Lezione 4. Il sequenziamento del DNA, Sanger
|
|
|
- Bernadetta Sartori
- 6 anni fa
- Visualizzazioni
Transcript
1 Lezione 4 Il sequenziamento del DNA, Sanger
2 Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori automatici a capillare Dalle molecole ai files di dati: il basecalling e il formato FASTA
3 Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori automatici a capillare Dalle molecole ai files di dati: il basecalling e il formato FASTA
4 Polymerase chain reaction (PCR) qualche ora
5 25 Aprile 1953 James D. Watson e Francis Crick pubblicano la struttura del DNA (Watson JD, Crick FHC "A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid", Nature vol. 171, pp ; 1953) fondando il campo della genetica molecolare. Premio Nobel nel Doppia elica
6 Metà degli anni 50: Arthur Kornberg inizia a studiare il meccanismo di replicazione del DNA. Nel 1957 identifica la prima DNA polimerasi. L enzima copia in una sola direzione e richiede degli inneschi preesistenti (primer) per iniziare a copiare il filamento. Premio Nobel nel Doppia elica 1957 DNApol Primi 60 Codice genetico Oligonucleoti di sintetici (primers) All inizio degli anni 60 Gobind Khorana chiarisce molti aspetti del codice genetico. Successivamente inizia un progetto per la sintesi in vitro di un gene umano e in questi esperimenti getta le basi per l utilizzo di oligonucleotidi sintetici (usati sia come blocchi per la costruzione del gene, sia come inneschi per la DNA polimerasi) Premio Nobel per il suo lavoro sul codice genetico.
7 1969 Thomas D. Brock isola un nuovo batterio dalle sorgenti calde dello Yellowstone National Park. Nel 1976 viene islata la DNA polimerasi di T. aquaticus (taq) in grado di mantenere la sua attività oltre i 75 C. Biotechnology in Yellowstone 1953 Doppia elica 1957 DNApol Primi 60 Codice genetico Oligonucleoti di sintetici (primers) 1969 taq 1975 Sanger sequencing 1975 Frederick Sanger sviluppa un metodo per determinare la sequenza del DNA. (Sanger F, Nicklen S, Coulson AR "DNA sequencing with chainterminating inhibitors" Proc Natl Acad Sci vol. 74(12) pp ; 1977). 1980: Premio Nobel. Nel 1980 tutti i componenti per fare un ampplificazione con PCR sono conosciuti dalla comunità scientifica
8 K. Mullis C
9 Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori automatici a capillare Dalle molecole ai files di dati: il basecalling e il formato FASTA
10 Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger C C C
11 Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Verifica dell avvenuta reazione (e possibile quantificazione), ad esempio per elettroforesi su gel di agarosio Prodotto di reazione Marker (frammenti a lunghezza nota) Purificazione del prodotto di PCR: Esempio Exo/SAP (dobbiamo pulire da dntps e primers residui)
12 Il sequenziamento di Sanger Elongation Strand Separation Primer Annealing Termination
13 Termination Standard Nucleotides Dye-labeled dideoxynucleotides ddntp incorporation leads to chain growth termination
14 Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori automatici a capillare Dalle molecole ai files di dati: il basecalling e il formato FASTA
15 Capillary Electrophoresis ABI 3730, 96-capillary
16 Un programma specifico opera il BASECALLING (converte i picchi in A, T, G, C) cromatogramma
17 Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori automatici a capillare Dalle molecole ai files di dati: il basecalling e il formato FASTA
18 Molto importante!!! Good quality I file prodotti dai sequenziatori automatici sono specifici e di solito hanno un estensione.seq oppure.abi Bad quality (background noise)
19 Apro il file.abi con un programma apposito che legge cromatogrammi (es. Chromas; BioEdit) Questi programmi hanno molte funzioni, quando sono soddisfatto delle mie correzioni posso esportare la sequenza in un formato di testo leggero e leggibile da molti altri programmi (es. programmi di allineamento): FORMATO FASTA Copy FASTA formatted
