Controllo Esterno di Qualita in Genetica Molecolare XI turno Sindrome X-Fragile (gene FMR1) schema completo e pre-screening

Transcript

1 Controllo Esterno di Qualita in Genetica Molecolare XI turno Sindrome X-Fragile (gene FMR1) schema completo e pre-screening Il Controllo Esterno di Qualità (CEQ) in Genetica Molecolare schema Sindrome dell X-Fragile (gene FMR1) del 2015 (XI turno) si e basato sull analisi di quattro campioni di DNA (tab. 1): Dati Anagrafici Dati Clinici Genotipo Fientran Rita nata a Treviso il 12/05/1985. Iecersei Dario nato a Maratea il 05/06/1990 Ionitone Lia nata a Rieti il 22/10/1996 Licionsi Mario Nato a Savona il 20/05/2002 Soggetto di sesso femminile, con familiarità per X-fragile, in gravidanza all 8 settimana. Soggetto di sesso maschile, in apparente buona salute, riporta un nipote, figlio della sorella, affetto da Sindrome dell X-fragile Soggetto di sesso femminile, in apparente buona salute, e un fratello affetto da Sindrome di X- fragile, chiede caratterizzazione molecolare preconcezionale. Bambino di 13 anni con lieve deficit intellettivo. femmina 27/30 rip maschio 56 rip femmina 20/94,86,98rip maschio 101rip Tab1: Campioni inviati per il CEQ 2015 schemi X-fragile. I dati anagrafici riferiti ai campioni (nome, cognome, luogo e data di nascita) sono d invenzione. I dati clinici forniti sono stati elaborati, in collaborazione con il gruppo di valutazione, sulla base dei genotipi proposti ai laboratori e riportati nella colonna Genotipo. VALUTAZIONE Per l XI turno di CEQ sono stati attivati due schemi separati: uno schema completo e uno schema prescreening. Lo schema completo è stato proposto a quei laboratori che effettuano la diagnosi completa con metodiche che permettono di rilevare l intero intervallo di espansioni e di valutare lo stato di metilazione del promotore di FMR1. Lo schema pre-screening è stato proposto a quei laboratori che non effettuano la diagnosi completa, ma solamente il pre-screening, utilizzando tecniche PCR in grado di identificare espansioni fino a circa 100 CGG. L Istituto Superiore di Sanità ha inviato 84 campioni a 21 laboratori (14 per lo schema completo e 7 per lo schema pre-screening); hanno inviato i risultati delle analisi 20 laboratori (14 laboratori dello schema completo e 6 del pre-screening). 1/5

2 I dati grezzi e i referti sono stati inviati all ISS attraverso il sistema informatizzato e valutati dai seguenti esperti: Dr.ssa Marina Grasso E.O. Ospedali Galliera, S.C. Laboratorio di Genetica Umana, Genova Dr.ssa Anna Ravani U.O. di Genetica Medica, Azienda Ospedaliera Universitaria S. Anna, Ferrara Dr.ssa Silvia Russo Dr.ssa Maria Antonietta Melis Laboratorio di Genetica Molecolare, Istituto Auxologico Italiano, Cusano Milanino Università di Cagliari, Cagliari La valutazione e stata eseguita seguendo i criteri generali di valutazione pubblicati sul sito del CNMR area test genetici ai seguenti indirizzi: Tali criteri sono stati pubblicati contestualmente all apertura della registrazione dei laboratori all XI turno di CEQ. Sono stati assegnati 5 punti per la genotipizzazione, 5 punti per l interpretazione e 4 punti per il referto prendendo in considerazione la struttura e le voci riportate nei criteri sopracitati. La performance di un laboratorio è stata ritenuta insufficiente quando, anche per un solo campione, si è verificata almeno una delle seguenti situazioni Errore di Genotipizzazione: 1. Genotipo errato 2. Mancato raggiungimento dell efficienza diagnostica richiesta per lo schema completo (identificazione mutazioni complete e mosaici di dimensione e metilazione) 3. Mancato raggiungimento dell efficienza diagnostica richiesta per lo schema pre-screening (almeno fino a 100 CGG) 4. Dati grezzi di scarsa qualità (non interpretabili) Errori di interpretazione 1. Interpretazione errata del dato grezzo corretto 2. Assenza di interpretazione rispetto all indicazione clinica al test genetico richiesto 3. Assenza di rimando ad approfondimenti per esclusione di mosaici o mutazioni complete, se necessario (schema pre-screening). 2/5

