Analisi del DNA genomico mediante Southern Blot Hybridization

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1 Analisi del DNA genomico mediante Southern Blot Hybridization Permette la mappatura dei siti di restrizione attorno al frammento di DNA genomico per il quale si dispone di una sonda specifica a) Il DNA genomico viene digerito con uno o più enzimi di restrizione 10 µg di DNA genomico se la sonda è > 500bp µg di DNA genomico se la sonda è piccola (oligonucleotide) b) I frammenti di digestione vengono separati mediante elettroforesi su gel di agarosio(0.7%) ± Bromuro di Etidio DNA marker DNA non dig. HindIII BamHI EcoRI c) Il DNA viene denaturato in situ e trasferito a un supporto solido (Filtro di nitrocellulosa o membrana di nylon) - (facoltativo) Il gel viene immerso in HC1 (0.2M) Depurinazione blanda - Il gel viene immerso in NaOH (0.5N): Denaturazione del DNA e idrolisi nelle regioni depurinate (rottura DNA in frammenti pii piccoli per facilitare il trasferimento del - Il gel viene immerso in un tampone Neutralizzazione dell NaOH

2 Il trasferimento sul filtro può essere fatto mediante 1) Trasferimento capillare (Capillary transfer) 2) Trasferimento elettroforetico (Electro-blotting) 3) Trasferimento col vuoto (Vacuurn blotting) Il filtro viene fatto essiccare all aria e successivamente il DNA viene fissato al filtro mediante: a) riscaldamento a 80 C, l h se il filtro e di nitrocellulosa b) riscaldamento a 70 C, l h e/o irraggiamento all UV se il filtro e di nylon

3 d) La membrana viene sottoposta a preibridazione - Soluzione di preibridaziòne: - Contenitore per la preibridazione: SEAL FILTER CELLOPHANE FILTER e) La membrana viene sottoposta a ibridazione con la sonda radioattiva Soluzione di ibridazione: Soluzione di preibridazione + Sonda denaturata (bollitura della sonda per 5 ) Stesse condizioni di temperatura della preibridazione, o/n

4 f) La membrana viene sottoposta a differenti lavaggi, prima meno stringenti (alto sale, bassa temperatura) poi via via più stringenti (basso sale, alta temperatura) I) 2X SSC, 0.1% SDS RT 5 II) 2X SSC, 0.1% SDS 37 C 20 III) 2X SSC, 0.1 % SDS 60 C 20 IV) 0.IX SSC, 0.1% SDS 68 C 1h Sonda HindIII HindIII BamHI BamHI BamHI DNA genomico EcoRI EcoRI

5 Elettroforesi Blotting Preibridazione e ibridazione Lavaggi Rivelazione

6 Fattori che influenzano la rivelazione di un segnale in Southern Blot Hybridization 1) La frazione di genoma complementare con la sonda (Es. geni. a singola copia o multipli) 2) La grandezza della sonda (Sonde grandi forniscono segnali più intensi di sonde piccole) 3) L attività specifica della sonda (Sonde ad attività specifica più elevata forniscono segnali più intensi di sonde ad attività specifica bassa) 4) La frazione del DNA genomico trasferito sul filtro Es. 0.1 pg di un frammento di DNA di 1000 bp presente una sola volta in un genoma (es. genoma umano ~ bp) DNA genomico da digerire: /1000 x 0.1 pg = pg = 0.3 µg Ibridazione con 25 ng di una sonda di dimensioni > 500 bp Attività specifica>106 cpm/ng Visibile in autoradiografia dopo alcuni giorni

7 Caratteristiche dei filtri utilizzati per blotting Filtri di nitrocellulosa: a) Il legame degli acidi nucleici al filtro è idrofobico (fissaggio a 80 C in stufa). Durante l ibridazione e i lavaggi si ha rilascio di acidi nucleici. b) Il filtro dopo essiccamento è fragile e non sopporta molti cicli di ibridazione e lavaggio Filtro di nylon: a) Il legame degli acidi nucleici al filtro è covalente e duraturo. Il fissaggio viene fatto in stufa a 70 C, o con alcali deboli oppure mediante UV (254nm) (fissaggio di tipo covalente) b) Il legame avviene a bassa forza ionica (solo in questo caso è possibile usare l electroblotting). Quando il trasferimento su filtro avviene da gel di poliacrilamide il vacuum- e capillary-blotting sono inefficienti c) Dà alto background ed è necessario usare più agenti bloccanti d) Esistono due tipi principali di filtro: nylon non modificato e nylon carico positivamente (con maggiore capacità)

