Il Controllo Esterno di Qualità dei Test Genetici in Italia nel 2015: Risultati Generali

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1 Il Controllo Esterno di Qualità dei Test Genetici in Italia nel 2015: Risultati Generali F. Censi, MC de Stefano, G. Floridia, F. Tosto, M. Salvatore, D. Taruscio 15/04/2016 Aula Pocchiari Centro Nazionale Malattie Rare Istituto Superiore di Sanità

2 Sommario Il Controllo Esterno di Qualità (CEQ) dei Test genetici in Italia La nuova piattaforma informatica Schemi di Genetica Molecolare Schemi di Genetica Molecolare Oncologica Schemi di Citogenetica Convenzionale Conclusioni

3 CEQ dei Test Genetici CNMR - ISS Attivi 9 schemi in tre macroaree: Genetica molecolare: Fibrosi Cistica Beta Talassemia Sindrome X-fragile Citogenetica Convenzionale: Citogenetica Costituzionale Prenatale - Citogenetica Costituzionale Postnatale Citogenetica Oncologica Genetica Molecolare Oncologica: Poliposi Adenomatosa del Colon Tumore Ereditario della mammella e dell Ovaio Sindrome di Lynch (I turno ufficiale nel 2015) G.U. n.82 del 9/04/2015 Partecipazione volontaria per tutti i laboratori pubblici e privati italiani Ad oggi si è concluso l XI turno ed è imminente l avvio del XII per gli schemi di genetica molecolare e citogenetica Sono in fase di definizione le valutazioni per gli schemi di Genetica Molecolare Oncologica

4 Schemi Prospettici Genetica Molecolare I laboratori analizzano campioni inviati dall ISS Organizzazione degli schemi laboratori Preparazione dei dati e upload Schemi Retrospettivi Citogenetica Convenzionale Genetica Molecolare Oncologica (dal 2014) I laboratori inviano i risultati di analisi eseguite su casi reali del loro laboratorio ISS Valutatori Avvio del CEQ Valutazione dei dati Valutatori ISS Invio dei risultati e Convegno finale ISS Valutatori - Laboratori Tutto il processo si svolge attraverso la piattaforma informatica

5 CEQ 2016 Immediatamente visibili gli schemi per cui si è abilitati nelle tre macroaree e minor numero di clic per accedere

6 L indirizzo in https è più stabile!!!

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8 XI turno di CEQ in numeri * 2015* Partecipanti Schemi lab Fibrosi Cistica 70 * Inclusi i laboratori del CEQ in Genetica Molecolare Oncologica Beta Talassemia 15 X-Fragile completo 14 X-Fragie Pre-screening 6 Citogenetica Prenatale Citgenetica Postnatale 70 Citogenetica Oncologica 26 Poliposi Adenomatosa del colon 9 Tumore Ereditario Mammella e Ovaio 16 Sindrome di Lynch casi valutati 2% Università 7% ASL 15% IRCCS 27% laboratori Privati S 49% Az Ospedaliera

9 CEQ Test genetici: da quanti anni partecipano i laboratori del turni 10 lab 11 turni 26 lab 1 turno 19 lab 2 turni 17 lab 9 turni 5 lab 8 turni 2 lab 3 turni 9 lab 7 turni 4 lab 6 turni 4 lab 5 turni 17 lab 4 turni 28 lab

10 GENETICA MOLECOLARE Schemi prospettici Schema Fibrosi Cistica Schema Beta Talassemia Sindrome X-Fragile Schema completo Schema Pre-screening

11 CEQ in Genetica Molecolare 80 laboratori partecipanti Distribuzione per schema dei partecipanti all XI turno ,5% dei laboratori di genetica Molecolare ha partecipato allo schema della Fibrosi Cistica

12 Criteri di valutazione- 1 La valutazione dei dati ha lo scopo di verificare l intero processo analitico Analisi del genotipo (max 5) Qualità del dato grezzo Nomenclatura HGVS Metodo di analisi Mutazioni/regioni del gene analizzate Informazioni circa la validità del test Interpretazione: (max 5) Significato patogenetico delle mutazioni rilevate (Chiaro riferimento dello stato di affetto o portatore sano) Informazioni circa il rischio riproduttivo del portatore sano e dell affetto Rimando ad ulteriori analisi, se analisi non conclusiva Rimando alla consulenza genetica Referto: (max 4) Formato e contenuto

