Referto del sequenziamento del DNA Libero Circolante

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1 Referto del sequenziamento del DNA Libero Circolante Tranquility è un test prenatale non invasivo che analizza il genoma del feto per rilevare le trisomie 21, 18, 13, anomalie numeriche dei cromosomi sessuali (X0, XXX, XXY, XYY), delezioni e il sesso del feto. In particolare, il test analizza il DNA libero circolante (cfdna) presente nel sangue materno e che è formato da DNA della madre e da tessuti fetali in proporzioni variabili. La frazione di DNA fetale è misurata sperimentalmente in ciascun campione per assicurare la presenza di una quantità di DNA sufficiente per un'analisi affidabile. Paziente Nome: KIDISA Marina Data di nascita: 14/03/ kidisa.marina@yopmail.com Telefono: Indirizzo: 24 Rue de la pierre d'allun Indirizzo: Tintamare, Italy ID Paziente: AC Medico Nome: DEREKI Paul paul.dereki@yopmail.com Telefono: Indirizzo: 17 Rue des avalanches Nere Paese: Italy Numero di registrazione: Not specified Informazioni sulla paziente Tipo di gravidanza: Gravidanza Singola Data dell'ultima mestruazione: 23/10/2016 Data presunta del parto: 23/07/2017 Età gestazionale* (SS+G): 13+2 (Metodologia : Ecografia) Peso della paziente* (Kg): 68 Altezza della paziente (Cm): 154 Fecondazione In-vitro: No Indicazione medica: Non specificato *Al momento del prelievo del sangue Analisi eseguite Analisi sui 22 autosomi Analisi dei Cromosomi Sessuali Rilevazione di Delezioni Identificazione del sesso del feto Firma del genetista Genetista: Patrick Perrin, MD, FAMH, GLN: Laboratorio Genoma: Genoma S.A., Chemin des Aulx, 12, 1228 Plan-les-Ouates, Ginevra, Svizzera, Laboratorio Registrato in Svizzera con il seguente codice: Direttori: Thomas Rio Frio, Ph.D, Xitong li, Ph.D Genoma SA 1/7

2 Referto dell'analisi dei cromosomi 21,18 e 13 Aneuploidia Rilevata: Trisomia 21 Misura della Frazione Fetale 14 % La frazione fetale è la porzione di DNA fetale, misurata sperimentalmente per ciascun campione. Risultati Cromosoma 21 Risultati coerenti con una trisomia del cromosoma 21 Cromosoma 18 Risultati coerenti con due copie del cromosoma 18 Cromosoma 13 Risultati coerenti con due copie del cromosoma 13 Note Si suggerisce il ricorso ad una consulenza genetica. Si raccomanda di condividere il risultato del test con lo specialista di riferimento nell'ambito del monitoraggio clinicostrumentale della gravidanza. Performance del test Aneuploidia T21 T18 T13 XXX, XYY, XXY, o X0 (monosomia X) Sensibilità 99.9% 99.9% 99.9% 99.9%* Specificità 99.8% 99.9% 99.7% 96.9%* I dati in tabella sono applicabili escusivamente a gravidanze singole. Dati aggiornati a settembre 2016 dopo validazione clinica. *Dati clinici limitati. Genoma SA 2/7

3 Referto dell'analisi dei Cromosomi Sessuali X, Y e delle Delezioni Nessuna Aneuploidia Rilevata Misura della Frazione Fetale 14 % La frazione fetale è la porzione di DNA fetale, misurata sperimentalmente per ciascun campione. Risultati Cromosomi sessuali Risultati coerenti con due cromosomi sessuali Microdelezioni (Riportate se rilevate) Note Si raccomanda di condividere il risultato del test con lo specialista di riferimento nell'ambito del monitoraggio clinico-strumentale della gravidanza. Performance del test Aneuploidia T21 T18 T13 XXX, XYY, XXY, o X0 (monosomia X) Sensibilità 99.9% 99.9% 99.9% 99.9%* Specificità 99.8% 99.9% 99.7% 96.9%* I dati in tabella sono applicabili escusivamente a gravidanze singole. Dati aggiornati a settembre 2016 dopo validazione clinica. *Dati clinici limitati. Genoma SA 3/7