8 Southern blot su frammenti di DNA (Determinazione delle mappe di restrizione) Ibridazione

9 DNA fingerprinting DNA fingerprinting di differenti individui

10 Polimorfismo nella lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP) DNA genomico estratto oppure PCR sul DNA genomico con primer che si appaiano su regioni invariabili Pattern di bande meno complesso di un DNA fingerprinting Se si utilizzano 5-6 sonde è possibile identificare un individuo con una accuratezza paragonabile al complesso DNA fingerprinting

11 Isolamento di un promotore di un gene quando è nota la sequenza di tutto il genoma Nota la sequenza del cdna di interesse si può ricercare la regione del genoma che contiene il gene corrispondente Il gene contiene 2 esoni ed è nel contig 7.31

12 Cromosoma V Contig 7.31 Prelevata la sequenza compresa tra e bp Gene di interesse Sequenza compresa tra e bp

13 Prelevata la sequenza compresa tra e bp TGTAAACCTCGATGGACTGAATTCAACTGGAAAGGGTGACGAAAGGCCGC TCTCTATCCTCATTATAGACACAGACAACGCTCACCTACGGGTACACTTC ACACACGAGTTTCTCCCTACAAACTTTGTCTTACGTTCATTTTCTCATCA ATCCACAATGCTGTCCCGTTTCATGGGCCATGCCATTTTACATTGCACTT TTGGCTGGTAACAATGACTGGCGCTTGTCCGCAAACGATCAAGTTCCTCA CTTCATCCTCCCAGGGTCAAAGTCAGTCGGCGCTTTAATTTCGCCGCCGC TTCAATCCAAACACCTCCATTCAGAAGACACTCAAAGTGCTGATTAGATT GCAGCATATGTGTGGCTTGGTTTCAGAGCATCGCCATTGCTTGTACATAA CGACATGATCTTTCCACCGCCACTAGAGGCGGTTCTCTGATACTTGGTCT ACCGGCGTGGTATCTTGCAGTCCGCGAACAGAACTCGGCTTGATTTATCC ATCGTCAAGTATCCATCACCCGTCACCCGACCAACCCCACAGATATACCT ACCGCTTATGTTGTAACCGGCACAACTCAACAATTCTTCCGGCCTCCTCT CCTACCTTACCCACCAGTAACGGCTGGTCCTATCCCAGTCCAAGCAAGTT CCCAACGTCTTGGCTCTTGAATCACCGGGAATGTAACCCCATCTTGCTGA AAGAGGATCGACTGTGGATGCCAAGACGTGATGAAACCTACGTGCCTTGC ATGGATACTGTAGTAGTAACTAGTATCCGTTCGCAGTTTCTTTCTGTTCT CACCTCCCCAAGCTACATATGAGAAAACGTACGCAATGCTGTGTGATGAC TGGGTCAGACACCGATACCGATACCGGTGGGACTTCTAGGCTCTTCCAAC CCCCAAAGGCCCATTCTCAGTACACATCGGCTTATAACTTTCGTATGTTG