Ricerche Microbiologiche Standard del Regno Unito

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1 Ricerche Microbiologiche Standard del Regno Unito 4 Ricerca di Patogeni Enterici nei Campioni Fecali Emesso da Standards Unit, Microbiology Services, PHE Batteriologia I B 30 I Emissione no: 8.1 I Data emissione: I Pagina 1 di 41 Crown copyright 2014

2 Ringraziamenti Le Procedure Standard del Regno Unito per le Ricerche Microbiologiche (SMI - Standards for Microbiology Investigations) sono sviluppate sotto l'egida della Public Health England (PHE) in collaborazione con il Servizio Sanitario Nazionale (NHS - National Health Service), la Sanità Pubblica del Galles e con le organizzazioni professionali i cui loghi sono di seguito elencati sul sito web Le SMI sono sviluppate, revisionate e controllate da diversi gruppi di lavoro che sono supervisionati da un comitato direttivo (consultare Si ringraziano per contributi forniti i numerosi operatori dei laboratori clinici, gli specialisti e i laboratori di riferimento che hanno fornito informazioni e commenti durante lo sviluppo di questo documento. Si ringraziano i Revisori Medici per le modifiche apportate ai contenuti clinici. Per ulteriori informazioni contattare: Standards Unit Microbiology Services Public Health England 61 Colindale Avenue London NW9 5EQ standards@phe.gov.uk Website: Le Procedure Standard del Regno Unito per le Ricerche Microbiologiche sono sviluppate con la collaborazione di: Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 2 di 41

3 Contenuti RINGRAZIAMENTI... 2 TABELLA MODIFICHE... 4 SMI RU: SCOPO E OBIETTIVO... 6 SCOPO DEL DOCUMENTO... 8 SCOPO... 8 INTRODUZIONE... 8 INFORMAZIONE TECNICA/LIMITAZIONI CONSIDERAZIONI SULLA SICUREZZA PRELIEVO DEL CAMPIONE TRASPORTO E CONSERVAZIONE DEL CAMPIONE PROCESSO/PROCEDURA SUL CAMPIONE PROCEDURA DI REFERTAZIONE NOTIFICA ALLA PHE O EQUIVALENTE APPENDICE 1: RICERCA DI ROUTINE SU CAMPIONI FECALI DI BATTERI PATOGENI APPENDICE 2: RICERCA DI ROUTINE SU CAMPIONI FECALI DI ALTRI BATTERI PATOGENI BIBLIOGRAFIA NICE ha accreditato la procedura usata dalla Public Health England per elaborare gli Standards for Microbiology Investigations. L accreditamento è valido per 5 anni dal Luglio Informazioni più dettagliate sull accreditamento possono essere consultate: Per ulteriori informazioni sul nostro accreditamento consultare: : Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 3 di 41

4 Tabella delle Modifiche Ciascun metodo SMI possiede una registrazione separata delle correzioni. Quelle attuali sono Specificate in questa pagina. Le precedenti modifiche sono disponibili presso:: I documenti nuovi o revisionati devono essere controllati in ciascun laboratorio in accordo con il sistema locale di gestione della qualità. Modifica No/Data. 11/ Emissione eliminata. no 8 Emissione inserita no. 8.1 Sezione(i) interessate/pagina no. Documento intero. Modifica. Il documento è stato inserito in un nuovo formato che evidenzia il passaggio della Health Protection Agency alla Public Health England. Prima pagina ridisegnata. Rinominata la pagina di Stato come Scopo e Obiettivo ed aggiornata in modo appropriato. I loghi delle organizzazioni professionali sono stati revisionati ed aggiornati. Revisionati e aggiornati Standard di sicurezza e referenti delle denunce Il contenuto scientifico rimane invariato. Modifica No/Data. 10/ Emissione eliminata. no 7 Emissione inserita no. 8 Sezione(i) interessate/pagina no. Title. Scopo. Introduzione. Modifica. Nome modificatoo da batteri a patogeni enteerici Raccomandazione per lo screening di routine delle feci in tutti i campioni diagnostici per specie Campylobacter, specie Salmonella specie Shigella ed Escherichia coli VTEC (inclusa O157), e screening delle feci per specie Cryptosporidium in tutti i campioni diarroici. Riorganizzazione del testo e intestazioni in linea con S7. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 4 di 41

5 Aggiornata definizione di diarrea. Discussione dei focolai con microbiologo e di epidemia con i gruppo aggiunto. E. coli VTEC sezione aggiornata per includere E. coli non O157. Aggiornata informazione su Clostridium difficile. Aggiornata informazione su Plesiomonas shigelloides. Aggiunto Laribacter hongkongensis. Aggiornata informazione di Yersinia enterocolitica Informazione Tecnica/Limitazioni Sezione 2: Sezione 4. Bibliografia. Aggiunti Test Diagnostici Rapidi. Fattoredi diluizione per semina diretta modificato da 1:10 a 1:4 Aggiornata informazione riguardante identificazione di Plesiomonas shigelloide. Aggiunti Terreni Cromogeni. Tabelle aggiornate per chiarezza. Aggiornati collegamenti Laboratori di Riferimento. Aggiunti collegamenti con HPA per agenti causali soggetti a denuncia. Bibliografia in parte aggiornata. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 5 di 41

