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1 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv per GC/MS

2 Informzioni sul documento Agilent Technologies, Inc Nessun prte di questo mnule può essere riprodott in qulsisi form o mezzo (compres l memorizzzione su supporti elettronici ed il recupero o l trduzione in lingu strnier) senz l preventiv utorizzzione scritt di Agilent Technologies, Inc. conformemente qunto previsto dlle leggi in vigore negli Stti Uniti e d ltre normtive internzionli sul diritto d'utore. Codice del mnule G Edizione Revisione A, Novemre 2012 Stmpto in USA Agilent Technologies, Inc Stevens Creek Blvd. Snt Clr, CA USA Microsoft, Windows 7 e Excel sono mrchi registrti di Microsoft Corportion negli Stti Uniti e/o in ltri pesi. Revisione softwre Quest guid è vlid per l revisione B e le successive del progrmm Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Qulittive Anlysis, fino ll sostituzione. Grnzi Le informzioni contenute in questo documento sono fornite llo stto corrente e sono soggette modifiche senz prevviso nelle edizioni future. Inoltre, nei limiti mssimi previsti dll legge, Agilent non fornisce lcun grnzi, esplicit o implicit, reltivmente l presente mnule e lle informzioni in esso contenute, comprese, senz limitzione lcun, le grnzie implicite di commerciilità e di idoneità un uso specifico. Agilent non srà responsile di errori o dnni diretti o indiretti reltivi ll fornitur, ll'uso o lle prestzioni di questo documento o delle informzioni in esso contenute. In cso di seprto ccordo scritto fr Agilent e l'utente con diverse condizioni di grnzi reltivmente l contenuto di questo documento in conflitto con le condizioni qui riportte, prevrrnno le condizioni dell'ccordo seprto. Licenze sull tecnologi I componenti hrdwre e/o softwre descritti in questo documento vengono forniti con licenz e possono essere utilizzti o copiti solo in conformità i termini di tle licenz. Legend dei diritti limitti Diritti limitti dl Governo degli Stti Uniti I diritti sul softwre e sui dti tecnici grntiti l governo federle includono solo i diritti concessi ll'utente finle. Agilent fornisce l presente licenz commercile per il softwre e i dti tecnici, come prescritto dlle normtive FAR (Technicl Dt) e (Computer Softwre) e per il Diprtimento dell Difes, DFARS (Technicl Dt - Commercil Items) e DFARS (Rights in Commercil Computer Softwre or Computer Softwre Documenttion). Informzioni sull sicurezz ATTENZIONE L'indiczione ATTENZIONE segnl un rischio. L'vviso richim l'ttenzione su un procedur opertiv o un prssi che, se non eseguit correttmente o non rispettt, può provocre dnni l prodotto o l perdit di dti importnti. In presenz dell dicitur ATTENZIONE interrompere l'ttività finché le condizioni indicte non sino stte perfettmente comprese esoddisftte. AVVISO L'indiczione AVVERTENZA segnl un rischio. L'vviso richim l'ttenzione su un procedur opertiv o un prssi che, se non eseguit correttmente o non rispettt, può provocre lesioni personli o morte. In presenz dell dicitur AVVERTENZA interrompere l'ttività finché le condizioni indicte non sino stte perfettmente comprese esoddisftte. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS

3 In quest Guid Quest guid contiene informzioni sull'utilizzo dei dti Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Qulittive Anlysis GC/MS. Prim di inizire con le esercitzioni, leggere le istruzioni in Prim di inizire con le esercitzioni... pgin 5. Esercitzione 1 Esercitzione 2 Esercitzione 3 Concetti se di nlisi qulittiv Quest esercitzione consente di esplorre molte delle importnti funzionlità del progrmm Qulittive Anlysis. Queste ttività sono essenzili, indipendentemente dl tipo di dti utilizzti. Ricerc e identificzione Nelle prime due serie di operzioni, si trovno e identificno sulfonmidi ss concentrzione ll interno di un compless mtrice e si gener l loro formul per i dti si TOF che Q-TOF. Si esegue nche un estrzione molecolre sull digestione di un protein con dti si TOF che Q-TOF. Queste operzioni possono essere eseguite nche su dti triplo qudruplo. Utilizzo di workflow, esportzione e stmp In queste ttività viene spiegto come impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv. Viene nche spiegto come modificre un metodo per utomtizzre l nlisi e/o l identificzione del composto. All pertur del file di dti, vengono eseguite le zioni ll interno del metodo utomtico. Viene inoltre spiegto come crere un metodo per eseguire zioni utomtizzte con un list di lvoro. Tutte queste ttività sono eseguite utilizzndo un workflow diverso. Riferimenti Questo cpitolo trtt i concetti se del progrmm Qulittive Anlysis. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS 3

