La ricerca bibliografica per le Biotecnologie mediche: cercare articoli online con PubMed e MetaBib

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1 La ricerca bibliografica per le Biotecnologie mediche: cercare articoli online con PubMed e MetaBib a cura di Laura Colombo Università degli Studi di Milano-Bicocca Monza, gennaio 2014

2 Sommario La ricerca bibliografica Quesito clinico e Parole chiave Individuazione del materiale e Scelta degli strumenti Interrogazione degli strumenti: le Banche dati PubMed Cos è e come accedervi Ricerca col MeSH e Ricerca base, i Filtri I risultati della ricerca Funzioni personalizzate MetaBib

3 La ricerca bibliografica Il progetto di ricerca Fase I Fase II Fase III Definizione del Quesito clinico Individuazione del Materiale cercato (libri, articoli, doc. vari) Interrogazione degli Strumenti di ricerca Individuazione degli argomenti da approfondire e delle Parole chiave Scelta dei criteri di validità dei doc. cercati (attendibilità delle fonti, periodo circoscritto ecc.) Scelta degli Strumenti (cataloghi, banche dati, motori di ricerca ecc.) Affinamento della ricerca e uso di vari criteri di ricerca (CDD, soggetti, descrittori, operatori booleani, caratteri speciali) Selezione dei risultati e creazione di una bibliografia ragionata

4 La ricerca bibliografica Il quesito clinico Il problema clinico dev essere trasformato in una domanda precisa (quesito clinico), in modo da poter trovare una risposta pertinente.

5 La ricerca bibliografica Le parole chiave Individuo le parole chiave più importanti. Per individuare le parole più efficaci per la mia ricerca, posso aiutarmi con una checklist: Scrivo tutti i sinonimi, le varianti ortografiche (inglese/americano), i termini equivalenti che mi vengono in mente. Se la ricerca comprende anche materiale in inglese, traduco le parole chiave. Attenzione! Non mi limito ad una traduzione letterale ma cerco il termine tecnico più adatto ad esprimere il concetto. Se i termini sono noti anche come sigle o abbreviazioni o acronimi, mi annoto anche questi.

6 La ricerca bibliografica Materiale cercato e Scelta degli strumenti Libri (monografie) se ho bisogno di: una panoramica di insieme, informazioni su un argomento vasto o generale dove cerco: cataloghi (OPAC Bicocca, SBN) Articoli di riviste (periodici) se ho bisogno di: argomenti molto specifici, approfondimenti, notizie recenti etc. dove cerco: banche dati italiane e straniere (MetaBib) Letteratura grigia (tesi, atti di convegni, norme, linee guida, ecc.) se ho bisogno di: informazioni estremamente specifiche e/o recenti dove cerco: banche dati (MetaBib) e web

7 La ricerca bibliografica Banche dati Le più importanti banche dati internazionali offrono almeno due modalità di ricerca. La ricerca base (basic o advanced search), dove si cercano termini liberi. La ricerca tramite il vocabolario controllato della banca dati (Thesaurus). In entrambi i casi si possono combinare gli elementi tramite gli operatori booleani. AND: se vogliamo che i concetti siano presenti contemporaneamente OR: se vogliamo cercare due o più parole come sinonimi NOT: se vogliamo escludere un concetto

8 PubMed Profilo Banca dati bibliografica (free on line dal 1996) ente: National center for biotechnology and information (NCBI), divisione della National Library of Medicine (NLM), USA ambiti tematici: medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria, organizzazione sanitaria, scienze pre-cliniche, farmacia copertura: dal 1879 ad oggi (più di 23 milioni di record) documenti selezionati: riviste ed e-book tipi di ricerca: Libera (base e avanzata), per MeSH (= thesaurus) informazioni sui documenti: descrizione bibliografica, abstract, MeSh di PubMed, tanti full text Il nucleo di PubMed è Medline che forma la parte più consistente delle citazioni presenti Presentazione record dal più recente, rilevante, ecc. MeSH ricco, interrogabile in vari modi ed esplicativo Tante funzioni per raffinare la ricerca e salvare i record (v. Tutorials)

