Metodi per la ricerca bibliografica e gestione della bibliografia BIOINGEGNERIA ED INFORMATICA MEDICA

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1 Metodi per la ricerca bibliografica e gestione della bibliografia BIOINGEGNERIA ED INFORMATICA MEDICA 1

2 Cos è la bibliometria? La bibliometria è una scienza che utilizza tecniche matematiche e statistiche per: analizzare i modelli di distribuzione delle pubblicazioni scientifiche verificare il loro impatto all'interno delle comunità scientifiche 2

3 La valutazione della produzione scientifica Si distinguono due diversi metodi di valutazione della produzione scientifica: Qualitativo ->la cosiddetta peer reviewing: valutazione della qualità di un paper, fatta da specialisti del settore per verificarne l'eventuale idoneità alla successiva pubblicazione su riviste specializzate, focus -> contenuto Quantitativo -> mira ad estrapolare le relazioni quantitative tra i documenti, basandosi principalmente sull analisi quantitativa delle citazioni bibliografiche focus -> non sul contenuto 3

4 Le basi Si parte dal presupposto che: Chi cita riconosce l eredità ricevuta da chi l ha preceduto (paternità intellettuale) -> deontologia professionale Il numero di citazioni è un indicatore dell impatto di un paper all interno della comunità scientifica di riferimento 4

5 La peculiarità della ricerca citazionale 5

6 Le banche dati citazionali Google Scholar (motore di ricerca) PubMed Web of science: JOURNAL CITATION REPORT ISI WoS Scopus 6

7 Indicatori Impact factor : rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente all anno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista. 5 Year impact factor: calcolato sulla base dei 5 anni precedenti, per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es. scienze matematiche) Eigenfactor: calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni più tardi rispetto a altre). Ispirato all algoritmo Page Rank di Google: una rivista risulta essere importante se è citata da altre riviste influenti. Sono eliminate le auto citazioni alla stessa rivista Immediacy Index: calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista. Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno 7

8 Indicatori Cited half life: calcola l età mediana degli articoli: misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50% del totale delle citazioni dell anno in corso. es. gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo rappresentano il 50% di tutte le citazioni di quella rivista nell anno 2001, quindi: cited half life 2001 = 7.0. H Index: o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E. Hirsch) quantifica la prolificità e l impatto del lavoro degli scienziati, basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute, determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es. h index 13, significa che quell autore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno). Si propone di: prescindere da singoli articoli di grande successo contestualizzare l eccezionale prolificità di autori che hanno però prodotto solo articoli di scarso interesse 8

9 A ciascuno il suo.. IMPACT FACTOR (e derivati) Garfield : Irving H. Sher and I created the journal impact factor to help select additional source journals.(1) non considera le pratiche citazionali di aree disciplinari diverse non viene considerata la tipologia di articolo citato (es. le revisioni normalmente più citate) H-index (e derivati) calcolato in base all importanza dell impatto delle riviste o degli articoli e non in base alla loro quantità non include le auto-citazioni nel calcolo si può calcolare sia per il singolo ricercatore sia per un gruppo di ricercatori 9

10 A ciascuno il suo.. IMPACT FACTOR (e derivati) 10 sussiste una disparità tra numeratore e denominatore (quest ultimo include articoli, note e rassegne, ma al numeratore le citazioni vengono fatte su tutti i tipi di documenti) si presta ad usi fraudolenti (creando così distorsioni sul reale valore di una rivista, es. auto-citazioni alla rivista o al gruppo editoriale, auto-citazioni tra gruppi in accordo tra loro etc.) la sua fortuna...la semplicità di calcolo H-index (e derivati) penalizzati i ricercatori che hanno avuto una carriera lavorativa breve non esamina il contesto della citazione (es. citazione in introduzione) non distingue gli articoli pubblicati da un singolo autore e quelli scritti da un gruppo di ricercatori

11 Le banche dati citazionali sono utili nella ricerca bibliografica, in particolare: A. Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo? B. Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano tra varie discipline? C. Dove posso trovare una revisione ad un certo libro? D. Chi ha citato un certo lavoro? E. Quali articoli vengono pubblicati nel mia unità di ricerca? F. Last not least come posso ampliare la mia ricerca bibliografica? 11