3 La performance di un laboratorio è stata ritenuta insufficiente anche quando, pur non verificandosi nessuna delle situazioni su menzionate, la qualità generale delle informazioni contenute nel referto è stata valutata tale per cui non si raggiunge nella valutazione dei parametri di genotipizzazione e interpretazione un punteggio soglia di almeno di 5/10 RISULTATI Nell XI turno di CEQ 16/20 laboratori hanno avuto un giudizio di performance sufficiente (fig.1). E stata assegnata la valutazione di performance insufficiente ad un laboratorio nello schema completo e tre laboratori nello schema pre-screening per i seguenti motivi: 2 laboratori per il mancato raggiungimento della soglia (1 nello schema completo e 1 nello schema pre-screening); 1 laboratorio per errata interpretazione del caso 4; 1 laboratorio per genotipo errato nei campioni 3 e 4. Fig.1 Risultati dei laboratori partecipanti agli schemi di X-fragile (pre-screening e schema completo) espressi secondo il punteggio medio ottenuto nella valutazione di genotipizzazione, interpretazione e refertazione. Sulle ordinate è indicato il numero di laboratori, in ascisse le categorie dei punteggi ottenuti. In rosso i laboratori con giudizio di performance insufficiente. In blu i laboratori con performance sufficiente per lo schema completo; la trama tratteggiata indica i laboratori dello schema pre-screening. 3/5

4 Genotipizzazione Dodici dei sedici laboratori, che hanno ottenuto un giudizio di performance sufficiente, hanno ricevuto una valutazione superiore a 4/5 (9 per lo schema completo e 3 per il pre-screening). Un solo laboratorio ha commesso errori di genotipizzazione in quanto non ha identificato gli alleli premutati nonostante la tecnica utilizzata lo permettesse. Carenze nella descrizione del genotipo Alcuni laboratori non hanno riportato i limiti di accuratezza del risultato Si sottolinea che i limiti di accuratezza vanno indicati considerando un massimo di errore del 5% rispetto all espansione rilevata (Biancalana V. 2014). Interpretazione Quattordici dei sedici laboratori con un giudizio di performance sufficiente hanno ottenuto un punteggio superiore a 4/5 (12 per lo schema completo e 2 per il pre-screening). Considerazioni più frequenti relative all interpretazione nei singoli casi: Caso 1 Fientran Rita Assenza di una chiara indicazione di esito negativo dell esame Caso 2 Iecersei Dario Assenza di una chiara indicazione dello stato di portatore sano Assenza di indicazione di estendere l analisi alla madre del soggetto, ai fratelli, sorelle e consanguinei in linea materna. Si sottolinea che, trattandosi di malattia X Linked, è opportuno in questo caso specificare l estensione di analisi ai consanguinei della linea materna E importante che nell indicare la consulenza genetica se ne sottolineino i motivi: rischio di trasmissione, rischio riproduttivo e implicazioni per familiari. Per quanto riguarda il rischio riproduttivo, in questo caso, sebbene non ci sia un rischio di X-fragile nella prole, si ha la certezza di avere figlie femmine portatrici Caso 3 Ionitone Lia Assenza di una chiara indicazione dello stato di portatore sano Assenza di indicazione di estendere l analisi alla madre (poichè la paziente ha un fratello affetto da sindrome X Fragile si può escludere la trasmissione attraverso il padre) e consanguinei in linea materna E importante che nell indicare la consulenza genetica se ne sottolineino i motivi: rischio di trasmissione, rischio riproduttivo e implicazioni per familiari. Non e indicato l aumento di rischio di menopausa precoce (FX-POI) a causa della presenza della premutazione Caso 4 Licionsi Mario Assenza di indicazione di altri esami per valutare un eventuale mosaicismo somatico e/o altre indagini per approfondire le cause del deficit intellettivo Assenza di una chiara indicazione che la premutazione non metilata non è associata al deficit intellettivo Assenza di indicazione di estendere l analisi alla madre e consanguinei in linea materna 4/5

5 Assenza del rischio riproduttivo della madre E importante che nell indicare la consulenza genetica sottolineare la necessità di fare indagini ai consanguinei in linea materna per evidenziare il rischio riproduttivo Refertazione Quattordici di sedici laboratori che hanno ottenuto un giudizio di performance sufficiente hanno presentato un referto con un punteggio medio superiore a 3,5/4 (12 per lo schema completo e 2 per il pre-screening). Osservazione generali: Nel titolo del referto è opportuno citare lo studio delle patologie associate a premutazione oltre alla Sindrome X-fragile Per la tracciabilità del campione è necessario indicare che il DNA, ricevuto per il CEQ, è stato estratto in altra sede N.B. Nell elencare le categorie alleliche e opportuno inserire anche i limiti di accuratezza Bibliografia di riferimento Biancalana V et al. EMQN best practice guidelines for the molecular genetic testing and reporting of fragile X syndrome and other fragile X-associated disorders. European Journal of Human Genetics (2014), /5