6 SMI del RU # : Scopo e Obiettivo Utilizzatori delle SMI Nel Regno Unito le SMI sono principalmente destinate come risorsa generale ai professionisti che operano nel campo della medicina di laboratorio e delle malattie infettive. Le SMI forniscono ai clinici informazioni in merito allo standard dei servizi di laboratorio riferibili alle ricerche per la diagnosi delle infezioni nei loro pazienti e le documentazioni forniscono indicazioni che facilitano la prenotazione elettronica di test appropriati. I documenti forniscono gli standard per le ricerche microbiologiche anche ai responsabili della sanità pubblica che devono considerarle come parte delle procedure da adottare per la salute sia clinica che pubblica per la propria popolazione. Informazioni di Base per le SMI Le SMI comprendono algoritmi e procedure raccomandate che riguardano tutte le componenti del processo diagnostico dalla fase pre-analitica (sindrome clinica) alle diverse fasi analitiche (prove di laboratorio) e post-analitiche (interpretazione e comunicazione dei risultati).gli algoritmi delle sindromi sono corredati da informazioni più dettagliate contenenti consigli sulle indagini per specifiche malattie e infezioni. Note orientative riguardano il contesto clinico, la diagnosi differenziale e indagini appropriate per particolari condizioni cliniche. Le note orientative descrivono metodologie di laboratorio essenziali che sono alla base della qualità, ad esempio la validazione della prova. La standardizzazione del processo diagnostico conseguente all'adozione delle SMI consente di garantire in tutto il Regno Unito strategie d indagine equivalenti nei diversi laboratori che è una condizione essenziale per interventi di sorveglianza della salute pubblica, e per le attività di ricerca e di sviluppo. La standardizzazione delle procedure diagnostiche tramite l applicazione delle SMI aiuta a garantire uniformità nelle stratefie di ricerca nei diversi laboratori nel RU ed è una condizione essenziale per la sorveglianza della salute pubblica, ricerca e sviluppo di attività. Coinvolgimento delle Organizzazioni Professionali Lo sviluppo delle SMI è condotto in condizione paritaria da PHE, NHS,Royal College of Patholoogists e organizzazioni professionali. L'elenco delle organizzazioni partecipanti può essere trovato su sito L'inclusione del logo di un organizzazione in una SMI implica il sostegno degli obiettivi e del processo di preparazione del documento. I rappresentanti delle organizzazioni professionali fanno parte del Comitato Direttivo e dei Gruppi di Lavoro che sviluppano le SMI. Le opinioni dei partecipanti non sono necessariamente quelle espresse da tutta l'organizzazione che essi rappresentano. I rappresentanti agiscono da tramite con funzione di collegamento bi-direzionale per informazione e dialogo. Le attività di rappresentanza sono ricercate tramite un processo di consultazione. Le SMI sono sviluppate, revisionate e aggiornate tramite un ampio processo di consultazione. Assicurazione di Qualità La NHS Evidence ha accreditato la procedura usata dai SMI Working Groups per produrre le SMI. L accreditamento è applicabile a tutte le linee guida emesse dall Ottobre La procedura per lo sviluppo delle SMI è certificata dalla ISO 9001:2008. Le SMI rappresentano una procedura standard di buona qualità pratica alla quale si devono attenere per la propria attività tutti i laboratori di microbiologia clinica e di sanità pubblica del Regno Unito. Le SMI sono accreditate dal NICE rappresentano gli standard minimi di attività, e neppure il più alto livello di complesse indagini di *Microbiologia è usato come termine generico per includere le due specialità di Microbiologia Medica riconosciute dal GMC (General Medical Council), (che comprende Batteriologia, Micologia e Parassitologia) e la Virologia Medica.. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 6 di 41

7 laboratorio. Utilizzando le SMI, i laboratori dovranno tenere conto delle esigenze locali e intraprendere ricerche addizionali qualora opportune. Le SMI aiutano i laboratori a soddisfare i requisiti dell accreditamento con la promozione di procedure d elevata qualità che possono essere verificate. Le SMI forniscono inoltre un punto di riferimento per lo sviluppo del metodo. Le prestazioni della SMI dipendono da personale ben addestrato e dalla qualità dei reagenti e delle attrezzature utilizzate. I laboratori dovrebbero assicurare che tutti i reagenti di tipo commerciale e quelli messi a punto in laboratorio siano stati validati e che i risultati siano idonei allo scopo. I laboratori devono partecipare a programmi di valutazione di qualità esterni ed eseguire le relative procedure del controllo di qualità interno. Coinvolgimento del Paziente e della Comunità Nello sviluppo delle SMI i rispettivi Gruppi di Lavoro sono impegnati per favorire il coinvolgimento dei pazienti e dell opinione pubblica. Grazie al coinvolgendo pubblico, di operatori sanitari, ricercatori e organizzazioni di volontariato, la SMI risultante sarà strutturalmente valida e atta a soddisfare le esigenze dell'utente. L opportunità di partecipazione per contribuire alla consultazione è estesa al pubblico con l accesso libero al nostro sito web. Informazione della Gestione dei Dati Sensibili La PHE è un organizzazione che condivide le direttive Caldicott. Ciò significa prendere ogni possibile precauzione per prevenire la diffusione non autorizzata di informazioni sui pazienti e di garantire che le informazioni relative agli stessi siano mantenute in condizioni di sicurezza. Lo sviluppo di metodi SMI è assoggetto agli obiettivi PHE di Uguaglianza I Gruppi di Lavoro SMI sono impegnati a raggiungere gli obiettivi di parità di consultazione efficace con gli appartenenti al pubblico, i partner, le parti interessate ed i gruppi specialistici coinvolti. Dichiarazione Legale Mentre ogni cura è stata intrapresa per la preparazione delle SMI, la PHE e ogni altra organizzazione di sostegno, deve, per quanto possibile in base a qualunque legge vigente, escludere la responsabilità per tutte le perdite, costi, reclami, danni o spese derivanti da o connessi all'uso di una SMI o con qualsiasi informazione ivi contenuta. Se si apportano modifiche a una SMI, si deve porre in evidenza dove e da chi sono state effettuate tali modifiche. Le conoscenze di base e la tassonomia microbica per la SMI sono le più complete possibili, al momento della pubblicazione. Eventuali omissioni e nuove informazioni saranno considerate nel corso della revisione successiva. Queste procedure standard (SMI) possono essere sostituite solo da revisioni dello standard, azione legislativa, o in seguito ad indicazioni da parte dell ente accreditato NICE. Le SMI sono assoggettate a diritti d autore che dovrebbero essere riconosci Citazione Suggerita per questo Documento Public Health England. (2014). Investigations of Faecal Specimens for Enteric Pathogens. UK Standards for Microbiology Investigations. B 30 Emisione Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 7 di 41

