Programmazione in Python per la bioinformatica

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Bartolomeo Gagliardi
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1 per la bioinformatica University of Verona

2 Sommario pattern in interagire

3 List comprehension Uso del construtto List comprehension Modo conciso e diretto per creare liste Utilizzato tipicamente per creare una nuova lista a partire dagli elementi di una determinata collezione Sintassi: new_list = [funzione(i) for i in collezione if condizione(i)] Equivalente a: new_list = [] for i in collezione: if condizione(i): new_list.append(funzione(i))

nucleotidi associati dal dizionario rules La funzione '<sep>'.

4 Esempio di uso per list comprehension Funzione per fare il complemento di una stringa di DNA Funzione per sostituire alla string di DNA data i nucleotidi associati dal dizionario rules La funzione '<sep>'.join(<list>) concatena elementi della lista <list> inserendo il separatore <sep> fra i vari elementi.

5 Esempio di uso per list comprehension con ltraggio Complemento di una stringa di DNA con basi nulle considerare la presenza di basi non specicate nel dizionario

6 Esercizi su list-comprehension Eserc lc Q1 Scrivere una funzione per calcolare la radice quadrata di una lista di numeri, considerando la possibile presenza di numeri negativi. Q2 Scrivere una funzione per calcolare la somma pressa di una lista l usando list comprehension. Scaricare e modicare il le eserc_lc.py [Sol.: eserc_lc.sol]

7 Argomenti da linea di comando Passare argomenti agli script Problema: dato uno script processfasta.py che esegue il parsing di un le in formato fasta, voglio poer passare allo script il nome del le da linea di comando 3.2 processfasta.py myseq.fasta possiamo utilizzare il modulo sys e la variabile argv output : ['processfasta.py', 'myseq.fasta']

8 Fare il parsing degli argomenti da linea di comando Utilizzo di getopt per processare sys.argv Problema: memorizzare nel dizionario solo le sequenze piu' lunghe di un determinato valore passato da linea di comando 3.2 processfasta.py -l 25 myseq.fasta con questa chiamata dovrei memorizzare nel dizionario solo le sequenze piu' lunghe di 25 caratteri.

9 Denire l'utilizzo dello script deniamo una funzione che indica all'utente come usare lo script

10 Utilizzare la funzione getopt Utilizzare getopt per recuperare gli argomenti opzionali e richiesti

11 Output della funzione getopt Cosa ritorna la funzione getopt

12 Gestire gli argomenti ritornati da getopt come processare gli argomenti

13 Interfacciamento con programmi esterni Come interagire con i programmi esterni dagli script possiamo eseguire un programma all'interno di uno script molto utile per automatizzare alcune routine dicili da fare in

14 Semplice esempio di interfacciamento con programmi esterni Esempio di interfacciamento chiamare il comando ls con parametro -l chiamare lo script processfasta.py sul le myseq.fasta (lo script deve essere eseguibile)

La variabile speciale name Signicato della variabile name la variabile name e' una variabile speciale che l'interprete inizializza quando esegue un modulo.

15 La variabile speciale name Signicato della variabile name la variabile name e' una variabile speciale che l'interprete inizializza quando esegue un modulo. se il modulo viene eseguito come programma principale (i.e., da linea di comando o con subprocess) la variabile name viene posta a main se un modulo A viene importato da un altro modulo B la variabile name viene inizializzata on il nome del modulo A.

16 Uso della variabile speciale name Usare la variabile name nei moduli tipicamente la variabile name puo essere usata per decidere se eseguire un blocco di codice in un modulo.

17 Esercizi su interazione Eserc sys Q1 Completare lo script processfasta.py in modo che crei un dizionario che include solo le sequenze piu' lunghe del parametro specicato. Stampare il dizionario. Scaricare e modicare processfasta.py [Sol: processfasta.sol]

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