Curriculum vitae del Dr. Gianluca De Bellis. Studi compiuti

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1 Curriculum vitae del Dr. Gianluca De Bellis Studi compiuti 1981 : Diploma di Maturita' Scientifica presso l'istituto "L. Cremona" di Milano conseguito con la votazione di 60/ : Laurea in Chimica presso l'universita' Statale di Milano, votazione conseguita: 110/110 e lode Incarichi ricoperti Ricercatore CNR dal 1989 Primo ricercatore CNR dal 2005 Responsabile di Commessa PM.P Sviluppo di metodologie di indagine genomica basate su piattaforme tecnologiche ad alta produttività Membro del Consiglio di Istituto del CNR-ITB Membro del Comitato Direttivo del Centro di Studi Interdisciplinari e Applicazioni Industriali dell Universita di Milano (Centro di Eccellenza MIUR) Responsabile della Piattaforma Microarray del Centro di Studi Interdisciplinari e Applicazioni Industriali dell Universita di Milano Responsabile per la sicurezza dei lavoratori del CNR-ITB Incarichi didattici 2000/2001 Professore a contratto di Biologia Molecolare presso la Facolta di Fisica, Universita Cattolica (Brescia) 2001/2006 Professore a contratto di Biologia Molecolare presso il Politecnico di Milano Incarichi di responsabile scientifico di progetti di ricerca finanziati 1991: Contratto triennale di ricerca nell'ambito del Progetto Finalizzato CNR Biotecnologie e Biostrumentazione con un progetto per l'impiego di strumentazione avanzata in biologia molecolare 1994 Contratto biennale di ricerca affidato dalla Regione Lombardia nell'ambito del Progetto per le patologie di rilevante interesse sanitario con un progetto sull'uso di sistemi di sequenza a fluorescenza laser indotta e di elettroforesi capillare nella identificazione a livello molecolare di emoglobinopatie 1995 Contratto di ricerca annuale affidato da Telethon nell ambito dei progetti ad alto contenuto innovativo con un progetto sull uso della elettroforesi capillare nella determinazione di mutazioni puntiformi 1997 Coordinatore (5 U.O.) di progetto triennale di ricerca (nell'ambito del Progetto Finalizzato CNR Biotecnologie) con un progetto per l'impiego di microarrays in biologia molecolare 1999 Contratto biennale di ricerca applicazione dei DNA chips in genomica con la societa Biosearch Italia 1999 Contributo di ricerca triennale CNR 5% Nanotecnologie 2000 Contratto triennale di ricerca CEE su Design and testing of DNA microarrays to monitor microbial diversity with adequate biodiversity indexes, using cyanobacteria in freshwater as a model system (MIDI-CHIP) 2000 Contratto triennale di ricerca CEE su Traceability of DNA fragments throughout the food chain by DNA/PNA technologies. Applications to novel foods DNA-TRACK 2001 contratto triennale di ricerca con NovusPharma sull'applicazione della tecnologia microarray alla farmacogenomica 1

2 2001 contratto triennale di ricerca con Aventis sull'analisi trascrizionale genome wide su ceppi produttori di antibiotici 2001 contratto triennale con Polymed per lo sviluppo di microarray indirizzati alla tipizzazione HLA 2001 contratto biennale con MURST sui progetti FISR Agrobiotecnologie per l'identificazione di OGM 2001 contratto biennale con il Ministero della sanita' per lo sviluppo di uno chip per lo studio sulle cellule staminali 2001 contratto Biennale Agenzia 2000 CNR per lo sviluppo di Chip in ambito alimentare 2001 Contratto Triennale con ISS per sviluppo di chip in ambito di identificazione di GMO tramite microarray 2001 Contratto triennale di ricerca CEE su Traceability of olive oil OLIV-TRACK 2003 Contratto Biennale con IRCSS Don Gnocchi Milano Identificazione di quasispecie HHV8 tramite microarray 2003 Contratto Biennale con IRCSS Spallanzani identificazione di quasispecie virali tramite microarray 2003 Contratto Biennale con IRCSS Istituto Tumori Milano Identificazione di antigeni tumorali tramite microarray 2003 Coordinatore (5 U.O.) di progetto FIRB MIUR Contratto triennale per lo sviluppo di Biochip 2004 Responsabile di Progetto FIRB-MIUR Contratto triennale per le microtecnologie applicate 2005 Responsabile di Progetto FIRB-MIUR quinquennale Grandi Laboratori NG-LAB 2006 Responsabile di Progetto FIRB-MIUR grandi Laboratori Antibioticoresistenze 2006 Contratto di ricerca con Sanofi Aventis su microrganismi antibiotico-produttori 2007 Coordinatore di Progetto Cariplo "studio di tumori tramite tecnologie avanzate" 2007 Contratto di ricerca con Hardis-Kedrion su genotipizzazione di HCV 2007 Responsabile di Progetto FIRB idee progettuali Agrobiotecnologie 2007 Responsabile di Progetto FIRB idee progettuali Lab on chip 2007 Responsabile di Progetto FIRB idee progettuali Nuovi antibiotici 2008 Responsabile Progetto Sanofi Aventis / CISI Scrl 2010 Responsabile di Progetto Cariplo Vaccini 2010 PRIN 2008 Caratterizzazione