TTGGTGTAAGTTGGGAAAAGAAAGGATTCTTGTCTTCTTTCCGCTTTTGT GAAAGAGTGAGCTCCGCCGTGAGGGGATTCGGGGCAAGGGCATGGCGTTA AAGGGCTTCAATTAGGTAGTGTCCTCCGGATCGACGGTCTTGGTCTCAAC AAGGCTCCTGGAGGTTAACATCTGCCGGGCGGTTGCGTCCATGGCTCCTC TCCACCGTCAACCTCCAATCACGGTCAACTACCAAAATTTCTCTGTACCA TTCTCAAGATTTTCTAGCATTTTCTTGAGCAGAATGGTAAGGAAACAACC AATCAAAGCTCCAACTTGAACCACTACTTATAAATCTTAGTCACAGATGA CCTTGTAGCTCTTCCTGTTATACCCATCTTCAACTAAAGAAGCCATGTCA GGTTACCATTCCCCTCTCTCATGCTACCCTCTTGCTCTTTCGGGTCTGGT AAAACAGAGTGGAAGACTACCAGAGGGTGTGAAGAATGCATATACTCTTC GCCCACGAATAAAATGTAAGCCTACAAGCACGCCAAACAAAACGTCCACC ACACATCCGCACCGCATTTTCTTAAACGGCCGACAAGTGACGGGCATCAT TGCCCATTAAGGCAGGTTACAATCCGTGATGATGGGATAGTATATCACAT AACCGCTCTGGGAGGAAGAGGGGAAACATCGTGGTTCATGTCAAGTGTGT GTGTGTGTGTGGTGTGTGTTTGACTCGTCGATCGACACCTTACATGCTAA CTTCGACGTCGAGAGCCCGCACAGAGAGAGGGAAGGGGGGGGGGGGGGGG GGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGCACCGAGAAGGGAGGTATAAGGACCGGGC CGTCTGGCCCAGTTGAGAATAAAAGGAATCCTTCTCTTCTATGTGCCAGC ACTTCAGCAATCCACGGTTCTACCTGGTTCCTCATCTTCATCTACCATCA AGATGAAGTTCTTCTCTGCCCTCGCCCTCTCCTCTCTCCTGCCGACGGCC GCATGGGCCTGGACCGGCAGCGAAAGCGACAGTACCGGCGCCGACTCCCT CTTCCGCCGCGCCGAAACCATCCAGCAGACGACGGACCGATACCTTTTTA GGATCACGCTCCCGCAATTTACTGCCTATCGCAACGCCAGAAGCCCGGCG ACACTGGACTGGTCCTCAGACAGCTGCAGCTACTCGCCCGATAACCCGTT GGGATTCCCCTTTTCGCCTGCTTGCAATCGTCATGATTTCGGGTATCGCA ACTACAAGGCTCAGTCGAGGTTTACGGATAATAATAAGTTGAAGATTGAT GGAAACTTTAAGACTGAGTATGTCCCTTTTTTTTTTTCTCTCTCTTTCTC TCTCTCTCTCTTTTCCTCCCTCGTTTTATTCCTCTTGTCTCATCCTTCCC CTTGCTTACCTACCTACCCTTCTCCCTTTTTACCCGTCAACGGTCTCCAT CTCTCTTCACATCCTCCTCCGTGAGTAGATTTGATAAAACAGATAGCTAA TCCAACCCTCAACCAACTACATAGTCTCTACTACCAGTGCGACACCCACG GCTACGGCTCCACCTGCCACGCTCTCGCCAACGTCTACTACGCCGCCGTC CGCGAATTTGGTCGCACCAAGGGCGAGCTCCAGGAGGAATACGATCTGCT GCTGGCTCACTACAACGAGCTCGTGGCCGAGGCTATTGCCAAGGGCGAGG ATCCGTTGTATTATTAGCTTTCTGTATATCGGAGGAGGAGGATGAAGGCT Regione contenente il promotore Gene di interesse