20 Il segno > contraddistingue il FASTA ed è obbligatorio identifier of the sequence (optional) >XFUS0058 CGTTAGAGGGGACGATTTCTACGTGCCTATGT CCAATGCCACCGGCATTGTTAGGGACCCGTAC GAGTATCCCCAGTACTACCTGGTGGCCCCGTG GGCATACGCCTGCCTGGCAGCGTACATGTTCT TCCTCATTCTCACCGGCTTCCCCGTCAACTTC CTCACCCTGTACGTCACCATCGAGCACAAGAA GCTGCGTACGCCTCTCAACTACATTCTGCTGA ACCTCGCCATTTCCGACCTCTTCATGGTGTTC GGCGGGTTCACCACGACGATGTACACCTCGTT GCACGGCTACTTCGTGTTCGGACGCCTCGGCT GCAACCTGGAAGGCTTCTTCGCGACCCTGGGC sequenza GGTGAAATGGGGCTGTGGTCCCTGGTCGTGCT GGCCTTCGAGAGGTGGATGGTGGTCTGTAAGC CCGTGAGCAACTTCCGCTTCGGAGAGAACCAC GCCATCATGGGCGTGGCCTTCACCTGGGTCAT GGCCTGCTCCTGCGCCGTGCCTCCCCTGGTGG GCTGGTCCCGTTACATCCCCGAGGGCATGCAG TGCTCGTGCGGAGTCGACTACTACACCCGCGC CCCCGGCTACAACAACGAGTCCTTCGTCATCT ACATGTTCATCGTGCACTTCATCATTCCGCTC ATCGTCATATTCTTCTGCTACGGCCGTCTTGT
Lezione 4. Il sequenziamento del DNA, Sanger
Lezione 4 Il sequenziamento del DNA, Sanger Schema della lezione Polymerase chain reaction (PCR) Dal prodotto di PCR al sequenziamento di Sanger Lettura dei prodotti di sequenziamento con sequenziatori
Lezione 4. Il sequenziamento del DNA, Sanger e il progetto genoma umano
Lezione 4 Il sequenziamento del DNA, Sanger e il progetto genoma umano Stranneheim and Lundeberg 2012 Un po di storia 25 Aprile 1953 James D. Watson e Francis Crick pubblicano la struttura del DNA (Watson
La reazione a catena della polimerasi (PCR) di Ofelia Leone e Vincenzo Mandarino
La reazione a catena della polimerasi (PCR) di Ofelia Leone e Vincenzo Mandarino La Polymerase Chain Reaction (PCR) o reazione di amplificazione a catena è una tecnica che permette di amplificare una specifica
LA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI PCR
LA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI PCR INTRODUZIONE Tecnica ideata da Mullis e collaboratori nel 1984 La possibilita' di disporre di quantità virtualmente illimitate di un determinato frammento di DNA,
Metodologie citogenetiche. Metodologie molecolari. Formulare la domanda Utilizzare la metodica appropriata
In base al potere di risoluzione della tecnica Metodologie citogenetiche Metodologie molecolari Formulare la domanda Utilizzare la metodica appropriata 1 DNA RNA PROTEINE DNA Cromosomi (cariotipo, FISH,
Polymerase chain reaction - PCR. Biotecnologie applicate all ispezione degli alimenti di origine animale
Prof.ssa Tiziana Pepe Polymerase chain reaction - PCR Biotecnologie applicate all ispezione degli alimenti di origine animale Dip. di Medicina Veterinaria e Produzioni animali tiziana.pepe@unina.it Metodologia
Tecniche molecolari per lo studio degli acidi nucleici
Tecniche molecolari per lo studio degli acidi nucleici Prof.ssa Flavia Frabetti aa. 2010-11 Estrazione acidi nucleici (DNA o RNA) Verifica tramite elettroforesi su gel di agarosio Amplificazione o clonaggio
Tecnologia del DNA e la genomica
Tecnologia del DNA e la genomica DNA ricombinante La tecnologia del DNA ricombinante permette di unire in laboratorio il DNA di organismi diversi Permette di manipolare il DNA di un organismo allo scopo
GENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE: 1. Anatomia dei genomi. 8. Funzionamento dei genomi Il genoma dei procarioti
GENOMICA STRUTTURALE: GENOMICA FUNZIONALE: 1. Anatomia dei genomi 8. Funzionamento dei genomi Il genoma dei procarioti Modificazioni della cromatina e l espressione del genoma Il genoma degli eucarioti
IL SEQUENZIAMENTO DEL DNA. Obiettivo: ottenere la sequenza nucleotidica di un frammento di DNA.
IL SEQUENZIAMENTO DEL DNA Obiettivo: ottenere la sequenza nucleotidica di un frammento di DNA. Il DNA può essere sequenziato generando frammenti di DNA la cui lunghezza dipende dall ultima base della sequenza.