genetica dell'iperinsulinismo Congenito dell'infanzia mediante tecnologia SNP array e sequenziamento ultramassivo 2010 Responsabile Progetto Cariplo Interattoma 2011 Responsabile Progetto Telethon Terapia genica dei difetti di adesione dell'epidermide 2012 responsabile Progetto FISM Nuovi determinanti genetici 2012 Responsabile Progetto di Ricerca industriale UniLe 2013 Responsabile Progetto di ricerca industriale Sanofi-Aventis Attivita editoriale 1995 membro dell editorial board di Frontiers in Bioscience Attivita come revisore di Progetti di Ricerca Revisore nel Panel di Valutazione del Comitato di Indirizzo e valutazione della Ricerca del MIUR (CIVR) area Biologia Periodo di attivita 2005 Revisore progetti di Ricerca di Interesse Nazionale (PRIN) MIUR Periodo di attivita dal 2004 a oggi 2

3 Revisore progetti di ricerca Universita di Padova Periodo di attivita dal 2004 ad oggi Membro del Gruppo tecnico di lavoro per la stesura del Piano Nazionale della Ricerca (PNR) del MIUR Periodo di Attivita 2004 Esperto Revisore di Progetti di ricerca Industriale per il MIUR Periodo di attivita dal 2008 ad oggi Esperto Revisore di progetti di ricerca industriale per la Regione Calabria Periodo di Attivita 2012 Attivita di Ricerca Il Dr. De Bellis lavora come Primo ricercatore presso il CNR ITB dove ha iniziato la sua attivita come ricercatore nel L attivita di ricerca del Dr. De Bellis e stata costantemente rivolta allo sviluppo di metodologie analitiche in Biologia molecolare, piu specificatamente allo studio di acidi nucleici. Il laboratorio di cui e responsabile si e inizialmente specializzato nel sequenziamento di DNA tramite sistemi automatici a fluorescenza Laser indotta, producendo numerose pubblicazioni sia di carattere metodologico che applicativo nei settori dell analisi di mutazioni e genomica A partire dal 1996 si e interessato alla tecnologia dei DNA arrays coordinando un progetto nel PF CNR Biotecnologie. A partire dal 2000 ha costituito un gruppo integrato di ricerca (Array Technology Group) con il laboratorio della Dr.ssa Cristina Battaglia del Dipartimento di Tecnologie Biomediche Avanzate dell Universita degli Studi di Milano. A partire dal 2004 si e interessato ai sistemi di sequenziamenti ultramassivi di nuova generazione creando e coordinando un gruppo dedicato all esplorazione e utilizzo di questa tecnologia. Questa attivita ha consentito di consolidare fortemente la posizione di preminenza nel panorama italiano nel settore delle tecnologie di analisi degli acidi nucleici di ultima generazione. Attualmente il gruppo consta di 12 persone ed e dotato di attrezzature allo stato dell arte nel settore della tecnologia ad array e del sequenziamento ultramassivo di DNA. Grazie all esperienza acquisita nel settore della tecnologia ad array il Dr. De Bellis ha svolto attivita di consulente per diverse aziende. Ha pubblicato oltre 110 lavori su riviste internazionali peer-reviewed (IF cumulativo > 400) di cui quasi 50 come primo autore o corresponding author. Ha depositato 6 brevetti nel settore delle tecnologie ad array e dell analisi di sequenze. Oratore Invitato o Strumentazione avanzata per il sequenziamento di DNA Advanced Technology for the clinical Laboratory and Biotechnology, 6th European edition of the Oak Ridge Conference, Milano, Novembre o DNA chips, Workshop Strumenti per le biotecnologie avanzate, Bressanone o Analisi genomica degli aspetti nutrizionali degli alimenti, in Congresso Novel Foods, Milano, o Il progetto DNA Microarray, Comitato Utenti del PF CNR Biotecnologie, Milano,

4 o Prospettive e problematiche nell applicazione della tecnologia del DNA microarray, Biotecnologie cellulari, Nuove Prospettive, Modena o Applicazione delle micro e nanotecnologie in biotecnologia, VI conf. Nazionale sensori e microsistemi, Roma 3-4/2/2001 o Le microtecnologie in biologia molecolare, Incontri tecnici Federchimica Milano, o Array Technologies for application in microbiology, ESF workshop, Bertinoro 6-10/11/01 o Controllo qualitativo nell analisi microarray in Tecnologia degli oligo e DNA microarray e analisi statistica dei dati Genova, 14/12/01 o Identification of polymorphisms by the universal array approach, Understanding the genome: Scientific Progress and Microarray Technology, Genova 29/11-1/ o Microarray technology in Post-genomic biotechnologies and protein functional studies in model organisms, Bilateral USA-Italy seminar 3-4/10/03 o Application of microtechnologies in Pharmaceutical research, Premio Bracco, Milano o Sviluppo e validazione di tecnologie microarray, Incontri tecnici Assotec Federchimica Milano, o High throuput sequencing technologies Biotecknica Monaco di Baviera Novembre 2007 o High throuput sequencing technologies SIGU Novembre 2007 o New Frontiers in