Banche Dati. Docente: Dr. Antinisca DI MARCO
|
|
- Geronima Tommasi
- 6 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1 Docente: Dr. Antinisca DI MARCO
2 La biologia molecolare produce una grande mole di dati che può essere memorizzata in database general-purpose o specialized (es. immunological): general-purpose o primarie: entries (o voci) di sequenze biologiche: sequenza; una breve descrizione; l organismo da cui proviene; una lista di funzionalità strutturali e/o funzionali; letteratura di riferimento;
3 La biologia molecolare produce una grande mole di dati che può essere memorizzata in database general-purpose o specialized (es. immunological): specialized: entries (o voci) di sequenze biologiche: sequenza; una breve descrizione; l organismo da cui proviene; una lista di funzionalità strutturali e/o funzionali; letteratura di riferimento; annotazioni specifiche (expert).
4 EMBL: European Molecular Biology Laboratory L'European Molecular Biology Laboratory è un istituto di ricerca di biologia molecolare, sostenuto da 20 paesi europei e dall'australia come stato membro associato. L'EMBL è stato creato nel 1974 ed è un'organizzazione intergovernativa di ricerca finanziata con denaro pubblico dai suoi stati membri. In EMBL la ricerca viene svolta da circa 85 gruppi indipendenti che coprono i vari campi della biologia molecolare. Il Laboratorio è attivo in cinque siti: il laboratorio principale a Heidelberg, e le sedi di Hinxton (l'european Bioinformatics Institute, EBI) presso Cambridge, Grenoble, Amburgo e Monterotondo vicino Roma. (Wikipedia)
5 DDBJ: DNA Data Bank of Japan La DNA Data Bank of Japan (DDBJ) è un database biologico che raccoglie sequenze di DNA. Si trova presso l'istituto Nazionale di Genetica (NIG) nella prefettura di Shizuoka, in Giappone. E anche un membro della International Nucleotide Sequence Database Collaboration or INSDC. Scambia i propri dati con EMBL e con GenBank presso il National Center for Biotechnology Information su base giornaliera. In questo modo le tre banche dati contengono gli stessi dati in qualsiasi momento.
6 I più importanti database pubblici includono sequenze nucleotidiche e/o proteiche:
7 NCBI: National Center for Biotechnology Information - Il National Center for Biotechnology Information (NCBI), Centro Nazionale per le Informazioni di Biologia Molecolare, è una parte della National Library of Medicine (Biblioteca nazionale americana di medicina), che dipende a sua volta dall'istituto per la salute americano. (Wikipedia)
8 UniProt: Universal Protein Resource - UniProt (Universal Protein) è il più grande database bioinformatico per le sequenze proteiche di tutti gli organismi viventi e dei virus.
9 SWISS-PROT e PIR sono database di proteine che sono annotate manualmente. Il loro contenuto è di alta qualità rispetto a GenPept e TrEMBL, ma contengono meno entries rispetto ad essi.
10 GenPept e TrEMBL sono database di proteine derivate dalla traduzione di sequenze codificanti provenienti dai tre principali database di nucleotidi
11 PDB - è un database di strutture molecolari 3D.
12 PROSITE - contiene pattern (motif) biologici significativi per determinare le funzioni delle proteine.
13 KEGG - definisce un repository contenente reti di interazione molecolare, composti chimici e reazioni rilevanti per i processi cellulari, più ovviamente dati genomici.
14 Pfam - è una raccolta di sequenze amminoacidiche (proteine) e di profili generati con Hidden Markov Model (HMM) che descrivono quasi tutte le famiglie e i domini proteici conosciuti.
15 Esplorando NCBI: Il National Center for Biotechnology Information (NCBI) curato National Library of Medicine and National Institutes of Health è uno dei più importanti repository e risorsa per dati biologici: Forniscono una rete di database di dati genetici, medici, informazioni biochimiche sempre crescente Interi genomi provenienti da virus, uomo, etc sono compilati ed organizzati e cross referenziati all interno di questa rete Ma è necessario sapere: a) che cosa stai cercando, e b) quello che stai guardando affinchè si possa ottenere informazioni utili
16 Esplorando NCBI: Il National Center for Biotechnology Information (NCBI) curato National Library of Medicine and National Institutes of Health è uno dei più importanti repository e risorsa per dati biologici: Forniscono una rete di database di dati genetici, medici, informazioni biochimiche sempre crescente Interi genomi provenienti da virus, uomo, etc sono compilati ed organizzati e cross referenziati all interno di questa rete Ma è necessario sapere: a) che cosa stai cercando, e b) quello che stai guardando affinchè si possa ottenere informazioni utili
17 Esplorando NCBI: Apri un browser web ed entra nella Home page di NCBI:
18 Esplorando NCBI: Apri un browser web ed entra nella Home page di NCBI:
19 Esplorando NCBI: Il primo portale per accedere ai dati in NCBI è chiamato GQuery: Apri un browser web ed entra nella Home page di NCBI: About the NCBI
20 Esplorando NCBI: Apri un browser web ed entra nella Home page di NCBI: About the NCBI - NCBI Handbook
21 Esplorando NCBI: Il primo portale per accedere ai dati in NCBI è chiamato GQuery:
22 Esplorando NCBI: Il primo portale per accedere ai dati in NCBI è chiamato GQuery:
23 Esplorando NCBI: Il primo portale per accedere ai dati in NCBI è chiamato GQuery:
24 Esplorando NCBI: Il primo portale per accedere ai dati in NCBI è chiamato GQuery:..proviamo ad essere un pò meno generici: bacteria
25 Esplorando NCBI: Il primo portale per accedere ai dati in NCBI è chiamato GQuery:..proviamo ad essere un pò meno generici: bacteria Solitamente, quando viene effettuata una ricerca su questi database, abbiamo: a disposizione una regione di DNA o proteina (o la funzione di una proteina)
