Richiesta nuovo Assegno di Ricerca
|
|
- Uberto Antonini
- 5 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1 Richiesta nuovo Assegno di Ricerca Tutor proponente: Prof. Davide Pettener TITOLO: Analisi di marcatori uniparentali mediante sequenziamento massivo parallelo in popolazioni umane di origine europea OBIETTIVI DEL PROGETTO DI RICERCA Nonostante il continuo progresso degli approcci sperimentali e di analisi dati nell ambito della genomica di popolazioni, lo studio della variabilità dei polimorfismi del DNA mitocondriale e del cromosoma Y continua a rappresentare uno strumento estremamente informativo per la ricostruzione della storia genetica dei vari gruppi umani. In particolare, l eredità uniparentale di questa tipologia di polimorfismi ne fa tuttora i marcatori genetici ideali per la descrizione dettagliata di processi demografici (es. migrazioni) e/o micro-evolutivi (es. flusso genico o isolamento) che possono aver interessato in maniera differenziale la componente femminile e quella maschile di una popolazione. Per tale motivo, notevoli passi avanti sia dal punto di vista delle tecnologie impiegate sia per quanto riguarda le metodologie di analisi dei dati generati sono stati compiuti anche in questo ambito specifico dello studio dell evoluzione umana. Il costante perfezionamento dei protocolli sperimentali e la riduzione dei costi legati all utilizzo di piattaforme per il sequenziamento massivo parallelo (next generation sequencing, NGS) hanno infatti permesso di aumentare progressivamente il livello di risoluzione dell analisi di questi marcatori ad eredità uniparentale, permettendo una caratterizzazione sempre più dettagliata di linee e sottolinee filogenentiche. Sulla base di queste premesse, il presente progetto si pone l obiettivo di effettuare un analisi approfondita della variabilità del DNA mitocondriale e del cromosoma Y in un ampio pannello di campioni provenienti da diverse popolazioni di ancestralità europea, che saranno selezionati e raccolti secondo i più stringenti criteri attualmente in uso in questo tipo di studi (Sarno et al. 2014). Le popolazioni oggetto d indagine saranno scelte in modo da massimizzare le informazioni su quei gruppi europei per i quali al momento non sono disponibili dati di tipo genomico e/o generati ad un elevato livello di risoluzione per quanto riguarda il DNA mitocondriale (es. genoma completo) o il cromosoma Y. Ciò permetterà di integrare i dati attualmente a disposizione con preziose informazioni sulle popolazioni che rappresentano dei veri e propri tasselli mancanti nel quadro della variabilità genetica europea e approfondire pertanto gli aspetti filogenetici e filogeografici che caratterizzano l ampia biodiversità umana osservabile all interno del continente in questione. Sarà così possibile
2 confrontare in maniera esaustiva i dati relativi ai marcatori uniparentali con la prospettiva complementare offerta dall analisi dei marcatori autosomici per ricostruire i principali processi demografici e popolazionistici che hanno caratterizzato la storia antica e recente del continente, permettendo un analisi ad ampio spettro della variabilità umana non solo da un punto di vista sincronico, ma anche diacronico grazie al confronto con campioni antichi. Il progetto avrà inoltre l obiettivo metodologico di disegnare e mettere a punto una serie di pannelli di marcatori del cromosoma Y destinati al sequenziamento massivo parallelo mediante tecnologia Ion Torrent (piattaforma Ion S5, Thermo Fisher Scientific) o Illumina (piattaforme MiniSeq o MiSeq) e di perfezionare il protocollo di sequenziamento di genomi mitocondriali completi recentemente sviluppato dal gruppo di ricerca (De Fanti et al. 2016). ARTICOLAZIONE DEL PROGETTO E TEMPI DI REALIZZAZIONE Il progetto è strutturato in tasks volti a raggruppare le attività previste dal piano di ricerca sulla base delle sue fasi consequenziali. Task 1: Selezione delle popolazioni da analizzare, campionamento ed estrazione del DNA (mesi: 1-3) Le popolazioni oggetto di studio saranno scelte al fine di massimizzare le informazioni su quei gruppi europei per i quali non sono disponibili dati di tipo genomico e/o generati ad un elevato livello di risoluzione per quanto riguarda il DNA mitocondriale (es. genoma completo) o il cromosoma Y. Ciò comporterà pertanto un attenta analisi della letteratura e dei database di dati genetici/genomici attualmente disponibili. Una volta selezionate le popolazioni, i campioni di DNA da analizzare saranno scelti sulla base dei criteri più stringenti attualmente in uso in questo tipo di studi (Sarno et al. 2014), in parte tra quelli già presenti all interno della biobanca del Laboratorio di Antropologia Molecolare e in parte mediante campionamenti ex novo. Questi saranno basati su di una preliminare raccolta di dati biodemografici tra gli individui della popolazione in esame al fine di selezionare solo quelli che presentano una ancestralità chiaramente radicata sul territorio da diverse generazioni. Il campionamento di materiale biologico (saliva) da cui estrarre il DNA sarà effettuato utilizzando il kit Oragene@DNA (OG-500, DNAGENOTEK). In seguito alle fasi di estrazione e purificazione il DNA sarà quantificato attraverso l impiego del fluorimetro Qubit 3.0 utilizzando il kit Qubit dsdna BR Assay (Life Technologies) che permette di quantificare in modo preciso il DNA a doppio
