Centro Nazionale Malattie Rare

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1 Il Controllo Esterno di Qualità dei Test Genetici nel 2013 Domenica Taruscio G. Floridia, F. Censi, F. Tosto, M. Salvatore 7 Marzo 2014 Aula G.B. Rossi Istituto Superiore di Sanità Roma Il Controllo Esterno di Qualità dei Test Genetici finanziato come progetto di ricerca: partecipazione gratuita e riservata ai laboratori Pubblici G.U. N /08/2009 la partecipazione rimane volontaria Aperto a tutti i laboratori pubblici e privati italiani. E previsto un costo per la partecipazione 4 schemi di genetica molecolare: Fibrosi Cistica, Beta Talassemia, Sindrome X-fragile, Poliposi Adenomatosa del colon 3 schemi di citogenetica: Citogenetica Costituzionale (prenatale e postnatale) Citogenetica Oncologica Il CEQ-ISS ha principalmente un ruolo educativo e lo scopo è migliorare la qualità dei test genetici utilizzati nella pratica clinica 1

2 EQA web-utility Dal VI turno (2009) il CEQ si avvale di una piattaforma informatica per facilitare la condivisione dei dati e delle informazioni Rappresenta un importante mezzo di comunicazione e scambio di informazioni tra i laboratori, l ISS e i valutatori, oltre a funzionare da archivio dei dati per l ISS e per i laboratori stessi. ISS Assessors Laboratories Organizzazione degli schemi Genetica Molecolare: schemi prospettici Citogenetica: schemi retrospettivi giorni La valutazione dei dati, eseguita da esperti nazionali, ha lo scopo di verificare l intero processo analitico Dal CEQ 2013 (IX turno) ai laboratori è assegnato il giudizio di performance sufficiente/insufficiente. La performance insufficiente è assegnata al laboratorio per errori critici anche in un solo campione/caso 2

3 IX turno di CEQ in NUMERI «Iscrizione a pagamento» Partecipanti al CEQ Schema laboratori Fibrosi Cistica 54 Beta Talassemia 16 APC 5 X-fra completo 12 X-fra Pre-screening 3 Cito Prenatale 53 Cito Postnatale 68 Cito Oncologica 26 Inviati 372 campioni Aumento dei laboratori partecipanti nelle regioni del sud Sono state elaborate 236 schede per l invio dei risultati IX turno 10 laboratori nuovi: 8 schema Fibrosi Cistica 8 schemi Citogenetica (5 pre, 8 post) 1 Beta Talassemia Anni di partecipazione al CEQ dei laboratori lab 9 turni 10 lab 1 turno Quasi il 50% dei laboratori partecipa da non più di 3 anni 9 lab 8 turni 28 lab 2 turni 14 lab 4-7 turni Numero di turni di partecipazione 23 lab 3 turni 3

4 Genetica Molecolare Schemi di genetica molecolare 69 laboratori partecipanti distribuiti sul territorio nazionale 38 Distribuzione per schema/schemi Il 78% dei laboratori partecipa allo schema di Fibrosi Cistica 4

5 Criteri di valutazione - 1 Analisi del genotipo (max 5) Qualità del dato grezzo Nomenclatura HGVS Metodo di analisi Mutazioni/regioni del gene analizzate Informazioni circa la validità del test Interpretazione: (max 5) Significato patogenetico delle mutazioni rilevate (Chiaro riferimento dello stato di affetto o portatore sano) Informazioni circa il rischio riproduttivo del portatore sano e dell affetto Rimando ad ulteriori analisi, se analisi non conclusiva Rimando alla consulenza genetica Referto: (max 4) Formato e contenuto Criteri di valutazione - 2 La performance insufficiente è assegnata quando si è verificato almeno uno dei seguenti errori ritenuti critici: 1.Errori nel genotipo Errore nel rilevamento della mutazione Mutazione non rilevata Dati grezzi scarsi non valutabili 2.Interpretazione del genotipo Interpretazione non corretta, non adeguata o assente Errori nel calcolo del rischio 3. Mancato raggiungimento della soglia: performance insufficiente se non si raggiunge un punteggio complessivo tra interpretazione e genotipizzazione di almeno 5/10 5

6 Fibrosi Cistica N. di laboratori partecipanti: 54/55 Inviati 220 campioni 7 laboratori hanno avuto giudizio di performance insufficiente 5 interpretazione errata o assente 1 genotipo errato 1 non raggiungimento della soglia IX Turno (2013) Performance dei 54 laboratori partecipanti Turno (2012) Performance dei 55 laboratori partecipanti Punteggi > 6/13 Punteggi > 9/14 Beta Talassemia N. di laboratori partecipanti: 16 Inviati 64 campioni 2 laboratori hanno avuto giudizio di performance insufficiente 2 per problemi nella genotipizzazione Turno (2012) Performance dei 22 laboratori partecipanti Turno (2013) Performance dei 16 laboratori partecipanti Punteggi > 9/13 Punteggi > 11/14 6

