) ) Di seguito è riportata la curva di titolazione di un amminoacido. Osservando il grafico: a) stabilire il valore dei pka dell aminoacido b) calcolare il valore del pi e individuarlo sul grafico. c) Indicare quali forme dell amminoacido sono presenti a maggiore concentrazione a., 5. e.5. d) Calcolare la carica netta media a.5. 3 9 7 5 3.5.5.5 3 3.5 moli OH - /mole amminoacido 9) Sapendo che i valori dei pka dell ac. aspartico sono pka =.; pka = 9.9; pkar = 3.7 costruite la curva di titolazione, calcolate il punto isoelettrico di tale aminoacido e indicatelo sul grafico. Quali specie sono presenti e in quale percentuale a.7 e a.? 3 9 7 5 3.5.5.5 3 3.5 moli OH - /mole amminoacido ) Scrivere la struttura del peptide: Asn-Cys-Asp-Lys-His-Glu (Asn = asparagina; Cys = cisteina; Asp = ac. Aspartico; Lys = lisina; His = istidina; Glu = ac. Glutammico) a) Calcolate in quale parte della scala del è il suo punto isoelettrico. b) Qual è la sua carica netta a 7,5, a,5, a 3. ) Un polipeptide ricco di Ac. Glutammico (Glu) forma regioni di α-elica a < 3 in soluzione acquosa ma a > 5 assume una conformazione estesa. Spiegare il motivo di tale osservazione. A che valore di la polilisina (Lys)n può formare α-eliche?
) Scrivere la struttura del peptide: Arg-Lys-Ser-Asp-Asn a- individuare i piani ammidici, a cosa si riferisce tale termine? b- indicare la carica netta del peptide a.; 7. e 3.5 c- dire in quale intervallo di cade il punto isoelettrico del peptide 3) Dato il tetrapeptide Tyr-Lys-Cys-His, dire se: a) il peptide possiede un residuo di istidina in posizione b) il peptide è basico c) il peptide contiene prevalentemente residui amminoacidici idrofobici d) calcolare la carica netta del peptide a 3. e a. ) Dati i seguenti tipi di legame indicare per ciascuno il ruolo svolto nel determinare la struttura di una proteina e quali gruppi vengono coinvolti: covalente; legame idrogeno; ponte salino; forze di van der Waals. ) Cosa si intende per struttura terziaria di una proteina? Qual è la forza trainante nell acquisizione della struttura terziaria? 7) DATO IL SEGUENTE PEPTIDE: Ala-Phe-Lys-Arg Dire se: a) IL PEPTIDE HA PROPRIETA ACIDE b) SE IL PEPTIDE è CARICO A 7., E NEL CASO QUAL E LA SUA CARICA. ) Disegnare due legami idrogeno uno che fa parte di una struttura secondaria (specificare quale) e uno di una struttura terziaria, mettendo in evidenza eventuali differenze. Disegnare una possibile interazione elettrostatica tra due amminoacidi di una catena polipeptidica. 9) Scrivere la formula del peptide: Arg-Ser-Glu-Asp a) Quanti piani ammidici sono individuati dal peptide? b) Quale è la carica netta del peptide a 7.? 3) Spiegare brevemente la differenza tra struttura secondaria e terziaria delle proteine. 3) Descrivere brevemente le strutture secondarie ad alfa-elica. 3) Elencate i tipi di struttura secondaria a voi noti, e descrivetene le caratteristiche principali, indicando quali legami sono responsabili della stabilità della struttura.
33) Di seguito è riportata la curva di titolazione di un aminoacido. Osservata la curva stabilire: a) quanti gruppi dissociabili possiede l aminoacido e quali sono i valori di pka di tali gruppi b) quali sono le specie presenti nei punti A, B, C, D (scrivere la struttura) Calcolare il punto isoelettrico dell aminoacido. 3) Disegnare il diagramma di distribuzione ionica dell amminoacido che presenta i seguenti valori di pka: pka=., pka= 9. 35) Scrivere la formula del peptide a 7.: Arg-Ser-Tyr-Lys-Gln-Asp Identificate i piani ammidici con un rettangolo, e determinare la carica netta del peptide a 7,, a,5, a 3. 3) Descrivere brevemente la struttura terziaria delle proteine, indicando da quali interazioni è stabilizzata e quali sono le differenze rispetto alle strutture secondarie e alla struttura quaternaria. 37) Elencare le interazioni che si stabiliscono fra gli amminoacidi nella struttura terziaria di una proteina. Disegnare i gruppi chimici coinvolti e i legami a cui partecipano. 3) Quali sono gli aminoacidi più frequenti nella struttura primaria del collageno e in quale posizione spaziale si dispongono quando si forma la triplice elica?
39) Quali delle seguenti affermazioni sulla struttura terziaria delle proteine è vera ( ) la struttura terziaria è stabilizzata esclusivamente da legami covalenti ( ) è stabilizzata da un grande numero di legami idrogeno ( ) è data dalla regolare ripetizione di motivi strutturali ) Di seguito è riportata la curva di titolazione di un amminoacido. Osservata la curva stabilire: c) quanti gruppi dissociabili possiede l amminoacido e quali sono i valori dei loro pka; d) evidenziare le regioni in cui l amminoacido funziona da tampone; e) Dire quali punti del grafico corrispondono alla condizione in cui si ha la massima concentrazione della forma con carica netta + e alla condizione in cui si ha la massima concentrazione della forma con carica netta -. f) calcolare il punto isoelettrico dell amminoacido e individuarlo sul grafico, indicando se l amminoacido in questione è acido o basico............ 9. 9. 9. 9. 9...... 7. 7. 7. 7. 7...... 5. 5. 5. 5. 5...... 3. 3. 3. 3. 3.................5.5.5 3 3.5 Moli OH - per mole amminoacido ) Sapendo che i valori di pka di un aminoacido sono: pka., pka 9.7, pka3., disegnare sul grafico la curva di titolazione attesa per tale aminoacido. Inoltre stabilire: g) Di quale aminoacido si tratta e quanti e quali gruppi dissociabili possiede h) quali sono le specie prevalentemente presenti ai seguenti valori di :.;.; 7. e 9.7? i) quale è la carica netta negli stessi punti j) calcolare il punto isoelettrico dell aminoacido e indicarlo nel grafico d) in quali intervalli di questo aminoacido presenta capacità tamponanti
,,,,,, 9, 9,,, 7, 7,,, 5, 5,,, 3, 3,,,,5,5,5 3 ) Dare una definizione (concisa e completa) di: a) Struttura primaria b) Struttura secondaria c) Struttura terziaria d) Struttura quaternaria e) Proteina allosterica f) Denaturazione proteica.