3 filamento al fine di verificare che la quantità e la qualità dello stesso soddisfi i requisiti necessari per la costruzione delle librerie per il sequenziamento NGS del genoma mitocondriale completo e di porzioni target del cromosoma Y. Task 2: Costruzione delle librerie e sequenziamento NGS del DNA mitocondriale (mesi 3-6) Il protocollo messo a punto dal gruppo di ricerca per il sequenziamento dei genomi mitocondriali sarà ulteriormente perfezionato e applicato per la tipizzazione dei campioni selezionati nell ambito delle attività del Task 1. Tale protocollo prevede l amplificazione dell intero genoma mitocondriale mediante la produzione di due ampliconi che vengono poi sottoposti ad una frammentazione fisica tramite sonicazione per mezzo dello strumento Bioruptor (Diagenode). Tale frammentazione permetterà di ottenere librerie di segmenti di mtdna delle dimensioni adatte ad essere sequenziate con tecnologia Ion Torrent (Thermo Fisher Scientific). Le librerie saranno quindi barcodate utilizzando il kit Ion Xpress Barcode Adapters (Life Technologies) al fine di poter processare più campioni contemporaneamente e saranno quantificate attraverso approcci di qpcr (saggio TaqMan, Ion Library Quantitation Kit, Life Technologies) o grazie all impiego del BioAnalyzer Instrument 2100 (High Sensitivity DNA Analysis Kits, Agilent Technologies) per garantire l accorpamento dei campioni in concentrazione equimolare, al fine di ottenere il minor numero possibile si sfere policlonali durante la reazione di PCR in emulsione. La PCR in emulsione sarà effettuata con l impiego dello strumento One Touch 2 System mediante l utilizzo di un kit recentemente reso disponibile (Ion Hi-Q OT2 Kit, Life Technologies) e sarà seguita dal sequenziamento dei genomi mitocondriali grazie all impiego del kit Ion Hi-Q Sequencing (Life Technologies). Le sequenze ottenute saranno processate avvalendosi sia di tools bioinformatici implementati nella Torrent Suite sviluppata da Life Technologies e collegata alla piattaforma di sequenziamento utilizzata, sia mediante l utilizzo di una pipeline di analisi sviluppata ad hoc. Task 3: Costruzione delle librerie e sequenziamento NGS di STRs e SNPs caratterizzanti aplogruppi del cromosoma Y (mesi 7-10) L analisi dei polimorfismi del cromosoma Y sarà effettuata in collaborazione con il Reparto Investigazioni Scientifiche (RIS) dell Arma dei Carabinieri di Parma e prevede la caratterizzazione di un set di marcatori STRs secondo il pannello di più recente sviluppo al momento dell inizio dei lavori e proposto dalla ditta Thermo Fisher Scientific per la piattaforma di sequenziamento di nuova generazione Ion S5. L applicazione di una piattaforma NGS per l analisi di loci STRs permetterà di aumentare notevolmente il livello di risoluzione dell analisi generando un vero e proprio dato di
4 sequenza e non limitandosi solamente alla tradizionale determinazione del numero di copie della sequenza ripetuta. Attraverso un accurata inferenza degli aplogruppi mediante l utilizzo di tools bioinformatici quali Haplogrep2.0 e Haplogroup Predictor sarà poi possibile determinare quali marcatori SNPs possano essere più informativi per la conferma e la discriminazione ad alta risoluzione della filogenesi dei cromosomi Y esaminati. La collaborazione con i RIS dell Arma dei Carabinieri di Parma permetterà infine di mettere a punto un pannello di SNPs da caratterizzare mediante piattaforma Ion S5 (Thermo Fisher Scientific) la cui elevata informatività potrà essere sfruttata non solo per studi di tipo popolazionistico ma anche per possibili future applicazioni in ambito forense. Task 4: Analisi filogenetiche e filogeografiche dei dati ottenuti (mesi: 11-12) Per quanto riguarda l analisi delle sequenze di DNA mitocondriale generate, ciascun campione sarà assegnato all aplogruppo di riferimento e alla relativa sottolinea di appartenenza mediante confronto con la più recente filogenesi mitocondriale (PhyloTree) grazie all utilizzo di tools specificatamente sviluppati per l analisi di genomi mitocondriali completi (Haplofind). Per l analisi dei dati ottenuti per il cromosoma Y si seguirà un approccio simile avvalendosi di tool appositamente sviluppati per l inferenza dell aplogruppo di appartenenza a partire dai marcatori STRs analizzati (Haplogrep2.0, Haplogroup Predictor). Le frequenze e la distribuzione geografica delle linee così individuate saranno confrontate con quelle osservate in altre popolazioni Europee e del bacino del Mediterraneo, sfruttando sia dati di letteratura sia dataset messi a disposizione da collaborazioni nazionali e internazionali. Saranno inoltre calcolati indici di diversità nucleotidica e effettuate analisi multivariate mediante l utilizzo di specifici packages implementati in ambiente R. L analisi filogenetica delle sequenze mitocondriali ottenute e di quelle di confronto, nonché la datazione delle singole sottolinee sarà effettuata mediante un approccio Bayesiano che sfrutta algoritmi basati sulle catene di Monte Carlo Markov Chain (MCMC) e implementato nel software BEAST. Le relazioni all interno di specifiche sottolinee saranno infine valutate mediante ricostruzione di network (Network ) ed eventuali strutture star-like rappresentative di segnali d espansione saranno ulteriormente datate mediante l estimatore rho utilizzando un mutation-rate specifico per il tipo di marcatore oggetto di indagine.