7 Sindrome X-fragile Attivati due schemi distinti: analisi completa e pre-screening N. di laboratori partecipanti allo schema completo: 12/12 N. di laboratori partecipanti allo schema pre-screening: 3/5 Inviati 68 campioni 1 laboratorio ha avuto giudizio di performance insufficiente per problemi nella genotipizzazione Schema pre-screening suff. Schema Completo - suff Performance insufficiente Poliposi adenomatosa del colon gene APC N. di laboratori partecipanti: 5 Inviati 20 campioni Tutti con performance soddisfacente Tutti i laboratori dello schema APC partecipano da almeno 3 anni al CEQ Turno (2012) Performance dei 5 laboratori partecipanti Turno (2013) Performance dei 5 laboratori partecipanti 4/5 laboratori hanno ottenuto punteggio pieno 7

8 Citogenetica Schemi di citogenetica 77 laboratori partecipanti distribuiti sul territorio nazionale Distribuzione per schema/i dei 77 laboratori partecipanti al CEQ in citogenetica N laboratori pre-post pre-postonco post onco post-onco pre L 88% dei laboratori partecipa allo schema di Citogenetica Postnatale 8

9 Criteri di valutazione CEQ citogenetica- Valutazione 2013 IMMAGINI Citogenetica costituzionale Citogenetica oncologica Qualità del bandeggio max score 3 Only comment DIAGNOSI CITOGENETICA Analisi/ricostruzione dei cariotipi max score 4 max score 4 Completezza/appropriatezza dell analisi Descrizione scritta dell analisi (nomenclatura ISCN e descrizione) max score 2 max score 2 max score 3 max score 2 Interpretazione max score 3 max score 3 Completezza/adeguatezza referto max score 1 max score 1 Tempi di refertazione max score 0,5 max score 0,5 I criteri di valutazione sono disponibili sul sito del CNMR all indirizzo: Citogenetica oncologica Performance insufficiente Performance insufficiente quando-in uno e entrambi i casi- si verifica una delle seguenti situazioni: Qualità del bandeggio inadeguata Analisi non corretta Analisi non appropriata Errori gravi nella nomenclatura ISCN descrizione del risultato assente, errata, non valutabile Interpretazione non corretta o assente Il referto contiene informazioni incongruenti e/o manca di informazioni essenziali Il punteggio in uno o entrambi i casi è <6 Citogenetica costituzionale Performance insufficiente quando-in uno e entrambi i casi- si verifica una delle seguenti situazioni: Qualità del bandeggio inadeguata Analisi non corretta Due o più errori di ricostruzione nei cariotipi Errori gravi nella nomenclatura ISCN descrizione del risultato assente, errata, non valutabile Interpretazione non corretta o assente Il referto contiene informazioni incongruenti e/o manca di informazioni essenziali 9

10 Citogenetica Postnatale N. di Participanti: 68 Performance insufficiente assegnata a 7 laboratori: 2 laboratori: formula ISCN errata in un referto 1 laboratorio: descrizione formula errata 1 laboratorio: descrizione formula assente 2 laboratori: errori di ricostruzione del cariotipo in un caso 1 laboratorio: qualità del bandeggio insufficiente Performance dei laboratori partecipanti al CEQ in citogenetica postnatale 2013 numero dei laboratoti performance insufficiente punteggio medio Citogenetica Prenatale Partecipanti: 53 performance insufficiente assegnata a 7 laboratori: 2 lab: in un caso analisi errata-formula incongruente con immagini inviate 3 lab: errori di ricostruzione 1 lab: errore grave nella formula FISH in un caso Performance dei laboratori partecipanti al CEQ in citogenetica prenatale 2013 numero dei laboratori performance insufficiente punteggio medio 10

11 Citogenetica oncologica N. of Partecipanti: 26 performance insufficiente assegnata a 5 laboratori: 3 laboratori: analisi non appropriata in un caso 2 laboratori: descrizione del risultato non corretta in un caso Performance dei laboratori partecipartecipanti al CEQ in citogenetica oncologica 2013 numero di laboratori performance insufficiente 8,5-9,5 9,8-10, , ,3 punteggio medio Rispetto lo scorso anno sono aumentati i laboratori che hanno commesso errori critici, ma ciò è dovuto ad una modifica nei criteri di valutazione 11

