Digital PCR: the evolution of PCR.
|
|
- Sibilla Leone
- 7 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1 Digital PCR: the evolution of PCR
2 Digital PCR: the evolution of PCR The rare target may not be amplified by PCR because of competition for reagents from the more abundant DNA
3 Real time PCR vs. digital PCR RNA cdna qpcr In ddpcr (droplet digital PCR) a sigle sample is partitioned in a droplets
4 Droplet digital PCR system
5 Droplet digital PCR system
6 Dropled digital PCR Dropled digital PCR is an analytical technique for quantification of nucleic acid samples based on PCR amplification of single template molecules Partition reagents and sample into droplets Perform PCR on thermal cycler Count droplets with a positive PCR product (fluorescent) and a negative PCR product Digital readout provides concentration of target DNA
7 Dropled digital PCR: emulsion Partition reagents and sample into droplets
8 Making droplets
9 qpcr reaction in the drop
10 Fluorescent molecules used in quantitative real time PCR Emitted light
11 Fluorescent molecules used in quantitative real time PCR
12 Fluorescent molecules used in quantitative real time PCR
13 Assorbance and emission spectra of non-sulfonated cyanidine dyes
14 Read droplets Il software di analisi per la ddpcr applica al dato ottenuto il calcolo statistico della distribuzione di Poisson ed esprime il risultato in numero di copie di templato per ul di reazione (copie/ul), considerando che il volume di reazione che è pari a 20 ul
15 Stima della concentrazione del DNA d interesse Vi è una distribuzione casuale (di eventi indipendenti) delle molecole di DNA (da analizzare) nelle gocce, queste vengono ripartite casualmente durante l emulsione del campione. Producendo un numero sufficientemente elevato di gocce avremo la probabilità queste conterranno una sola molecola di DNA. Il numero di gocce contenenti una molecola di DNA dipenderà dalla concentrazione di DNA del campione Poisson equation: positives -ln(1- ) total counted (positives + negatives) Siméon Denis Poisson ( ) Legge dei piccoli numeri o degli eventi rari
16 Stima della concentrazione del DNA d interesse
17 Stima della concentrazione del DNA d interesse
18 Two analyzed genes using two probes in ddpcr assay
19 Non-invasive detection of trisomy 21 is an effective way for prenatal diagnosis Maternal blood sample and fetal cell free DNA The degree of overrepresentation depends on the fractional fetal DNA concentration in the cfdna. For example, when placental DNA was analyzed, the theoretical proportion of chr21 in the T21 fetal genome should be 0,6. When analyzing a maternal plasma sample containing 3% fetal DNA, the theoretical proportion of chr21 would decrease. Ratio= 50 (chr21 positive wells) 100 (50 chr chr21 positive wells) = 0,5 Ratio= 75 (chr21 positive wells) 125 (50 chr chr21 positive wells) = 0,6
20 Genetic Variants for CFTR (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) haplotyping
21 Applications of the droplet digital PCR system Absolute quantification: cancer biomarker studies and copy number variation, Using Droplet Digital PCR for Cancer and Liquid Biopsy Studies Rare mutation detection: measure varying degrees of cancer mutations, detect rare DNA targets, and resolve copy number variation states with superior sensitivity and resolution. Predesigned and wet-lab validated PrimePCR ddpcr assays are now available for mutation and copy number detection. Phasing of Genetic Variants for CFTR haplotyping Rare species detection employ the extreme precision of the (QX200 Bio-rad) system to quantify small fold changes in target DNA or RNA molecules for pathogen detection and monitoring (viral genome in human DNA). Next generation sequencing Single cell analysis Perform quality control and absolute quantification of NGS libraries without the use of a standard curve. Ultra-Sensitive Quantification of Genome Editing Events by Droplet Digital PCR (ddpcr ) Gene expression analysis Achieve reliable and reproducible measurements of small fold changes for low abundance mrnas and mirnas. Environmental monitoring, test a wide variety of environmental samples like soil and water using the (QX200 Biorad) system. Allergen detection in food: food testing Perform routine evaluation of genetically modified organisms (GMOs) using validated ddpcr methods. Linkage analysis
22 Real-time PCR vs. digital PCR Data are absolute, no standard curve needed Directly compare data from different days and with different laboratories Thousands of droplets or replicates result in high precision measurements, no replicate wells needed
23
24 Real-time PCR vs. digital PCR Major advantage of real time PCR Well-established protocols and data analysis techniques Wide dynamic range Low per-sample cost High sample throughput Major advantage of digital PCR No reliance of standard curves and reference samples Highly tolerant to inhibitors Simpler workflow for detection of rare targets
25 Le tecnologie omiche
26 Le tecnologie omiche Per tecnologie omiche si intendono quelle applicazioni biotecnologiche che hanno un potere di indagine molecolare esteso all intero potenziale codificante della cellula. Si distinguono: la genomica: che studia tutti i geni di un organismo (NGS; SNP-array) la trascrittomica: si occupa dell'espressione dei geni negli mrna di un intero organismo o di un particolare organo, tessuto o cellula, in momento dello sviluppo dell'organismo o in particolari condizioni ambientali (microarrays: gene expression array; mir-profiling) la proteomica: che si occupa dell'insieme di tutte le proteine di un organismo, tessuto o cellula, con l'obbiettivo di determinarne la sequenza aminoacidica, la funzione, la struttura tridimensionale e le sue interazioni. la metabolomica è una branca della biochimica che si occupa del metabolismo, individuando ad esempio la quantità di diversi metaboliti con raffinate tecniche biochimiche quali la gascromatografia, nonché specifici saggi di attività enzimatica. Sul microchip possono essere immobilizzati: anticorpi, proteine purificate, lisati cellulari la biologia sistemica, si pone quindi come obiettivo lo studio delle interazioni tra le molecole di un intero organismo, considerandolo nella sua totalità, a differenza della tradizionale biologia molecolare che parte dallo studio di singole interazioni. Questa scienza interseca idealmente i dati di genomica, trascrittomica, proteomica e metabolomica.
