DIAGNOSTICA BIOMOLECOLARE

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1 Cod Campo meo PCRMTES Mycobacterium tb complex 10PB025 - Mycobacterium tb complex / Heminested PCR (Ricerca) - MI 10PB025 rev 1/ PCR 90 POOL, LINFONODO, ANIMALE MORTO, ORGANI SEQNOR Norovirus genotipo Identificazione Norovirus genotipo meante analisi sequenza amplicone NORVPCR (M.I.) SEQUENZIAMENTO 20 MOLLUSCHI BIVALVI IN GUSCIO (DEPURABILI) PCREAV Arterite equina Identificazione virus dell'arterite equina meante RT-PCR RT-PCR 10 LIQUIDO BIOLOGICO PCRACRO Bacillus anthracis 10PB036 - Bacillus anthracis / Multiplex PCR (Ricerca ed identificazione) - MI 10PB036 rev 1/ [DNA cromosomiale (limite rilevazione: 12,5 pg DNA bersaglio Ba 813 R1/R2)] PCR 2 ANNESSI CUTANEI, COLTURA BATTERICA, BIOTERRORISMO, SANGUE, ORGANI PCRBTV PCRBSP Blue tongue Brachyspira 10PB039-0/ Ricerca del virus della Blue tongue meante RT-PCR One Step (M.I.) - (limite rilevazione: 10^3.7 TCID50 /ml) + 10PB042-0/ Estrazione RNA da: sangue intero, tessuti d'organo, insetti (M.I.) RT-PCR SANGUE, ORGANI, SISTEMA NERVOSO CENTRALE, LIQUIDO BIOLOGICO Ricerca e identificazione DNA Brachyspira spp meante PCR - Kit Aavet?Brachy (M.I.) - Prova in validazione PCR 10 COLTURA BATTERICA, FECI 81

2 Campo meo PCRBRC PCRBRCS Brucella spp Brucella spp 10PB048-0/ Ricerca DNA Brucella spp. meante Heminested-PCR (limite rilevazione: 0,005 ng DNA bersaglio) (M.I.) + 10PB027-1/ Estrazione DNA genomico da tessuti e flui biologici (M.I.) PCR 15 FORMAGGI LATTICINI, LATTE, COLTURA BATTERICA, ORGANI 10PB049-0/ Identificazione Brucella spp. meante Simplex-PCR (M.I.) + 10PB024-1/ Estrazione DNA genomico batterico da ceppi isolati (M.I.) PCR 3 BIOTERRORISMO SEQCPV2 SEQCPVV PCRPV PCRTBCA Canine Parvovirus 2 (CPV2) Canine Parvovirus 2 (CPV2) Canine Parvovirus 2 (CPV2) Ceppi Mycobacterium tb complex Canine Parvovirus 2 (CPV2): Identificazione genotipica della variante CPV2 meante analisi sequenza del gene VP2 (aa ) - (M.I.) - Prova eseguita a scopo ricerca Canine Parvovirus 2 (CPV2): Identificazione genotipica della variante vaccinale / campo meante amplificazione e analisi sequenza del gene VP2 (aa 297) - (M.I.) - Prova eseguita a scopo ricerca SEQUENZIAMENTO 15 ORGANI, FECI SEQUENZIAMENTO 15 ORGANI, FECI Ricerca DNA Canine Parvovirus 2 (CPV2) meante Simplex-PCR - (M.I.) - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 15 SISTEMA NERVOSO CENTRALE, ORGANI, FECI, LINFONODO, POOL 10PB065 - Ceppi Mycobacterium tb complex: spoligotipo / RLB-PCR (Identificazione) - MI 10PB065 rev 0/ PCR 90 COLTURA BATTERICA 82

