Controllo Esterno di Qualità in Genetica Molecolare IX turno Schema: Fibrosi Cistica (gene CFTR)

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1 Controllo Esterno di Qualità in Genetica Molecolare IX turno Schema: Fibrosi Cistica (gene CFTR) Il Controllo Esterno di Qualità (CEQ) in Genetica Molecolare schema Fibrosi Cistica del 2013 si è basato sull analisi di quattro campioni di DNA (Tab1). DATI ANAGRAFICI DATI CLINICI GENOTIPO Ornicapo Luigi Nato a Salisburgo il 18/02/2003 Anuttifo Giuseppe Nato a Palermo il 20/05/1975 Dompinti Ana Nata a Monza il 14/07/1995 Smantico Giulio Nato a Cremona il 20/09/1977 Bambino di 10 anni di sesso maschile, con madre Austriaca e padre Italiano. Presenta test del sudore positivo e ricorrenti episodi di infezione delle vie respiratorie da P. aeruginosa. Soggetto di sesso Maschile di origine italiana, clinicamente sano chiede caratterizzazione molecolare perché la partner, in gravidanza alla 16 settimana, è portatrice della mutazione R1162X eterozigote (c.[3484c>t];[=]) Paziente di origine spagnola di 18 anni. Presenta bassa statura, insufficienza pancreatica, lievi problemi polmonari con bronchiectasie localizzate. Individuo di sesso maschile, di origine italiana, in apparente buona salute, con fratello affetto da Fibrosi Cistica deceduto in giovane età e non caratterizzato a livello molecolare. La sua compagna (38 anni), alla 14a settimana di gravidanza è portatrice della mutazione F508del. Chiede analisi molecolare del gene CFTR per diagnosi prenatale F508/G85E c.[1521_1523delctt];[254g>a] R553X eterozigote c.[1657c>t];[=] G542X / G542X c.[1624g>t];[1624g>t] normale c.[=];[=] Tab1: Campioni inviati per il CEQ 2013 schema Fibrosi Cistica. I dati anagrafici riferiti ai campioni (nome, cognome, luogo e data di nascita) sono d invenzione. I dati clinici sono stati elaborati in collaborazione con il gruppo di valutazione sulla base dei genotipi proposti ai laboratori e riportati nella colonna Genotipo. L Istituto Superiore di Sanità ha inviato 220 campioni a 55 laboratori. Di questi 54 hanno inviato i risultati. I dati grezzi ed i referti sono stati inviati all ISS attraverso il sistema informatizzato e valutati dai seguenti esperti (gruppo di valutazione): Dr.ssa Ave Maria Baffico Dr.ssa Elisabetta Pelo Dr.ssa Manuela Seia E.O. Ospedali Galliera, S.C. Laboratorio di Genetica, Genova SOD Diagnostica - AOU Careggi - Firenze Laboratorio di Genetica Medica, Fondazione IRCCS Policlinico Ca' Granda Ospedale, Milano Ai laboratori che hanno inviato i dati è stato assegnato un giudizio di performance: sufficiente o insufficiente. La valutazione è stata eseguita seguendo i criteri generali di valutazione riportati sul sito del CNMR all indirizzo 1/5

2 Tali criteri sono stati pubblicati contestualmente all apertura della registrazione dei laboratori al IX turno di CEQ. Sono stati assegnati 5 punti per la genotipizzazione, 5 punti per l interpretazione e 4 punti per il referto prendendo in considerazione la struttura e le voci riportate nei criteri sopracitati. La performance di un laboratorio è stata ritenuta insufficiente quando si è verificata una delle seguenti situazioni anche in un solo campione. Errore di Genotipizzazione: 1. Genotipo errato (comprende: mancata o errata identificazione della mutazione patogenica; scambio di campioni; errore di trascrizione tra dato grezzo e referto) 2. Mancato raggiungimento dell efficienza diagnostica richiesta per lo schema (75%) 3. Dati grezzi non interpretabili Errori di interpretazione: 4. Interpretazione errata del dato grezzo corretto 5. Assenza di Interpretazione rispetto all indicazione clinica al test genetico richiesto (è necessario riportare stato di portatore o affetto) La performance di un laboratorio sarà ritenuta insufficiente anche quando, pur non verificandosi nessuna delle situazioni su menzionate, la qualità generale delle informazioni contenute nel referto è tale per cui non si raggiunge nella valutazione dei parametri di genotipizzazione e interpretazione un punteggio di 5/10 Nel CEQ 2013 sette laboratori hanno avuto un giudizio di performance insuficiente (fig.1). In particolare: 3 laboratori non hanno interpretato nessuno dei quattro campioni; 1 laboratorio non ha interpretato uno dei quattro campioni; 1 laboratorio non ha interpretato correttamente uno dei quattro campioni; 1 laboratorio non ha correttamente valutato il dato grezzo, dando un indicazione errata in uno dei quattro campioni; 1 laboratorio non ha raggiunto la soglia della performance sufficiente perché la somma dei punteggi di genotipizzazione e interpretazione è inferiore a 5/10 in uno dei quattro campioni. 2/5