9 PubMed Accesso La versione free è disponibile all indirizzo: Se accediamo a PubMed dall Università o autenticandoci da casa, entriamo in MetaBib (Biblioteca Digitale), selezioniamo Trova banche dati e scegliamo PubMed. Si attiverà il bottone vedremo se possiamo accedere a quell articolo in full text. e

10 PubMed Ricerca nel MeSH VANTAGGI: I risultati sono pertinenti e non devo pensare a tutti i sinonimi. E consigliabile iniziare sempre la ricerca nel MeSH Database (il thesaurus o vocabolario controllato di PubMed). SVANTAGGI: Non si trovano gli articoli più recenti, non ancora indicizzati. Il tempo richiesto per l inserimento in MEDLINE varia da 15 giorni a due mesi. Non esiste un MeSH per ogni ricerca.

11 PubMed Il MeSH Database Il MeSH ha una struttura ad albero. Si parte da categorie molto ampie per arrivare a soggetti (descrittori) sempre più specifici. E possibile scegliere se: Limitare la ricerca al termine più ampio (Restrict to MeSH Major Topic). Non esplodere nella ricerca ogni termine anche ai termini sottostanti (Do Not include MeSh terms found below this term ).

12 PubMed I Subheadings del MeSH Sono termini che qualificano l aspetto di un descrittore MeSH. E possibile spuntare uno o più Subheadings. Per lanciare la ricerca cliccare su «Add to search builder». La ricerca verrà portata dentro il riquadro. Basterà cliccare su Search PubMed per vedere i risultati.

13 PubMed Ricerca libera (1) VANTAGGI: Si trovano gli articoli più recenti, non ancora indicizzati. E consigliabile fare sempre anche la ricerca libera. SVANTAGGI: Si trovano spesso troppi articoli, molti non pertinenti. Dobbiamo pensare ai sinonimi e alle forme varianti e utilizzare gli operatori booleani e i caratteri speciali.

14 OPERATORI BOOLEANI Se non vengono inseriti i booleani, viene sottinteso AND. PubMed li processa da sinistra a destra; per alterare tale ordine è necessario inserire tra parentesi tonde i termini che si vuole siano processati per primi. PubMed Ricerca libera (2) CARATTERI SPECIALI *: Il carattere di troncamento * cerca tutti i termini che iniziano con una determinata radice individuando fino a 600 variazioni. : Le virgolette indicano al sistema di ricercare l intera frase. NB: disattivano la ricerca automatica nel Mesh. SINONIMI E VARIANTI Alcuni termini in inglese e in americano si scrivono diversamente.

15 Dalla pagina dei risultati è possibile aggiungere dei filtri per limitare i PubMed I limiti risultati di una ricerca utilizzando una serie di possibili criteri. NB: Automaticamente se ne attivano alcuni. Per attivare gli altri cliccate su «Show addictional filters». Tra questi: Journal categories: sono dei gruppi di riviste costituiti in base all area disciplinare di cui le riviste si occupano (es. Nursing Journals o Dental Journals) Ages: dal neonato all anziano Sex: maschio o femmina

16 PubMed Ricerca combinata Serve per combinare più ricerche (fatte con 2 MeSh o 2 ricerche libere o 1 MeSH e 1 libera). Nella History (clicca su Advanced search per accedervi) si vedono le ricerche fatte che si uniscono scrivendo #(numero ricerca) operatore booleano #(numero ricerca).

17 PubMed I risultati della ricerca (1) Di default vengono visualizzati 20 risultati per pagina. E possibile cambiare questa opzione utilizzando il menu a discesa Display Settings, Items per page. Gli articoli vengono ordinati per data (dal più recente). E possibile cambiare questa opzione utilizzando il menu a discesa Display Settings, Sort By.