4 Novità in B È possiile rivedere i composti in Compound Detils View. In Compound Detils View sono stte ggiunte ltre quttro finestre. Per Compound Detils View, è possiile definire linee diverse second degl tipo di cromtogrmm e spettro. È disponiile l'lgoritmo Find Compounds y Integrtion. È possiile eseguire l ricerc in più lirerie utilizzndo l'lgoritmo Serch Unit Mss Lirry. Nell'lgoritmo Generte Formuls, è possiile ggiungere delle formule i picchi dello spettro con frmmenti. L'nnotzione del frmmento vviene selezionndo gli spettri d nnotre sull se dell'lgoritmo di estrzione del composto. L'lgoritmo Generte Formuls può essere eseguito su composti trovti medinte l'lgoritmo Find y Chromtogrm Deconvolution. L'lgoritmo Generte Formul è stto modificto e consente or di inserire un numero mssimo di risultti per ciscun porttore di cric. Nell'lgoritmo Generte Formuls, è possiile rggruppre risultti con l stess formul e porttori di cric diversi. È possiile crere i composti d un qulsisi spettro utente. L'lgoritmo di estrzione del composto per questi composti è Spectrum Extrction. Durnte il slvtggio dei dti e del file di dti, è possiile decidere se slvre tutti i risultti dei composti oppure un piccol prte per ciscun composto. Tutti i cromtogrmmi e gli spettri utente vengono sempre slvti. Il formto del file CEF è stto modificto in modo d consentire l'inserimento di più informzioni. Le informzioni su m/z e specie di ioni sono disponiili nel primo livello dell tell Spectrum Identifiction Results. L tell Spectrum Identifiction è stt modifict. È possiile ggiungere un filtro d un colonn ed è possiile eliminre un rig. Con Formul & Ion Species or è possiile etichettre un picco. Or, modificre lo spettro identificto con Best nell finestr Spectrum Identifiction Results è un'operzione molto più veloce nche qundo il numero di inserimenti è elevto. 4 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS

5 È possiile specificre di sovrpporre i cromtogrmmi dei composti in Compound Report. Il modello di rpporto predefinito Formul Confirmtion è stto modificto e or può includere l colonn colort Flgs (Tgt) e l tell Frgment con l colonn colort Flgs (FIs). Prim di inizire con le esercitzioni... Instllre il softwre. Consultre l Guid di instllzione per le istruzioni. Copire l crtell Dt dl disco di instllzione e decomprimerl sul disco rigido. In quest crtell sono contenuti tutti i file di dti necessri per le esercitzioni. Estrrre innnzitutto i file di dti dll crtell in formto.zip. NOTE Non riutilizzre i file di dti d'esempio che si trovno sul sistem meno che sino stti copiti dgli originli su disco e non sino stti utilizzti d ltri utenti. Se i file di dti d'esempio sul sistem non sono identici gli originli su disco, i risultti che si otterrnno durnte le esercitzioni non srnno prgonli quelli illustrti in quest guid. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS 5

6 6 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per GC/MS

7 Indice Esercitzione 1Concetti se di nlisi qulittiv 9 Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis 10 Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS 12 Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm 15 Attività 4. Ancorre un cromtogrmm 16 Attività 5. Modificre i lyout delle finestre 17 Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi 19 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo 21 Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem 26 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm 29 Attività 10. Aggiungere nnotzioni 39 Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss 43 Esercitzione 2Ricerc e identificzione 45 Attività 12. Ricercre i composti medinte deconvoluzione cromtogrfic 46 Attività 13. Identificre i composti medinte l'lgoritmo Serch Lirry 50 Attività 14. Ricercre i composti medinte MRM (solo MRM) 53 Attività 15. Ricercre i composti medinte l'integrzione 56 Attività 16. Generre formule e lireri di ricerc per gli spettri del picco 59 Attività 17. Slvre i risultti 64 Esercitzione 3Utilizzo di workflow, esportzione e stmp 69 Attività 18. Impostre ed eseguire un metodo di nlisi qulittiv medinte il workflow Generl 70 Attività 19. Impostre ed eseguire un metodo medinte il workflow GC/Q-TOF Compound Screening 75 Attività 20. Esportre un file CEF 79 Attività 21. Stmpre un rpporto di nlisi 80 Attività 22. Stmpre un rpporto sui composti 84 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 7