27 Trascrittomica e utilizzo di microarray Oggi è possibile analizzare l espressione di tutti i geni di una cellula contemporaneamente grazie ai microarray o biochip. Si tratta di piccole lastre di vetro o plastica delle dimensioni di un chip di computer, su cui sono immobilizzate migliaia di sonde molecolari ognuna corrispondente ad una singola sequenza genica, all interno di micropozzetti da 50 µm. Oggi sono disponibili set di microarray che coprono tutta la porzione codificante del genoma umano (90 milioni di sonde).
28 Trascrittomica e utilizzo di microarray Microarray o biochip: Il chip ha una superficie di vetro o silicone piccole sonde di DNA o RNA ancorate alla superficie (10-20 copie, fino a centinaia di migliaia) ciascun gene occupa una determinata posizione sul Chip (spot) il campione in analisi viene amplificato per PCR il campione da analizzare viene marcato con una molecola fluorescente il campione viene caricato sul chip tutti i geni espressi nel campione in analisi ibridizzano con le rispettive sonde specifiche sul chip contemporaneamente la fluorescenza in ciascuno spot del chip, corrispondente a ciascun gene viene rilevata come segnale ed analizzata da un sistema di elaborazione dati Detection Due biochip, uno per l analisi del genoma umano e uno per quella del genoma del topo.
29 Tipi di microarray 1. cdna arrays 2. Oligonucleotidi arrays
30 Trascrittomica e utilizzo di microarray Un applicazione dei microarray è l analisi dell espressione differenziale di geni in due popolazioni cellulari. 1. l mrna è estratto da cellule di controllo (ad es. cellule di un individuo sano) e dal campione sperimentale (es. cellule tumorali). 2. l mrna viene convertito in cdna e marcato con sonde fluorescenti di diverso colore per i controlli (ad es. verde) e i campioni (ad es. rosso).
31 3. i cdna vengono ibridati al microarray. L illuminazione al laser rivelerà segnali rossi o verdi in corrispondenza dei geni espressi solo in ciascuna delle due popolazioni, e gialle (rosso+verde) per quelli espressi in entrambe. Trascrittomica e utilizzo di microarray
32 Trascrittomica e utilizzo di microarray
33 Trascrittomica: analisi dei geni espressi in cellule trattate/controllo
34 Trascrittomica: analisi dei geni espressi in diversi tessuti
35 Trascrittomica: analisi dei geni espressi in cellule neoplastiche di diversi pazienti RNA RNA RNA RNA RNA
36 Trascrittomica: effetti dell inquinamento ambientale sull espressione genica
37 Trascrittomica: analisi dei dati di espressione genica Heatmap, o comparazione quantitativa: Il lettore di fluorescenza compara il livello relativo ai due segnali (rosso-verde) geni espressi egualmente nei due campioni hanno livelli uguali delle due fluorescenze e il loro un rapporto sarà pari a 1 rapporti superiori o inferiori riflettono un espressione differenziale nei due campioni L operatore definisce un soglia di «differenza», un cut-off, secondo il quale valori superiori a tale valore definiscono un espressione differenziale nei due campioni (esempio=2.ma arbitrario) I geni sono riportati più volte sul chip, quindi più spot per ogni gene Oppure ciascun campione almeno in triplicato, per dare valenza statistica, e determinare se le differenze siano quindi significative Utilizzo di analisi statistiche
38 Trascrittomica: analisi dei dati di espressione genica Il test t è un test statistico di tipo parametrico con lo scopo di verificare se il valore medio di una distribuzione si discosta significativamente da un certo valore di riferimento. p = P( X E x E ) Utilizzo di analisi statistiche (non solo il p value0,05 o p0,001) più complicate come metodo SAM (che considera anche la frequenza di eventi falsi positivi e falsi negativi) p value dice se i dati osservati sono statisticamente significativi. Se p0.05, H0 viene, in genere, rifiutata e la discrepanza viene detta statisticamente significativa se 0.01 p0.05; molto significativa se p0.01; estremamente significativa se p0.001.
