (manuali, libri di testo) sulle scienze biomediche, in formato elettronico include libri prodotti dalla National Library of Medicine link ad argomenti correlati in altre banche dati di Entrez possibilità di fare ricerche per parola nell intera collezione oppure di scorrere gli indici del singolo volume o di fare ricerche per parola all interno del singolo volume ordinamento dei risultati per rilevanza 75

74 Bookshelf L accesso a Bookshelf Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

75 Bookshelf Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

76 Bookshelf Visualizzazione dei risultati di una ricerca Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

77 Single citation matcher Single citation matcher utile per fare ricerche su singoli volumi/fascicoli oppure per fare verifiche bibliografiche necessità di conoscere almeno alcuni degli elementi della citazione (autore, titolo del periodico o dell articolo, anno di pubblicazione etc.) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

78 Single citation matcher nota: la ricerca per autore va fatta per cognome e iniziale del nome, senza punti (esempio: smith j) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

79 Journals database Journals in NCBI databases banca dati dei periodici presenti nel catalogo NLM e censiti in PubMed consente di fare ricerche per titolo intero titolo abbreviato (secondo la forma MEDLINE) titolo abbreviato (secondo la forma ISO) numero standard ISSN o numero NLM soggetto il database si raggiunge da menu a tendina delle risorse disponibili link dalla home page di PubMed Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

80 Journals database Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

83 My NCBI MyNCBI: spazio accessibile con password per salvare una o più bibliografie (fino a 500 citazioni) ripercorrere lo storico delle ricerche effettuate (ultimi 6 mesi) salvare delle ricerche (creazione di alerts) creare collezioni di citazioni (fino a 1000) creare filtri da applicare alle ricerche bibliografiche inviare automaticamente richieste di articoli alla biblioteca (Nilde Utenti) Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

84 My NCBI Per accedere Link a Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

85 Lo spazio personale in PubMed: My NCBI Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

86 Invio di richieste di articoli per mezzo di Nilde Utenti Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright

89 PubMed Grazie Massimo Urbini Biblioteca Centralizzata Ercolani Facoltà di Medicina Veterinaria Biblioteca Ercolani, Università di Bologna Copyright