26 Esempio: Useremo un gene proveniente dalla Arabidopsis thaliana, che produce una proteina che rappresenta una componente strutturale del ribosoma. L Arabidopsis thaliana, è una pianta floreale molto diffusa nel mondo ed è particolarmente studiata per la sua semplicità. (circa 125 milioni di paia di nucleotidi, in soli cinque cromosomi) La proteina prodotta da questo gene è memorizzata sotto l accession number NP_565676
27 Esempio: Useremo un gene proveniente dalla Arabidopsis thaliana, che produce una proteina che rappresenta una componente strutturale del ribosoma. L Arabidopsis thaliana, è una pianta floreale molto diffusa nel mondo ed è particolarmente studiata per la sua semplicità. (circa 125 milioni di paia di nucleotidi, in soli cinque cromosomi) La proteina prodotta da questo gene è memorizzata sotto l accession number NP_ gene keywords: e.g. structural constituent of ribosome gene keyword AND organism: e.g. structural constituent of ribosome AND Arabidopsis thaliana gene keyword [PROT] AND organism [ORGN]: e.g. structural constituent of ribosome [PROT] AND Arabidopsis thaliana [ORGN] accession or gi number: e.g. NP_565676
28 Esempio: Useremo un gene proveniente dalla Arabidopsis thaliana, che produce una proteina che rappresenta una componente strutturale del ribosoma. L Arabidopsis thaliana, è una pianta floreale molto diffusa nel mondo ed è particolarmente studiata per la sua semplicità. (circa 125 milioni di paia di nucleotidi, in soli cinque cromosomi) La proteina prodotta da questo gene è memorizzata sotto l accession number NP_ gene keywords: e.g. structural constituent of ribosome gene keyword AND organism: e.g. structural constituent of ribosome AND Arabidopsis thaliana gene keyword [PROT] AND organism [ORGN]: e.g. structural constituent of ribosome [PROT] AND Arabidopsis thaliana [ORGN] accession or gi number: e.g. NP_ Sempre in maiuscolo
29 Esempio: Ricerce più specifiche vengono effettuate per mezzo di GenInfo Identifier (gi) number e accession number: Accession Numbers: è un identificatore unico per una particolare sequenza memorizzata. Un accession number è assegnato ad uno specifico record; tale associazione rimarrà tale nel tempo. Cioè, un Accession Number traccia un particolare record e non cambia anche se l informazione in quel record è cambiata su richiesta degli autori. Gli Accession Numbers sono usualmente una combinazione di lettere(a) e numeri (e.g. U12345 o AF123456) Version Numbers: segue l accession number e indica la revision history di quell entry a partire da 1 per poi incrementarlo ad ogni revisione. Il formato standard è Accession.Version GI Number (GenInfo Identifier): è una serie di cifre che viene assegnata consecutivamente da NCBI ad ogni sequenza memorizzata.
30 Esempio: Quando una nuova entry viene sottomessa a GenBank gli verrà assegnato un accession number (e.g. AF000001). Poichè questa è la prima versione, l accession number sarà completato con il version number pari a 1, quindi: AF Allo stesso tempo alla entry viene associato un GI number (e.g. GI: ). Ora immaginiamo che il ricercatore che ha inizialmente sottomesso il record voglia aggiornare l informazione. Il recordo aggiornato a questo punto avrà lo stesso Accession Number, ma avrà incrementato il numero di versione, i.e AF , mentre al nuovo record verrà assegnato un GI number completamente nuovo (i.e. GI: ) In generale l accession number restituisce sempre il record più aggiornato, mentre il GI number consente di accedere ad una particolare informazione in un istante di tempo ben definito, anche se nel frattempo sono state aggiunte ulteriori informazioni.
31
32 Maggiori informazioni sulla struttura di un GenBank Flat File possono essere trovate:
33 Il campo Locus contiene un certo numeri di dati:
34 Locus Name: nelle entry GenBank corrisponde all accession number preceduto dalle iniziali dell organismo considerato Entrez Search Field: Accession Number [ACCN]
35 Sequence Length contiene il numero di coppie di basi di nucleotidi (o di amino acidi) della sequenza memorizzata. Entrez Search Field: Sequence Length [SLEN] 1. Per recuperare record con un certo range di lunghezza, è possibile usare l operatore :. Esempio: 2500:2600[SLEN] 2. Per recuperare tutte le sequenze più corte di un certo numero, usiamo 2 come lower bound. Esempio: 2:100[SLEN] 3. Per recuperare tutte le sequenze più lunghe di un certo numero, è possibile usare una serie di 9 come upper bound. Esempio: : [SLEN]
36 Molecule Type: è il tipo di molecola che è stata sequenziata. Entrez Search Field: Properties [PROP]
37 GenBank Division: indica la divisione di appartenenza a cui appartiene il record. Il GenBank database è diviso in 18 divisioni: 1. PRI - primate sequences ROD - rodent sequences MAM - other mammalian sequences VRT - other vertebrate sequences INV - invertebrate sequences PLN - plant, fungal, and algal sequences BCT - bacterial sequences VRL - viral sequences 9. PHG - bacteriophage sequences 10. SYN - synthetic sequences 11. UNA un annotated sequences 12. EST - EST sequences (expressed sequence tags) 13. PAT - patent sequences 14. STS - STS sequences (sequence tagged sites) 15. GSS - GSS sequences (genome survey sequences) 16. HTG - HTG sequences (high-throughput genomic sequences) 17. HTC - unfinished high-throughput cdna sequencing 18. ENV - environmental sampling sequences Entrez Search Field: Properties [PROP]
38 Modification Date: indica la data di ultima modifica del record. In alcuni casi, la data di modifica potrebbe corrispondere alla data di rilascio, ma non c'è modo di dirlo guardando semplicemente il record. Se è necessario conoscere la prima data di pubblica disponibilità, è possibile inviare un messaggio a info@ncbi.nlm.nih.gov. Entrez Search Field: Modification Date [MDAT] 1. Inserire il termine da ricercare nel formato: yyyy/mm/dd 2. Per ottenere i record modificati tra due date: 1999/07/25:1999/07/31[MDAT] 3. E possibile usare il campo Publication Date [PDAT] di Entrez per limitare I risultati della ricerca in funzione della data in cui il record è stato aggiunto al sistema Entrez.