Microtecnologies Bressanone Dicembre 2007 o High throughput sequencing technologies Bilateral Workshop Italia-Canada, Rome Marzo 2008 o Course in Integration of cytogenetics, microarrays and massive sequencing in biomedical and clinical research, October 2008, Bologna o Course in Integration of cytogenetics, microarrays and massive sequencing in biomedical and clinical research, October 2009, Bologna o Course in Integration of cytogenetics, microarrays and massive sequencing in biomedical and clinical research, October 2010, Bologna o Chairman Session on Genomics and Postgenomics, ESF workshop, Bertinoro 6-10/11/01 Sessione Microarray Technology, Microarray Meeting I, Milano 9-10/6/03 Sessione Microarray Technology, Microarray Meeting II, Milano 9-10/6/02 Session on Microarray Technology II, Understanding the genome: Scientific Progress and Microarray Technology, Genova 29/11-1/ Sessione Microarray Technology, Microarray Meeting III, Milano 9-10/6/03 Organizzazione di Convegni (comitato scientifico organizzatore) Microarray Meeting I, Milano Microarray Meeting II, Milano 12/4/02 Microarray Meeting III, Milano 9-10/6/03 Microarray Meeting IV, Milano 11/6/04 Next Generation sequencing Workshop, Bari 6-8 Ottobre 2010 Cura di Numeri monografici Minerva Biotecnologica Vol 13 No. 4 Minerva Biotecnologica Vol 14 No. 4 Minerva Biotecnologica Vol 15 No. 4 Pubblicazioni su riviste internazionali (indicizzate ISI) 4

5 Articolo 1. Benfenati E., Farina P., Colombo T., De Bellis G., Capodiferro M.V., D'Incalci M., Metabolism and pharmacokinetics of p-(3,3-dimethyl-1-triazeno) benzoic acid in M5076 sarcoma bearing mice. Cancer Chemother. Pharmacol. 24, , Benfenati E., De Bellis G., Chen S., Fanelli R., Tacconi M.T., Kirschner G., Pege G., A fast atom bombardment-mass spectrometric method to quantitate lysophosphatidylserine in rat brain. J. Lipid Research 30, , Benfenati E., D. Macconi, M. Noris, G. Icardi, L. Bettazzoli, G. De Bellis, M. Gavinelli, S. Rotondo, G. Remuzzi Development of a mass spectrometric method to quantitate platelet activating factor in mouse urine. J. Lipid Research 30, , Murru S., G. De Bellis, L. Casula, R. Casu, B. Masala, M. Pirastu, A. Cao, M. Luzzana Identification of point mutations by direct sequencing of amplified DNA and automation of the method. Ital. Journal of Biochemistry, 40,145a-147a, 1991 (ceased publication 2008) 5. De Bellis G.*, M. Manoni, R. Pergolizzi, P. Vezzoni, M. Luzzana Primer design in fluorescent automated DNA sequencing Nucl. Acids Research, 18, , Manoni M., Tribioli C., B. Lazzari, G. De Bellis, M. Patrosso, R. Pergolizzi, M. Pellegrini, E. Maestrini, S. Rivella, P. Vezzoni, D. Toniolo The nucleotide sequence of a CpG island demonstrates the presence of the first exon of the gene encoding the human lysosomal membrane protein h-lamp2, and assigns the gene to Xq24, Genomics, 9, , De Bellis G.*, Consani I.R., Manoni M., Pergolizzi R., Luzzana M. Fluorescent automated sequencers: a file exchange program. Computer Applications in the Biosciences (CABIOS), 8, 195, 1992 (Now published as Bioinformatics) 8. Manoni M., Pergolizzi R., Luzzana M., De Bellis G.* Dideoxy linear polimerase chain reaction on a commercial fluorescent automated DNA sequencer. BioTechniques, 12, 48-51, De Bellis G.*, Manoni M., Pergolizzi R., Redolfi M.E., Luzzana M., A more stringent choice of primers can improve the performance of fluorescent automated DNA sequencers, BioTechniques 13, , Paleari R., A. Mosca, A. Maccaronio, F. Rubino, L. Zecca, G. De Bellis, S. Debernardi, D. Cappellini and G. Fiorelli, Hb Abruzzo beta 143 (H21) His>Arg. A high oxygen affinity variant identified by mass spectrometry and DNA analysis, Hemoglobin 17, , Tripputi P., Bacciocchi G.,Accolla R.S., Mantero G., De Bellis G., Manoni M., Cassani G., G. Corneo, Detection of human chromosomes in somatic cell hybrids by PCR analysis, Cytogenetics and Cell Genetics 62, 1-4, 1993 (from 2002 published as Cytogenetic and genome research) 12. G. De Bellis*, G. Caramenti, I. Consani, R. Pergolizzi, S. Debernardi, L. Invernizzi, M. Luzzana, Mixed mode fluorescent automated DNA sequencing, Biotechniques 16, , G. De Bellis*, G. Caramenti, I. Consani, R. Pergolizzi, S. Debernardi, L. Invernizzi, M. Luzzana, Automation in the molecular biology laboratory with a commercial robotic workstation to determine genetic defects at the molecular level, Laboratory Robotics and Automation 6, , 1994 (ceased publication in 2000) 14. F.M. Montemuros, M.D. Cappellini, D. Tavazzi, G. De Bellis, S. Debernardi, G. Fiorelli, Molecular characterization of an italian G6PD variant responsible for chronic non-spherocytic haemolytic anaemia, Clinical genetics 46, (1994) 15. Pergolizzi R. Appierto V. Sacchi C. Mostardini M., Manca A., Korn B., Pouska A., De Bellis G., Biunno I. Identification of novel putative genes in the human Xq27-28 region Cytogenetics and cell Genetics 67, 331 (1994) (from 2002 published as 5 2,740 4,409 4,409 0, ,075 6,701 2,587 2,587 1,000 2,076 2,587 0,614 3,206 2,076