8 Indice Riferimenti 87 Utilizzo delle finestre 88 Utilizzo dei risultti di Dt Nvigtor 91 Operzioni sul cromtogrmm 92 Operzioni su uno spettro MS o MS/MS 93 Utilizzo dei dti cromtogrfici visulizzti 94 Utilizzo dei dti sugli spettri visulizzti 95 Workflow 97 Personlizzzione del modello di un rpporto Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

9 Softwre Agilent MssHunter Worksttion Qulittive Anlysis Guid conoscitiv 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis 10 Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS 12 Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm 15 Attività 4. Ancorre un cromtogrmm 16 Attività 5. Modificre i lyout delle finestre 17 Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi 19 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo 21 Attività 8. Clcolre i vlori di idoneità del sistem 26 Attività 9. Estrrre gli spettri d un cromtogrmm 29 Attività 10. Aggiungere nnotzioni 39 Attività 11. Aggiungere un cliro dell mss 43 Quest esercitzione consente di esplorre molte delle importnti funzionlità del progrmm Qulittive Anlysis e utilizzre i dti GC/Q-TOF e GC/QQQ Ciscun esercitzione è rissunt in un tell di tre colonne: Pssi - Seguire tli istruzioni generli per procedere d soli e scoprire il progrmm. Istruzioni dettglite - Seguire queste istruzioni in cso di duio o se si preferisce procedere grdtmente ll conoscenz del progrmm. Commenti Consigli e informzioni ggiuntive su ciscun psso dell'esercitzione. 9

10 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis In quest ttività, si utilizz il metodo corrente per prire più file di dti. Attività 1. Apertur del progrmm Qulittive Anlysis con più file di dti Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Aprire il progrmm Qulittive Anlysis. Aprire il file di dti Pest Scn.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d e MSD_mix_4stds_DG_spl200_0 3.d nell crtell \\MssHunter\Dt, o nell crtell in cui sono stti copiti. Controllre che l'opzione Use current method si seleziont. Controllre che l csell di controllo Lod result dt non si contrssegnt. Se l csell Lod result dt non è disponiile, i risultti non sono stti slvti nel file di dti. Per informzioni sul slvtggio dei risultti, vedere Attività 17. Slvre i risultti pgin64. Verificre che l csell di controllo Run File Open ctions from selected method non si seleziont. Fre doppio clic sull'icon Agilent MssHunter Qulittive Anlysis B Si pre l finestr di dilogo Open Dt Files. Scorrere fino ll crtell \\ MssHunter\Dt\GC o l crtell in cui si trovno i file di esempio. Il file Pest Scn.d contiene dti MS, i file Pest - STD 200 MRM.d e Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d contengono si i dti MS che MS/MS (tutti i dti GC/QQQ). Il file MSD_mix_4stds_DG_spl200_03.d contiene i dti GC/Q-TOF. In cso di ulteriori informzioni sull mggior prte delle finestre, delle finestre di dilogo e delle schede, premere il tsto F1 qundo l finestr è ttiv. Figur 1 Apertur dei file di dti ll'vvio del softwre 10 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

11 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 1. Aprire il progrmm Qulittive Anlysis Attività 1. Apertur del progrmm Qulittive Anlysis con più file di dti (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti c d e Tenere premuto il tsto Shift e fre clic su Pest Scn.d, Pest - STD 200 MRM.d, Pest Strw-01 SPIKED 1 pp - 1 ul inj.d e MSD_mix_4stds_DB_spl200_03.d. Fre clic su Open. Nell finestr Dt Nvigtor vengono visulizzti i quttro file di dti, mentre nell finestr Chromtogrm Results compiono d 1 3 cromtogrmmi. Fre clic sull'icon List Mode nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Premendo il tsto Ctrl, è possiile trscinre i file non ttigui uno ll'ltro nell'elenco. Quel che viene visulizzto or nell finestr vri second delle impostzioni definite per metodo, lyout, visulizzzione e trccito prim dell'pertur di questi file. Selezionndo l'icon List Mode, lo sfondo dell'icon divent rncione. N. mssimo dell'icon List Pnes Icon Disply Options Selezionre il pulsnte X per chiudere l finestr. Figur 2 Cricmento dell finestr principle di Qulittive Anlysis con workflow GC/Q-TOF Compound Screening Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 11