12 Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica Formulazione del quesito Scelta dei termini Impostazione della strategia di ricerca Uso degli operatori booleani Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca (filtri, limiti ) 12

13 Operatori booleani 13

14 Google Scholar per la ricerca bibliografica fornisce letteratura accademica: articoli/abstract da riviste peer reviewed, tesi, libri, prodotti da editori accademici, società professionali, università ed organizzazioni scientifiche possibilità di personalizzare la ricerca da Advanced Scholar Search il ranking è basato sulla rilevanza dell articolo, dell autore e sulla frequenza con cui è stato citato. I risultati più rilevanti compaiono per primi 14

15 Home page 15

16 Prima ricerca: argomento Numero di citazioni ricevute Possibile ordinarli in base data di pubblicazione e non solo rilevanza 16

17 Ricerca per autore 17

18 Ricerca per specifica lingua 18

19 Ricerca avanzata 19

20 Operatori avanzati Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google: L'operatore "+" consente di includere nei risultati parole, lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google, ad esempio in [+de knuth]; L'operatore "-" esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca, come in [fiori-autore:fiori]; La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in ["as you like it"]; L' operatore "OR" restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca, come in [opzione acquisto OR vendita]; L' operatore "intitle:" come in [intitle:marte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento. 20

21 National Center for Biotechnology Information National Library of Medicine - National Institutes of Health (USA) 21

22 Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare, NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero, conduce ricerche di biologia computazionale, sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dell informazione biomedica. ENTREZ è il sistema integrato per la ricerca e il recupero dell informazione usato da NCBI per i principali database, tra cui PubMed, OMIM, Nucleotide and Protein Sequences, Protein Structures, Complete Genomes, PubChem, Taxonomy, ed altri. 22

23 Entrez Global Query Cross-Database Search System 23

24 Entrez Global Query Cross-Database Search System Attraverso questa pagina di ENTREZ è possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi, usando la pagina come una directory). La stringa di ricerca può consistere in uno o più termini in linguaggio naturale; è possibile usare gli operatori booleani. Accanto all icona/nome di ogni database compare il numero di record trovati: selezionandolo, l utente può visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca. In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o più termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato è grigio, e in ogni database sarà possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca. 24

25 Entrez Global Query Cross-Database Search System 25

26 PubMed Tipologia: Base dati bibliografica. Accesso: Libero e gratuito. Lingua: Inglese. Produttori: National Center for Biotechnology Information (NCBI), National Library of Medicine (NLM), National Institutes of Health (NIH) Contenuto: Più di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici, dal 1946 ad oggi in vari settori: medicina, odontoiatria, infermieristica, medicina veterinaria, sanità e scienze precliniche. La maggior parte degli articoli è in lingua inglese; i periodici indicizzati sono circa 5.400, pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70 paesi. L aggiornamento è quotidiano (ca nuove citazioni al mese). La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto da medici, editori e bibliotecari PubMed consente l accesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli editori e ad altre risorse web collegate (libri, localizzazione delle riviste, ecc.). 26

27 Componenti di PubMed MEDLINE: la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi); OLDMEDLINE: recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946); PREMEDLINE (Record in progress ): citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE Out-of scope citations: citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es. Science ); PubMed Central: citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-medline); Citazioni da altri database: HealthSTAR, AIDSLINE, HISTLINE, SPACELINE, BIOETHICSLINE; Ahead of print or epub citations: citazioni di articoli elettronici, in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee. 27

28 PubMed Machera di ricerca Guide Tutorial Novità Informazioni Strumenti Ricerche speciali 28 Strumenti Ricerche speciali Risorse aggiuntive Altri database (es. Mesh) Link a risorse esterne

29 Single Citation Matcher Single Citation Matcher: una maschera di ricerca con tutti i campi della citazione. Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano almeno alcuni elementi, o un gruppo di citazioni a partire da elementi comuni: es. gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno, ecc.. 29

30 Il Record Bibliografico 1 Source / Fonte Titolo della Rivista, Anno mese; Volume (Fascicolo): Pagine Codice Identificativo Univoco Può essere usato come chiave di ricerca 30