13 Criteri di valutazione- 2 Dal 2013 è assegnato il giudizio di performance sufficiente/insufficiente La performance insufficiente è assegnata quando si è verificato almeno uno dei seguenti errori ritenuti critici 1. Errori di Genotipizzazione Errore nel rilevamento della mutazione Mancato rilevamento della mutazione (per non raggiungimento della detection rate minima richiesta o per errore di procedura) Dati grezzi scarsi-non valutabili 2. Interpretazione Assenza di interpretazione rispetto all indicazione clinica al test e al ruolo patogenetico della mutazione Assenza o inesattezza nel calcolo del rischio riproduttivo se necessario 3. Mancato raggiungimento della soglia: performance insufficiente se non si raggiunge un punteggio complessivo tra interpretazione e genotipizzazione di almeno 5/10

14 GENETICA MOLECOLARE Schemi prospettici

15 Partecipanti: 70/ campioni inviati ai partecipanti 10 labs hanno avuto performance insufficiente 4 lab hanno riportato nel referto il genotipo errato 1 lab assenza di interpretazione in tutti i casi 1 lab assenza interpretazione in un caso e non raggiungimento soglia in un altro 4 lab non hanno raggiunto la soglia minima di 5/10 Fibrosi Cistica X turno (2014) Performance dei 59 partecipanti 30 CEQ Fibrosi Cistica XI turno , , , ,9 14 punteggi > 9/14 punteggi > 10/14 65% dei lab con performance sufficiente ha avuto un punteggio vicino al massimo

16 Beta Talassemia Partecipanti: 15/15 60 campioni inviati ai partecipanti 1 lab ha avuto performance insufficiente per assenza di interpretazione X turno (2014) Performance dei 13 laboratori partecipanti Punteggi > 12/ CEQ Beta Talassemia - XI turno 0 8-8,9 9-11, , ,9 14 Primo turno 71% dei labs con performance sufficiente ha avuto un punteggio vicino al massimo

17 Sindrome X-Fragile Due differenti schemi: completo e pre-screening Partecipanti allo schema completo: 14/14 Partecipanti allo schema pre-screening: 6/7 84 campioni mandati ai partecipanti 4 laboratorio ha avuto performance insufficiente Schema Pre-screening suff. Schema completo- suff Performance insufficiente 68% labs con performance sufficiente ha avuto un punteggio vicino al massimo

18 Conclusioni per gli schemi di Genetica Molecolare /80 (17%) labs ha avuto performance insufficiente nel 2015 vs 10/71 (14%) nel 2014 Purtroppo 2 lab hanno avuto performance insufficiente anche nel 2013 e nel di questi ha avuto performance insufficiente in due schemi 2 lab hanno avuto performance insufficiente per la seconda volta 2 lab con performance insufficiente nel 2014 non hanno partecipato Schemi insufficienze (2015) Fibrosi Cistica 10/80 (12,5%) Beta Talassemia 1/15 (6,5%) X- Fragile completo 1/14 (7%) X- Fragile Pre-screening 3/6 (50%) Totale laboratori 14 labs Da tenere sotto controllo 8 labs con performance insufficiente nel 2015 avevano avuto performance sufficiente nel labs con performance insufficiente hanno partecipato per la prima volta Buoni risultati 6 labs con poor performance nel 2014 hanno avuto performance sufficiente nel % dei partecipanti ha avuto performance sufficiente

19 Conclusioni per gli schemi di Genetica Molecolare - interpretazione * * Censi F. et al. Biomed Res Int, 2013 Nel 2013 circa 60% labs con performance sufficiente ha avuto un punteggio vicino al massimo Nel 2014 >70% labs con performance sufficiente ha avuto un punteggio vicino al massimo Nel 2015 >80% labs con performance sufficiente ha avuto un punteggio vicino al massimo Piccoli miglioramenti tra turni successivi, ma consistenti miglioramenti sul lungo periodo!!!!