12 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS In quest ttività, è possiile selezionre il workflow Generl (per opertori GC/QQQ) o il workflow GC/Q-TOF Compound Screening (per opertori GC/Q-TOF). Questi workflow sono gli unici due che consentono di nlizzre i dti GC/MS. Quindi, prire l finestr di dilogo User Interfce Configurtion e selezionre l csell di controllo pproprit per un sistem GC/QQQ o un sistem GC/Q-TOF. Attività 2. Configurre l'interfcci utente per GC Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Se necessrio, prire il progrmm Qulittive Anlysis. Fre doppio clic sull'icon Agilent MssHunter Qulittive Anlysis. Si pre l finestr di dilogo Open Dt Files. Fre clic su Cncel nell finestr di dilogo Open Dt Files. In cso di ulteriori informzioni su finestre, finestre di dilogo le schede, premere il tsto F1 qundo l finestr è ttiv. 2 Scegliere il workflow Generl o il workflow GC/Q-TOF Compound Screening. c d Se si possiede uno strumento GC/QQQ, fre clic sul comndo Configurtion > Configure for Workflow > Generl. Se si possiede uno strumento GC/Q-TOF, fre clic sul comndo Configurtion > Configure for Workflow > GC/Q-TOF Compound Screening. Fre clic sul pulsnte Lod workflow s defult method e il pulsnte Lod workflow s defult lyout. Fre clic su OK. Fre clic sull'icon List Mode nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Se il progrmm Dt Acquisition per GC/QQQ o GC/Q-TOF è instllto sullo stesso computer, il softwre configur l'interfcci utente utomticmente. È possiile che l sezione GC/Q-TOF Compound Screening si già disponiile nell finestr Method Explorer. Per impostzione predefinit, i cromtogrmmi vengono sovrpposti. Per questi esempi, i cromtogrmmi vengono visulizzti in List Mode. 12 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

13 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS Attività 2. Configurre l'interfcci utente per GC Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Se si dispone di un GC/QQQ, configurre l'interfcci utente in modo d visulizzre solo le funzioni di GC/QQQ. c d e f g h Selezionre Configurtion > User Interfce Configurtion. In Seprtion types, selezionre solo l csell di controllo GC. Se si dispone di uno strumento GC/QQQ, in Ioniztion type, contrssegnre nche l csell di controllo EI or other hrd ioniztion technique e deselezionre l csell CI, APCI, ESI, MADLDI or other soft ioniztion technique. In Mss ccurcy, deselezionre l csell di controllo Accurte mss (TOF, Q-TOF). Contrssegnre l csell di controllo Unit mss (Q, QQQ). In Optionl softwre fetures, deselezionre l csell di controllo Peptide Sequence Editor e selezionre l csell BioConfirm Softwre. In Non-MS detectors, deselezionre le cselle UV e ADC. Contrssegnre l csell Show dvnced prmeters. Fre clic su OK. I comndi nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion vengono modificti. Se un funzione non è visiile, con ogni proilità è stt nscost nel momento in cui è stt deseleziont un csell di controllo nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion. Figur 3 Configurzione dell'interfcci utente per utilizzre i dti GC/QQQ Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 13

14 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 2. Configurre l'interfcci utente per i dti GC/MS Attività 2. Configurre l'interfcci utente per GC Pssi Istruzioni dettglite Commenti 4 Se si dispone di un GC/Q-TOF, configurre l'interfcci utente in modo d visulizzre solo le funzioni di GC/Q-TOF. c d e f g h i Selezionre Configurtion > User Interfce Configurtion. In Seprtion types, selezionre solo l csell di controllo GC. In Ioniztion type, selezionre le due cselle di controllo. In MS levels, selezionre le due cselle di controllo. In Mss ccurcy, selezionre l csell di controllo Accurte mss (TOF, Q-TOF). Non selezionre l csell di controllo Unit mss (Q, QQQ). In Optionl softwre fetures, deselezionre l csell di controllo Peptide Sequence Editor e selezionre l csell BioConfirm Softwre. In Non-MS detectors, deselezionre le cselle UV e ADC. Contrssegnre l csell Show dvnced prmeters. Fre clic su OK. I comndi nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion vengono modificti. Se un funzione non è visiile, con ogni proilità è stt nscost nel momento in cui è stt deseleziont un csell di controllo nell finestr di dilogo User Interfce Configurtion. Figur 4 Configurzione dell'interfcci utente per GC/Q-TOF 14 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

