Ricerca dell informazione in archivi strutturati. Ricerca per parole libere e con uso del tesauro in PubMed. Filtri per la ricerca

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1 Master La ricerca in medicina generale Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca informativa in Internet e nelle basi dati (26-27 giugno 2018, Bari) Ricerca dell informazione in archivi strutturati. Ricerca per parole libere e con uso del tesauro in PubMed. Filtri per la ricerca Gaetana Cognetti gaetana.cognetti@ifo.gov.it Biblioteca Digitale Centro di Conoscenza R Maceratini Istituto Regina Elena Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018

2 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 MEDLINE copre i campi della medicina, del infermieristica, del odontoiatria, della medicina veterinaria, delle scienze precliniche corrisponde in parte all International Nursing Index e all Index to Dental Literature. Copertura:21 milioni di articoli di rivista dal 1949 in poi (26 milioni PUBMED) negli anni recenti è possibile anche trovare alcuni capitoli di monografieselezionate Gli articoli sono tratti da circa 5006 riviste internazionali in 37 lingue Aggiornamento quotidiano: nuove citazioni al giorno; E stata resa gratuita a giugno del 1997 (conferenza stampa Gore) Nel primo anno di libero accesso via Internet le ricerche su Medline sono passate da 7 milioni a 120 milioni (30% studenti e pubblico in generale) Dal 1998 la NLM ha aggiunto alla base dati lo spoglio di riviste divulgative per pazienti/parallelamente molte importanti riviste mediche stanno sviluppando pagine per pazienti e anche traduzioni divulgative di articoli scientifici per i pazienti

3 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 A CHI È UTILE?

4 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Un po di storia 1864 John Shaw Billings un chirurgo militare di 27 anni inizia a costituire a Washington il primo nucleo della biblioteca che diverrà nel 1876 la National Medical Library divenuta poi National Library of Medicine Nel 1879 nasce l Index Medicus Nel 1964 inizia ad essere attivo il sistema Medlars (Medical Literature Analysis and Retrieval System Le ricerche erano molto lente: una mezz ora per leggere il nastro magnetico con un circa un milione di records Nel 1971 si passa a un sistema più veloce e in linea: Medlars on line o MEDLINE Negli anni novanta (avvento del WEB) si sperimenta la prima interfaccia amichevole, Internet Grateful Med per gli utenti finali (precedentemente il sistema era utilizzato da bibliotecari) Pubmed inizia a operare nel

5 Un paradigma essenziale prima di iniziare la ricerca Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Upon the title page of the Washington City Directory is printed the following aphorism: «to find a name you must know how to spell it» This has a very extensive application in medical bibliography. To find accounts similar to your own rare case you must know what your own case is. Jonh Shaw Billings(1881)

6 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Quando fate una ricerca. Vi è capitato di avere una enorme quantità di informazione? oppure: Vi è capitato di non avere nessuna risposta o risposte che non erano coerenti con ciò che volevate ottenere?

7 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Il rumore e il silenzio: trovare un giusto equilibrio.. Le informazioni-che-non-ci-sono se ne stavano zitte e ben nascoste alla vista degli studiosi cosicché quel luogo dava l impressione di un deserto ove regnava un silenzio mortale che gelava il sangue nelle vene. Ma ecco che esse, apparendo all improvviso, si precipitavano con molto rumore, tutte insieme, come pipistrelli o vampiri, addosso ad un malcapitato studioso e lo sommergevano soffocandolo. In realtà, come succede anche a molti uomini, esse divenivano selvagge e cattive quando erano in branco, da sole infatti erano educate e di buon cuore. G. Cognetti La Biblioteca che-non-c è (racconto inedito)

8 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Esercitazione In PubMed ricercare articoli su: Ruolo dei medici di medicina generale nelle problematiche di trattamento dei tumori Selezionare le revisioni sistematiche, le metanalisi, le linee guida e le conferenze di consenso

9 TUMOR NURSING Solo i record pubmed indexed for Medline completamen te indicizzati Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018

10 I termini MESH appaiono appesi all articolo. L asterisco indica gli argomenti/ MESH principali dell articolo

11 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018

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13 Sottovoci topiche La sottovoce therapy limita la ricerca ad articoli sulle terapie Argomento principale articolo