20 GENETICA MOLECOLARE ONCOLOGICA Schemi retrospettivi Poliposi Adenomatosa del Colon Tumore della mammella/ovaio Sindrome di Lynch

21 GENETICA MOLECOLARE ONCOLOGICA 2014: schema pilota hanno partecipato 21 laboratori 2015: primo turno hanno partecipato 20 laboratori 3 schemi: Poliposi Adenomatosa del Colon (APC - MUTYH): 10 lab Tumore ereditario della mammella/ovaio (BRCA1-2): 16 lab Sindrome di Lynch (MLH1 MSH2): 11 lab Schemi retrospettivi: invio di 3 casi in accordo alle indicazioni dell ISS (1 caso patologico, 1 caso di VUS, 1 caso wt relativo ad uno dei due geni) Esercizi educativi: interpretazione di 6 varianti genetiche, inviate dai valutatori Distribuzione laboratori/schemi BRCA LYNCH BRCA + APC BRCA + LYNCH 2 turni 1 turno APC + LYNCH BRCA + APC + LYNCH 11 lab hanno partecipato anche al programma pilota Per il CEQ 2015 sono stati valutati 105 casi e 222 esercizi Le valutazioni sono ancora in fase di definizione.

22 Citogenetica Convenzionale Schemi retrospettivi Diagnosi prenatale Diagnosi postnatale Diagnosi oncoematologica

23 CEQ in Citogenetica 2015: tipologia strutture e distribuzione geografica Partecipanti: 78/153* laboratori di Citogenetica (51%) 46% 20% 17% 17% * Censimento SIGU 2011, XVI Congresso SIGU, Settembre 2013

24 CEQ in Citogenetica 2015: distribuzione per schemi 90% labs schema postnatale 73% labs più di uno schema

25 Criteri di valutazione CEQ citogenetica- Valutazione 2015 IMMAGINI Citogenetica Costituzionale Citogenetica Oncologica Qualità del bandeggio max score 3 commento DIAGNOSI CITOGENETICA Analisi/ricostruzione dei cariotipi max score 4 max score 3 Completezza/appropriatezza dell analisi Descrizione scritta dell analisi (nomenclatura ISCN e descrizione) I criteri di valutazione sono disponibili sul sito del CNMR all indirizzo: max score 2 max score 2 max score 2 max score 2 Interpretazione max score 3 max score 3 Completezza/adeguatezza referto max score 1 max score 1 Tempi di refertazione max score 0,5 max score 0,5

26 Citogenetica Costituzionale Valutazione di due casi già analizzati dal laboratorio: uno anomalo e uno random Performance insufficiente quando-in uno o entrambi casisi verifica una delle seguenti situazioni: Qualità del bandeggio insufficiente/inadeguata Analisi errata Due o più errori di ricostruzione nei cariotipi Errori gravi nella nomenclatura ISCN Descrizione del risultato assente, errata, non valutabile Interpretazione errata o assente Il referto contiene informazioni incongruenti e/o manca di informazioni essenziali

27 Citogenetica Oncoematologica Valutazione di due casi con cariotipo anomalo già analizzati dal laboratorio Performance insufficiente quando-in uno o entrambi casisi verifica una delle seguenti situazioni: Qualità del bandeggio insufficiente/inadeguata Più di due errori di ricostruzione cariotipica Completezza dell analisi non corretta o non valutabile Analisi/diagnosi genetica errata Errori gravi nella nomenclatura ISCN Descrizione del risultato assente, errata, non valutabile Interpretazione non corretta o assente Il punteggio in uno o entrambi i casi è <5/11,5

28 N. di laboratori registrati: 53 Partecipanti: 51 Schema Citogenetica Prenatale Performance insufficiente: 6 laboratori (12%) 1 lab: nomenclatura ISCN errata e descrizione ISCN non coerente 1 lab: nomenclatura ISCN errata 1 lab: nomenclatura ISCN errata e descrizione non corretta 2 labs: errori di ricostruzione nei due cariotipi inviati 1 lab: cariotipo allegato al referto presentava errori X turno (2014) Performance dei laboratori partecipanti (52)

29 N. di laboratori registrati: 71 Partecipanti: 70 Schema Citogenetica Postnatale Performance insufficiente: 7 laboratori (10%) 3 labs: nomenclatura ISCN errata/assente 1 lab: errori di ricostruzione nei due cariotipi inviati 2 labs: nomenclatura ISCN errata e descrizione formula non corrispondente 1 lab: cariotipo allegato al referto presentava errori X turno (2014) Performance dei laboratori partecipanti (64)