15 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm Attività 3. Ingrndire e ridurre il cromtogrmm In quest ttività si pprofondiscono le funzioni di ingrndimento e di riduzione del progrmm Qulittive Anlysis. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 15

16 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 4. Ancorre un cromtogrmm Attività 4. Ancorre un cromtogrmm Attività 4. Ancorre un cromtogrmm In quest ttività viene ncorto un cromtogrmm. Qundo un cromtogrmm viene ncorto,?tle cromtogrmm rimne costntemente sul disply mentre si scorrono gli ltri cromtogrmmi d visulizzre. Pssi Istruzioni dettglite Commenti Ancorre un cromtogrmm. Visulizzre tutti i cromtogrmmi. Controllre che l'elenco di visulizzzione del cromtogrmm si impostto su 1. Nell finestr Chromtogrm Results, selezionre il secondo TIC. Ancorre questo TIC. Scorrere l elenco dei cromtogrmmi. Eliminre l'ncorggio. c d e f In Dt Nvigtor, selezionre le cselle di controllo reltive i cromtogrmmi nscosti nell'ttività precedente. Controllre che il numero mssimo di riqudri nell finestr Chromtogrm Results si impostto su 1. Nell finestr Chromtogrm Results, selezionre il secondo TIC. Fre clic con il tsto destro del mouse ll'interno del cromtogrmm, quindi selezionre Set Anchor. Utilizzndo l rr di scorrimento nell finestr Chromtogrm Results, scorrere l'elenco dei cromtogrmmi. Il secondo TIC rimne sempre visulizzto come primo cromtogrmm. Selezionre Chromtogrms > Cler Anchor. Qundo un cromtogrmm viene ncorto, ppre l'icon di un'ncor nell finestr Dt Nvigtor, finco del nome del cromtogrmm ncorto. Nonostnte l'elenco di visulizzzione ne indichi 1, nell finestr Chromtogrm Results vengono visulizzti comunque due cromtogrmmi dopo verne ncorto uno. Questo perché viene visulizzto un cromtogrmm oltre quello ncorto. È inoltre possiile fre clic con il tsto destro del mouse sul cromtogrmm e selezionre Cler Anchor dl menu di scelt rpid. Figur 5 TIC ncorto nell finestr Chromtogrm Results 16 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

17 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 5. Modificre i lyout delle finestre Attività 5. Modificre i lyout delle finestre Attività 5. Modificre il lyout delle finestre In quest ttività, le finestre vengono spostte ll'interno dell vist principle e vengono creti ltri lyout. Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Modificre il lyout delle finestre: Modificre l dimensione dell finestr. Slvre il lyout di un finestr Sloccre il lyout. Modificre l finestr Chromtogrm Results perché poss essere moile. Spostre l finestr Chromtogrm Results. Visulizzre gli strumenti per riposizionre le finestre. Per modificre l dimensione di un finestr, trscinre l line divisori tr le finestre. Per slvre il lyout di un finestr, selezionre Configurtion > Window Lyouts > Sve Lyout. Per sloccre un lyout, selezionre Configurtion > Window Lyouts > Lock Lyout. Per rendere moile un finestr, fre clic con il tsto destro del mouse sull rr del titolo e selezionre Floting dl menu di scelt rpid. Per spostre un finestr, selezionre l rr del titolo dell finestr e trscinre l finestr nell posizione desidert. Per visulizzre gli strumenti di riposizionmento, trscinre l finestr sopr un delle ltre finestre. Dopo verle sovrpposte, il progrmm visulizz diversi strumenti di lyout, come quelli nell Figur 6. Se il lyout è sloccto, non compre un segno di spunt finco del menu Lock Lyout. Gli strumenti di riposizionmento possono essere utilizzto soltnto se il lyout non è loccto. Inoltre, è possiile rendere moile un finestr fcendo doppio clic sull rr del titolo dell finestr. Il softwre dispone di diversi lyout predefiniti. Tuttvi è possiile cricrne degli ltri. Il softwre offre vri workflow, ciscuno dei quli cric un lyout diverso. Pssndo d un workflow diverso, si modific nche il lyout. Figur 6 Strumenti di riposizionmento delle finestre Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 17