12 Risultati generali IX turno (2013) 2013: 25 laboratori (22%) con performance insufficiente in almeno uno schema 2012: 43 laboratori (39%) con performance insufficiente in almeno uno schema Lab che hanno commesso errori critici anche lo scorso anno Schema insufficiente (2013) Errori (2012) Fibrosi Cistica 7 (13%) 34% Beta Talassemia 2 (12%) 54% APC 0 2% X-fra completo 1 (8%) X-fra Pre-screening 0 37% Cito Prenatale 7 (13%) 16% Cito Postnatale 7 (10%) 21% Cito Oncologica 5 (19%) 8% Totale laboratori 25 lab 43 lab Schema insuff Fibrosi Cistica 1/7 Beta Talassemia 1/2 APC 0 X-fra completo 1/1 X-fra Pre-screening - Cito Prenatale 1/7 Cito Postnatale 1/7 Cito Oncologica 1/5 Totale 6 Stesso tipo di errore (rischio) Stesso tipo di errore (DR) Genotipo errato Stesso tipo di errore (ISCN) 4 laboratori hanno commesso lo stesso tipo di errore dello scorso turno!!! 25 Labortaori con performance insufficiente divisi per numero di anni di partecipazione al CEQ-ISS turni 8 turni 7 turni 6 turni 5 turni 4 turni 3 turni 2 turni 1 turno Solo 5/25 lab con performance insufficiente hanno partecipato per il primo anno Mentre 7/25 lab con performance insufficiente hanno partecipato in tutti i 9 turni 12

13 In 9 turni sono stati monitorati 183 differenti laboratori 21 hanno partecipato in tutti e 9 i turni per uno o più schemi Nel IX turno (2013): Sono stati valutati 112 laboratori di cui 10 partecipavano per il primo anno 82 laboratori partecipano per più di uno schema E stato assegnato il giudizio di performance insufficiente a 25/112 laboratori (4 laboratori hanno commesso errori critici in più di uno schema) Solo 5/25 laboratori che hanno avuto performance insufficiente partecipavano per il primo anno. 6 laboratori con performance insufficiente nel 2012 avevano commesso errori critici I criteri utilizzati sono stati elaborati in accordo con quelli europei C è stato un netto miglioramento rispetto lo scorso anno confermando il ruolo educativo del CEQ Nel X turno lo schema APC verrà rielaborato e partirà separatamente I pochi laboratori partecipanti a questo schema hanno raggiunto un elevato standard di qualità. Il CEQ ha avuto il suo effetto. Si ritiene maggiormente importante lavorare su patologie con un numero maggiore di varianti a significato incerto per «migliorarne l interpretazione» Partirà uno schema Pilota: Verranno presi in considerazione oltre APC, 2-4 geni tra i più analizzati (es. BRCA1 e BRCA2, geni della sindrome di Lynch, MUTYH) I laboratori riceveranno una lista di mutazioni e varianti da refertare e interpretare e si effettuerà un CEQ retrospettivo con richiesta di invio di alcuni referti prodotti dai laboratori stessi Obiettivo Arrivare ad una interpretazione completa e chiara delle varianti e ad uno schema di referto unico, chiaro e completo 13

14 Pubblicazioni del CEQ-ISS Taruscio D et al. Quality assessment in cytogenetic and molecular genetic testing: the experience of the Italian Project on Standardisation and Quality Assurance. Clin Chem Lab Med. 2004;42(8): Salvatore M et al. The Italian external quality control programme for cystic fibrosis molecular diagnosis: 4 years of activity. Clinical chemistry and laboratory medicine. 2007;45(2): Floridia G et al. The Italian external quality assessment scheme in classical cytogenetics: four years of activity. Community Genet. 2008;11(5): Falbo V et al. The Italian External Quality Assessment Scheme for fragile X syndrome: the results of a 5-year survey. Genetic testing. 2008;12(2): Tosto F et al. The Italian scheme of external quality control for ß-thalassemia: genotyping and reporting results and testing strategies in a 5-year survey. Genetic testing and molecular biomarkers. 2009;13(1): Censi F et al. The Italian External Quality Control Programme for familial adenoumatous polyposis of the colon: five years of experience. Genet Test Mol Biomarkers Apr;14(2): Censi F et al. The Italian National External Quality Assessment programme in molecular genetic testing: results of the VII round ( ). Biomed Res Int. 2013;2013: doi: /2013/ Gruppo Test Genetici del Centro Nazionale Malattie Rare Istituto Superiore di Sanità: Dott.ssa Giovanna Floridia Dott. Marco Salvatore Dott. Fabrizio Tosto Dott.ssa Federica Censi Sig. Daniele Savino Sig. Gianluca Ferrari Il gruppo di esperti Nazionali - Valutatori Tutti i laboratori partecipanti 14

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