18 PubMed I risultati della ricerca (2) Filter your results: Per guardare solo gli articoli free o le revisioni. Titles with your search terms: per trovare articoli che hanno nel titolo i termini cercati Search details: ti mostra i termini Mesh e le parole libere cercate

19 PubMed Accedere al full text (1) Cliccando sul titolo dell articolo, si vede la citazione completa. Spesso c è il link all editore. E visibile il full text se la rivista è free. Cliccando su SFX si accede alla pagina dei servizi Bicocca- Insubria che permette di sapere se l articolo è consultabile in formato elettronico o cartaceo e accedere ai servizi avanzati.

20 PubMed Accedere al full text (2) Articolo disponibile in elettronico: si vedono gli Editori. Articolo disponibile in cartaceo: trovi la scritta «E presente». Articolo non disponibile in Biblioteca di Ateneo: Richiesta di Document Delivery.

21 PubMed Il Record PubMed MeSH terms: riporta i descrittori dell articolo. Related citations: articoli correlati all argomento. Funzione utile quando la ricerca iniziale da pochi risultati. LinkOut: riporta siti gratuiti sull argomento.

22 PubMed Altri tipi di ricerche (1) PMID: l identificativo del record Single Citation Matcher: Topic-Specific Queries: per trovare una citazione di cui per fare ricerche cliniche si hanno alcuni dati (es. autore, o per argomento (anche parole del titolo, nome della per accedere a rivista) MedlinePlus)

23 PubMed Altri tipi di ricerche (2) Clinical Trials: archivio dei trial clinici in corso Journal Database: archivio di titoli di riviste biomediche completi di ISSN e rimandi alle possibili abbreviazioni

24 PubMed Salvataggio (1) E possibile salvare i risultati in un file testo (File) o spedirseli per ( ) o salvarli temporaneamente (8 ore) nella Clipboard.

25 PubMed Salvataggio (2) Per salvare in modo permanente le strategie di ricerca: Registrarsi in My NCBI. Una volta identificati, lanciare la ricerca. Salvarla cliccando su Save Search. Per creare collezioni (raccolte di articoli): Registrarsi in My NCBI. Una volta identificati, lanciare la ricerca. Spuntare gli articoli di interesse. Cliccare su Send to Collections.

26 PubMed Alert ed RSS Per creare un alert: Registrarsi in My NCBI. Una volta identificati, lanciare la ricerca. Salvarla cliccando su Save Search. Scegliere di avere aggiornamenti ( update). Per ricevere nel proprio Reader gli aggiornamenti: Lanciare la ricerca in PubMed. Cliccare su RSS, Create RSS, XML. Se si usa Mozilla Firefox, si apre il Segnalibri Live. Se si usa Internet Explorer, utilizzare un reader (es. google Reader).

27 PubMed Tutorial Dalla Home page di PubMed, nella sezione Using PubMed, si trovano i PubMed Tutorials, per imparare meglio l utilizzo di PubMed (in inglese).

28 PubMed Per approfondire Nella Sede di Medicina della Biblioteca ci sono i libri: Salvatore C. (2007) Conoscere e usare Pubmed. Guida al più noto sistema di ricerca bibliografica in campo Biomedico. Roma: Il pensiero scientifico. Bassi C. (2010) PubMed : istruzioni per l uso. Roma: Il pensiero scientifico Alcuni siti internet con guide: NUOVA INTERFACCIA DI PUBMED Alma Mater Studiorum Università di Bologna, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Biblioteca Centralizzata Clinica

29 Per saperne di più Riferimenti della Biblioteca di Ateneo vai nella Sede di Medicina edificio U8 (Monza), piano terra visita MetaBib sul sito scrivici contattami (reference per medicina) - 02/

30 MetaBib Che cosa è MetaBib è un meta-motore di ricerca che offre un unico punto d accesso alle risorse elettroniche della biblioteca: le banche dati le riviste elettroniche gli e-book il catalogo online (OPAC) l archivio aperto (BOA) Inoltre con MetaBib puoi interrogare direttamente altre risorse importanti per la ricerca quali motori di ricerca (Google Scholar, Scirus), portali, ecc.