3 Figura 1: Risultati dei laboratori partecipanti espressi secondo il punteggio medio ottenuto nella valutazione di genotipizzazione, interpretazione e refertazione. Sulle ordinate è indicato il numero di laboratori, in ascisse i punteggi ottenuti. In blu sono riportati i labortori che hanno ottenuto un giudizio di performance sufficiente, in rosso i laboratori che hanno avuto un giudizio di performance insufficiente. Controllo Esterno di Qualità in Genetica Molecolare Schema: Fibrosi Cistica Errori/omissioni più frequenti nei 47 laboratori valutati con performance sufficiente Manca nomenclatura HGVS Dato grezzo di scarsa qualità Carenze più frequenti nella genotipizzazione 9 laboratori 2 laboratori Numero di accesso in GeneBank non riportato Assenza di sensibilità e/o specificità analitica 5 laboratori Carenze più frequenti nell interpretazione Campione Ornicapo Luigi Mancata o errata valutazione dell efficienza diagnostica (27 laboratori non prendono in considerazione dell origine etnica del probando (madre Austriaca)) Assenza dell'indicazione del rischio riproduttivo dei genitori Assenza dell'indicazione all'offerta di diagnosi prenatale alle prossime gravidanze per i genitori. Campione Anuttifo Giuseppe 29 laboratori 7 laboratori 19 laboratori 3/5

4 Assenza dell'indicazione all'offerta di diagnosi prenatale Manca l'indicazione di estendere l analisi ai familiari Campione Dompinti Ana Mancata o errata valutazione dell efficienza diagnostica (24 laboratori non prendono in considerazione dell origine spagnola del probando) Assenza dell'indicazione all analisi dei genitori per conferma dell omozigosi Assenza del rischio riproduttivo dei genitori Assenza dell indicazione di estendere l analisi all'eventuale partner Assenza dell'indicazione del rischio riproduttivo dei genitori Assenza dell offerta di diagnosi prenatale alle prossime gravidanze per i genitori Campione Smantico Giulio Mancata o errata indicazione calcolo de rischio residuo (16 laboratori non hanno preso in considerazione che il probando ha un fratello affetto) Mancata o errata valutazione del rischio riproduttivo riferito alla partner portatrice 7 laboratori 26 laboratori 13 laboratori 17 laboratori 17 laboratori 26 laboratori 31 laboratori 1 Carenze più frequenti nella refertazione Referto confondente (lungo o poco chiaro) Errori nei dati identificativi 8 casi (6 laboratori) Assenza della voce origine etnica 11 Assenza del numero di pagine 14 Assenza o inappropiatezza del titolo del referto 11 Raccomandazioni Genotipo: Si raccomanda di aggiornare la nomenclatura classica e di utilizzare anche la nomenclatura HGVS v.2. Per la partecipazione al CEQ è importante inviare la chiave di lettura dei dati grezzi al fine di poterne verificare la correttezza. A tale scopo si raccomanda di non inviarla in un file separato che non ne permette l uso. Interpretazione: E indicato, ove opportuno, informare l eventuale coppia (o i genitori del probando) della possibilità di eseguire diagnosi prenatale una volta accertato il genotipo. Inoltre, si sottolinea che la diagnosi prenatale va indicata come possibilità e non consigliata. Si raccomanda di inserire nel referto la formula HGVS del genotipo in modo corretto e completo anche in caso di normalità (c.[=];[=]). Si sottolinea che nel caso in cui non sia stata verificata con ulteriori analisi, anche sui genitori, l eterozigosità composta o l omozigosi la formula va scritta in modo dubitativo. Es. Campione Ornicapo (eterozigote composto): la formula non conclusiva è c.[1521_1523delctt(;)254g>a]; Es. Campione Dompinti (Omozigote): la formula non conclusiva è c.[1624g>t];[(1624g>t)] 4/5

5 Vedi linee guida HGVS all indirizzo: Referto: Si raccomanda di riportare l indicazione all'indagine in modo completo, senza tralasciare informazioni importanti Si ricorda che per la partecipazione al CEQ l intestazione va resa anonima, ma si raccomanda di riportarne ugualmente le diciture Per la tracciabilità del campione sarebbe opportuno indicare che il materiale analizzato è "DNA estratto da altro laboratorio" 5/5