31 Il Record Bibliografico 2 Tipologia di pubblicazione Medical Subject Headings Descrittori assegnati all articolo da un team di esperti, medici e documentalisti, con un processo completamente manuale I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono essere utilizzati per impostare ulteriori ricerche 31

32 La Ricerca 1 Ricerca con i Descrittori: funziona solo sui record sottoposti al processo di indicizzazione, ne sono esclusi gli articoli più recenti, ma è estremamente precisa e consente un alto grado di raffinamento dei risultati. Ricerca Libera: funziona su tutti i record inseriti nella banca dati, ma è meno precisa, genera più rumore. N.B. Le due tipologie di ricerca sono complementari! 32

33 La Ricerca 2 Ricerca per descrittore: i MeSH - Medical Subject Headings descrittori principali, ca entry terms, più di voci supplementari I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati, strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero). Il tesauro è usato dalla National Library of Medicine per l indicizzazione degli articoli. I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es. Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte più autorevole per l indicizzazione dei documenti biomedici Il Mesh Database Ogni termine è corredato da una definizione, dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati), dalle qualificazioni (Subheadings); una volta scelto il termine è possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con l operatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari: a questo punto è possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante search PubMed. 33

34 Il Mesh Database 1 34

35 Il MeSH Database 2 Definizione del termine, anno di introduzione Qualificatori 35

36 Il MeSH Database 3 -Restringi all argomento principale = verranno reperiti gli articoli in cui il termine è stato indicato come concetto principale -Non esplodere il termine = verranno esclusi dalla ricerca tutti i termini sottordinati Due importanti strumenti per rendere più precisa la ricerca e limitare il richiamo Struttura gerarchica Tree Structure 36

37 Il MeSH Database 4 Selezionare gli eventuali qualificatori Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal menù a tendina l operatore adeguato. E possibile combinare più termini 37

38 Raffinare la ricerca: Filtri E' possibile filtrare la ricerca per: Data di pubblicazione Tipologia di pubblicazione Lingua Specie Genere Età... 38

39 La Ricerca Libera 1 Una ricerca più ampia : Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo, abstract, descrittori MeSH, Titolo della rivista ecc.) e di recuperare record non indicizzati (es.: i record recentissimi). Una ricerca meno precisa: Non possiamo più contare su un dizionario controllato, dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche, del singolare/plurale, e, soprattutto, dei SINONIMI. Un grande aiuto viene dai MeSH (entry terms, termini correlati). 39

40 La Ricerca Libera 2 Ricerca libera: tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi. Ricerca per Campi: al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore, [ti]=titolo, [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista, ecc.). Ricerca per frase: racchiudendo due o più termini tra virgolette ( ) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase. Ricerca per Titolo di Rivista Journals in NCBI databases : permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI. Ricerca per Autore: cognome + iniziali (es.: Caniggia A.) 40

41 La Ricerca Libera 3 Troncamento = * Operatori Booleani = AND, OR, NOT Parentesi per stabilire un ordine di priorità per ricerche con più termini e con più operatori. Limiti per data di pubblicazione, lingua, presenza dell abstract, disponibilità del full-text Esempio hypercholesterolem* AND (therapy OR therapies OR therapeut* OR control OR prevention OR preventive OR prevent) 41

42 Ampliare la ricerca Quando esiste la versione elettronica dell articolo PubMed fornisce il link al testo pieno, che può essere : - Free (liberamente accessibile) - Ad accesso ristretto (abbonamento, pay per view, embargo) Gli articoli sono correlati attraverso la comparazione delle parole di titolo e abstract e dei termini MeSH. Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono ordinati -caso unico- per rilevanza e non per data. Sono un ottimo strumento per ampliare la ricerca, ma attenzione a non perdersi! Ad ogni articolo vengono associati link ad altre risorse, bibliografiche e fattuali: 42

43 Gestire i risultati La Clipboard è una cartella temporanea in cui è possibile archiviare fino a 500 record per tutta la durata della sessione di lavoro, e rimane attiva per 8 ore dall'ultima operazione. 43

44 Gestione della bibliografia Esistono diversi strumenti per gestire la propria bibliografia Ci soffermiamo su due applicativi Mendeley Zetero Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di poter inserire citazioni all interno dei propri testi (es. tesi, articolo scientifico, ) 44