31 MetaBib A cosa serve MetaBib, oltre a gestire l accesso alle risorse elettroniche, collega gli strumenti per la ricerca bibliografica disponibili tramite la Biblioteca attraverso un unica interfaccia. Tra le funzioni più importanti di MetaBib ci sono: la possibilità di interrogare più banche dati simultaneamente, con ricerca semplice e avanzata. l accesso al full text o il collegamento alla pagina dei servizi SFX, per capire dove si trova il documento. un area per personalizzare lo strumento e salvare risorse, ricerche e risultati.

32 MetaBib Come si accede [1]

33 MetaBib Come si accede [2] Tutti gli utenti dell Università degli Studi di Milano Bicocca (con indirizzo istituzionale) possono accedere a MetaBib anche da casa, cioè da computer esterni alla rete di Ateneo. Le istruzioni si trovano alla pagina web: e-elettroniche/accesso-da-casa

34 MetaBib Ricerca rapida [1] Ti permette di interrogare gruppi di risorse per le diverse aree disciplinari, scelte dai bibliotecari tra le più usate e chiamate quickset. Vantaggi: puoi ottenere una panoramica veloce del tuo argomento ed eventualmente individuare la banca dati più adatta per un approfondimento. Risultati della ricerca: documenti (articoli, atti di convegno, ecc.) o schede bibliografiche con abstract e riferimenti bibliografici.

35 MetaBib Ricerca rapida [2] Banche dati che compongono il quickset di medicina Esempio di ricerca di articoli e documenti tra le banche dati principali di Medicina

36 MetaBib Risultati della ricerca [1] Dopo aver cliccato su Visualizza i risultati, puoi visualizzare i record delle risorse compatibili con MetaBib. I record sono: ordinati per rilevanza visualizzati in formato uniforme de-duplicati (i record comuni a più banche dati appaiono una volta sola) visualizzabili secondo diversi filtri (argomento, data, soggetto, autore, rivista, banca dati etc.)

37 MetaBib Risultati della ricerca [2]

38 MetaBib SFX [1] Tutti i risultati visibili in MetaBib sono compatibili con SFX (software che cerca i dati dell articolo tra le risorse disponibili in Biblioteca). Per ogni risultato relativo agli articoli quindi sono disponibili i seguenti servizi: accesso al full text, se posseduto* controllo delle copie cartacee sul catalogo (OPAC) richiesta di servizi interbibliotecari informazioni su autore e periodico collegamento a EndNote Web (software di gestione bibliografie) * Nel caso di testi contenuti in e-book, non c è il pulsante SFX, ma il full text è comunque accessibile tramite il Link esterno

39 MetaBib SFX [2] Click sul pulsante SFX ( ) per accedere al menù dei servizi N.B. Per EndNoteWeb vedi pagina Banche Dati sul sito della Biblioteca di Ateneo

40 MetaBib Ricerca multipla [1] Puoi interrogare simultaneamente più risorse, tra quelle compatibili con MetaBib (segnalate con ). Sono disponibili sia la ricerca semplice sia la ricerca avanzata (per titolo, autore etc.). Vantaggi: puoi scegliere quali banche dati interrogare insieme. Puoi cercare per materia e per categoria/sotto-categorie. Risultati della ricerca: documenti (articoli, atti di convegno, etc.) o schede bibliografiche con abstract e riferimenti bibliografici.

