Le indagini genetiche svolte sui popolamenti di abete delle aree di intervento Anna De Rogatis, Fulvio Ducci, Silvia Carnevale (CRA SEL Arezzo) Piero Belletti, Diana Ferrazini (DIVAPRA Grugliasco)
Obiettivi generali Gli studi della variabilità genetica e della struttura genetica delle popolazioni di una specie consente di conoscere la ricchezza e la distribuzione della diversità genetica sul territorio e di comprenderne la capacità adattativa. Grazie a queste informazioni è possibile adottare strategie dinamiche di gestione, di conservazione e di valorizzazione delle risorse genetiche
Materiali e Metodi- Statistica Sono stati utilizzati 2 microsatelliti cloroplastici(vendramin&ziegenhagen,1996), 7 microsatelliti nucleari (Cremer et al. 2006), amplificati con profili PCR degli stessi autori, modificati, poi analizzati con sequenziatori ABI Prisma 310 e ABI Prisma 3730xl ed i dati poi letti con software GeneMapper 4.1 Per ogni parcella sono stati calcolati differenti parametri genetici: grado di variabilità allelica (Na, Ne,). diversità genetica (Ho, He,) coefficiente di inbreeding Fis, Fst e Fit, secondo la statistica di Wright AMOVA distanze genetiche dendrogramma UPGMA analisi delle Coordinate Principali dendrogramma classi di età per valutare il livello di parentela tra le classi Verrà poi valutata la presenza dell allele nullo e ricalcolati gli indici F e il confronto dei risultati con quelli che saranno ottenuti i microsatelliti plastidiali.
LA VERNA Confronto tra Adulte (in alto) e Rinnovazione (in basso) Numero piante (N), Numero totale di alleli per locus (na),. numero effettivo di alleli per locus (ne eterozigosi osservata (Ho), eterozigosi aspettata (He), Hardy- Weinberg test (χ2 Chi quadro), P significatività *** P-value: <0.001, ** P-value: <0.01, * P-value: <0.05, ND= no deviazione, NS= non signific. Indice di Fissazione (F) (GenAlEx).
1mA 2mA 5mA R75a 4mA 6mA R60a 3mA 7mA 8mA 12mA 9mA 10mA 11mA R81a R30a R65a R43a R84a R47a R61a R48a R56a R67a R68a R85a 25mA R46a R58a R80a 94mA R111b R91a 1mB 27mB R41a R62a R79a R86a R88a R31a R45a R52a R73a R87a 91mA R69a R78a R64a R77a La Verna A e B 1a 0.31 0.56 0.81 1.06 1.30 Coefficient La Verna A e B 2a R32a R110b R104b R42a R51a R53a R49a R72a R57a R102b R117b 19mA 6mB 8mB 93mA R116b R50a R107b R109b 2mB R100b 5mB 34mB R103b R83a R105b R54a R76a R82a R89a 13mA R74a 15mA R90a 92mA 16mA 33mB R71a 17mA 24mA R40a 28mB 23mA 20mA 19mB 21mB 24mB 31mB 32mB 25mB LA VERNA Dendrogramma UPGMA e Analisi delle Coordinate principali dell intera popolazione notevole variabilità intra-popolazione 6 grandi cluster, non ben definiti differenziazione genetica tra delle due differenti esposizioni A e B (adulte e rinnovazione) vicinanza genetica tra adulte e rinnovazione ma non corrispondente a diposizione spaziale tra madri e rinnovazione sottostante. 0.31 0.56 0.81 1.06 1.30 La Verna Coefficient A e B 3a 30mB 23mB 10mB R55a 11mB 13mB R101b 22mB 3mB 17mB 9mB 15mB 18mB 26mB 7mB 14mB 16mA 12mB R106b 29mB R112b R108b 14mA 18mA R44a 20mB 35mB 40mB 21mA 22mA R113b R33a 4mB R114b R115b R118b R59a R63a R66a R70a 0.31 0.56 0.81 1.06 1.30 Coefficient
LA VERNA - Confronto tra Piante adulte e Piante rinnovazione. Statistica di Wright sulle componenti di variabilità genetica. Coefficienti di inbreeding Fis, Fst e Fit, che misurano l inbreeding (livello di parentela) degli individui rispetto alla subpopolazione cui appartengono, alle diverse popolazioni e al totale delle popolazioni Fis = componente di variabilità tra individui relativa alle sub-pop, Fit= componente della variabilità tra individui relativa al totale pop, Fst= componente di variabilità tra sub-pop relativa al tot. AMOVA. GL= (gradi di libertà. SS= somma degli scarti al quadrato devianza, MS = media degli scarti al quadrato varianza, Est. Var