6 Cytogenetic and genome research) 16. Paleari R. Mosca A., Maccaronio A., G. De Bellis, S. Debernardi, F. Lang, L. Luzi A 1,000 new case of Hb Agenogi [ß90(F6)Glu->Lys] detected by DNA analysis, Hemoglobin 18, (1994) 17. Cappellini M.D., Martinez F., Dotti C, Tavazzi D., De Bellis G., Debernardi S., 10,555 Fiorelli G. Molecular heterogeneity of glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) mediterranean type in italy Blood 84, 114a, De Bellis G*, R. Pergolizzi, S. Debernardi, L. Invernizzi, M. Luzzana, Fluorescent 2,587 automated DNA sequencing by limited primer labeling, Biotechniques 19, 66-70, De Bellis G.*, Invernizzi L., Debernardi S., Pergolizzi R., Luzzana M., Anion 2,587 exchange HPLC analysis of biotinylated oligonucleotides Biotechniques 19, , R. Pergolizzi, V. Appierto, A. Bosetti, G. De Bellis, E. Rovida, I. Biunno Cloning of a 2,578 gene encoding a Dnase I-like endonuclease in the human Xq28 region Gene 168, , Debernardi S., M. Luzzana, G. De Bellis* Solid phase purification and SSCP analysis 2,623 of amplified genomic DNA by capillary electrophoresis. Frontiers in Bioscience, 1, 1-3, Debernardi S., G. De Bellis*, R. Paleari, A. Mosca, M. Luzzana Characterization of 1,000 Hb Camperdown (b104(g6)arg->ser) by capillary electrophoresis and automated solid phase DNA sequencing Hemoglobin 20, , M.D. Cappellini, F.Martinez di Montemuros, G. De Bellis, S. Debernardi, C. Dotti, G. 10,555 Fiorelli Multiple G6PD mutations are associated with a clinical and biochemical phenotype similar to that of G6PD mediterranean, Blood 87, , G. De Bellis*, G. Salani, S. Panigone, F. Betti, L. Invernizzi and M.Luzzana, 5,579 Apolipoprotein E genotyping by restriction fragments analysis in capillary electrophoresis, Clinical Chemistry : G. De Bellis*, G. Salani, Oligonucleotide analysis by capillary zone electrophoresis at 3,146 low ph, Anal. Chim. Acta 1997, 345: Biunno, I. Rogozin, V. Appierto, L. Milanesi, M. Mostardini, S. Mumm, R. Pergolizzi, 0,606 I. Zucchi and G. De Bellis, Sequence and gene content in 35Kb genomic clone mapping in the human Xq27.1 region, DNA sequence 1997,8: M. Mostardini, V. Appierto, R. Pergolizzi, I. Zucchi, S. Mumm, G. De Bellis, L. 2,578 Milanesi, I. Rogozin, I. Biunno, Identification of a U7snRNAhomologue mapping to the human Xq27.1 region between the DXS1232 and DXS119loci, Gene : GB Ferrara, L. Delfino, G. Salani, G. De Bellis, HLA Typing for immunotherapy by 3,061 microchips, Human Immunology, 1998, 59, S Maria Flora Mangano, Cristina Battaglia, Giuliana Salani, Luigi Rossi Bernardi and 0,571 Gianluca De Bellis*, OLIGONUCLEOTIDES QUALITY CONTROL ANALYSIS IN FREE SOLUTION BY CAPILLARY ELECTROPHORESIS AT ACIDIC ph.nucleotides and nucleosides, 1999, 18: PierGiorgio Pietta, Maria Flora Mangano, Cristina Battaglia, Giuliana Salani, 3,756 Gianluca De Bellis* application of capillary electrophoresis at low ph to oligonucleotide quality control 1999, J. Chrom A, 853, Maria Flora Mangano, Cristina Battaglia, Giuliana Salani, Luigi Rossi Bernardi and 3,756 Gianluca De Bellis*, Composition dependent separation of oligonucleotides by capillary electrophoresis in acidic buffers with application to the quality control of synthetic oligonucleotides J. Chrom A, 848, GB Ferrara, L. Delfino, C. Pera, G. Saalani, G. De Bellis, HLA Typing for 3,061 6

7 immunotherapy by microchips, Human Immunology, 1999, 60, S GB Ferrara, L. Delfino, C. Pera, G. Salani, C. Consolandi, c. Battaglia, R. Cubeddu, P. Dario, L. Rossi Bernardi, G. De Bellis, DNA microchips technology for human polymorphisms, Human Immunology, 1999, 60, S G De Bellis*, C Battaglia, G. Salani, L Rossi Bernardi, Microarray technology in molecular diagnosis and gene expression studies, Minerva Biotecnologica, 1999, 11: Luigi M E Grimaldi, Valeria M Casadei, Cinzia Ferri, Fabrizio Veglia, Federico Licastro, Giorgio Annoni, Ida Biunno, Gianluca De Bellis, Sandro Sorbi, Claudio Mariani, W Sue T Griffin, Massimo Franceschi, Association of early onset Alzheimer s Disease with an interleukin-1alpha gene polymorphism, Annals of neurology Mar;47(3): Gianluca De Bellis, Giuliana Salani, Cristina Battaglia, Piergiorgio Pietta, Enrico Rosti, Pierluigi Mauri, Electrospray mass spectrometry of synthetic oligonucleotides using 2-propanol and spermidine, Rapid Comm. In Mass Spectrometry 2000;14(4): Battaglia C, Salani G, Consolandi C, Bernardi LR, De Bellis G*. Analysis of DNA microarrays by non-destructive fluorescent staining using SYBR green II. Biotechniques Jul;29(1): G. Valentini, C. D