V.E.Q. Regione Toscana Batteriologia - ciclo Identificazioni materiali biologici

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1 V.E.Q. Regione Toscana Batteriologia - ciclo 2012 Identificazioni materiali biologici Dip. Biotecnologie Sez. di Microbiologia Università degli Studi di Siena Stefania Cresti U.O.C. Microbiologia e Virologia Azienda Ospedaliera Universitaria Senese VEQ Batteriologia, Antibiogrammi Ciclo novembre 2013

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5 Emocoltura (diagnosi di sepsi o batteriemia)

6 Come garantire una diagnostica di qualità Fase preanalitica Sede prelievo Numero e tempistica set Volume totale di sangue prelevato Modalità di prelievo asettiche Fase analitica Protocollo colturale (tempi, terreni etc.) Tempistica/modalità refertazione Valutazione contaminanti Antibiogramma

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8 Clinical Infectious Diseases 2013

9 Indicazioni In ogni caso sospetto di sepsi o batteriemia o fungemia Tempi di esecuzione Prima della terapia antibiotica (flaconi con adsorbenti gli antibiotici.) Non esistono dati che supportino il fatto che tempi di prelievo particolari in relazione all insorgenza della febbre e/o del brivido favoriscano l isolamento del/dei patogeno/i: la principale guida al timing del prelievo devono essere le condizioni cliniche del paziente (pz grave, prelievi molto ravvicinati per iniziare subito la terapia antibiotica) Punto prelievo Da vena periferica o arteria Il prelievo da CVC, linee arteriose e vasi inguinali aumenta il rischio di falsi positivi (se disponibile un vaso periferico mai eseguire il prelievo da catetere) Numero di set Da 2 a 4 per episodio settico (non più di 3 nelle 24 ore ) Ma...

10 Volume prelevato E la variabile più importante: il volume totale di sangue sottoposto ad emocoltura è direttamente proporzionale alla possibilità di isolare il/i patogeno/i Tipo pz. Volume di sangue consigliato N set (fl. aerobio + fl. anaerobio) Vol/set Adulti ml Pediatrici (kg) , ,1 12, ,8 36, > 36,

11 Modalità prelievo e inoculo flacone Selezionare il punto dove effettuare il prelievo Sgrassare la cute del paziente con alcool etilico al 70% Disinfettare con movimento centrifugo (preferire clorexidina gluconato, clorina perossido o tintura di iodio a povidone iodinato) Rimuovere la protezione del tappo dei flaconi per emocoltura, avendo cura di non toccare il tappo in gomma Disinfettare il tappo di gomma del flacone con alcool etilico al 70% (disinfettanti a base di iodio potrebbero comprometterne l integrità)

12 Dopo la disinfezione della cute non toccare il punto di prelievo, se necessario indossare guanti sterili Prelevare da 2 a 20 ml di sangue e con questi inoculare in modo asettico un set di flaconi per emocoltura (aerobio ed anaerobio) (sconsigliato il cambio d ago, che non diminuisce significativamente il rischio di contaminazione, ma aumenta quello di incidenti) Ruotare il flacone inoculato per miscelare il sangue con il brodo di coltura Compilare l etichetta sul flacone avendo cura di non coprire il codice a barre

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14 843 emocolture analizzate 537 (64%) negative 306 (36%) positive 98 (32%) contaminanti 208 (68%) vere batteriemie 64 (65%) Volume inadeguato 34 (35%) Volume adeguato 84 (40%) Volume inadeguato 124 (60%) Volume adeguato Distribuzione delle emocolture analizzate in base ai risultati ed al volume di sangue

15 Tempistica/modalità refertazione Gram su flacone positivo Risultati parziali (telefonata/invio elettronico) Eventuale antibiogramma diretto Identificazione microrganismo

16 Clinical Biochemistry 2012

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19 Journal of Hospital Infection 2011

20 Valutazione contaminanti Differentiating contaminants from true pathogens is extremely difficult, especially because the same species can easily be found in either situation. Policies for processing and reporting possible/likely blood culture contaminants should be in place to standardize the minimal laboratory evaluation and to avoid unnecessary therapy for the patient. Policies for processing and reporting possible/likely blood culture contaminants should be in place to standardize the minimal laboratory evaluation and to avoid unnecessary therapy for the patient. the organisms commonly associated with contaminated blood cultures (Bacillus [not B. anthracis] spp., Corynebacterium spp., Propionibacterium spp., coagulase-negative staphylococci, viridans group streptococci, Aerococcus spp., Micrococcus spp., and many others) are perfectly capable of causing serious infection in the appropriate setting. Coagulase-negative staphylococci, because of their ability to colonize and form a biofilm on indwelling and prosthetic devices and their ubiquitous presence on the human skin, are the primary agents of both catheter-associated septicemia and false-positive blood cultures

21 Quindi: Specie microbica n di set/flaconi positivi Timing di positivizzazione Clinica paziente Colloquio con il clinico Ma ogni laboratorio definisca propri criteri standard!

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23 Proposte di algoritmi

24 Emocolture 2006

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26 Sangue NAATs volume usato < 2 ml Permette di non dissanguare il paziente, ma. batteriemia < 1 UFC/mL campione non concentrato: bassa sensibilità campione concentrato: rischio di aspecifici (è difficile concentrare i microrganismi senza concentrare il DNA umano) Chiu Diagn Microbiol Infect Dis 2005

27 Sangue - NAATs Microrganismi identificabili con NAATs commerciale utilizzato (dedicato alle emocolture) Gram negativi Gram positivi Miceti Escherichia coli Staphylococcus aureus Candida albicans Klebsiella (pneumoniae/oxytoca) CoNS Candida tropicalis Serratia marcescens Streptococcus pneumoniae Candida parapsilosis Enterobacter (cloacae/aerogenes) Streptococcus spp. * Candida glabrata Proteus mirabilis Enterococcus faecium Candida krusei Acinetobacter baumannii Enterococcus faecalis Aspergillus fumigatus Pseudomonas aeruginosa Stenotrophomonas maltophilia * Identificati come gruppo Mancini J Med Microbiol 2008

28 Emocoltura 25mL/pz 103 campioni di sangue 1,5 ml/pz NAATs Microrganismi Positivi con entrambi metodi Risultati comparativi n isolati TAT medio (h) con: Positivi solo con NAATs Positivi solo con emocoltura Positività con emocoltura Identificazione definitiva CoNS ,2 44,2 E. faecalis ,6 56,6 E. faecium ND ND E. coli P. aeruginosa A. fumigatus ND ND TOTALE Risultati completi con NAATs si ottengono in circa 6 h Mancini J Med Microbiol 2008

29 Sangue MALDI-TOF Metodo tradizionale (Coltura + ID tradizionale) 330 flaconi per emocoltura positivi 12 (3,6%) negativi MALDI-TOF (direttamente su emocoltura Microrganismi (n ) 318 positivi Concordanza ID tradizionale / MALDI-TOF a livello di specie (%) a livello di genere (%) Enterobacteriaceae (48) 89,6 97,9 Gram negativi non fermentanti (12) 66,7 100 Tot. Gram negativi 83,3 96,6 Enterococcus spp. (17) 70,6 76,5 Streptococcus spp. (12) CoNS (171) 32,2 71,9 Staphylococcus aureus (36) 5,6 30,6 Tot. Gram positivi 31,8 65,7 Candida spp. - 5,6 Ferreira Clin Microbiol Infect 2010

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