5 PROGRAMMA FORMATIVO Il piano di formazione proposto permetterà all assegnista di acquisire competenze nell'ambito dell applicazione delle più innovative tecnologie di sequenziamento massivo parallelo e delle più recenti metodologie di analisi bioinformatiche necessarie per processare tale tipologia di dato. Considerando che l esperienza nell analisi di mitogenomi e marcatori del cromosoma Y maturata dal gruppo di ricerca che propone il progetto è ormai consolidata sia dal punto di vista laboratoristico che di analisi dati, il carattere innovativo del progetto sarà incentrato sull acquisizione di conoscenze e sull ottimizzazione di protocolli per il sequenziamento massivo parallelo mediante la nuova piattaforma di sequenziamento Ion S5 recentemente sviluppata da Thermo Fisher Scientific e sul design e la messa a punto di un pannello di SNPs che possa essere altamente informativo per la discriminazione degli aplogruppi del cromosoma Y di popolazioni di origine europea. Tali competenze, i protocolli sperimentali e le pipeline di analisi sviluppate nell ambito del progetto potranno così essere acquisite e fatte proprie da tutto il personale BiGeA che usufruisce delle strumentazioni e dei servizi del Centro dipartimentale di Biologia Genomica, ponendo le basi per la loro modificazione e ottimizzazione per il sequenziamento di DNA mitocondriale di specie di interesse zoologico o botanico, e di genomi batterici o eucariotici di piccole dimensioni, nonché di porzioni di genomi non mitocondriali (mediante un approccio basato su ampliconi). Dal momento che esperimenti di sequenziamento massivo parallelo prevedono sempre quattro fasi principali nella procedura di preparazione e processamento dei campioni da analizzare (costruzione delle librerie di DNA, preparazione delle sequenze di template, sequenziamento, allineamento delle sequenze ottenute e chiamata delle varianti), il piano formativo proposto sarà strutturato in modo da seguire tali fasi logiche (Task1, Task2, Task3) al fine di favorire l acquisizione di competenze differenti, ma complementari, e indispensabili per l adattamento del workflow sopra descritto al sequenziamento dell intero genoma mitocondriale e del pannello di SNPs disegnato per l analisi della variabilità del cromosoma Y. Un ulteriore fase di formazione prevede sia il processamento dei dati grezzi sia l analisi filogenetica e filogeografica dei dati ottenuti (Task2, Task3, Task4). Durante questa fase del progetto è prevista la collaborazione con gruppi di ricerca nazionali ed esteri specializzati nell analisi bioinformatica di dati NGS e nell analisi della variabilità genetica delle popolazioni umane. Il processamento del dato grezzo sarà infatti effettuato sia avvalendosi dei tools contenuti all interno della Torrent Suite sviluppata da Life Technologies e abbinata alla piattaforma di sequenziamento utilizzata, sia attraverso la messa a punto di pipeline di analisi dedicate.
6 A tal proposito, l assegnista acquisirà le competenze necessarie per l utilizzo dei tools implementati nella Torrent Suite e di software open source per condurre: allineamento delle sequenze ottenute al genoma di riferimento e controllo di qualità delle stesse (Ion Alignment) analisi della profondità e uniformità del coverage ottenuto (Ion coverageanalysis, GATK) chiamata delle varianti di singola base e di piccole inserzioni/delezioni (Ion variantcaller, Ion variantcallermito, SAMTools, VarScan) annotazione delle varianti individuate (Ion ReporterUploader). Una volta individuate le varianti caratterizzanti le sequenze generate l assegnista effettuerà una serie di analisi volte alla ricostruzione dell evoluzione delle relative linee e sottolinee filogenetiche. A tale scopo, e per confrontare le sequenze ottenute con il maggior numero possibile di sequenze europee e mediterranee, l assegnista collaborerà con lo Human Genome Diversity Lab diretto dal Prof. David Comas del Department of Experimental and Health Sciences dell Università Pompeu Fabra di Barcellona, acquisendo competenze necessarie per: determinazione delle sottolinee degli aplogruppi di appartenenza dei campioni esaminati (Haplofind, Haplogroup Predictor) confronto delle frequenze e delle distribuzioni spaziali delle linee identificate con quelle ottenute da dati di confronto (packages implementati in ambiente R) indagine delle relazioni filogenetiche delle sottolinee osservatee relativa datazione (BEAST, Network). Infine, in parallelo con la fase dedicata all analisi dei dati generati dagli esperimenti di sequenziamento, l assegnista avrà la possibilità di maturare ulteriormente la propria capacità di divulgare i risultati ottenuti attraverso la presentazione degli stessi a congressi nazionali ed internazionali e la stesura di articoli destinati alla pubblicazione su riviste scientifiche internazionali.
Percorso di Biologia Molecolare
La Biologia Molecolare è oggi alla base di qualunque indagine analitica in campo clinico, alimentare, ambientale forense e nella ricerca di base. Le Biotecnologie sono in costante e continua evoluzione,
DettagliLa variabilità genetica: tipi e metodi per studiarla e misurarla
La variabilità genetica: tipi e metodi per studiarla e misurarla La variabilità genetica (V.G.) 1. V.G. somatica 2. V.G. gametica intraindividuo 3. V.G. gametica intrapopolazione (polimorfismo) 4. V.G.
DettagliEVOLUZIONE MOLECOLARE. Silvia Fuselli
EVOLUZIONE MOLECOLARE Silvia Fuselli silvia.fuselli@unife.it TESTI Organizzazione del corso Graur and Li, Fundamentals of molecular evolution, Sinauer 2000 Michael Lynch, The Origins of Genome Architecture,
DettagliGraziella Bongioni, Sabina Arabi e Rossana Capoferri. Istituto Spallanzani
Utilizzo di metodi molecolari per l identificazione di specie microalgali Rivolta d Adda, 22 giugno 2017 Graziella Bongioni, Sabina Arabi e Rossana Capoferri Istituto Spallanzani Progetto finanziato da:
DettagliLineage markers Sex-specific inherited markers
DNA Profiling e Genetica Forense Lineage markers Sex-specific inherited markers Finora abbiamo visto che i marcatori più utilizzati in genetica forense sono i loci microsatellite ma più in generale sono
DettagliIl progetto Genoma Umano è iniziato nel E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA.
Il progetto Genoma Umano è iniziato nel 1990. E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA. Progetto internazionale finanziato da vari paesi, affidato
DettagliCenni di genetica di popolazione delle specie native
Ariis di Rivignano, 8 Novembre Cenni di genetica di popolazione delle specie native prof. Pallavicini 1 Biodiversità L'espressione italiana è un calco linguistico derivante dal termine inglese biodiversity.
DettagliMarcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica
Marcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica (RFLP e PCR-derivati, inclusi SSR e SNP) DNA fingerprinting DNA genotyping DNA haplotyping cp/mtdna barcoding MG/QTL mapping MAS breeding
DettagliUNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI NAPOLI FEDERICO II DIPARTIMENTO DI AGRARIA Via Università, PORTICI (NA) Italia RELAZIONE FINALE
RELAZIONE FINALE Convenzione di Ricerca: ACCERTAMENTO, MEDIANTE METODI MOLECOLARI, DELLA DIVERSITÀ MICROBICA RICORRENTE IN IMPASTI ACIDI IMPIEGATI PER LA PRODUZIONE DI PRODOTTI DA FORNO A LIEVITAZIONE
DettagliGenetica, genomica ed innovazione varietale UO9, Parco Tecnologico Padano Pietro Piffanelli, Pamela Abbruscato, barbara Menin
Progetto POLORISO Incontro di coordinamento della attività scientifica del progetto CRA - Unità di Ricerca per la risicoltura Vercelli, aprile 0 Genetica, genomica ed innovazione varietale UO9, Parco Tecnologico
DettagliCenni di genetica di popolazione delle specie native
Cenni di genetica di popolazione delle specie native prof. Pallavicini dott. Victoria Bertucci 27 gen 2012 1 Biodiversità L'espressione italiana è un calco linguistico derivante dal termine inglese biodiversity.