Dendrogramma - La Verna Relazione tra classi di età della rinnovazione e classi di età delle adulte. A = adulte, classi = 31-50 (A3150); 51-70 (A5170); 71-90 (A7190); 91-100 (A9100); 110-130 (A1130); > 131 (A3100) - R = rinnov, classi = 20-30 (R2030); 31-40 (R3140); 41-50 (R4150); 51-60 (R5160); >61 (R6199). la verna a e b età sia ad che rinn A3150 A3100 R3140 R4150 R5160 R6199 A7190 A1130 A9100 A5170 R2030 0.48 0.63 0.78 0.93 1.09 Coefficient Maggiore vicinanza genetica delle pianti adulte comprese tra i 30 e i 50 anni e quelle al di sopra dei 130 anni con la rinnovazione compresa tra i 30 e i 60 anni o anche di età comprese 61 e 99 anni Le adulte delle classi di età 30-50 anni si ipotizza che possano essere le coetanee che hanno avuto modo di svilupparsi ed entrare nel piano dominante Quelle al di sopra di 130 anni potrebbero rappresentare i genitori Le altre classi di età del piano dominante sono geneticamente più vicine tra loro ed eventualmente con la rinnovazione tra 20 e 30 anni Questo era evidente anche nella PCoA.
PIGELLETO - Confronto tra Piante Adulte e Rinnovazione Numero delle piante analizzate (N), Numero totale di alleli per locus (na),. numero effettivo di alleli per locus (ne), eterozigosi osservata (Ho), eterozigosi aspettata (He), Hardy-Weinberg test (χ2 Chi quadro), P significatività *** P-value: <0.001, ** P-value: <0.01, * P-value: <0.05, ND= no deviazione, NS= non signific.indice di Fissazione (F) (GenAlEx).I primi valori sono gli adulti, i secondi la rinnovazione (GenAlEx).
PIGELLETO Dendrogramma intera popolazione e Analisi delle Coordinate Principali 1mp 2mp R174p R183p 6mp 11mp R192p 15mp R185p 10mp 22mp 12mp 25mp 21mp R165p R177p R189p R190p 9mp 16mp R161p 23mp 3BISmp R164p R150p R195p R167p R173p R182p R159p R181p R157p R170p R175p R176p R188p 4mp R194p R186p R193p Pigelleto tutto 1a notevole variabilità intra-popolazione 6 grandi cluster, non ben definiti vicinanza genetica tra adulte e rinnovazione ma non corrispondente a diposizione spaziale tra madri e rinnovazione sottostante 0.64 0.81 0.98 1.15 1.32 Coefficient Pigelleto tutto 2a R162p R169p R184p R158p R187p R191p R151p R163p R154p R155p R156p 5mp 20mp R180p R178p R179p 3mp R152p R160p 13mp R172p 19mp R153p R166p 7mp R171p 8mp 17mp 24mp 14mp 18mp R168p 0.64 0.81 0.98 1.15 1.32 Coefficient
PIGELLETO - Confronto tra Piante Adulte e Rinnovazione Statistica di Wright sulle componenti di variabilità genetica. Coefficienti di inbreeding Fis, Fst e Fit, che misurano l inbreeding (livello di parentela) degli individui rispetto alla subpopolazione cui appartengono, alle diverse popolazioni e al totale delle popolazioni Fis = componente di variabilità tra individui relativa alle sub-pop, Fit= componente della variabilità tra individui relativa al totale pop, Fst= componente di variabilità tra sub-pop relativa al tot AMOVA. GL= (gradi di libertà. SS= somma degli scarti al quadrato devianza, MS = media degli scarti al quadrato varianza
Dendrogramma di Pigelleto Relazione tra classi di età della rinnovazione e classi di età delle adulte. Legenda: A = adulte, classi = 31-50 (A3150); 51-70 (A5170); 71-90 (A7190); >91 (A9100) - R = rinnov, classi = 20-30 (R2030); 31-40 (R3140); 41-50 (R4150); 51-70 (R5170). pigelleto età ad e rinn A3150 A5170 A7190 R3140 R4150 A9100 R2030 R5170 0.44 0.58 0.72 0.86 1.01 Coefficient Maggiore vicinanza genetica delle pianti adulte comprese tra i 70 e i 90 anni e quelle al di sopra dei 90 anni, con la rinnovazione compresa tra i 30 e i 50 anni vicinanza tra la rinnovazione di 20-30 anni e la rinnovazione di tra i 51 e i 70 anni Si può quindi supporre che le più giovani potrebbero essere state prodotte proprio da quel gruppo di piante della rinnovazione, che si trovano in un piano dominato ma che hanno in realtà la medesima età delle adulte del piano dominante. Questo era evidente anche nella PCoA.