30 Citogenetica Costituzionale: performance insufficiente Formula ISCN errata/assente: 8/13 errori critici (61%) 2 laboratori hanno avuto performance insufficiente sia nello schema di diagnosi prenatale che postnatale, di questi: 1 lab ha avuto il giudizio di performance insufficiente nello schema di diagnosi postnatale per 3 anni consecutivi l altro lab ha avuto il giudizio di performance insufficiente nello schema di diagnosi prenatale per 2 anni consecutivi

31 Schema Citogenetica Oncoematologica N. di laboratori registrati: 26 Partecipanti: 26 Performance insufficiente: 10 laboratori (38%) 7 labs: assenza interpretazione del risultato citogenetico 1 lab: interpretazione del risultato citogenetico fuorviante 1 lab: diagnosi errata 1 lab: più di due errori di ricostruzione del cariotipo in un caso ed interpretazione assente nel secondo caso X turno (2014) Performance dei laboratori partecipanti (28)

32 Citogenetica Oncoematologica: performance insufficiente Errori critici che hanno portato a performance insufficiente: 16/52 casi (31%) Assenza di interpretazione: 81% dei casi con errori critici Citogenetica Oncoematologica: Interpretazione Nella maggior parte dei labs con performance sufficiente l interpretazione era incompleta/carente Correlazione con l indicazione all indagine o possibili altre patologie Associazione con la prognosi, se sostenuta da pubblicazioni/trials internazionali/protocolli di trials Descrizione della patologia secondo la classificazione WHO 2008 Descrizione dei geni significativi in loci coinvolti in riarrangiamenti ricorrenti

33 Conclusioni per gli schemi di Citogenetica Costituzionale e Oncoematologica Schemi insufficienze Citogenetica Prenatale 6/51 (12%) Citgenetica Postnatale 7/70 (10%) Citogenetica Oncologica 10/26 (38%) Performance insufficiente 2014 vs 2015: LOST AND FOUND 6 labs «poor performers» nel 2014 hanno avuto performance sufficiente nel 2015, di questi: 1 «poor performer», sia in prenatale che in postnatale, ha avuto performance soddisfacente nel 2015 in entrambi gli schemi 7 labs «poor performers» sia nel 2014 che nel «poor performers» nello schema prenatale nel 2014, non hanno partecipato nel 2015

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35 Schemi CEQ 2015 Genetica Molecolare, Genetica Molecolare Oncologica e Citogenetica Convenzionale 134 laboratori hanno partecipato al CEQ 2015, e sono stati valutati 825 casi e 222 esercizi 19% laboratori partecipa da 11 turni 14% laboratori ha partecipato per la prima volta, di questi la maggior parte ha partecipato nello schema di FC 2/3 laboratori ha partecipato a più di uno schema

36 Schemi CEQ 2015 Genetica Molecolare e Citogenetica 77% laboratori ha ricevuto la performance soddisfacente in tutti gli schemi in cui ha partecipato il 15% dei «poor performers» del 2014, non ha partecipato nel 2015 il 55% dei «poor performers» del 2014, e ripartecipanti nel 2015, ha ricevuto performance soddisfacente La partecipazione regolare ai programmi di CEQ è un importante strumento per migliorare l intero processo di analisi e di refertazione

37 Pubblicazioni «Peer reviewed» del CEQ-ISS

38 Gruppo Test Genetici del Centro Nazionale Malattie Rare Istituto Superiore di Sanità: Domenica Taruscio Giovanna Floridia Fabrizio Tosto Federica Censi Maria Chiara de Stefano Marco Salvatore Daniele Savino Gianluca Ferrari Valutatori Beta Talassemia Anna Ravani Cristina Rosatelli Valutatori X-Fragile Marina Grasso Anna Ravani Silvia Russo Maria Antonietta Melis Valutatori Fibrosi Cistica Ave Maria Baffico Alessandra Coiana Marco Lucarelli Elisabetta Pelo Manuela Seia Valutatori Citogenetica Costituzionale Daniela Giardino Elisabetta Lenzini Antonio Novelli Giuseppe Piombo Valutatori Genetica Molecolare Oncologica Marco Montagna Alessandra Viel Paolo Radice Liliana Varesco Valutatori Citogenetica Oncoematologica Barbara Crescenzi Marco Mancini Sabine Anne Stioui

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