Andrea, D. Comelli, A. Pifferi, P. Taroni, A. Torricelli, R. Cubeddu, C. Battaglia, C. Consolandi, G. Salani, L. Rossi-Bernardi, G. De Bellis, Time-resolved DNA-microarray reading by an intensified CCD for ultimate sensitivity, Optics Letters, 2000, 25: G. De Bellis*,G. Caramenti, M. Ilie, E Cianci, V. Foglietti Microelectrodes organized in a array format for biomolecular investigations, Minerva Biotec,2001; Vol.13,N4: Consolandi C, Castiglioni B, Bordoni R, Busti E,, C.Battaglia, G De Bellis*. Development of oligonucleotide arrays to detect mutation and polymorphisms. Minerva Biotec 2001; Vol.13 N4: Bordoni R, Consolandi C, Castiglioni B, Busti E, Bernardi LR, Battaglia C, De Bellis G* Investigation of the multiple anchors approach in oligonucleotide microarray preparation using linear and stem-loop structured probes. Nucleic Acids Res Apr 15; 30(8):E Ida Biunno; Bianca Castiglioni; Igor B. Rogozin; Gianluca DeBellis; Giulia Malferrari; Monica Cattaneo Cross-Species Conservation of SEL1L, a Human Pancreas-Specific Expressing Gene Omics: A Journal of Integrative Biology 2002 Volume: 6 Number: 2 Page: p p C. Consolandi, B. Castiglioni, R. Bordoni, E. Busti, C. Battaglia, L. Rossi Bernardi, G. De Bellis* Two efficient polymeric platforms for oligonucleotide microarray preparation, Nucleosides, Nucleotides & Nucleic acids, Vol 21, No8&9, pp , Alessandra Mezzelani, Roberta Bordoni, Clarissa Consolandi, Luigi Rossi Bernardi, Andrea Frosini, Bianca Castiglioni, Ermanno Rizzi, Cristina Battaglia and Gianluca De Bellis*, Ligation Detection Reaction and Universal Array for detection and identification of Genetically Modified Organisms (GMOs), Minerva Biotecnologica, (3-4) Bianca Castiglioni, Ermanno Rizzi, Andrea Frosini, Maria Mugnai, Stefano Ventura, Kaarina Sivonen, Rajaniemi Pirjo, Rantala Anne, Annick Wilmotte, Christophe Boutte, Clarissa Consolandi, Roberta Bordoni, Alessandra 3,061 9,935 2,772 2,587 3, ,167 0,571 7

8 Mezzelani, Elena Busti, Luigi Rossi Bernardi, Cristina Battaglia and Gianluca De Bellis*. Application of an universal DNA microarray to cyano bacterial diversity assessment, Minerva Biotecnologica (3-4) Gianluca De Bellis*, Bianca Castiglioni, Roberta Bordoni, Alessandra Mezzelani, Ermanno Rizzi, Andrea Frosini,Elena Busti, Clarissa Consolandi,Luigi Rossi Bernardi, Cristina Battaglia, Ligase detection reaction (LDR) and universal array (Zip Code): application to DNA genotyping, Minerva Biotecnologica, (3-4) Frosini A., Casati P., Bianco P. A., Bordoni R., Consolandi C., Castiglioni B., Mezzelani A., Rizzi E., Battaglia C., Belli G., Rossi Bernardi L., De Bellis G*, Ligase detection reaction and universal array as a tool to detect grapevine infecting phytoplasmas, Minerva Biotecnologica, (3-4) Busti E, Bordoni R, Castiglioni B, Monciardini P, Sosio M, Donadio S, Consolandi C, Rossi Bernardi L, Battaglia C, De Bellis G., Bacterial discrimination by means of a universal array approach mediated by LDR (ligase detection reaction). BMC Microbiol 2002 Sep 20, 2: Roberta Bordoni, Clarissa Consolandi, Bianca Castiglioni, Andrea Frosini, Alessandra Mezzelani, Ermanno Rizzi, Cristina Battaglia, Luigi Rossi Bernardi, Gianluca De Bellis*. Investigation of a subset of human polymorphisms by Ligase Detection Reaction and Universal Array. Minerva Biotecnologica, (3-4) Clarissa Consolandi, Elena Busti, Cinzia Pera, Gian Battista Ferrara, Roberta Bordoni, Bianca Castiglioni, Luigi Rossi Bernardi, Cristina Battaglia, and Gianluca De Bellis*, Detection of HLA Polymorphisms by Ligase Detection Reaction and a Universal Array Format: A Pilot Study for Low Resolution Genotyping, Hum. Immunol., 2003 Jan;64(1): Zambenedetti P, De Bellis G, Biunno I, Musicco M, Zatta P. Related Transferrin C2 variant does confer a risk for Alzheimer's disease in caucasians. J Alzheimers Dis Dec;5(6): Bordoni R, Castiglioni B, Mezzelani A, Rizzi E, Frosini A, Consolandi C, Rossi Bernardi L, Battaglia C, De Bellis G.* Apolipoprotein E and transferrin genotyping by ligation detection reaction and universal array. Clin Chem Sep;49(9): De Bellis G., Caramenti G. et al. Application of Microtechnology in Biotechnology. Microarray Analytical systems - An overview. J. Optoelectronics Adv. Mat. 2003; 5, Bicciato S., Mangano E., Frosini A., Luchini A., De Bellis G., Battaglia C., Strategies and tools for upgrading the information content of regulated gene lists from microarray experiments, Minerva Biotecnologica 2003, 15: Roberta Bordoni, Alessandra Mezzelani, Clarissa Consolandi, Andrea Frosini, Ermanno Rizzi, Bianca Castiglioni, Claudia Salati, Nelson Marmiroli, Rosangela Marchelli, Luigi Rossi Bernardi, Cristina Battaglia, Gianluca De Bellis* Detection and quantitation of genetically modified maize (Bt-176 transgenic maize) applying Ligation Detection Reaction (LDR) and Universal Array technology Journal Agricultural and Food Chemistry, 2004; 52(5); Andrea Germini 1, Alessandra Mezzelani 2,Francesca Lesignoli 1, Roberto Corradini 1, Rosangela Marchelli 1,Roberta Bordoni 2, Clarissa Consolandi 2, Gianluca De Bellis. DETECTION OF GENETICALLY MODIFIED SOYBEAN USING PEPTIDE NUCLEIC ACIDS (PNAs) AND 2,877 3,061 5,101 5,579 0,577 2,562 2,562 8