DettagliNGS su ceppi di Listeria monocytogenes isolati da matrici alimentari. Cesare Cammà Massimiliano Orsini
NGS su ceppi di Listeria monocytogenes isolati da matrici alimentari Cesare Cammà Massimiliano Orsini Next Generation Sequencing WGS per Listeria monocytogens? Whole Genome Sequencing Tipizzazione molecolare
DettagliPatologie da analizzare
Fasi cruciali Scelta della patologia da analizzare Scelta del campione da analizzare Scelta dell approccio da utilizzare Scelta della tecnica da utilizzare Analisi statistica del dati Conferme con approcci
DettagliINSEGNAMENTO/CORSO INTEGRATO
FACOLTÀ MEDICINA E CHIRURGIA ANNO ACCADEMICO 2013/2014 CORSO DI LAUREA (o LAUREA Biotecnologie Mediche e Medicina MAGISTRALE) Molecolare INSEGNAMENTO/CORSO INTEGRATO Genetica medica e forense, Epidemiologia
DettagliConfronto dei metodi di tipizzazione molecolare per la caratterizzazione di ceppi di Listeria monocytogenes circolanti in Italia
Confronto dei metodi di tipizzazione molecolare per la caratterizzazione di ceppi di Listeria monocytogenes circolanti in talia Progetto ricerca corrente MSRCTE0212 Patrizia Centorame Laboratorio Nazionale
DettagliSAGA: sequence alignment by genetic algorithm. ALESSANDRO PIETRELLI Soft Computing
SAGA: sequence alignment by genetic algorithm ALESSANDRO PIETRELLI Soft Computing Bologna, 25 Maggio 2007 Multi Allineamento di Sequenze (MSAs) Cosa sono? A cosa servono? Come vengono calcolati Multi Allineamento
DettagliSequenziamento dell Intero Genoma vs Sequenziamento Target per NIPT
Sequenziamento dell Intero Genoma vs Sequenziamento Target per NIPT NIPT methods Esistono diversi metodi di analisi per l NIPT Sequenziamento dell Intero Genoma (Whole Genome Sequencing ) WGS NGS Target
DettagliElementi di Bioinformatica per l analisi di dati NGS
Corso di Alta formazione in Elementi di Bioinformatica per l analisi di dati NGS 8 edizione 21-23 Settembre 2015 Polo Scientifico e Tecnologico di Careggi Viale Morgagni 40, Firenze Presentazione del corso
DettagliBIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO A.A
BIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO A.A. 2011-2012 E ancora importante l agricoltura? E la produzione alimentare? da L Espresso, febbraio 2011 Cosa significa miglioramento genetico? Significa migliorare
DettagliHI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale
HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA'.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale NGS: IMMUNOGENETICA E TRAPIANTI Michela Mazzocco S.C.Laboratorio di istocompatibilità
DettagliProgetto NIASMIC Non Invasive Analysis of Somatic Mutations in Cancer
Progetto NIASMIC Non Invasive Analysis of Somatic Mutations in Cancer 1 giugno 2018 - Ospedale Oncologico A. Businco Cagliari Roberto Cusano CRS4 - Next Generation Sequencing Core http://ngslab.crs4.it
DettagliHI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale
HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale L evoluzione della professione tecnica tra robotica, automazione e nuove tecnologie
DettagliGENETICA MOLECOLARE E BIOTECNOLOGIE MICROBICHE
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOLOGICHE, GEOLOGICHE E AMBIENTALI Corso di laurea magistrale in Biologia Sanitaria e Cellulare- Molecolare Anno accademico 2016/2017-1 anno - Curriculum Biologia cellulare e molecolare
DettagliCaratterizzazione genetica ed assegnazione geografica di testuggini (Testudo hermanni) di origine ignota
Caratterizzazione genetica ed assegnazione geografica di testuggini (Testudo hermanni) di origine ignota Scopo: caratterizzare geneticamente testuggini provenienti da sequestri per identificare animali
DettagliObiettivi della genomica
Obiettivi della genomica Stabilire database ed interfaccie di ricerca per le analisi genomiche. Ottenere e combinare mappe fisiche e genetiche del genoma Generare ed ordinare sequenze genomiche e sequenze
DettagliApplicazioni del Sequenziamento di Nuova Generazione (NGS) nel contesto One Health. NGS: tutti i segreti del laboratorio
Applicazioni del Sequenziamento di Nuova Generazione (NGS) nel contesto One Health NGS: tutti i segreti del laboratorio Francesco Cerutti S.S. Genetica e Immunobiochimica IstitutoZooprofilatticoSperimentaledel
Dettagli1. Progetto Costituzione di una rete regionale di laboratori per gli approcci di biologia sistemica nelle malattie umane (BISIMANE)
1. Progetto Costituzione di una rete regionale di laboratori per gli approcci di biologia sistemica nelle malattie umane (BISIMANE) Progetto finanziato dalla Regione Puglia per un importo di. 2.410.560
DettagliIl Progetto di Ricerca
INFORMAZIONI SULLA SELEZIONE PER TITOLI E COLLOQUIO PER IL CONFERIMENTO DI BORSE DI STUDIO PER IL PROGETTO DI FORMAZIONE ASSOCIATO AL PROGETTO DI RICERCA PATH (PON04A2_00557 - DECRETO N. 428 DEL 27/02/2017,
DettagliLa mappatura dei geni umani. SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione
La mappatura dei geni umani SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione Un grande impulso alla costruzione di mappe genetiche è stato dato da le tecniche della
DettagliMarcatori molecolari
Marcatori molecolari Caratteristiche e applicazioni Luca Gianfranceschi e Rosanna Marino 1 I marcatori molecolari Strumento per l analisi genetica Strumento Molecolari Analisi genetica Marcatori non oggetto
DettagliMEDICINA E CHIRURGIA ANNO ACCADEMICO 2012/2013 CORSO DI LAUREA (o LAUREA
FACOLTÀ MEDICINA E CHIRURGIA ANNO ACCADEMICO 2012/2013 CORSO DI LAUREA (o LAUREA Biotecnologie Mediche e Medicina Molecolare MAGISTRALE) INSEGNAMENTO/CORSO INTEGRATO Genetica ed Epidemiologia molecolare
DettagliIl DNA barcoding: quali prospettive e applicazioni in Italia?