39 Trascrittomica: problematiche Si assume che ciascun passaggio (estrazione RNA, reazione di retrotrascrizione, PCR, marcatura, ibridazione) abbia la stessa efficienza per ogni gene e per ciascun campione La ripetizione del campione elimina variazioni casuali, ma non eventuali errori sistematici: ad es. gene non amplificato bene per PCR a causa di una competizione dei primers su altri bersagli La stessa concentrazione definita per ciascun mrna bersaglio non indica il livello di trascrizione di quel gene, ma sarà influenzata dalla velocità di sintesi e di degradazione del trascritto stesso, dalla sua stabilità (esempio mrna poco trascritti, ma molto stabili possono essere presenti a livelli più alti rispetto a trascritti meno stabili) Dati da validare con altre tecniche, come RT-PCR quantitativa di singoli geni Verificare la sua traduzione in proteina: proteomica
40 Biologia sistemica
41 Trascrittomica: limiti Vengono analizzati i trascritti, ovvero gli mrnas aventi sequenza nota, dei quali risulta possibile quindi costruire le sequenze probe Non possono essere identificate variazioni nella struttura secondaria nell mrna Non possono essere identificate isoforme di uno stesso mrna Non è un metodo di valutazione assoluta, bensì comparativa Problematiche superate con l RNA-sequencing
ddpcr per la diagnosi prenatale di aneuploidie
ddpcr per la diagnosi prenatale di aneuploidie Rilevazione della presenza di trisomia 21 per la diagnosi prenatale Il sangue materno contiene circa il 10% di DNA fetale Il grado di sovra-espressione dipende
DettagliMetodologie citogenetiche. Metodologie molecolari. Formulare la domanda Utilizzare la metodica appropriata
In base al potere di risoluzione della tecnica Metodologie citogenetiche Metodologie molecolari Formulare la domanda Utilizzare la metodica appropriata 1 DNA RNA PROTEINE DNA Cromosomi (cariotipo, FISH,
DettagliBiologia dei sistemi
Biologia dei sistemi Fino poco tempo fa i ricercatori studiavano l espressione di un singolo gene alla volta Ora è possibile studiare simultaneamente l espressione di tutti i geni di un organismo (questo
DettagliPermette di monitorare in tempo reale l andamento della reazione ed effettuare una quantizzazione del frammento amplificato
Permette di monitorare in tempo reale l andamento della reazione ed effettuare una quantizzazione del frammento amplificato Lo strumento è composto da:! Un sistema ottico per eccitare il marcatore fluorescente
DettagliCommissione Studi Biologici
Commissione Studi Biologici FIL-MRD Network Pier Paolo Piccaluga Ilaria Del Giudice, Sara Galimberti, Simone Ferrero, Marco Ladetto Marzia Cavalli, Elena Ciabatti, Irene Della Starza, Luciana De Novi,
DettagliEsercitazioni di laboratorio Tecnologie Molecolari e Ricombinanti
Corso di laurea: Biotecnologie Anno Accademico 2016-2017 Docente Nicoletta Bianchi Esercitazioni di laboratorio Tecnologie Molecolari e Ricombinanti Orari e argomenti trattati: Giorno 1: Estrazione di
DettagliBioinformatica. Marin Vargas, Sergio Paul
Bioinformatica Marin Vargas, Sergio Paul 2014 Wikipedia: La bioinformatica è una disciplina scientifica dedicata alla risoluzione di problemi biologici a livello molecolare con metodi informatici. La bioinformatica
DettagliGenomica, proteomica, genomica strutturale, banche dati.
Genomica, proteomica, genomica strutturale, banche dati. Alcune pietre miliari della biologia anno risultato 1866 Mendel scopre i geni 1944 il DNA è il materiale genetico 1951 prima sequenza di una proteina
DettagliIl biomonitoraggio ambientale attraverso lo studio della regolazione genica della risposta allo stress Silvia Franzellitti
Seminario per il corso misure con biomarcatori A.A. 2005-2006 Il biomonitoraggio ambientale attraverso lo studio della regolazione genica della risposta allo stress Silvia Franzellitti Perché utilizzare
DettagliDifferenti tipi di PCR
Differenti tipi di PCR Colony PCR Nested PCR Multiplex PCR AFLP PCR Hot start PCR In situ PCR Inverse PCR Asymmetric PCR Long PCR Long accurate PCR Reverse transcriptase PCR Allele Specific PCR Real time
DettagliCome facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo
Come facciamo ad isolare un gene da un organismo? Utilizziamo una libreria ovvero una collezione dei geni del genoma del cromosoma di un organismo GENOMA di alcuni organismi viventi raffigurato come libri
DettagliDatabase di sequenze. Dati di sequenza. Caratteristiche dei dati della biologia molecolare. I dati ed i problemi della bioinformatica
I dati ed i problemi della bioinformatica Giorgio Valentini DSI Università degli Studi di Milano 1 Caratteristiche dei dati della biologia molecolare Diverse tipologie di dati bio-molecolari Per ogni tipo
DettagliIbridazione in situ per mrna: tecnica e interpretazione
Patologia nodulare della tiroide: focus sugli approcci diagnostici Ibridazione in situ per mrna: tecnica e interpretazione Isabella Giovannoni U.O.C. Anatomia Patologica Ibridazione -> appaiamento di sequenze
DettagliRelatrice: dott.ssa Ilaria Pegoretti