3 Cod Campo meo PCRCACB Chlamydophila abortus e Coxiella burnetii Ricerca Chlamydophila abortus e Coxiella burnetii meante Multiplex PCR - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 15 PORZIONI ANATOMICHE, ORGANI, SISTEMA NERVOSO CENTRALE PCRCIRV Circovirus Identificazione molecolare Circovirus tipo II meante PCR PCR 10 POOL, SANGUE, VISCERI, ORGANI, LINFONODO PCRCV Coronavirus Ricerca RNA Coronavirus meante RT-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca RT-PCR FECI, POOL, SISTEMA NERVOSO CENTRALE, ORGANI, LINFONODO PCRDV Distemper virus (Cimurro) Ricerca RNA Distemper virus (Cimurro) meante RT-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca RT-PCR 15 LINFONODO, SISTEMA NERVOSO CENTRALE, ORGANI PCRDNAA DNA animale 10PB022-0/ Ricerca DNA animale: identificazione molecolare meante Simplex- PCR (M.I.) e 10PB032-0/ Controllo amplificabilita del DNA estratto origine animale (M.I.) + 10PB014 - Estrazione DNA genomico con metodo CTAB (UNI EN PCR 30 ANNESSI CUTANEI PCRDNAB DNA animale 10PB029-0/ Ricerca DNA animale - Identificazione molecolare specie animale meante Simplex-PCR (M.I.): specie bovina PCR 30 ANNESSI CUTANEI PCRDNAO DNA animale 10PB029-0/ Ricerca DNA animale - Identificazione molecolare specie animale meante Simplex-PCR (M.I.): specie ovina PCR 40 ANNESSI CUTANEI PCRO157 E. coli O157 Identificazione molecolare E. coli O157:H7 meante PCR PCR 10 COLTURA BATTERICA 83

4 Campo meo PCRVT E. coli verocitotossici 10PB023-0/ Identificazione su base genetica E. coli verocitotossici da ceppi isolati - (M.I.): gene per la produzione VT + 10PB024-1/ Estrazione DNA genomico batterico da ceppi isolati (M.I.) PCR 4 COLTURA BATTERICA PCRVT1 E. coli verocitotossici 10PB023-0/ Identificazione su base genetica E. coli verocitotossici da ceppi isolati - (M.I.): gene per la produzione VT1 + 10PB024-1/ Estrazione DNA genomico batterico da ceppi isolati (M.I.) PCR 4 COLTURA BATTERICA PCRVT2 E. coli verocitotossici 10PB023-0/ Identificazione su base genetica E. coli verocitotossici da ceppi isolati - (M.I.): gene per la produzione VT2 + 10PB024-1/ Estrazione DNA genomico batterico da ceppi isolati (M.I.) PCR 4 COLTURA BATTERICA PCRK88 Escherichia coli enterotossigenici Escherichia coli enterotossigenici: identificazione su base genetica dell'antigene fimbriale K88 - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 10 COLTURA BATTERICA PCRK99 PCRFSP Escherichia coli enterotossigenici Francisella Escherichia coli enterotossigenici: identificazione su base genetica dell'antigene fimbriale K99 - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 10 COLTURA BATTERICA 10PB040 - Francisella spp / Simplex PCR (Ricerca ed identificazione) - MI 10PB040 rev 1/ PCR 15 VISCERI, POOL, BIOTERRORISMO, ORGANI Per bioterrorism o il tempo è 4 gg 84