Società Italiana Biologia Evoluzionistica Società Botanica Italiana Unione Zoologica Italiana Workshop congiunto SIBE SBI UZI Il DNA barcoding: quali prospettive e applicazioni in Italia? Visto il numero
DettagliLezione 3. Genoma umano come esempio di genoma eucariote
Lezione 3 Genoma umano come esempio di genoma eucariote Schema della lezione Sommario degli elementi contenuti in un genoma eucariote Variabilità: dove si trova e come si definisce I grandi progetti internazionali
DettagliSELEZIONE DI UN COLLABORATORE A PROGETTO PER LA PIATTAFORMA SGP DEL CRS4 [RIF. 01]
Ref: [ jo-18-0169 ] SELEZIONE DI UN COLLABORATORE A PROGETTO PER LA PIATTAFORMA SGP DEL CRS4 [RIF. 01] 16-12-2014 PREMESSA Il Centro di Ricerca, Sviluppo e Studi Superiori in Sardegna (CRS4 S.r.l.) è un
DettagliLA BIODIVERSITÀ ALLA LUCE DELLA RIVOLUZIONE GENOMICA
LA BIODIVERSITÀ ALLA LUCE DELLA RIVOLUZIONE GENOMICA BIODIVERSITÀ La diversità esistente a qualsiasi livello dell organizzazione biologica (W.G. Rosen, 1988) o, in alternativa, La variabilità tra gli organismi
DettagliModello computazionale per la predizione di siti di legame per fattori di trascrizione
Modello computazionale per la predizione di siti di legame per fattori di trascrizione Attività di tirocinio svolto presso il Telethon Institute of Genetics and Medicine Relatori Prof. Giuseppe Trautteur
Dettagli- Prof. ALESSANDRA PIERANGELI - Prof. CAROLINA SCAGNOLARI - Prof. OMBRETTA TURRIZIANI - Prof. PANKAJ TRIVEDI
Piano formativo del Master di II livello in VIROLOGIA MOLECOLARE Dipartimento di Medicina Molecolare Facoltà di Farmacia e Medicina Direttore del Master: GUIDO ANTONELLI Consiglio Didattico Scientifico
DettagliDifferenti tipi di PCR
Differenti tipi di PCR Colony PCR Nested PCR Multiplex PCR AFLP PCR Hot start PCR In situ PCR Inverse PCR Asymmetric PCR Long PCR Long accurate PCR Reverse transcriptase PCR Allele Specific PCR Real time
DettagliRELAZIONE di BIOLOGIA MOLECOLARE
NOME: Marini Selena MATRICOLA: 592330 RELAZIONE di BIOLOGIA MOLECOLARE CHE ORGANISMO MODELLO È DICTYOSTELIUM? CHE RISORSE BIOINFORMATICHE AGEVOLANO I RICERCATORI CHE LO STUDIANO? Dictyostelium è un genere
DettagliMetodologie citogenetiche. Metodologie molecolari. Formulare la domanda Utilizzare la metodica appropriata
In base al potere di risoluzione della tecnica Metodologie citogenetiche Metodologie molecolari Formulare la domanda Utilizzare la metodica appropriata 1 DNA RNA PROTEINE DNA Cromosomi (cariotipo, FISH,
DettagliBioinformatica. Marin Vargas, Sergio Paul
Bioinformatica Marin Vargas, Sergio Paul 2014 Wikipedia: La bioinformatica è una disciplina scientifica dedicata alla risoluzione di problemi biologici a livello molecolare con metodi informatici. La bioinformatica
DettagliFERRARA PLONE DAY 2010
Applicazioni biomediche di Plone: il sistema HaPlone a supporto dell'antropologia Molecolare Andrea Zauli*1, Alessio Boattini2, Alberto Eusebi1, Mauro Amico1, Ivan Rossi,1, Rita Casadio2, Donata Luiselli2,
DettagliCONOSCENZE / COMPETENZE STRUMENTI E METODI LABORATORIO COLLEGAMENTI VERIFICHE ORE
PROGRAMMAZIONE DIDATTICA DEL CORSO DI BIOLOGIA,MICROBIOLOGIA E TECNOLOGIE DI CONTROLLO SANITARIO CLASSE 5 D ANNO SCOLASTICO 2015-2016 Proff ELENA ZACCHIA, RAFFAELE FIORINI MODULI MODULO 1 Modulo di raccordo
DettagliIl Centro Tematico Biomolecolare - Strumenti e Servizi Molecolari - Monica Santamaria & Bachir Balech IBBE-CNR, Bari
Il Centro Tematico Biomolecolare - Strumenti e Servizi Molecolari - Monica Santamaria & Bachir Balech IBBE-CNR, Bari Roma, 17 Febbraio 2016 Nel Centro Tematico Biomolecolare (CTB) competenze e facilities
DettagliIndice generale. Nozioni fondamentali. Prefazione XIII
Prefazione XIII A Nozioni fondamentali CAPITOLO 1 La biologia essenziale 3 1.1 Genomi, genomica e avvento della Bioinformatica 3 1.2 Genoma dei procarioti 5 1.2.1 Struttura e dimensioni 5 1.2.2 Proprietà
DettagliGENOMA. Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine CONTENUTO FUNZIONE. Progetti genoma in centinaia di organismi
GENOMA EVOLUZIONE CONTENUTO FUNZIONE STRUTTURA Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine Progetti genoma in centinaia di organismi Importante la sintenia tra i genomi The
DettagliPLS-Biologia e Biotecnologie , Università di Siena Referente: Prof.ssa Aggr. Daniela Marchini
PLS-Biologia e Biotecnologie 2018-19, Università di Siena Referente: Prof.ssa Aggr. Daniela Marchini Azione 4 Laboratorio per l insegnamento delle Scienze di base Azione 6 Formazione insegnanti Metodiche
