Frontiere della Biologia Molecolare

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1 Prof. Giorgio DIECI Dipartimento di Bioscienze Università degli Studi di Parma Frontiere della Biologia Molecolare Milano, 4 marzo 2016

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3 Fotografia al microscopio elettronico di una plasmacellula NUCLEO (DNA, RNA, proteine) CITOPLASMA (RNA, proteine) 1 mm

4 DNA, cromatina e cromosomi

5 Sintesi di RNA mediante trascrizione del DNA

6 Gene: Regione di controllo Sito di inizio della trascrizione Regione trascritta DNA RNA (trascritto primario)

7 Codice genetico e traduzione: biosintesi delle proteine

8 Fotografia al microscopio elettronico di una plasmacellula NUCLEO (DNA, RNA, proteine) CITOPLASMA (RNA, proteine) 1 mm

9 un ribosoma 0.5 mm

10 Regolazione genica trascrizionale* Fattori di trascrizione * promotore trascrizione gene TRASCRIZIONE OFF repressori attivatori cromatina condensata TRASCRIZIONE ON cromatina decondensata

11 Metilazione del DNA e acetilazione/metilazione degli istoni influenzano fortemente la trascrizione genica Histone Methylation TRASCRIZIONE ON TRASCRIZIONE OFF

12 Regolazione genica post-trascrizionale* Regolazione della stabilità del mrna mrna * Regolazione della traduzione fattore di inizio traduzione subunità del ribosoma mrna repressore della traduzione TRADUZIONE ON TRADUZIONE OFF

13 The noncoding RNA revolution 1980 snrna (splicing, maturazione del mrna) RNA catalitici (ribozimi) 7SL RNA (signal recognition particle, traslocazione delle proteine) 1990 telomerasi snorna (maturazione dell RNA ribosomiale) Xist (il primo long noncoding RNA; inattivazione del cromosoma X) lin4 (il primo microrna; repressore della traduzione) 2000 sirna mirna regolazione genica post-trascrizionale pirna 2010 CRISPR RNAs lncrna

14 The noncoding RNA revolution 1980 snrna (splicing, maturazione del mrna) RNA catalitici (ribozimi) 7SL RNA (signal recognition particle, traslocazione delle proteine) 1990 telomerasi snorna (maturazione dell RNA ribosomiale) Xist (il primo long noncoding RNA; inattivazione del cromosoma X) lin4 (il primo microrna; repressore della traduzione) 2000 sirna mirna regolazione genica post-trascrizionale pirna 2010 CRISPR RNAs lncrna

15 Geni discontinui e splicing (RNA acrobatics) Gene SNTG2 (Syntrophin g2) Coordinate chr2:944,554-1,373,384 SNTG2 trascritto primario (~ b) 15 esoni e 14 introni SNTG2 mrna (~1.500 b) Lunghezza media degli introni nei geni umani: 3300 bp Lunghezza tipica degli esoni nei geni umani: bp

16 mrna splicing Pre-mRNA mrna

17 Piccoli RNA nucleari (snrna) guidano il riconoscimento dei siti di splicing

18 The noncoding RNA revolution 1980 snrna (splicing, maturazione del mrna) RNA catalitici (ribozimi) 7SL RNA (signal recognition particle, traslocazione delle proteine) 1990 telomerasi snorna (maturazione dell RNA ribosomiale) Xist (il primo long noncoding RNA; inattivazione del cromosoma X) lin4 (il primo microrna; repressore della traduzione) 2000 sirna mirna regolazione genica post-trascrizionale pirna 2010 CRISPR RNAs lncrna

19 un ribosoma 0.5 mm

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22 Il cuore a RNA dei ribosomi Modelli strutturali dell RNA ribosomiale 16S

23 Centinaia (!) di piccoli RNA nucleolari (snorna ) guidano modificazioni chimiche sito-specifiche degli RNA dei ribosomi Mappa delle modificazioni chimiche sito-specifiche degli RNA ribosomiali del lievito, ognuna mediata da un diverso snorna

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25 The noncoding RNA revolution 1980 snrna (splicing, maturazione del mrna) RNA catalitici (ribozimi) 7SL RNA (signal recognition particle, traslocazione delle proteine) 1990 telomerasi snorna (maturazione dell RNA ribosomiale) Xist (il primo long noncoding RNA; inattivazione del cromosoma X) lin4 (il primo microrna; repressore della traduzione) 2000 sirna mirna regolazione genica post-trascrizionale pirna 2010 CRISPR RNAs lncrna

26 Altri piccoli RNA guida: sirna, mirna, pirna possono guidare complessi multiproteici su RNA bersaglio nel citoplasma, con conseguente inibizione della traduzione o degradazione dell RNA bersaglio Ci sono circa 1000 diversi mirna nelle cellule umane; ognuno può controllare decine/centinaia di mrna; ogni mrna può essere controllato da decine di mirna diversi

27 ma possono anche guidare complessi multiproteici sul DNA o su RNA nascenti nel nucleo, a livello dei geni in corso di trascrizione, con conseguente generazione di strutture cromatiniche repressive (silenziamento genico) mediate da metilazione del DNA e/o modificazionidegli istoni

28 The noncoding RNA revolution 1980 snrna (splicing, maturazione del mrna) RNA catalitici (ribozimi) 7SL RNA (signal recognition particle, traslocazione delle proteine) 1990 telomerasi snorna (maturazione dell RNA ribosomiale) Xist (il primo long noncoding RNA; inattivazione del cromosoma X) lin4 (il primo microrna; repressore della traduzione) 2000 sirna mirna regolazione genica post-trascrizionale pirna 2010 CRISPR RNAs lncrna

29 anche i long noncoding RNAs (lncrnas) possono guidare la generazione di strutture cromatiniche repressive Ne esistono probabilmente varie migliaia

30 Xist, il primo lncrna identificato (~ b) riveste uno dei due cromosomi X nelle femmine di mammifero, portando alla sua inattivazione

31 The noncoding RNA revolution 1980 snrna (splicing, maturazione del mrna) RNA catalitici (ribozimi) 7SL RNA (signal recognition particle, traslocazione delle proteine) 1990 telomerasi snorna (maturazione dell RNA ribosomiale) Xist (il primo long noncoding RNA; inattivazione del cromosoma X) lin4 (il primo microrna; repressore della traduzione) 2000 sirna mirna regolazione genica post-trascrizionale pirna 2010 CRISPR RNAs lncrna

32 RNA che guidano la modificazione del genoma la nucleasi batterica Cas9 può essere guidata con precisione da piccoli RNA a sequenze bersaglio nel DNA genomico, che essa taglia

33 RNA che guidano il riarrangiamento estensivo di un genoma

34 sirna mirna silenziamento genico programmato lncrna CRISPR RNAs -modificazione mirata del genoma -spegnimento/accensione mirata della trascrizione genica

35 Eredità epigenetica transgenerazionale

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37 Comunicazione intercellulare mediata da microvescicole

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