Diagnosi di Genetica Molecolare Referente di Settore: Dr Alessandro De Luca PATOLOGIA TEST GENETICO POSTNATALE TEMPI DI REFERTAZIONE n. nome TEST GENETICO metodo giorni TIPOLOGIA CAMPIONE 1 Acondroplasia FGFR3-SEQ FGFR3-RE PCR/2RE 2 Epidermolisi Bollosa Ereditaria EBE-MUT EBE-STRs 3 Analisi forensi FOR-STRs 4 Angelman, Sindrome di PWS/AS-UPDcr PWS/AS-DEL/MET 5 Atassia-teleangiectasia ATM-DEL ATM-STRs ATM-MUT ATM-GENE 180 6 Atrofia muscolare spinale SMN1-DEL SMN1-RE SMN1-STRs PCR/RE 7 Beckwith-Wiedemann, Sindrome di BWS-UPDcr11 BWS -DEL/MET 8 Branchio-Oto-Renale, Sindrome EYA1-GENE EYA1-MUT 120 9 Cardiofaciocutanea, Sindrome BRAF-GENE BRAF-MUT 10 Diabete MODY MODY2/GENE MODY3/GENE 11 Disomia Uniparentale UPDcr2-STRs UPDcr6-STRs UPDcr14-STRs UPDcr16-STRs UPDcr20-STRs 12 Displasia GJA1-SEQ OculoDentoDigitale GJA1-MUT 13 Distonia mioclonica SGCE-GENE SGCE-MUT 14 Distonia primaria DYT1-STR DYT6/THAP1/GENE Distrofia miotonica di Steinert 16 Distrofia muscolare dei cingoli di tipo 1C 17 Ellis-Van Creveld,Sindrome di 18 Esostosi multiple ereditarie DMPK-STRs DMPK-LONG DMPK-SHORT DMPK-BLOT CAV3-GENE CAV3-MUT EVC-GENE EVC2-GENE EVC/EVC2-MUT EVC/EVC2-STRs EXT1-GENE EXT1-MUT EXT2-GENE EXT2-MUT EXT1/EXT2-STRs PCR-STR PCR-S.BLOT PCRSEQ Pagina 1 di 6
PATOLOGIA TEST GENETICO POSTNATALE TEMPI DI REFERTAZIONE n. nome TEST GENETICO metodo giorni TIPOLOGIA CAMPIONE 19 Fibrosi cistica CFTR-NLM 38 CFTR-NLM PLUS CFTR-RDB-17+19 CFTR-RDB-17 CFTR-RDB-19 CFTR-RDB-IT CFTR-MUT 20 Hallervorden-Spatz, PANK2-GENE Sindrome di PANK2-MUT 21 Insensibilità agli AR-GENE androgeni AR-MUT 22 Ipocondroplasia FGFR3-SEQ 23 Joubert, Sindrome di SJ-MUT 24 Kennedy, Malattia di AR-STRs 25 Legius, Sindrome di SPRED1-GENE SPRED1-MUT 26 Leopard, Sindrome di PTPN11-GENE PTPN11-MUT RAF1-GENE RAF1-MUT BRAF-GENE BRAF-MUT 27 Martin Bell,Sindrome di FMR1-S.BLOT FMR1-STR FMR1-STR-Ab FMR1-STRs-AmpX FMR1-mPCR AmpX FMR1-MS- 28 Microdelezioni cromosoma Y 29 Microftalmia SOX2-GENE sindromica 3 SOX2-MUT Miotonia congenita di CLCN1-GENE Thomsen/Becker CLCN1-MUT 31 Neoplasie endocrine multiple tipo 2 PCR-S.BLOT MS- AZFc-PCR PCR RET-GENE RET-MUT 32 Neurofibromatosi tipo 1 NF1- NF1-GENE NF1-MUT NF1-STRs 180 33 Noonan, Sindrome di PTPN11-GENE PTPN11-MUT RAF1-GENE RAF1-MUT SOS1-GENE SOS1-MUT SHOC2-SEQ BRAF-GENE BRAF-MUT Pagina 2 di 6
PATOLOGIA TEST GENETICO POSTNATALE TEMPI DI REFERTAZIONE n. nome TEST GENETICO metodo giorni TIPOLOGIA CAMPIONE 34 Norrie, Sindrome di NDP-GENE NDP-MUT 35 Parkinson, Malattia di PARK- PARK2-GENE PARK2-MUT LRRK2-EX41-SEQ 36 Prader Willi, Sindrome di 37 Rene policistico dell adulto 38 Rene policistico infantile 39 Retinite pigmentosa di tipo 2 PWS/AS-UPD-cr PWS/AS-DEL/MET PKD1-PKD2-STRs PKHD1-STRs RP2-STRs RP2-GENE RP2-MUT STR 40 Retinite pigmentosa di RPXL-STRs tipo 3 41 Retinite pigmentosa di tipo 7 RDS-GENE RDS-MUT 42 Silver-Russell, Sindrome di SRS_UPD-cr7 SRS-DEL/MET 43 Sinpolidattilia 1 HOXD13-GENE 44 Sordità indotta da streptomicina 45 Sordità neurosensoriale AR1 MTRNR1-SEQ MTRNR1-RE MTTS1-SEQ GJB2-GENE GJB2-MUT GJB2-EX1 CX26-CX 46 Trombofilia TRB-RDB-3 TRB-RDB-4 TRB-RDB-14 FV Leiden-MUT FII MUT MTHFRA-MUT MTHFRC-MUT 47 Wolfram, Sindrome di WFS1-GENE WFS1-MUT PCR/RE PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT PCR-REV DOT BLOT N.B.: Su richiesta possono essere eseguite le diagnosi prenatali per le sopraelencate patologie, per le quali è previsto un tempo di refertazione di giorni, ad eccezione di quei test che necessitano di campione di DNA estratto da amniociti coltivati (come ad esempio, la S. di Martin Bell e l Atrofia Muscolare Spinale). In caso di test di screening del portatore o diagnostico su pazienti che hanno in corso una gravidanza, i tempi di refertazione sono di 21 giorni. Se il test di screening del portatore o diagnostico è eseguito su pazienti che hanno in corso una gravidanza, ma hanno una familiarità e/o un sospetto diagnostico o altra segnalazione del medico inviante, i tempi di refertazione sono di giorni. In ogni caso è indispensabile un accordo preliminare con il Referente del Settore Diagnostico. LEGENDA: da 2 a 10 ml sangue periferico in EDTA PCR: reazione polimerasica a catena SEQ: sequenziamento automatico 2RE: restrizioni enzimatiche STR: micro satelliti : dosaggio genico S. BLOT: Southern Blot REV DOT BLOT: Reverse Dot Blot Pagina 3 di 6