8 Scopo del Documento Tipo di Campione Feci. Scopo Questa SMI descrive i batteri responsabili dell infezione enterica e i metodi per il loro isolamento. Sono disponibili anche test rapidi (fare riferimento a Informazione tecnica/ Limitazioni), considerando il loro uso dopo la validazione. Questo documento tiene in considerazione i risultati del RU presentati nello studio Infectious Intestinal Disease 2 (IID2) Questo documento raccomanda lo screening di routine su campioni di feci per specie Campylobacter, specie Salmonella, specie Shigella, Escherichia coli VTEC (inclusao157) in tutti i campioni diagnostici e lo screening sulle feci per le specie Cryptosporidium in tutti i campioni diarroici 2. Per la raccolta dei campioni di feci dei pazienti ospedalizzati si devono fare considerazioni sulla regola dei tre giorni (consultare la sezione Raccolta dei campioni di feci ). Inoltre le feci possono essere esaminate per singoli microrganismi come suggerito dai rilevi clinici. In questa introduzione è inclusa una breve rassegna dei virus implicati nella malattia enterica. La sezione di microscopia include i metodi standard per la preparazione della concentrazione dei parassiti fecali e l allestimento di strisci per criptosporidium. La ricerca dei parassiti fecali e descritta in modo completo nella B 31 - Investigation of specimens other than blood for parasites. Per informazioni riguardanti il C. difficile consultare B 10 - Processing of faeces for Clostridium difficile. Questa SMI deve essere utilizzata associata alle altre SMI. Introduzione Diarrea Questa può essere definita come un insolita frequenza dell attività intestinale, (almeno tre volte in 24 ore) con transito di feci sciolte, non formate. La consistenza delle feci è più importante della frequenza: la frequenza dell emissione di feci formate non è considerata diarrea 3. Può essere associata a sintomi quali crampi addominali, nausea e malessere, comparsa di vomito, febbre e conseguente disidratazione. Si può ritenere che siano soggetti con dissenteria i pazienti con evidenza di sangue e muco nelle feci, indicativi d infiammazione intestinale, associati a sintomi quali crampi addominali e malessere generalizzato. Un ampio spettro di batteri patogeni, virus e parassiti è in grado di causare diarrea con meccanismi patogenetici diversi. Per esempio, la malattia può essere conseguente alla moltiplicazione dei microrganismi nell intestino, come nell infezione da specie Salmonella o Shigella, o per ingestione di tossine prodotte dai batteri nell alimento prima della sua ingestione, come la tossine del Bacillus cereus. Può pure causare diarrea il consumo di alimento contenente composti chimici irritanti, quali i metalli pesanti. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 8 di 41

9 Epidemie Le epidemie possono manifestarsi come conseguenza di trasmissione inter-personale dell infezione, con l ingestione di acqua o alimento infetto, e per contatto diretto con animali. Le Le epidemie di origine alimentare richiedono che due o più persone presentino una malattia simile dopo l ingestione dello stesso alimento e ora sono ritenute causa di morte per 3 milioni di persone all anno. L epidemia di origine idrica è definita quando due o più persone presentano una malattia simile conseguente all ingestione di acqua proveniente dalla stessa sorgente o al contatto con acqua utilizzata per motivi ricreativi di una fonte comune. Si ritiene che le epidemie idriche siano causa di morte per 2 milioni di bambini l anno come conseguenza di una malattia diarroica Tutti i campioni epidemici devono essere discussi con un microbiologo e con il responsabile dell epidemia (gruppo di controllo delle infezioni (ospedale) o gruppo di sanità pubblica (comunità)) per concordare opportune ricerche in base alle informazioni cliniche ed epidemiologiche disponibili. Raccolta dei Campioni di Feci Alcuni clinici fanno riferimento all utilizzo della regola dei tre giorni. Questa è conseguente al ridotto numero di patogeni fecali isolati da pazienti ricoverati in ospedale da più di 3 giorni. Essa suggerisce che i campioni fecali di questi pazienti non devono essere sottosti a esame colturale se non nelle circostanze di seguito riportate 4,5 : Pazienti che presentano diarrea entro tre giorni dopo il ricovero Adulti con diarrea di tipo nosocomiale solo se è riscontrata almeno una delle seguenti condizioni: o età superiore a 65 anni con malattia preesistente che determina una funzione d organo permanentemente alterata. o pazienti HIV positivi. o pazienti con neutropenia. pazienti con sospette manifestazioni non diarroiche d infezioni enteriche Sospetta epidemia nosocomiale. La regola dei tre giorni non è applicabile per C. difficile nei pazienti ricoverati per i quali è richiesto un immediato accertamento in caso di sospetto di diarrea di tipo infettivo 6. La conferma della regola dei tre giorni si avvale delle appropriate informazioni cliniche che accompagnano il campione. La regola può non essere attendibile se i moduli di richiesta non sono compilati in modo completo e sono stati segnalati problemi per riscontri tardivi di epidemie nosocomiali dopo la sua adozione 7. I clinici e i laboratoristi dovrebbero attenersi alle direttive locali relative alla regola dei tre giorni per la coltura dei campioni di feci nei loro dipartimenti e la loro adozione dovrà essere attentamente valutata in funzione nei recenti cambiamenti della prevalenza e della gravità della diarrea associata a Clostridium difficile. Batteri Comunemente Associati a Infezioni Gastrointestinali Tutti i campioni fecali diagnostici, tranne quelli eseguiti di screening per un singolo microrganismo, dovrebbero essere indagati per i batteri di seguito descritti: Specie Campylobacter Le specie Campylobacter sono state riscontrate come causa di aborto nel bestiame e nelle pecore e di diarrea nel bestiame e nei maiali. Questi batteri sono stati isolati per la prima volta dalle feci dell'uomo nei primi anni 70. È noto che le specie di Campylobacter rappresentano la Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 9 di 41