Relatrice: dott.ssa Ilaria Pegoretti IL LABORATORIO DI BIOLOGIA MOLECOLARE: introduzione alle tecniche e alle loro applicazioni 26 Novembre 2011 Auditorium Presidio Ospedaliero S.Chiara, Trento Scoperta
DettagliProgetto NIASMIC Non Invasive Analysis of Somatic Mutations in Cancer
Progetto NIASMIC Non Invasive Analysis of Somatic Mutations in Cancer 1 giugno 2018 - Ospedale Oncologico A. Businco Cagliari Roberto Cusano CRS4 - Next Generation Sequencing Core http://ngslab.crs4.it
DettagliUniversità degli Studi di Cagliari DIREZIONE ACQUISTI APPALTI E CONTRATTI Dirigente Fabrizio Cherchi
Università degli Studi di Cagliari DIREZIONE ACQUISTI APPALTI E CONTRATTI Dirigente Fabrizio Cherchi Progetto finanziato con fondi L. R. Sardegna 7 agosto 2007 n 7 C249/2018 Determina a contrarre per l
Dettagli20 anni di progressi nella conoscenza sul rischio neoplastico eredo-familiare
20 anni di progressi nella conoscenza sul rischio neoplastico eredo-familiare 3.7% MO 2/12/2016 20 anni di progressi nella conoscenza sul rischio neoplastico eredo-familiare 7.4% MO 2/12/2016 Frederick
DettagliUNIVERSITA' DEGLI STUDI DELLA BASILICATA DIPARTIMENTO DI SCIENZE
Programma di insegnamento per l a.a. 2015-2016 Insegnamento: BIOTECNOLOGIE MEDICO DIAGNOSTICHE AVANZATE Docente: ANGELA OSTUNI Corso di studio: LAUREA MAGISTRALE PER LA DIAGNOSTICA MEDICA, FARMACEUTICA
DettagliGENOMA. Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine CONTENUTO FUNZIONE. Progetti genoma in centinaia di organismi
GENOMA EVOLUZIONE CONTENUTO FUNZIONE STRUTTURA Analisi di sequenze -- Analisi di espressione -- Funzione delle proteine Progetti genoma in centinaia di organismi Importante la sintenia tra i genomi The
DettagliBioinformatica. :studio dei problemi biologici attraverso le metodologie dell'informatica
Bioinformatica :studio dei problemi biologici attraverso le metodologie dell'informatica Sinomimi: biochimica computazionale, biologia molecolare computazionale Viceversa: Biocomputazione, algoritmi genetici,
DettagliPercorso di Biologia Molecolare
La Biologia Molecolare è oggi alla base di qualunque indagine analitica in campo clinico, alimentare, ambientale forense e nella ricerca di base. Le Biotecnologie sono in costante e continua evoluzione,
DettagliMICROARRAYS: CARATTERISTICHE, APPLICAZIONI E LIMITI
MICROARRAYS: CARATTERISTICHE, APPLICAZIONI E LIMITI Cosa è un microarrays. un po di storia La tecnologia: arrays spotted e sintetizzati in situ (spotted, Agilent, GeneChips Affymetrix, Illumina) Disegno
DettagliAnalisi degli alimenti tramite PCR Real-Time. Introduzione ad una tecnologia all'avanguardia
Analisi degli alimenti tramite PCR Real-Time Introduzione ad una tecnologia all'avanguardia Obiettivi Questa presentazione tratterà i seguenti argomenti: Quali sono le applicazioni della PCR Real-time?
Dettaglimicrorna Struttura e Funzione
microrna Struttura e Funzione Cinzia Di Pietro Università degli Studi di Catania Dipartimento di Scienze Biomediche e Biotecnologiche Sezione di Biologia e Genetica G. Sichel I MicroRNAs (mirnas) sono
DettagliBell, Nature 421: 414, 2003. Tratta da lezioni di genetica Prof. PF Pignatti
La scoperta della doppia elica mezzo secolo fa ha coinvolto la pratica medica con lentezza, ma sono probabili trasformazioni significative nei prossimi 50 anni. Bisogna cambiare la pratica medica e la
DettagliPatologie da analizzare
Fasi cruciali Scelta della patologia da analizzare Scelta del campione da analizzare Scelta dell approccio da utilizzare Scelta della tecnica da utilizzare Analisi statistica del dati Conferme con approcci
DettagliMicrobiologia Controlli batteriologici con test del DNA e test di tossicità Lucia Bonadonna Istituto Superiore di Sanità
Piani per la Sicurezza delle Acque Nuove metodologie di analisi ed inquinanti emergenti Bologna, 12 ottobre 2017 Microbiologia Controlli batteriologici con test del DNA e test di tossicità Lucia Bonadonna
DettagliPCR allele-specifica Ibridazione con sonde allele-specifiche (ASO) PCR Real-time con sonde TaqMan Saggio OLA (Oligo Ligation Assay)
Tecniche per l analisi di singole variazioni: PCR allele-specifica Ibridazione con sonde allele-specifiche (ASO) PCR Real-time con sonde TaqMan Saggio OLA (Oligo Ligation Assay) alcuni SNP (ca. 10%) sono
DettagliMICROARRAY Esempio generico
MICROARRAY MICROARRAY Le tecniche di DNA microarray sono basate sulla microibridazione contemporanea di migliaia di specifici frammenti di DNA Il microarray consiste in un supporto solido recante una successione
DettagliREGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA. Controllo trascrizionale in E. coli. Esempio: Lac operon
REGOLAZIONE DELL ESPRESSIONE GENICA Controllo trascrizionale in E. coli Esempio: Lac operon Nel genoma di un batterio ci sono circa 4000 geni Nel genoma umano ci sono circa 25000 geni. Espressione costitutiva:
DettagliLa variabilità genetica: tipi e metodi per studiarla e misurarla
La variabilità genetica: tipi e metodi per studiarla e misurarla La variabilità genetica (V.G.) 1. V.G. somatica 2. V.G. gametica intraindividuo 3. V.G. gametica intrapopolazione (polimorfismo) 4. V.G.
DettagliMarcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica
Marcatori molecolari per l analisi genica, genetica e genomica (RFLP e PCR-derivati, inclusi SSR e SNP) DNA fingerprinting DNA genotyping DNA haplotyping cp/mtdna barcoding MG/QTL mapping MAS breeding
DettagliModulo Laboratorio A.A. 2014/2015
Biochimica - Laboratorio di Bioinformatica I (CdL. Bioinformatica) Bioinformatica e banche dati biologiche (CdL. Biotecnologie) Modulo Laboratorio A.A. 2014/2015 Docente: Dr. Sergio Marin Vargas Mail:
DettagliVerifiche qualitative dell RNA e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme. Massimo Degan, CRO Aviano (PN)
e cdna in ambito dei trials BCR/ABL e AML translocation programme Massimo Degan, CRO Aviano (PN) perchè è importante verificare l RNA La verifica della qualità dell RNA nei saggi diagnostico-molecolari
DettagliAggiornamenti di biologia molecolare nella diagnostica microbiologica. Pier Sandro Cocconcelli
Aggiornamenti di biologia molecolare nella diagnostica microbiologica Pier Sandro Cocconcelli Istituto di Microbiologia Centro Ricerche Biotecnologiche Università Cattolica del Sacro Cuore Piacenza-Cremona
DettagliPRINCIPALI TIPI DI PCR a) PRINCIPALI TIPI DI PCR b)
PRINCIPALI TIPI DI PCR a) RT-PCR: serve a valutare l espressione di un gene tramite l amplificazione dell mrna da esso trascritto PCR COMPETITIVA: serve a valutare la concentrazione iniziale di DNA o RNA
DettagliGENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE. Dr. Giovanni Malerba Biologia e Genetica, UniVR
GENETICA DELLE MALATTIE COMPLESSE Dr. Giovanni Malerba Biologia e Genetica, UniVR giovanni.malerba@univr.it CARATTERE COMPLESSO Predisposizione Genetica interazione Diagnosi Prevenzione Terapia efficiente
DettagliANALISI POST-GENOMICHE TRASCRITTOMA: CONTENUTO DI RNA DI UNA CELLULA.
TECNICHE PER L ANALISI DELL ESPRESSIONE GENICA RT-PCR REAL TIME PCR NORTHERN BLOTTING ANALISI POST-GENOMICHE Conoscere la sequenza genomica di un organismo non è che l inizio di una serie di esperimenti
DettagliApplicazione della biologia molecolare nella valutazione del benessere del cavallo
UNIVERSITA DEGLI STUDI DI PERUGIA FACOLTA DI MEDICINA VETERINARIA Centro di Studio del Cavallo Sportivo Applicazione della biologia molecolare nella valutazione del benessere del cavallo Andrea Verini
DettagliLA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI PCR
LA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI PCR INTRODUZIONE Tecnica ideata da Mullis e collaboratori nel 1984 La possibilita' di disporre di quantità virtualmente illimitate di un determinato frammento di DNA,
DettagliBIOMEDICINA GENOMICA E DEI SISTEMI COMPLESSI
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOLOGICHE, GEOLOGICHE E AMBIENTALI Corso di laurea magistrale in Biologia sanitaria e cellularemolecolare Anno accademico 2018/2019-1 anno - Curriculum Biologia cellulare e molecolare
DettagliGli rrnas sono gli RNAs più abbondanti nelle cellule. Nelle cellule in attiva proliferazione rappresentano l 80% dell RNA totale
Gli rrnas sono gli RNAs più abbondanti nelle cellule. Nelle cellule in attiva proliferazione rappresentano l 80% dell RNA totale I geni che codificano gli rrna sono presenti in copia multipla nel genoma
DettagliLa Tecnologia dei Microarray. Tor Vergata Aprile 2011 (Susana.Bueno@caspur.it)
La Tecnologia dei Microarray Tor Vergata Aprile 2011 (Susana.Bueno@caspur.it) SH Friend and RB Stoughton, The Magic of Microarray, Scientific American, February. 2002, pp. 44-49 Vogliamo sapere velocemente
DettagliProgetto Lars-Biotec
Unità didattiche: prima fase: Progetto Lars-Biotec Laboratorio di Ricerca sperimentale nel settore delle Biotecnologie Bioinformatica: vengono scelti e analizzati geni appartenente al genoma umano conosciuti
DettagliNIPD per Malattie Monogeniche ed Rh Fetale. Leonardo Salviati. Genetica ed Epidemiologia Clinica Università Az. Osp. Padova
NIPD per Malattie Monogeniche ed Rh Fetale Leonardo Salviati Genetica ed Epidemiologia Clinica Università Az. Osp. Padova Non Invasive Prenatal Diagnosis (NIPD) 1997 cffdna orignates from trophoblast The
DettagliLA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI
CONCETTI DI BASE LA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI PROCESSI CHE COINVOLGONO GLI ACIDI
DettagliEsperienze con Sistema Cobas 4800
Workshop pre-congressuale GISCi La qualità nel percorso dello screening cervicale Sessione PRIMO LIVELLO HPV Esperienze con Sistema Cobas 4800 D.ssa Bulletti Simonetta Laboratorio Unico di Screening Azienda
DettagliBioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni )
Bioinformatica (modulo bioinf. dei genomi moderni ) Dr. Marco Fondi Lezione # 5 Corso di Laurea in Scienze Biologiche, AA 2011-2012 giovedì 3 novembre 2011 1 Sequenziamento ed analisi di genomi: la genomica
DettagliLA BIOPSIA LIQUIDA: ASPETTI TECNICI, INDICAZIONI E LIMITI NELLA PRATICA CLINICA