Marcatori molecolari
Marcatori molecolari Caratteristiche e applicazioni Luca Gianfranceschi e Rosanna Marino 1 I marcatori molecolari Strumento per l analisi genetica Strumento Molecolari Analisi genetica Marcatori non oggetto
REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI. ( PCR =Polymerase Chain Reaction)
REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI ( PCR =Polymerase Chain Reaction) Verso la metà degli anni 80, il biochimico Kary Mullis mise a punto un metodo estremamente rapido e semplice per produrre una quantità
Metodiche di analisi del DNA (cenni) (Ingegneria genetica)
DNA Metodiche di analisi del DNA (cenni) (Ingegneria genetica) Principali tecniche di base Enzimi di restrizione (Endonucleasi) Gel elettroforesi Ibridizzazione PCR (Polymerase Chain Reaction) Sequenziamento
Dopo aver effettuato la PCR, all interno della soluzione oltre al tratto amplificato sono presenti: primers, dntps, Taq polimerasi e tampone di
Dopo aver effettuato la PCR, all interno della soluzione oltre al tratto amplificato sono presenti: primers, dntps, Taq polimerasi e tampone di reazione Inizialmente i 20 µl dell amplificato vengono
AMPLIFICAZIONE IN VITRO DEL DNA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI (PCR)
AMPLIFICAZIONE IN VITRO DEL DNA REAZIONE A CATENA DELLA POLIMERASI (PCR) PCR: reazione polimerasica a catena Inventata da Kary Mullis negli anni 80 (premio Nobel 1993) Serve per ottenere una grande quantita
PCR. (Reazione a catena della polimerasi) ESTRAZIONE del DNA da gel di AGAROSIO. Corso di INGEGNERIA GENETICA, Prof. Renato Fani,
PCR (Reazione a catena della polimerasi) & ESTRAZIONE del DNA da gel di AGAROSIO Corso di INGEGNERIA GENETICA, Prof. Renato Fani, ESERCITAZIONE DI LAB. N.2 La PCR (Polymerase Chain Reaction) è una tecnica
Isolamento e purificazione di DNA e RNA. -Separare gli acidi nucleici da altri componenti cellulari (lipidi e proteine)
Isolamento e purificazione di DNA e RNA -Rompere la membrana cellulare -Separare gli acidi nucleici da altri componenti cellulari (lipidi e proteine) -Separare gli acidi nucleici tra loro -Rompere la membrana
Principali tecniche di base
Principali tecniche di base Enzimi di restrizione (Endonucleasi) Gel elettroforesi Ibridizzazione (Southern blotting) PCR (Polymerase Chain Reaction) (Sequenziamento) Tecniche di base Enzimi di di restrizione
Tecniche di sequenziamento del DNA
Tecniche di sequenziamento del DNA -Metodo di Maxam e Gilbert (della degradazione chimica del DNA) -Metodo di Sanger (a terminazione di catena) Metodo di Maxam-Gilbert Questo metodo, basato sulla degradazione
Laboratorio di diagnostica Molecolare Dipartimento di Patologia Sezione di Anatomia Patologica Università di Verona
Laboratorio di diagnostica Molecolare Dipartimento di Patologia Sezione di Anatomia Patologica Università di Verona Il tecnico di laboratorio biomedico: Applicazioni nel laboratorio di anatomia patologica
Le biotecnologie. Sadava et al. Biologia La scienza della vita Zanichelli editore 2010
Le biotecnologie 1 Cosa sono le biotecnologie? Le biotecnologie sono tutte quelle tecniche utilizzate (fin dall antichità) per produrre sostanze specifiche a partire da organismi viventi o da loro derivati.
1. Quantificazione del genomico e determinazione della purezza
ESERCITAZIONE 2 1. Quantificazione del genomico e determinazione della purezza Una volta estratto il DNA si procede con la quantificazione. Tale quantificazione viene fatta normalmente con l utilizzo di
Diagnostica Biomolecolare: Tecnologie e Applicazioni
Diagnostica Biomolecolare: Tecnologie e Applicazioni Preparazione dei campioni: (Estrazione del DNA o dell RNA dal tessuto di interesse) Analisi delle mutazioni: SSCP DHPLC Dot blot - Southern - PCR (ARMS
PCR. PCR o reazione di polimerizzazione a catena. Amplificazione esponenziale di DNA. Puo amplificare un tratto di DNA per piu di 1 milione di volte
PCR Prof.ssa Flavia Frabetti PCR o reazione di polimerizzazione a catena Fine anni 80 Amplificazione esponenziale di DNA. Puo amplificare un tratto di DNA per piu di 1 milione di volte Permette di estrarre
Protocollo Crime Scene Investigation
Protocollo Crime Scene Investigation Precauzioni da adottare in laboratorio: - non mangiare o bere - indossare sempre i guanti quando si maneggiano i tubini, i gel, le micropipette - nel dubbio, chiedere!