10 causa maggiore di enterite nel mondo sviluppato e quella più comune di diarrea di tipo batterico nel Regno Unito come riscontrato nel secondo Infectious Intestinal Disease study (IID2) 1. Le enteriti da Campylobacter nel RU presentano marcati picchi stagionali che si manifestano nei mesi di Maggio e Settembre. Il Campylobacter jejuni rappresenta circa il 90% delle infezioni denunciate e la maggior parte delle rimanenti è dovuta a Campylobacter coli, Campylobacter lari; sono state isolate dai casi di diarrea anche altre specie di Campylobacter 8. Le specie più comunemente associate alla malattia nell'uomo sono termofile, vale a dire crescono a C e 37 C, ma non a 25 C. Campylobacter jejuni, sottospecie doylei e Campylobacter fetus non crescono a 42 C. Nell uomo la diarrea è di solito di breve durata e le sequele sono insolite. Inizialmente i sintomi possono essere gravi, con febbre e dolore addominale simulanti un appendicite. Frequentemente le feci contengono muco con sangue e leucociti. Raramente le infezioni da specie Campylobacter possono divenire invasive, con conseguenze che vanno da una batteriemia transitoria autolimitante alla sepsi Gram negativa fulminante. Occasionalmente l'infezione può produrre sequele quali artrite reattiva, borsite, endocardite e sepsi neonatale. Si può sviluppare una demielinizzazione acuta post infettiva, che coinvolge il sistema nervoso periferico (Sindrome di Guillain Barré), e/o il sistema nervoso centrale e i nervi cranici (come la Sindrome di Miller-Fisher (areflessia, atassia, paresi dei nervi cranici; polineurite cranica). In queste situazioni sono implicati specifici sierotipi 9. Il quadro clinico di queste ultime condizioni morbose (che coinvolgono il tronco cerebrale e i nervi cranici) deve essere differenziato dal botulismo. I riflessi dei tendini profondi sono conservati nelle fasi iniziali dei casi di botulismo, ma sono persi precocemente nei casi di malattia demielinizzante post infettiva. Nelle malattie demielinizzanti la conduzione dei nervi è rallentata e il liquido celebrospinale presenta di solito un aumento della concentrazione di proteine, senza manifestare pleiocitosi 9,10. Entrambe le manifestazioni cliniche possono condurre ad una in insufficienza respiratoria che richiede la ventilazione di tipo meccanico. Campylobacter fetus è un opportunista e nei pazienti immunodeficienti può essere isolato dal sangue e da altri liquidi biologici; è responsabile dell 8-10% dei casi di betteriemie da campylobacter. Specie Salmonella Salmonella non tifoide (specie Salmonella diverse da Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi A, B, & C) e Salmonella Dublin. Queste specie di Salmonella sono presenti in modo ubiquitario nella popolazione animale. L infezione nell'uomo è di solito associata al consumo di alimento d origine animale, all ingestione di acqua contaminata dagli animali, o a contatto da persona a persona. La trasmissione delle salmonelle non tifoidee per contatto da persona a persona si manifesta dove i livelli d igiene sono particolarmente scarsi, come nelle unità per malattie mentali e nelle scuole. Si nota una consistente variazione stagionale nella frequenza dell'infezione con picchi d incidenza estiva e autunnale. L'infezione da specie di Salmonella può essere associata a viaggi all estero e possono comportare un maggiore rischio d infezione anche gli alimenti importati 11. La gastroenterite è la manifestazione patologica più comune causata dalle specie Salmonella. La sintomatologia comprende dolore addominale, diarrea, nausea e vomito, spesso associati a Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 10 di 41

11 febbre. Altre manifestazioni cliniche della salmonellosi includono batteriemia e infezioni focali metastatiche (ematogene) e i microrganismi possono essere isolati da altri campioni, quali sangue e urine. Un numero ridotto di pazienti può sviluppare una malattia che assomiglia alla febbre enterica (consultare di seguito). Un numero esiguo di specie Salmonella può anche essere isolato dalle feci di portatori sani asintomatici. Alcune condizioni predisponenti, quali malnutrizione, immunosoppressione, malattia a cellule falciformi, acloridria e una malattia infiammatoria dell'intestino possono essere associate alle infezioni più gravi. Febbre enterica Sebbene molte specie di Salmonella siano riconosciute causa d infezioni invasive, quelle che sistematicamente producono questa condizione patologica sono la Salmonella Typhi e le Salmonella Paratyphi (gruppi A, B e C) - agenti causali di febbre enterica (tifoide). Molti sierotipi di Salmonella possono essere trasmessi dagli animali all'uomo, ma S. Typhi e S. Paratyphi A sono solitamente riscontrate solo nell'uomo, e trasmesse per contaminazione fecale dell'alimento o dell'acqua. I pazienti che hanno superato una febbre enterica possono diventare portatori per lunghi periodi. La riattivazione delle infezioni da specie di Salmonella di tipo non enterico può essere riscontrata nei pazienti con HIV/AIDS. Le colture di S. Typhi e S. Paratyphi A, B, o C, note o sospette, devono essere manipolate con Livello di Contenimento 3. La febbre enterica è una malattia multi-sistemica caratterizzata da: Febbre prolungata Ipertrofia e attivazione del sistema reticolo-endoteliale, in modo particolare del tessuto linfoide dell intestino e mesentere, fegato e milza Mantenimento d infezione circolatoria senza colonizzazione endoteliale o dell endocardio Infezione metastatica e complicanze immunologiche da deposizione d immunocomplessi determinanti disfunzioni multi-organo Roseole Associazioni di costipazione (talvolta diarrea presente anche nel decorso protratto della malattia) Artrite reattiva Basso conteggio dei globuli bianchi I microrganismi che determinano la febbre enterica possono non essere sempre presenti nelle feci. La sola coltura delle feci non è sufficiente per le indagini di laboratorio della febbre enterica. Devono essere sempre prelevate le emocolture e la febbre enterica può essere confermata con l isolamento di S. Typhi/Paratyphi dal sangue (consultare B 37 - Investigation of blood cultures (for organisms other than Mycobacterium species), bile (consultare B 15 - Investigation of bile), midollo osseo (consultare B 38 - Investigation of bone marrow) o urine (consultare B 41- Investigation of urine). Lo stato di portatore cronico si manifesta quando un paziente ha superato la malattia acuta (gastroenterite o febbre enterica) ma continua a eliminare il microrganismo. Pertanto le specie Salmonella possono essere presenti nelle feci e nelle urine dei pazienti per un anno o più a lungo. La sede principale in cui i microrganismi rimangono presenti è il tratto biliare. L'ostruzione da calcoli biliari o cicatrici rendono difficile l eradicazione dei microrganismi. In modo analogo, i portatori del tratto urinario possono essere associati a urolitiasi e a lesioni causate da schistosomiasi urinaria. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 11 di 41