14 TGTAAACCTCGATGGACTGAATTCAACTGGAAAGGGTGACGAAAGGCCGC TCTCTATCCTCATTATAGACACAGACAACGCTCACCTACGGGTACACTTC ACACACGAGTTTCTCCCTACAAACTTTGTCTTACGTTCATTTTCTCATCA ATCCACAATGCTGTCCCGTTTCATGGGCCATGCCATTTTACATTGCACTT TTGGCTGGTAACAATGACTGGCGCTTGTCCGCAAACGATCAAGTTCCTCA CTTCATCCTCCCAGGGTCAAAGTCAGTCGGCGCTTTAATTTCGCCGCCGC TTCAATCCAAACACCTCCATTCAGAAGACACTCAAAGTGCTGATTAGATT GCAGCATATGTGTGGCTTGGTTTCAGAGCATCGCCATTGCTTGTACATAA CGACATGATCTTTCCACCGCCACTAGAGGCGGTTCTCTGATACTTGGTCT ACCGGCGTGGTATCTTGCAGTCCGCGAACAGAACTCGGCTTGATTTATCC ATCGTCAAGTATCCATCACCCGTCACCCGACCAACCCCACAGATATACCT ACCGCTTATGTTGTAACCGGCACAACTCAACAATTCTTCCGGCCTCCTCT CCTACCTTACCCACCAGTAACGGCTGGTCCTATCCCAGTCCAAGCAAGTT CCCAACGTCTTGGCTCTTGAATCACCGGGAATGTAACCCCATCTTGCTGA AAGAGGATCGACTGTGGATGCCAAGACGTGATGAAACCTACGTGCCTTGC ATGGATACTGTAGTAGTAACTAGTATCCGTTCGCAGTTTCTTTCTGTTCT CACCTCCCCAAGCTACATATGAGAAAACGTACGCAATGCTGTGTGATGAC TGGGTCAGACACCGATACCGATACCGGTGGGACTTCTAGGCTCTTCCAAC CCCCAAAGGCCCATTCTCAGTACACATCGGCTTATAACTTTCGTATGTTG TTGGTGTAAGTTGGGAAAAGAAAGGATTCTTGTCTTCTTTCCGCTTTTGT GAAAGAGTGAGCTCCGCCGTGAGGGGATTCGGGGCAAGGGCATGGCGTTA AAGGGCTTCAATTAGGTAGTGTCCTCCGGATCGACGGTCTTGGTCTCAAC AAGGCTCCTGGAGGTTAACATCTGCCGGGCGGTTGCGTCCATGGCTCCTC TCCACCGTCAACCTCCAATCACGGTCAACTACCAAAATTTCTCTGTACCA TTCTCAAGATTTTCTAGCATTTTCTTGAGCAGAATGGTAAGGAAACAACC AATCAAAGCTCCAACTTGAACCACTACTTATAAATCTTAGTCACAGATGA CCTTGTAGCTCTTCCTGTTATACCCATCTTCAACTAAAGAAGCCATGTCA GGTTACCATTCCCCTCTCTCATGCTACCCTCTTGCTCTTTCGGGTCTGGT AAAACAGAGTGGAAGACTACCAGAGGGTGTGAAGAATGCATATACTCTTC GCCCACGAATAAAATGTAAGCCTACAAGCACGCCAAACAAAACGTCCACC ACACATCCGCACCGCATTTTCTTAAACGGCCGACAAGTGACGGGCATCAT TGCCCATTAAGGCAGGTTACAATCCGTGATGATGGGATAGTATATCACAT AACCGCTCTGGGAGGAAGAGGGGAAACATCGTGGTTCATGTCAAGTGTGT GTGTGTGTGTGGTGTGTGTTTGACTCGTCGATCGACACCTTACATGCTAA CTTCGACGTCGAGAGCCCGCACAGAGAGAGGGAAGGGGGGGGGGGGGGGG GGGGGGGGGGGGGGGGAGAGGCACCGAGAAGGGAGGTATAAGGACCGGGC CGTCTGGCCCAGTTGAGAATAAAAGGAATCCTTCTCTTCTATGTGCCAGC ACTTCAGCAATCCACGGTTCTACCTGGTTCCTCATCTTCATCTACCATCA AGATGAAGTTCTTCTCTGCCCTCGCCCTCTCCTCTCTCCTGCCGACGGCC GCATGGGCCTGGACCGGCAGCGAAAGCGACAGTACCGGCGCCGACTCCCT CTTCCGCCGCGCCGAAACCATCCAGCAGACGACGGACCGATACCTTTTTA GGATCACGCTCCCGCAATTTACTGCCTATCGCAACGCCAGAAGCCCGGCG ACACTGGACTGGTCCTCAGACAGCTGCAGCTACTCGCCCGATAACCCGTT GGGATTCCCCTTTTCGCCTGCTTGCAATCGTCATGATTTCGGGTATCGCA ACTACAAGGCTCAGTCGAGGTTTACGGATAATAATAAGTTGAAGATTGAT GGAAACTTTAAGACTGAGTATGTCCCTTTTTTTTTTTCTCTCTCTTTCTC TCTCTCTCTCTTTTCCTCCCTCGTTTTATTCCTCTTGTCTCATCCTTCCC CTTGCTTACCTACCTACCCTTCTCCCTTTTTACCCGTCAACGGTCTCCAT CTCTCTTCACATCCTCCTCCGTGAGTAGATTTGATAAAACAGATAGCTAA TCCAACCCTCAACCAACTACATAGTCTCTACTACCAGTGCGACACCCACG GCTACGGCTCCACCTGCCACGCTCTCGCCAACGTCTACTACGCCGCCGTC CGCGAATTTGGTCGCACCAAGGGCGAGCTCCAGGAGGAATACGATCTGCT GCTGGCTCACTACAACGAGCTCGTGGCCGAGGCTATTGCCAAGGGCGAGG ATCCGTTGTATTATTAGCTTTCTGTATATCGGAGGAGGAGGATGAAGGCT Primer da utilizzare in una PCR sul DNA genomico o sul DNA di una libreria genomica 5 UTR Esone 1 Introne Esone 2 3 UTR