14 Sinonimi del descrittore MESH neoplasms Termini MESH correlati al Descrittore neoplasms Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018

15 Struttura classificata ad albero (Tree structure) Esplosione dei termini Mesh Se cerco Neoplasmsio faccio una ricerca su tutti i tipi di tumore (come mettessi in OR tutte queste voci)

16 Nel caso di un solo termine e indifferente l operatore booleano Clickando su : Restrict research to Major Topic otteniamo solo gli articoli In cui l argomento ricercato è principale

17 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Ricercare: Articoli sull Alzheimer

19 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Filtro: Systematic Reviews Filtro lingua: selezioniamo articoli in lingua italiana

20 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Sinonimi di Alzheimer Disease (voce MESH)

21 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Metodologia della ricerca di informazioni infermieristiche in Internet e nelle basi dati (Roma: 7,8,10 aprile 2014) Ricerca infermieristica in archivi strutturati: Pubmed cognetti.bib@ifo.it Biblioteca Digitale Centro di Conoscenza R Maceratini Istituto Regina Elena

23 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Tumore della mammella non è tra i sinonimi vi è al plurale

24 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Modalità di ricerca La ricerca con il tesauro MESH è possibile solo nei record che hanno lo status: Indexed for Medline Tutti gli altri record possono essere recuperati solo con la ricerca per parole libere. Se non si definisce un campo il sistema cerca nel titolo, nell abstract e in altri campi ricercabili. Attenzione alcuni termini non sono ricercati dal sistema: stop list o stop words

26 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 LA RICERCA PER PAROLA LIBERA È NECESSARIA PER INTERROGARE UNA PARTE DI PUBMED MA.. Non risolve le ambiguità di significato dei termini/sinonimi Pesca tutte le parole indistintamente ma non si sa quanto queste siano significative in un determinato contesto (es. in un abstract)

27 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 I tesauri utilizzati nella basi dati Sono strumenti terminologici che concettualizzano le conoscenze Permettono di recuperare unico termine tutte le informazioni relative ad un determinato concetto

28 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Status dei record in Pubmed Indexed for Medline Pubmed in process (non più segnalato) Pubmed as supplied by publisher (non più segnalato) Articoli che hanno completato l indicizzazione ed hanno subito un rigoroso controllo Articoli di cui è in corso l indicizzazione Articoli forniti elettronicamente da editori e non indicizzati

29 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 CHE COS È ALLORA UN TESAURO? Un dizionario controllato di termini univoci che identificano i concetti contenuti negli articoli con cui è stata indicizzata l informazione

30 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Che cos è il MESH? Il Medical Subject Headings è il tesauro della base dati PUBMED prodotta dalla National Library of Medicine

31 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Il tesauro MESH nel ,883 descrittori Più di 87,000 entry terms (sinonimi o quasi sinonimi) Circa 80 sottovoci (subheading o qualifiers) 232,000 Supplementary Concept Records (SCRs) (Generally SCR records contain specific examples of chemicals, diseases, and drug protocols). They are updated more frequently than descriptors.

32 Il MESH è aggiornato ogni anno Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018

33 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Le sottovoci Prima di cercare una seconda voce MESH verificare se il concetto è coperto da una sottovoce (/therapy e non AND therapy) Le sottovoci si esplodono automaticamente Le sottovoci possono essere coordinate tra di loro: esempio neoplasms/drug therapy AND cisplatin/therapeutic use

34 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Le sottovoci (2) Leggere le note di ambito delle sottovoci ad esempio: drug therapy non comprende farmaci basati su sostanze biologiche (immunoterapia) per cui si usa therapy toxicology riguarda solo gli aspetti di tossicità da studi sperimentali su uomini o animali o relativi all ambiente (es. tossicità da inquinamento)

35 Attenzione alla differenze tra voci principali e sottovoci Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Molte voci MESH hanno una sottovoce uguale Psychology è presente sia come voce principale (Mesh Heading) che come sottovoce (subheading) Qual è la differenza? Come capire la differenza d uso?