12 Specie Shigella 12 L infezione da specie Shigella si manifesta con sintomatologia di tipo diverso. Nella sua forma più mite compare diarrea liquida, ma questa può evolvere in dissenteria con frequenti evacuazioni di volumi ridotti di feci contenenti sangue, muco e pus. La diarrea può essere accompagnata da febbre e crampi addominali. Spesso si manifesta un accentuato coinvolgimento generale (in contrasto con i casi di dissenteria causati da Entamoeba histolytica, nei quali il paziente può mantenere una buona condizione generale se non si considerano i disturbi gastrointestinali). Sono note quattro specie di Shigella: Shigella dysenteriae Shigella flexneri.shigella boydii Shigella sonney La diagnosi di dissenteria bacillare si avvale dell'isolamento del microrganismo infettante. Le colture di S. dysenteriae, note o sospette, devono essere manipolate con Livello di Contenimento 3. Tutte e quattro le specie sono in grado di provocare dissenteria, ma la Shigella dysenteriae sierotipo 1 causa una forma clinica particolarmente grave con accentuato coinvolgimento generale. Ciò è dovuto alla produzione della tossina di Shiga, che è strettamente correlata alla tossina prodotta dai ceppi verocitotossici di E. coli O157:(VTEC). Come nell infezione da VTEC, quella da S. dysenteriae tossigena può evolvere nella sindrome emolitico-uremica (SEU). I microrganismi sono principalmente trasmessi direttamente da persona a persona, e la moltiplicazione nell'ambiente si manifesta raramente. I microrganismi sono facilmente trasferiti sulle dita (diffusione oro fecale), tramite alimenti o acqua, o veicoli contaminati. Le specie Shigella sono molto infettive, in modo particolare S. dysenteriae, che può richiedere anche solo microrganismi per una dose infettante 13. Sono state segnalate infezioni asintomatiche, in particolare da ceppi di Shigella sonnei. Le epidemie possono essere associate a sovraffollamento nelle scuole, prigioni, istituzioni per malattie mentali, e dove sono presenti bassi standard d igiene. Le morti sono più frequenti durante le carestie e nei paesi a basse condizioni socioeconomiche 13. S. sonnei è la specie di più frequente riscontro nel Regno Unito. S. dysenteriae e S. boydii sono raramente l'isolante nel Regno Unito, eccetto dopo viaggi all'estero. E. coli VTEC) 14,15 E. coli VTEC è una E. coli enteroemorragica (EHEC) che produce verocitotossine. Le E. coli VTEC sono note anche come E. coli Shiga-simili produttrici di tossina (STEC) in quanto la verocitotossina è simile alla tossina Shiga della Shigella dysenteriae, ed è associata a colite emorragica e alla sindrome uremica emolitica 16,17. Sono noti più di 300 sierotipi di E. coli VTEC, la maggior parte delle quali non è patogena; il sierotipo più frequentemente patogeno nel RU è la E. coli VTEC O157 e questo è l'unico VTEC per il quale laboratori diagnostici eseguono test di routine 15. Un numero ridotto di E. coli O157 produttrici di verocitotossina è in grado di causare l'infezioni. Queste variano in gravità da forme lievi a diarrea ematica (che presenta feci di colore marrone) e possono manifestarsi in ogni fascia di età, anche se è più frequente nei bambini. Il sangue non è sempre presente nelle feci delle infezioni da E. coli produtrici di verocitotossina e la sua presenza Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 12 di 41

13 non deve essere utilizzata come unico criterio per la selezione dei campioni in cui ricercare questo microrganismo. La più alta incidenza di E. coli O157 produttrici di verocitotossina si manifesta nei bambini di età <5 anni. E presente una marcata variabilità stagionalità, con picco di incidenza in estate e all inizio dell autunno. I focolai sono stati direttamente associati a carni cotte contaminate, latte e acqua, carne macinata, hamburger di manzo e indirettamente a verdure, succo di mele e maionese 18. Le epidemie possono verificarsi in residenze quali domicili per infermiere 18. Sono state segnalate anche epidemie infettive da E. coli O157 che hanno coinvolto visitatori di aziende agricole aperte 19. Questa SMI raccomanda la semina diretta per E. coli VTEC (compresa O157) di tutti i campioni diagnostici, tra cui quelli per lo screening di contatti asintomatici nei gruppi a rischio. La coltura è raccomandata per tutti i campioni di feci diarroiche. Gli isolati sospetti confermati a livello locale da prove sierologiche e biochimiche possono essere identificati come 'presunte' E. coli (VTEC). Le colture di E. coli O157 e di altre VTEC, note o sospette, devono essere eseguite con Livello di Contenimento 3. Recentemente sono stati segnalati casi di infezione da VTEC O157 fermentanti il sorbitolo (maggiori dettagli sono disponibili nella sezione Informazioni Tecniche di questo documento) 20. Gli isolati presunti (confermati a livello locale) devono essere inviati al laboratorio di riferimento per la ricerca di geni verocitotossina, conferma dell identificazione e per la tipizzazione fagica. La maggior parte dei ceppi VTEC O157 sono mobili e hanno il flagelli con antigene H7, ma circa il 20% dei ceppi sono fenotipicamente non mobili. Poiché i metodi disponibili e gli agar selettivi sono principalmente utili a individuare VTEC O157: H7, le feci dei pazienti con una sindrome dissenterica per la quale non è stata dimostrata la causa con l'uso delle tecniche microbiologiche standard, devono essere inviati ad un laboratorio di riferimento per il test molecolare e la contemporanea coltura con l intento di ricercare le E. coli O157 e altri ceppi di E. coli non-o157 produttrici di verocitotossina. Batteri Comunemente Associati a Infezioni Gastrointestinali del Viaggiatore e a Consumo di Crostacei Oltre ai batteri citati in precedenza, alcuni agenti patogeni sono associati a casi di diarrea del viaggiatore. La destinazione e la stagione dei viaggi hanno dimostrato di influenzare gli agenti causali predominanti e in genere i sintomi si manifestano entro la prima settimana di viaggio 21. Le specie Vibrio e quelle Plesiomonas sono state associate a viaggi in aree endemiche e a consumo di crostacei 11. Le specie Vibrio e Plesiomonas dovrebbero essere ricercate nei campioni provenienti da pazienti sintomatici che hanno recentemente viaggiato (entro le precedenti 2-3 settimane) in aree endemiche (Asia, Africa e America Latina) 22,23. Possono pure causare diarrea associata a pppviaggio E. coli (diverse E. coli O157 VTEC) tra le quali: le enteroaggregative (EAEC), le enteroinvasive (EIEC), le enteropatogene (EPEC) e le enterotossigene (ETEC). Specie Vibrio Le specie Vibrio sono ospiti naturali delle acque salmastre e salate in ogni parte del mondo. Alcune di loro sono patogene per l'uomo e sono di solito associate a ingestione di acqua o alimenti contaminati o di origine marina e si diffondono nelle aree endemiche. Le specie più Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 13 di 41