39 Definition: indica una breve descrizione della sequenza; include informazioni sull organismo sorgente, il nome del gene o della proteina, oppure la descrizione della funzione della sequenza (se la sequenza non è codificante). Se la sequenza ha una regione codificante, la descrizione può essere seguita dal qualificatore complete cds. Entrez Search Field: Title Word [TITL]
40 Accession: è l identificatore unico per una sequenza memorizzata. L Accession Number è applicato all intero record e solitamente è una combinazione di letter(a)e e numeri. L Accession Number non cambia, anche se l informazione nel record viene modificata su richiesta dell autore. I record provenienti dal RefSeq database delle sequenze di riferimento ha un format diverso di Accession Number, che inizia con due lettere seguite da un underscore e da 6 o più interi: NT_ NM_ NP_ NC_ constructed genomic contigs mrnas proteins chromosomes Entrez Search Field: Accession [ACCN]
41 Version: se c è qualche cambiamento nei dati della sequenza (anche una singola base), il version number sarà incrementato: U U , ma la porzione di accession rimarrà stabile. Entrez Search Field: use the default setting of "All Fields" GI: GenInfo Identifier viene modificato ogni volta che una modifica effettuata sul record. Un GI diverso viene inoltre assegnato ad ogni record della proteina ottenuta dalla sequenza nucleotidica. Entrez Search Field: use the default setting of "All Fields"
42 Features: Informazioni sui geni e prodotti genici, nonché le regioni di significato biologico riportate nella sequenza. Queste possono includere regioni della sequenza che codificano per proteine e molecole di RNA, ed altre.
43 Source: Informazione obbligatoria in ogni record che riassume la lunghezza della sequenza, il nome scientifico dell organismo sorgente ed il Taxon ID number. Taxon: è un numero di identificazione univoco stabile per il taxon dell organismo origine. Un taxon è raggruppamento di organismi reali, distinguibili morfologicamente e geneticamente da altri e riconoscibili come unità sistematica
44 CDS: Sequenza codificante, cioè la regione della sequenza di nucleotidi che corrisponde alla sequenza di amino acidi nella proteina. Gli autori possono specificare la natura del CDS usando il qualifier "/evidence=experimental" or "/evidence=not_experimental". Entrez Search Field: Feature Key [FKEY]
45 Indica, in questo caso, una sequenza codificante che include anche I codoni di start e stop. Il CDS può essere di tre tipi: 1. Completo: che verrà scritto nella forma n..m. Esempio: <: che indica parziale sul 5 end. Esempio: < (codone start incompleto) 3. >: che indica parziale sul 3 end. Esempio: > (codone stop incompleto) 4. (complement) che indica un filamento complementare Entrez Search Field: Feature Key [FKEY]
46 In questo caso, la traduzione in amino acidi è generata a partire dal complemento inverso delle basi che vanno dalla 3300 alla 4037 e leggendo la sequenza invertita complementare nella direzione 5 3. Esempio: s = AGACGT -> inverto s = TGCAGA -> complemento s = ACGTCT 4. (complement) che indica un filamento complementare Entrez Search Field: Feature Key [FKEY]
47 Indica il Numero di identificazione della sequenza della proteina.
48 Indica il GenInfo Identifier della proteina.
49 Indica il la sequenza tradotta corrispondente alla CDS considerata.
50 Indica una regione di interesse identificata come gene. Entrez Search Field: Feature Key [FKEY]
Laboratorio di Metodologie e Tecnologie Genetiche ESERCITAZIONE DI BIOINFORMATICA
Laboratorio di Metodologie e Tecnologie Genetiche ESERCITAZIONE DI BIOINFORMATICA Bioinformatica - Scienza interdisciplinare coinvolgente la biologia, l informatica, la matematica e la statistica per l
DettagliBanche dati molti dati sulle proteine derivano dalle banche dati primarie
Banche dati Banche dati Si possono raggruppare in varie categorie in base al tipo di dato biologico che raccolgono e organizzano, ma ce ne sono alcune che sono da considerarsi fondamentali: - banche dati
DettagliCorso di Elementi di Bioinformatica
Corso di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica I dati e le banche dati in Bioinformatica Anno Accademico 2015-2016 Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Il DNA (oggetto biologico)
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2016/2017 I dati in Bioinformatica Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Il DNA (oggetto biologico)
DettagliLaboratorio di Bioinformatica I. Parte 1. Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015)
Laboratorio di Bioinformatica I Banche dati Parte 1 Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Introduzione a NCBI National Center for Biotechnology Information (NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI Databases
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2015/2016 Parsing di un file in formato EMBL (parte I) Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 Esercizio
DettagliLaboratorio di Bioinformatica I. Parte 2. Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015)
Laboratorio di Bioinformatica I Banche dati Parte 2 Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Google Scholar https://scholar.google.it/ E un motore di ricerca di Google, specializzato nella ricerca di articoli
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E3101Q116) AA 2016/2017 Formato GTF per annotare un gene Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 GTF (Gene Transfer
DettagliIl progetto Genoma Umano è iniziato nel E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA.
