SINTESI E MATURAZIONE DEGLI RNA CELLULARI
PER TRASCRIZIONE SI INTENDE LA SINTESI DI UNA MOLECOLA DI RNA COMPLEMENTARE AD UNO STAMPO DI DNA.
GLI RNA CELLULARI SONO DISTINTI IN TRE PRINCIPALI CATEGORIE: RNA MESSAGGERI O mrna RNA DI TRASPORTO O trna RNA RIBOSOMALI O rrna QUESTE MOLECOLE COLLABORANO NEL CORSO DELLA SINTESI PROTEICA
FIGURA 5.8 GENES VII = 7.9 GENE VI
LA TRASCRIZIONE E CATALIZZATA DALLE RNA POLIMERASI DNA-DIPENDENTI.
FIGURA 3.4 GENOMI II
FIGURA 10.2 GENOMI II BOLLA DI TRASCRIZIONE (15-20 NUCLEOTIDI)
L ELICA SENSO E ANCHE DETTA FILAMENTO CODIFICANTE (NEL CASO DI GENI CODIFICANTI); L ELICA ANTISENSO E ANCHE DETTA FILAMENTO STAMPO. L RNA NEOSINTETIZZATO POSSIEDE LA STESSA SEQUENZA NUCLEOTIDICA DELL ELICA SENSO, FATTA ECCEZIONE PER LA PRESENZA DI U AL POSTO DI T. DNA RNA ELICA SENSO (+) ELICA ANTISENSO (-) TRASCRIZIONE (RNA POLIMERASI DNA- DIPENDENTE) (+)
FIGURA 5.1 GENES VII = 7.1 GENE VI
LE RNA POLIMERASI DNA-DIPENDENTI LEGGONO IL FILAMENTO STAMPO DEL DNA IN DIREZIONE 3 ->5 E POLIMERIZZANO IN DIREZIONE 5 ->3. NON NECESSITANO DI INNESCO. UTILIZZANO RIBONUCLEOTIDI 5 - TRIFOSFATO.
FIGURA 3.5 GENOMI II
LE RNA POLIMERASI RICONOSCONO LE REGIONI DEL GENOMA DA TRASCIVERE GRAZIE A SPECIFICI SEGNALI DI INIZIO E TERMINE DELLA TRASCRIZIONE, DENOMINATI PROMOTORI E TERMINATORI DELLA TRASCRIZIONE.
P T DNA
FIGURA 11.9 IL GENE VI
FIGURA 3.6 GENOMI II
GLI mrna SONO MOLECOLE DI RNA DOTATE DI UNA MODESTA STRUTTURA SECONDARIA CHE VEICOLANO AI RIBOSOMI LE INFORMAZIONI NECESSARIE ALLA SINTESI DELLE PROTEINE. LA LUNGHEZZA DEGLI mrna VARIA DA POCHE CENTINAIA A SVARIATE MIGLIAIA DI BASI, IN UNA CERTA MISURA IN DIPENDENZA DELLA LUNGHEZZA DELLA PROTEINA CODIFICATA.
LA SEQUENZA CODIFICANTE DI UN mrna E FORMATA DA UNA SERIE DI TRIPLETTE DI NUCLEOTIDI CIASCUNA DELLE QUALI SPECIFICA UN AMMINOACIDO. CIASCUNA TRIPLETTA E DEFINITA CODONE. LA SPECIFICA RELAZIONE CODONE/AMMINOACIDO E DEFINITA CODICE GENETICO.
FIGURA 3.20 GENOMI II
PROPRIETA FONDAMENTALI DEL CODICE GENETICO SONO: L UNIVERSALITA (IL CODICE E LO STESSO PER TUTTI GLI ORGANISMI, A PARTE RARE ECCEZIONI RELATIVE AI GENOMI MITOCONDRIALI) LA DEGENERAZIONE (CI SONO PIU CODONI CHE SPECIFICANO LO STESSO AMMINOACIDO)
LA PRIMA TRIPLETTA E QUASI SEMPRE UN AUG (CODONE DI INIZIO); L ULTIMA PUO ESSERE UN UAA, UAG O UGA (CODONI DI TERMINAZIONE).