18 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 5. Modificre i lyout delle finestre Attività 5. Modificre il lyout delle finestre (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 2 Riposizionre l finestr Chromtogrm Results. Spostre l finestr in lto, sinistr, destr e in sso rispetto lle ltre finestre. Spostre due finestre contempornemente in modo che sino un sopr ll'ltr e che sino disponiile dlle schede in sso. Ripristinre il lyout predefinito. Se si trscin il cursore su un delle icone più piccole, l finestr trscint srà posiziont sopr, destr, sotto o sinistr rispetto lle ltre finestre. Trscinre il cursore sull'icon più grnde. L finestr può essere posiziont sopr, destr, sotto o sinistr rispetto ll'ltr finestr nche trscinndo il cursore sugli ngoli dell'icon più grnde. Per tulre insieme due finestre, trscinre il cursore sul centro dell'icon più grnde. Verrà visulizzt un versione shdow delle due finestre tulte. Non trscinre più il mouse. Le due finestre verrnno tulte insieme. Selezionre Configurtion > Window Lyouts > Restore Defult Lyout. Il cursore si deve trovre su un delle frecce di un csell ffinché si possiile risposizionre le finestre. Selezionndo il comndo Restore Defult Lyout viene ripristinto il lyout utilizzto nel workflow Generl e nel workflow GC/Q-TOF Compound Screening. Se si st utilizzndo un ltro tipo di workflow, cricre il lyout di quel workflow. 18 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

19 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi In quest ttività, i cromtogrmmi vengono estrtti dl TIC originle epoiuniti. Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Estrrre e unire i cromtogrmmi degli ioni estrtti (EIC) dlle due msse nel file dti Pest Scn.d. I vlori m/z sono e Non unire i picchi delle singole msse in un cromtogrmm. Nell finestr Dt Nvigtor, deselezionre le cselle di controllo dei file di dti eccetto per Pest Scn.d. Aprire l finestr di dilogo Extrct Chromtogrms utilizzndo l'opzione sotto o un delle opzioni sull destr: Selezionre Chromtogrms > Extrct Chromtogrms. c In List of opened dt files, selezionre Pest Scn.d. d Nell csell di riepilogo Type, selezionre EIC. e Nel cmpo m/z vlue(s), digitre 129.0, f Se necessrio, deselezionre l csell di controllo Merge multiple msses into one chromtogrm per fondere gli EIC. g Fre clic su OK. h Impostre Mximum numer of list pnes su 3 nell rr degli strumenti Chromtogrm Results. I cromtogrmmi possono essere estrtti nche in uno dei seguenti modi: Fre clic con il tsto destro del mouse ll'interno del cromtogrmm, quindi selezionre Extrct Chromtogrms. D Dt Nvigtor, evidenzire TIC Scn per sulfs_posms.d, quindi selezionre TIC Scn e fre clic su Extrct Chromtogrms. È possiile utilizzre un livello MS di Tutto o di MS. È inoltre possiile decidere che i cromtogrmmi estrtti sino utomticmente integrti dopo l'estrzione. Un cromtogrmm può inoltre essere estrtto d uno spettro di mss. Figur 7 Finestr di dilogo Extrct Chromtogrms Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 19

20 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi Attività 6. Estrrre i cromtogrmmi (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 8 Unione dei cromtogrmmi degli ioni estrtti (EIC) confronto con il TIC originle 20 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