Il progetto Genoma Umano è iniziato nel 1990. E stato possibile perchè nel 1986 era stato sviluppato il sequenziamento automatizzato del DNA. Progetto internazionale finanziato da vari paesi, affidato
DettagliStrategie di annotazione di geni e genomi
Strategie di annotazione di geni e genomi Dr. Giovanni Emiliani giovanni.emiliani@unifi.it Bioinformatica A.A. 2011-1012 Concetti generali Le nuove tecnologie consentono l ottenimento di una grande mole
DettagliLA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI
CONCETTI DI BASE LA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI PROCESSI CHE COINVOLGONO GLI ACIDI
DettagliBasi di dati biologici
Basi di dati biologici Materiale da: The GenBank Sequence Database, A. D. Baxevanis. In Bioinformatics A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins Wiley-Liss 1998 Introduzione alla Bioinformatica
DettagliLe biotecnologie. Sadava et al. Biologia La scienza della vita Zanichelli editore 2010
Le biotecnologie 1 Cosa sono le biotecnologie? Le biotecnologie sono tutte quelle tecniche utilizzate (fin dall antichità) per produrre sostanze specifiche a partire da organismi viventi o da loro derivati.
DettagliInformatica e biotecnologie I parte
Informatica e biotecnologie I parte Banche dati biologiche Bioinformatica La Bioinformatica è una disciplina che affronta con metodiche proprie delle Scienze dell'informazione problemi propri della Biologia.
DettagliSperimenta il BioLab Attività di Bioinformatica Caccia al gene
Sperimenta il BioLab Attività di Bioinformatica Caccia al gene Università degli Studi di Milano Settore Didattico, via Celoria 20, Milano Laboratorio 105 INTRODUZIONE Questa attività pratica ha come scopo
DettagliCodice Genetico (segue) 04/11/2015. «Wobble base pairs» (appaiamento tentennante di basi) CODICE GENETICO
«Wobble base pairs» (appaiamento tentennante di basi) CODICE GENETICO http://www.atdbio.com/img/articles/rna wobble base pairs large.png CODICE GENETICO Codice mediante il quale la sequenza nucleotidica
DettagliGenomica, proteomica, genomica strutturale, banche dati.
Genomica, proteomica, genomica strutturale, banche dati. Alcune pietre miliari della biologia anno risultato 1866 Mendel scopre i geni 1944 il DNA è il materiale genetico 1951 prima sequenza di una proteina
DettagliTesina di Biologia Molecolare II
MELATO GIULIA 595033 Tesina di Biologia Molecolare II Mostra un albero filogenetico con la relazione tra Uomo, Topo e Ratto. Che banca dati è disponibile per quest'ultimo organismo? Descrivi alcune caratteristiche
DettagliGENOMA. Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine CONTENUTO FUNZIONE. Progetti genoma in centinaia di organismi
GENOMA EVOLUZIONE CONTENUTO FUNZIONE STRUTTURA Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine Progetti genoma in centinaia di organismi Importante la sintenia tra i genomi The
DettagliLezione 1. Le molecole di base che costituiscono la vita
Lezione 1 Le molecole di base che costituiscono la vita Le molecole dell ereditarietà 5 3 L informazione ereditaria di tutti gli organismi viventi, con l eccezione di alcuni virus, è a carico della molecola
DettagliLA SINTESI PROTEICA LE MOLECOLE CHE INTERVENGONO IN TALE PROCESSO SONO:
LA SINTESI PROTEICA La sintesi proteica è il processo che porta alla formazione delle proteine utilizzando le informazioni contenute nel DNA. Nelle sue linee fondamentali questo processo è identico in
DettagliUniversita` di Verona Laura Specialistica in Biotecnologie Agro-Industriali Corso di Bioinformatica A.A. 2005-2006
Universita` di Verona Laura Specialistica in Biotecnologie Agro-Industriali Corso di Bioinformatica A.A. 2005-2006 Docente: Dr. Nicola Vitulo Dipartimento di Biologia, CRIBI Viale G.Colombo3, 35131 Padova
DettagliEsistono Open Tools di Microsoft per migliorare le attività di ricerca scientifica
CL3 - Biotecnologie Esistono Open Tools di Microsoft per migliorare le attività di ricerca scientifica Le informazioni necessarie al progresso scientifico sono spesso difficili da trovare, sommerse nelle
DettagliIntroduzione alla Genomica
Laboratorio di Bioinformatica I Introduzione alla Genomica Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) Il Genoma umano Gene codificanti proteine Gene non codificanti proteine Geni codificanti proteine 3 Il
DettagliLa chimica della vita
La chimica della vita Ogni organismo vivente è una macchina sofisticata, risultato di un complesso insieme di reazioni chimiche. La costruzione e il funzionamento di questa macchina si devono all'esistenza
DettagliIL CODICE GENETICO E I CARATTERI EREDITARI
IL CODICE GENETICO E I CARATTERI EREDITARI Il DNA porta le informazioni genetiche scritte nella sequenza di basi. Qualunque sequenza è possibile. Il DNA virus più semplici: 5000 basi appaiate; 46 cromosomi
DettagliInformatica e Bioinformatica A. A
GQuery (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/) è il punto di partenza per eseguire query su tutti o parte dei database dell NCBI: si basa sul sistema di interrogazione ENTREZ Informatica e Bioinformatica
DettagliAllineamenti a coppie
Laboratorio di Bioinformatica I Allineamenti a coppie Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) ExPASy Bioinformatics Resource Portal (SIB) http://www.expasy.org/ Il sito http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/dotlet
DettagliIPOTESI UN GENE-UN ENZIMA
IPOTESI UN GENE-UN ENZIMA DNA: contiene tutte le informazioni per definire lo sviluppo e la fisiologia della cellula: ma come svolge questa funzione? Beadle e Tatum (1941): studiando mutanti della comune
DettagliTecnologia del DNA ricombinante
Tecnologia del DNA ricombinante Scoperte rivoluzionarie che hanno permesso lo studio del genoma e della funzione dei singoli geni Implicazioni enormi nel progresso della medicina: comprensione malattie
DettagliCorso di Fisiologia e genetica per l ambiente Genetica GENSTT 13 14_1 2
Corso di Fisiologia e genetica per l ambiente Genetica 2013 2014 Informazioni http://didattica.unipd.it/offerta/2013/av/if0321/2008 Informazioni http://didattica.unipd.it/offerta/2013/av/if0321/2008/000zz/1085204
DettagliSRS (Sequence Retrieval System) della EBI che mette a disposizione anche dello spazio sul server per memorizzare le richerche.