14 frequentemente isolate che causano diarrea sono Vibrio cholerae (agente causale del colera), Vibrio parahaemolyticus, Vibrio fluvialis e Vibrio mimicus 24. Vibrio vulnificus non causa diarrea, ma è stato isolato dal sangue e dai tessuti di pazienti settici (specialmente da quelli con epatopatia) 25. I sintomi variano da diarrea moderata a ematica, (spesso associata a crampi addominali e vomito), fino a diarrea di tipo esplosivo. I ceppi di V. cholerae O1 sono gli agenti eziologici del colera epidemico. Il V cholerae O1 comprende 2 biotipi: quello classico e l El Tor. Il V cholerae O1 può essere comprende tre sierotipi, Ogawa, Inaba e Hikojima. I ceppi Ogawa e Inaba agglutinano con gli antisieri specifici. Nel 1993 è comparso nell India meridionale un nuovo sierogruppo di colera, classificato O139 Bengal, che si è diffuso in alcune nazioni del continente Asiatico e nelle Americhe 26. I principali sintomi del colera sono rappresentati dal transito consistente di diarrea liquida con muco, ma senza sangue, che conferisce al materiale l aspetto di acqua di riso. La perdita di liquidi e la disidratazione sono le principali cause di morte. Il periodo d incubazione varia da poche ore a pochi giorni. La diarrea può perdurare fino a sei giorni; i portatori cronici sono rari. Le epidemie di colera sono spesso associate ad acqua e alimenti contaminati. in modo particolare cibi poco cotti o alimenti crudi di origine marina. V. cholerae O1 e O139 sono produttori di tossina colerica (TC), mentre i ceppi di V. cholerae non O1/O139 sono occasionalmente produttori di enterotossina. La TC è molto simile all enterotossina termo-labile prodotta da alcuni ceppi di E. coli (ETEC). Vibrio parahaemolyticus e Vibrio fluvialis sono responsabili in tutto il mondo di gastroenterite (caratterizzata da diarrea acuta, talvolta ematica e che si risolve in circa tre giorni) conseguente a ingestione di alimenti contaminati di tipo marino, in modo particolare di crostacei 24. Plesiomonas shigelloide 23,27 Plesiomonas shigelloides è ora riconosciuta come una importante agente causale della diarrea del viaggiatore, in particolare nel subcontinente Indiano e nel Sud Est Asiatico, dove è responsabile del 5% dei casi d infezione. Il microrganismo non sopravvive a 8 C e pertanto è un patogeno dei climi caldi, con un picco di frequenza nel periodo estivo. E frequentemente associata a consumo di alimenti di origine marina. L incubazione è di solito inferiore a 48 ore, sebbene la malattia sia autolimitante, la sintomatologia può essere grave ed i pazienti possono rimanere sintomatici fino a quattro settimane. Si raccomanda la ricerca di P. shigelloides in tutti i viaggiatori sottoposti normalmente a ricerca di infezione da specie Vibrio. E. coli Enteroaggregative (EAEC) 28,29 Queste costituiscono un gruppo di E. coli entero-aderenti associate a diarrea cronica, soprattutto nei bambini, in molte parti del mondo. I sintomi di infezione da EAEC nei bambini comprendono: diarrea acquosa, vomito, disidratazione, e occasionalmente dolori addominali, febbre ed emissione di feci ematiche. Questi organismi sono stati rilevati nelle infezioni acquisite in viaggio e possono anche causare diarrea cronica nei pazienti infettati con HIV. Le EAEC appartengono ad un gruppo eterogeneo di E. coli caratterizzato da aderenza alle cellule HEp-2 e HeLa con formazione di immagini caratteristiche la cui osservazione è considerata uno standard di riferimento diagnostico. I ceppi appartengono ad una ampia gamma di sierotipi, è probabile che la produzione della tossina sia importante per la patogenicità in un Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 14 di 41