OLTRE ALLA SEQUENZA CODIFICANTE, CIASCUN MESSAGGERO CONTIENE ANCHE REGIONI NON CODIFICANTI DETTE UTR (UNTRANSLATED REGIONS). 5 -UTR 3 -UTR AUG UAA, UAG O UGA SEQUENZA CODIFICANTE
NEI PROCARIOTI LA TRASCRIZIONE DEI GENI CODIFICANTI GENERA mrna GIA FUNZIONALI CHE POSSONO ESSERE IMMEDIATAMENTE TRADOTTI. GLI mrna PROCARIOTICI INIZIANO INFATTI A SVOLGERE LA LORO FUNZIONE ANCORA PRIMA CHE LA LORO SINTESI SIA COMPLETATA (TRASCRIZIONE E TRADUZIONE AVVENGONO CONTEMPORANEAMENTE)
FIGURA 10.1 GENOMI II
FIGURA 5.13 GENES VII = 7.13 GENE VI
NEGLI EUCARIOTI I PRECURSORI DEGLI mrna SUBISCONO NEL NUCLEO UN COMPLESSO PROCESSO DI MATURAZIONE E POI SONO TRASFERITI NEL CITOPLASMA PER LA TRADUZIONE.
IL PROCESSO DI TRASCRIZIONE PUO ESSERE SUDDIVISO IN TRE FASI: INIZIO, ALLUNGAMENTO E TERMINAZIONE. LA FASE DI INIZIO RIGUARDA IL LEGAME DELLA RNA POLIMERASI AL PROMOTORE E LA SUCCESSIVA FORMAZIONE DI UNA BOLLA DI TRASCRIZIONE. LA FASE DI ALLUNGAMENTO RIGUARDA LA SINTESI DELL RNA. LA FASE DI TERMINAZIONE RIGUARDA IL DISTACCO DELLA MOLECOLA DI RNA DALLO STAMPO DI DNA.
LA TRASCRIZIONE NEI PROCARIOTI
NEI PROCARIOTI UN UNICA RNA POLIMERASI TRASCRIVE TUTTI GLI RNA (NEGLI EUCARIOTI CI SONO INVECE TRE RNA POLIMERASI)
FIGURA 11.10 IL GENE VI
FIGURA 11.4 IL GENE VI
FIGURA P. 279 GENOMI II
FIGURA 9.20 GENOMI II
FIGURA 9.17 GENOMI II
TABELLA 9.4 GENOMI II
L AFFINITA PER IL PROMOTORE DELLA RNA POLIMERASI DI E. COLI E RELATIVAMENTE ELEVATA. NELLA MAGGIOR PARTE DEI GENI PROCARIOTICI LA TRASCRIZIONE PUO AVVENIRE IN ASSENZA DI ALTRI FATTORI PROTEICI: LA RNA POLIMERASI SI LEGA DIRETTAMENTE AL PROMOTORE ED INIZIA A TRASCRIVERE. ESISTONO PERO PROMOTORI PIU O MENO EFFICIENTI, IN DIPENDENZA DELLA LORO SEQUENZA.
LA SPECIFICITA DI SEQUENZA DELLA RNA POLIMERASI DI E. COLI RISIEDE NELLA SUA SUBUNITA SIGMA. SUBITO DOPO L INIZIO DELLA TRASCRIZIONE LA SUBUNITA SIGMA SI DISSOCIA DALLA POLIMERASI.
FIGURA 10.2 GENOMI II CIRCA 8 BP DI IBRIDO
P T DNA
FIGURA 10.3 GENOMI II
FIGURA 10.4 GENOMI II RHO E UN ELICASI LA REGIONE RICCA IN A/T NON E PRESENTE
LE UNITA TRASCRIZIONALI PROCARIOTICHE SPESSO COMPRENDONO PIU DI UNA SEQUENZA CODIFICANTE. IN QUESTI CASI ESSE SONO DEFINITE OPERONI. L OPERONE COMPRENDE QUINDI UNA SERIE DI SEQUENZE CODIFICANTI ADIACENTI CHE SONO TRASCRITTE A PARTIRE DA UN SINGOLO PROMOTORE E QUINDI SOGGETTE ALLO STESSO REGIME REGOLATIVO. LE PROTEINE CODIFICATE FANNO SPESSO PARTE DI UN UNICA VIA METABOLICA.