ASPETTI TECNICI, INDICAZIONI E LIMITI NELLA PRATICA CLINICA Elena Trisolini 1, Claudia Veggiani 2 e Renzo Boldorini 1,2 1 Dipartimento di Scienze della Salute, Università del Piemonte Orientale, via Solaroli
DettagliUNIVERSITA' DEGLI STUDI DELLA BASILICATA DIPARTIMENTO DI SCIENZE
Insegnamento: Biotecnologie genetiche Corso di studio: Anno di Corso: Periodo didattico: Tipologia: Totale Crediti: Tipo Esame: Valutazione: Lingua di insegnamento: Laurea in Biotecnologie (L2) III I semestre
DettagliRT-PCR. (retrotrascrizione)
PCR RT-PCR (retrotrascrizione) Real-time PCR (seconda generazione della PCR) Digital-PCR (terza generazione della PCR) X target copies Make Droplets PCR Droplets Read Droplets Results Digital-PCR (terza
DettagliLinee guida legionellosi Roma Novembre 2016
Linee guida legionellosi Roma 10-11 Novembre 2016 La Real-Time PCR per la ricerca di Legionella in campioni ambientali Maria Scaturro Dipartimento di Malattie infettive parassitarie ed immunomediate maria.scaturro@iss.it
DettagliSystems Biology: the 21st Century Science Whole-istic biology Systems biology is the study of an organism, viewed as an integrated and interacting
1 Systems Biology: the 21st Century Science Whole-istic biology Systems biology is the study of an organism, viewed as an integrated and interacting network of genes, proteins and biochemical reactions
DettagliReal-Time RT-PCR (QPCR) quantitativa
Real-Time RT-PCR (QPCR) quantitativa Metodi in uso comune per rilevare/quantificare trascritti Northern blotting e ibridazione in situ 2. RNAse protection assays 3. cdna microarrays 4. RT-PCR in end-point
DettagliPolimorfismi del DNA e loro applicazioni
Polimorfismi del DNA e loro applicazioni WWW.FISIOKINESITERAPIA.BIZ Lo sviluppo dei marcatori genetici nell uomo TIPO DI MARCATORE N DI LOCI CARATTERISTICHE Gruppi sanguigni ~ 20 Può esserci bisogno di
DettagliBIOLOGIA MOLECOLARE CON ELEMENTI DI BIOINFORMATICA
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOLOGICHE, GEOLOGICHE E AMBIENTALI Corso di laurea magistrale in Biologia sanitaria e cellularemolecolare Anno accademico 2017/2018-1 anno - Curriculum Biologia cellulare e molecolare
DettagliImportanza della genetica dei microrganismi
Importanza della genetica dei microrganismi 1.I microrganismi rappresentano un mezzo essenziale per comprendere la genetica di tutti gli organismi. 2.Vengono usati per isolare e duplicare specifici geni
DettagliTecnologia del DNA e la genomica. Dr ssa Elisa Mazzoni, Ph.D Biologia Applicata a.a Università di Ferrara
Tecnologia del DNA e la genomica Dr ssa Elisa Mazzoni, Ph.D Biologia Applicata a.a 2018-2019 Università di Ferrara Alcune Tecnologie del DNA Estrazione del DNA Taglio del DNA con enzimi di restrizione
DettagliCorso di BioMedicina Molecolare Genomica e dei Sistemi Complessi
Corso di BioMedicina Molecolare Genomica e dei Sistemi Complessi CFU: 6 Anno accademico 2010-2011 Logica del Corso Il completamento del Progetto Genoma di Homo sapiens e di molti altri organismi e virus
DettagliDavid Sadava, H. Craig Heller, Gordon H. Orians, William K. Purves, David M. Hillis. Biologia La scienza della vita
1 David Sadava, H. Craig Heller, Gordon H. Orians, William K. Purves, David M. Hillis Biologia La scienza della vita 2 B - L ereditarietà e l evoluzione La regolazione genica negli eucarioti 3 I genomi
DettagliSequenziamento dell Intero Genoma vs Sequenziamento Target per NIPT
Sequenziamento dell Intero Genoma vs Sequenziamento Target per NIPT NIPT methods Esistono diversi metodi di analisi per l NIPT Sequenziamento dell Intero Genoma (Whole Genome Sequencing ) WGS NGS Target
DettagliTecnologia del DNA ricombinante
Tecnologia del DNA ricombinante Scoperte rivoluzionarie che hanno permesso lo studio del genoma e della funzione dei singoli geni Implicazioni enormi nel progresso della medicina: comprensione malattie
DettagliInnovazione nella diagnostica del Cancro del Colon-Retto
Innovazione nella diagnostica del Cancro del Colon-Retto CRC - Tumore del colon-retto Il cancro del colon-retto è il tumore più diffuso in Italia, nel totale tra uomini e donne. Considerando separatamente
DettagliSystems Biology: the 21st Century Science Whole-istic biology Systems biology is the study of an organism, viewed as an integrated and interacting
1 Systems Biology: the 21st Century Science Whole-istic biology Systems biology is the study of an organism, viewed as an integrated and interacting network of genes, proteins and biochemical reactions
DettagliColorazioni istologiche Immunoistochimica Immunofluorescenza Immunogold GFP
MFN0366-A1 (I. Perroteau) - Tecniche morfologiche Colorazioni istologiche Immunoistochimica Immunofluorescenza Immunogold GFP Tecniche che richiedono la fissazione del preparato (cellule o sezioni di tessuto)
DettagliBIOCHIMICA MOLECOLARE CLINICA