15 sotto-insieme di questi suerotipi 30. Sono disponibili PCR verso specifici geni delle EAEC rilevabili nei campioni fecali; se richiesto, questi campioni possono essere inviati a un appropriato laboratorio di riferimento per saggio con PCR e contemporaneo esame colturale. In Germania è stata ben documentata una recente epidemia da E. coli O104:H4 sostenta da un clone di E. coli con due geni di virulenza provenienti da due patogeni diversi Il ceppo della E. coli enteroaggerativa-emorragica (EAHEC) si è evoluto con l incorporazione di acido nucleico codificante la tossina Shiga trasmessa da un batteriofago 32. Il ceppo epidemico, che fermenta il sorbitolo, molto probabilmente non sarebbe stato identificato con le tecniche diagnostiche standard utilizzate per le E. coli O E. coli Enteroinvasive (EIEC) Le EIEC causano una malattia dissenteria simile, caratterizzata da febbre, crampi addominali e diarrea liquida con sangue e muco, contenente di solito leucociti. La condizione può assumere aspetto simile alla shigellosi 16. Le EIEC invadono la mucosa del colon interrompendo lo strato delle cellule epiteliali. Questi microrganismi sono raramente riscontrati nel RU e in questa SMI la loro indagine di routine non è raccomandata. Tuttavia, feci di un paziente con una sindrome dissenterica, per la quale nessuna causa può essere riscontrata utilizzando le tecniche microbiologiche standard, possono essere inviate a un laboratorio di riferimento per la ricerca di questi batteri di insolito. E. coli enteropatogene (EPEC) Questi microrganismi causano diarrea infantile. Non sembrano produrre tossine, ma sono enteroaderenti e danneggiano i villi intestinali. I sintomi includono diarrea grave, prolungata non ematica, di solito con emissione di muco. Sono pure frequenti vomito e febbre. Sono commercialmente disponibili antisieri polivalenti per la rilevazione di antigeni EPEC 'O'. Questi non sono di solito utilizzati di routine nei paesi sviluppati, perché i focolai di EPEC sono ormai rari. Le EPEC possono essere associate a diarrea del viaggiatore. E. coli Enterotossigene (ETEC) Le ETEC causano diarrea del viaggiatore, e pure diarrea infantile nei paesi in via di sviluppo. Causano diarrea acquosa di lieve entità con crampi addominali, nausea e febbre di grado moderato. Recenti focolai sono stati caratterizzati da pazienti che hanno manifestato prolungata sintomatologia. Il rilevamento di ETEC richiede metodi per la ricerca del DNA e l esame colturale eseguito in prevalenza nei laboratori di riferimento se la presenza di sintomi clinici e l anamnesi dei pazienti indicano la loro utilità. I microrganismi appartenenti alle specie Helicobacter, specie Arcobacter, specie Aeromonas, Edwardsiella tarda e Laribacter hongkongensis, possono essere implicati nella diarrea del viaggiatore, tuttavia indagini per la loro diagnosi sono raramente indicate e sono di seguito descritte in questo documento 23,34,35. Batteri comunemente Associati a Intossicazioni Alimentari/Idriche (Produttori di Tossine) 36 Nelle intossicazioni alimentari e in condizioni epidemiche dovrebbe essere eseguito il conteggio dei microrganismi di seguito descritti. l conteggi delle cellule vegetative o delle spore sono essenziali per l intossicazione alimentare e per le indagini sui focolai causati da microrganismi che possono essere presenti in numero ridotto negli adulti sani e nei bambini; le concentrazioni elevate possono indicare infezione. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 15 di 41

16 Staphylococcus aureus 37 S. aureus costituisce una parte della flora intestinale e può normalmente essere presente nelle feci in concentrazione ridotta. Nei casi d infezione S. aureus è presente nelle feci in elevate concentrazioni. I sintomi dell intossicazione alimentare da S. aureus comprendono: vomito, nausea e dolori addominali, spesso seguiti da diarrea. Il periodo d incubazione è di 1-6 ore. I ceppi di S. aureus che causano intossicazione alimentare producono tossine termo-resistenti. L intossicazione alimentare da S. aureus si manifesta dopo l'ingestione di alimenti nei quali i microrganismi si sono sviluppati ed hanno prodotto enterotossina(e). Le tossine sono relativamente stabili e possono essere presenti in assenza di microrganismi vitali dopo la cottura, pastorizzazione o conservazione prolungata degli alimenti. La diagnosi è confermata dall esame colturale delle feci di persone infette ed anche dei prodotti incriminati. Il microrganismo può essere isolato dal vomito, ma la ricerca colturale di questi campioni non è raccomandata dalla presente SMI. La coltura può non avere successo perché la morte del microrganismo è successiva alla produzione di enterotossina. Tuttavia può essere presente nell alimento una quantità di enterotossina rilevabile con saggi immunologici. Il riscontro di enterotossina nel materiale fecale e nel vomito è di scarso valore diagnostico. Gli stafilococchi isolati devono essere sottoposti a tipizzazione fagica e alla prova di produzione della tossina in un laboratorio di riferimento. I ceppi che producono tossine possono essere identificati come causa d infezione se si isola lo stesso tipo fagico dall'alimento e dalle feci. Bacillus cereus e specie Bacillus 37 Il Bacillus cereus è una causa frequente d intossicazione alimentare per ingestione di una tossina, piuttosto che di infezione da microrganismo vivente. L intossicazione alimentare si manifesta dopo ingestione di alimenti nei quali il microrganismo si è moltiplicato in modo consistente in cui ha prodotto tossine. Sono noti due tipi d intossicazione - la sindrome diarroica, che assomiglia all intossicazione alimentare da Clostridium perfringens, sostenuta da un enterotossina, e la sindrome emetica, causata da un peptide termostabile. La sindrome emetica è associata a ingestione di alimenti a base di riso e pasta ed è caratterizzata da nausea e vomito che compare 1-5 ore dopo l'ingestione dell'alimento implicato. I ceppi diarroici provocano diarrea e dolore addominale 8-16 ore dopo l'ingestione dell'alimento contaminato 38. B. cereus può essere riscontrato i scarso numero nelle feci della popolazione sana. Nei casi di sospetta intossicazione alimentare, si deve effettuare la coltura quantitativa nelle feci, e se possibile. Del vomito e dell alimento. Il conteggio delle cellule vitali è di solito superiore a 10 4 per grammo. Si possono utilizzare saggi immunologici per rilevare la tossina nell alimento, mentre la ricerca della tossina è di scarso rilievo diagnostico la ricerca della tossina negli isolati o quella riscontrata nelle feci e nel vomito. Bacillus subtilis e Bacillus licheniformis possono pure essere implicati in episodi d intossicazione alimentare. Clostridium perfringens 37 I conteggi di C. perfringens nelle feci umane normali sono di solito inferiori a microrganismi per grammo. Alcuni ceppi di C. perfringens (in modo particolare il tipo A2) sono associati a forme lievi d intossicazione alimentare che si manifestano in tutti i gruppi di età. I sintomi predominanti Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 16 di 41