FIGURA 5.14 GENES VII = 7.15 GENE VI
L OPERONE LATTOSIO O LAC COMPRENDE TRE GENI CODIFICANTI ENZIMI COINVOLTI NELL UTILIZZAZIONE DEL LATTOSIO.
FIGURA 2.20 GENOMI II
STRUTTURA TIPICA DI UN mrna PROCARIOTICO AUG (83%), GUG (14%) O UUG (3%) UAA, UAG O UGA SEQUENZA DI SHINE-DALGARNO NUCLEOTIDE 5 -TRIFOSFATO SEQUENZA CODIFICANTE
LA SEQUENZA DI SHINE-DALGARNO RAPPRESENTA IL SITO DI LEGAME PER IL RIBOSOMA. PER QUESTO E ANCHE DEFINITA RBS (RIBOSOME BINDING SITE). ESSA E POSTA DA 3 A 10 NUCLEOTIDI A MONTE DEL CODONE DI INIZIO ED IN E. COLI HA LA SEGUENTE SEQUENZA CONSENSO: AGGAGGU
FIGURA 11.14 GENOMI II
LA RBS MEDIA L INTERAZIONE CON IL RIBOSOMA LEGANDO UNA SEQUENZA COMPLEMENTARE PRESENTE NELL RNA 16S DELLA SUBUNITA RIBOSOMALE MINORE. IN DEFINITIVA LA RBS INDICA AI RIBOSOMI IL CODONE DI INIZIO DELLA TRADUZIONE.
LA TRASCRIZIONE E MATURAZIONE DEGLI RNA EUCARIOTICI
NEGLI EUCARIOTI TRASCRIZIONE E TRADUZIONE SONO DUE EVENTI SEPARATI CHE AVVENGONO IN DUE DIVERSI COMPARTIMENTI CELLULARI: NUCLEO E CITOPLASMA.
VA INOLTRE EVIDENZIATO CHE NEGLI EUCARIOTI TUTTI GLI RNA SONO TRASCRITTI SOTTO FORMA DI PRECURSORI IMMATURI. I TRASCRITTI PRIMARI SUBISCONO INFATTI UNA COMPLESSA SERIE DI MODIFICHE POST-TRASCRIZIONALI CHE RENDONO LE MOLECOLE DI RNA CAPACI DI SVOLGERE LE LORO SPECIFICHE FUNZIONI. LE MODIFICHE PIU RILEVANTI RIGUARDANO I PRECURSORI DEGLI mrna CHE SUBISCONO IL CAPPING, LA POLIADENILAZIONE, LO SPLICING ED EVENTUALMENTE L RNA EDITING.
FIGURA 5.16 GENES VII = 7.14 GENE VI
NEI PROCARIOTI UN UNICA RNA POLIMERASI TRASCRIVE TUTTI GLI RNA. NEGLI EUCARIOTI CI SONO 3 RNA POLIMERASI: LE RNA POLIMERASI I, II, E III CHE TRASCRIVONO RISPETTIVAMENTE I GENI PER GLI RNA RIBOSOMALI, I GENI CODIFICANTI PROTEINE E I GENI PER GLI RNA DI TRASPORTO.
LA SPECIFICITA DI CIASCUNA RNA POLIMERASI PER UNA DETERMINATA CLASSE DI GENI DIPENDE DALLA NATURA DEI PROMOTORI.
FIGURA 9.18 GENOMI II TATA BOX PROMOTORE CORE
IL PROMOTORE CORE DELLA RNA POLIMERASI II COMPRENDE UNA TATA BOX CON SEQUENZA CONSENSO TATAWAW (W=A+T) POSTA IN POSIZIONE 25 ED UNA SEQUENZA INIZIATRICE (INR) CON SEQUENZA CONSENSO YYCARR LOCALIZZATA IN CORRISPONDENZA DEL SITO DI INIZIO DELLA TRASCRIZIONE (LA A RAPPRESENTA LA POSIZIONE +1). QUESTI DUE ELEMENTI SONO COMUNI ALLA MAGGIOR PARTE DEI GENI CODIFICANTI.