DettagliIl Programma Proteine Vegetali in Friuli Venezia Giulia
Il Programma Proteine Vegetali in Friuli Venezia Giulia CONTAMINAZIONE ACCIDENTALE DA OGM ED APPLICAZIONE DI MARCATORI MOLECOLARI PER L IDENTIFICAZIONE VARIETALE IN SOIA. Piera De Pauli,, Francesca Canciani
DettagliUTILIZZO DELL ANALISI DELLE COMPONENTI PRINCIPALI (PCA) DI DATI HVSR FINALIZZATO ALLA ZONAZIONE SISMICA
UTILIZZO DELL ANALISI DELLE COMPONENTI PRINCIPALI (PCA) DI DATI HVSR FINALIZZATO ALLA ZONAZIONE SISMICA Terremoto de L Aquila, 2009 Gallipoli et al., 2011 Lo scopo di questo lavoro è quello di indagare
DettagliNIASMIC Non Invasive Analysis of Somatic Mutations in Cancer
NIASMIC Non Invasive Analysis of Somatic Mutations in Cancer POR FESR 2014/2020 - ASSE PRIORITARIO I RICERCA SCIENTIFICA, SVILUPPO TECNOLOGICO E INNOVAZIONE Kick-off, 1 giugno 2018 Oncologico AO Brotzu
DettagliTecnologia del DNA ricombinante
Tecnologia del DNA ricombinante Scoperte rivoluzionarie che hanno permesso lo studio del genoma e della funzione dei singoli geni Implicazioni enormi nel progresso della medicina: comprensione malattie
DettagliCorso di Genetica -Lezione 8- Cenci
Corso di Genetica -Lezione 8- Cenci Mappatura mediante ricombinazione corpo nero; fenotipo dominante N(ero)/N(ero) Su quale cromosoma? Y; N/N X w/w; Cy/Sco; Sb/Ser Tutti maschi occhio bianco sono normali
DettagliSTRUMENTI TECNICI A SUPPORTO DELLA REVISIONE
ALLEGATO IV - BOZZA - STRUMENTI TECNICI A SUPPORTO DELLA REVISIONE STRUMENTI DI PIANIFICAZIONE E GESTIONE DELLA REVISIONE A supporto dell attività di revisione, Deloitte utilizza un software specifico
DettagliBioinformatica. :studio dei problemi biologici attraverso le metodologie dell'informatica
Bioinformatica :studio dei problemi biologici attraverso le metodologie dell'informatica Sinomimi: biochimica computazionale, biologia molecolare computazionale Viceversa: Biocomputazione, algoritmi genetici,
DettagliRiconoscimento e recupero dell informazione per bioinformatica
Riconoscimento e recupero dell informazione per bioinformatica Clustering: introduzione Manuele Bicego Corso di Laurea in Bioinformatica Dipartimento di Informatica - Università di Verona Una definizione
DettagliNuova tassonomia dei gamberi di fiume italiani e metodologie innovative di contrasto del gambero rosso con relative note per l uso per i pubblici
Nuova tassonomia dei gamberi di fiume italiani e metodologie innovative di contrasto del gambero rosso con relative note per l uso per i pubblici amministratori Conoscere meglio la biologia della specie
DettagliAnalisi denitrificazione del suolo. Dipartimento Biotecnologie Agrarie Università di Padova
Agripolis Analisi denitrificazione del suolo Analisi denitrificazione del suolo del suolo del suolo del suolo del suolo Inoltre -Quantificazione CFU - Caratterizzazione molecolare CFU - Valutazione vitali
DettagliR e g i o n e L a z i o
(La scheda non deve superare le 7 cartelle, compreso la tabella indicatori) Titolo del Progetto o del programma: R e g i o n e L a z i o Monitoraggio della copertura e della qualità percepita degli interventi
DettagliCenni di genetica di popolazione delle specie native prof. Pallavicini dott. Victoria Bertucci
Cenni di genetica di popolazione delle specie native prof. Pallavicini dott. Victoria Bertucci 14 febbraio 2014-2 SEMINARIO PER GUARDIE FORESTALI- Biodiversità Rischio di estinzione Genetica della Conservazione
DettagliA simulated annealing approach to define the genetic structure of populations
A simulated annealing approach to define the genetic structure of populations I. DOPANLOUP, S. SCHNEIDER and L. EXCOFFIER Molecular Ecology 2002 L. S. Bioinf ormatica P aola Poggi Soft Computing Evoluzione,
DettagliRegione del Veneto - POR FESR BANDO PER IL SOSTEGNO A PROGETTI DI RICERCA CHE PREVEDONO L IMPIEGO DI RICERCATORI
MESSA A PUNTO DI UNA PROCEDURA DIAGNOSTICO MOLECOLARE PER L INDIVIDUAZIONE DELLA PREDISPOSIZIONE GENETICA ALL ALLERGIA ALLE ARACHIDI ED ALLA FRUTTA SECCA IN GENERALE Regione del Veneto - POR FESR 2014-2020
DettagliDipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari ed Ambientali
Dipartimento di Scienze Agrarie, Alimentari ed Ambientali Simone Ceccobelli RISORSE AVICOLE BIODIVERSITA l'insieme di tutti gli organismi viventi nelle loro diverse forme, e dei rispettivi ecosistemi.