I due centri maggiori, EBI e NCBI hanno sviluppato sistemi dedicati di RETRIEVAL allo scopo di ottenere il massimo delle informazioni con il minimo sforzo da parte dell utente SRS (Sequence Retrieval System)
DettagliFORMAZIONE DEL LEGAME PEPTIDICO
AMINOACIDI FORMAZIONE DEL LEGAME PEPTIDICO SEQUENZA AMINOACIDICA DELL INSULINA STRUTTURA SECONDARIA DELLE PROTEINE STRUTTURA TERZIARIA DELLE PROTEINE STRUTTURA QUATERNARIA DELLE PROTEINE Definizione Processi
DettagliDOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA. Secondo il dogma centrale della biologia, il DNA dirige la. sintesi del RNA che a sua volta guida la sintesi delle
DOGMA CENTRALE DELLA BIOLOGIA Secondo il dogma centrale della biologia, il DNA dirige la sintesi del RNA che a sua volta guida la sintesi delle proteine. Tuttavia il flusso unidirezionale di informazioni
DettagliBIOINFORMATICA: Cosa è?
BIOINFORMATICA: Cosa è? THE DEFINITIONS OF BIOINFORMATICS Bioinformatics is an integration of mathematical, statistical and computer methods to analyse biological, biochemical and biophysical data (Georgia
DettagliRELAZIONE di BIOLOGIA MOLECOLARE
NOME: Marini Selena MATRICOLA: 592330 RELAZIONE di BIOLOGIA MOLECOLARE CHE ORGANISMO MODELLO È DICTYOSTELIUM? CHE RISORSE BIOINFORMATICHE AGEVOLANO I RICERCATORI CHE LO STUDIANO? Dictyostelium è un genere
DettagliAcidi nucleici basi puriniche basi pirimidiniche
basi puriniche basi pirimidiniche La sequenza dei nucleotidi in una catena di acido nucleico viene descritta partendo dall estremità 5 e identifica l ordine di successione delle basi utilizzando le abbreviazioni
DettagliUNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO. Bioinformatica. A.A semestre I. Allineamento veloce (euristiche)
Docente: Matteo Re UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO C.d.l. Informatica Bioinformatica A.A. 2013-2014 semestre I 3 Allineamento veloce (euristiche) Banche dati primarie e secondarie Esistono due categorie
DettagliCome facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo
Come facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo GENOMA di alcuni organismi viventi raffigurato come libri
DettagliUna proteina nella rete: Introduzione alla bioinformatica
Una proteina nella rete: Introduzione alla bioinformatica L era genomica ha assistito ad una crescita esponenziale delle informazioni biologiche rese disponibili dai progressi nel campo della biologia
DettagliEsercizio: Ricerca di sequenze in banche dati e allineamento multiplo (adattato da una lezione del Prof. Paiardini)
Esercizio: Ricerca di sequenze in banche dati e allineamento multiplo (adattato da una lezione del Prof. Paiardini) Collegatevi al sito www.ncbi.nlm.nih.gov/blast. Apparirà una pagina nella quale le versioni
DettagliCorso di Laurea in Chimica e Tecnologie Farmaceu6che a.a Università di Catania. La stru(ura del gene. Stefano Forte
Corso di Laurea in Chimica e Tecnologie Farmaceu6che a.a. 2014-2015 Università di Catania La stru(ura del gene Stefano Forte I Geni Il gene è l'unità ereditaria e funzionale degli organismi viventi. La
DettagliRelazione DNA. Giulia Carbonara classe 3 A
Giulia Carbonara classe 3 A Relazione DNA Il DNA (la sigla dell'acido desossiribonucleico ) è una macromolecola biologica sede delle informazioni genetiche e dell'unicità di un organismo che appartiene
DettagliInfoBioLab I ENTREZ. ES 1: Ricerca di sequenze di aminoacidi in banche dati biologiche
InfoBioLab I ES 1: Ricerca di sequenze di aminoacidi in banche dati biologiche Esercizio 1 - obiettivi: Ricerca di 2 proteine in ENTREZ Salva i flat file che descrivono le 2 proteine in formato testo Importa
DettagliRelazioni evolutive tra i viventi. Le distanze tra le ramificazioni sono proporzionali alla entità della differenza
Relazioni evolutive tra i viventi. Le distanze tra le ramificazioni sono proporzionali alla entità della differenza LUCA: Last Universal Common Ancestor 1 µm ARCHAEA La morfologia e le dimensioni degli
DettagliNel codice genetico, una tripletta di nucleotidi codifica per un aminoacido
Il codice genetico: Come triplette dei quattro nucleotidi specificano 20 aminoacidi, rendendo possibile la traduzione dell informazione da catena nucleotidica a sequenza di aminoacidi. Come le mutazioni