Corso di Laurea Magistrale in BIOLOGIA CELLULARE e MOLECOLARE E SCIENZE BIOMEDICHE A.A. 2016 2017 BIOCHIMICA MOLECOLARE CLINICA Principi e tecniche molecolari per la diagnosi di patologie umane Prof. Patrizia
DettagliAnalisi dei dati di espressione genica in esperimenti realizzati mediante microarray. Erika Melissari
Analisi dei dati di espressione genica in esperimenti realizzati mediante microarray Erika Melissari ESPRESSIONE GENICA E un processo molto complesso e finemente regolato che permette ad una cellula di
DettagliScienze tecniche di Medicina di Laboratorio
Corso di Laurea Magistrale delle Professioni Sanitarie Tecnico-Diagnostiche LM/SNT3 2 anno Scienze tecniche di Medicina di Laboratorio Argomenti della lezione Il controllo di qualità nella diagnostica
DettagliLa GENETICA DELLE POPOLAZIONI. studia con modelli matematici, a livello di gruppi di individui, variabilità genetica
La GENETICA DELLE POPOLAZIONI studia con modelli matematici, a livello di gruppi di individui, la variabilità genetica che è l unico tipo di variabilità rilevante per l evoluzione La variabilità genetica
DettagliScreening e Counseling genetico: quando e per quale paziente Anna Maria Di Blasio
Screening e Counseling genetico: quando e per quale paziente Anna Maria Di Blasio Responsabile del Laboratorio di Genetica Medica Instituto Auxologico Italiano Milano Malattie Mendeliane o Monogeniche
DettagliBiologia Molecolare. CDLM in CTF 2010-2011 L analisi del genoma
Biologia Molecolare CDLM in CTF 2010-2011 L analisi del genoma L analisi del genoma n La tipizzazione del DNA n La genomica e la bioinformatica n La genomica funzionale La tipizzazione del DNA DNA Fingerprinting
DettagliBiopsia Liquida. Cosa si intende per biopsia liquida. Applicazioni della biopsia liquida. Biopsia liquida e NSCLC
Biopsia Liquida Cosa si intende per biopsia liquida Applicazioni della biopsia liquida Biopsia liquida e NSCLC Tecniche di analisi del dna tumorale circolante Real-time PCR e Digital PCR Sara Baglivo Laboratorio
DettagliELISPOT. Enzyme-Linked ImmunoSPOT assay. Czerkinsky et al. J Immunol Methods. 1983;65(1-2):109-21
ELISPOT Enzyme-Linked ImmunoSPOT assay Czerkinsky et al. J Immunol Methods. 1983;65(1-2):109-21 ELISPOT Enzyme-Linked ImmunoSPOT assay Unisce i metodi immunochimici e l'uso di colture cellulari. Basato
DettagliCorso di laurea magistrale in. Scienze per la diagnostica e conservazione dei beni culturali
Corso di laurea magistrale in Scienze per la diagnostica e conservazione dei beni culturali Insegnamento di Microbiologia applicata ai beni culturali RIEPILOGO DEI CONCETTI BASE DELLA MICROBIOLOGIA GENERALE
DettagliBiochimica. Prof. Alessandro Tossi Edificio Q 1 piano lab 106 Dip. Scienze della Vita
Biochimica Prof. Alessandro Tossi Edificio Q 1 piano lab 106 Dip. Scienze della Vita Biochimica: Definizioni: Chimica dei sistemi viventi Chimica: studio della struttura, interazioni e reazioni delle molecole.
DettagliL informatizzazione dei laboratori di genetica. Simona Cavani Maria Isola Parodi Ornella Mazzetti
L informatizzazione dei laboratori di genetica Simona Cavani Maria Isola Parodi Ornella Mazzetti Laboratorio di Genetica Struttura e patologie analizzate Segreteria / Accettazione Citogenetica -Cariotipo
DettagliStrumenti della Genetica Molecolare Umana (3) Capitoli 6-7-8
Strumenti della Genetica Molecolare Umana (3) Capitoli 6-7-8 Piccolo test: trova al differenza Gel 2 Gel 1 Gel 1. digestione DNA genomico Gel 2. Digestione inserto cloni genomici BANCHE DI DNA RICOMBINANTE
DettagliDefinizione del profilo biomolecolare su campioni citologici
Patologia nodulare della tiroide: focus sugli approcci diagnostici Definizione del profilo biomolecolare su campioni citologici Dr.ssa Michela Visani, BSc, PhD Laboratorio di Patologia Molecolare AUSL
Dettagli04_biochimica. MFN0366-A1 (I. Perroteau) - Tecniche biochimiche-molecolari: Western blot
1 2 1 - Gel di elettroforesi Trasferimento (blotting) + Membrana per western blot 3 4 2 Anticorpo primario ---> anticorpo secondario coniugato all enzima ---> reazione di biolimunescenza ---> luce che
DettagliIL GENOMA DELLA CELLULA VEGETALE
IL GENOMA DELLA CELLULA VEGETALE I GENOMI DELLE CELLULE VEGETALI Genoma nucleare Geni per il funzionamento globale della cellula vegetale Condivisi o specifici per la cellula vegetale Genoma plastidiale
DettagliStesso DNA ma cellule diverse
Stesso DNA ma cellule diverse Organismo (uomo) Il corpo umano è composto damiliardi di cellule Ogni nucleo cellulare è dotato di un identico corredo cromosomico I cromosomi sono in coppia Ogni cromosoma
Dettagliready to use - caratteristiche principali
Ready to youse Ready to youse ready to use - caratteristiche principali Pronto all uso: tutti i reagenti necessari, completi di mastermix sono pre-aliquotati in strip pronte all uso. Le strip possono essere
DettagliLa mappatura dei geni umani. SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione
