Bellini Lara matricola: Tesina di Biologia Molecolare 2

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1 Bellini Lara matricola: Tesina di Biologia Molecolare 2 Argomento: Scegli una proteina di Drosophila e trovala in Uniprot.Descrivi le informazioni presenti nel record ed i collegamenti a risorse esterne che ci puoi trovare. Cerchiamo il gene dell Alcohol dehydrogenase di Drosophila Melanogaster in Uniprot: il primo risultato è quello di nostro interesse. Cliccando sul link otteniamo la pagina: La prima sezione Names and origin indica il nome della proteina, il suo codice enzimatico( EC ) che contiene un link per il sito ExPasy. = cliccando qui si finisce nella sezione Taxonomy di Uniprot dove vi è tutta la classificazione dell organismo Drosophila Melanogaster. Lo stesso risultato si ottiene dai link sottostanti ( Taxonomy identifier e Taxonomy lineage). divesi formati con cui si può visualizzare il documento. da qui si può raggiungere subito la sezione di interesse cliccando sui diversi link.

2 Nella sezione Protein attributes e General annotation otteniamo informazioni quali la lunghezza amminoacidica della proteina e alcune caratteristiche tecniche. Come annotazioni generali è presente l attività catalitica, l inibitore enzimatico, di quante subunità è composta la proteina, i polimorfismi e a quale famiglia appartiene. La sezione Ontology : vengono indicate tutte le parole usate per la ricerca e cliccando su ognuna di esse si apre una pagina con la descrizione del significato della stessa, come ad esempio: EMBL-EBI: mentre da Gene Ontology si ottengono informazioni quali i processi biologici in cui è coinvolta la proteina, i suoi componenti cellulari e le funzioni molecolari. Per ogni caratteristica c è un link ed è indicato il sito da cui l informazione è stata ricavata. Il link da come risultato una veloce ontologia genomica creata da

3 Da Sequence annotation si possono vedere le modificazioni post traduzionali della sequenza proteica quali le modificazioni amminoacidiche, le variazioni naturali e i siti di legame del NAD e del substrato e di lato è schematizzata in modo lineare la proteina con evidenziato in verde il punto dove è presente l amminoacido o la sezione a cui ci si riferisce. cliccando sull amminoacido o sulla sezione si apre la sequenza della proteina in formato FASTA con evidenziate le posizioni di interesse. Inoltre, a fine sezione, è indicata la struttura secondaria della proteina. Cliccando su Details si vede il numero preciso dei residui che formano ogni singolo pezzo di struttura secondaria indicati schematicamente nel disegnetto. In Sequences c è l intera sequenza proteica e si può anche ricavare il formato FASTA.

4 Nella sezione successiva, References, ci sono i principali articoli da cui si sono ricavate le informazioni e i link per accedervi: altri articoli dello stesso autore estratto dell articolo in PubMed link all articolo in PNAS Cross References: dove in sequence database ci sono i collegamenti a EMBL che indicano i dettagli della trascrizione del gene.

5 nella stesse sotto sezione ci si può collegare al sito PIR o al sito NCBI per vedere le varie isoforme(5 in questo caso) o per vederle nella sezione UniGene dello stesso sito dove sono presenti gli stessi link raggruppati in una tabella. Invece, nella sottosezione 3D structure database, ci sono moltissimi link per siti in grado di determinare la struttura in 3D della proteina oltre ad esserci il codice PDB, il metodo usato per determinare la struttura terziaria,ecc :

6 Nella sottosezione Protein-protein interaction databases si possono vedere le proteine con cui interagisce l alcool deidrogenasi attraverso i link: mentre nella sottosezione Genome annotation databases ci sono i collegamenti per EnsemblMetazoa, GeneID di ENCBI e KEGG i quali danno ulteriori informazioni sul gene dell alcool deidrogenasi. In Organism-specific databases ci si può collegare a FlyBase, un sito interamente dedicato all organismo modello Drosophila, e a CDT ( comparative toxicogenomics database): Attraverso Phylogenomic database ci si collega ai siti eggnog e InParanoid: dove dal primo si ricavano informazioni filo genomiche della proteina e dal secondo i gruppi di proteine ortologhe a cui essa è legata.

7 In Enzyme and pathway databases abbiamo il collegamento per il sito Brenda che tratta a fondo tutti gli aspetti enzimatici della proteina. Invece in Gene expression databases si trovano ulteriori informazioni riguardanti il gene e il link ai siti: Nella sottosezione Family and domain databases si possono vedere le famiglie proteinche correlate alla nostra proteina in diversi siti quali EMBL-EBI, Pfam, Prints o Prosite. In Entry information sono presenti tutte le informazioni della ricerca quali i parametri usati, il nome della entry e la sua storia. Attraverso i link si possono vedere tutti gli aggiornamenti fatti sull argomento e il programma del sito per la raccolta di informazioni su Drosophila oltre che le eventuali collaborazioni con altri siti. Nell ultima sezione, Relevant documents, ci sono i link per i documenti usati nella ricerca