DettagliLa mappatura dei geni umani. SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione
La mappatura dei geni umani SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione Un grande impulso alla costruzione di mappe genetiche è stato dato da le tecniche della
DettagliRicevimento Studenti: Lunedì previa prenotazione. Cenci lab
Cenci lab Giovanni Cenci Dip.to Biologia e Biotecnologie C. Darwin Sezione Genetica Piano 2 -Citofono 3/4 0649912-655 (office) 0649912-843 (lab) giovanni.cenci@uniroma1.it Ricevimento Studenti: Lunedì
Dettaglihttp://biocloud.unica.it biocloud@unica.it Emanuele Pascariello emanuele.pascariello@gmail.com
Giornate sugli sbocchi professionali Del corso di Laurea in Biotecnologie Industriali (BIOTIN) Oristano 23/24 Aprile 2013 URL email http://biocloud.unica.it biocloud@unica.it Emanuele Pascariello emanuele.pascariello@gmail.com
DettagliAttività didattica. Banche dati biologiche
Attività didattica Banche dati biologiche TEMPI: durata totale dell attività 3 ore di lezione + 1 ora di attività a casa (1 ora di lezione nell'ambito del corso laboratorio didattico di biologia e scienze
DettagliHI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale
HI-TECH IN SANITA'. MINI-INVASIVITA' 2.0: nuove tecnologie al servizio dell'appropriatezza e della bioetica professionale Analisi dell esoma e la medicina predittiva Domenico Coviello Direttore Medico
DettagliImportanza della genetica dei microrganismi
Importanza della genetica dei microrganismi 1.I microrganismi rappresentano un mezzo essenziale per comprendere la genetica di tutti gli organismi. 2.Vengono usati per isolare e duplicare specifici geni
DettagliBotanica (CFU 5+1) Martedì 11:00-13:00 Venerdì. scienza della diversità I turno 14:00-16:00 2 turno 16:00-18:00. aa
Botanica (CFU 5+1) Botanica o Biologia vegetale: Lezioni Morfologia vegetale Anatomia vegetale * Citologia vegetale * Martedì 11:00-13:00 Venerdì Fisiologia vegetale * Genetica dei vegetali Biologia molecolare
DettagliSequenze nucleotidiche del DNA definite loci costituiscono i geni. Ogni gene codifica per una specifica proteina
sintesi proteica La sintesi proteica è il processo che porta alla formazione delle proteine da sequenze del DN definite geni. Si tratta di un processo a più fasi Nelle sue linee fondamentali questo processo
DettagliBiologia Molecolare. CDLM in CTF La riparazione del DNA
Biologia Molecolare CDLM in CTF 2010-2011 La riparazione del DNA I tipi di mutazione e le conseguenze Le classi di danno al DNA Meccanismi di riparazione La necessità di codificare l informazione L informazione
DettagliBanche Dati Secondarie. geni trascritti proteine profili strutture
Banche Dati Secondarie geni trascritti proteine profili strutture definizione Banca dati il cui contenuto deriva da una banca dati primaria DB sec DB primario informazione PROSITE SWISS Prot patterns Profiles
DettagliCaratteristiche dei linguaggi per Database
IL LINGUAGGIO Caratteristiche dei linguaggi per Database I linguaggi per basi di dati relazionali possiedono i comandi per: definizione del data base; manipolazione dei dati; associazione tra tabelle diverse;
DettagliLezioni di biotecnologie
Lezioni di biotecnologie Lezione 1 Il clonaggio 2 Cosa sono le biotecnologie? Le biotecnologie sono tutte quelle tecniche utilizzate (fin dall antichità) per produrre sostanze specifiche a partire da organismi
DettagliCorso di Genetica -Lezione 12- Cenci
Corso di Genetica -Lezione 12- Cenci Il codice genetico: Come triplette dei quattro nucleotidi specificano 20 aminoacidi, rendendo possibile la traduzione dell informazione da catena nucleotidica a sequenza
DettagliTRE PAROLE CHIAVE DELLA GENETICA
TRE PAROLE CHIAVE DELLA GENETICA Questo documento è pubblicato sotto licenza Creative Commons Attribuzione Non commerciale Condividi allo stesso modo http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/deed.it
DettagliLICEO SCIENTIFICO STATALE GALILEO GALILEI Siena
LICEO SCIENTIFICO STATALE GALILEO GALILEI Siena Docente: Francesco Parigi Classe: 2 D Materia: Scienze naturali Origine e storia della biologia. Il metodo scientifico. Caratteristiche degli esseri viventi.