37 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Il più accanto alle categorie identifica i rami principali di ogni categoria del tree structure

38 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Il + accanto alle categorie identifica che quel ramo ha è a capo (gerarchia) di altre voci più specifiche (Tree structure)

39 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Le basi dati strutturate Dispongono di propri tesauri per indicizzare le informazioni Ad esempio EMBASE ha come tesauro l EMTREE I termini utilizzati sono diversi ma i tesauri e le modalità di interrogazione hanno di solito le stesse o simili caratteristiche (ricerca per campi, filtri, argomento principale, organizzazione gerarchica, sottovoci ecc.) (In realtà EMBASE ha incorporato anche il MESH ma con esiti non sempre affidabili)

40 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 «Quick and dirty» per trovare i MESH La filosofia del MESH è molto complessa Indicizzare e ricercare con i MESH non è semplice Metodo utile il quick and dirty (rapido e sporco) Faccio una ricerca con i miei termini e poi analizzo gli articoli pertinenti per individuare i MESH che sono alla fine degli articoli

41 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Metodologia della ricerca con i MESH (1) 1. Per la ricerca su MESH scomponi la ricerca in concetti semplici e verifica se vi è il descrittore (termine univoco) per tali concetti leggendo attentamente la Scope note (nota d ambito). 2. Verifica se esiste un MESH specifico per la nostra ricerca (es. per l insulina non cercare Hormones ma Insulin). Solo se non si trova lo specifico Mesh si può utilizzare quello più generico. (Verifica con l uso del tree structure) 3. Dato il Mesh principale verifica se vi è una sottovoce (subheading) relativa all aspetto che ti interessa (es. therapy, diagnosis ecc.) 4. Per una ulteriore selezione usa i filtri (tipo di pubblicazione, età, genere, uomo animale, lingua ecc.) Se sono interessato ad una tipologia di articoli (es letter, review, clinical trial, guideline) posso inserire una publication type (es. dai limits) e non una voce MESH principale. 5. Per selezionare solo materiale EBM, ricordarsi di usare il filtro: Systematic Reviews dai Publication Type

42 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Metodologia della ricerca con i MESH (2) 1. Combinare i MESH con gli operatori booleani appropriati 2. Se i risultati sono troppi restringere con i Limits (tipo pubblicazione, data, età, genere ecc. ) 3. Se i risultati sono pochi, oltre ad aver applicato l esplosione, eliminare sottovoci (subheading) e filtri. Per ampliare la ricerca (ma più rumore..): Usare termini liberi sinonimi con troncamento in OR e utilizzare le funzioni «citazioni correlate»

43 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 La ricerca è un attività pragmatica che dipende anche dal nostro obiettivo Risposta clinica o ricerca sistematica? Se si vuole ottenere una risposta ad un quesito clinico spesso è sufficiente una sola buona revisione sistematica aggiornata Se si fa una ricerca per produrre un lavoro di revisione sistematica, metanalisi, linea guida occorre fare una ricerca con moltissimo rumore e selezionare con una metodologia rigorosa i record utili

44 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Unified Medical Language System UMLS Knowledge Sources and Software Tools There are three UMLS Knowledge Sources: the Metathesaurus, the Semantic Network, and the SPECIALIST Lexicon.

45 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Unified Medical Language System The Unified Medical Language System (UMLS ) Metathesaurus is a large, multi-purpose, and multi-lingual thesaurus that contains millions of biomedical and health related concepts, their synonymous names, and their relationships the Metathesaurus contains over 150 source vocabularies, such as MeSH, RxNorm, SNOMED CT, ICD-9-CM, ICD-10-CM, CPT, and LOINC. Many of the vocabularies are designated to meet US health standards for electronic health records.

46 Fonti informative di qualità e metodologia della ricerca di informazioni in Internet e nelle basi dati. Bari giugno 2018 Mesh e UMLS sono standard terminologici e sistemi di conoscenza (Ontologie) Il Mesh e l UMLS sono utilizzati per varie applicazioni Basi dati NLM, Cinahl ecc. Cartelle cliniche elettroniche Realizzazione di siti e portali con indicizzazione semantica ecc. ecc.