41 MetaBib Ricerca multipla [2] Selezioniamo il tipo di ricerca. Nell esempio «Ricerca per categoria». Scegliamo la Categoria Medicina. Possiamo selezionare solo alcune Sotto-categorie o scegliere «Tutte le Banche dati». Scriviamo le parole chiave. Spuntiamo le risorse che vogliamo interrogare.

42 MetaBib Trova riviste e libri [1] Per individuare una rivista o un libro elettronico puoi usare la funzione Trova Riviste e libri e cercare per Riviste elettroniche o Libri elettronici.

43 MetaBib Riviste elettroniche [1] L elenco delle riviste elettroniche comprende tutte le riviste a cui è abbonata la Biblioteca di Ateneo più una selezione di riviste gratuite. Puoi aprirle direttamente sul sito dell editore e sfogliarne l indice (browse, all issues, issue list, archives) o fare una ricerca per parola chiave (funzione search). La grafica e le funzioni della maschera di ricerca variano a seconda dell editore.

44 MetaBib Riviste elettroniche [2] Quando vuoi sapere dove si trova un articolo di cui conosci tutti i dati bibliografici, puoi usare la funzione Trova Riviste Cerca la citazione. E una scorciatoia per interrogare in una volta sola diversi cataloghi: il catalogo on line (OPAC) della Biblioteca la lista delle riviste elettroniche della Biblioteca Puoi cercare anche il PMID di PubMed.

45 MetaBib Trova banche dati [1] Per cercare una banca dati, un catalogo o un altra risorsa, usa la funzione Trova banche dati: per Nome, se sai già quale ti serve per categoria (e sotto-categoria) o per termine libero, se vuoi scoprire le risorse migliori per la tua ricerca Cataloghi on line E-book Motori di ricerca Pacchetti di riviste elettroniche Banche dati Trova banche dati e altro ancora

46 MetaBib Trova banche dati [2] Tra le risorse disponibili, c è la piattaforma ebook Collection di Ebsco.

47 MetaBib Trova banche dati [3] Nella Categoria Medicina, troviamo ben 38 risorse, soprattutto banche dati.

48 MetaBib Trova banche dati [4] Le banche dati bibliografiche sono archivi organizzati di riferimenti bibliografici. Alcune di queste possono comprendere il testo integrale degli articoli (full text) e non solo il riassunto (abstract). Vantaggi: allargano il campo della ricerca a ciò che è stato pubblicato, non solo a quello che possiede la biblioteca. Risultati della ricerca: schede bibliografiche. N.B.: se non c è il full-text, bisogna poi individuare le biblioteche che possiedono il documento cercato attraverso il pulsante SFX

49 MetaBib Area personale [1] Nell Area personale è possibile: crearsi dei quickset su misura (anche mettendo insieme risorse di categorie differenti) salvando le proprie risorse preferite e raggruppandole in set ripetere e raffinare le ricerche precedenti salvare le proprie risorse preferite o anche singoli record NB. Help on line per scoprire tutte le funzioni di MetaBib! Click su

50 MetaBib Area personale [2] Vai su Trova banche dati e spunta le risorse preferite Identificati cliccando sul lucchetto (utilizza come Login e password le stesse di webmail)

51 MetaBib Area personale [3] Torna nell Area Personale, Banche dati preferite. Clicca sulla freccia per aggiungere una risorsa al nuovo quick set Salva il nuovo set dandogli un nome

52 MetaBib Area personale [4] Dopo esserti identificato, dalla pagina della ricerca rapida vedrai anche i tuoi set personali

53 MetaBib Area personale [5] Per salvare una risorsa o la scheda di un articolo, dopo esserti identificato spunta la cartellina Le ritroverai nelle varie sezioni della tua area personale

54 Per saperne di più Riferimenti della Biblioteca di Ateneo vieni in biblioteca Sede Centrale: edificio U6, II piano Sede di Scienze: edificio U2, I piano Sede di Medicina: edificio U8, piano terra visita il sito web scrivici sfx-metalib@unimib.it