DettagliLezione 1 secondo semestre mercoledi 3 Marzo
Lezione 1 secondo semestre mercoledi 3 Marzo Prof: Marco Tripodi tripodii@bce.uniroma1.it BIOLOGIA e GENETICA a.a.2012-13 Sezione di Genetica Molecolare La cosa più importante di tutto il corso Capire,
DettagliSINTESI DELLE PROTEINE
SINTESI DELLE PROTEINE IN UN GIORNO DI UN INDIVIDUO ADULTO NORMALE: -100 grammi vengono introdotti con la dieta -400 grammi vengono degradati -400 grammi vengono sintetizzati -100 grammi vengono consumati
DettagliProgetto :TRIFOGLIO UNIVERSITA CATTOLICA DEL SACRO CUORE Piacenza. O.G.M. Vegetali
Progetto :TRIFOGLIO UNIVERSITA CATTOLICA DEL SACRO CUORE Piacenza O.G.M. Vegetali Identificazione di un O.G.M. e metodi di analisi del DNA transgenico Marco Nani 5BL Liceo Scientifico Mattei di Fiorenzuola
DettagliCorso di formazione residenziale LA PREVENZIONE DELL OBESITÀ NELLA REGIONE DEL VENETO
Corso di formazione residenziale LA PREVENZIONE DELL OBESITÀ NELLA REGIONE DEL VENETO CONSULTAZIONE BANCHE DATI AI FINI DELLA PREVENZIONE DELL OBESITA NEI BAMBINI E NEGLI ADOLESCENTI Claudia Dellisanti
Dettagli2. Negli Anfibi la circolazione e doppia ma incompleta. Il cuore di una rana ha pertanto:
Test n. 3 Dalle olimpiadi delle Scienze Naturali 2004 1. L uomo, come tutti i vertebrati, possiede un sistema circolatorio chiuso. Nei mammiferi la circolazione è doppia e completa, poiché il sangue ossigenato
DettagliCodice genetico CODICE GENETICO [1]
Codice genetico CODICE GENETICO [1] Codice mediante il quale la sequenza nucleotidica di una molecola di DNA, tramite un mrna, specifica la sequenza amminoacidica di un polipeptide. Consiste di codoni
DettagliLA TECNOLOGIA DEL DNA RICOMBINANTE RICHIEDE L USO DI ENZIMI SPECIFICI
LA TECNOLOGIA DEL DNA RICOMBINANTE RICHIEDE L USO DI ENZIMI SPECIFICI La tecnologia del DNA ricombinante è molto complessa dal punto di vista operativo, ma dal punto di vista concettuale si basa su criteri
DettagliLezione 3. Genoma umano come esempio di genoma eucariote
Lezione 3 Genoma umano come esempio di genoma eucariote 3.2 x 10 9 bp Genoma umano 22 autosomi + xx (femmina) o xy (maschio) Primo draft di sequenza: 2001 Genotipo: sequenza di DNA, sia nucleare che mitocondriale.
DettagliEsercitazioni Informatiche e Telematiche
Esercitazioni Informatiche e Telematiche Scuola di Farmacia e Nutraceutica Università Magna Graecia di Catanzaro I Anno, I Semestre, A.A. 2015/2016 Ing. Alessia Sarica 2 Informazioni Docente Ing. Alessia
DettagliIl DNA, acido desossiribonucleico, è la molecola che
Il DNA, acido desossiribonucleico, è la molecola che contiene le informazioni necessarie per il funzionamento di ogni essere vivente: le informazioni genetiche, che ciascuno di noi eredita dai propri genitori.
DettagliLaboratorio di Informatica
Laboratorio di Informatica Corso di Laurea Interfacoltà in Biotecnologie Lezione 4: Ricerca di (Internet e altre Risorse) Lucido 1 Introduzione Informatica e biotecnologie. Strumenti per la: raccolta e
DettagliRapporto tecnico dataset genomica
Rapporto tecnico dataset genomica Indice 1 Introduzione 2 2 Struttura del dataset 2 2.1 GOgraphs............................... 3 2.2 Annotations.............................. 3 2.3 Proles................................
DettagliSpettrometria di Massa applicata alla PROTEOMICA
Spettrometria di Massa applicata alla PROTEOMICA 1. MALDI-TOF: Determinazione di mappe peptidiche mediante digestione in gel di spot separati su E-2D E da estratti proteici totali Identificazione rapida
DettagliVai al sito: Incolla nel box vuoto la sequenza nucleotidica
Identificare il gene a cui appartiene la sequenza (sonda) e la sua posizione sul cromosoma. Per raggiungere l obiettivo della prima parte dell attività devi usare il software BLAT (BLAST- Like Alignment
Dettaglie-science Bioinformatics
Luciano Milanesi Luciano Milanesi Institute of Biomedical Technology CNR ABSTRACT. The Bioinformatics community was an early adopter of the Internet and contributed to the e-science development by publishing
DettagliMarcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica
Marcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica (RFLP e PCR-derivati, inclusi SSR e SNP) DNA fingerprinting DNA genotyping DNA haplotyping cp/mtdna barcoding MG/QTL mapping MAS breeding
DettagliGUIDA APPLICATIVA. Denuncia Nuovo Lavoro Temporaneo INTERMEDIARIO VERSIONE 2.0
GUIDA APPLICATIVA Denuncia Nuovo Lavoro Temporaneo INTERMEDIARIO VERSIONE 2.0 INDICE DEL DOCUMENTO 1. Denuncia Nuovo Lavoro Temporaneo... 3 2. Richieste effettuate... 3 2.2. Dettaglio stato di lavorazione
DettagliRicerche con BLAST (Laboratorio)
Laboratorio di Bioinformatica I Ricerche con BLAST (Laboratorio) Dott. Sergio Marin Vargas (2014 / 2015) NCBI BLAST BLAST: Basic Local Alignment Search Tool http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi NCBI
DettagliLaboratorio di Informatica
Corso di laurea in Scienze Biologiche A.A. 2012/13 Laboratorio di Informatica Gruppi 1 e 4 Modulo 1 - browsing RICERCA IN INTERNET Liberamente rielaborato a partire da Lanzarotti Quali strumenti per quali
DettagliCROMOSOMI SESSUALI e ALLELI
CROMOSOMI SESSUALI e ALLELI Nelle due immagini che seguono possiamo osservare una fotografia dei 46 cromosomi di una cellula somatica umana (a sinistra) e gli stessi cromosomi sistemati, grazie ad un programma