DettagliBIOCHIMICA MOLECOLARE CLINICA
Corso di Laurea Magistrale in BIOLOGIA CELLULARE e MOLECOLARE E SCIENZE BIOMEDICHE A.A. 2016 2017 BIOCHIMICA MOLECOLARE CLINICA Principi e tecniche molecolari per la diagnosi di patologie umane Prof. Patrizia
DettagliCORSO DI LAUREA MAGISTRALE: SCIENZE DELL ECONOMIA
FACOLTÀ: ECONOMIA CORSO DI LAUREA MAGISTRALE: SCIENZE DELL ECONOMIA INSEGNAMENTO: STATISTICA ECONOMICA NOME DOCENTE: RAOUL COCCARDA indirizzo e-mail: raoul.coccarda@uniecampus.it Il corso on-line è composto
DettagliScienze biomolecolari e dell evoluzione
ANNO ACCADEMICO 2018/2019 LAUREA MAGISTRALE 2 ANNI Scienze biomolecolari e dell evoluzione DESCRIZIONE DEL CORSO Il Corso di laurea magistrale in Scienze biomolecolari e dell evoluzione offre un panorama
Dettaglirare&nmd BioInformatics Lecce, settembre 2017
Lecce, 25-29 settembre 2017 Corso introduttivo ai metodi computazionali per l elaborazione, l analisi e interpretazione di dati NGS. Con il patrocinio di: Dipartimento di Ingegneria dell Innovazione www.bioinformaticsrarenmd.org
DettagliPerché il medico deve conoscere la STATISTICA? 1. LA MEDICINA STA DIVENTANDO
Lezione 1 a Introduzione alla Statistica Medica Perché il medico deve conoscere la STATISTICA? 1. LA MEDICINA STA DIVENTANDO QUANTITATIVA. 2. LA STATISTICA PERVADE LA LETTERATURA MEDICA. 3. PER PROGRAMMARE,
DettagliC O R O - Network Co-Ordinamento della Ricerca Oncologica
C O R O - Network Co-Ordinamento della Ricerca Oncologica A. OBIETTIVI GENERALI DEL NETWORK ATTIVITÀ I. Stabilire una rete di risorse per le applicazioni cliniche della ricerca oncologica II. Fornire supporto
DettagliHI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale
HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale Indagine Prenatale Non Invasiva Dott.ssa Simona Cavani Dirigente Biologo Laboratorio
DettagliRisultati RISULTATI 70
RISULTATI 70 1. Caratteristiche delle coorti esaminate nello studio Nel presente studio sono stati valutati 200 pazienti e 200 volontari sani. I due gruppi sono composti da 154 donne e 46 uomini ciascuno.
DettagliVieste (FG) maggio 2016 Centro Congressi Pugnochiuso
Vincenzo Romano Spica Unità di Sanità Pubblica Laboratorio di Epidemiologia e Biotecnologie Università di Roma Foro Italico vincenzo.romanospica@uniroma4.it Vieste (FG) 27-28 maggio 2016 Centro Congressi
DettagliDati Anagrafici e informazioni Personali
C U R R I C U L U M V I T A E Dati Anagrafici e informazioni Personali Nome Luogo di nascita Data di nascita Codice fiscale Residente Domiciliato Telefono cellulare E-mail Nazionalità Sesso Onorato Mariassunta
DettagliPermette di monitorare in tempo reale l andamento della reazione ed effettuare una quantizzazione del frammento amplificato
Permette di monitorare in tempo reale l andamento della reazione ed effettuare una quantizzazione del frammento amplificato Lo strumento è composto da:! Un sistema ottico per eccitare il marcatore fluorescente
DettagliConti Economici - Spesa Descrizione Conto Codice Conto Anno Bilancio: - CO Attrezzature scientifiche
i DETERMINA DEL DIRETTORE DEL DIPARTIMENTO DI BIOLOGIA Numero della determina Prot. 93253 (Repertorio n. 6610/2018 ) Data della determina 06/06/2018 Oggetto: Determina di esito avviso esplorativo per verificare
DettagliDNA Profiling e Genetica Forense. Silvia Fuselli Lezione 1
DNA Profiling e Genetica Forense Silvia Fuselli fss@unife.it Lezione 1 I geni negli individui Omozigote: lo stesso allele ad un locus in organismi diploidi (o poliplodi) E O E Eterozigote: Alleli diversi
DettagliIl legame genetico di una popolazione di n individui con la generazione precedente è rappresentato dai 2n gameti che hanno dato loro origine.
La Genetica di popolazioni studia i fattori che influenzano la trasmissione dei caratteri ereditari a livello di popolazioni e i processi evolutivi che ne modificano la composizione genetica nello spazio
DettagliUNIVERSITA DEGLI STUDI DI CAGLIARI Dipartimento di Scienze Mediche UNIVERSITA DEGLI STUDI DI CAGLIARI. Dipartimento di Scienze Mediche Genetica Medica
AIBT Winter School Ravascletto (UD) 3-5 Dicembre 2015 NGS: NGS: vantaggi, vantaggi, ambiti ambiti e e ricadute. ricadute. Sandro Orrù Sandro Orrù UNIVERSITA DEGLI STUDI DI CAGLIARI UNIVERSITA DEGLI STUDI
DettagliScienze biomolecolari e dell evoluzione
ANNO ACCADEMICO 2017/2018 LAUREA MAGISTRALE 2 ANNI Scienze biomolecolari e dell evoluzione DESCRIZIONE DEL CORSO Il Corso di laurea magistrale in Scienze biomolecolari e dell evoluzione offre un panorama
DettagliLinee guida legionellosi Roma Novembre 2016
Linee guida legionellosi Roma 10-11 Novembre 2016 La Real-Time PCR per la ricerca di Legionella in campioni ambientali Maria Scaturro Dipartimento di Malattie infettive parassitarie ed immunomediate maria.scaturro@iss.it
DettagliCORSO DI LAUREA IN RICERCA BIOTECNOLOGICA IN MEDICINA. Facoltà di Medicina e Chirurgia
CORSO DI LAUREA IN RICERCA BIOTECNOLOGICA IN MEDICINA Facoltà di Medicina e Chirurgia PRESENTAZIONE Lo sviluppo scientifico in campo biomedico ha subito un accelerazione senza precedenti dalla scoperta
DettagliIl Microbioma dei formaggi tipici Siciliani in relazione ai disciplinari di produzione. Esempio di metagenomica applicata