17 dell'intossicazione alimentare sono rappresentati da diarrea liquida e dolore addominale di grado elevato, con periodo d incubazione di 8 24 ore. L enterite necrotizzante può essere conseguente a un infezione da C. perfringens di tipo C 39. La mortalità si attesta al 40%. La patologia è nota come pig bel (enterite necrotizzante) in Papua, Nuova Guinea, e può essere attribuita consumo di maiale cotto in modo insufficiente), e come darmbrand (enterite necrotizzante) in Germania. Questa patologia è stata segnalata in numerose aree del mondo. La conferma di laboratorio d intossicazione alimentare da C. perfringens richiede che almeno una delle seguenti condizioni sia confermata: isolamento dello stesso sierotipo dalle feci dei soggetti coinvolti e dall'alimento; rilievo dell enterotossina nelle feci dei soggetti affetti; o conteggio di spore fecali >10 5 per grammo. Questa SMI raccomanda che la ricerca di routine sulle feci del C. perfringens sia eseguita solo in occasione d intossicazione alimentare, e che la ricerca di C. perfringens in casi diversi dall intossicazione alimentare non sia eseguita di routine. Le ricerche devono essere condotte con il supporto del microbiologo clinico. I conteggi delle spore di C. perfringens possono essere eseguiti dopo un trattamento shock con alcool. Gli studi quantitativi possono essere utili, poiché concentrazioni >10 5 /g sono di solito riscontrate solo in casi d intossicazione alimentare e la loro conferma può essere ottenuta eseguendo prove per l enterotossina di C. perfringens su estratti di campioni fecali recenti. Gli isolati di C. perfringens devono essere conservati per la sierotipizzazione, i campioni fecali per la ricerca della tossina. Clostridium botulinum 10,37 Il Clostridium botulinum è causa rara, ma spesso fatale, d intossicazione alimentare. Il botulismo è una malattia neuroparalitica causata dalle neurotossine del C. botulinum ed è classificata in quattro categorie: Botulismo classico di origine alimentare riscontrato tipicamente negli adulti dopo ingestione di tossina preformata nell'alimento contaminato. Botulismo da ferita che rappresenta la forma più rara della malattia. È conseguente alla produzione di tossina in vivo dopo che il C. botulinum si è moltiplicato in una ferita infetta. Botulismo infantile (sebbene raro) rappresenta la forma più frequente dell'infezione. È conseguente alla moltiplicazione del C. botulinum con produzione di neurotossina nell'intestino del bambino. I sintomi possono variare da una malattia lieve alla morte improvvisa. Classificazione indeterminata descrive casi di botulismo in soggetti con più di 12 mesi nei quali non possono essere dimostrate sorgenti di C. botulinum di tipo alimentare o da ferita. Le tossine sono prodotte da C. botulinum quando il microrganismo sopravvive e si moltiplica in alimenti inadeguatamente processati e conservati. Le tossine preformate possono poi essere ingerite con l alimento, assorbite nella circolazione generale e trasferite alle sinapsi dei nervi periferici ove bloccano la trasmissione nervosa. Questa condizione provoca una paralisi flaccida discendente, con coinvolgimento tipico dei nervi cranici, talvolta culminante con l arresto respiratorio 10. Questa condizione deve essere distinta dalla polineuropatia demielinizzante e dalla sindrome di Miller Fischer. Le tossine del Botulino sono fra le sostanze più tossiche conosciute, e si può ipotizzare che potrebbero essere utilizzate nella guerra biologica o per bioterrorismo 40. Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 17 di 41

18 L usuale gravità dei sintomi e i lunghi tempi delle prove di laboratorio richiedono che la diagnosi provvisoria sia formulata dal clinico sulla base della sintomatologia del paziente. I riscontri di laboratorio che confermano la diagnosi clinica includono la dimostrazione della tossina nel siero o nelle feci e il riscontro del microrganismo nell alimento (o feci in caso di botulismo infantile) 10. Queste prove devono essere eseguite da un laboratorio di riferimento e la coltura non è raccomandata da questa SMI. Diarrea Associata ad Antibiotico (DAA) Quasi tutti i farmaci con attività ad ampio spettro antibatterico sono stati implicati causalmente nella DAA. I farmaci più frequentemente implicati sono quelli che hanno un marcato effetto sulla microflora del colon. Questi includono beta-lattamici ad ampio spettro, cefalosporine, clindamicina e fluoroquinoloni 41. L'incidenza dell infezione ha dimostrato di diminuire con l uso controllato degli antibiotici. L Infezione da C. difficile (ICD) è la più comune causa identificabile di DAA, tuttavia sono state anche implicate 'infezioni da C. perfringens, Staphylococcus aureus, Klebsiella oxytoca, specie Candida e specie Salmonella 42,43. Infezione da Clostridium difficile L infezione da C. difficile è definita come un episodio di diarrea (feci molli che prendono la forma del contenitore del campione, o Bristol Stool Chart type 5-7 6,44 ) che non è attribuibile ad altre cause (malattia soggiacente, farmaci o terapia) e che si verifica contemporaneamente come saggio tossina positivo (con o senza coltura positiva di C. difficile) e/o evidenza endoscopica di colite pseudomembranosa 6,44. C. difficile è stato associato ad epidemie negli ospedali e in grandi strutture di assistenza per anziani e rappresenta una causa importante di infezione acquisita in ospedale 6. Il microrganismo può essere isolato dall'ambiente ospedaliero e può essere trovato su pavimenti, servizi igienici e effetti letterecci 45. Un approccio di accertamento a due fasi è raccomandato dal Department oh Health. Fare riferimento alle attuali linee guida (o equivalente Devolved Nation) 44,46. Per i dettagli riguardanti i test per C. difficile fare riferimento a B 10 - Indagine su campioni di feci per Clostridium difficile. Altri microrganismi da considerare I seguenti organismi dovrebbero essere considerati solo per casi irrisolti di gastroenterite e diarrea o in circostanze particolari a seguito di discussione con un medico microbiologo. Yersinia enterocolitica 47 L infezione da Yersinia enterocolitica è una zoonosi. Y. enterocolitica può essere isolata da animali selvatici e domestici, campioni ambientali e alimentari. La maggior parte degli isolati non è patogena. E classificata utilizzando una combinazione di caratteristiche biochimiche e sierologiche. Dei sei biotipi, cinque sono riconosciuti come patogeni (1B, 2-5). La Y. enterocolitica può anche essere classificata sierologicamente; la maggior parte dei ceppi patogeni appartiene a un numero limitato di sierogruppi O, cioè O:3, O:9 e O:5, 27 nel Regno Unito, e O:8 nel Nord America. Le infezioni da altri tipi sono rare. Un certo numero di epidemie di origine alimentare causate da Y. enterocolitica si sono sviluppate in Europa, Nord America e Giappone. I Batteriologia B 30 Emissione no: 8.1 Data di emissione: Pagina: 18 di 41