Reazione a catena della polimerasi (PCR) ed elettroforesi
Gioele Casagranda, Camilla Larentis, Emanuele Pallaoro, Filippo Quattrocchi Povo, 1 marzo 2016 P r o g e t t o C L I L - E s p e r i m e n t o f i n a l e Reazione a catena della polimerasi (PCR) ed elettroforesi
SEQUENZIAMENTO DEL DNA
SEQUENZIAMENTO DEL DNA Il metodo di Sanger per determinare la sequenza del DNA Il metodo manuale La reazione enzimatica Elettroforesi in gel denaturante di poliacrilammide Autoradiografia Il metodo automatico
PROGETTO DNA chiavi in mano. Le Biotecnologie in classe e in laboratorio 11/03/2015 Prof.ssa Paola Cazzani I.T.E. A. Bassi - Lodi
PROGETTO DNA chiavi in mano Le Biotecnologie in classe e in laboratorio 11/03/2015 Prof.ssa Paola Cazzani I.T.E. A. Bassi - Lodi PROGETTO DNA chiavi in mano PROGETTO DNA chiavi in mano IFOM PROGETTO DNA
Polymerase Chain Reaction
Polymerase Chain Reaction La reazione a catena della polimerasi (in inglese: Polymerase Chain Reaction), comunemente nota con l'acronimo PCR, è una tecnica di biologia molecolare che consente la moltiplicazione
TECNICHE DI BIOLOGIA MOLECOLARE. LA REAZIONE POLIMERASICA A CATENA Principi teorici e aspetti pratici
TECNICHE DI BIOLOGIA MOLECOLARE LA REAZIONE POLIMERASICA A CATENA Principi teorici e aspetti pratici POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) 1955 A. Kronembreg e coll. (Stanford University) scoprono la DNA-polimerasi
PCR - Polymerase Chain Reaction. ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993).
End point PCR vs quantitative Real-Time PCR PCR - Polymerase Chain Reaction ideata nel 1983 da Kary B. Mullis il quale ottenne, per questo, il premio Nobel per la chimica (1993). Questa tecnica, utilizzando
LEZIONE X FUNZIONAMENTO E APPLICAZIONI DELLA PCR. Dott. Paolo Cascio
LEZIONE X FUNZIONAMENTO E APPLICAZIONI DELLA PCR Dott. Paolo Cascio Tecnica della reazione a catena della DNA polimerasi o PCR (Polymerase Chain Reaction) 1) Introdotta da Kary Mullis alla metà degli anni
Vettori derivati dal fago λ: batteriofagi filamentosi M13
Vettori derivati dal fago λ: batteriofagi filamentosi M13 A. Phage display: esibizione della proteina clonata in M13 ed esposta sulla superficie del batteriofago (facile screening dei ricombinanti) mediante
di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro
di Milazzo Gabriele Mangiagli Graziella Paternò Valentina Lomagno Valeria Mangione Enza Prof. C. Di Pietro Polymerase Chain Reaction Inventata a metà degli anni 80 da Kary Mullis, è a tutt oggi uno strumento
I marcatori molecolari. Dipartimento di Scienze Agronomiche e Genetica Vegetale Agraria Corso di Genetica Agraria Giovanna Attene
I marcatori molecolari Dipartimento di Scienze Agronomiche e Genetica Vegetale Agraria Corso di Genetica Agraria Giovanna Attene Marcatori molecolari del DNA I marcatori molecolari sono sequenze di DNA
Dr. Tommaso Giordani SEQUENZIAMENTO SANGER E ANALISI DI SEQUENZE DI DNA
Dr. Tommaso Giordani SEQUENZIAMENTO SANGER E ANALISI DI SEQUENZE DI DNA OBIETTIVI DELLA GENOMICA MAPPE GENETICHE e FISICHE sempre più accurate SEQUENZIAMENTO GENOMI GENOMICA COMPARATIVA confronto tra genomi
SELEZIONE ASSISTITA PER LA RESISTENZA patogeni in orzo
C.R.A. Consiglio per la Ricerca in Agricoltura Centro di ricerca per la genomica Fiorenzuola d Arda (Piacenza) SELEZIONE ASSISTITA PER LA RESISTENZA patogeni in orzo Tutor: Dott. Gianni TACCONI Studente:
PCR, Polymerase Chain Reaction (Reazione a catena della DNA polimerasi)
Polymerase Chain Reaction 1 PCR, Polymerase Chain Reaction (Reazione a catena della DNA polimerasi) La PCR è una tecnica di biologia molecolare per replicare ripetutamente (amplificare), in modo estremamente
Applicazioni biotecnologiche in systems biology
Applicazioni biotecnologiche in systems biology Lezione #2 Dr. Marco Galardini AA 2012/2013 Contatti Dr. Marco Galardini Dip. Di Biologia Via Madonna del Piano 6, Polo Scientifico S. Fiorentino (c/o Incubatore