GLI ELEMENTI A MONTE DEL PROMOTORE CORE SONO INVECE DIVERSI DA GENE A GENE E RAPPRESENTANO IL PRESUPPOSTO PER LA REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA.
FIGURA 9.21 GENOMI II TF2D
FIGURA 10.8 GENOMI II
LA FASE DI ALLUNGAMENTO DELLA TRASCRIZIONE AVVIENE COME DESCRITTO IN COLI.
FIGURA 10.2 GENOMI II
FIGURA 5.16 GENES VII = 7.14 GENE VI
IL CAPPUCCIO O CAP SI FORMA SUBITO DOPO L INIZIO DELLA TRASCRIZIONE DELL RNA ED HA UNA STRUTTURA BASE FORMATA DA UNA MOLECOLA DI 7- METILGUANOSINA LEGATA TRAMITE UN PONTE TRIFOSFATO AL PRIMO NUCLEOTIDE DEL MESSAGGERO.
FIGURA 10.9 GENOMI II
NEGLI EUCARIOTI SUPERIORI ULTERIORI METILAZIONI DEL 2 -OH DEI NUCLEOTIDI SUCCESSIVI GENERA I CAP DI TIPO 1 E DI TIPO 2.
IL CAP RAPPRESENTA NEGLI EUCARIOTI IL SITO PRIMARIO DI LEGAME AL RIBOSOMA.
FIGURA 6.16 GENES VII
LA TERMINAZIONE DELLA TRASCRIZIONE DA PARTE DELLA RNA POLIMERASI II AVVIENE IN CORRISPONDENZA DEI SEGNALI DI POLIADENILAZIONE.
FIGURA 5.16 GENES VII = 7.14 GENE VI
LA CODA DI POLI(A) E FORMATA DA UNA SERIE DI ADENOSINE (FINO A 250) AGGIUNTE SUBITO DOPO LA FINE DELLA TRASCRIZIONE DALL ENZIMA POLI(A) POLIMERASI. IL POLI(A) MANCA IN ALCUNI MESSAGGERI TRA CUI QUELLI DEGLI ISTONI. LA CODA DI POLI(A) CONFERISCE STABILITA AL MESSAGGERO. INOLTRE ESSA PROBABILMENTE INTERVIENE NELLA FASE DI INIZIO DELLA TRADUZIONE, COLLABORANDO CON IL CAP.
FIGURA 10.10 GENOMI II, MODIFICATA 10-30 10-20 Filamento codificante del DNA -------AATAAA---------------CA-------------GT------------- Trascrizione
LE SEQUENZE CODIFICANTI DEI GENI EUCARIOTICI SONO SPESSO INTERROTTE DA SEQUENZE NON CODIFICANTI DENOMINATE INTRONI (E UNA GENERALIZZAZIONE PERCHE GLI INTRONI POSSONO ANCHE ESSERE PRESENTI NELLE SEQUENZE NON CODIFICANTI)
FIGURA 10.12 GENOMI II GENE UMANO DELLA -GLOBINA
GLI INTRONI SONO TRASCRITTI INSIEME AGLI ESONI E SI RITROVANO QUINDI NEL TRASCRITTO PRIMARIO (PRE-mRNA). QUESTO SUBISCE POI UNA FORMA DI MATURAZIONE, DEFINITA SPICING, CHE RIMUOVE GLI INTRONI RISTABILENDO LA CONTINUITA DELLA SEQUENZA CODIFICANTE.
FIGURA 22.2 GENES VII = 30.2 IL GENE VI
NEGLI EUCARIOTI INFERIORI GLI INTRONI SONO POCO COMUNI: I 6000 GENI DEL LIEVITO CONTENGONO COMPLESSIVAMENTE 239 INTRONI, MENTRE MOLTI GENI DI MAMMIFERO CONTENGONO ANCHE PIU DI 50 INTRONI.
FIGURA 2.13 IL GENE VIII
TABELLA 10.3 GENOMI II
GLI ESONI SONO DI SOLITO BREVI ED IN GENERE CODIFICANO PER MENO DI 100 AMMINOACIDI.
FIGURA 2.15 IL GENE VIII
GLI INTRONI SONO BREVI NEGLI EUCARIOTI INFERIORI MA ARRIVANO FINO A DECINE DI KB NEGLI EUCARIOTI SUPERIORI.