15 Isolamento del frammento di DNA genomico contenente il gene di interesse (es. isolamento del promotore, struttura del gene, ecc) Placque (o colony) hybridization

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17 Prelievo della placca (o colonia) positiva Isolamento del DNA del clone λ o del plasmide Crescita su larga scala Sequenziamento

18 PCR inversa (inverse PCR) Permette di amplificare frammenti di DNA, a sequenza ignota, che si trovano esternamente ai primer utilizzati. Viene usata, in sostituzione allo screening di librerie genomiche, per isolare sequenze fiancheggianti un gene, come ad es. un promotore. a) Il DNA genomico viene digerito con un enzima di restrizione che non taglia nella regione a sequenza nota, compresa tra i due primer b) I frammenti di digestione vengono sottoposti a ligasi in condizioni da favorire una ligazione intramolecolare (ad es. condizioni di elevata diluizione del DNA) c) Il DNA circolarizzato viene utilizzato come templato per una PCR con i due primer appaiantisi al frammento di DNA a sequenza nota, ma diretti in direzione opposta l uno rispetto all altro.

19 Elettroforesi classica di frammenti di DNA Modello a setaccio Le molecole di DNA più grandi sono separate da quelle più piccole dall azione di setaccio dovuta alla matrice del gel Molecole a struttura random coil

20 Elettroforesi pulsed-field PFGE (Pulsed-Field Gel Electrophoresis) DNA di dimensioni > 40 Kb non possono essere separati con un elettroforesi su gel di agarosio a campo elettrico costante Mobilità elettroforetica del DNA in funzione della dimensione molecolare in un campo elettrico costante. La PFGE permette di separare DNA fino a 5 Mb. L elettroforesi viene realizzata con un campo elettrico che cambia periodicamente in due direzioni con un intervallo di tempo che varia da 0.1 sec, a qualche ora. A e B rappresentano 2 coppie di elettrodi. Quando i due elettrodi A sono attivati, il DNA caricato nei pozzetti si sposta verso l anodo a destra, come indicato dalla prima freccia. Non appena gli elettrodi A vengono spenti, gli elettrodi B vengono attivati. A questo punto il DNA inizia a muoversi verso sinistra. Al variare della direzione del campo elettrico, le molecole di DNA seguono un percorso a zig-zag come mostrato dalle frecce.

21 Modello a serpente Il meccanismo di migrazione del DNA attraverso le maglie del gel (più strette delle dimensioni della molecola) sembra essere differente e ricorda lo spostamento di un serpente. Nel modello a serpente, le molecole di DNA più larghe della dimensione dei pori del gel di agarosio devono srotolarsi dalla loro iniziale forma a random coil in modo da poter migrare durante l elettroforesi. Il DNA si muove con una estremità che conduce lo spostamento (testa) mentre il resto della molecola (coda) la segue, lungo lo stesso percorso.