DettagliBiotecnologie. Screening delle genoteche con le sonde geniche
Biotecnologie Screening delle genoteche con le sonde geniche Giancarlo Dessì http://www.giand.it Licenza Creative Commons BY-NC-SA (BY: attribuzione, NC: uso non commerciale, SA: condividi allo stesso
DettagliBasi Teoriche e Applicazioni delle Nuove Tecnologie Genomiche
Corsi di laurea magistrale in: Biotecnologie agrarie e ambientali (LM-7) Biologia cellulare e molecolare (LM-6) Sicurezza e qualitàagroalimentare (LM-69 & LM-70) insegnamento di Basi Teoriche e Applicazioni
DettagliIl dogma centrale della biologia. molecolare
Il dogma centrale della biologia Cell molecolare Transcription Translation Ribosome DNA mrna Polypeptide (protein) L informazione per la sintesi delle proteine è contenuta nel DNA. La trascrizione e la
DettagliLaboratorio di Elementi di Bioinformatica
Laboratorio di Elementi di Bioinformatica Laurea Triennale in Informatica (codice: E30Q6) AA 205/206 Esempio di workflow Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi Scopo del workflow Scopo: dato un insieme
DettagliRelazione sequenza-struttura e funzione
Biotecnologie applicate alla progettazione e sviluppo di molecole biologicamente attive A.A. 2010-2011 Modulo di Biologia Strutturale Relazione sequenza-struttura e funzione Marco Nardini Dipartimento
DettagliIl DNA e la cellula. Versione 2.3. Versione italiana. ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences
Il DNA e la cellula Anastasios Koutsos Alexandra Manaia Julia Willingale-Theune Versione 2.3 Versione italiana ELLS European Learning Laboratory for the Life Sciences Anastasios Koutsos, Alexandra Manaia
DettagliAllineamento dei 2 RNA
La traduzione 2 codone Allineamento dei 2 RNA anticodone Studi Molecolari hanno dimostrato che: 3 residui nucleotidici del mrna sono necessari per codificare ciascun amminoacido Il linguaggio contenuto
DettagliNei batteri non è presente una membrana nucleare
La cellula procariota (Bacteria e Archaea) Morfologia generale Composizione chimica Le strutture cellulari e le loro funzioni parte 1 L involucro Appendici esterne: Le strutture cellulari e le loro funzioni
DettagliDefinizione Composti quaternari: C H O N S P Fe Mg I
PROTIDI Definizione Composti quaternari: C H O N S P Fe Mg I ORIGINE cellulare ogni cellula sintetizza le sue prote CARATTERISTICHE insolubili in acqua sensibili a variazioni di ph coagulano in presenza
DettagliIL GENOMA DELLA CELLULA VEGETALE
IL GENOMA DELLA CELLULA VEGETALE I GENOMI DELLE CELLULE VEGETALI Genoma nucleare Geni per il funzionamento globale della cellula vegetale Condivisi o specifici per la cellula vegetale Genoma plastidiale
DettagliCorso di Bioinformatica. Docente: Dr. Antinisca DI MARCO
Corso di Bioinformatica Docente: Dr. Antinisca DI MARCO Email: antinisca.dimarco@univaq.it Analisi Filogenetica Gene Ancestrale duplicazione genica La filogenesi è lo studio delle relazioni evolutive tra
Dettagli10/30/16. non modificato CAP al 5 e poly-a al 3. RNA messaggero: soggetto a splicing
procarioti eucarioti poli-cistronico mono-cistronico non modificato CAP al 5 e poly-a al 3 RNA messaggero: procarioti eucarioti policistronico monocistronico non modificato CAP al 5 e poly-a al 3 continuo
DettagliEspressione ed utilizzo della informazione genetica II Trascrizione e Traduzione
Espressione ed utilizzo della informazione genetica II Trascrizione e Traduzione CdL Tecnici di Lab Biomedico AA. 2011-12 - Prof.ssa Frabetti Come si esprime l informazione? Per i geni classici vedremo:
DettagliGenomi vegetali Da 7x10 7 bp per genoma aploide (130Mbp diploide, 5 cromosomi) di Arabidopsis thaliana alle 1,5x10 11 bp ( Mbp=150Gbp) di una
Genomi vegetali Da 7x10 7 bp per genoma aploide (130Mbp diploide, 5 cromosomi) di Arabidopsis thaliana alle 1,5x10 11 bp (150.000Mbp=150Gbp) di una Liliacea. Tra le graminacee il frumento ha un genoma
DettagliDNA DNA DNA Legge di complementarietà delle basi Se in un filamento è presente una T nell altro filamento deve essere presente una A. Se è presente una C nell altro ci dovrà essere una G. E possibile
DettagliCONOSCENZE / COMPETENZE STRUMENTI E METODI LABORATORIO COLLEGAMENTI VERIFICHE ORE
PROGRAMMAZIONE DIDATTICA DEL CORSO DI BIOLOGIA,MICROBIOLOGIA E TECNOLOGIE DI CONTROLLO SANITARIO CLASSE 5 D ANNO SCOLASTICO 2015-2016 Proff ELENA ZACCHIA, RAFFAELE FIORINI MODULI MODULO 1 Modulo di raccordo
DettagliCome presentare una domanda di partecipazione a concorso
Come presentare una domanda di partecipazione a concorso La pagina iniziale a cui accedere a tutti i concorsi attivi sul nuovo portale concorsi dell Università degli Studi di Firenze è https://sol.unifi.it/pao/.
DettagliCorso di Genetica -Lezione 8- Cenci
Corso di Genetica -Lezione 8- Cenci Mappatura mediante ricombinazione corpo nero; fenotipo dominante N(ero)/N(ero) Su quale cromosoma? Y; N/N X w/w; Cy/Sco; Sb/Ser Tutti maschi occhio bianco sono normali
DettagliDavid Sadava, H. Craig Heller, Gordon H. Orians, William K. Purves, David M. Hillis. Biologia La scienza della vita
1 David Sadava, H. Craig Heller, Gordon H. Orians, William K. Purves, David M. Hillis Biologia La scienza della vita 2 B - L ereditarietà e l evoluzione La regolazione genica negli eucarioti 3 I genomi
Dettagli