Indagini Citogenetiche DIAGNOSI CITOGENETICA Responsabile di Struttura Semplice: Dr Antonio Novelli Campione Tempi di Metodo Note tecniche Valori di riferimento attesa Test rapido Aneuploidie cromosomi 13, 18, 21, X, Y Cariotipo su sangue periferico (SP) Cariotipo su villi coriali (CVS) Cariotipo su liquido amniotico (LA) Cariotipo su materiale abortivo (MA o POC) Tipo amniotico eparina sodica Quant ità 5 ml 5 ml Villi coriali 20 mg amniotico Materiale abortivo Villi amniotico: 1. nuclei in interfase > 16 ml 48-72 ore 28 gg.* 7 gg. Diretta 21 gg. In coltura 21 gg. 20 mg gg. 5 ml 7gg. QF-PCR (Quantitative Fluorescent Polymerase Chain Reaction) Coltura di linfociti, bandeggio GTG(400 microscopio ottico Metodo diretto (mitosi spontanee) e/o indiretto [coltura cellulare a medio e/o lungo termine], bandeggio GTG(400 microscopio ottico] Coltura di amniociti (in situ e/o in fiasca), bandeggio GTG(livello di risoluzione 400 microscopio ottico Coltura cellulare (dal sacco amniotico, dal trofoblasto, dai tessuti propri del feto), bandeggio GTG(livello di risoluzione 400 microscopio ottico Ibridazione in situ fluorescente (FISH) Identificazione delle aneuploidie numeriche dei cromosomi 13,18,21 e XY mediante microsatelliti Analisi di microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica, sonde subtelomeriche) aneuploidie dei cromosomi 13,18,21 e XY microduplicazioni Studio dei cromosomici 2. metafa si fissate su vetrino 3. metafa si da coltura di 2 vetrini 10- ml 7gg. 21gg Caratterizzazione di strutturali (sonde painting) Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi Assenza/presenza segnale di ibridazione anomalo Numero dei segnali di ibridazione amniociti Pagina 4 di 6
Indagini Citogenetiche Campione Tempi di attesa Metodo Note tecniche Valori di riferimento Studio dei cromosomici Tipo Quantità Villi coriali Analisi di 1. metafa 2 vetrini 7gg microduplicazione si fissate su vetrino mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica, sonde 2. metafa 20 mg 21 gg subtelomeriche) si da coltura di villo coriale eparina sodica 5ml 21 gg* Caratterizzazione di strutturali (sonde painting) Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi micro duplicazioni Assenza/presenza segnale di ibridazione anomalo Numero dei segnali di ibridazione Analisi su preparati fissati in paraffina Tessuto incluso in paraffina 5 fettine di inclusi in paraffina dallo spessore di 20μ cadauno 21 gg. Ibridazione in situ fluorescente (FISH) Analisi di microduplicazione mediante citogenetica molecolare (sonda locus-specifica) Studio aneuploidie mediante sonde alfoidi microduplicazioni Numero dei segnali di ibridazione Allestimento di linee linfoblastiche mediante EBV (Epstein Barr Virus) eparina sodica > 10 ml gg. EBV (Epstein Barr Virus) Separazione dei linfociti da sangue periferico mediante Ficoll dopo centrifugazione Osservazione di proliferazione cellulare Pagina 5 di 6
Indagini Citogenetiche Campione Tempi di attesa Metodo Note tecniche Valori di riferimento Tipo eparina sodica + EDTA Quantit à 5 ml 5ml 120 gg. * Studio dei genomici ad alta risoluzione amniotico 1 Coltura di liquido Amniotico 10 ml 7 gg lavorativi 21gg CGH Array (Comparative Genomic Hybridization) Risoluzione da 10 Kb a1,0 Mb Analisi di microdelezione o microduplicazione mediante microarray microduplicazioni 2..Flask a confluenza 7 gg lavorativi Villi coriali 20 mg 1.frustolo di 7 gg. lavorativi villo 2.coltura cellulare di 21 gg. villo Materiale abortivo 20 mg gg * Quando l analisi viene eseguita in regime di URGENZA I tempi di refertazione saranno ridotti a 7 giorni di calendario I tempi di refertazione potranno subire variazioni in caso di necessità di approfondimenti sul paziente o sui familiari: più 21 gg per approfondimento tramite FISH più gg per approfondimento tramite N.B.: in casi particolari, possono essere utilizzate anche altre tecniche di bandeggio. Pagina 6 di 6