22 Nel spostamento del DNA in una PFGE si distinguono 2 fasi: 1) Riorientamento: una delle estremità del frammento di DNA si orienta verso in polo positivo (capo della molecola) 2) Migrazione: il capo della molecola migra verso il polo positivo trascinando l altra estremità (coda della molecola) Fintantoché il tempo di riorientamento è inferiore alla durata del campo elettrico (pulse time), la mobilità della molecola dipende linearmente dalla sua lunghezza. La mobilità di una molecola dipende dalla frazione del pulse time che rimane per la migrazione (migration time): a) Molecole piccole: si riorientano velocemente nel nuovo campo elettrico e spendono la maggior parte del pulse time per la migrazione, prima che il campo elettrico cambi nuovamente. b) Molecole grandi: si riorientano lentamente nel nuovo campo elettrico e spendono solo una piccola parte del pulse time per la migrazione

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24 Tipi di apparati per PFGE A) Transverse Alternating Field Electrophoresis (TAFE) B) Field Inversion Gel Electrophoresis (FIGE) C) Contour-Clamped Homogeneous Electric Field apparatus (CHEF) D) Rotating Gels

25 Isolamento del cdna quando è nota la sequenza di molte EST correlate

26 Allineamento multiplo delle sequenze EST (CUSTAL W) e determinazione del Contig di EST

27 Mappa di traduzione del Contig di EST, definizione del CDS e progettazione dei prime per PCR

28 Isolamento del cdna intero o della sola CDS mediante PCR L amplificazione di un cdna può essere eseguita: 1) mediante PCR utilizzando come templato il DNA (plasmidico o fagico) totale di una libreria di cdna. 2) mediante la RT-PCR direttamente dall mrna a) L mrna viene retrotrascritto a cdna a singolo filamento mediante la trascrittasi inversa. Il primer utilizzabile può essere: - un primer specifico (gene-specific primer, GSP) - un primer oligo(dt) - una miscela di primer random (esameri) b) Il cdna a singolo filamento viene usato come templato per la reazione specifica di PCR successiva.

29 Procarioti +1 Promotore batterico Terminatore batterico RNA-polimerasi batterica Trascrizione 5 3 mrna Monocistronico o policistronico Eucarioti Promotore eucariotico +1 Esone 1 Esone 2 Esone 3 Terminatore eucariotico RNA-polimerasi II Trascrizione 5 3 Trascritto primario Modificazioni post-trascrizionali - Capping - Poliadenilazione - Splicing (anche alternativo) 5 3 Cap AAAAAAAAAAAAAAAA Poli A ( A) mrna Monocistronico

30 5 3 Cap AAAAAAAAAAAAAAAA Poli A ( A) mrna Monocistronico ATG TAA TTTTTTTTTTTTTTTT AAAAAAAAAAAAAAAA cdna CDS Promotore batterico Vettore batterico ATG cdna eucariotico Sequenza SD terminatore batterico Vettore eucariotico episomico (lievito) Promotore eucariotico cdna eucariotico ATG terminatore eucariotico Origine di relicazione batterica Gene per la resistenza ad un antibiotico Origine di relicazione batterica Gene per la resistenza ad un antibiotico Gene per la selezione in eucariote Origine di relicazione eucariotica Frammento di gene batterico ATG ATG cdna eucariotico TAA TTTTTTTTTTTTTTTT AAAAAAAAAAAAAAAA Punto di fusione 3 possibili fasi di lettura

31 Complementazione funzionale in E.coli Es. Via metabolica di riduzione del solfato SO 4 2- APS ATP solforilasi (Cys D) DPNPasi APS chinasi (Cys C) PAPS PAPS reduttasi (Cys H) SO 3 2- S 2- Solfito reduttasi (Cys J) Cisteina sintasi (Cys K) cisteina

32 Complementazione funzionale Batterio mutante per la solfito reduttasi (Cys J) trasformato con una libreria di cdna di espressione Terreno minimo +Cys Terreno minimo -Cys ecc. Crescita batterica (1.5 ml) ecc. Minipreparazione Plasmidica (2-5 µg)

33 Ricomplementazione Le varie minipreparazioni plasmidiche ritrasformare il ceppo di batteri mutanti vengono utilizzate per ecc. Minipreparazione Terreno minimo +Cys Trasformazione Terreno minimo -Cys Miniprep 1 Miniprep 2 Miniprep 3

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