La mappatura dei geni umani SCOPO conoscere la localizzazione dei geni per identificarne la struttura e la funzione Un grande impulso alla costruzione di mappe genetiche è stato dato da le tecniche della
DettagliMetodiche Molecolari
Metodiche Molecolari La rivelazione degli acidi nucleici virali è un altro saggio che può essere utilizzato sia per verificare la presenza di un virus in un determinato campione biologico, sia per studiare
DettagliBiotecnologie applicate all ispezione degli alimenti di origine animale
Prof.ssa Tiziana Pepe Evoluzioni della tecnica PCR Biotecnologie applicate all ispezione degli alimenti di origine animale Dip. di Medicina Veterinaria e Produzioni animali tiziana.pepe@unina.it Nested
DettagliTest di biologia molecolare nella pratica clinica. C. Gentili Cesare Gentili
Test di biologia molecolare nella pratica clinica C. Gentili Cesare Gentili Considerazioni di base I virus ad alto rischio sono presenti nel nucleo in forma non integrata al pari dei virus a basso rischio
DettagliDogma centrale DNA RNA PROTEINE
Dogma centrale DNA RNA PROTEINE Il Genoma cellulare specifica: La struttura primaria delle proteine Destinazione delle proteine all interno della cellula Presenza o assenza della proteina in un determinato
DettagliSviluppi metodologici tradizionali ed innovativi per la diagnostica degli OGM
Sviluppi metodologici tradizionali ed innovativi per la diagnostica degli OGM Roberta Onori Reparto Organismi Geneticamente Modificati e Xenobiotici di origine fungina Focus su sicurezza d uso e nutrizione
DettagliEVOLUZIONE MOLECOLARE. Silvia Fuselli
EVOLUZIONE MOLECOLARE Silvia Fuselli silvia.fuselli@unife.it TESTI Organizzazione del corso Graur and Li, Fundamentals of molecular evolution, Sinauer 2000 Michael Lynch, The Origins of Genome Architecture,
DettagliI RECETTORI: Caratterizzazione e isolamento
I RECETTORI: Caratterizzazione e isolamento Andrea Ferrigno Funzione dei recettori di membrana Secrezione dell ormone nel sangue L ormone è trasportato attraverso il circolo sanguigno L ormone raggiunge
DettagliMODELLO SCHEDA INSEGNAMENTO
Corso di Laurea Denominazione insegnamento: Numero di Crediti: Anno: Semestre: Docente Titolare: MODELLO SCHEDA INSEGNAMENTO Triennale in Scienze Biologiche Biologia molecolare 9 CFU II II Lina Sabatino
Dettagli23/01/18. La trisomia del cromosoma 21 nel terzo millennio. Generoso Andria. Lo screening e la diagnosi prenatale
La trisomia del cromosoma 21 nel terzo millennio Generoso Andria Università Federico II Centro di Coordinamento Malattie Rare Regione Campania Lo screening e la diagnosi prenatale Expanded conventional
DettagliCORSO BIOLOGIA MOLECOLARE I. Testi consigliati
CORSO BIOLOGIA MOLECOLARE I Dott. Massimo Pancione e.mail massimo.pancione@unisannio.it Obiettivo del corso: Comprendere i meccanismi molecolari dei processi biologici fondamentali, descrivere le tecniche
DettagliGRANDE OSPEDALE METROPOLITANO Bianchi Melacrino Morelli Reggio Calabria REGIONE CALABRIA
ALLEGATO A LOTTO 1 Estrazione DNA da tessuti paraffinati con biglie magnetiche. Tecnologia basata su biglie magnetiche con reagenti pronti all'uso monodose Sparaffinatura dei campioni compresa nel kit
DettagliLa tecnologia dei microarray
La tecnologia dei microarray Introduzione per l analisi dell espressione genica: Affymetrix GeneChip spotted arrays L analisi dei dati Campi di applicazione dei microarray Introduzione I progetti di sequenziamento
DettagliDiagnostica Biomolecolare: Tecnologie e Applicazioni
Diagnostica Biomolecolare: Tecnologie e Applicazioni Preparazione dei campioni: (Estrazione del DNA o dell RNA dal tessuto di interesse) Analisi delle mutazioni: SSCP DHPLC Dot blot - Southern - PCR (ARMS
DettagliBiologia Molecolare e nuove tecnologie. M.Favarato ULSS13 Mirano (Ve) Medicina di Laboratorio Biologia Molecolare
Biologia Molecolare e nuove tecnologie M.Favarato ULSS13 Mirano (Ve) Medicina di Laboratorio Biologia Molecolare Identificazione, virulenza, resistenza antibiotici Resistenza antibiotici (4-5 gg) Tipizzazione,
DettagliI PROGETTI OMICI. Studiano gli elementi biologici nel loro insieme TRASCRITTOMICA PROTEOMICA
1 I PROGETTI OMICI Studiano gli elementi biologici nel loro insieme TRASCRITTOMICA PROTEOMICA Studia il contenuto in mrna di una cellula (in differenti fasi di sviluppo, in risposta a vari stimoli o a
DettagliRivelazione, identificazione, caratterizzazione strutturale
HPLC Separazione cromatografica di proteine e peptidi in miscela Eluato Rivelatore UV (fotodiodi) Cromatogramma UV (picchi generati dall assorbimento di ogni proteina) Eluato Spettrometro di massa ESI-Trappola
DettagliRicevimento Studenti: Lunedì previa prenotazione. Cenci lab
Cenci lab Giovanni Cenci Dip.to Biologia e Biotecnologie C. Darwin Sezione Genetica Piano 2 -Citofono 3/4 0649912-655 (office) 0649912-843 (lab) giovanni.cenci@uniroma1.it Ricevimento Studenti: Lunedì
Dettagli