4 Informazioni sul sesso fetale Sesso fetale Femminile Performance del test Determinazione del sesso XY/XX Precisione >97% I dati in tabella sono applicabili escusivamente a gravidanze singole Metodologia Il DNA viene raccolto in una provetta speciale contenente un agente stabilizzante per il ccfdna. Il DNA libero circolante viene purificato dal plasma mediante l utilizzo di un sistema di automazione specifico. Le molecole di DNA recuperate vengono convertite in un modello di sequenziamento e sequenziate nel laboratorio Genoma mediante l utilizzo di una piattaforma per il Sequenziamento di Nuova Generazione d avanguardia. Viene effettuata l analisi bioinformatica sui dati contando il numero di sequenze appartenenti a ciascun cromosoma. Confrontando ogni cromosoma d interesse a un set di cromosomi di cromosomi di riferimento, viene rilevata un aneuploidia nel caso in cui il numero di sequenze è significativamente superiore o inferiore al previsto. Per garantire la validità dei risultati e ridurre il numero di risultati falsi positivi e falsi negativi viene eseguito un controllo di validità. Detto controllo incorpora la misura della frazione fetale, la qualità del modello di sequenziamento e i dati di sequenziamento. L intero processo è automatizzato e la tracciabilità completa dei reagenti e dei campioni viene eseguita durante tutto il processo, dalla ricezione della provetta di sangue fino al rilascio del referto. A. Purificazione delle DNA libero circolante dal sangue materno. B. I frammenti di DNA vengono preparati per creare una library personalizzata. C. La library viene immobilizzata sul supporto per il sequenziamento. D. La library viene sequenziata mediante il Sequenziamento di Nuova Generazione. E. Le informazioni del sequenziamento vengono analizzate mediante sistemi di bioinformatica. Genoma SA 4/7

5 ekaryo report Misura della Frazione Fetale 14 % La frazione fetale è la porzione di DNA fetale, misurata sperimentalmente per ciascun campione. Cariotipo Circos Genoma SA 5/7

6 ekaryo report ekaryotype Risultati coerenti con un cariotipo femminile normale 46, XX Tutti gli autosomi (cromosomi 1-22) sono presenti in due copie. Sono stati rilevati due cromosomi X. Note: Si raccomanda di condividere il risultato del test con lo specialista di riferimento nell'ambito del monitoraggio clinico-strumentale della gravidanza. Avvertenze: Questo test e stato ideato per analizzare alcune anomalie cromosomiche numeriche e strutturali ed e convalidato per i cromosomi 21, 18, 13, X e Y. L analisi dei cromosomi 19 e 22 è comunemente soggetta ad elevati tassi di rumore. Genoma SA 6/7