9 MICROARRAY TECHNOLOGY, Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2004 Jul 14;52(14): Clarissa Consolandi 1, Andrea Frosini 1, Cinzia Pera. 3, Gian Battista Ferrara 4, Roberta Bordoni 2, Bianca Castiglioni 5, Ermanno Rizzi 1, Alessandra Mezzelani 2, Luigi Rossi Bernardi 1, Gianluca De Bellis * and Cristina Battaglia Polymorphism analysis within the HLA-A locus by universal oligonucleotide array, Human Mutation, 2004 Nov;24(5): Castiglioni B, Rizzi E, Frosini A, Sivonen K, Rajaniemi P, Rantala A, Mugnai MA, Ventura S, Wilmotte A, Boutte C, Grubisic S, Balthasart P, Consolandi C, Bordoni R, Mezzelani A, Battaglia C, De Bellis G. Development of a Universal Microarray Based on the Ligation Detection Reaction and 16S rrna Gene Polymorphism To Target Diversity of Cyanobacteria. Appl Environ Microbiol Dec;70(12): Bordoni R, Germini A, Mezzelani A, Marchelli R, De Bellis G. A microarray platform for parallel detection of five transgenic events in foods: a combined PCR-LDR-universal array method J Agric Food Chem. 2005, 53, Peano C, Bordoni R, Gulli M, Mezzelani A, Samson MC, De Bellis G, Marmiroli N.Multiplex polymerase chain reaction and ligation detection reaction/universal array technology for the traceability of genetically modified organisms in foods. Anal Biochem Nov 1;346(1): Consolandi C, Severgnini M, Castglioni B, Bordoni R, Frosini A, Battaglia C, Rossi Bernardi L, De Bellis GA Structured chitosa-based platform for biomolecule attachment to solid surfaces: Application to DNA Microarray preparation Bioconjugate Chem. 2006, 17, Severgnini M, Bicciato S, Mangano E, Scarlatti F, Mezzelani A, Mattioli M, Ghidoni R, Peano C, Bonnal R, Viti F, Milanesi L, De Bellis G, Battaglia C. Strategies for comparing gene expression profiles from different microarray platforms: application to a case-control experiment. Anal Biochem Jun 1;353(1): Consolandi C, Severgnini M, Frosini A, Caramenti G, De Fazio M, Ferrara F, Zocco A, Fischetti A, Palmieri M, De Bellis G. Polymerase chain reaction of 2-kb cyanobacterial gene and human anti-alpha1-chymotrypsin gene from genomic DNA on the In-Check single-use microfabricated silicon chip.anal Biochem Jun 15;353(2): Callegaro A, Spinelli R, Beltrame L, Bicciato S, Caristina L, Censuales S, De Bellis G, Battaglia C. Algorithm for automatic genotype calling of single nucleotide polymorphisms using the full course of TaqMan real-time data. Nucleic Acids Res Apr 14;34(7):e Peano C, Severgnini M, Cifola I, De Bellis G, Battaglia C. Transcriptome amplification methods in gene expression profiling.expert Rev Mol Diagn May;6(3): Severgnini M, Pattini L, Consolandi C, Rizzi E, Battaglia C, De Bellis G, Cerutti S. Application of the Taguchi method to the analysis of the deposition step in microarray production. IEEE Trans Nanobioscience Sep;5(3): ,033 3,801 2,562 3,088 4,584 3,088 3, ,472 1, Consolandi C, Palmieri L, Doveri S, Maestri E, Marmiroli N, Reale S, Lee D, Baldoni 2,748 9

10 L, Tosti N, Severgnini M, De Bellis G, Castiglioni B.Olive variety identification by ligation detection reaction in a universal array format.j Biotechnol May 1;129(3): Epub 2007 Feb Trombetti GA, Bonnal RJ, Rizzi E, De Bellis G, Milanesi L. Data handling strategies for high throughput pyrosequencers.bmc Bioinformatics Mar 8;8 Suppl 1:S Peano C, Bicciato S, Corti G, Ferrari F, Rizzi E, Bonnal RJ, Bordoni R, Albertini A, Bernardi LR, Donadio S, De Bellis G. Complete gene expression profiling of Saccharopolyspora erythraea using GeneChip DNA microarrays.microb Cell Fact Nov 26;6: Rantala A, Rizzi E, Castiglioni B, de Bellis G, Sivonen K. Identification of hepatotoxin-producing cyanobacteria by DNA-chip. Environ Microbiol Mar;10(3): Clarissa Consolandi, Marco Severgnini, Giada Caredda and Gianluca De Bellis* Anchoring of unmodified oligonucleotides on a chitosan-based array: applications to genotyping and gene expression Anal Biochem May 1;376(1): Epub 2008 Jan Iacono M, Villa L, Fortini D, Bordoni R, Imperi F, Bonnal RJ, Sicheritz-Ponten T, De Bellis G, Visca P, Cassone A, Carattoli A. Whole-genome pyrosequencing of an epidemic multidrug-resistant Acinetobacter baumannii strain belonging to the European clone II group. Antimicrob Agents Chemother Jul;52(7): Clarissa Consolandi Luisa Palmieri Marco Severgnini Elena Maestri Nelson Marmiroli Caterina Agrimonti Luciana Baldoni Paolo Donini Gianluca De Bellis Bianca Castiglioni A procedure for olive oil