Il Microbioma dei formaggi tipici Siciliani in relazione ai disciplinari di produzione. Esempio di metagenomica applicata Produzioni casearie tipiche siciliane Formaggi analizzati e loro caratteristiche
DettagliBioinformatica. Analisi del genoma
Bioinformatica Analisi del genoma GABRIELLA TRUCCO CREMA, 5 APRILE 2017 Cosa è il genoma? Insieme delle informazioni biologiche, depositate nella sequenza di DNA, necessarie alla costruzione e mantenimento
DettagliCORSO DI LAUREA SPECIALISTICA IN ECOLOGIA
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI PARMA FACOLTÀ DI SCIENZE MATEMATICHE FISICHE E NATURALI CORSO DI LAUREA SPECIALISTICA IN ECOLOGIA LAUREA SPECIALISTICA DELLA CLASSE 6/S - BIOLOGIA Nuovo ordinamento didattico
DettagliEco-health. Contatto:
Eco-health In questa linea di ricerca si studiano le conseguenze dei cambiamenti globali sulla diffusione di infezioni di interesse medico-veterinario e sui loro vettori e serbatoi. In particolare, vengono
DettagliTecniche molecolari in uso per la caratterizzazione ed identificazione di artropodi di interesse economico
Tecniche molecolari in uso per la caratterizzazione ed identificazione di artropodi di interesse economico Perché identificare insetti con tecniche molecolari? Identificazione morfologica Identificazione
DettagliTASSONOMIA O SISTEMATICA
TASSONOMIA O SISTEMATICA È la branca della batteriologia responsabile della caratterizzazione degli organismi ed organizzazione in gruppi affini (TAXA). NOMENCLATURA CLASSIFICAZIONE IDENTIFICAZIONE taxon
DettagliAnalisi bioinformatica di esperimenti di Esoma Intero in trio
Analisi bioinformatica di esperimenti di Esoma Intero in trio L analisi dell esoma intero applicata ai trio (genitori e figlio/figlia affetto) è un approccio molto potente al fine di identificare mutazioni
DettagliCORSO DI LAUREA SPECIALISTICA IN ECOLOGIA
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI PARMA FACOLTÀ DI SCIENZE MATEMATICHE FISICHE E NATURALI CORSO DI LAUREA SPECIALISTICA IN ECOLOGIA LAUREA SPECIALISTICA DELLA CLASSE 6/S - BIOLOGIA NUOVO ORDINAMENTO DIDATTICO
DettagliMetodi alternativi per la detection di enterotossine stafilococciche e per la caratterizzazione dei ceppi
WORKSHOP DEL LABORATORIO NAZIONALE DI RIFERIMENTO (NRL) PE GLI STAFILOCOCCHI COAGULASI POSITIVI COMPRESO S.AUREUS 8 November 2017 Metodi alternativi per la detection di enterotossine stafilococciche e
DettagliCommissione Studi Biologici
Commissione Studi Biologici FIL-MRD Network Pier Paolo Piccaluga Ilaria Del Giudice, Sara Galimberti, Simone Ferrero, Marco Ladetto Marzia Cavalli, Elena Ciabatti, Irene Della Starza, Luciana De Novi,
DettagliMonitoraggio ed analisi genetica delle risorse forestali
Laboratorio Foresta - Ambiente Monitoraggio ed analisi genetica delle risorse forestali Facoltà Aperta - 4 giugno 2010 La Facoltà di Agraria ospita gli studenti delle Scuole Superiori Geolab - Laboratorio
DettagliTIPIZZAZIONE GENETICA DELLA POPOLAZIONE SARDA
PROGETTO CLUSTER TIPIZZAZIONE GENETICA DELLA POPOLAZIONE SARDA Regolamento e modulistica APQ SOCIETÀ DELL INFORMAZIONE - ICT PER L ECCELLENZA DEI TERRITORI Progetto ICT SIAI101 Creazione di un polo di
DettagliIdentificazione delle Bambusoideae naturalizzate in Piemonte e Valle D Aosta mediante il DNA barcoding
Identificazione delle Bambusoideae naturalizzate in Piemonte e Valle D Aosta mediante il DNA barcoding FEM2-Ambiente srl Dott. Valerio Mezzasalma Dott.ssa Jessica Frigerio Chi è FEM2-Ambiente? dall Università
DettagliMINISTERO DELLA DIFESA DIREZIONE GENERALE DI COMMISSARIATO E DI SERVIZI GENERALI ROMA
MINISTERO DELLA DIFESA DIREZIONE GENERALE DI COMMISSARIATO E DI SERVIZI GENERALI ROMA Avviso di Selezione Comparativa Pubblica per il conferimento di incarichi di ricerca IL RUP VISTO l art. 7 comma 6
DettagliServizio di Analisi Molecolari
Servizio di Analisi Molecolari Laboratorio di Genetica Animale Il laboratorio di Genetica Animale esegue analisi mediante tecniche di biologia molecolare atte ad evidenziare caratteristiche specifiche
DettagliLa diagnostica della determinazione del grado di Ipermutazione somatica nei disordini linfoproliferativi
La diagnostica della determinazione del grado di Ipermutazione somatica nei disordini linfoproliferativi INTERVENTO REALIZZATO AVVALENDOSI DEL FINANZIAMENTO POR - OBIETTIVO COMPETITIVITÀ REGIONALE E OCCUPAZIONE
DettagliGenetica dei caratteri quantitativi
PAS Percorsi Abilitanti Speciali Classe di abilitazione A057 Scienza degli alimenti Tracciabilità genetica degli alimenti Genetica dei caratteri quantitativi 1 Concetti di base in genetica L informazione
DettagliHI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale
HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale Analisi dell esoma e la medicina predittiva Domenico Coviello Direttore Medico
DettagliEncryption and compression for collections of text files* Dott. Ferdinando Montecuollo Università degli Studi della Campania «Luigi Vanvitelli»
Encryption and compression for collections of text files* Dott. Ferdinando Montecuollo Università degli Studi della Campania «Luigi Vanvitelli» *F. Montecuollo, G. Schmid and R. Tagliaferri, E 2 FM: an
Dettagli