21 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo In quest ttività si spiegno i vri modi per integrre un cromtogrmm, modificre i prmetri di integrzione per vrire i risultti e clcolre il segnle /rumore dei picchi integrti per i dti MS/MS. Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Pssi Istruzioni dettglite Commenti 1 Integrre il cromtogrmm TIC Scn per il file di dti Pest Scn.d utilizzndo un delle opzioni elencte destr. 2 Visulizzre solo due cromtogrmmi per volt. Selezionre il file di dti Pest Scn.D nell finestr Dt Nvigtor. Evidenzire il cromtogrmm TIC Scn e utilizzre uno dei seguenti comndi: Dll rr dei menu, selezionre Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Fre clic con il tsto destro del mouse in un punto qulsisi dell finestr del cromtogrmm, quindi selezionre Integrte Chromtogrm. Nell finestr Dt Nvigtor, selezionre Pest Scn.D > User Chromtogrms > TIC Scn, quindi selezionre con il tsto destro TIC SCAN e poi Integrte Chromtogrm. Selezionre 2 nell csell Mximum numer of list pnes dell rr degli strumenti Chromtogrm Results. Il progrmm h in prtic integrto tutti i picchi del cromtogrmm. Selezionre l'integrzione per utilizzre i dti MS, MS/MS e GC nell finestr Method Editor. In questo cso si trtt di un cromtogrmm MS. Pertnto i vlori impostti nell sezione Integrte (MS) di Method Editor vengono utilizzti per integrre questo cromtogrmm. Integrzione di molti piccoli picchi. Figur 9 Integrzione del cromtogrmm TIC Scn con molti piccoli picchi Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 21

22 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti 3 Modificre l sogli per integrre meno picchi. Modificre l sogli per rilevre solo i tre picchi mggiori. Dll finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Integrte (MS) per visulizzre l sched Integrte (MS). Selezionre l'integrtore Agile. c Selezionre l sched Pek Filters. d In Mximum numer of peks, selezionre Limit (y height) to the lrgest, e digitre 3. Un tringolo lu compre se si modific un'impostzione rispetto l vlore slvto nel metodo corrente. Il tringolo scompre, qundo si slv il metodo. Figur 10 4 Reintegrre il cromtogrmm e Fre clic sul pulsnte nell rr degli strumenti Method Editor per integrre il cromtogrmm utilizzndo l nuov impostzione. Sched Pek Filters con csell Limit (y height) to the lrgest seleziont Notre che or vengono integrti solo i tre picchi mggiori. Il picco minuti h un'ltezz mggiore rispetto l picco minuti. Pertnto viene indicto come terzo picco. 22 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

23 Concetti se di nlisi qulittiv 1 Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 11 Integrzione del cromtogrmm TIC Scn dopo ver limitto il numero di picchi 5 Integrre il cromtogrmm TIC MRM per il file di dti Pest - STD 200 MRM.D. Nell finestr Dt Nvigtor, selezionre TIC MRM per il file di dti Pest - STD 200 MRM.d. Utilizzre uno dei seguenti comndi per integrre i cromtogrmmi. Dll rr dei menu, selezionre Chromtogrms > Integrte Chromtogrm. Fre clic con il tsto destro del mouse in un punto qulsisi dell finestr del cromtogrmm, quindi selezionre Integrte Chromtogrm. Nell finestr Dt Nvigtor, selezionre con il tsto destro il cromtogrmm evidenzito e fre clic su Integrte Chromtogrm. c Pssre d 5,8 8,5 minuti. d Impostre Mximum numer of list pnes su 2. Premere il tsto Ctrl per evidenzire più di un cromtogrmm nell finestr Dt Nvigtor. Il progrmm h in prtic integrto tutti i picchi del cromtogrmm. In questo cso si trtt cromtogrmmi MS/MS. Pertnto i vlori impostti nell sezione Integrte (MS/MS) di Method Editor vengono utilizzti per integrre questo cromtogrmm. È possiile selezionre un integrtore per integrre i cromtogrmmi MS e utilizzrne un ltro per integrre i cromtogrmmi MS/MS. Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS 23

24 1 Concetti se di nlisi qulittiv Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo Attività 7. Integrre un cromtogrmm GC/MS in modo interttivo (segue) Pssi Istruzioni dettglite Commenti Figur 12 Integrzione di cromtogrmmi MRM 6 Selezionre l'integrtore MS/MS (GC). Modificre il filtro in modo che sino ccettti solo i picchi con ltezz ssolut mggiore o ugule Nell finestr Method Explorer, selezionre Chromtogrm > Integrte (MS/MS). Selezionre MS/MS (GC) come Integrtor. c Selezionre l sched Pek Filters. d In Filter on, selezionre Pek height. e In Height filters, contrssegnre l csell di controllo Asolute height. f Digitre come Asolute height. Un tringolo lu compre se si modific un'impostzione rispetto l vlore slvto nel metodo corrente. Il tringolo scompre, qundo si slv il metodo. Figur 13 Sched Pek Filters con csell Asolute height contrssegnt 24 Softwre Agilent MssHunter Worksttion - Guid conoscitiv di Qulittive Anlysis per LC/MS

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