immagine Biologia applicata alla ricerca bio-medica Materiale Didattico Docente: Di Bernardo
Esperto in processi innovativi di sintesi biomolecolare applicata a tecniche di epigenetica Materiale Didattico Biologia applicata alla ricerca bio-medica immagine Docente: Di Bernardo HUMAN GENOME PROJECT
Applicazioni scientifiche
Applicazioni scientifiche Gli enzimi di restrizione possono essere utilizzati per analizzare il DNA genomico mediante la tecnica del Southern blot. Il campione viene digerito con uno o più l'enzimi di
Progetto :TRIFOGLIO UNIVERSITA CATTOLICA DEL SACRO CUORE Piacenza. O.G.M. Vegetali
Progetto :TRIFOGLIO UNIVERSITA CATTOLICA DEL SACRO CUORE Piacenza O.G.M. Vegetali Identificazione di un O.G.M. e metodi di analisi del DNA transgenico Marco Nani 5BL Liceo Scientifico Mattei di Fiorenzuola
Principali classi di mutazioni
Principali classi di mutazioni Regole per valutare la patogenicità di una mutazione I - Delezioni dell intero gene, mutazioni non senso e anomalie della cornice di lettura molto probabilmente distruggono
Strumenti della Genetica Molecolare Umana (3) Capitoli 6-7-8
Strumenti della Genetica Molecolare Umana (3) Capitoli 6-7-8 Piccolo test: trova al differenza Gel 2 Gel 1 Gel 1. digestione DNA genomico Gel 2. Digestione inserto cloni genomici BANCHE DI DNA RICOMBINANTE
Bioinformatica. Analisi del genoma
Bioinformatica Analisi del genoma GABRIELLA TRUCCO CREMA, 5 APRILE 2017 Cosa è il genoma? Insieme delle informazioni biologiche, depositate nella sequenza di DNA, necessarie alla costruzione e mantenimento
Amplificazione del DNA tramite reazione a catena della polimerasi (POLYMERASE CHAIN REACTION; PCR) e sue applicazioni in ambito biomedico
Amplificazione del DNA tramite reazione a catena della polimerasi (POLYMERASE CHAIN REACTION; PCR) e sue applicazioni in ambito biomedico Dottoressa Camerin Consuelo Laboratorio Oncoematologia Pediatrica
PRINCIPALI TIPI DI PCR a) PRINCIPALI TIPI DI PCR b)
PRINCIPALI TIPI DI PCR a) RT-PCR: serve a valutare l espressione di un gene tramite l amplificazione dell mrna da esso trascritto PCR COMPETITIVA: serve a valutare la concentrazione iniziale di DNA o RNA
Analisi molecolare dei geni
Analisi molecolare dei geni Denaturazione e rinaturazione di una molecola di DNA Si rompono i legami idrogeno 100 C Denaturazione del DNA Rinaturazione per riassociazione delle sequenze complementari Ogni
REGISTRO DELLE LEZIONI 2005/2006. Tipologia
LESIONI APPARATO VISIVO anatomia dell'occhio dei piccoli animali Addì 11-10-2005 Addì 11-10-2005 LESIONI APPARATO VISIVO 2 anatomia dell'occhio dei grossi animali Addì 12-10-2005 Addì 12-10-2005 OTITE
Il Genoma Umano e La Bioinformatica. Marin Vargas, Sergio Paul
Il Genoma Umano e La Bioinformatica Marin Vargas, Sergio Paul Gennaio 2014 L'acido desossiribonucleico o deossiribonucleico (DNA), che si trova nel nucleo della cellula, è un acido nucleico che contiene
U.O.C. di Epatologia Clinica e Biomolecolare. Unità di misura. Repertorio. 200 ml 10.000 U. 500 test
U.O.C. di Epatologia Clinica e Biomolecolare Lotto N. DESCRIZIONE PRODOTTO Quantità annua richiesta Unità di misura Repertorio CND Codice Prodotto, Confezione Offerta e nome commerciale Prezzo unitario
Percorso formativo di BIOLOGIA. I Biennio (Lo studio scientifico della vita Dal macroscopico al microscopico)
Percorso formativo di BIOLOGIA I Biennio (Lo studio scientifico della vita Dal macroscopico al microscopico) Principi di classificazione e filogenesi degli organismi viventi e basi dell evoluzione Le principali
PROGETTO BIOFORM. Tipizzazione del gene PV92
Ci fu un tempo in cui per amplificare il DNA, dovevi crescere tonnellate e tonnellate di piccole cellule. Poi è arrivato un ragazzo di nome Dr. Kary Mullis, Ha detto che si può amplificare in vitro altrettanto
Come si traccia un alimento di origine animale? Dalle lasagne con carne di cavallo. alla realtà di ogni giorno
Editoriale n.10 Newsletter aprile 2013 Come si traccia un alimento di origine animale? Dalle lasagne con carne di cavallo alla realtà di ogni giorno Identificare la specie, un obiettivo fondamentale quando