FIGURA 2.16 IL GENE VIII
ORGANIZZAZIONE TIPICA DI UN GENE UMANO CODIFICANTE UNA PROTEINA DI 200 RESIDUI AMMINOACIDICI: 5 ESONI DA 120 BP INTERVALLATI DA 4 INTRONI DA 2000 BP.
NELLA MAGGIOR PARTE DEGLI INTRONI DEI PRE-mRNA, I PRIMI DUE NUCLEOTIDI SONO GU MENTRE GLI ULTIMI DUE SONO AG. QUESTI INTRONI SONO DEFINITI GU-AG.
FIGURA 10.13 GENOMI II AG-GUAAGU YYYYYNCAG-
I PROCESSI DI SPLICING DEGLI INTRONI GU- AG SONO CATALIZZATI DA PICCOLE RIBONUCLEOPROTEINE NUCLEARI (snrnp) ASSOCIATE A FORMARE UNA STRUTTURA DEFINITA SPLICEOSOMA.
FIGURA 10.17 GENOMI II
LO SPLICING AVVIENE ATTRAVERSO DUE REAZIONI DI TRANSESTERIFICAZIONE
FIGURA 10.14 GENOMI II
FIGURA 1.7 GENOMI II, MODIFICATA OH PRIMA TRANSESTERIFICAZIONE OH A OH
GLI INTRONI GU-AG DEI PRE-mRNA SONO IN ASSOLUTO GLI INTRONI PIU COMUNI. I PREmRNA POSSONO PERO CONTENERE ANCHE INTRONI DI TIPO AU-AC CHE RICHIEDONO UN APPARATO DI SPLICING DIVERSO.
UNO STESSO PRE-mRNA PUO ANDARE INCONTRO IN TESSUTI DIVERSI A DIFFERENTI SCHEMI DI SPLICING. QUESTO FENOMENO E DEFINITO SPLICING ALTERNATIVO.
FIGURA 10.19 GENOMI N C N C
LO SPLICING ALTERNATIVO PERMETTE CHE UN SINGOLO GENE DIA ORIGINE A VARI mrna E QUINDI A VARIE PROTEINE. QUESTO FENOMENO CONSENTE QUINDI AMPLIARE LA GAMMA DI PROTEINE CHE UN ORGANISMO EUCARIOTE PUO PRODURRE CON UN NUMERO LIMITATO DI GENI.
TABELLA 2.1 GENOMI II
UN ULTERIORE FONTE DI VARIABILITA DEL PROTEOMA E RAPPRESENTATA DALL RNA EDITING. QUESTO PROCESSO CONSISTE IN UNA MODIFICA CHIMICA MIRATA DEL PREmRNA CHE NE MODIFICA LE PROPRIETA CODIFICANTI.
FIGURA 3.8A GENOMI II
TABELLA 10.6 GENOMI II
DEAMMINAZIONE
IL GENE UMANO DELL APOLIPOPROTEINA B E ESPRESSO SIA NEL FEGATO CHE NELL INTESTINO DOVE DIRIGE LA SINTESI DI DUE PROTEINE DIVERSE.
FIGURA 10.29 GENOMI II GLU STOP
PROCARIOTI: 1 GENE 1 RNA MESSAGGERO 1 PROTEINA EUCARIOTI: 1 GENE 1 TRASCRITTO PRIMARIO MOLTEPLICI RNA MESSAGGERI (PER EFFETTO DI SPLICING ALTERNATIVO ED EDITING) MOLTEPLICI PROTEINE.
STRUTTURA TIPICA DI UN mrna EUCARIOTICO AUG UAA, UAG O UGA CAPPUCCIO O CAP SEQUENZA DI KOZAK SEQUENZA CODIFICANTE POLI(A) SEGNALE DI POLIADENILAZIONE SITI DI LEGAME PER I MICRORNA
LA SEQUENZA CONSENSO DI KOZAK RAPPRESENTA IL SITO SECONDARIO DI LEGAME AL RIBOSOMA. ESSA SI SOVRAPPONE AL CODONE DI INIZIO ED E CARATTERIZZATA DALLE SEGUENTI BASI: ACCAUGG
FIGURA 6.16 GENES VII = 8.17 GENE VI