traceability and authenticity: DNA extraction, multiplex PCR and LDR universal array analysis Eur Food Res Technol 74. Nelson Marmiroli & Elena Maestri & Mariolina Gullì & Alessio Malcevschi & Clelia Peano & Roberta Bordoni & Gianluca De Bellis*, Methods for detection of GMOs in food and feed, Anal Bioanal Chem Oct;392(3): Epub 2008 Aug Mannocci L, Zhang Y, Scheuermann J, Leimbacher M, De Bellis G, Rizzi E, Dumelin C, Melkko S, Neri D. High-throughput sequencing allows the identification of binding molecules isolated from DNA-encoded chemical libraries. Proc Natl Acad Sci U S A Nov 18;105(46): Epub 2008 Nov Ermini L, Olivieri C, Rizzi E, Corti G, Bonnal R, Soares P, Luciani S, Marota I, De Bellis G, Richards MB, Rollo F. Complete mitochondrial genome sequence of the Tyrolean Iceman. Curr Biol Nov 11;18(21): Epub 2008 Oct Roberta Bordoni, Raoul Bonnal, Ermanno Rizzi, Paola Carrera, Sara Benedetti, Laura Cremonesi, Stefania Stenirri, Alessio Colombo, Cristina Montrasio, Sara Bonalumi, Alberto Albertini, Luigi Rossi Bernardi, Maurizio Ferrari and Gianluca de Bellis* Evaluation of human gene variant detection in amplicon pools by the GS- FLX parallel Pyrosequencer BMC Genomics 2008, 9: Elisabetta Carata, Clelia Peano, Salvatore M Tredici, Francesco Ferrari, Adelfia Tala, Giorgio Corti, Silvio Bicciato, Gianluca De Bellis and Pietro Alifano Phenotypes and gene expression profiles of Saccharopolyspora erythraea rifampicin-resistant (rif) mutants affected in erythromycin production Microbial Cell Factories 2009, 8:18 (30 Mar 2009) 79. Alessandro Guffanti, Michele Iacono, Paride Pelucchi, Namshin Kim, Giulia Soldà, Larry J. Croft, Ryan J. Taft, Ermanno Rizzi, Marjan Askarian-Amiri, Raoul J. Bonnal, Maurizio Callari, Flavio Mignone, Graziano Pesole, Giovanni Bertalot, Luigi Rossi 3,781 3,338 4,707 3,088 4,716 1,622 3,328 9,380 10,777 3,926 3,338 3,926 10

11 Bernardi, Alberto Albertini, Christoper Lee, John S Mattick, Ileana Zucchi and Gianluca De Bellis* A transcriptional sketch of a primary human breast cancer by 454 deep sequencing; BMC Genomics 2009, 10: Severgnini M, Cremonesi P, Consolandi C, Caredda G, De Bellis G, Castiglioni B. ORMA: a tool for identification of species-specific variations in 16S rrna gene and oligonucleotides design. Nucleic Acids Res Sep;37(16):e S. Sabella & G. Vecchio & P. P. Pompa & G. Maruccio & L. Sanarica & A. Della Torre & G. De Bellis & G. Caramenti & C. Consolandi & M. Severgnini & R. Cingolani & R. Rinaldi. Disposable plastic microreactors for genomic analyses Biomed Microdevices Dec;11(6): Olivieri C, Ermini L, Rizzi E, Corti G, Bonnal R, Luciani S, Marota I, De Bellis G, Rollo F Characterization of Nucleotide Misincorporation Patterns in the Iceman's Mitochondrial DNA. PLoS ONE 5(1): e Di Niro, Roberto; Sulic, Ana-Marija; Mignone, Flavio; D'Angelo, Sara; Bordoni, Roberta; Iacono, Michele; Marzari, Roberto; Gaiotto, Tiziano; Lavric, Miha; Bradbury, Andrew; Biancone, Luigi; Zevin-Sonkin, Dina; De Bellis, Gianluca; Santoro, Claudio; Sblattero, Daniele, Rapid interactome profiling by massive sequencing, Nucleic Acids Res May;38(9):e Candela M, Consolandi C, Severgnini M, Biagi E, Castiglioni B, Vitali B, De Bellis G, Brigidi P. High taxonomic level fingerprint of the human intestinal microbiota by Ligase Detection Reaction - Universal Array approach. BMC Microbiol Apr 19;10(1): Martina Lari, Ermanno Rizzi, Lucio Milani, Giorgio Corti, Carlotta Balsamo, Stefania Vai, Giulio Catalano, Elena Pilli, Laura Longo, Silvana Condemi, Paolo Giunti, Catherine Hänni, Gianluca De Bellis, Ludovic Orlando, Guido Barbujani, David Caramelli The Microcephalin Ancestral Allele in a Neanderthal Individual. PLoS ONE (5):e Bonnal RJ, Severgnini M, Castaldi A, Bordoni R, Iacono M, Trimarco A, Torella A, Piluso G, Aurino S, Condorelli G, De Bellis* G, Nigro V. Reliable resequencing of the human dystrophin locus by universal long polymerase chain reaction and massive pyrosequencing. Anal Biochem Nov 15;406(2): Cattoglio C, Pellin D, Rizzi E, Maruggi G, Corti G, Miselli F, Sartori D, Guffanti A, Di Serio C, Ambrosi A, De Bellis G, Mavilio F. High-definition mapping of retroviral integration sites identifies active regulatory elements in human multipotent hematopoietic progenitors Blood Sep Marco Severgnini, Paola Cremonesi,bClarissa Consolandi, Gianluca De Bellis,Bianca Castiglioni, Advances in DNA Microarray Technology for the Detection of Foodborne Pathogens, Food Bioprocess Technol epubl 15/10/ Romina Camilli, Raoul JP Bonnal, Maria Del Grosso, Michele Iacono, Giorgio Corti, Ermanno Rizzi, Magda Marchetti, Laura Mulas, Francesco Iannelli, Fabiana Superti, Gianluca De Bellis, Marco R Oggioni and Annalisa Pantosti, Complete genome sequence of a serotype 11A, ST62 Streptococcus pneumoniae invasive