WORKLOAD molecolare. Valutazione del carico di lavoro tempo uomo laboratorio genetica molecolare
WORKLOAD molecolare Valutazione del carico di lavoro tempo uomo laboratorio genetica molecolare Analisi valutate ESTRAZIONE DNA MANUALE/SEMIAUTOMATICA LAPUCCI ESTRAZIONE DNA AUTOMATICA-LAPUCCI reazione
eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA
1 olymerase hain What is it? eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA What is for? Synthesis of several million copies of a specific DNA sequence within a few hours 2 PCR INGREDIENTS
Identificazione dei microrganismi mediante tecniche di biologia molecolare Esercitazione n 3. Criteri di identificazione
Identificazione dei microrganismi mediante tecniche di biologia molecolare Esercitazione n 3 Criteri di identificazione Tradizionale (fenotipo) Tecniche di biologia molecolare Il livello di risoluzione
Analisi di polimorfismi usati per la caratterizzazione di profili genetici in campioni di. DNA umano. 22-26 giugno 2009
Analisi di polimorfismi usati per la caratterizzazione di profili genetici in campioni di 22-26 giugno 2009 DNA umano 1 GENETICA FORENSE La genetica forense applica tecniche di biologia molecolare al fine
REGISTRO DELLE LEZIONI 2005/2006. Tipologia. Addì Tipologia. Addì Tipologia. Addì
FALCONI Maurizio 2005/2006 Cenni storici. Il DNA come materiale genetico (esp. Griffith, Avery e Hershey/Chase). Modello di Watson e Crick della struttura del DNA. Struttura del DNA, tautomerizzazione
Lezione XLI-XLII martedì 17-1-2012
Lezione XLI-XLII martedì 17-1-2012 corso di genomica aula 8 orario : Martedì ore 14.00-16.00 Giovedì ore 13.00-15.00 Esami 31- gennaio 2012 7- febbraio 2012 28 - febbraio 2012 D. Frezza Esercitazione II
Il DNA: istruzioni per la vita Bibliografia I colori della Biologia Gatti- Giusti- Anelli Ed. Pearson
Il DNA: istruzioni per la vita Bibliografia I colori della Biologia Gatti- Giusti- Anelli Ed. Pearson Una divisione equa Quando una cellula si divide, si formano due nuove cellule che contengono esattamente
Perché sintetizzare per via chimica gli oligonucleotidi?
Perché sintetizzare per via chimica gli oligonucleotidi? Molte sono le utilizzazioni di oligonucleotidi sintetizzati chimicamente.. Oligonucleotidi sintetici servono: in molti esperimenti in biologia molecolare
REPLICAZIONE DEL DNA 1
REPLICAZIONE DEL DNA 1 La replicazione del DNA è semiconservativa: ciascuno dei due filamenti parentali serve da stampo per la sintesi di un nuovo filamento e le due nuove doppie eliche sono costituite
COME È FATTO? Ogni filamento corrisponde ad una catena di nucleotidi
Il DNA Il DNA è una sostanza che si trova in ogni cellula e contiene tutte le informazioni sulla forma e sulle funzioni di ogni essere vivente: eppure è una molecola incredibilmente semplice. COME È FATTO?
Corso di Elementi di Bionformatica
Corso di Elementi di Bionformatica Laurea Triennale in Informatica Il formato FASTQ per la qualità delle sequenze Anno Accademico 2015-2016 Docente del laboratorio: Raffaella Rizzi 1 La qualità delle sequenze
PROGETTO BIOFORM. Tipizzazione del locus PV92
Ci fu un tempo in cui per amplificare il DNA, dovevi crescere tonnellate e tonnellate di piccole celle. Poi è arrivato un ragazzo di nome Dr. Kary Mullis, Ha detto che si può amplificare in vitro altrettanto
Dr. Tommaso Giordani SEQUENZIAMENTO SANGER E ANALISI DI SEQUENZE DI DNA
Dr. Tommaso Giordani SEQUENZIAMENTO SANGER E ANALISI DI SEQUENZE DI DNA OBIETTIVI DELLA GENOMICA MAPPE GENETICHE e FISICHE sempre più accurate SEQUENZIAMENTO GENOMI GENOMICA COMPARATIVA confronto tra genomi
Analisi degli alimenti tramite PCR Real-Time. Introduzione ad una tecnologia all'avanguardia
Analisi degli alimenti tramite PCR Real-Time Introduzione ad una tecnologia all'avanguardia Obiettivi Questa presentazione tratterà i seguenti argomenti: Quali sono le applicazioni della PCR Real-time?