7 Referto del sequenziamento del DNA Libero Circolante Bibliografia ACOG Committee on Practice Bulletins. ACOG Practice Bulletin No. 77: screening for fetal chromosomal abnormalities. Obstet Gynecol. 2007:109: American College of Obstetricians and Gynecologists Committee on Genetics. Committee Opinion No. 545: noninvasive prenatal testing for fetal aneuploidy. Obstet Gynecol. 2012:120: GreggAR,GrossSJ,BestRG,etal.ACMGstatement on noninvasive prenatal screening for fetal aneuploidy. Genet Med. 2013:15: Benn P, Borell A, Chiu R, et al. Position Statement from the Aneuploidy Screening Committee on Behalf of the Board of the International Society for Prenatal Diagnosis. Prenat Diagn. 2013;33: Devers PL, Cronister A, Ormond KE, Facio F, Brasington CK, Flodman P. Noninvasive prenatal testing/noninvasive prenatal diagnosis: the position of the National Society of Genetic Counselors. J Genet Couns. 2013:22: U.S. National Library of Medicine. Genetics Home Reference. Down Syndrome. Accessed July 12, U.S. National Library of Medicine. Genetics Home Reference. Trisomy Accessed July 12, U.S. National Library of Medicine. Genetics Home Reference. Trisomy Accessed July 12, Accessed February 21, 2013 Jones, K. L., & Smith, D. W. (1997). Smith s recognizable patterns of human malformation. Philadelphia: Saunders. Agence de la biomedicine. Mars 2013 Kypros H. Nicolaides, MD. Nuchal translucency and other first-trimester sonographic markers of chromosomal abnormalities. American Journal of Obstetrics and Gynecology (2004) 191, KH Nicolaides, NJ Sebire, RJM Snijders, RLS Ximenes & G. Pilu. The week scan. Rabinowitz, et al. ASHG Abstract 2012.; Presented data at NSGCAEC Norton ME, et al Am J Obstet Gynecol.2012 doi: /j. ajog Palomaki GE, et al. Genet Med Mar;14(3): ; M. Ehrich communication. Royal College of Obstetricians & Gynaecologists. Non-invasive Prenatal Testing for Chromosomal Abnormality using Maternal Plasma DNA. Scientific Impact Paper No. 15, March 2014 Avvertenze Limitazioni del test: Questo test è stato ideato per analizzare alcune anomalie cromosomiche numeriche e strutturali ed è convalidato per i cromosomi 21, 18, 13, X e Y. Il test è validato per gravidanze singole o gemellari con età gestazionale di, rispettivamente, almeno 10 e 12 settimane. É raccomandata la consulenza genetica di un esperto prima e dopo aver effettuato il test. I risultati non escludono la possibilità che questa gravidanza possa essere interessata da altre anomalie cromosomiche o sub-cromosomiche, malformazioni congenite e altre complicazioni. Un risultato del tipo Nessuna Aneuploidia Rilevata non esclude la presenza di anomalie cromosomiche quali la trisomia 21, la trisomia 13, la trisomia 18, le trisomie XXX, XYY, XXY, o la X0 (monosomia X) e microdelezioni (risultato falso negativo). Risultati quali Aneuploidia Rilevata o Alto Rischio di Microdelezione Rilevata sono considerati positivi. Al fine di ottenere una diagnosi definitiva la paziente dovrebbe effettuare un test invasivo quali l amniocentesi o la villocentesi. Esiste una limitata possibilità di risultati falsi positivi ( Aneuploidia rilevata o Alto Rischio di Microdelezione Rilevata in un feto che non presenta tali anomalie), dovuto all anomala presenza di uno specifico DNA circolante nel sangue della materno. Queste cause includono: mosaicismi confinalti alla placenta, vanishing twin (gemello riassorbito) e anomalie costituzionali o acquisite della madre. Quando viene riportato un risultato quale Aneuploidia Rilevata in una gravidanza gemellare, lo stato di ciascun feto non può essere determinato. Nelle gravidanze gemellari, qualora sia stato richiesto di conoscere il sesso dei bambini, il risultato del test riporterà se è stato rilevato almeno un feto di sesso maschile o se entrambi i feti sono di sesso femminile. Il numero limitato di dati disponibili per le gravidanze gemellari preclude il calcolo delle prestazioni per il test. Avvertenze: Sarà cura del medico curante utilizzare le informazioni qui contenute per guidare la scelta della paziente anche consigliando, qualora lo si ritenga opportuno, una specifica consulenza genetica o ulteriori test diagnostici quali l amniocentesi o la villocentesi. Ogni test diagnostico deve essere interpretato alla luce di tutti i dati clinici disponibili. Lo screening per le trisomie 21, 18 e 13 è conforme alle direttive CE-IVD. Come per qualsiasi test medico, esiste sempre una possibilità di errore nell analisi del campione. Sono state, tuttavia, prese significative misure per evitare tali errori. Questo test per l'analisi del DNA libero circolante è venduto da Genoma SA. Genoma SA è un'azienda di Esperite NV Tranquility, Genoma e Esperite sono marchi registrati. Tutti gli altri nomi, loghi, e marchi sono proprietà dei loro rispettivi proprietari. Fine del documento 7/7 Genoma S.A. Chemin des Aulx, Plan-les-Ouates, Ginevra Svizzera genoma@genoma.com DEMO