BOCCA TRABARIA - Numero totale di alleli per locus (na),. numero effettivo di alleli per locus (ne), eterozigosi osservata (Ho), eterozigosi aspettata (He), Hardy-Weinberg test (χ2 Chi quadro), P significatività *** P-value: <0.001, ** P-value: <0.01, * P-value: <0.05, ND= no deviazione, NS= non signific. Indice di Fissazione (F)
BOCCA TRABARIA - BT1A BT6A BT20A BT2A BT5AA BT9A BT10AA BT11AA BT12AA BT13AA BT5A BT7A BT8A BT11A BT3A BT7AA BT10A RTR01 RTR27 RTR25 RTR28 RTR26 RTR14 RTR15 RTR29 RTR02 RTR10 RTR04 RTR20 RTR06 RTR03 RTR09 RTR05 RTR12 RTR08 RTR11 RTR07 RTR30 RTR13 RTR23 RTR16 RTR17 RTR21 RTR24 RTR22 RTR18 RTR19 bocca trabaria 2 0.53 0.74 0.95 1.16 1.38 Coefficient notevole variabilità intra-popolazione, eccetto tra RTR05 e RTR12 che appaiono geneticamente vicine quattro grandi cluster, definiti differenziate tra le piante delle due zone, zona alta siglata con BT e zona bassa siglata con RTR
Confronto dei i 3 siti tra di loro. Analisi delle Coordinate Principali e dendrogramma: Bocca Trabaria si discosta notevolmente dalle altre due popolazioni Verna Pigel Trabaria 2.73 2.84 2.95 3.07 3.18 Coefficient
Risultati e discussione preliminare Nei tre siti studiati, valori di variabilità genetica discreti, sia nei valori di variabilità allelica che diversità genica (He) Le popolazioni di La Verna e Pigelleto sono geneticamente più vicine tra loro mentre Bocca Trabaria si discosta, presentando alleli caratterizzanti (private alleles) In queste popolazioni di Abies alba risulta più significativa la variabilità individuale delle piante che quella tra popolazioni L eterozigosità osservata risulta inferiore a quella attesa, facendo supporre che c è inbreeding Dai valori dell indice di fissazione F, positivi nella media, è confermata una deficienza di eterozigosità I valori di χ2 indicano che le popolazione si discosta dall equilibrio di Hardy Weinberg infatti il P value è altamente significativo In La Verna e Pigelleto, scarsa differenziazione tra adulte e rinnovazione (rinnovazione naturale). La popolazione di Pigelleto presenta una distribuzione spaziale della rinnovazione più uniforme nell area studiata, un indice di fissazione più basso, forse una maggiore capacità di conservazione della diversità genetica Mentre in La Verna la rinnovazione è a gruppi, nelle zone con microclima più idoneo ed essenzialmente nel versante A, più favorevole La specie in queste popolazioni mostra una capacità di diffusione abbastanza elevato, infatti le piante della rinnovazione non sono risultate geneticamente vicine alle ipotetiche piante madri sovrastanti
Risultati e discussione preliminare Nelle due popolazioni in cui sono state confrontate anche le età delle piante appartenenti al piano dominante (adulte) e al piano dominato (rinnovazione) è risultato che una parte delle rinnovazioni sono piante in realtà adulte, con età corrispondente a quelle del piano dominante, che evidentemente non hanno avuto modo di svilupparsi, non trovando spazio e luce sufficiente o per fattori competitivi con le piante circostanti Dai risultati preliminari si può supporre che le popolazioni studiate sono caratterizzate da un discreto gene flow e una notevole capacità adattativi e di plasticità Da questo lavoro si evidenzia l importanza di propagare un elevato numero di piante per la produzione del materiale di propagazione da utilizzare nelle filiere vivaistiche per mantenere elevata la variabilità genetica della specie Dal confronto dei risultati genetici e di quelli dei caratteri adattativi oggetto di studio in questo progetto si potranno individuare le piante più plastiche Per quanto occorre ricordare che le parti del genoma individuate con i marcatori SSR non sono normalmente codificanti e quindi associabili a espressione genica
Grazie per l attenzione