laboratorio biotecnologie zootecniche BAA/LM 3CFU
laboratorio biotecnologie zootecniche BAA/LM 3CFU Calendario accademico Inizio delle Lezioni: 6 Marzo 2012 Fine delle Lezioni : 5 Giugno 2012 Inizio vacanze di Pasqua: 6 Aprile Fine vacanze di Pasqua:
Lezione 7-8 Giovedì 18 Marzo 2010. aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM)
Lezione 7-8 Giovedì 18 Marzo 2010 aula 2 ore 9:00 corso integrato di Biologia Applicata (BU) ed Ingegneria Genetica (BCM) materiale del T-Rex system pfrt/laczeo = Flp-In target site vector for stable transfection
Il DNA come molecola in grado di veicolare informazione ereditabile (genetica)
Il DNA come molecola in grado di veicolare informazione ereditabile (genetica) Essenz. Alberts: cap 6 La trasmissione dell informazione replicazione trascrizione traduzione DNA RNA Proteina da, dg, dc,
Acidi Nucleici: DNA = acido deossiribonucleico
Acidi Nucleici: DNA = acido deossiribonucleico depositario dell informazione genetica RNA: acido ribonucleico trascrizione e traduzione dell informazione genetica dogma centrale della biologia molecolare
Il primer utilizzato può essere specifico per il gene che si intende amplificare oppure aspecifico (oligo (dt) oppure random esameri).
Retrotrascrizione l mrna viene convertito in cdna per mezzo dell enzima trascrittasi inversa (DNA polimerasi RNAdipendenti ricavate dai virus della mieloblastosi aviaria AMV o della leucemia murina di
Genotipizzazione virale
Genotipizzazione virale Typing Separazione basata su maggiori differenze genetiche tra i membri di una singola specie virale Subtyping Individuazione di differenze stabili all interno di un gruppo di virus
Analisi Molecolare di sequenze di acidi nucleici
Analisi Molecolare di sequenze di acidi nucleici 1. L Analisi di restrizione di frammenti o RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphism) di DNA comporta lo studio delle dimensioni dei frammenti di DNA
Biologia Molecolare. CDLM in CTF La Replicazione del DNA
Biologia Molecolare CDLM in CTF 2010-2011 La Replicazione del DNA Prospettiva Storica La replicazione semidiscontinua Differenze tra procarioti ed eucarioti E fondamentale che ad ogni divisione cellulare
Metodiche Molecolari
Metodiche Molecolari La rivelazione degli acidi nucleici virali è un altro saggio che può essere utilizzato sia per verificare la presenza di un virus in un determinato campione biologico, sia per studiare
SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO AUTOMATICO
REPARTO GENOMICA LABORATORIO ANALISI GENOMICHE SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO AUTOMATICO DOCUMENTO ILLUSTRATIVO DEL SERVIZIO DI SEQUENZIAMENTO ACIDI NUCLEICI ISTITUTO ZOOPROFILATTICO SPERIMENTALE DELLA LOMBARDIA
eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA
1 olymerase hain What is it? eaction A very efficient method for IN VITRO REPLICATION of DNA What is for? Synthesis of several million copies of a specific DNA sequence within a few hours 2 PCR INGREDIENTS
estremità 5' DNA O - P O H 2 C O H H H H G N H O H 2 C P O H H T N ponte fosfodiestere O 3 P O estremità 3' etc.
estremità 5' 5 3 - P N 5 2 C 3 ponte fosfodiestere P A 1 2 C 5 P 3 G N 1 2 C 5 3 P T N 1 5 2 C 3 etc. DNA C N 1 estremità 3' zucchero N 1 C 3 4 3 timina N adenina N N 1 6 N N 9 N zucchero N zucchero citosina
Duplicazione del DNA. 6 Dicembre 2007
Duplicazione del DNA 6 Dicembre 2007 Duplicazione - Trascrizione - Traduzione DNA Trascrizione DNA - La DUPLICAZIONE è il processo che porta alla formazione di copie delle molecole di DNA ed al trasferimento
LA TECNOLOGIA SANGER SEQUENCING RICERCATORE TEAM LEADER: DOTT.SSA VELCA BOTTI
LA TECNOLOGIA SANGER SEQUENCING RICERCATORE TEAM LEADER: DOTT.SSA VELCA BOTTI 1953: scoperta del DNA (Watson e Crick) CENNI STORICI 1977: metodo di Sanger per il sequenziamento del DNA (pubblicazione della
Differenti tipi di PCR
Differenti tipi di PCR Colony PCR Nested PCR Multiplex PCR AFLP PCR Hot start PCR In situ PCR Inverse PCR Asymmetric PCR Long PCR Long accurate PCR Reverse transcriptase PCR Allele Specific PCR Real time