5 Campo meo GENBVSE SEQ16S genotipizzazione bovini Identificazione genotipica batteri 10PB038-0/ Identificazione genetica dei bovini: genotipizzazione meante Stockmarks PCR typing kit (M.I.) 10DG083 - Isolati batterici / Microseq 500 del 16S rdna - MI 10DG083 rev 1/ SEQUENZIAMENTO 30 SANGUE, ANNESSI CUTANEI, ORGANI SEQUENZIAMENTO 15 COLTURA BATTERICA SEQFU Identificazione genotipica specie fungine Identificazione genotipica specie fungine meante analisi con Microseq D2 LSUrDNA fungal sequencing kit - (M.I.) - Prova eseguita a scopo ricerca SEQUENZIAMENTO 15 COLTURA MICETI PCRLAW Lawsonia intracellularis 10PB028-0/ Identificazione su base genetica Lawsonia intracellularis (M.I.) + 10PB058-0/ Estrazione DNA genomico meante QIAamp DNA stool minikit quiagen (M.I.) PCR 15 ORGANI, FECI QPCRLEI PCRLPT PCRTBC PCRTBGE PCRTBSP Leishmania Leptospira Mycobacterium Mycobacterium "tb complex" Mycobacterium "tb complex" Determinazione quantitativa Leishmania spp meante Real-time PCR (M.I.) Prova eseguita a scopo ricerca REAL-TIME PCR 10 Ricerca DNA Leptospira spp meante Rti- PCR - Prova eseguita a scopo ricerca REAL-TIME PCR 10 LINFONODO, LIQUIDO BIOLOGICO ANIMALE MORTO, LIQUIDO BIOLOGICO, URINA, ORGANI 10PB026 - Mycobacterium / Multiplex PCR (Ricerca) - MI 10PB026 rev 0/ PCR 90 COLTURA BATTERICA 10PB037 - Ceppi Mycobacterium tb complex: ETR loci / PCR (Identificazione) - MI 10PB037 rev 0/ PCR 90 COLTURA BATTERICA Caratterizzazione molecolare specie per Mycobacterium "tb complex" meante spoligotyping del locus DR PCR 90 COLTURA BATTERICA 85

6 Campo meo PCRTBCO PCRMPT Mycobacterium "tb complex" Mycobacterium avium subsp paratuberculosis Mycobacterium "tb complex": fferenziazione su base genetica specie e sottospecie - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 90 COLTURA BATTERICA Ricerca DNA Mycobacterium avium subsp paratuberculosis meante Heminested PCR (M.I.) - Prova in validazione PCR 120 FECI PCRPT PCRMCNJ Mycobacterium avium susp. paratuberculosis Mycoplasma conjunctivae 10PB054-0/ Identificazione su base genetica Mycobacterium avium susp. paratuberculosis meante Simplex-PCR (M.I.) + 10PB024-1/ Estrazione DNA genomico batterico da ceppi isolati (M.I.), 10PB052-0/ Estrazione D PCR 120 COLTURA BATTERICA Identificazione molecolare Mycoplasma conjunctivae meante Nested-PCR PCR 25 ORGANI, TAMPONI PCRMHY PCRMYCP PCRNCAN PCRPRRS Mycoplasma hyopneumoniae Mycoplasma spp Neospora Caninum PRRS virus Ricerca DNA Mycoplasma hyopneumoniae meante Rti-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca REAL-TIME PCR 20 ORGANI Identificazione molecolare Mycoplasma spp. meante Simplex-PCR PCR 20 10PB061 - Neospora Caninum / Simplex PCR (Ricerca) - MI 10PB061 rev 1/ PCR 15 Identificazione molecolare PRRS virus meante RT-PCR RT-PCR 15 COLTURA BATTERICA, LIQUIDO BIOLOGICO POOL, SISTEMA NERVOSO CENTRALE, ORGANI SANGUE, LIQUIDO BIOLOGICO, VISCERI, POOL, LINFONODO, ORGANI 86

7 Campo meo PCRM112 molecolare del gene meca - marker 112 meante Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 20 COLTURA BATTERICA PCRM147 molecolare del gene meca - marker 147 meante Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 20 COLTURA BATTERICA PCRM533 molecolare del gene meca - marker 533 meante Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 20 COLTURA BATTERICA PCRSTMR molecolare del gene meca / gene nuca meante Multiplex-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 20 COLTURA BATTERICA PCRNUCA Staphylococcus aureus Staphylococcus aureus: identificazione molecolare meante rilevamento del gene nuca con Simplex-PCR - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 10 COLTURA BATTERICA PCRTOX Toxoplasma goni Ricerca DNA Toxoplasma goni meante Nested-PCR - (M.I.) - Prova eseguita a scopo ricerca PCR 15 SISTEMA NERVOSO CENTRALE, FECI, ORGANI, PORZIONI ANATOMICHE 87