isolate, BMC Microbiol Feb 1;11(1): Martina Lari, Ermanno Rizzi, Stefano Mona, Giorgio Corti, Giulio Catalano, Kefei Chen, Cristiano Vernesi, Greger Larson, Paolo Boscato, Gianluca De Bellis, Alan Cooper, David Caramelli and Giorgio Bertorelle The Complete Mitochondrial Genome of an 11,300-year-old Aurochsen (Bos primigenius) from Central Italy BMC Evol Biol Jan 31;11(1): Daniela Pietra, Angela Brisci, Elisa Rumi, Sabrina Boggi, Chiara Elena, Alessandro Pietrelli, Roberta Bordoni, Maurizio Ferrari, Francesco Passamonti, Gianluca De Bellis, Laura Cremonesi, and Mario Cazzola, Deep sequencing reveals double mutations in cis of MPL exon 10 in myeloproliferative neoplasms, Haematologica ,924 4, ,88 4,351 3,088 10,555 11

12 2011 Jan 12. [Epub ahead of print] 92. Maciag, Anna; Peano, Clelia; Pietrelli, Alessandro; Egli, Thomas; de bellis, gianluca.; Landini, Paolo In vitro transcription profiling of the σS subunit of bacterial RNA polymerase: re-definition of the σS regulon and identification of σS-specific promoter sequence elements. Nucl. Ac. Research, 2011 Jul;39(13): Ghisi M, Corradin A, Basso K, Frasson C, Serafin V, Mukherjee S, Mussolin L, Ruggero K, Bonanno L, Guffanti A, De Bellis G, Gerosa G, Stellin G, D'Agostino DM, Basso G, Bronte V, Indraccolo S, Amadori A, Zanovello P. Modulation of microrna expression in human T-cell development: targeting of Notch3 by mir-150. Blood Jun 30;117(26): Cariani A, Piano A, Consolandi C, Severgnini M, Castiglioni B, Caredda G, Candela M, Serratore P, De Bellis G, Tinti F. Detection and characterization of pathogenic vibrios in shellfish by a Ligation Detection Reaction-Universal Array approach. Int J Food Microbiol Nov 20. [Epub ahead of print] Peano C, Tala A, Corti G, Pasanisi D, Durante M, Mita G, Bicciato S, De Bellis G, Alifano P. Comparative genomics and transcriptional profiles of Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 and a classically improved erythromycin over-producing strain. Microb Cell Fact Mar 8;11(1):32. [Epub ahead ofprint] PubMed PMID: Tomato Genome Consortium The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution.nature May 30;485(7400): Cristina Olivieri a, Luca Ermini b, Ermanno Rizzi c, Giorgio Corti c, Stefania Luciani a, Isolina Marota a, Gianluca De Bellis c and Franco Rollo Mitochondrial phylogeny of a Copper Age sheep (Ovis aries). PLoS One. 2012;7(3):e Epub 2012 Mar Ventura et al Turroni F, Peano C, Pass DA, Foroni E, Severgnini M, Claesson MJ, Kerr C, Hourihane J, Murray D, Fuligni F, Gueimonde M, Margolles A, De Bellis G, O'Toole PW, van Sinderen D, Marchesi JR, Ventura M. Diversity of Bifidobacteria within the Infant Gut Microbiota. PLoS One. 2012;7(5):e Candela M, Rampelli S, Turroni S, Severgnini M, Consolandi C, De Bellis G, Masetti R, Ricci G, Pession A, Brigidi P. Infant Gut Microbiome, BMC Microbiol Jun 6;12(1): Wang X, Mitra N, Secundino I, Banda K, Cruz P, Padler-Karavani V, Verhagen A, Reid C, Lari M, Rizzi E, Balsamo C, Corti G, De Bellis G, Longo L; NISC Comparative Sequencing Program, Beggs W, Caramelli D, Tishkoff SA, Hayakawa T, Green ED, Mullikin JC, Nizet V, Bui J, Varki A. Specific inactivation of two immunomodulatory SIGLEC genes during human evolution. Proc Natl Acad Sci U S A Jun 101. Ermanno Rizzi, Martina Lari, Elena Gigli, Gianluca De Bellis and David Caramelli Title : Ancient DNA studies: new perspective on old samples Genet Sel Evol Jul 6;44: Turroni F, Peano C, Pass DA, Foroni E, Severgnini M, Claesson MJ, Kerr C,Hourihane J, Murray D, Fuligni F, Gueimonde M, Margolles A, De Bellis G, O'Toole PW, van Sinderen D, Marchesi JR, Ventura M. Diversity of bifidobacteria within the infant gut microbiota. PLoS One. 2012;7(5):e Cariani A, Piano A, Consolandi C, Severgnini M, Castiglioni B, Caredda G,Candela M, Serratore P, De Bellis G, Tinti F. Detection and characterization of pathogenic vibrios in shellfish by a Ligation 12

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15 Capitoli di Libri 1) Manoni M., Pergolizzi R., Luzzana M., De Bellis G.* Dideoxy linear polimerase chain reaction on a commercial fluorescent automated DNA sequencer in "The PCR technique : DNA sequencing" edited by J. Ellingboe and U. B. Gyllensten, Eaton Publishing, Natick, MA 2) )De Bellis G., Manoni M., Pergolizzi R., Redolfi M.E., Luzzana M.,A more stringent choice of primers can improve the performance of fluorescent automated DNA sequencers, in "The PCR technique: DNA Sequencing II", U. Gyllensten and J. Ellingboe Editors, Eaton Publishing (1997) 3) Consolandi C., Cremonesi P, Severgnini M., Bordoni R., Peano C., De Bellis G. and B. Castiglioni Array Platform for Food safety and Quality in OMICs technologies tools for food science edited by N. Benkeblia, CRC Press ISBN

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