PCR Polymerase Chain Reaction = Reazione a catena della polimerasi
PR Polymerase hain Reaction = Reazione a catena della polimerasi mplifica un frammento di D di cui si conosce almeno in parte la sequenza Utilizza un enzima, la D Polimerasi, per copiare una molecola di
Maria Antonietta Lepore. Principali tecniche di biologia molecolare clinica
Maria Antonietta Lepore Principali tecniche di biologia molecolare clinica Copyright MMIX ARACNE editrice S.r.l. www.aracneeditrice.it info@aracneeditrice.it via Raffaele Garofalo, 133 a/b 00173 Roma (06)
Uno dei metodi più comunemente usati per questa analisi è quello di Sanger, detto anche metodo della terminazione della catena o dei
ANALISI DELLA SEQUENZA NUCLEOTIDICA DEL DNA Uno dei metodi più comunemente usati per questa analisi è quello di Sanger, detto anche metodo della terminazione della catena o dei didesossiribonucleotidi
FOCUS SU UTILIZZO, RISCHIO-BENEFICIO E COSTO-EFFICACIA DEI FARMACI E SULLE POLITICHE SANITARIE
FOCUS SU UTILIZZO, RISCHIO-BENEFICIO E COSTO-EFFICACIA DEI FARMACI E SULLE POLITICHE SANITARIE SCOPI Il Giornale Italiano di Farmacoeconomia e Farmacoutilizzazione (GIFF) è un periodico di aggiornamento
Scientists with lab coats: Corso di laboratorio Chimico-Biologico. Dott.ssa Valeria Berton Università di Verona
Scientists with lab coats: Corso di laboratorio Chimico-Biologico Dott.ssa Valeria Berton Università di Verona Il DNA Il DNA contiene l informazione genetica di un organismo Scritta in un codice chimico
Tecnologia del DNA ricombinante
Tecnologia del DNA ricombinante Scoperte rivoluzionarie che hanno permesso lo studio del genoma e della funzione dei singoli geni Implicazioni enormi nel progresso della medicina: comprensione malattie
DNA - DENATURAZIONE E RIASSOCIAZIONE
DNA - DENATURAZIONE E RIASSOCIAZIONE Il doppio strand della molecola di DNA può denaturarsi dando due singoli strand ad alte temperature (>90 C). Due strand di DNA complementari possono accoppiarsi dando
Lezioni di biotecnologie
Lezioni di biotecnologie Lezione 1 Il clonaggio 2 Cosa sono le biotecnologie? Le biotecnologie sono tutte quelle tecniche utilizzate (fin dall antichità) per produrre sostanze specifiche a partire da organismi
Modificazione del 1 gennaio 2017
Ornanza del DFI del 29 settembre 1995 sulle prestazioni dell assicurazione obbligatoria delle cure meco-sanitarie (Ornanza sulle prestazioni, OPre, allegato 3) RS 832.112.31 Moficazione del 1 gennaio 2017
LA REPLICAZIONE DEL DNA
www.fisiokinesiterapia.biz LA REPLICAZIONE DEL DNA REPLICAZIONE DEL DNA Durante il processo di replicazione la doppia elica del DNA si srotola e ciascuno dei due filamenti funziona da stampo per un nuovo
PROCEDURA NEGOZIATA PER LA FORNITURA DI PRODOTTI PER BIOLOGIA MOLECOLARE OCCORRENTI ALLA U.O. DI EMATOLOGIA
AZIENDA OSPEDALIERA REGIONALE SAN CARLO DI POTENZA Ospedale S. Carlo di Potenza Ospedale S. Francesco di Paola di Pescopagano Via Potito Petrone 85100 Potenza Tel. 0971-61 11 11 Codice Fiscale e Partita
Analisi di sequenziamento degli acidi nucleici
Analisi di sequenziamento degli acidi nucleici In questa lezione darò qualche breve cenno sui metodi di sequenziamento del DNA e specialmente quelli con marcatura fluorescente che attualmente vengono effettuati
TASSONOMIA O SISTEMATICA
TASSONOMIA O SISTEMATICA È la branca della batteriologia responsabile della caratterizzazione degli organismi ed organizzazione in gruppi affini (TAXA). NOMENCLATURA CLASSIFICAZIONE IDENTIFICAZIONE taxon
Gli Acidi Nucleici DNA RNA
Gli Acidi Nucleici DNA RNA Gli Acidi nucleici Gli acidi nucleici sono il: DNA (acido desossiribonucleico) RNA (acido ribonucleico) Essi sono formati dai polimeri (molecole molto grosse) i cui monomeri
LA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI
CONCETTI DI BASE LA BIOLOGIA MOLECOLARE E UNA BRANCA DELLA BIOLOGIA CHE STUDIA LE BASI MOLECOLARI DELLE FUNZIONI BIOLOGICHE, PONENDO UNA PARTICOLARE ATTENZIONE A QUEI PROCESSI CHE COINVOLGONO GLI ACIDI